Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC11755519
These results suggest that mechanical properties of exosomes, such as reduced stiffness, might affect transport across biological membranes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "results", "suggest", "that", "mechanical", "properties", "of", "exosomes", ",", "such", "as", "reduced", "stiffness", ",", "might", "affect", "transport", "across", "biological", "membranes", "." ] } ]
PMC6889484
Western blot analysis shows the level of A3G-D128K-P2A expressed in the CEMSS/D128K cell pool (37%) compared to the level in the CEM/D128K cell pool (set to 100%) and normalized to α-tubulin.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Western", "blot", "analysis", "shows", "the", "level", "of", "A3G-D128K-P2A", "expressed", "in", "the", "CEMSS/D128", "K", "cell", "pool", "(", "37", "%", ")", "compared", "to", "the", "level", "in", "the", "CEM/D128", "K", "cell", "pool", "(", "set", "to", "100", "%", ")", "and", "normalized", "to", "α-tubulin", "." ] } ]
PMC11637284
Overall, the two proteins are only moderately conserved in the different species.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Overall", ",", "the", "two", "proteins", "are", "only", "moderately", "conserved", "in", "the", "different", "species", "." ] } ]
PMC11656657
Our results showed no significant levels of G-CSF in either condition (NT T cells and CAR.GD2 T cells) (Supplemental Fig. 12A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "results", "showed", "no", "significant", "levels", "of", "G-CSF", "in", "either", "condition", "(", "NT", "T", "cells", "and", "CAR.GD2", "T", "cells", ")", "(", "Supplemental", "Fig.", "12A", ")", "." ] } ]
PMC9429973
TP53 aberrancy was present in 8%, unmutated IGHV in 46% and 63% had moderate-severe comorbidities (CLL comorbidity index [CI] score, 1-2).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "TP53", "aberrancy", "was", "present", "in", "8", "%", ",", "unmutated", "IGHV", "in", "46", "%", "and", "63", "%", "had", "moderate-severe", "comorbidities", "(", "CLL", "comorbidity", "index", "[", "CI", "]", "score", ",", "1", "-", "2", ")", "." ] } ]
PMC11082662
This highlights the potential of the ACER2/SMPDL3B signaling pathway in regulating the emergence and progression of ovarian carcinoma.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "highlights", "the", "potential", "of", "the", "ACER2/SMPDL3B", "signaling", "pathway", "in", "regulating", "the", "emergence", "and", "progression", "of", "ovarian", "carcinoma", "." ] } ]
PMC11713679
Given the significance of metabolic pathways in cognitive impairment, it is essential to investigate alternative disease modifiers capable of targeting multiple metabolic pathways, such as phytochemicals.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Given", "the", "significance", "of", "metabolic", "pathways", "in", "cognitive", "impairment", ",", "it", "is", "essential", "to", "investigate", "alternative", "disease", "modifiers", "capable", "of", "targeting", "multiple", "metabolic", "pathways", ",", "such", "as", "phytochemicals", "." ] } ]
PMC11286266
The protein samples were separated on 8–12.5% SDS–PAGE under reducing conditions and transferred onto PVDF (Polyvinylidene Fluoride) membranes as described previously (Ordóñez et al., 2013).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "protein", "samples", "were", "separated", "on", "8–12.5", "%", "SDS", "–", "PAGE", "under", "reducing", "conditions", "and", "transferred", "onto", "PVDF", "(", "Polyvinylidene", "Fluoride", ")", "membranes", "as", "described", "previously", "(", "Ordóñez", "et", "al.", ",", "2013", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Results: Using publicly available databases, we show that STAT3 expression negatively correlates with several NK cell-activating ligands in AML patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "Using", "publicly", "available", "databases", ",", "we", "show", "that", "STAT3", "expression", "negatively", "correlates", "with", "several", "NK", "cell-activating", "ligands", "in", "AML", "patients", "." ] } ]
PMC11471176
This pioneering study delineates evident dose-dependent ACE2 inhibition by carnosine.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "pioneering", "study", "delineates", "evident", "dose-dependent", "ACE2", "inhibition", "by", "carnosine", "." ] } ]
PMC11739504
This is interesting because disruption of the primary cilia component causes glomerular cysts.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "is", "interesting", "because", "disruption", "of", "the", "primary", "cilia", "component", "causes", "glomerular", "cysts", "." ] } ]
PMC9429973
It was found that the average adherence to treatment was in 2/3 of patients, low and high - in the remaining 1/3 of patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "was", "found", "that", "the", "average", "adherence", "to", "treatment", "was", "in", "2/3", "of", "patients", ",", "low", "and", "high", "-", "in", "the", "remaining", "1/3", "of", "patients", "." ] } ]
PMC11734514
One-way ANOVA followed by Tukey’s post hoc test was performed. *
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "One-way", "ANOVA", "followed", "by", "Tukey", "’s", "post", "hoc", "test", "was", "performed", ".", "*" ] } ]
PMC11655536
Moreover, to explore whether HA induces apoptosis of MM cell lines, RPMI-8226, U266 and MM.1S were exposed to HA (10 µM, 20 µM) for 48 hours and stained with PI and Annexin-V. As shown in Fig. 2C, HA induced apoptosis in 31.2% (average) of RMPI-8226 cells when treated with HA at 10 µM, and increased to 52.2% (average) at 20 µM. Similarly, HA induced cell apoptosis in 45% and 82.6% of U266 cells at 10 µM and 20 µM, respectively (Fig. 2D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "to", "explore", "whether", "HA", "induces", "apoptosis", "of", "MM", "cell", "lines", ",", "RPMI-8226", ",", "U266", "and", "MM.1S", "were", "exposed", "to", "HA", "(", "10", "µM", ",", "20", "µM", ")", "for", "48", "hours", "and", "stained", "with", "PI", "and", "Annexin-V.", "As", "shown", "in", "Fig.", "2C", ",", "HA", "induced", "apoptosis", "in", "31.2", "%", "(", "average", ")", "of", "RMPI-8226", "cells", "when", "treated", "with", "HA", "at", "10", "µM", ",", "and", "increased", "to", "52.2", "%", "(", "average", ")", "at", "20", "µM.", "Similarly", ",", "HA", "induced", "cell", "apoptosis", "in", "45", "%", "and", "82.6", "%", "of", "U266", "cells", "at", "10", "µM", "and", "20", "µM", ",", "respectively", "(", "Fig.", "2D", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Drugs such as Hydroxyurea are given to SCD patients as they increase HbF levels and reduce clinical symptoms.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Drugs", "such", "as", "Hydroxyurea", "are", "given", "to", "SCD", "patients", "as", "they", "increase", "HbF", "levels", "and", "reduce", "clinical", "symptoms", "." ] } ]
PMC11423992
Consequently, TFAB002s lack complement-dependent cellular cytotoxicity (CDC) and antibody-dependent cellular cytotoxicity (ADCC) activity; they only engage T cells as immune effector cells and avoid non-specific activation .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Consequently", ",", "TFAB002s", "lack", "complement-dependent", "cellular", "cytotoxicity", "(", "CDC", ")", "and", "antibody-dependent", "cellular", "cytotoxicity", "(", "ADCC", ")", "activity", ";", "they", "only", "engage", "T", "cells", "as", "immune", "effector", "cells", "and", "avoid", "non-specific", "activation", "." ] } ]
PMC9429973
Image: Summary/Conclusion: The study verifies the incidence and morbidity and mortality associated with the development of secondary neoplasms and highlights the need for systematic follow-up of the long-term survivor in order to identify this complication as soon as possible.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Image", ":", "Summary/Conclusion", ":", "The", "study", "verifies", "the", "incidence", "and", "morbidity", "and", "mortality", "associated", "with", "the", "development", "of", "secondary", "neoplasms", "and", "highlights", "the", "need", "for", "systematic", "follow-up", "of", "the", "long-term", "survivor", "in", "order", "to", "identify", "this", "complication", "as", "soon", "as", "possible", "." ] } ]
PMC11672881
Metabolic reprogramming, a hallmark of tumors, plays a crucial role in tumorigenesis and signaling and in anti-tumor effects through the release of metabolism-related factors such as lactate, arginine, and tryptophan.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Metabolic", "reprogramming", ",", "a", "hallmark", "of", "tumors", ",", "plays", "a", "crucial", "role", "in", "tumorigenesis", "and", "signaling", "and", "in", "anti-tumor", "effects", "through", "the", "release", "of", "metabolism-related", "factors", "such", "as", "lactate", ",", "arginine", ",", "and", "tryptophan", "." ] } ]
PMC11453018
Mouse tumor formation and evaluation of iP300w in vivo were carried out at the University of Minnesota Research Animal Resources facility, adhering to protocol (2209-40422A) approved by IACUC.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mouse", "tumor", "formation", "and", "evaluation", "of", "iP300w", "in", "vivo", "were", "carried", "out", "at", "the", "University", "of", "Minnesota", "Research", "Animal", "Resources", "facility", ",", "adhering", "to", "protocol", "(", "2209", "-", "40422A", ")", "approved", "by", "IACUC", "." ] } ]
PMC11746948
A375 cells were seeded at a density of 1 × 10 cells per well in 6-well plates.
[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A375", "cells", "were", "seeded", "at", "a", "density", "of", "1", "×", "10", "cells", "per", "well", "in", "6-well", "plates", "." ] } ]
PMC11469524
To further investigate this, we compared goodness of fit and model prediction (consistency) when the respective network structure of one cell line would be used to fit the data of the other cell line.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "further", "investigate", "this", ",", "we", "compared", "goodness", "of", "fit", "and", "model", "prediction", "(", "consistency", ")", "when", "the", "respective", "network", "structure", "of", "one", "cell", "line", "would", "be", "used", "to", "fit", "the", "data", "of", "the", "other", "cell", "line", "." ] } ]
PMC11026382
d Correlation between experimentally measured and predicted growth rates across the entire deep mutational scanning dataset.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "d", "Correlation", "between", "experimentally", "measured", "and", "predicted", "growth", "rates", "across", "the", "entire", "deep", "mutational", "scanning", "dataset", "." ] } ]
PMC11798926
This result suggests that impaired endocytosis causes SynDIG4 to accumulate on the plasma membrane without affecting the distribution of PSD95.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "result", "suggests", "that", "impaired", "endocytosis", "causes", "SynDIG4", "to", "accumulate", "on", "the", "plasma", "membrane", "without", "affecting", "the", "distribution", "of", "PSD95", "." ] } ]
PMC11626627
We used the JASPAR website (https://jaspar.genereg.net/) to search for transcription factor binding site (TFBS) in the promoter region of ERβ.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "used", "the", "JASPAR", "website", "(", "https://jaspar.genereg.net/", ")", "to", "search", "for", "transcription", "factor", "binding", "site", "(", "TFBS", ")", "in", "the", "promoter", "region", "of", "ERβ", "." ] } ]
PMC11678368
The coordination sphere around the metal centers plays a crucial role in shaping the vibrational spectra of complexes, especially in the range below 500 cm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "coordination", "sphere", "around", "the", "metal", "centers", "plays", "a", "crucial", "role", "in", "shaping", "the", "vibrational", "spectra", "of", "complexes", ",", "especially", "in", "the", "range", "below", "500", "cm", "." ] } ]
PMC11653533
While 150 mg/kgbw extract significantly lowered blood glucose level from an initial 166.8 ± 13.5 mg/dl to 36.4 ± 1.6 mg/dl within 4 h (Njagi et al., 2012).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "While", "150", "mg/kgbw", "extract", "significantly", "lowered", "blood", "glucose", "level", "from", "an", "initial", "166.8", "±", "13.5", "mg/dl", "to", "36.4", "±", "1.6", "mg/dl", "within", "4", "h", "(", "Njagi", "et", "al.", ",", "2012", ")", "." ] } ]
PMC9000591
The mobile solvent was composed of chloroform and methanol (v/v).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "mobile", "solvent", "was", "composed", "of", "chloroform", "and", "methanol", "(", "v/v", ")", "." ] } ]
PMC9635307
Therefore, we focused on the role of CEACAM1 in mature B cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "we", "focused", "on", "the", "role", "of", "CEACAM1", "in", "mature", "B", "cells", "." ] } ]
PMC8358006
Columns represent the region from −5 kb with respect to the transcription start sites (TSSs) to +10 kb with respect to the transcription end site (TES).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Columns", "represent", "the", "region", "from", "−5", "kb", "with", "respect", "to", "the", "transcription", "start", "sites", "(", "TSSs", ")", "to", "+", "10", "kb", "with", "respect", "to", "the", "transcription", "end", "site", "(", "TES", ")", "." ] } ]
PMC11705067
NADH, radicicol and dihydrolipoic acid docked to several critical sites of DLAT, including Phe48/35/32, His168, Met47, Asn39, Gln31, etc.,
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "NADH", ",", "radicicol", "and", "dihydrolipoic", "acid", "docked", "to", "several", "critical", "sites", "of", "DLAT", ",", "including", "Phe48/35/32", ",", "His168", ",", "Met47", ",", "Asn39", ",", "Gln31", ",", "etc", ".", "," ] } ]
PMC7039683
All mapped data from the Roadmap Epigenomics Project (Kundaje et al., 2015) (http://www.roadmapepigenomics.org/) were downloaded as BAM files; imputed enhancer regions in each cell/tissue type were also downloaded.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "mapped", "data", "from", "the", "Roadmap", "Epigenomics", "Project", "(", "Kundaje", "et", "al.", ",", "2015", ")", "(", "http://www.roadmapepigenomics.org/", ")", "were", "downloaded", "as", "BAM", "files", ";", "imputed", "enhancer", "regions", "in", "each", "cell/tissue", "type", "were", "also", "downloaded", "." ] } ]
PMC11025866
These upregulated genes are candidates for their involvement in negatively regulating EBV lytic reactivation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "upregulated", "genes", "are", "candidates", "for", "their", "involvement", "in", "negatively", "regulating", "EBV", "lytic", "reactivation", "." ] } ]
PMC11748335
Across all three regions, the gene density of long LOCKs was higher than the overall level, with the most pronounced difference observed in L-PMDs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Across", "all", "three", "regions", ",", "the", "gene", "density", "of", "long", "LOCKs", "was", "higher", "than", "the", "overall", "level", ",", "with", "the", "most", "pronounced", "difference", "observed", "in", "L-PMDs", "." ] } ]
PMC9429973
However, treatment resistance and relapse represent major clinical challenges.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "treatment", "resistance", "and", "relapse", "represent", "major", "clinical", "challenges", "." ] } ]
PMC11774112
The data in A-D are expressed as the means ± SDs (n= 6). (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "data", "in", "A-D", "are", "expressed", "as", "the", "means", "±", "SDs", "(", "n=", "6", ")", ".", "(" ] } ]
PMC11342785
Scale bar represents 20 μm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Scale", "bar", "represents", "20", "μm", "." ] } ]
PMC11591052
A Qubit 4 fluorometer (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA) was used to determine the concentration of RNA, and an Agilent 2100 Bioanalyzer (Agilent Technologies, Santa Clara, CA, USA) was used to evaluate the quality of the RNA.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "Qubit", "4", "fluorometer", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "Waltham", ",", "MA", ",", "USA", ")", "was", "used", "to", "determine", "the", "concentration", "of", "RNA", ",", "and", "an", "Agilent", "2100", "Bioanalyzer", "(", "Agilent", "Technologies", ",", "Santa", "Clara", ",", "CA", ",", "USA", ")", "was", "used", "to", "evaluate", "the", "quality", "of", "the", "RNA", "." ] } ]
PMC11365427
Serum was separated, and bone turnover markers (serum PINP, serum ICTP, and serum lambda free light chains (λFLC)) were quantified by ELISA (Enzyme-linked Biotech, Shanghai, China).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Serum", "was", "separated", ",", "and", "bone", "turnover", "markers", "(", "serum", "PINP", ",", "serum", "ICTP", ",", "and", "serum", "lambda", "free", "light", "chains", "(", "λFLC", ")", ")", "were", "quantified", "by", "ELISA", "(", "Enzyme-linked", "Biotech", ",", "Shanghai", ",", "China", ")", "." ] } ]
PMC11545737
Du and colleagues found that pretreatment of mice with the carotenoid fucoxanthin ameliorates LPS toxicity with reduced pyroptosis and recovery of tight junction protein expression .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Du", "and", "colleagues", "found", "that", "pretreatment", "of", "mice", "with", "the", "carotenoid", "fucoxanthin", "ameliorates", "LPS", "toxicity", "with", "reduced", "pyroptosis", "and", "recovery", "of", "tight", "junction", "protein", "expression", "." ] } ]
PMC11588008
The levels of γ-GCS, p-ERK, HO-1, and Nrf-2 decreased, while the levels of malondialdehyde, GSSG, and ROS increased.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "levels", "of", "γ-GCS", ",", "p-ERK", ",", "HO-1", ",", "and", "Nrf-2", "decreased", ",", "while", "the", "levels", "of", "malondialdehyde", ",", "GSSG", ",", "and", "ROS", "increased", "." ] } ]
PMC11806106
Cells were illuminated by short light flashes for 50 ms with a frequency of 10 Hz.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "illuminated", "by", "short", "light", "flashes", "for", "50", "ms", "with", "a", "frequency", "of", "10", "Hz", "." ] } ]
PMC8922418
To target co-receptors, we selected two gRNAs/SaCas9 packages in AAV6 to target CXCR4 in CD4 T cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "target", "co-receptors", ",", "we", "selected", "two", "gRNAs/SaCas9", "packages", "in", "AAV6", "to", "target", "CXCR4", "in", "CD4", "T", "cells", "." ] } ]
PMC11806818
The linear detection range was 7.5 − 200 U/mL with a detection limit as low as 5.21 U/mL. The assay time for this test was only 20 min and the manufacturing cost was less than $1/strip.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "linear", "detection", "range", "was", "7.5", "−", "200", "U/mL", "with", "a", "detection", "limit", "as", "low", "as", "5.21", "U/mL.", "The", "assay", "time", "for", "this", "test", "was", "only", "20", "min", "and", "the", "manufacturing", "cost", "was", "less", "than", "$", "1/strip", "." ] } ]
PMC4485786
IFN-γ and TNF treatment (blue triangles) terminates cancer cell proliferation but does not kill sarcoma cells (n = 3).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "IFN-γ", "and", "TNF", "treatment", "(", "blue", "triangles", ")", "terminates", "cancer", "cell", "proliferation", "but", "does", "not", "kill", "sarcoma", "cells", "(", "n", "=", "3", ")", "." ] } ]
PMC7039683
GO enrichment (MGI mouse gene expression pattern) of genes associated with cluster 2 elements. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "GO", "enrichment", "(", "MGI", "mouse", "gene", "expression", "pattern", ")", "of", "genes", "associated", "with", "cluster", "2", "elements", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
HScore values ​​>169 were considered highly suggestive of HLH.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "HScore", "values", "​​>169", "were", "considered", "highly", "suggestive", "of", "HLH", "." ] } ]
PMC10114490
Previously, these trimmed reads had been processed to remove ribosomal RNA contamination sequences using Burrows–Wheeler Aligner .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Previously", ",", "these", "trimmed", "reads", "had", "been", "processed", "to", "remove", "ribosomal", "RNA", "contamination", "sequences", "using", "Burrows", "–", "Wheeler", "Aligner", "." ] } ]
PMC6600592
H NMR (CDCl3) δ 7.92 (d, J = 8.7 Hz, 2H, H-2, 6), 7.44 (d, J = 8.6 Hz, 2H, H-3, 5), 4.80-4.75 (m, 1H, H-14), 3.26 (t, J = 6.6 Hz, 2H, H-8), 2.74 (t, J = 6.6 Hz, 2H, H-9), 1.84 (dd, J = 11.4, 5.4 Hz, 2H, H-19), 1.71 (dd, J = 8.8, 4.4 Hz, 2H, H-15), 1.55-1.51 (m, 1H, H-17), 1.44–1.32 (m, 4H, H-16,18), 1.26 (t, J = 11.6 Hz, 1H, H-17).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "H", "NMR", "(", "CDCl3", ")", "δ", "7.92", "(", "d", ",", "J", "=", "8.7", "Hz", ",", "2H", ",", "H-2", ",", "6", ")", ",", "7.44", "(", "d", ",", "J", "=", "8.6", "Hz", ",", "2H", ",", "H-3", ",", "5", ")", ",", "4.80", "-", "4.75", "(", "m", ",", "1H", ",", "H-14", ")", ",", "3.26", "(", "t", ",", "J", "=", "6.6", "Hz", ",", "2H", ",", "H-8", ")", ",", "2.74", "(", "t", ",", "J", "=", "6.6", "Hz", ",", "2H", ",", "H-9", ")", ",", "1.84", "(", "dd", ",", "J", "=", "11.4", ",", "5.4", "Hz", ",", "2H", ",", "H-19", ")", ",", "1.71", "(", "dd", ",", "J", "=", "8.8", ",", "4.4", "Hz", ",", "2H", ",", "H-15", ")", ",", "1.55", "-", "1.51", "(", "m", ",", "1H", ",", "H-17", ")", ",", "1.44–1.32", "(", "m", ",", "4H", ",", "H-16,18", ")", ",", "1.26", "(", "t", ",", "J", "=", "11.6", "Hz", ",", "1H", ",", "H-17", ")", "." ] } ]
PMC6892818
a ACHN, 786-O, and A-704 cells were either untreated (Control) or treated with 10 µg/ml cross-linked agonistic anti-CD40 mAb (G28-5) for 48 h and death was detected using the CytoTox-Glo assay (see Methods).
[ { "tags": [ "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "a", "ACHN", ",", "786-O", ",", "and", "A-704", "cells", "were", "either", "untreated", "(", "Control", ")", "or", "treated", "with", "10", "µg/ml", "cross-linked", "agonistic", "anti-CD40", "mAb", "(", "G28", "-", "5", ")", "for", "48", "h", "and", "death", "was", "detected", "using", "the", "CytoTox-Glo", "assay", "(", "see", "Methods", ")", "." ] } ]
PMC11747949
Therefore, an increase in the number of the subset of these cells could potentially be a desired effect of CCR2 blockade‐related treatment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "an", "increase", "in", "the", "number", "of", "the", "subset", "of", "these", "cells", "could", "potentially", "be", "a", "desired", "effect", "of", "CCR2", "blockade‐related", "treatment", "." ] } ]
PMC5673060
Pazopanib is approved for advanced soft tissue sarcoma and renal-cell carcinoma , while dasatinib is licensed for the treatment of CML and Philadelphia chromosome-positive acute lymphoblastic leukaemia (ALL) , .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Pazopanib", "is", "approved", "for", "advanced", "soft", "tissue", "sarcoma", "and", "renal-cell", "carcinoma", ",", "while", "dasatinib", "is", "licensed", "for", "the", "treatment", "of", "CML", "and", "Philadelphia", "chromosome-positive", "acute", "lymphoblastic", "leukaemia", "(", "ALL", ")", ",", "." ] } ]
PMC11621493
TLC analysis of m- and hPLA2G4D-derived reaction products incubated with rac-18:1 MAG (1 mM) in the absence and presence of 1 mM CaCl2.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "TLC", "analysis", "of", "m-", "and", "hPLA2G4D-derived", "reaction", "products", "incubated", "with", "rac-18:1", "MAG", "(", "1", "mM", ")", "in", "the", "absence", "and", "presence", "of", "1", "mM", "CaCl2", "." ] } ]
PMC10748106
The following global chemical reactivity descriptors: Energy of the Highest Occupied Molecular Orbital (EHOMO), Energy of the Lowest Unoccupied Molecular Orbital (ELUMO), dipole moment (), polarizability, polar surface area (PSA), Hydrogen Bond Donnor (HBD), and Hydrogen Bond Acceptor (HBA) counts, and some related to their size and form: area, volume, ovality, and their solubility: LogP (1-octanol/water calculation) were obtained from the quantum calculations performed with SPARTAN’20 program .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "following", "global", "chemical", "reactivity", "descriptors", ":", "Energy", "of", "the", "Highest", "Occupied", "Molecular", "Orbital", "(", "EHOMO", ")", ",", "Energy", "of", "the", "Lowest", "Unoccupied", "Molecular", "Orbital", "(", "ELUMO", ")", ",", "dipole", "moment", "(", ")", ",", "polarizability", ",", "polar", "surface", "area", "(", "PSA", ")", ",", "Hydrogen", "Bond", "Donnor", "(", "HBD", ")", ",", "and", "Hydrogen", "Bond", "Acceptor", "(", "HBA", ")", "counts", ",", "and", "some", "related", "to", "their", "size", "and", "form", ":", "area", ",", "volume", ",", "ovality", ",", "and", "their", "solubility", ":", "LogP", "(", "1-octanol/water", "calculation", ")", "were", "obtained", "from", "the", "quantum", "calculations", "performed", "with", "SPARTAN’20", "program", "." ] } ]
PMC8526701
Inhibition of BRD9 is a novel therapeutic strategy in GISTs treated alone or in combination with imatinib.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Inhibition", "of", "BRD9", "is", "a", "novel", "therapeutic", "strategy", "in", "GISTs", "treated", "alone", "or", "in", "combination", "with", "imatinib", "." ] } ]
PMC3019555
The percentage of cells with three or less or more than three P-bodies (mean ± SEM; n = 3; *, P < 0.05) is plotted. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "percentage", "of", "cells", "with", "three", "or", "less", "or", "more", "than", "three", "P-bodies", "(", "mean", "±", "SEM", ";", "n", "=", "3", ";", "*", ",", "P", "<", "0.05", ")", "is", "plotted", ".", "(" ] } ]
PMC8140214
Cell viability assay To assess the viability of cells treated with different concentrations of D-glucose or quercetin, an assay was carried out using 3-(4, 5-dimethylthiazol- 2-yl)-2, 5 diphenyltetrazolium bromide (MTT) as previously described by Mosmann(Mosmann, 1983).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "viability", "assay", "To", "assess", "the", "viability", "of", "cells", "treated", "with", "different", "concentrations", "of", "D-glucose", "or", "quercetin", ",", "an", "assay", "was", "carried", "out", "using", "3-(4", ",", "5-dimethylthiazol-", "2-yl)-2", ",", "5", "diphenyltetrazolium", "bromide", "(", "MTT", ")", "as", "previously", "described", "by", "Mosmann(Mosmann", ",", "1983", ")", "." ] } ]
PMC11087055
Statistical tests, individual p values, and sample numbers are described in figure panels and legends.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Statistical", "tests", ",", "individual", "p", "values", ",", "and", "sample", "numbers", "are", "described", "in", "figure", "panels", "and", "legends", "." ] } ]
PMC5600151
The dendriplexes formed possessed a better cell internalization ability and released DNA cargo by taking advantage of a “proton sponge” buffering effect .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "dendriplexes", "formed", "possessed", "a", "better", "cell", "internalization", "ability", "and", "released", "DNA", "cargo", "by", "taking", "advantage", "of", "a", "“", "proton", "sponge", "”", "buffering", "effect", "." ] } ]
PMC11653533
In most cases, more than one compound was identified from various plant parts, in contrast, a single compound isolated from the root and stem of Ficus auriculata, leaves of Ficus benjamina in the Pakistani sample, the bark of F. benjamina in the Malaysian sample and ripe fruits of F. racemose.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "most", "cases", ",", "more", "than", "one", "compound", "was", "identified", "from", "various", "plant", "parts", ",", "in", "contrast", ",", "a", "single", "compound", "isolated", "from", "the", "root", "and", "stem", "of", "Ficus", "auriculata", ",", "leaves", "of", "Ficus", "benjamina", "in", "the", "Pakistani", "sample", ",", "the", "bark", "of", "F.", "benjamina", "in", "the", "Malaysian", "sample", "and", "ripe", "fruits", "of", "F.", "racemose", "." ] } ]
PMC11190238
Intriguingly, as the cell becomes mesenchymal, there is a surge in transcriptionally inactive eLADs within the inactive compartments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Intriguingly", ",", "as", "the", "cell", "becomes", "mesenchymal", ",", "there", "is", "a", "surge", "in", "transcriptionally", "inactive", "eLADs", "within", "the", "inactive", "compartments", "." ] } ]
PMC11740508
F–I Cell cycle profiles at 48 h of drug treatment as indicated.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "F", "–", "I", "Cell", "cycle", "profiles", "at", "48", "h", "of", "drug", "treatment", "as", "indicated", "." ] } ]
PMC11730311
The tension generated during the resting state was denoted as Emax (100% relaxation).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "tension", "generated", "during", "the", "resting", "state", "was", "denoted", "as", "Emax", "(", "100", "%", "relaxation", ")", "." ] } ]
PMC11743414
Pathway analysis of Gene Ontology and Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomesof differentially expressed genes (C, D).Correlation analysis between differential genes (E) There were differences between 337 whole blood samples of the FHL1 gene and 417 AML samples.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Pathway", "analysis", "of", "Gene", "Ontology", "and", "Kyoto", "Encyclopedia", "of", "Genes", "and", "Genomesof", "differentially", "expressed", "genes", "(", "C", ",", "D).Correlation", "analysis", "between", "differential", "genes", "(", "E", ")", "There", "were", "differences", "between", "337", "whole", "blood", "samples", "of", "the", "FHL1", "gene", "and", "417", "AML", "samples", "." ] } ]
PMC11607638
Little is known about the blood‐feeding physiology of arbovirus vector Aedes aegypti although this type of mosquito is known to transmit infectious diseases dengue, Zika, yellow fever, and chikungunya.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Little", "is", "known", "about", "the", "blood‐feeding", "physiology", "of", "arbovirus", "vector", "Aedes", "aegypti", "although", "this", "type", "of", "mosquito", "is", "known", "to", "transmit", "infectious", "diseases", "dengue", ",", "Zika", ",", "yellow", "fever", ",", "and", "chikungunya", "." ] } ]
PMC9684669
After incubation for the indicated time, the luminescence signal in the plates were detected using a ViewLux plate reader (PerkinElmer).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "incubation", "for", "the", "indicated", "time", ",", "the", "luminescence", "signal", "in", "the", "plates", "were", "detected", "using", "a", "ViewLux", "plate", "reader", "(", "PerkinElmer", ")", "." ] } ]
PMC11803918
Ce6-loaded liposomes composed of HSPC (54 mol %), cholesterol (30 mol %), DSPE-PEG2K (5 mol %), and Ce6 (11 mol %) were prepared by the thin film hydration method.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Ce6-loaded", "liposomes", "composed", "of", "HSPC", "(", "54", "mol", "%", ")", ",", "cholesterol", "(", "30", "mol", "%", ")", ",", "DSPE-PEG2", "K", "(", "5", "mol", "%", ")", ",", "and", "Ce6", "(", "11", "mol", "%", ")", "were", "prepared", "by", "the", "thin", "film", "hydration", "method", "." ] } ]
PMC6934009
On treatment with 5, 10, 15, 20, 25, 30, and 50 µM of wogonin, the viability of A549 cells reduced to 89%, 83%, 72%, 60%, 48%, 39%, and 31%, respectively, and that of A427 cells decreased to 86%, 83%, 76%, 65%, 51%, 40%, and 34%, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "On", "treatment", "with", "5", ",", "10", ",", "15", ",", "20", ",", "25", ",", "30", ",", "and", "50", "µM", "of", "wogonin", ",", "the", "viability", "of", "A549", "cells", "reduced", "to", "89", "%", ",", "83", "%", ",", "72", "%", ",", "60", "%", ",", "48", "%", ",", "39", "%", ",", "and", "31", "%", ",", "respectively", ",", "and", "that", "of", "A427", "cells", "decreased", "to", "86", "%", ",", "83", "%", ",", "76", "%", ",", "65", "%", ",", "51", "%", ",", "40", "%", ",", "and", "34", "%", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC10565698
6 TCF12 is a target molecule acting downstream of miR-211-5p.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "6", "TCF12", "is", "a", "target", "molecule", "acting", "downstream", "of", "miR-211", "-", "5p", "." ] } ]
PMC11634027
B,E,H) Part of the wing hinge region from homozygous ds (B), ds (E), and ds (H).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "B", ",", "E", ",", "H", ")", "Part", "of", "the", "wing", "hinge", "region", "from", "homozygous", "ds", "(", "B", ")", ",", "ds", "(", "E", ")", ",", "and", "ds", "(", "H", ")", "." ] } ]
PMC11502962
Available studies have shown abundant immune cell infiltration in GIST (5, 12–14).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Available", "studies", "have", "shown", "abundant", "immune", "cell", "infiltration", "in", "GIST", "(", "5", ",", "12–14", ")", "." ] } ]
PMC11657695
C Event-free survival probability (Kaplan Meier curve) of Ewing sarcoma patients depending on KCNA2 expression (high or low).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C", "Event-free", "survival", "probability", "(", "Kaplan", "Meier", "curve", ")", "of", "Ewing", "sarcoma", "patients", "depending", "on", "KCNA2", "expression", "(", "high", "or", "low", ")", "." ] } ]
PMC11697703
The specific test used for each analysis is indicated in the figure legends.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "specific", "test", "used", "for", "each", "analysis", "is", "indicated", "in", "the", "figure", "legends", "." ] } ]
PMC11684269
Subsequently, within the thymic cortex, the T cells engage with MHC molecules on the surface of thymic epithelial cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Subsequently", ",", "within", "the", "thymic", "cortex", ",", "the", "T", "cells", "engage", "with", "MHC", "molecules", "on", "the", "surface", "of", "thymic", "epithelial", "cells", "." ] } ]
PMC9065483
Consistent with our previous findings, mice receiving combinational treatment and gefitinib after infection significantly lowered viral-associated luciferase signal compared with mice not receiving any gefitinib (Figures 5C and 5D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Consistent", "with", "our", "previous", "findings", ",", "mice", "receiving", "combinational", "treatment", "and", "gefitinib", "after", "infection", "significantly", "lowered", "viral-associated", "luciferase", "signal", "compared", "with", "mice", "not", "receiving", "any", "gefitinib", "(", "Figures", "5C", "and", "5D", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Flow cytometry was used for mitochondrial analysis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Flow", "cytometry", "was", "used", "for", "mitochondrial", "analysis", "." ] } ]
PMC11453018
Ifosfamide, another commonly used chemotherapeutic agent for ES, is an alkylating agent that cross-links DNA strands .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Ifosfamide", ",", "another", "commonly", "used", "chemotherapeutic", "agent", "for", "ES", ",", "is", "an", "alkylating", "agent", "that", "cross-links", "DNA", "strands", "." ] } ]
PMC5673060
The supernatant from the immunoprecipitation was further enriched with immobilised metal affinity chromatography (IMAC) or titanium dioxide (TiO2) prior to liquid chromatography tandem mass spectrometry analysis (LC MS/MS). (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "supernatant", "from", "the", "immunoprecipitation", "was", "further", "enriched", "with", "immobilised", "metal", "affinity", "chromatography", "(", "IMAC", ")", "or", "titanium", "dioxide", "(", "TiO2", ")", "prior", "to", "liquid", "chromatography", "tandem", "mass", "spectrometry", "analysis", "(", "LC", "MS/MS", ")", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
Radiotherapy and ASCT may improve our results.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Radiotherapy", "and", "ASCT", "may", "improve", "our", "results", "." ] } ]
PMC11406030
The cells were washed briefly with PBS and fixed with 4% paraformaldehyde for 10 min, followed by washing with PBS three times, 10 min each.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cells", "were", "washed", "briefly", "with", "PBS", "and", "fixed", "with", "4", "%", "paraformaldehyde", "for", "10", "min", ",", "followed", "by", "washing", "with", "PBS", "three", "times", ",", "10", "min", "each", "." ] } ]
PMC11591052
The importance of one-carbon metabolism for muscle cells has been recently illustrated by Mäntyselkä and co-authors .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "importance", "of", "one-carbon", "metabolism", "for", "muscle", "cells", "has", "been", "recently", "illustrated", "by", "Mäntyselkä", "and", "co-authors", "." ] } ]
PMC9786247
Bovine isolates of C. burnetii are more difficult to obtain by culturing approaches than isolates from small ruminants (Henning, personal observation).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Bovine", "isolates", "of", "C.", "burnetii", "are", "more", "difficult", "to", "obtain", "by", "culturing", "approaches", "than", "isolates", "from", "small", "ruminants", "(", "Henning", ",", "personal", "observation", ")", "." ] } ]
PMC8633974
Normal distribution of data was determined by Shapiro-Wilk or Kolmogorov-Smirnov tests.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Normal", "distribution", "of", "data", "was", "determined", "by", "Shapiro-Wilk", "or", "Kolmogorov-Smirnov", "tests", "." ] } ]
PMC11583690
2The average particle size and count rates of the MSN (A) and BPMO (B); the Zeta potentials of the MSN (C) and BPMO (D).Fig.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "2The", "average", "particle", "size", "and", "count", "rates", "of", "the", "MSN", "(", "A", ")", "and", "BPMO", "(", "B", ")", ";", "the", "Zeta", "potentials", "of", "the", "MSN", "(", "C", ")", "and", "BPMO", "(D).Fig", "." ] } ]
PMC11676169
We analyzed apoptosis after 48–72 h by flow cytometry (FACS) after staining with Annexin V-FITC (APOAF; Roche, Burgess Hill, UK) or Annexin V-PE (#556422; BD Biosciences, Milan, Italy) and SYTOX Red dead cell stain (S34862; Invitrogen).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "analyzed", "apoptosis", "after", "48–72", "h", "by", "flow", "cytometry", "(", "FACS", ")", "after", "staining", "with", "Annexin", "V-FITC", "(", "APOAF", ";", "Roche", ",", "Burgess", "Hill", ",", "UK", ")", "or", "Annexin", "V-PE", "(", "#", "556422", ";", "BD", "Biosciences", ",", "Milan", ",", "Italy", ")", "and", "SYTOX", "Red", "dead", "cell", "stain", "(", "S34862", ";", "Invitrogen", ")", "." ] } ]
PMC10914904
Structural predictions suggest that vtRNAs 1-1, 1-2, and 1-3 adopt conformations that are recognized by the RIG-I receptor.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Structural", "predictions", "suggest", "that", "vtRNAs", "1", "-", "1", ",", "1", "-", "2", ",", "and", "1", "-", "3", "adopt", "conformations", "that", "are", "recognized", "by", "the", "RIG-I", "receptor", "." ] } ]
PMC10218459
This effect could already be observed after 48 h of exposure to both cytostatics DOX and VIN.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "effect", "could", "already", "be", "observed", "after", "48", "h", "of", "exposure", "to", "both", "cytostatics", "DOX", "and", "VIN", "." ] } ]
PMC4355729
CSCs have been identified based on expression of various markers such as CD44, CD133 and CXCR4242526.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CSCs", "have", "been", "identified", "based", "on", "expression", "of", "various", "markers", "such", "as", "CD44", ",", "CD133", "and", "CXCR4242526", "." ] } ]
PMC9429973
Previous research suggests that adherence to this orally-administered agent is directly related to clinical outcomes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Previous", "research", "suggests", "that", "adherence", "to", "this", "orally-administered", "agent", "is", "directly", "related", "to", "clinical", "outcomes", "." ] } ]
PMC11750712
AUTO4 was successfully manufactured for 13 patients (manufacture failed in 2 patients—one due to transduction failure and another due to target dose not reached).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "AUTO4", "was", "successfully", "manufactured", "for", "13", "patients", "(", "manufacture", "failed", "in", "2", "patients", "—", "one", "due", "to", "transduction", "failure", "and", "another", "due", "to", "target", "dose", "not", "reached", ")", "." ] } ]
PMC10362265
Shape analysis was conducted by monitoring the RG and SASA of the dimeric and monomeric forms of the complexes (Fig. S2).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Shape", "analysis", "was", "conducted", "by", "monitoring", "the", "RG", "and", "SASA", "of", "the", "dimeric", "and", "monomeric", "forms", "of", "the", "complexes", "(", "Fig.", "S2", ")", "." ] } ]
PMC11506827
Moreover, the combined TRAIL treatment following GEF pre-treatment decreased both the 786-O and A498 cell counts (Figure 1C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "the", "combined", "TRAIL", "treatment", "following", "GEF", "pre-treatment", "decreased", "both", "the", "786-O", "and", "A498", "cell", "counts", "(", "Figure", "1C", ")", "." ] } ]
PMC11591030
AOP with an average molecular weight of 9.00 kDa are a neutral polysaccharide composed of several monosaccharides, including fucose, arabinose, galactose, glucose, xylose, mannose, ribose, galacturonic acid, and glucuronic acid, with molar ratios of 0.56:13.75:12.79:54.08:3.15:13.43:0.63:0.67:0.93, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "AOP", "with", "an", "average", "molecular", "weight", "of", "9.00", "kDa", "are", "a", "neutral", "polysaccharide", "composed", "of", "several", "monosaccharides", ",", "including", "fucose", ",", "arabinose", ",", "galactose", ",", "glucose", ",", "xylose", ",", "mannose", ",", "ribose", ",", "galacturonic", "acid", ",", "and", "glucuronic", "acid", ",", "with", "molar", "ratios", "of", "0.56:13.75:12.79:54.08:3.15:13.43:0.63:0.67:0.93", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC10926885
The proliferation, invasion and metastasis of bladder cancer cells may be prevented by NDE1 knockdown.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "proliferation", ",", "invasion", "and", "metastasis", "of", "bladder", "cancer", "cells", "may", "be", "prevented", "by", "NDE1", "knockdown", "." ] } ]
PMC9429973
R. Cuccurullo, G. Aloj, A. De Matteo, G. Giagnuolo, F. Cacace, M. L. Conelli, L. Bufalo, F. P. Tambaro, G. Menna Oncology, AORN Santobono- Pausilipon; Pediatric, Università degli Studi di Napoli Federico II, Naples, Italy Background: Acute myeloid leukemia (AML) with t(8;16) is a rare AML subtype (0.2% in adult setting) that represents a distinct clinical entity, often therapy-related.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "R.", "Cuccurullo", ",", "G.", "Aloj", ",", "A.", "De", "Matteo", ",", "G.", "Giagnuolo", ",", "F.", "Cacace", ",", "M.", "L.", "Conelli", ",", "L.", "Bufalo", ",", "F.", "P.", "Tambaro", ",", "G.", "Menna", "Oncology", ",", "AORN", "Santobono-", "Pausilipon", ";", "Pediatric", ",", "Università", "degli", "Studi", "di", "Napoli", "Federico", "II", ",", "Naples", ",", "Italy", "Background", ":", "Acute", "myeloid", "leukemia", "(", "AML", ")", "with", "t(8;16", ")", "is", "a", "rare", "AML", "subtype", "(", "0.2", "%", "in", "adult", "setting", ")", "that", "represents", "a", "distinct", "clinical", "entity", ",", "often", "therapy-related", "." ] } ]
PMC5916734
As a result, the only significant difference between the recombinant FIXa secreted in CHO cells and natural FIXa consists in the level of β-hydroxylation of the Asp64 residue: 0.24 mol/mol in natural FIX versus 0.4 mol/mol in recombinant FIX .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "a", "result", ",", "the", "only", "significant", "difference", "between", "the", "recombinant", "FIXa", "secreted", "in", "CHO", "cells", "and", "natural", "FIXa", "consists", "in", "the", "level", "of", "β-hydroxylation", "of", "the", "Asp64", "residue", ":", "0.24", "mol/mol", "in", "natural", "FIX", "versus", "0.4", "mol/mol", "in", "recombinant", "FIX", "." ] } ]
PMC11348300
Despite the scattered nature of the calibration curve, it appears that HS values>0.8 consistently indicate pO2<10 mmHg.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Despite", "the", "scattered", "nature", "of", "the", "calibration", "curve", ",", "it", "appears", "that", "HS", "values>0.8", "consistently", "indicate", "pO2<10", "mmHg", "." ] } ]
PMC11795610
Myricetin (Myr) is a naturally dietary flavonoid (3, 5, 7, 3’, 4’, 5’-hexahydroxyflavone), which is widely found in a variety of foods, such as fruits, vegetables, berries, tea, and red wine.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Myricetin", "(", "Myr", ")", "is", "a", "naturally", "dietary", "flavonoid", "(", "3", ",", "5", ",", "7", ",", "3", "’", ",", "4", "’", ",", "5’-hexahydroxyflavone", ")", ",", "which", "is", "widely", "found", "in", "a", "variety", "of", "foods", ",", "such", "as", "fruits", ",", "vegetables", ",", "berries", ",", "tea", ",", "and", "red", "wine", "." ] } ]
PMC9429973
The cumulative incidence rates of mild and moderate chronic GVHD at 1-year were 9% and 18%, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cumulative", "incidence", "rates", "of", "mild", "and", "moderate", "chronic", "GVHD", "at", "1-year", "were", "9", "%", "and", "18", "%", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC11650848
Our previous results showed significantly higher scores in Verbal Comprehension (girls only), and in two Processing Speed tests in the children of mothers assigned to FA supplementation, compared to placebo, during pregnancy .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "previous", "results", "showed", "significantly", "higher", "scores", "in", "Verbal", "Comprehension", "(", "girls", "only", ")", ",", "and", "in", "two", "Processing", "Speed", "tests", "in", "the", "children", "of", "mothers", "assigned", "to", "FA", "supplementation", ",", "compared", "to", "placebo", ",", "during", "pregnancy", "." ] } ]
PMC3675084
Immunoblotting analysis shows that BPR0L075 treatment induced up-regulation of cyclin B1, BubR1, MPM-2, and survivin protein levels and Bcl-XL phosphorylation in parental cells; however, in resistant cells, the endogenous expressions of BubR1 and survivin were depleted, BPR0L075 treatment failed to induce MPM-2 expression and phosphorylation of Bcl-XL.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Immunoblotting", "analysis", "shows", "that", "BPR0L075", "treatment", "induced", "up-regulation", "of", "cyclin", "B1", ",", "BubR1", ",", "MPM-2", ",", "and", "survivin", "protein", "levels", "and", "Bcl-XL", "phosphorylation", "in", "parental", "cells", ";", "however", ",", "in", "resistant", "cells", ",", "the", "endogenous", "expressions", "of", "BubR1", "and", "survivin", "were", "depleted", ",", "BPR0L075", "treatment", "failed", "to", "induce", "MPM-2", "expression", "and", "phosphorylation", "of", "Bcl-XL", "." ] } ]