Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC9429973
Patients started at 25 mg/kg/d DFP, escalated to 50 mg/kg/d DFP, with some to 75 mg/kg/d DFP, depending on iron load.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Patients", "started", "at", "25", "mg/kg/d", "DFP", ",", "escalated", "to", "50", "mg/kg/d", "DFP", ",", "with", "some", "to", "75", "mg/kg/d", "DFP", ",", "depending", "on", "iron", "load", "." ] } ]
PMC11240448
Accordingly, we built two normal vectors, (i) from BC states to cell states from normal breast tissues and (ii) from luminal BC to basal BC.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Accordingly", ",", "we", "built", "two", "normal", "vectors", ",", "(", "i", ")", "from", "BC", "states", "to", "cell", "states", "from", "normal", "breast", "tissues", "and", "(", "ii", ")", "from", "luminal", "BC", "to", "basal", "BC", "." ] } ]
PMC11400680
However, it distinguishes itself from existing methods in the literature through two main contributions: (I) first we apply the most recent state-of-the-art object detection model, You Only Look at Once version 9 (YOLOv9), for the generation of bounding box prompts for SAM. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "it", "distinguishes", "itself", "from", "existing", "methods", "in", "the", "literature", "through", "two", "main", "contributions", ":", "(", "I", ")", "first", "we", "apply", "the", "most", "recent", "state-of-the-art", "object", "detection", "model", ",", "You", "Only", "Look", "at", "Once", "version", "9", "(", "YOLOv9", ")", ",", "for", "the", "generation", "of", "bounding", "box", "prompts", "for", "SAM", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
N. Estrada, B. Xicoy, M. Cabezón, S. Marcé, A. Senin, A. Angona, E. Alonso, M. Ratia, M. E. Plensa, J. Buch, X. Ortín, L. Zamora Myeloid Neoplasms, Josep Carreras Leukaemia Research Institute; Germans Trias i Pujol Health Science Research Institute (IGTP); Institut Català d’Oncologia (ICO)-Hospital Germans Trias i Pujol, Josep Carreras Leukaemia Research Institute, Badalona, Barcelona; Institut Català d’Oncologia - Hospital Duran i Reynals, Hospitalet de Llobregat; Institut Català d’Oncologia - Hospital Universitari Doctor Josep Trueta, Girona; Hospital de Mataró, Mataró; Hospital de Calella and Institut Català d’Oncologia-Girona, Girona; Hospital de Tortosa Verge de la Cinta, Tortosa, Spain Background: Approximately one third of chronic myeloid leukemia (CML) patients treated with tyrosine kinase inhibitors (TKI) fail to achieve optimal response due to resistance.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "N.", "Estrada", ",", "B.", "Xicoy", ",", "M.", "Cabezón", ",", "S.", "Marcé", ",", "A.", "Senin", ",", "A.", "Angona", ",", "E.", "Alonso", ",", "M.", "Ratia", ",", "M.", "E.", "Plensa", ",", "J.", "Buch", ",", "X.", "Ortín", ",", "L.", "Zamora", "Myeloid", "Neoplasms", ",", "Josep", "Carreras", "Leukaemia", "Research", "Institute", ";", "Germans", "Trias", "i", "Pujol", "Health", "Science", "Research", "Institute", "(", "IGTP", ")", ";", "Institut", "Català", "d’Oncologia", "(ICO)-Hospital", "Germans", "Trias", "i", "Pujol", ",", "Josep", "Carreras", "Leukaemia", "Research", "Institute", ",", "Badalona", ",", "Barcelona", ";", "Institut", "Català", "d’Oncologia", "-", "Hospital", "Duran", "i", "Reynals", ",", "Hospitalet", "de", "Llobregat", ";", "Institut", "Català", "d’Oncologia", "-", "Hospital", "Universitari", "Doctor", "Josep", "Trueta", ",", "Girona", ";", "Hospital", "de", "Mataró", ",", "Mataró", ";", "Hospital", "de", "Calella", "and", "Institut", "Català", "d’Oncologia-Girona", ",", "Girona", ";", "Hospital", "de", "Tortosa", "Verge", "de", "la", "Cinta", ",", "Tortosa", ",", "Spain", "Background", ":", "Approximately", "one", "third", "of", "chronic", "myeloid", "leukemia", "(", "CML", ")", "patients", "treated", "with", "tyrosine", "kinase", "inhibitors", "(", "TKI", ")", "fail", "to", "achieve", "optimal", "response", "due", "to", "resistance", "." ] } ]
PMC9024365
Synapse differentiation-induced gene 4 cluster size increases when colocalized with GluA2. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Synapse", "differentiation-induced", "gene", "4", "cluster", "size", "increases", "when", "colocalized", "with", "GluA2", ".", "(" ] } ]
PMC11555465
However, these treatments frequently result in problems and undesirable effects, such as postoperative infection, impaired urination and weakened immune system (5).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "these", "treatments", "frequently", "result", "in", "problems", "and", "undesirable", "effects", ",", "such", "as", "postoperative", "infection", ",", "impaired", "urination", "and", "weakened", "immune", "system", "(", "5", ")", "." ] } ]
PMC8526701
Our findings indicated that SYO1 cells were more sensitive to BRD9 inhibition than GIST cell lines (Fig. S1A and B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "findings", "indicated", "that", "SYO1", "cells", "were", "more", "sensitive", "to", "BRD9", "inhibition", "than", "GIST", "cell", "lines", "(", "Fig.", "S1A", "and", "B", ")", "." ] } ]
PMC11806613
Left, image of isolated tumors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Left", ",", "image", "of", "isolated", "tumors", "." ] } ]
PMC9429973
G. Sharvit, D. Schwartz, G. Heering, A. Shulman, A. Avigdor, G. Rahav, A. Toren, A. Nagler, J. Canaani Sheba Medical Center, Givatayim, Israel Background: The clinical yield and benefit of performing bone marrow cultures for various clinical indications has been challenged and their clinical necessity remains debatable.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "G.", "Sharvit", ",", "D.", "Schwartz", ",", "G.", "Heering", ",", "A.", "Shulman", ",", "A.", "Avigdor", ",", "G.", "Rahav", ",", "A.", "Toren", ",", "A.", "Nagler", ",", "J.", "Canaani", "Sheba", "Medical", "Center", ",", "Givatayim", ",", "Israel", "Background", ":", "The", "clinical", "yield", "and", "benefit", "of", "performing", "bone", "marrow", "cultures", "for", "various", "clinical", "indications", "has", "been", "challenged", "and", "their", "clinical", "necessity", "remains", "debatable", "." ] } ]
PMC11194678
High-throughput studies have revealed different classes of STAU1-binding sites (SBS) located in double-stranded regions (Laver et al., 2013; Ricci et al., 2014; Sugimoto et al., 2015).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "High-throughput", "studies", "have", "revealed", "different", "classes", "of", "STAU1-binding", "sites", "(", "SBS", ")", "located", "in", "double-stranded", "regions", "(", "Laver", "et", "al.", ",", "2013", ";", "Ricci", "et", "al.", ",", "2014", ";", "Sugimoto", "et", "al.", ",", "2015", ")", "." ] } ]
PMC11638255
The formalin-fixed paraffin-embedded TMA block was sectioned at 4 µm and transferred to a Bond Plus slide (Leica Biosystems, USA; #S21.2113.A) and were processed by the NanoString GeoMx DSP Technology Access Program.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "formalin-fixed", "paraffin-embedded", "TMA", "block", "was", "sectioned", "at", "4", "µm", "and", "transferred", "to", "a", "Bond", "Plus", "slide", "(", "Leica", "Biosystems", ",", "USA", ";", "#", "S21.2113.A", ")", "and", "were", "processed", "by", "the", "NanoString", "GeoMx", "DSP", "Technology", "Access", "Program", "." ] } ]
PMC11795610
The effect of myricetin on cell morphology during Ca induced differentiation. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "effect", "of", "myricetin", "on", "cell", "morphology", "during", "Ca", "induced", "differentiation", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
In particular, acute GVHD of the gastrointestinal tract (GI GVHD) is associated with a high mortality rate and treatment options are limited.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "particular", ",", "acute", "GVHD", "of", "the", "gastrointestinal", "tract", "(", "GI", "GVHD", ")", "is", "associated", "with", "a", "high", "mortality", "rate", "and", "treatment", "options", "are", "limited", "." ] } ]
PMC11063646
The samples were collected, appropriately diluted, and examined by a UV–visible spectrophotometer at 225 nm (Sooksai et al., 2019).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "samples", "were", "collected", ",", "appropriately", "diluted", ",", "and", "examined", "by", "a", "UV", "–", "visible", "spectrophotometer", "at", "225", "nm", "(", "Sooksai", "et", "al.", ",", "2019", ")", "." ] } ]
PMC10734950
This red/green fluorescence serves as a dependable indicator of mitochondrial integrity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "red/green", "fluorescence", "serves", "as", "a", "dependable", "indicator", "of", "mitochondrial", "integrity", "." ] } ]
PMC4839679
Finally, the percentage of cells with cortical F-actin in the two groups was determined and Fisher’s Exact Test was performed to evaluate the significance Caki2+Vector and Caki2+PBRM1 cells were grown to 90% confluence in a 6 well plate.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Finally", ",", "the", "percentage", "of", "cells", "with", "cortical", "F-actin", "in", "the", "two", "groups", "was", "determined", "and", "Fisher", "’s", "Exact", "Test", "was", "performed", "to", "evaluate", "the", "significance", "Caki2+Vector", "and", "Caki2+PBRM1", "cells", "were", "grown", "to", "90", "%", "confluence", "in", "a", "6", "well", "plate", "." ] } ]
PMC9429973
Aims: Aim of our study was to compare efficacy and toxicity of different treatment regimens in patients with DLBCL from high-risk group.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "Aim", "of", "our", "study", "was", "to", "compare", "efficacy", "and", "toxicity", "of", "different", "treatment", "regimens", "in", "patients", "with", "DLBCL", "from", "high-risk", "group", "." ] } ]
PMC9429973
After disease progression (PD) after Sd treatment, 4 pts received CD38 antibody based regimen, 4 pts received pomalidomide based regimen, 4 pts had cytotoxic therapy, 1 pt received 2 CAR-T therapy, and 2 pts had no chance to receive any treatment due to death after rapid PD.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "disease", "progression", "(", "PD", ")", "after", "Sd", "treatment", ",", "4", "pts", "received", "CD38", "antibody", "based", "regimen", ",", "4", "pts", "received", "pomalidomide", "based", "regimen", ",", "4", "pts", "had", "cytotoxic", "therapy", ",", "1", "pt", "received", "2", "CAR-T", "therapy", ",", "and", "2", "pts", "had", "no", "chance", "to", "receive", "any", "treatment", "due", "to", "death", "after", "rapid", "PD", "." ] } ]
PMC11489351
These data show that transient changes in pHi (24 h) can trigger global transcriptional changes in MCF10A cells and that a subset of the transcriptome is differentially regulated by pHi.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "data", "show", "that", "transient", "changes", "in", "pHi", "(", "24", "h", ")", "can", "trigger", "global", "transcriptional", "changes", "in", "MCF10A", "cells", "and", "that", "a", "subset", "of", "the", "transcriptome", "is", "differentially", "regulated", "by", "pHi", "." ] } ]
PMC9429973
Image: Summary/Conclusion: We have established a nonlinear model that yields improved risk assessment compared to IPSS-R criteria.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Image", ":", "Summary/Conclusion", ":", "We", "have", "established", "a", "nonlinear", "model", "that", "yields", "improved", "risk", "assessment", "compared", "to", "IPSS-R", "criteria", "." ] } ]
PMC11295144
Whole cell recordings of IPSCs in co-culture of HEK293 cells and embryonic medium spiny neurons.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Whole", "cell", "recordings", "of", "IPSCs", "in", "co-culture", "of", "HEK293", "cells", "and", "embryonic", "medium", "spiny", "neurons", "." ] } ]
PMC7090062
However, the inevitable development of resistance to imatinib (IM) cannot be fully attributed to secondary driver gene mutations.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "the", "inevitable", "development", "of", "resistance", "to", "imatinib", "(", "IM", ")", "can", "not", "be", "fully", "attributed", "to", "secondary", "driver", "gene", "mutations", "." ] } ]
PMC9429973
Evidence suggests that targeting BMP-SMAD to reduce hepcidin may ameliorate anemia in AI.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Evidence", "suggests", "that", "targeting", "BMP-SMAD", "to", "reduce", "hepcidin", "may", "ameliorate", "anemia", "in", "AI", "." ] } ]
PMC6742971
Average ± standard deviation of three independent assays.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Average", "±", "standard", "deviation", "of", "three", "independent", "assays", "." ] } ]
PMC9503541
The bioactive compounds from A. muricata leaves were extracted and purified using sequential solvent extraction and column chromatography.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "bioactive", "compounds", "from", "A.", "muricata", "leaves", "were", "extracted", "and", "purified", "using", "sequential", "solvent", "extraction", "and", "column", "chromatography", "." ] } ]
PMC9318744
To measure levels of ACE2 and TMPRSS2 mRNA expression, RT-qPCR was performed on cell lysates collected from ACE2plus, ACE2plusC3, parental A549, Calu-3, and two commercial cell lines—A549-hACE2 (“IVG-A”, lot 42-01) and A549-hACE2-TMPRSS2 (“IVG-AT”, lot 42-02) (Figure 3A,D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "measure", "levels", "of", "ACE2", "and", "TMPRSS2", "mRNA", "expression", ",", "RT-qPCR", "was", "performed", "on", "cell", "lysates", "collected", "from", "ACE2plus", ",", "ACE2plusC3", ",", "parental", "A549", ",", "Calu-3", ",", "and", "two", "commercial", "cell", "lines", "—", "A549-hACE2", "(", "“", "IVG-A", "”", ",", "lot", "42", "-", "01", ")", "and", "A549-hACE2-TMPRSS2", "(", "“", "IVG-AT", "”", ",", "lot", "42", "-", "02", ")", "(", "Figure", "3A", ",", "D", ")", "." ] } ]
PMC10565698
C. Sanger sequencing to detect the cyclization sites of circUSP10.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C.", "Sanger", "sequencing", "to", "detect", "the", "cyclization", "sites", "of", "circUSP10", "." ] } ]
PMC11788920
The gRNA-4 targets the NTS and does not overlap with the PQS, hence should not significantly impact the GQ stability.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "gRNA-4", "targets", "the", "NTS", "and", "does", "not", "overlap", "with", "the", "PQS", ",", "hence", "should", "not", "significantly", "impact", "the", "GQ", "stability", "." ] } ]
PMC11718109
EM images of striatal agarose blocks immunogold-labeled (dark particles) with synaptophysin (D), HA-VMAT2 (E) and synapsin (F).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "EM", "images", "of", "striatal", "agarose", "blocks", "immunogold-labeled", "(", "dark", "particles", ")", "with", "synaptophysin", "(", "D", ")", ",", "HA-VMAT2", "(", "E", ")", "and", "synapsin", "(", "F", ")", "." ] } ]
PMC11721587
WB analysis of Fu and Ci phosphorylation (top) and qRT-PCR analysis of ptc mRNA (bottom) in Fu-depleted Cl8 cells stably expressing the indicated Fu constructs. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "WB", "analysis", "of", "Fu", "and", "Ci", "phosphorylation", "(", "top", ")", "and", "qRT-PCR", "analysis", "of", "ptc", "mRNA", "(", "bottom", ")", "in", "Fu-depleted", "Cl8", "cells", "stably", "expressing", "the", "indicated", "Fu", "constructs", ".", "(" ] } ]
PMC11719944
Currently, there is insufficient information regarding the connection between PRL and T1D.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Currently", ",", "there", "is", "insufficient", "information", "regarding", "the", "connection", "between", "PRL", "and", "T1D", "." ] } ]
PMC7039683
Such tests include quantification of a SNP’s effects on enhancer activity, either by reporter assays in vitro, or more powerfully, through genome engineering of an appropriate cell line to render the SNP homozygous for then risk or non-risk allele and then quantification of RNA levels for the proximal risk-relevant gene.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Such", "tests", "include", "quantification", "of", "a", "SNP", "’s", "effects", "on", "enhancer", "activity", ",", "either", "by", "reporter", "assays", "in", "vitro", ",", "or", "more", "powerfully", ",", "through", "genome", "engineering", "of", "an", "appropriate", "cell", "line", "to", "render", "the", "SNP", "homozygous", "for", "then", "risk", "or", "non-risk", "allele", "and", "then", "quantification", "of", "RNA", "levels", "for", "the", "proximal", "risk-relevant", "gene", "." ] } ]
PMC11411131
Third, we investigated the coexpression of an exogenous SECIS binding protein, SBP2, an essential factor for Sec translation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Third", ",", "we", "investigated", "the", "coexpression", "of", "an", "exogenous", "SECIS", "binding", "protein", ",", "SBP2", ",", "an", "essential", "factor", "for", "Sec", "translation", "." ] } ]
PMC8526701
D Indicated cell lines were transfected with siRNA against BRD9 for 24 h. Cleaved PARP and caspase 3 level were analyzed by western blotting.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "D", "Indicated", "cell", "lines", "were", "transfected", "with", "siRNA", "against", "BRD9", "for", "24", "h.", "Cleaved", "PARP", "and", "caspase", "3", "level", "were", "analyzed", "by", "western", "blotting", "." ] } ]
PMC11577421
This model system provided a well-controlled setup with defined size, uniformity, and surface properties.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "model", "system", "provided", "a", "well-controlled", "setup", "with", "defined", "size", ",", "uniformity", ",", "and", "surface", "properties", "." ] } ]
PMC11686380
This caseCase 1Case 2Case 3Case 4*Case 5*Case 6Variant or CNVc.436G > A, p.(E146K)Deletion 116.9–118.0 MbDeletion 116.5–118.6 MbDeletion 112.7–120.2 MbDuplication 115.4–118.2 Mbc.629-3C > TInheritanceNA (father sample NA)NAFather (delayed psychomotor development)NA (father sample NA)Father (learning disability)NABirth weight, length− 2.9SD, − 2.7SDNANormal,normalNormal, > 85thNormal, > 85th > 85th, > 85thNAHypotonia−NA + + ––NAMotor and neuronal−NAClumsy,motor incoordinationNAMotor neuronal disease, paraparesis,spastic with upper and lower motor neuron signsIDModerate ID, agitation, irritabilityDevelopmental delay(NA in detail)-, behavioral immaturity, attention deficitMild IDModerate ID, aggressive behaviorMild ID, aggressive behavior, ADHDNABrain MRI−NANAPartial ACC−−NAEpilepsy−NA + + − + NACardiac−NA−−Dysplastic MVNARenal−NASmall left kidney−−−NASkeletal + (See the text)NALeft–right difference in legs,flat feetClinodactly,flat arch of the feet, scoliosisFlat arch of the feetFlat arch of the feet, genu valgumNAGenesGAP43LSAMP, GAP43LSAMP, GAP4337 genesZBTB20, LSAMP, GAP43GAP43ReferenceMolin et al(Case 14)Gimeli et alVuillaume et alVuillaume et alMonies et al*: sibling, CNV copy number variation, NA not available, ID intellectual disability, ADHD attention-deficit hyperactivity disorder, ACC agenesis of the corpus callosum, MV mitral valve.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "caseCase", "1Case", "2Case", "3Case", "4*Case", "5*Case", "6Variant", "or", "CNVc.436", "G", ">", "A", ",", "p.(E146K)Deletion", "116.9–118.0", "MbDeletion", "116.5–118.6", "MbDeletion", "112.7–120.2", "MbDuplication", "115.4–118.2", "Mbc.629", "-", "3C", ">", "TInheritanceNA", "(", "father", "sample", "NA)NAFather", "(", "delayed", "psychomotor", "development)NA", "(", "father", "sample", "NA)Father", "(", "learning", "disability)NABirth", "weight", ",", "length−", "2.9SD", ",", "−", "2.7SDNANormal", ",", "normalNormal", ",", ">", "85thNormal", ",", ">", "85th", ">", "85th", ",", ">", "85thNAHypotonia−NA", "+", "+", "––NAMotor", "and", "neuronal−NAClumsy", ",", "motor", "incoordinationNAMotor", "neuronal", "disease", ",", "paraparesis", ",", "spastic", "with", "upper", "and", "lower", "motor", "neuron", "signsIDModerate", "ID", ",", "agitation", ",", "irritabilityDevelopmental", "delay(NA", "in", "detail)-", ",", "behavioral", "immaturity", ",", "attention", "deficitMild", "IDModerate", "ID", ",", "aggressive", "behaviorMild", "ID", ",", "aggressive", "behavior", ",", "ADHDNABrain", "MRI−NANAPartial", "ACC−−NAEpilepsy−NA", "+", "+", "−", "+", "NACardiac−NA−−Dysplastic", "MVNARenal−NASmall", "left", "kidney−−−NASkeletal", "+", "(", "See", "the", "text)NALeft", "–", "right", "difference", "in", "legs", ",", "flat", "feetClinodactly", ",", "flat", "arch", "of", "the", "feet", ",", "scoliosisFlat", "arch", "of", "the", "feetFlat", "arch", "of", "the", "feet", ",", "genu", "valgumNAGenesGAP43LSAMP", ",", "GAP43LSAMP", ",", "GAP4337", "genesZBTB20", ",", "LSAMP", ",", "GAP43GAP43ReferenceMolin", "et", "al(Case", "14)Gimeli", "et", "alVuillaume", "et", "alVuillaume", "et", "alMonies", "et", "al", "*", ":", "sibling", ",", "CNV", "copy", "number", "variation", ",", "NA", "not", "available", ",", "ID", "intellectual", "disability", ",", "ADHD", "attention-deficit", "hyperactivity", "disorder", ",", "ACC", "agenesis", "of", "the", "corpus", "callosum", ",", "MV", "mitral", "valve", "." ] } ]
PMC9503541
The mascot generic format (mgf) file and the aligned mass feature table that was initially exported from MS-DIAL were subsequently uploaded to GNPS (Global Natural Products Social Molecular Networking) for further analysis .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "mascot", "generic", "format", "(", "mgf", ")", "file", "and", "the", "aligned", "mass", "feature", "table", "that", "was", "initially", "exported", "from", "MS-DIAL", "were", "subsequently", "uploaded", "to", "GNPS", "(", "Global", "Natural", "Products", "Social", "Molecular", "Networking", ")", "for", "further", "analysis", "." ] } ]
PMC11310713
The HRT is a treatment for compensating their hormones such as estrogen and progesterone.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "HRT", "is", "a", "treatment", "for", "compensating", "their", "hormones", "such", "as", "estrogen", "and", "progesterone", "." ] } ]
PMC11206502
The results of the alamar blue assay revealed BC cell growth inhibition of 47.16% at a 0.05 mg/mL HB concentration.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "results", "of", "the", "alamar", "blue", "assay", "revealed", "BC", "cell", "growth", "inhibition", "of", "47.16", "%", "at", "a", "0.05", "mg/mL", "HB", "concentration", "." ] } ]
PMC11802855
Moreover, the mm03 subgroup demonstrated the most significant correlation with both pathways (Fig. 2J).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "the", "mm03", "subgroup", "demonstrated", "the", "most", "significant", "correlation", "with", "both", "pathways", "(", "Fig.", "2J", ")", "." ] } ]
PMC11680562
The stability study of PXFCu6 gel over three months at 4 °C and 25 °C showed optimal stability at 4 °C, maintaining viscosity, pH, and drug release.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "stability", "study", "of", "PXFCu6", "gel", "over", "three", "months", "at", "4", "°", "C", "and", "25", "°", "C", "showed", "optimal", "stability", "at", "4", "°", "C", ",", "maintaining", "viscosity", ",", "pH", ",", "and", "drug", "release", "." ] } ]
PMC6182045
The panel included rgp120s of diverse geographical origins such as Sub-Saharan Africa, China and India (17), as well as the TV1-rgp120 and 1086-rgp140 sequences similar to those currently being tested in RV144 follow-up studies in South Africa (HVTN702) (28).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "panel", "included", "rgp120s", "of", "diverse", "geographical", "origins", "such", "as", "Sub-Saharan", "Africa", ",", "China", "and", "India", "(", "17", ")", ",", "as", "well", "as", "the", "TV1-rgp120", "and", "1086-rgp140", "sequences", "similar", "to", "those", "currently", "being", "tested", "in", "RV144", "follow-up", "studies", "in", "South", "Africa", "(", "HVTN702", ")", "(", "28", ")", "." ] } ]
PMC11788920
On the other hand, targeting the NTS in the vicinity of PQS might stabilize GQ as it diminishes the competition with Watson–Crick pairing with the complementary strand.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "On", "the", "other", "hand", ",", "targeting", "the", "NTS", "in", "the", "vicinity", "of", "PQS", "might", "stabilize", "GQ", "as", "it", "diminishes", "the", "competition", "with", "Watson", "–", "Crick", "pairing", "with", "the", "complementary", "strand", "." ] } ]
PMC6684588
The glycine eluate was neutralized before being loaded over a Q Sepharose Fast Flow anion-exchange column (GE Healthcare, Boston, MA), followed by wash and elution steps with an intermediate NaCl concentration.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "glycine", "eluate", "was", "neutralized", "before", "being", "loaded", "over", "a", "Q", "Sepharose", "Fast", "Flow", "anion-exchange", "column", "(", "GE", "Healthcare", ",", "Boston", ",", "MA", ")", ",", "followed", "by", "wash", "and", "elution", "steps", "with", "an", "intermediate", "NaCl", "concentration", "." ] } ]
PMC11476264
FBXO11 expression was not significantly correlated with the ages of the patients, sex, radiation therapy, or smoking history.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "FBXO11", "expression", "was", "not", "significantly", "correlated", "with", "the", "ages", "of", "the", "patients", ",", "sex", ",", "radiation", "therapy", ",", "or", "smoking", "history", "." ] } ]
PMC11786704
This pathway plays a crucial role in inflammation, and its activation leads to the release of pro-inflammatory cytokines that prolong the inflammatory phase .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "pathway", "plays", "a", "crucial", "role", "in", "inflammation", ",", "and", "its", "activation", "leads", "to", "the", "release", "of", "pro-inflammatory", "cytokines", "that", "prolong", "the", "inflammatory", "phase", "." ] } ]
PMC11794588
Thus, this study consisted of isolating β-amyrin, cedryl acetate, lupeol, and 2-pentadecanone, 6,10,14-trimethyl from Cestrum aurantiacum to determine the anti-tumor activity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "this", "study", "consisted", "of", "isolating", "β-amyrin", ",", "cedryl", "acetate", ",", "lupeol", ",", "and", "2-pentadecanone", ",", "6,10,14-trimethyl", "from", "Cestrum", "aurantiacum", "to", "determine", "the", "anti-tumor", "activity", "." ] } ]
PMC9429973
.
[ { "tags": [ "O" ], "tokens": [ "." ] } ]
PMC9688728
For each time point, 5 × 10 cells were harvested in two biological replicates.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "each", "time", "point", ",", "5", "×", "10", "cells", "were", "harvested", "in", "two", "biological", "replicates", "." ] } ]
PMC10968586
A stronger action was exerted on follicular thyroid cancer cell line WRO, whose cell viability was reduced even at lower doses of HT after 24 h (162 μM) and 48 h (65 μM) treatment .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "stronger", "action", "was", "exerted", "on", "follicular", "thyroid", "cancer", "cell", "line", "WRO", ",", "whose", "cell", "viability", "was", "reduced", "even", "at", "lower", "doses", "of", "HT", "after", "24", "h", "(", "162", "μM", ")", "and", "48", "h", "(", "65", "μM", ")", "treatment", "." ] } ]
PMC11574271
In summary, the results above demonstrate that by specific interaction with RON, hsa-miR-659-3p downregulates RON expression, which ultimately attenuates RON-mediated bladder cancer cell migration and invasion.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "summary", ",", "the", "results", "above", "demonstrate", "that", "by", "specific", "interaction", "with", "RON", ",", "hsa-miR-659", "-", "3p", "downregulates", "RON", "expression", ",", "which", "ultimately", "attenuates", "RON-mediated", "bladder", "cancer", "cell", "migration", "and", "invasion", "." ] } ]
PMC11742047
Cell apoptosis and necrosis were determined in HL-60 and K-562 cell lines after exposure to the IC20 of CBD obtained after 24 h of incubation, corresponding to 10 and 23 µM, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "apoptosis", "and", "necrosis", "were", "determined", "in", "HL-60", "and", "K-562", "cell", "lines", "after", "exposure", "to", "the", "IC20", "of", "CBD", "obtained", "after", "24", "h", "of", "incubation", ",", "corresponding", "to", "10", "and", "23", "µM", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC11747949
Interestingly, CXCR1 expression increased similarly in normoxia when 143B cells were grown in transwell (Figure 2F).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interestingly", ",", "CXCR1", "expression", "increased", "similarly", "in", "normoxia", "when", "143B", "cells", "were", "grown", "in", "transwell", "(", "Figure", "2F", ")", "." ] } ]
PMC11637276
Data are presented as the normalised mean ± SD; N = 3 independent replicates. ****
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "are", "presented", "as", "the", "normalised", "mean", "±", "SD", ";", "N", "=", "3", "independent", "replicates", ".", "*", "*", "*", "*" ] } ]
PMC10958426
To keep the number of genes with low CNV-expression correlation similar to that with high CNV-expression correlation, we set logfc.threshold = log2(1.5) for the genes with high CNV-expression correlation and logfc.threshold = log2(1.8) for the genes with low CNV-expression correlation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "keep", "the", "number", "of", "genes", "with", "low", "CNV-expression", "correlation", "similar", "to", "that", "with", "high", "CNV-expression", "correlation", ",", "we", "set", "logfc.threshold", "=", "log2(1.5", ")", "for", "the", "genes", "with", "high", "CNV-expression", "correlation", "and", "logfc.threshold", "=", "log2(1.8", ")", "for", "the", "genes", "with", "low", "CNV-expression", "correlation", "." ] } ]
PMC11589157
Genes with TE insertions were identified and removed by TEsorter (v.1.4.6), followed by further filtering with AGAT (v.1.2.0) to eliminate incomplete genes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Genes", "with", "TE", "insertions", "were", "identified", "and", "removed", "by", "TEsorter", "(", "v.1.4.6", ")", ",", "followed", "by", "further", "filtering", "with", "AGAT", "(", "v.1.2.0", ")", "to", "eliminate", "incomplete", "genes", "." ] } ]
PMC11095939
The early acute reduction of Mecp2 in hepatocytes during liver regeneration, mainly in nuclei, was further validated by immunofluorescence (IF) staining (Figure 1C) and immunohistochemistry (IHC) (Figure 1D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "early", "acute", "reduction", "of", "Mecp2", "in", "hepatocytes", "during", "liver", "regeneration", ",", "mainly", "in", "nuclei", ",", "was", "further", "validated", "by", "immunofluorescence", "(", "IF", ")", "staining", "(", "Figure", "1C", ")", "and", "immunohistochemistry", "(", "IHC", ")", "(", "Figure", "1D", ")", "." ] } ]
PMC11269792
After actinomycin D treatment, circAPP had a longer half-life than linear APP mRNA (Fig. 1E).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "actinomycin", "D", "treatment", ",", "circAPP", "had", "a", "longer", "half-life", "than", "linear", "APP", "mRNA", "(", "Fig.", "1E", ")", "." ] } ]
PMC11541241
StPR1 changed the AMPK‐mediated phosphorylation to downstream target proteins, for instance, the acetyl‐CoA carboxylase (ACC) protein, and the inhibited AMPK activity repressed the vegetative development and pathogenicity of P. infestans.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "StPR1", "changed", "the", "AMPK‐mediated", "phosphorylation", "to", "downstream", "target", "proteins", ",", "for", "instance", ",", "the", "acetyl‐CoA", "carboxylase", "(", "ACC", ")", "protein", ",", "and", "the", "inhibited", "AMPK", "activity", "repressed", "the", "vegetative", "development", "and", "pathogenicity", "of", "P.", "infestans", "." ] } ]
PMC9516447
The cells were transfected with control siRNA (siCtrl) or siRNA targeting GRP78 (si78) for 48 hr.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cells", "were", "transfected", "with", "control", "siRNA", "(", "siCtrl", ")", "or", "siRNA", "targeting", "GRP78", "(", "si78", ")", "for", "48", "hr", "." ] } ]
PMC9429973
4 pts relapsed from BCMA CAR-T therapy had responses with 1 sCR, 2 VGPR, 1 PR.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "4", "pts", "relapsed", "from", "BCMA", "CAR-T", "therapy", "had", "responses", "with", "1", "sCR", ",", "2", "VGPR", ",", "1", "PR", "." ] } ]
PMC11705630
Puromycin containing fresh media was added every 3-4 days until colonies became visible.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Puromycin", "containing", "fresh", "media", "was", "added", "every", "3", "-", "4", "days", "until", "colonies", "became", "visible", "." ] } ]
PMC8956657
n = 3 biologically independent experiments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "n", "=", "3", "biologically", "independent", "experiments", "." ] } ]
PMC9688728
These and other projects emphasize the importance of developing some standards in the metabolomic community that consider the variability of omics data obtained during the long-term cultivation of a cell line.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "and", "other", "projects", "emphasize", "the", "importance", "of", "developing", "some", "standards", "in", "the", "metabolomic", "community", "that", "consider", "the", "variability", "of", "omics", "data", "obtained", "during", "the", "long-term", "cultivation", "of", "a", "cell", "line", "." ] } ]
PMC11286266
The samples were also blotted for actin (loading control).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "samples", "were", "also", "blotted", "for", "actin", "(", "loading", "control", ")", "." ] } ]
PMC11792740
-Enhanced efficacy through multiple mechanisms. -
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "-Enhanced", "efficacy", "through", "multiple", "mechanisms", ".", "-" ] } ]
PMC8873393
G MRC5_VA cells were synchronized at G1/S phase prior to 10 J/m UV-C exposure, thymidine was withdrawn and cells were cultured in fresh medium.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "G", "MRC5_VA", "cells", "were", "synchronized", "at", "G1/S", "phase", "prior", "to", "10", "J/m", "UV-C", "exposure", ",", "thymidine", "was", "withdrawn", "and", "cells", "were", "cultured", "in", "fresh", "medium", "." ] } ]
PMC11247842
Recently, GWAS/QTL mapping studies have adopted whole genome sequence (WGS) level markers , which could facilitate the fine mapping of QTL regions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Recently", ",", "GWAS/QTL", "mapping", "studies", "have", "adopted", "whole", "genome", "sequence", "(", "WGS", ")", "level", "markers", ",", "which", "could", "facilitate", "the", "fine", "mapping", "of", "QTL", "regions", "." ] } ]
PMC10968586
As determined in HepG2 cells, OLE effects on cell viability are linked to apoptosis induction, mediated by an increase in Bax and cleaved (i.e., activated) caspase-9, caspase-8, caspase-3, and PARP-1 levels, and a decrease in phospho-Akt and Bcl-2 protein levels.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "determined", "in", "HepG2", "cells", ",", "OLE", "effects", "on", "cell", "viability", "are", "linked", "to", "apoptosis", "induction", ",", "mediated", "by", "an", "increase", "in", "Bax", "and", "cleaved", "(", "i.e.", ",", "activated", ")", "caspase-9", ",", "caspase-8", ",", "caspase-3", ",", "and", "PARP-1", "levels", ",", "and", "a", "decrease", "in", "phospho-Akt", "and", "Bcl-2", "protein", "levels", "." ] } ]
PMC9429973
Each co-variate was assigned 1 point in the predictive scoring system for MMR except WBC ≥ 130 ×10E+9/L and ELTS high-risk assigned 2 points.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Each", "co-variate", "was", "assigned", "1", "point", "in", "the", "predictive", "scoring", "system", "for", "MMR", "except", "WBC", "≥", "130", "×10E+9/L", "and", "ELTS", "high-risk", "assigned", "2", "points", "." ] } ]
PMC11496728
After 48 h of transfection, each cell was expanded to a six-well-plate suspension culture to detect transient expression results.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "48", "h", "of", "transfection", ",", "each", "cell", "was", "expanded", "to", "a", "six-well-plate", "suspension", "culture", "to", "detect", "transient", "expression", "results", "." ] } ]
PMC11802929
From this cohort, we selected 62 HLA-A*02:01 participants representing a range of COVID-19 disease severities (Fig. 1a) with longitudinal reference datasets available at acute (diagnosis and approximately 1-week post-diagnosis), and post-acute (2-3 months post-diagnosis) timepoints (Supplementary Data 1).Fig.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "From", "this", "cohort", ",", "we", "selected", "62", "HLA-A*02:01", "participants", "representing", "a", "range", "of", "COVID-19", "disease", "severities", "(", "Fig.", "1a", ")", "with", "longitudinal", "reference", "datasets", "available", "at", "acute", "(", "diagnosis", "and", "approximately", "1-week", "post-diagnosis", ")", ",", "and", "post-acute", "(", "2", "-", "3", "months", "post-diagnosis", ")", "timepoints", "(", "Supplementary", "Data", "1).Fig", "." ] } ]
PMC11757131
In the present study, we investigated the effects of 3-HIB on porcine mammary gland epithelial cells proliferation and lipid metabolism.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "present", "study", ",", "we", "investigated", "the", "effects", "of", "3-HIB", "on", "porcine", "mammary", "gland", "epithelial", "cells", "proliferation", "and", "lipid", "metabolism", "." ] } ]
PMC9817179
U2OS cells expressing (A) EGFP-TAF15(IDR), (B) DsRed2-TAF15(IDR), and (C) Halo-TAF15(IDR), ligated with the JFX549 Halo ligand, are imaged using confocal fluorescence microscopy before and after 10 min of fixation with 4% PFA.
[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "U2OS", "cells", "expressing", "(", "A", ")", "EGFP-TAF15(IDR", ")", ",", "(", "B", ")", "DsRed2-TAF15(IDR", ")", ",", "and", "(", "C", ")", "Halo-TAF15(IDR", ")", ",", "ligated", "with", "the", "JFX549", "Halo", "ligand", ",", "are", "imaged", "using", "confocal", "fluorescence", "microscopy", "before", "and", "after", "10", "min", "of", "fixation", "with", "4", "%", "PFA", "." ] } ]
PMC11739504
First, whether Kat2b affects the level of acetylated tubulin was evaluated.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "First", ",", "whether", "Kat2b", "affects", "the", "level", "of", "acetylated", "tubulin", "was", "evaluated", "." ] } ]
PMC11707577
M13 bacteriophage was often employed for the templated synthesis of inorganic nanoparticles. , , , , , , , , , , ,
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "M13", "bacteriophage", "was", "often", "employed", "for", "the", "templated", "synthesis", "of", "inorganic", "nanoparticles", ".", ",", ",", ",", ",", ",", ",", ",", ",", ",", ",", "," ] } ]
PMC9429973
More than half of the patients (56 %) was over 60 years old.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "More", "than", "half", "of", "the", "patients", "(", "56", "%", ")", "was", "over", "60", "years", "old", "." ] } ]
PMC11549062
The primary objective was to calculate the mean square displacement (MSD) for each trajectory and subsequently categorize the particles into either confined or directed movement patterns.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "primary", "objective", "was", "to", "calculate", "the", "mean", "square", "displacement", "(", "MSD", ")", "for", "each", "trajectory", "and", "subsequently", "categorize", "the", "particles", "into", "either", "confined", "or", "directed", "movement", "patterns", "." ] } ]
PMC11188874
E.G7-Ova cells were treated with the HDAC6 inhibitors and stained with an antibody specific for the SIINFEKL–MHC-I complex.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "E.G7-Ova", "cells", "were", "treated", "with", "the", "HDAC6", "inhibitors", "and", "stained", "with", "an", "antibody", "specific", "for", "the", "SIINFEKL", "–", "MHC-I", "complex", "." ] } ]
PMC10747139
The RAED series was first reported in 2001 by Morris et al. , and these compounds are able to coordinate with DNA through the N7 of guanine residues and, when bearing an extended arene ligand such as biphenyl, dihydroanthracene, or tetrahydroanthracene, may concomitantly intercalate in DNA.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "RAED", "series", "was", "first", "reported", "in", "2001", "by", "Morris", "et", "al.", ",", "and", "these", "compounds", "are", "able", "to", "coordinate", "with", "DNA", "through", "the", "N7", "of", "guanine", "residues", "and", ",", "when", "bearing", "an", "extended", "arene", "ligand", "such", "as", "biphenyl", ",", "dihydroanthracene", ",", "or", "tetrahydroanthracene", ",", "may", "concomitantly", "intercalate", "in", "DNA", "." ] } ]
PMC11487720
Cell bubbling occurred when WWOXf COS7 cells were exposed to UV and cold shock at various durations at 4 °C (Fig. 4A; magnification at 100 × and 400 × for Videos S5 and S6, respectively).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "bubbling", "occurred", "when", "WWOXf", "COS7", "cells", "were", "exposed", "to", "UV", "and", "cold", "shock", "at", "various", "durations", "at", "4", "°", "C", "(", "Fig.", "4A", ";", "magnification", "at", "100", "×", "and", "400", "×", "for", "Videos", "S5", "and", "S6", ",", "respectively", ")", "." ] } ]
PMC9817179
Figure 1—figure supplement 1.EGFP-EWS(IDR) can form droplet-like puncta in living cells, which change appearance upon fixation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Figure", "1—figure", "supplement", "1.EGFP-EWS(IDR", ")", "can", "form", "droplet-like", "puncta", "in", "living", "cells", ",", "which", "change", "appearance", "upon", "fixation", "." ] } ]
PMC11621493
Large-sized spots in volcano plots represent lipids with an adjusted P value < 0.05.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Large-sized", "spots", "in", "volcano", "plots", "represent", "lipids", "with", "an", "adjusted", "P", "value", "<", "0.05", "." ] } ]
PMC11248911
The kinetic changes were read for 1 min using ELISA microplate reader in absorbance at wavelength 340 nm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "kinetic", "changes", "were", "read", "for", "1", "min", "using", "ELISA", "microplate", "reader", "in", "absorbance", "at", "wavelength", "340", "nm", "." ] } ]
PMC11634027
D′-F′) Rose plots showing quantification of Dachs polarity in Flp-out clones generated in the genotypes shown in D-F, respectively, based on n=131 cells from seven discs for (D′), n=187 cells from eight discs for (E′) and n=178 cells from six discs for (F′), and with distal at bottom. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "D′-F′", ")", "Rose", "plots", "showing", "quantification", "of", "Dachs", "polarity", "in", "Flp-out", "clones", "generated", "in", "the", "genotypes", "shown", "in", "D-F", ",", "respectively", ",", "based", "on", "n=131", "cells", "from", "seven", "discs", "for", "(", "D′", ")", ",", "n=187", "cells", "from", "eight", "discs", "for", "(", "E′", ")", "and", "n=178", "cells", "from", "six", "discs", "for", "(", "F′", ")", ",", "and", "with", "distal", "at", "bottom", ".", "(" ] } ]
PMC10547921
ADC drugs often encounter problems associated with heterogeneity within tumors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ADC", "drugs", "often", "encounter", "problems", "associated", "with", "heterogeneity", "within", "tumors", "." ] } ]
PMC9429973
Patients MFIs above the respective cutoffs were considered positive for lectin binding.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Patients", "MFIs", "above", "the", "respective", "cutoffs", "were", "considered", "positive", "for", "lectin", "binding", "." ] } ]
PMC11704834
The transcriptional activator STAT3 has been shown to be activated upon acquisition of EGFR-TKI resistance (17,18), while loss of expression of the transcriptional repressor ZNF263 has been observed in EGFR-TKI resistant LUAD cells (19).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "transcriptional", "activator", "STAT3", "has", "been", "shown", "to", "be", "activated", "upon", "acquisition", "of", "EGFR-TKI", "resistance", "(", "17,18", ")", ",", "while", "loss", "of", "expression", "of", "the", "transcriptional", "repressor", "ZNF263", "has", "been", "observed", "in", "EGFR-TKI", "resistant", "LUAD", "cells", "(", "19", ")", "." ] } ]
PMC11515150
Camelidae family.
[ { "tags": [ "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Camelidae", "family", "." ] } ]
PMC11621565
Cytotoxicity significantly increased at 20 µM (60.97 ± 4.8%, p < 0.001) and 40 µM (79.47 ± 9.4%, p < 0.001) compared to the control (36.05 ± 1.1%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cytotoxicity", "significantly", "increased", "at", "20", "µM", "(", "60.97", "±", "4.8", "%", ",", "p", "<", "0.001", ")", "and", "40", "µM", "(", "79.47", "±", "9.4", "%", ",", "p", "<", "0.001", ")", "compared", "to", "the", "control", "(", "36.05", "±", "1.1", "%", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Corticosteroids were the first line therapy with an overall initial response rate of 73%.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Corticosteroids", "were", "the", "first", "line", "therapy", "with", "an", "overall", "initial", "response", "rate", "of", "73", "%", "." ] } ]
PMC11075223
Cimifugin-4'-O-[6''-feruloyl]-β-D-glucopyranoside (288) was a novel compound isolated from the acetone extract of C. foetida.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cimifugin-4'-O-[6''-feruloyl]-β-D-glucopyranoside", "(", "288", ")", "was", "a", "novel", "compound", "isolated", "from", "the", "acetone", "extract", "of", "C.", "foetida", "." ] } ]
PMC11680562
This indicates that the erosion or dissolution of the gel matrix primarily controls the drug release from PXFCu6.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "indicates", "that", "the", "erosion", "or", "dissolution", "of", "the", "gel", "matrix", "primarily", "controls", "the", "drug", "release", "from", "PXFCu6", "." ] } ]
PMC8009078
Receptor site confining the His18, Gln21, Glu23, Asn24, Pro25, Val49, Pro50, Gln51, Tyr52, Ala53, Pro54, Arg55, Gln59, Val65, Gln68, Pro69, Val96, Gly97, Ala98, Ala99, Ala101, Met371, Met372, Leu373, Gln374, Glu376, Gln377, Leu378, Thr447, Lys449, Asn450, Asn451, Ile452, and Trp454 was considered as the active site.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Receptor", "site", "confining", "the", "His18", ",", "Gln21", ",", "Glu23", ",", "Asn24", ",", "Pro25", ",", "Val49", ",", "Pro50", ",", "Gln51", ",", "Tyr52", ",", "Ala53", ",", "Pro54", ",", "Arg55", ",", "Gln59", ",", "Val65", ",", "Gln68", ",", "Pro69", ",", "Val96", ",", "Gly97", ",", "Ala98", ",", "Ala99", ",", "Ala101", ",", "Met371", ",", "Met372", ",", "Leu373", ",", "Gln374", ",", "Glu376", ",", "Gln377", ",", "Leu378", ",", "Thr447", ",", "Lys449", ",", "Asn450", ",", "Asn451", ",", "Ile452", ",", "and", "Trp454", "was", "considered", "as", "the", "active", "site", "." ] } ]
PMC9429973
A recent study led by a group at Johns Hopkins pioneered the use of post-transplant cyclophosphamide (PTCY) in the haploPBSCT setting.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "recent", "study", "led", "by", "a", "group", "at", "Johns", "Hopkins", "pioneered", "the", "use", "of", "post-transplant", "cyclophosphamide", "(", "PTCY", ")", "in", "the", "haploPBSCT", "setting", "." ] } ]
PMC9429973
Interestingly, the combination of Brusatol with the Bcl-2 inhibitor Venetoclax synergistically enhanced the cell killing, both in more (SuDHL4, BL2) and less sensitive (RI-1, U2932) cell lines to Brusatol.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interestingly", ",", "the", "combination", "of", "Brusatol", "with", "the", "Bcl-2", "inhibitor", "Venetoclax", "synergistically", "enhanced", "the", "cell", "killing", ",", "both", "in", "more", "(", "SuDHL4", ",", "BL2", ")", "and", "less", "sensitive", "(", "RI-1", ",", "U2932", ")", "cell", "lines", "to", "Brusatol", "." ] } ]
PMC9019892
The study showed that compared with imatinib and sunitinib, nintedanib was more potent against GIST‐T1 cells (GI50 = 1.7 nm; Fig. 2A), which harbour the Δ560–578 mutation in the juxtamembrane region of KIT.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "study", "showed", "that", "compared", "with", "imatinib", "and", "sunitinib", ",", "nintedanib", "was", "more", "potent", "against", "GIST‐T1", "cells", "(", "GI50", "=", "1.7", "nm", ";", "Fig.", "2A", ")", ",", "which", "harbour", "the", "Δ560–578", "mutation", "in", "the", "juxtamembrane", "region", "of", "KIT", "." ] } ]
PMC11566417
A representative image of the post-selection immortalized MDECs showing typical MDEC morphology is shown in Supplemental Fig. 1c.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "representative", "image", "of", "the", "post-selection", "immortalized", "MDECs", "showing", "typical", "MDEC", "morphology", "is", "shown", "in", "Supplemental", "Fig.", "1c", "." ] } ]
PMC11092382
Among these cytokines, common proinflammatory cytokines, such as TNF-α, IL-6, and IL-1β, predominantly contribute to the progression of inflammation in diseases; conversely, anti-inflammatory cytokines, such as IL-10, IL-4, and transforming growth factor beta (TGF-β), exert opposing effects (Yahfoufi et al., 2018).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Among", "these", "cytokines", ",", "common", "proinflammatory", "cytokines", ",", "such", "as", "TNF-α", ",", "IL-6", ",", "and", "IL-1β", ",", "predominantly", "contribute", "to", "the", "progression", "of", "inflammation", "in", "diseases", ";", "conversely", ",", "anti-inflammatory", "cytokines", ",", "such", "as", "IL-10", ",", "IL-4", ",", "and", "transforming", "growth", "factor", "beta", "(", "TGF-β", ")", ",", "exert", "opposing", "effects", "(", "Yahfoufi", "et", "al.", ",", "2018", ")", "." ] } ]
PMC10538569
Additionally, almost 50% of untransduced iDCs received GPI-scFv X5 from CEMss cells as detected by surface expression of HA tagged GPI-scFv X5 after just 2 hours of co-culture with CEMss GPI-scFv X5 transduced cells, ( Figure 8E ).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "almost", "50", "%", "of", "untransduced", "iDCs", "received", "GPI-scFv", "X5", "from", "CEMss", "cells", "as", "detected", "by", "surface", "expression", "of", "HA", "tagged", "GPI-scFv", "X5", "after", "just", "2", "hours", "of", "co-culture", "with", "CEMss", "GPI-scFv", "X5", "transduced", "cells", ",", "(", "Figure", "8E", ")", "." ] } ]