Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC10877303
Re-docking was performed to ensure accuracy and avoid errors after selecting the top 25 molecules with higher binding affinities (Supplementary File 6; Supplementary Table 2).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Re-docking", "was", "performed", "to", "ensure", "accuracy", "and", "avoid", "errors", "after", "selecting", "the", "top", "25", "molecules", "with", "higher", "binding", "affinities", "(", "Supplementary", "File", "6", ";", "Supplementary", "Table", "2", ")", "." ] } ]
PMC11711127
Current efforts aim to prevent cell death specifically for TILs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Current", "efforts", "aim", "to", "prevent", "cell", "death", "specifically", "for", "TILs", "." ] } ]
PMC9587298
Fig. 1f shows the proposed reaction pathways of quercetin-3-glucoside and quercetin-3-rutinoside.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "1f", "shows", "the", "proposed", "reaction", "pathways", "of", "quercetin-3-glucoside", "and", "quercetin-3-rutinoside", "." ] } ]
PMC11449273
Interestingly, the co-expression of plakoglobin resulted in a significant decrease in S100A4 levels in both H1299-p53-175 and -273 transfectants (Fig 4C), and control H1299-p53-WT cells (Fig 4C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interestingly", ",", "the", "co-expression", "of", "plakoglobin", "resulted", "in", "a", "significant", "decrease", "in", "S100A4", "levels", "in", "both", "H1299-p53", "-", "175", "and", "-273", "transfectants", "(", "Fig", "4C", ")", ",", "and", "control", "H1299-p53-WT", "cells", "(", "Fig", "4C", ")", "." ] } ]
PMC9429973
There is no comparative response data for avapritinib versus best available therapy (BAT) for AdvSM.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "There", "is", "no", "comparative", "response", "data", "for", "avapritinib", "versus", "best", "available", "therapy", "(", "BAT", ")", "for", "AdvSM", "." ] } ]
PMC11185260
Figure 5scL-SMARCB1 nanocomplex improves the survival of mice bearing intracranial BT-12 tumor.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Figure", "5scL-SMARCB1", "nanocomplex", "improves", "the", "survival", "of", "mice", "bearing", "intracranial", "BT-12", "tumor", "." ] } ]
PMC5311252
Peptide spectrum matches found at 1% false discovery rate were used to infer gene identities, which were quantified using the medians of peptide spectrum matches quantification ratios.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Peptide", "spectrum", "matches", "found", "at", "1", "%", "false", "discovery", "rate", "were", "used", "to", "infer", "gene", "identities", ",", "which", "were", "quantified", "using", "the", "medians", "of", "peptide", "spectrum", "matches", "quantification", "ratios", "." ] } ]
PMC11519077
For comparisons involving more than two groups, analysis of variance (ANOVA) was conducted, followed by Tukey's post hoc test to identify specific group differences.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "comparisons", "involving", "more", "than", "two", "groups", ",", "analysis", "of", "variance", "(", "ANOVA", ")", "was", "conducted", ",", "followed", "by", "Tukey", "'s", "post", "hoc", "test", "to", "identify", "specific", "group", "differences", "." ] } ]
PMC9429973
5 patients were treated with ACE inhibitor or b-blocker.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "5", "patients", "were", "treated", "with", "ACE", "inhibitor", "or", "b-blocker", "." ] } ]
PMC10079526
Scale bars represent 10 µm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Scale", "bars", "represent", "10", "µm", "." ] } ]
PMC11587606
The second part is the downregulation of TJ/AJ proteins, namely Occludin, ZO-1 and E-cadherin, as a consequence of RHBDF1-facilitated activation of PKCζ.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "second", "part", "is", "the", "downregulation", "of", "TJ/AJ", "proteins", ",", "namely", "Occludin", ",", "ZO-1", "and", "E-cadherin", ",", "as", "a", "consequence", "of", "RHBDF1-facilitated", "activation", "of", "PKCζ", "." ] } ]
PMC9268183
So far, a total of 26 species have been the focus of different studies to test inhibition of cell growth in cancer cell lines (see Table 2 for details).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "So", "far", ",", "a", "total", "of", "26", "species", "have", "been", "the", "focus", "of", "different", "studies", "to", "test", "inhibition", "of", "cell", "growth", "in", "cancer", "cell", "lines", "(", "see", "Table", "2", "for", "details", ")", "." ] } ]
PMC11680578
In India, ovarian cancer ranks as the third most prevalent cancer among females, with 47,333 new cases diagnosed, accounting for 6.6% of all cancers diagnosed in women.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "India", ",", "ovarian", "cancer", "ranks", "as", "the", "third", "most", "prevalent", "cancer", "among", "females", ",", "with", "47,333", "new", "cases", "diagnosed", ",", "accounting", "for", "6.6", "%", "of", "all", "cancers", "diagnosed", "in", "women", "." ] } ]
PMC2777936
Differentiation was conferred with 4 days of RA (10 μM) treatment or with siRNA transfection to repress the pluripotency associated transcription factor POU5F1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Differentiation", "was", "conferred", "with", "4", "days", "of", "RA", "(", "10", "μM", ")", "treatment", "or", "with", "siRNA", "transfection", "to", "repress", "the", "pluripotency", "associated", "transcription", "factor", "POU5F1", "." ] } ]
PMC11746948
The ubiquitination assay further revealed that 2-BP enhances the ubiquitination of GPX4 (Fig. 3h).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "ubiquitination", "assay", "further", "revealed", "that", "2-BP", "enhances", "the", "ubiquitination", "of", "GPX4", "(", "Fig.", "3h", ")", "." ] } ]
PMC11300085
These data suggest that chemerin might be inclined to regulate biological activities of the more-metastatic OC cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "data", "suggest", "that", "chemerin", "might", "be", "inclined", "to", "regulate", "biological", "activities", "of", "the", "more-metastatic", "OC", "cells", "." ] } ]
PMC11638255
Interestingly, pathways were also enriched for hypoxia and neutrophil degranulation activity, demonstrating an interplay known to occur in inflamed environments and further emphasizing the role of this immune population in the tumor microenvironment (Fig. 3d,e).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interestingly", ",", "pathways", "were", "also", "enriched", "for", "hypoxia", "and", "neutrophil", "degranulation", "activity", ",", "demonstrating", "an", "interplay", "known", "to", "occur", "in", "inflamed", "environments", "and", "further", "emphasizing", "the", "role", "of", "this", "immune", "population", "in", "the", "tumor", "microenvironment", "(", "Fig.", "3d", ",", "e", ")", "." ] } ]
PMC11705862
Cells were lysed in RIPA lysis buffer (150 mM NaCl, 50 mM Tris-HCl, pH 7.5, 1% NP-40, and 0.5% deoxycholate) with addition of protease and phosphatase inhibitors (Thermo Scientific).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "lysed", "in", "RIPA", "lysis", "buffer", "(", "150", "mM", "NaCl", ",", "50", "mM", "Tris-HCl", ",", "pH", "7.5", ",", "1", "%", "NP-40", ",", "and", "0.5", "%", "deoxycholate", ")", "with", "addition", "of", "protease", "and", "phosphatase", "inhibitors", "(", "Thermo", "Scientific", ")", "." ] } ]
PMC11317131
New mutations are incorporated into progeny from phage encoding successful integrase variants due to the presence of the mutation plasmid (MP6) (40) in the host cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "New", "mutations", "are", "incorporated", "into", "progeny", "from", "phage", "encoding", "successful", "integrase", "variants", "due", "to", "the", "presence", "of", "the", "mutation", "plasmid", "(", "MP6", ")", "(", "40", ")", "in", "the", "host", "cells", "." ] } ]
PMC9429973
We assessed the one-month mortality in these patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "assessed", "the", "one-month", "mortality", "in", "these", "patients", "." ] } ]
PMC9429973
The fact that 43% of our patients have EM disease involvement in diagnosis indicates that this feature may be associated with early relapse.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "fact", "that", "43", "%", "of", "our", "patients", "have", "EM", "disease", "involvement", "in", "diagnosis", "indicates", "that", "this", "feature", "may", "be", "associated", "with", "early", "relapse", "." ] } ]
PMC9429973
N. Pemmaraju, B. Cuglievan, J. Lasky, A. Kheradpour, N. Hijiya, A. S. Stein, S. Meshinchi, C. Mullen, E. Angelucci, L. Vinti, T. I. Mughal, A. Pawlowska Department of Leukemia, The University of Texas MD Anderson Cancer Center, Houston; Cure 4 The Kids Foundation, Las Vegas; Department of Pediatric Hematology and Oncology, Loma Linda University Children Hospital, Loma Linda; Division of Pediatric Oncology, Hematology, and Stem Cell Transplantation, Columbia University Irving Medical Center, New York; Department of Hematology and Hematopoietic Cell Transplantation, City of Hope National Medical Center, Duarte; Department of Pediatrics, University of Washington School of Medicine, Seattle; Division of Pediatric Hematology/Oncology, Department of Pediatrics, Golisano Children’s Hospital, University of Rochester, Rochester, United States of America; Hematology and cellular therapy unit, IRCCS Ospedale Policlinico San Martino, Genova; Department of Paediatric Haematology/Oncology, Cell and Gene Therapy, Bambino Gesù Children’s Hospital, IRCCS, Rome, Italy; Division of Hematology-Oncology, Tufts University Medical School, Boston; Stemline Therapeutics Inc, New York; Department of Pediatrics, City of Hope National Medical Center, Duarte, United States of America Background: Blastic plasmacytoid dendritic cell neoplasm (BPDCN) is a rare and aggressive hematologic malignancy derived from plasmacytoid dendritic cell precursors that overexpress CD123, the interleukin-3 receptor alpha.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "N.", "Pemmaraju", ",", "B.", "Cuglievan", ",", "J.", "Lasky", ",", "A.", "Kheradpour", ",", "N.", "Hijiya", ",", "A.", "S.", "Stein", ",", "S.", "Meshinchi", ",", "C.", "Mullen", ",", "E.", "Angelucci", ",", "L.", "Vinti", ",", "T.", "I.", "Mughal", ",", "A.", "Pawlowska", "Department", "of", "Leukemia", ",", "The", "University", "of", "Texas", "MD", "Anderson", "Cancer", "Center", ",", "Houston", ";", "Cure", "4", "The", "Kids", "Foundation", ",", "Las", "Vegas", ";", "Department", "of", "Pediatric", "Hematology", "and", "Oncology", ",", "Loma", "Linda", "University", "Children", "Hospital", ",", "Loma", "Linda", ";", "Division", "of", "Pediatric", "Oncology", ",", "Hematology", ",", "and", "Stem", "Cell", "Transplantation", ",", "Columbia", "University", "Irving", "Medical", "Center", ",", "New", "York", ";", "Department", "of", "Hematology", "and", "Hematopoietic", "Cell", "Transplantation", ",", "City", "of", "Hope", "National", "Medical", "Center", ",", "Duarte", ";", "Department", "of", "Pediatrics", ",", "University", "of", "Washington", "School", "of", "Medicine", ",", "Seattle", ";", "Division", "of", "Pediatric", "Hematology/Oncology", ",", "Department", "of", "Pediatrics", ",", "Golisano", "Children", "’s", "Hospital", ",", "University", "of", "Rochester", ",", "Rochester", ",", "United", "States", "of", "America", ";", "Hematology", "and", "cellular", "therapy", "unit", ",", "IRCCS", "Ospedale", "Policlinico", "San", "Martino", ",", "Genova", ";", "Department", "of", "Paediatric", "Haematology/Oncology", ",", "Cell", "and", "Gene", "Therapy", ",", "Bambino", "Gesù", "Children", "’s", "Hospital", ",", "IRCCS", ",", "Rome", ",", "Italy", ";", "Division", "of", "Hematology-Oncology", ",", "Tufts", "University", "Medical", "School", ",", "Boston", ";", "Stemline", "Therapeutics", "Inc", ",", "New", "York", ";", "Department", "of", "Pediatrics", ",", "City", "of", "Hope", "National", "Medical", "Center", ",", "Duarte", ",", "United", "States", "of", "America", "Background", ":", "Blastic", "plasmacytoid", "dendritic", "cell", "neoplasm", "(", "BPDCN", ")", "is", "a", "rare", "and", "aggressive", "hematologic", "malignancy", "derived", "from", "plasmacytoid", "dendritic", "cell", "precursors", "that", "overexpress", "CD123", ",", "the", "interleukin-3", "receptor", "alpha", "." ] } ]
PMC11194678
Representative images showing the concentration-dependent formation of GFP-STAU1 puncta in COS7 cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Representative", "images", "showing", "the", "concentration-dependent", "formation", "of", "GFP-STAU1", "puncta", "in", "COS7", "cells", "." ] } ]
PMC6771295
If the effects on beclin-1 are considered early and those on LC3II/LC3I ratio as late autophagy events our results suggest that the nuclear SIRT1 acts mostly at late stages of autophagy and its effects are cell type/signal specific and depending on the experimental conditions they can be both positive and negative in the regulation of autophagy and cell survival.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "If", "the", "effects", "on", "beclin-1", "are", "considered", "early", "and", "those", "on", "LC3II/LC3I", "ratio", "as", "late", "autophagy", "events", "our", "results", "suggest", "that", "the", "nuclear", "SIRT1", "acts", "mostly", "at", "late", "stages", "of", "autophagy", "and", "its", "effects", "are", "cell", "type/signal", "specific", "and", "depending", "on", "the", "experimental", "conditions", "they", "can", "be", "both", "positive", "and", "negative", "in", "the", "regulation", "of", "autophagy", "and", "cell", "survival", "." ] } ]
PMC10671321
Deltoid muscle biopsy performed in Turkey revealed normal histological and histochemical features.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Deltoid", "muscle", "biopsy", "performed", "in", "Turkey", "revealed", "normal", "histological", "and", "histochemical", "features", "." ] } ]
PMC10968586
Similarly, 5–200 μM HT was ineffective as a cytotoxic reagent, but reduced the level of oxidative stress in MCF-7 cells after 16 h incubation .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Similarly", ",", "5–200", "μM", "HT", "was", "ineffective", "as", "a", "cytotoxic", "reagent", ",", "but", "reduced", "the", "level", "of", "oxidative", "stress", "in", "MCF-7", "cells", "after", "16", "h", "incubation", "." ] } ]
PMC9895440
Intriguingly, we did not find evidence that SNX9 modulates PI3K/AKT signaling directly, in contrasts to its effects on PLCγ1/Ca/NFAT signaling.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Intriguingly", ",", "we", "did", "not", "find", "evidence", "that", "SNX9", "modulates", "PI3K/AKT", "signaling", "directly", ",", "in", "contrasts", "to", "its", "effects", "on", "PLCγ1/Ca/NFAT", "signaling", "." ] } ]
PMC11748335
Bubble size reflects TF expression in the tumor cell line of each pair and color indicates FDR.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Bubble", "size", "reflects", "TF", "expression", "in", "the", "tumor", "cell", "line", "of", "each", "pair", "and", "color", "indicates", "FDR", "." ] } ]
PMC9429973
Survival analysis was performed using Kaplan-Meier method and log-rank test.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Survival", "analysis", "was", "performed", "using", "Kaplan-Meier", "method", "and", "log-rank", "test", "." ] } ]
PMC11787355
1 unit is 75 ×10 cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "1", "unit", "is", "75", "×10", "cells", "." ] } ]
PMC11772585
Data are shown as mean ± SEM. *
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "are", "shown", "as", "mean", "±", "SEM", ".", "*" ] } ]
PMC4112127
Although cholangiocarcinoma (CC) is an uncommon and highly lethal malignancy, early detection enables the application of potentially curative therapies and improves survival.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Although", "cholangiocarcinoma", "(", "CC", ")", "is", "an", "uncommon", "and", "highly", "lethal", "malignancy", ",", "early", "detection", "enables", "the", "application", "of", "potentially", "curative", "therapies", "and", "improves", "survival", "." ] } ]
PMC8973085
A suppression in all cancer cells was observed in a dose-dependent manner (Figures 3 and 4).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "suppression", "in", "all", "cancer", "cells", "was", "observed", "in", "a", "dose-dependent", "manner", "(", "Figures", "3", "and", "4", ")", "." ] } ]
PMC9918897
The antioxidant capacity of the mice blood plasma was determined by two in vitro methods.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "antioxidant", "capacity", "of", "the", "mice", "blood", "plasma", "was", "determined", "by", "two", "in", "vitro", "methods", "." ] } ]
PMC9429973
Aims: To report blood count recovery results from the AGILE trial.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "To", "report", "blood", "count", "recovery", "results", "from", "the", "AGILE", "trial", "." ] } ]
PMC11725127
By plotting kobs versus biotin–GA concentration, the inhibition constant (Ki) and the rate of inactivation (Kinact) of GA to USP2 were determined to be 2.597 μmol/L and 0.03 min, respectively. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "By", "plotting", "kobs", "versus", "biotin", "–", "GA", "concentration", ",", "the", "inhibition", "constant", "(", "Ki", ")", "and", "the", "rate", "of", "inactivation", "(", "Kinact", ")", "of", "GA", "to", "USP2", "were", "determined", "to", "be", "2.597", "μmol/L", "and", "0.03", "min", ",", "respectively", ".", "(" ] } ]
PMC9261184
Such activities included testing of the vent control valve and checking filters.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Such", "activities", "included", "testing", "of", "the", "vent", "control", "valve", "and", "checking", "filters", "." ] } ]
PMC11401350
At day 3 post-transduction pGKGFP/pGKCAR expression was analyzed in the T cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "At", "day", "3", "post-transduction", "pGKGFP/pGKCAR", "expression", "was", "analyzed", "in", "the", "T", "cells", "." ] } ]
PMC11609529
Sequencing reads were aligned to the human hg38 reference genome using HISAT2 v.2.0.4 splice-aware aligner, filtering out ambiguous reads and those with a low mapping quality (MAPQ) score (<10).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Sequencing", "reads", "were", "aligned", "to", "the", "human", "hg38", "reference", "genome", "using", "HISAT2", "v.2.0.4", "splice-aware", "aligner", ",", "filtering", "out", "ambiguous", "reads", "and", "those", "with", "a", "low", "mapping", "quality", "(", "MAPQ", ")", "score", "(", "<", "10", ")", "." ] } ]
PMC9370419
The p pCMV(CAT)T7-SB100 was a gift from Prof. Zsuzsanna Izsvak (Addgene 34879) .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "p", "pCMV(CAT)T7-SB100", "was", "a", "gift", "from", "Prof.", "Zsuzsanna", "Izsvak", "(", "Addgene", "34879", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Lymphoma mouse models were established with BALB/c mice by subcutaneous injection of 5x10 A20 cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Lymphoma", "mouse", "models", "were", "established", "with", "BALB/c", "mice", "by", "subcutaneous", "injection", "of", "5x10", "A20", "cells", "." ] } ]
PMC11337594
In addition to alterations in gene expression profiles and an increase in p53 protein levels, we also observed the cleavage of key proteins involved in the apoptotic pathway (PARP1, CASP7, CASP3, and GSDME) following TER treatment (Fig. 2C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", "to", "alterations", "in", "gene", "expression", "profiles", "and", "an", "increase", "in", "p53", "protein", "levels", ",", "we", "also", "observed", "the", "cleavage", "of", "key", "proteins", "involved", "in", "the", "apoptotic", "pathway", "(", "PARP1", ",", "CASP7", ",", "CASP3", ",", "and", "GSDME", ")", "following", "TER", "treatment", "(", "Fig.", "2C", ")", "." ] } ]
PMC11767817
The p38 signaling pathway is also involved in cell cycle regulation, leading to the induction of G1/S cell cycle arrest by phosphorylation and stabilization of p21 and induction of p16 .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "p38", "signaling", "pathway", "is", "also", "involved", "in", "cell", "cycle", "regulation", ",", "leading", "to", "the", "induction", "of", "G1/S", "cell", "cycle", "arrest", "by", "phosphorylation", "and", "stabilization", "of", "p21", "and", "induction", "of", "p16", "." ] } ]
PMC10812665
Its detailed clarification is beyond the scope of our work, but our findings provide an example for the need to consider new forms of analysis, e.g., excluding less specific regulations to unmask hidden specific changes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Its", "detailed", "clarification", "is", "beyond", "the", "scope", "of", "our", "work", ",", "but", "our", "findings", "provide", "an", "example", "for", "the", "need", "to", "consider", "new", "forms", "of", "analysis", ",", "e.g.", ",", "excluding", "less", "specific", "regulations", "to", "unmask", "hidden", "specific", "changes", "." ] } ]
PMC11569208
Oncolysis enhancing factor was calculated as described in the methods and plotted.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Oncolysis", "enhancing", "factor", "was", "calculated", "as", "described", "in", "the", "methods", "and", "plotted", "." ] } ]
PMC11718109
B Representative fluorescence image of endogenous tdTomato-tagged TH DA neurons (day 30) show robust TH labeling (white).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "B", "Representative", "fluorescence", "image", "of", "endogenous", "tdTomato-tagged", "TH", "DA", "neurons", "(", "day", "30", ")", "show", "robust", "TH", "labeling", "(", "white", ")", "." ] } ]
PMC11752767
Several successful clinical trials have been conducted in hematological malignancies or solid tumors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Several", "successful", "clinical", "trials", "have", "been", "conducted", "in", "hematological", "malignancies", "or", "solid", "tumors", "." ] } ]
PMC11655536
One representative image is shown per group. **
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "One", "representative", "image", "is", "shown", "per", "group", ".", "*", "*" ] } ]
PMC8343815
Gold nanoparticles have unique properties, such as low toxicity, biocompatibility, chemical stability, ease of synthesis and modification, selective accumulation in tumors, and acceptable physicochemical parameters .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Gold", "nanoparticles", "have", "unique", "properties", ",", "such", "as", "low", "toxicity", ",", "biocompatibility", ",", "chemical", "stability", ",", "ease", "of", "synthesis", "and", "modification", ",", "selective", "accumulation", "in", "tumors", ",", "and", "acceptable", "physicochemical", "parameters", "." ] } ]
PMC10999934
KEGG analysis of DEGs. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "KEGG", "analysis", "of", "DEGs", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
The results indicated that this model achieved greater precision than the ELN-2017 and the pediatric clinical risk score in the majority of evaluated time points (Figure 1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "results", "indicated", "that", "this", "model", "achieved", "greater", "precision", "than", "the", "ELN-2017", "and", "the", "pediatric", "clinical", "risk", "score", "in", "the", "majority", "of", "evaluated", "time", "points", "(", "Figure", "1", ")", "." ] } ]
PMC8164677
P <0.001 compared with the cisplatin uptake in untreated control.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P", "<", "0.001", "compared", "with", "the", "cisplatin", "uptake", "in", "untreated", "control", "." ] } ]
PMC11753435
Schematic of IP-induced inhibition of UltraID catalytic activity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Schematic", "of", "IP-induced", "inhibition", "of", "UltraID", "catalytic", "activity", "." ] } ]
PMC11128598
CQ has been widely used as an antimalarial and anti‐inflammatory agent for decades without any major side effects.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CQ", "has", "been", "widely", "used", "as", "an", "antimalarial", "and", "anti‐inflammatory", "agent", "for", "decades", "without", "any", "major", "side", "effects", "." ] } ]
PMC11687167
Agents targeting the JAK/STAT pathway, such as ruxolitinib, have been confirmed to improve graft-versus-host disease (GVHD) or severe ‘cytokine storms’ in some serious conditions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Agents", "targeting", "the", "JAK/STAT", "pathway", ",", "such", "as", "ruxolitinib", ",", "have", "been", "confirmed", "to", "improve", "graft-versus-host", "disease", "(", "GVHD", ")", "or", "severe", "‘", "cytokine", "storms", "’", "in", "some", "serious", "conditions", "." ] } ]
PMC7602170
Activated PI3K can directly inhibit apoptosis in tumors .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Activated", "PI3", "K", "can", "directly", "inhibit", "apoptosis", "in", "tumors", "." ] } ]
PMC11359735
P. berghei (A) or P. falciparum (B) sporozoites were harvested from mosquito salivary glands and incubated with 100 μM of the indicated inhibitor for 30 min prior to being added to coated coverslips and allowed to glide for 1 h at 37 °C.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P.", "berghei", "(", "A", ")", "or", "P.", "falciparum", "(", "B", ")", "sporozoites", "were", "harvested", "from", "mosquito", "salivary", "glands", "and", "incubated", "with", "100", "μM", "of", "the", "indicated", "inhibitor", "for", "30", "min", "prior", "to", "being", "added", "to", "coated", "coverslips", "and", "allowed", "to", "glide", "for", "1", "h", "at", "37", "°", "C", "." ] } ]
PMC11700165
The cells were serum starved overnight followed by activation with serum for 10 min at room temperature.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cells", "were", "serum", "starved", "overnight", "followed", "by", "activation", "with", "serum", "for", "10", "min", "at", "room", "temperature", "." ] } ]
PMC10362265
Thus, we note that the bivalent binding mode of the human tetramer leading to a grid-like organization of heterodimers may provide a stability advantage to the host decoy.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "we", "note", "that", "the", "bivalent", "binding", "mode", "of", "the", "human", "tetramer", "leading", "to", "a", "grid-like", "organization", "of", "heterodimers", "may", "provide", "a", "stability", "advantage", "to", "the", "host", "decoy", "." ] } ]
PMC11694346
These findings confirm that BT-DNBS is a highly selective and sensitive probe for biothiol detection, making it suitable for applications in bioanalytical chemistry and medical diagnostics.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "findings", "confirm", "that", "BT-DNBS", "is", "a", "highly", "selective", "and", "sensitive", "probe", "for", "biothiol", "detection", ",", "making", "it", "suitable", "for", "applications", "in", "bioanalytical", "chemistry", "and", "medical", "diagnostics", "." ] } ]
PMC8864075
In the process of EMT, the activated PI3K/Akt pathway promotes glucose uptake and glycolysis (Semenza, 2010; Tennant et al., 2010), and phosphorylated Akt can phosphorylate TWIST1, then up-regulates the TGFβ-Smad pathway, which further promotes the EMT process (Xue et al., 2012).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "process", "of", "EMT", ",", "the", "activated", "PI3K/Akt", "pathway", "promotes", "glucose", "uptake", "and", "glycolysis", "(", "Semenza", ",", "2010", ";", "Tennant", "et", "al.", ",", "2010", ")", ",", "and", "phosphorylated", "Akt", "can", "phosphorylate", "TWIST1", ",", "then", "up-regulates", "the", "TGFβ-Smad", "pathway", ",", "which", "further", "promotes", "the", "EMT", "process", "(", "Xue", "et", "al.", ",", "2012", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Results: Activated GRs can inhibit secretion of IFN-γ by promoting interactions between suppressor of cytokine signaling 1 (SOCS1) promoter and enhancer, as well as increase the expression of SOCS1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "Activated", "GRs", "can", "inhibit", "secretion", "of", "IFN-γ", "by", "promoting", "interactions", "between", "suppressor", "of", "cytokine", "signaling", "1", "(", "SOCS1", ")", "promoter", "and", "enhancer", ",", "as", "well", "as", "increase", "the", "expression", "of", "SOCS1", "." ] } ]
PMC9429973
Results: Sixteen (13.5%) patients from the consecutive cohort and 5 patients from the historical cohort presented (likely) pathogenic germline variants in genes responsible for HMMSs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "Sixteen", "(", "13.5", "%", ")", "patients", "from", "the", "consecutive", "cohort", "and", "5", "patients", "from", "the", "historical", "cohort", "presented", "(", "likely", ")", "pathogenic", "germline", "variants", "in", "genes", "responsible", "for", "HMMSs", "." ] } ]
PMC11785489
To assess whether TCR-mem corresponds to TCR-pMHC binding affinity, we (1) conducted tetramer dilution experiments, (2) examined published micropipette adhesion data, and (3) computed buried surface areas in crystal structures.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "assess", "whether", "TCR-mem", "corresponds", "to", "TCR-pMHC", "binding", "affinity", ",", "we", "(", "1", ")", "conducted", "tetramer", "dilution", "experiments", ",", "(", "2", ")", "examined", "published", "micropipette", "adhesion", "data", ",", "and", "(", "3", ")", "computed", "buried", "surface", "areas", "in", "crystal", "structures", "." ] } ]
PMC11680391
If they agreed to participate, the researcher visited the dairy farms two times.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "If", "they", "agreed", "to", "participate", ",", "the", "researcher", "visited", "the", "dairy", "farms", "two", "times", "." ] } ]
PMC7338939
Annexin (Sigma) was added and incubated for 15 min at 4°C.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Annexin", "(", "Sigma", ")", "was", "added", "and", "incubated", "for", "15", "min", "at", "4", "°", "C", "." ] } ]
PMC9910796
Recent elucidation of the ASFV architecture by cryo-electron microscopy (cryo-EM) has provided a detailed map of the outer capsid structure, which consists of a hexagonal lattice (triangulation number T = 277) composed of 2,760 trimeric capsomers of the major capsid protein (MCP) p72, and of 60 copies of a penton complex, which is formed by the minor proteins p49 and pH240R, at the vertices .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Recent", "elucidation", "of", "the", "ASFV", "architecture", "by", "cryo-electron", "microscopy", "(", "cryo-EM", ")", "has", "provided", "a", "detailed", "map", "of", "the", "outer", "capsid", "structure", ",", "which", "consists", "of", "a", "hexagonal", "lattice", "(", "triangulation", "number", "T", "=", "277", ")", "composed", "of", "2,760", "trimeric", "capsomers", "of", "the", "major", "capsid", "protein", "(", "MCP", ")", "p72", ",", "and", "of", "60", "copies", "of", "a", "penton", "complex", ",", "which", "is", "formed", "by", "the", "minor", "proteins", "p49", "and", "pH240R", ",", "at", "the", "vertices", "." ] } ]
PMC5535901
I3C, DIM, phorbol-12-myristate-13-acetate -+(PMA), ionomycin, dimethyl sulfoxide (DMSO) and CCK8 kit were purchased from Sigma-Aldrich (St. Louise, MO, USA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "I3C", ",", "DIM", ",", "phorbol-12-myristate-13-acetate", "-+(PMA", ")", ",", "ionomycin", ",", "dimethyl", "sulfoxide", "(", "DMSO", ")", "and", "CCK8", "kit", "were", "purchased", "from", "Sigma-Aldrich", "(", "St.", "Louise", ",", "MO", ",", "USA", ")", "." ] } ]
PMC9429973
The pooled median DOR was 10.1 months (95% CI, 9.1-11.0 months), and the median TTR was 4.6 months (95% CI, 3.0-9.0 months).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "pooled", "median", "DOR", "was", "10.1", "months", "(", "95", "%", "CI", ",", "9.1", "-", "11.0", "months", ")", ",", "and", "the", "median", "TTR", "was", "4.6", "months", "(", "95", "%", "CI", ",", "3.0", "-", "9.0", "months", ")", "." ] } ]
PMC11075223
100 μg/mL) was applied to DBT cells infected by coronavirus mouse hepatitis virus-A59 and Vero cells infested by porcine epidemic diarrhea virus or vesicular stomatitis virus.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "100", "μg/mL", ")", "was", "applied", "to", "DBT", "cells", "infected", "by", "coronavirus", "mouse", "hepatitis", "virus-A59", "and", "Vero", "cells", "infested", "by", "porcine", "epidemic", "diarrhea", "virus", "or", "vesicular", "stomatitis", "virus", "." ] } ]
PMC8427838
Occasionally, membranes were stripped by incubating them in a stripping buffer containing 6.25 mM Tris–HCl, pH 6.8, 2% SDS, and 100 mM β-mercaptoethanol at 50 °C for 30 min, washed in Western Rinse buffer (20 mM Tris and 150 mM NaCl), and re-probed with the antibody of interest.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Occasionally", ",", "membranes", "were", "stripped", "by", "incubating", "them", "in", "a", "stripping", "buffer", "containing", "6.25", "mM", "Tris", "–", "HCl", ",", "pH", "6.8", ",", "2", "%", "SDS", ",", "and", "100", "mM", "β-mercaptoethanol", "at", "50", "°", "C", "for", "30", "min", ",", "washed", "in", "Western", "Rinse", "buffer", "(", "20", "mM", "Tris", "and", "150", "mM", "NaCl", ")", ",", "and", "re-probed", "with", "the", "antibody", "of", "interest", "." ] } ]
PMC11155445
complexes having furoyl thiourea ligands were investigated against breast cancer cells MCF-7, MDA-MB-231, and T47-D by Dorairaj et al. Both the acyl thiourea ligands and their complexes (74a–l) showed dose-dependent anticancer activity against breast cancer cell lines.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "complexes", "having", "furoyl", "thiourea", "ligands", "were", "investigated", "against", "breast", "cancer", "cells", "MCF-7", ",", "MDA-MB-231", ",", "and", "T47-D", "by", "Dorairaj", "et", "al.", "Both", "the", "acyl", "thiourea", "ligands", "and", "their", "complexes", "(", "74a", "–", "l", ")", "showed", "dose-dependent", "anticancer", "activity", "against", "breast", "cancer", "cell", "lines", "." ] } ]
PMC11637284
Thus, the T. brucei TAC60 segment interacting with the p166 C-tail is highly conserved across all analyzed Kinetoplastids.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "the", "T.", "brucei", "TAC60", "segment", "interacting", "with", "the", "p166", "C-tail", "is", "highly", "conserved", "across", "all", "analyzed", "Kinetoplastids", "." ] } ]
PMC11699178
Subsequently, we further analyzed the upstream and downstream signaling pathways.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Subsequently", ",", "we", "further", "analyzed", "the", "upstream", "and", "downstream", "signaling", "pathways", "." ] } ]
PMC10551595
Considerable numbers of hydrophobic and hydrogen bonds were demonstrated between GinA and these target proteins (Figure S2A–D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Considerable", "numbers", "of", "hydrophobic", "and", "hydrogen", "bonds", "were", "demonstrated", "between", "GinA", "and", "these", "target", "proteins", "(", "Figure", "S2A", "–", "D", ")", "." ] } ]
PMC11269933
The in vivo phosphorylation assay (J), in vivo PK activity assay (K–M) (n = 3; K), PA content ratio (n = 3; L) and ATP content ratio (n = 3; M) of HEK293T cells transfected with Flag-CgPk, Myc-CgErk1/2/Myc-CgErk1/2, and His-CgMap2k1/2.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "in", "vivo", "phosphorylation", "assay", "(", "J", ")", ",", "in", "vivo", "PK", "activity", "assay", "(", "K", "–", "M", ")", "(", "n", "=", "3", ";", "K", ")", ",", "PA", "content", "ratio", "(", "n", "=", "3", ";", "L", ")", "and", "ATP", "content", "ratio", "(", "n", "=", "3", ";", "M", ")", "of", "HEK293", "T", "cells", "transfected", "with", "Flag-CgPk", ",", "Myc-CgErk1/2/Myc-CgErk1/2", ",", "and", "His-CgMap2k1/2", "." ] } ]
PMC9429973
One patient (3%) experienced grade III IRR in two consecutive administrations, and grade I hematological and grade I gastroenteric toxicities (diarrhea) were observed in 3 (10%; 2 thrombocytopenia and 1 neutropenia) and 1 (3%) cases Image: Summary/Conclusion: In our multicenter retrospective experience, SC daratumumab showed high safety with a very low (3%) IRR rate, even inferior to that reported in PAVO and PLEIADES trials, despite we included in our study patients with renal failure, different body weights or without montelukast premedication.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "One", "patient", "(", "3", "%", ")", "experienced", "grade", "III", "IRR", "in", "two", "consecutive", "administrations", ",", "and", "grade", "I", "hematological", "and", "grade", "I", "gastroenteric", "toxicities", "(", "diarrhea", ")", "were", "observed", "in", "3", "(", "10", "%", ";", "2", "thrombocytopenia", "and", "1", "neutropenia", ")", "and", "1", "(", "3", "%", ")", "cases", "Image", ":", "Summary/Conclusion", ":", "In", "our", "multicenter", "retrospective", "experience", ",", "SC", "daratumumab", "showed", "high", "safety", "with", "a", "very", "low", "(", "3", "%", ")", "IRR", "rate", ",", "even", "inferior", "to", "that", "reported", "in", "PAVO", "and", "PLEIADES", "trials", ",", "despite", "we", "included", "in", "our", "study", "patients", "with", "renal", "failure", ",", "different", "body", "weights", "or", "without", "montelukast", "premedication", "." ] } ]
PMC10975211
According to Yang et al., the selenium-conjugated selenadiazole peptide could enter cells by receptor-mediated endocytosis via clathrin-mediated and nystatin-dependent lipid-raft-mediated pathways after being attached to nanoparticles.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "According", "to", "Yang", "et", "al.", ",", "the", "selenium-conjugated", "selenadiazole", "peptide", "could", "enter", "cells", "by", "receptor-mediated", "endocytosis", "via", "clathrin-mediated", "and", "nystatin-dependent", "lipid-raft-mediated", "pathways", "after", "being", "attached", "to", "nanoparticles", "." ] } ]
PMC4485786
Thus, the sarcomas remained significantly growth arrested in mice receiving NHS-IL12/IL-2MAB602 (n = 11) (Fig. 1C), resulting in survival of all mice (Fig. 1B, D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "the", "sarcomas", "remained", "significantly", "growth", "arrested", "in", "mice", "receiving", "NHS-IL12/IL-2MAB602", "(", "n", "=", "11", ")", "(", "Fig.", "1C", ")", ",", "resulting", "in", "survival", "of", "all", "mice", "(", "Fig.", "1B", ",", "D", ")", "." ] } ]
PMC11723210
The refractive index of our samples in the 466–632 nm range is almost constant () , so we disregard the effect of dispersion between various wavelengths of LED illumination.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "refractive", "index", "of", "our", "samples", "in", "the", "466–632", "nm", "range", "is", "almost", "constant", "(", ")", ",", "so", "we", "disregard", "the", "effect", "of", "dispersion", "between", "various", "wavelengths", "of", "LED", "illumination", "." ] } ]
PMC10165258
In parallel to the spheroid formation and culture, solutions of drugs at different concentrations were encapsulated into 20 nL droplets in the second microfluidic device, hereafter called ”library chip”.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "parallel", "to", "the", "spheroid", "formation", "and", "culture", ",", "solutions", "of", "drugs", "at", "different", "concentrations", "were", "encapsulated", "into", "20", "nL", "droplets", "in", "the", "second", "microfluidic", "device", ",", "hereafter", "called", "”", "library", "chip", "”", "." ] } ]
PMC11026382
Color coding is identical to panel (b).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Color", "coding", "is", "identical", "to", "panel", "(", "b", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Results: 1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "1", "." ] } ]
PMC11190538
The experimental findings for EE and LC of C-PC in nanophytosomes were created using three formulations, revealing nanophytosomes' unique and remarkable potential as a C-PC carrier (Table 8).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "experimental", "findings", "for", "EE", "and", "LC", "of", "C-PC", "in", "nanophytosomes", "were", "created", "using", "three", "formulations", ",", "revealing", "nanophytosomes", "'", "unique", "and", "remarkable", "potential", "as", "a", "C-PC", "carrier", "(", "Table", "8)", "." ] } ]
PMC11352877
The VEGF-A/TGF-β1, ANG2/ANG1, and VEGF-A/HIF-1α axes are critical for pathological angiogenesis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "VEGF-A/TGF-β1", ",", "ANG2/ANG1", ",", "and", "VEGF-A/HIF-1α", "axes", "are", "critical", "for", "pathological", "angiogenesis", "." ] } ]
PMC11476666
To evaluate the effect of stilbene treatment on SP and MP, both populations were treated with 30 μM of either molecule and subjected to a soft agar colony formation assay (Figure S2).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "evaluate", "the", "effect", "of", "stilbene", "treatment", "on", "SP", "and", "MP", ",", "both", "populations", "were", "treated", "with", "30", "μM", "of", "either", "molecule", "and", "subjected", "to", "a", "soft", "agar", "colony", "formation", "assay", "(", "Figure", "S2", ")", "." ] } ]
PMC11538390
The cells were incubated in autofluorescence quenching solution (Vector Labs, Catalog no. SP-8400) for 5 min at RT under dark conditions on a rocker and rinsed with 1x with PBS.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cells", "were", "incubated", "in", "autofluorescence", "quenching", "solution", "(", "Vector", "Labs", ",", "Catalog", "no.", "SP-8400", ")", "for", "5", "min", "at", "RT", "under", "dark", "conditions", "on", "a", "rocker", "and", "rinsed", "with", "1x", "with", "PBS", "." ] } ]
PMC11401358
After washing with E3 water, the larvae were imaged using fluorescence microscope (ECLIPSE TS2, Nikon, Japan), and the intracellular ROS levels were quantified by NIS-Element AR software (version 5.30.03).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "washing", "with", "E3", "water", ",", "the", "larvae", "were", "imaged", "using", "fluorescence", "microscope", "(", "ECLIPSE", "TS2", ",", "Nikon", ",", "Japan", ")", ",", "and", "the", "intracellular", "ROS", "levels", "were", "quantified", "by", "NIS-Element", "AR", "software", "(", "version", "5.30.03", ")", "." ] } ]
PMC11766332
CDGs have been classified according to the affected glycosylation pathways, namely N-glycosylation, O-glycosylation, glycosylphosphatidylinositol (GPI)-anchor synthesis, lipid glycosylation, and other (including multiple) glycosylation pathways.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CDGs", "have", "been", "classified", "according", "to", "the", "affected", "glycosylation", "pathways", ",", "namely", "N-glycosylation", ",", "O-glycosylation", ",", "glycosylphosphatidylinositol", "(GPI)-anchor", "synthesis", ",", "lipid", "glycosylation", ",", "and", "other", "(", "including", "multiple", ")", "glycosylation", "pathways", "." ] } ]
PMC11695623
The results showed that the expression of DCUN1D5 in paired cancer tissues was significantly higher than that in paracancerous tissues (Fig. 1D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "results", "showed", "that", "the", "expression", "of", "DCUN1D5", "in", "paired", "cancer", "tissues", "was", "significantly", "higher", "than", "that", "in", "paracancerous", "tissues", "(", "Fig.", "1D", ")", "." ] } ]
PMC10380508
Survival analysis was conducted based on R packages “survival” and “survminer” .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Survival", "analysis", "was", "conducted", "based", "on", "R", "packages", "“", "survival", "”", "and", "“", "survminer", "”", "." ] } ]
PMC11741906
They may also target pathways involved in treatment response like PI3K-Akt, pathway in cancer and MAPK.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "They", "may", "also", "target", "pathways", "involved", "in", "treatment", "response", "like", "PI3K-Akt", ",", "pathway", "in", "cancer", "and", "MAPK", "." ] } ]
PMC9429973
2 discontinued study drug: 1 participant decision, 1 death.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "2", "discontinued", "study", "drug", ":", "1", "participant", "decision", ",", "1", "death", "." ] } ]
PMC9429973
Besides the lower distribution of the most common haplotypes, Heraklion seems a good pool for finding potential donors since 46.8-49.1% of common HLA haplotype needs are met between the former and each Prefecture.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Besides", "the", "lower", "distribution", "of", "the", "most", "common", "haplotypes", ",", "Heraklion", "seems", "a", "good", "pool", "for", "finding", "potential", "donors", "since", "46.8", "-", "49.1", "%", "of", "common", "HLA", "haplotype", "needs", "are", "met", "between", "the", "former", "and", "each", "Prefecture", "." ] } ]
PMC11470999
The left cardiac injection model and intracarotid artery injection model establish brain metastasis by injecting tumor cells into the circulation, both recapitulating the second half of the metastatic cascade.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "left", "cardiac", "injection", "model", "and", "intracarotid", "artery", "injection", "model", "establish", "brain", "metastasis", "by", "injecting", "tumor", "cells", "into", "the", "circulation", ",", "both", "recapitulating", "the", "second", "half", "of", "the", "metastatic", "cascade", "." ] } ]
PMC11092382
Therefore, further investigations are warranted to address these pertinent issues.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "further", "investigations", "are", "warranted", "to", "address", "these", "pertinent", "issues", "." ] } ]
PMC11577421
NP uptake by CHO-K1 cells in the presence of excess heparin and desulfated heparin. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "NP", "uptake", "by", "CHO-K1", "cells", "in", "the", "presence", "of", "excess", "heparin", "and", "desulfated", "heparin", ".", "(" ] } ]
PMC10926885
Co‐immunoprecipitation assays demonstrated that NDE1 retrieved PAFAH1B1 and PAFAH1B1 retrieved NDE1, which suggests that NDE1 and PAFAH1B1 physically bind with each other (Figure 4G).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Co‐immunoprecipitation", "assays", "demonstrated", "that", "NDE1", "retrieved", "PAFAH1B1", "and", "PAFAH1B1", "retrieved", "NDE1", ",", "which", "suggests", "that", "NDE1", "and", "PAFAH1B1", "physically", "bind", "with", "each", "other", "(", "Figure", "4", "G", ")", "." ] } ]
PMC11291697
Low-expressed genes, defined as genes having FPKM < 3 (Fragments Per Kilobase of transcript per Million mapped reads), were filtered out.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Low-expressed", "genes", ",", "defined", "as", "genes", "having", "FPKM", "<", "3", "(", "Fragments", "Per", "Kilobase", "of", "transcript", "per", "Million", "mapped", "reads", ")", ",", "were", "filtered", "out", "." ] } ]
PMC9583612
It is important to have CEMS on a representative sample of the sites to be verified, which will change depending on the basin and operators involved.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "is", "important", "to", "have", "CEMS", "on", "a", "representative", "sample", "of", "the", "sites", "to", "be", "verified", ",", "which", "will", "change", "depending", "on", "the", "basin", "and", "operators", "involved", "." ] } ]