PMCID string | Sentences string | ner list |
|---|---|---|
PMC9429973 | M. S. Raab, Y. C. Cohen, F. Schjesvold, K. Aardalen, A. Oka, A. Spencer, M. Wermke, P. Hari, J. L. Kaufman, A. M. Cafro, E. M. Ocio, N. Doki, K. Henson, G. Trabucco, P.-E. Juif, R. Chawla, J. Cotton, A. Fessehatsion, L. Fan, J. Blankenship, B. Granda, H. Lu, S. De Vita Department of Internal Medicine, Heidelberg University Hospital, Heidelberg, Germany; Tel-Aviv Sourasky (Ichilov) Medical Center; Sackler Faculty of Medicine, Tel Aviv University, Tel Aviv, Israel; Oslo Myeloma Center, Department of Hematology, Oslo University Hospital; KG Jebsen Center for B cell malignancies, University of Oslo, Oslo, Norway; Novartis Institutes for BioMedical Research, Cambridge, MA, United States of America; The Alfred Hospital, Melbourne, VIC, Australia; NCT/UCC Early Clinical Trial Unit, Universitätsklinikum Carl Gustav Carus an der Technische Universität, Dresden, Germany; Division of Hematology & Oncology, Medical College of Wisconsin, Milwaukee, WI; Winship Cancer Institute, Emory University, Atlanta, GA, United States of America; Department of Hematology, ASST Grande Ospedale Metropolitano, Niguarda, Milan, Italy; Hospital Universitario Marqués de Valdecilla (IDIVAL), Universidad de Cantabria, Santander, Spain; Hematology Division, Tokyo Metropolitan Cancer and Infectious Diseases Center, Tokyo, Japan; Novartis Institutes for BioMedical Research, Basel, Switzerland Background: B-cell maturation antigen (BCMA) is a member of the tumor necrosis factor receptor superfamily with selective expression on benign and malignant plasma cells. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"M.",
"S.",
"Raab",
",",
"Y.",
"C.",
"Cohen",
",",
"F.",
"Schjesvold",
",",
"K.",
"Aardalen",
",",
"A.",
"Oka",
",",
"A.",
"Spencer",
",",
"M.",
"Wermke",
",",
"P.",
"Hari",
",",
"J.",
"L.",
"Kaufman",
",",
"A.",
"M.",
"Cafro",
",",
"E.",
"M.",
"Ocio",
",",
"N.",
"Doki",
",",
"K.",
"Henson",
",",
"G.",
"Trabucco",
",",
"P.-E.",
"Juif",
",",
"R.",
"Chawla",
",",
"J.",
"Cotton",
",",
"A.",
"Fessehatsion",
",",
"L.",
"Fan",
",",
"J.",
"Blankenship",
",",
"B.",
"Granda",
",",
"H.",
"Lu",
",",
"S.",
"De",
"Vita",
"Department",
"of",
"Internal",
"Medicine",
",",
"Heidelberg",
"University",
"Hospital",
",",
"Heidelberg",
",",
"Germany",
";",
"Tel-Aviv",
"Sourasky",
"(",
"Ichilov",
")",
"Medical",
"Center",
";",
"Sackler",
"Faculty",
"of",
"Medicine",
",",
"Tel",
"Aviv",
"University",
",",
"Tel",
"Aviv",
",",
"Israel",
";",
"Oslo",
"Myeloma",
"Center",
",",
"Department",
"of",
"Hematology",
",",
"Oslo",
"University",
"Hospital",
";",
"KG",
"Jebsen",
"Center",
"for",
"B",
"cell",
"malignancies",
",",
"University",
"of",
"Oslo",
",",
"Oslo",
",",
"Norway",
";",
"Novartis",
"Institutes",
"for",
"BioMedical",
"Research",
",",
"Cambridge",
",",
"MA",
",",
"United",
"States",
"of",
"America",
";",
"The",
"Alfred",
"Hospital",
",",
"Melbourne",
",",
"VIC",
",",
"Australia",
";",
"NCT/UCC",
"Early",
"Clinical",
"Trial",
"Unit",
",",
"Universitätsklinikum",
"Carl",
"Gustav",
"Carus",
"an",
"der",
"Technische",
"Universität",
",",
"Dresden",
",",
"Germany",
";",
"Division",
"of",
"Hematology",
"&",
"Oncology",
",",
"Medical",
"College",
"of",
"Wisconsin",
",",
"Milwaukee",
",",
"WI",
";",
"Winship",
"Cancer",
"Institute",
",",
"Emory",
"University",
",",
"Atlanta",
",",
"GA",
",",
"United",
"States",
"of",
"America",
";",
"Department",
"of",
"Hematology",
",",
"ASST",
"Grande",
"Ospedale",
"Metropolitano",
",",
"Niguarda",
",",
"Milan",
",",
"Italy",
";",
"Hospital",
"Universitario",
"Marqués",
"de",
"Valdecilla",
"(",
"IDIVAL",
")",
",",
"Universidad",
"de",
"Cantabria",
",",
"Santander",
",",
"Spain",
";",
"Hematology",
"Division",
",",
"Tokyo",
"Metropolitan",
"Cancer",
"and",
"Infectious",
"Diseases",
"Center",
",",
"Tokyo",
",",
"Japan",
";",
"Novartis",
"Institutes",
"for",
"BioMedical",
"Research",
",",
"Basel",
",",
"Switzerland",
"Background",
":",
"B-cell",
"maturation",
"antigen",
"(",
"BCMA",
")",
"is",
"a",
"member",
"of",
"the",
"tumor",
"necrosis",
"factor",
"receptor",
"superfamily",
"with",
"selective",
"expression",
"on",
"benign",
"and",
"malignant",
"plasma",
"cells",
"."
]
}
] |
PMC9027909 | In order to prepare the B3STA, three freeze-thaw cycles in liquid nitrogen and a 37 °C water bath were employed and the resultant subject was filtered using polyethersulfone (PES) filters with 0.22 μm pore size to eliminate probable remained bacteria . | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"In",
"order",
"to",
"prepare",
"the",
"B3STA",
",",
"three",
"freeze-thaw",
"cycles",
"in",
"liquid",
"nitrogen",
"and",
"a",
"37",
"°",
"C",
"water",
"bath",
"were",
"employed",
"and",
"the",
"resultant",
"subject",
"was",
"filtered",
"using",
"polyethersulfone",
"(",
"PES",
")",
"filters",
"with",
"0.22",
"μm",
"pore",
"size",
"to",
"eliminate",
"probable",
"remained",
"bacteria",
"."
]
}
] |
PMC11725127 | A–D) USP2 was knocked out in MM.1S (A, B) or RPMI 8226 (C, D) cells by introducing USP2-silencing puromycin-resistant Cas9-sgRNAs. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"I-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"A",
"–",
"D",
")",
"USP2",
"was",
"knocked",
"out",
"in",
"MM.1S",
"(",
"A",
",",
"B",
")",
"or",
"RPMI",
"8226",
"(",
"C",
",",
"D",
")",
"cells",
"by",
"introducing",
"USP2-silencing",
"puromycin-resistant",
"Cas9-sgRNAs",
"."
]
}
] |
PMC11767817 | The experiments were performed as two independent experiments. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"experiments",
"were",
"performed",
"as",
"two",
"independent",
"experiments",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | Using RNAseq and functional validation studies we identified hepatic farnesoid X receptor (FXR) signaling as a BMAL1 and feeding-dependent regulator of LPS susceptibility. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Using",
"RNAseq",
"and",
"functional",
"validation",
"studies",
"we",
"identified",
"hepatic",
"farnesoid",
"X",
"receptor",
"(",
"FXR",
")",
"signaling",
"as",
"a",
"BMAL1",
"and",
"feeding-dependent",
"regulator",
"of",
"LPS",
"susceptibility",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | Methods: Patient management was recorded electronically every 6 months (“visit”) in a central database, including treatment, transfusions, blood values, and health related quality of life (HRQoL) using the EQ-5D 3-Level index and Visual Analog Scale (VAS). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Methods",
":",
"Patient",
"management",
"was",
"recorded",
"electronically",
"every",
"6",
"months",
"(",
"“",
"visit",
"”",
")",
"in",
"a",
"central",
"database",
",",
"including",
"treatment",
",",
"transfusions",
",",
"blood",
"values",
",",
"and",
"health",
"related",
"quality",
"of",
"life",
"(",
"HRQoL",
")",
"using",
"the",
"EQ-5D",
"3-Level",
"index",
"and",
"Visual",
"Analog",
"Scale",
"(",
"VAS",
")",
"."
]
}
] |
PMC10530622 | Understanding oxalate-handling mechanisms is crucial, as urinary oxalate excretion plays a role in kidney stone formation and may represent an important target in the pharmacological treatment of kidney stones. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Understanding",
"oxalate-handling",
"mechanisms",
"is",
"crucial",
",",
"as",
"urinary",
"oxalate",
"excretion",
"plays",
"a",
"role",
"in",
"kidney",
"stone",
"formation",
"and",
"may",
"represent",
"an",
"important",
"target",
"in",
"the",
"pharmacological",
"treatment",
"of",
"kidney",
"stones",
"."
]
}
] |
PMC9895440 | Cells were then washed (500 g 3 min centrifugation) in 1x Permeabilization buffer (eBioscience) and incubated in blocking solution (1x Permeabilization buffer with 10% final concentration of FCS) for 10 min at RT. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Cells",
"were",
"then",
"washed",
"(",
"500",
"g",
"3",
"min",
"centrifugation",
")",
"in",
"1x",
"Permeabilization",
"buffer",
"(",
"eBioscience",
")",
"and",
"incubated",
"in",
"blocking",
"solution",
"(",
"1x",
"Permeabilization",
"buffer",
"with",
"10",
"%",
"final",
"concentration",
"of",
"FCS",
")",
"for",
"10",
"min",
"at",
"RT",
"."
]
}
] |
PMC11755624 | Specifically, keratinocytes stimulated with IL-22/LPS showed the upregulation of NORAD. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Specifically",
",",
"keratinocytes",
"stimulated",
"with",
"IL-22/LPS",
"showed",
"the",
"upregulation",
"of",
"NORAD",
"."
]
}
] |
PMC5963610 | One representative experiment out of three performed experiments is shown in each case. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"One",
"representative",
"experiment",
"out",
"of",
"three",
"performed",
"experiments",
"is",
"shown",
"in",
"each",
"case",
"."
]
}
] |
PMC8996378 | The Rh123 efflux assay results also showed that all these compounds were able to inhibit the efflux activity of ABCB1 at 20 µM. Their efficacy was 2–3 times higher than that of the positive control verapamil in a mouse T-lymphoma ABCB1-transfected cell model (FAR = 12.5 at 20 μM) (Reis et al., 2016). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"Rh123",
"efflux",
"assay",
"results",
"also",
"showed",
"that",
"all",
"these",
"compounds",
"were",
"able",
"to",
"inhibit",
"the",
"efflux",
"activity",
"of",
"ABCB1",
"at",
"20",
"µM.",
"Their",
"efficacy",
"was",
"2–3",
"times",
"higher",
"than",
"that",
"of",
"the",
"positive",
"control",
"verapamil",
"in",
"a",
"mouse",
"T-lymphoma",
"ABCB1-transfected",
"cell",
"model",
"(",
"FAR",
"=",
"12.5",
"at",
"20",
"μM",
")",
"(",
"Reis",
"et",
"al.",
",",
"2016",
")",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | Subsequently, TLR4 downstream and proinflammatory signaling was analyzed by Western blot and real-time PCR. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Subsequently",
",",
"TLR4",
"downstream",
"and",
"proinflammatory",
"signaling",
"was",
"analyzed",
"by",
"Western",
"blot",
"and",
"real-time",
"PCR",
"."
]
}
] |
PMC9509578 | Narayanan et al. performed an extensive in-vitro study that tested the role of the spleen TKI entospletinib (GS-9973) in the reversal of ABCG2-mediated MDR. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Narayanan",
"et",
"al.",
"performed",
"an",
"extensive",
"in-vitro",
"study",
"that",
"tested",
"the",
"role",
"of",
"the",
"spleen",
"TKI",
"entospletinib",
"(",
"GS-9973",
")",
"in",
"the",
"reversal",
"of",
"ABCG2-mediated",
"MDR",
"."
]
}
] |
PMC11742431 | KVN or K14N protein treatment for 0 h as control. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"KVN",
"or",
"K14N",
"protein",
"treatment",
"for",
"0",
"h",
"as",
"control",
"."
]
}
] |
PMC11718817 | Statistical significances with p values were defined as * p ≤ 0.05, ** p < 0.01, and *** p < 0.001. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Statistical",
"significances",
"with",
"p",
"values",
"were",
"defined",
"as",
"*",
"p",
"≤",
"0.05",
",",
"*",
"*",
"p",
"<",
"0.01",
",",
"and",
"*",
"*",
"*",
"p",
"<",
"0.001",
"."
]
}
] |
PMC11047729 | The same analyzed articles are available in the Scopus and Web of Science databases. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"same",
"analyzed",
"articles",
"are",
"available",
"in",
"the",
"Scopus",
"and",
"Web",
"of",
"Science",
"databases",
"."
]
}
] |
PMC11394730 | SREBPs, mediated by 3-hydroxy-3-methyl glutaryl coenzyme A reductase (HMGCR), may cause abnormally high cholesterol levels . | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"SREBPs",
",",
"mediated",
"by",
"3-hydroxy-3-methyl",
"glutaryl",
"coenzyme",
"A",
"reductase",
"(",
"HMGCR",
")",
",",
"may",
"cause",
"abnormally",
"high",
"cholesterol",
"levels",
"."
]
}
] |
PMC11513011 | The effect was greater in T24 and 5637, which are invasive cell lines. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"effect",
"was",
"greater",
"in",
"T24",
"and",
"5637",
",",
"which",
"are",
"invasive",
"cell",
"lines",
"."
]
}
] |
PMC11138140 | Despite these limitations, the Holomonitor M4 offers a promising tool for exploring the temporal aspects of cardiomyocyte hypertrophy, which may provide novel insights into the progression of pathological hypertrophic events. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Despite",
"these",
"limitations",
",",
"the",
"Holomonitor",
"M4",
"offers",
"a",
"promising",
"tool",
"for",
"exploring",
"the",
"temporal",
"aspects",
"of",
"cardiomyocyte",
"hypertrophy",
",",
"which",
"may",
"provide",
"novel",
"insights",
"into",
"the",
"progression",
"of",
"pathological",
"hypertrophic",
"events",
"."
]
}
] |
PMC11585565 | Missense variants (c.1474G > T and c.1475G > A) previously identified in patients with Jalili syndrome have been linked to functional impairment of CNNM4, however, the biological consequences of these pathogenic variants remain largely unexplored. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Missense",
"variants",
"(",
"c.1474",
"G",
">",
"T",
"and",
"c.1475",
"G",
">",
"A",
")",
"previously",
"identified",
"in",
"patients",
"with",
"Jalili",
"syndrome",
"have",
"been",
"linked",
"to",
"functional",
"impairment",
"of",
"CNNM4",
",",
"however",
",",
"the",
"biological",
"consequences",
"of",
"these",
"pathogenic",
"variants",
"remain",
"largely",
"unexplored",
"."
]
}
] |
PMC6442998 | Slides, purchased from CMMI-DiaPath (Center for Microscopy and Molecular Imaging, Gosselies, Belgium), originates from the Department of Pathology, Erasmus Academic Hospital, Université Libre de Bruxelles, Brussels, Belgium. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Slides",
",",
"purchased",
"from",
"CMMI-DiaPath",
"(",
"Center",
"for",
"Microscopy",
"and",
"Molecular",
"Imaging",
",",
"Gosselies",
",",
"Belgium",
")",
",",
"originates",
"from",
"the",
"Department",
"of",
"Pathology",
",",
"Erasmus",
"Academic",
"Hospital",
",",
"Université",
"Libre",
"de",
"Bruxelles",
",",
"Brussels",
",",
"Belgium",
"."
]
}
] |
PMC11626627 | In a six-well plate, tumor cells were added to each well at a density of 1 × 10 cells. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"In",
"a",
"six-well",
"plate",
",",
"tumor",
"cells",
"were",
"added",
"to",
"each",
"well",
"at",
"a",
"density",
"of",
"1",
"×",
"10",
"cells",
"."
]
}
] |
PMC5025404 | Upon reaching a cell viability of greater than 90 %, the total pool was subjected to limiting dilutions to select individual clones. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Upon",
"reaching",
"a",
"cell",
"viability",
"of",
"greater",
"than",
"90",
"%",
",",
"the",
"total",
"pool",
"was",
"subjected",
"to",
"limiting",
"dilutions",
"to",
"select",
"individual",
"clones",
"."
]
}
] |
PMC11470381 | B. Transfected Jurkat cells were collected, washed, and resuspended in imaging medium. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"B.",
"Transfected",
"Jurkat",
"cells",
"were",
"collected",
",",
"washed",
",",
"and",
"resuspended",
"in",
"imaging",
"medium",
"."
]
}
] |
PMC11388384 | Briefly, ~10 cells were trypsinized ~10 m in 0.05% trypsin, then trypsin was neutralized with tissue culture medium, and cells were centrifuged for 5 min at 500xg. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Briefly",
",",
"~10",
"cells",
"were",
"trypsinized",
"~10",
"m",
"in",
"0.05",
"%",
"trypsin",
",",
"then",
"trypsin",
"was",
"neutralized",
"with",
"tissue",
"culture",
"medium",
",",
"and",
"cells",
"were",
"centrifuged",
"for",
"5",
"min",
"at",
"500xg",
"."
]
}
] |
PMC6889484 | Two representative puromycin-resistant A3G-D128K-expressing CEM and PM1 cell pools (derived from A33G(DK) or A3x3G(DK) vector virus) are indicated. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"B-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Two",
"representative",
"puromycin-resistant",
"A3G-D128K-expressing",
"CEM",
"and",
"PM1",
"cell",
"pools",
"(",
"derived",
"from",
"A33G(DK",
")",
"or",
"A3x3G(DK",
")",
"vector",
"virus",
")",
"are",
"indicated",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | Genetic testing is now a suitable approach for differential diagnosis and identification of polygenic conditions. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Genetic",
"testing",
"is",
"now",
"a",
"suitable",
"approach",
"for",
"differential",
"diagnosis",
"and",
"identification",
"of",
"polygenic",
"conditions",
"."
]
}
] |
PMC6461034 | Connect a 500‐mg Oasis HLB (hydrophilic–lipophilic balance) cartridge to a vacuum manifold. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Connect",
"a",
"500‐mg",
"Oasis",
"HLB",
"(",
"hydrophilic",
"–",
"lipophilic",
"balance",
")",
"cartridge",
"to",
"a",
"vacuum",
"manifold",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | The identification of mutations was based on polymerase chain reaction (PCR) and reverse- hybridization. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"identification",
"of",
"mutations",
"was",
"based",
"on",
"polymerase",
"chain",
"reaction",
"(",
"PCR",
")",
"and",
"reverse-",
"hybridization",
"."
]
}
] |
PMC11703992 | In old and GCA groups, similar pathways were enriched, including actin filament regulation, cell–cell adhesion, focal adhesion and actin binding. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"In",
"old",
"and",
"GCA",
"groups",
",",
"similar",
"pathways",
"were",
"enriched",
",",
"including",
"actin",
"filament",
"regulation",
",",
"cell",
"–",
"cell",
"adhesion",
",",
"focal",
"adhesion",
"and",
"actin",
"binding",
"."
]
}
] |
PMC8427838 | Total number of cases 530. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Total",
"number",
"of",
"cases",
"530",
"."
]
}
] |
PMC11040965 | C Representative flow cytometry plots from untransfected and miR29b-transfected cells showing Zeta, LMP2, LMP7 and LMP10 expression. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"C",
"Representative",
"flow",
"cytometry",
"plots",
"from",
"untransfected",
"and",
"miR29b-transfected",
"cells",
"showing",
"Zeta",
",",
"LMP2",
",",
"LMP7",
"and",
"LMP10",
"expression",
"."
]
}
] |
PMC11720107 | Our experiments showed that extracts from the Harnaś and Ornak garlic cultivars significantly increased LC3A protein expression in BJ cells by 150.5 pg/mL and 134.2 pg/mL, respectively, compared with the control. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Our",
"experiments",
"showed",
"that",
"extracts",
"from",
"the",
"Harnaś",
"and",
"Ornak",
"garlic",
"cultivars",
"significantly",
"increased",
"LC3A",
"protein",
"expression",
"in",
"BJ",
"cells",
"by",
"150.5",
"pg/mL",
"and",
"134.2",
"pg/mL",
",",
"respectively",
",",
"compared",
"with",
"the",
"control",
"."
]
}
] |
PMC11307990 | The cells were incubated with 0.2% Triton X-100 for 10 min at 37 °C. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"cells",
"were",
"incubated",
"with",
"0.2",
"%",
"Triton",
"X-100",
"for",
"10",
"min",
"at",
"37",
"°",
"C",
"."
]
}
] |
PMC11588085 | The loss of XIST can trigger X chromosome reactivation, leading to overexpression of X-linked genes, which causes cancer progression (27). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"loss",
"of",
"XIST",
"can",
"trigger",
"X",
"chromosome",
"reactivation",
",",
"leading",
"to",
"overexpression",
"of",
"X-linked",
"genes",
",",
"which",
"causes",
"cancer",
"progression",
"(",
"27",
")",
"."
]
}
] |
PMC10142392 | Therefore, electrospinning is promising for the development of membranes and fibers for protective clothing. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Therefore",
",",
"electrospinning",
"is",
"promising",
"for",
"the",
"development",
"of",
"membranes",
"and",
"fibers",
"for",
"protective",
"clothing",
"."
]
}
] |
PMC11046454 | In this work, we used aptamers as the antigen-recognition unit to develop a nongenetic CAR engineering strategy for programming the antitumor activity and specificity of CAR T cells. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"In",
"this",
"work",
",",
"we",
"used",
"aptamers",
"as",
"the",
"antigen-recognition",
"unit",
"to",
"develop",
"a",
"nongenetic",
"CAR",
"engineering",
"strategy",
"for",
"programming",
"the",
"antitumor",
"activity",
"and",
"specificity",
"of",
"CAR",
"T",
"cells",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | The safety profile was generally consistent with busulfan myeloablation and autologous hematopoietic stem cell transplantation. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"safety",
"profile",
"was",
"generally",
"consistent",
"with",
"busulfan",
"myeloablation",
"and",
"autologous",
"hematopoietic",
"stem",
"cell",
"transplantation",
"."
]
}
] |
PMC11190238 | The comprehension of compartment changes during EMT remains incomplete due to limited available studies. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"comprehension",
"of",
"compartment",
"changes",
"during",
"EMT",
"remains",
"incomplete",
"due",
"to",
"limited",
"available",
"studies",
"."
]
}
] |
PMC11412721 | Student’s unpaired t-tests were used in most figures to analyze the differences between WT vs. ΔAS values. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Student",
"’s",
"unpaired",
"t-tests",
"were",
"used",
"in",
"most",
"figures",
"to",
"analyze",
"the",
"differences",
"between",
"WT",
"vs.",
"ΔAS",
"values",
"."
]
}
] |
PMC11627060 | Cancer ranks as the second leading non-communicable disease, following congestive heart failure, and continues to be a significant global issue. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Cancer",
"ranks",
"as",
"the",
"second",
"leading",
"non-communicable",
"disease",
",",
"following",
"congestive",
"heart",
"failure",
",",
"and",
"continues",
"to",
"be",
"a",
"significant",
"global",
"issue",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | This could possibly provide novel therapeutic targets for patients with poor response to glucocorticoids. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"This",
"could",
"possibly",
"provide",
"novel",
"therapeutic",
"targets",
"for",
"patients",
"with",
"poor",
"response",
"to",
"glucocorticoids",
"."
]
}
] |
PMC10376064 | DMF may also induce ATP-binding cassette (ABC) transporters , a protein class that has been associated with direct and/or indirect Aβ clearance from the brain in several independent studies . | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"DMF",
"may",
"also",
"induce",
"ATP-binding",
"cassette",
"(",
"ABC",
")",
"transporters",
",",
"a",
"protein",
"class",
"that",
"has",
"been",
"associated",
"with",
"direct",
"and/or",
"indirect",
"Aβ",
"clearance",
"from",
"the",
"brain",
"in",
"several",
"independent",
"studies",
"."
]
}
] |
PMC11790971 | The key role of correlation features in cell line classification emphasizes the value of colocalization analysis in extracting valuable insights from multimodal bioimages, as well as the benefits of multimodal imaging for understanding cellular phenomena. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"key",
"role",
"of",
"correlation",
"features",
"in",
"cell",
"line",
"classification",
"emphasizes",
"the",
"value",
"of",
"colocalization",
"analysis",
"in",
"extracting",
"valuable",
"insights",
"from",
"multimodal",
"bioimages",
",",
"as",
"well",
"as",
"the",
"benefits",
"of",
"multimodal",
"imaging",
"for",
"understanding",
"cellular",
"phenomena",
"."
]
}
] |
PMC8864075 | Pathways interfered by reTFAE, and proteins enriched in each pathway. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Pathways",
"interfered",
"by",
"reTFAE",
",",
"and",
"proteins",
"enriched",
"in",
"each",
"pathway",
"."
]
}
] |
PMC9024365 | The quantification of mean area of clusters shows a significant increase in cluster size when SD4 is co-expressed with either full-length GluA2 or the GluK2/A2/M1-3/S2/M4/CT chimera (Figure 4E). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"quantification",
"of",
"mean",
"area",
"of",
"clusters",
"shows",
"a",
"significant",
"increase",
"in",
"cluster",
"size",
"when",
"SD4",
"is",
"co-expressed",
"with",
"either",
"full-length",
"GluA2",
"or",
"the",
"GluK2/A2/M1",
"-",
"3/S2/M4/CT",
"chimera",
"(",
"Figure",
"4E",
")",
"."
]
}
] |
PMC8193046 | The five multitarget ABCB1, ABCC1, and ABCG2 features [(i–iv) F1–F4: aromatic/hydrophobic; and (v) F5: acceptor] as reported before are depicted (A), to which compound 23 was aligned to (B). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"five",
"multitarget",
"ABCB1",
",",
"ABCC1",
",",
"and",
"ABCG2",
"features",
"[",
"(",
"i",
"–",
"iv",
")",
"F1–F4",
":",
"aromatic/hydrophobic",
";",
"and",
"(",
"v",
")",
"F5",
":",
"acceptor",
"]",
"as",
"reported",
"before",
"are",
"depicted",
"(",
"A",
")",
",",
"to",
"which",
"compound",
"23",
"was",
"aligned",
"to",
"(",
"B",
")",
"."
]
}
] |
PMC8524093 | In addition, virus lineage also correlates with mortality being the ECSA lineage the most relevant as it was detected in most of the fatal cases (de Lima et al., 2020). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"In",
"addition",
",",
"virus",
"lineage",
"also",
"correlates",
"with",
"mortality",
"being",
"the",
"ECSA",
"lineage",
"the",
"most",
"relevant",
"as",
"it",
"was",
"detected",
"in",
"most",
"of",
"the",
"fatal",
"cases",
"(",
"de",
"Lima",
"et",
"al.",
",",
"2020",
")",
"."
]
}
] |
PMC8567602 | To more directly test their potential interaction, we performed IP and WB for SMARCB1 and SS18, as well as SMARCC1 and PBRM1. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"To",
"more",
"directly",
"test",
"their",
"potential",
"interaction",
",",
"we",
"performed",
"IP",
"and",
"WB",
"for",
"SMARCB1",
"and",
"SS18",
",",
"as",
"well",
"as",
"SMARCC1",
"and",
"PBRM1",
"."
]
}
] |
PMC9856122 | Few recent clinical trials also justify the role of isoquinoline and related alkaloids in viral infections. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Few",
"recent",
"clinical",
"trials",
"also",
"justify",
"the",
"role",
"of",
"isoquinoline",
"and",
"related",
"alkaloids",
"in",
"viral",
"infections",
"."
]
}
] |
PMC11343332 | The researchers saw that treating these cancer cells with pycnogenol caused apoptosis and slowed down their proliferation. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"researchers",
"saw",
"that",
"treating",
"these",
"cancer",
"cells",
"with",
"pycnogenol",
"caused",
"apoptosis",
"and",
"slowed",
"down",
"their",
"proliferation",
"."
]
}
] |
PMC3164356 | However, CHO ST6Gal genes are not expressed, so CHO glycans primarily have α(2,3) linkages. ( | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"However",
",",
"CHO",
"ST6Gal",
"genes",
"are",
"not",
"expressed",
",",
"so",
"CHO",
"glycans",
"primarily",
"have",
"α(2,3",
")",
"linkages",
".",
"("
]
}
] |
PMC9429973 | After a median follow-up of 44.2 mos post-discontinuing ibrutinib, 6 pts had an MRD recurrence (defined as 2 consecutive values of ≥0.01% in peripheral blood by flow cytometry) at a median of 27.2 mos (range, 20.7-49.0 mos) after stopping all therapy. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"After",
"a",
"median",
"follow-up",
"of",
"44.2",
"mos",
"post-discontinuing",
"ibrutinib",
",",
"6",
"pts",
"had",
"an",
"MRD",
"recurrence",
"(",
"defined",
"as",
"2",
"consecutive",
"values",
"of",
"≥0.01",
"%",
"in",
"peripheral",
"blood",
"by",
"flow",
"cytometry",
")",
"at",
"a",
"median",
"of",
"27.2",
"mos",
"(",
"range",
",",
"20.7",
"-",
"49.0",
"mos",
")",
"after",
"stopping",
"all",
"therapy",
"."
]
}
] |
PMC10938377 | Cytotoxicity was determined using the 3-(4,5-dimethyl 2-thiazolyl)-2,5-diphenyl-2H-tetrazolium bromide (MTT) assay. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Cytotoxicity",
"was",
"determined",
"using",
"the",
"3-(4,5-dimethyl",
"2-thiazolyl)-2,5-diphenyl-2H-tetrazolium",
"bromide",
"(",
"MTT",
")",
"assay",
"."
]
}
] |
PMC8557138 | However, existing angiogenesis models often rely upon normal endothelial cells which significantly differ from tumor endothelial cells exhibiting distinct (epi)genetic and metabolic signatures. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"However",
",",
"existing",
"angiogenesis",
"models",
"often",
"rely",
"upon",
"normal",
"endothelial",
"cells",
"which",
"significantly",
"differ",
"from",
"tumor",
"endothelial",
"cells",
"exhibiting",
"distinct",
"(epi)genetic",
"and",
"metabolic",
"signatures",
"."
]
}
] |
PMC10454535 | PIN was the most cytotoxic RES derivative in RPMI 8226 cells, while PIC was the most cytotoxic in U266 and NCI-H929 cells. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"I-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"PIN",
"was",
"the",
"most",
"cytotoxic",
"RES",
"derivative",
"in",
"RPMI",
"8226",
"cells",
",",
"while",
"PIC",
"was",
"the",
"most",
"cytotoxic",
"in",
"U266",
"and",
"NCI-H929",
"cells",
"."
]
}
] |
PMC11012313 | While a benign viral latency persists in most individuals, it can also manifest in human disease years after primary infection as EBV-associated cancers including Burkitt’s Lymphoma, Hodgkin’s Lymphoma, non-Hodgkin’s lymphomas of AIDS, nasopharyngeal carcinoma and gastric carcinoma . | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"While",
"a",
"benign",
"viral",
"latency",
"persists",
"in",
"most",
"individuals",
",",
"it",
"can",
"also",
"manifest",
"in",
"human",
"disease",
"years",
"after",
"primary",
"infection",
"as",
"EBV-associated",
"cancers",
"including",
"Burkitt",
"’s",
"Lymphoma",
",",
"Hodgkin",
"’s",
"Lymphoma",
",",
"non-Hodgkin",
"’s",
"lymphomas",
"of",
"AIDS",
",",
"nasopharyngeal",
"carcinoma",
"and",
"gastric",
"carcinoma",
"."
]
}
] |
PMC8973085 | Anal. | [
{
"tags": [
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Anal",
"."
]
}
] |
PMC11752740 | Statistical significance is indicated as follows: P < 0.05 * for all treatment groups compared to the control group (Tukey HSD test); • P < 0.05 for tumor cell line compared to normal cell line (T-test); c P < 0.05 for comparisons among treatment groups (Tukey HSD test); ² P < 0.005; and ³ P < 0.001 In this study, we explored the synergistic effects of pistachio hull extract and CFZ on the expression of genes related to drug resistance and apoptosis pathways, specifically focusing on NF-κB p65, MDR1, MRP1, and Caspase3 in breast cancer cells (SK-BR3) and normal cells (MCF10A). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Statistical",
"significance",
"is",
"indicated",
"as",
"follows",
":",
"P",
"<",
"0.05",
"*",
"for",
"all",
"treatment",
"groups",
"compared",
"to",
"the",
"control",
"group",
"(",
"Tukey",
"HSD",
"test",
")",
";",
"•",
"P",
"<",
"0.05",
"for",
"tumor",
"cell",
"line",
"compared",
"to",
"normal",
"cell",
"line",
"(",
"T-test",
")",
";",
"c",
"P",
"<",
"0.05",
"for",
"comparisons",
"among",
"treatment",
"groups",
"(",
"Tukey",
"HSD",
"test",
")",
";",
"²",
"P",
"<",
"0.005",
";",
"and",
"³",
"P",
"<",
"0.001",
"In",
"this",
"study",
",",
"we",
"explored",
"the",
"synergistic",
"effects",
"of",
"pistachio",
"hull",
"extract",
"and",
"CFZ",
"on",
"the",
"expression",
"of",
"genes",
"related",
"to",
"drug",
"resistance",
"and",
"apoptosis",
"pathways",
",",
"specifically",
"focusing",
"on",
"NF-κB",
"p65",
",",
"MDR1",
",",
"MRP1",
",",
"and",
"Caspase3",
"in",
"breast",
"cancer",
"cells",
"(",
"SK-BR3",
")",
"and",
"normal",
"cells",
"(",
"MCF10A",
")",
"."
]
}
] |
PMC10878518 | By contrast, GFP expression was undetectable in normal fibroblasts and these cells were resistant to OBP-401 (Fig 2D and 2E). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"By",
"contrast",
",",
"GFP",
"expression",
"was",
"undetectable",
"in",
"normal",
"fibroblasts",
"and",
"these",
"cells",
"were",
"resistant",
"to",
"OBP-401",
"(",
"Fig",
"2D",
"and",
"2E",
")",
"."
]
}
] |
PMC10820104 | The fungus was identified as A. chevalieri (GenBank accession no. OR605556) through amplification and sequencing of the internal transcribed spacer region (ITS), including the 5.8S ribosomal DNA, followed by a BLAST search in NCBI, as described before . | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"fungus",
"was",
"identified",
"as",
"A.",
"chevalieri",
"(",
"GenBank",
"accession",
"no.",
"OR605556",
")",
"through",
"amplification",
"and",
"sequencing",
"of",
"the",
"internal",
"transcribed",
"spacer",
"region",
"(",
"ITS",
")",
",",
"including",
"the",
"5.8S",
"ribosomal",
"DNA",
",",
"followed",
"by",
"a",
"BLAST",
"search",
"in",
"NCBI",
",",
"as",
"described",
"before",
"."
]
}
] |
PMC11700247 | Working model: time line and schematic representation of in vivo A20 tumor–bearing mice treated with RT followed by CART-19 cell injection. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Working",
"model",
":",
"time",
"line",
"and",
"schematic",
"representation",
"of",
"in",
"vivo",
"A20",
"tumor",
"–",
"bearing",
"mice",
"treated",
"with",
"RT",
"followed",
"by",
"CART-19",
"cell",
"injection",
"."
]
}
] |
PMC11680562 | The MTT assay evaluated the cytotoxicity of T. dioica-mediated CuO NPs on HeLa cells, showing an IC50 of 42.8 ± 0.24 μg/mL. In comparison, 5-Fu showed an IC50 of 19.3 ± 0.49 μg/mL, and PXFCu6 gel exhibited the most potent cytotoxicity with an IC50 of 11.82 ± 0.21 μg/mL. Morphological analysis confirmed apoptosis in treated cells, while the blank gel showed no cytotoxic effects, demonstrating its biocompatibility as a delivery system. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"MTT",
"assay",
"evaluated",
"the",
"cytotoxicity",
"of",
"T.",
"dioica-mediated",
"CuO",
"NPs",
"on",
"HeLa",
"cells",
",",
"showing",
"an",
"IC50",
"of",
"42.8",
"±",
"0.24",
"μg/mL.",
"In",
"comparison",
",",
"5-Fu",
"showed",
"an",
"IC50",
"of",
"19.3",
"±",
"0.49",
"μg/mL",
",",
"and",
"PXFCu6",
"gel",
"exhibited",
"the",
"most",
"potent",
"cytotoxicity",
"with",
"an",
"IC50",
"of",
"11.82",
"±",
"0.21",
"μg/mL.",
"Morphological",
"analysis",
"confirmed",
"apoptosis",
"in",
"treated",
"cells",
",",
"while",
"the",
"blank",
"gel",
"showed",
"no",
"cytotoxic",
"effects",
",",
"demonstrating",
"its",
"biocompatibility",
"as",
"a",
"delivery",
"system",
"."
]
}
] |
PMC10706275 | When the majority of cells in the 24-well plate reached over 90%, DNA was purified through a mini-genomic DNA extraction kit (Beyotime, Shanghai, China) from a monoclonal cell line for PCR amplification. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"When",
"the",
"majority",
"of",
"cells",
"in",
"the",
"24-well",
"plate",
"reached",
"over",
"90",
"%",
",",
"DNA",
"was",
"purified",
"through",
"a",
"mini-genomic",
"DNA",
"extraction",
"kit",
"(",
"Beyotime",
",",
"Shanghai",
",",
"China",
")",
"from",
"a",
"monoclonal",
"cell",
"line",
"for",
"PCR",
"amplification",
"."
]
}
] |
PMC3675084 | The fold of drug resistance was calculated from the ratio of the IC50 of the resistant and parental cells. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"fold",
"of",
"drug",
"resistance",
"was",
"calculated",
"from",
"the",
"ratio",
"of",
"the",
"IC50",
"of",
"the",
"resistant",
"and",
"parental",
"cells",
"."
]
}
] |
PMC11700247 | In our study, RT treatment significantly increased the infiltration of DCs only in the irradiated tumors, compared with the group that received only CART-19 cells (Figure 3A; supplemental Figure 3A). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"In",
"our",
"study",
",",
"RT",
"treatment",
"significantly",
"increased",
"the",
"infiltration",
"of",
"DCs",
"only",
"in",
"the",
"irradiated",
"tumors",
",",
"compared",
"with",
"the",
"group",
"that",
"received",
"only",
"CART-19",
"cells",
"(",
"Figure",
"3A",
";",
"supplemental",
"Figure",
"3A",
")",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | The efficacy data set is based on subjects who had tumor evaluation at baseline and at least 1 post-treatment tumor evaluation visit, unless they died or stopped treatment earlier due to clinical progression or toxicity. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"efficacy",
"data",
"set",
"is",
"based",
"on",
"subjects",
"who",
"had",
"tumor",
"evaluation",
"at",
"baseline",
"and",
"at",
"least",
"1",
"post-treatment",
"tumor",
"evaluation",
"visit",
",",
"unless",
"they",
"died",
"or",
"stopped",
"treatment",
"earlier",
"due",
"to",
"clinical",
"progression",
"or",
"toxicity",
"."
]
}
] |
PMC7757104 | Similarly, a process termed the epithelial-mesenchymal transition (EMT) has been demonstrated to contribute to drug resistance (7–9). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Similarly",
",",
"a",
"process",
"termed",
"the",
"epithelial-mesenchymal",
"transition",
"(",
"EMT",
")",
"has",
"been",
"demonstrated",
"to",
"contribute",
"to",
"drug",
"resistance",
"(",
"7–9",
")",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | 13 patients (Five ND and eight R/R) proceeded to allogeneic SCT following response to azacitidine and venetoclax. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"13",
"patients",
"(",
"Five",
"ND",
"and",
"eight",
"R/R",
")",
"proceeded",
"to",
"allogeneic",
"SCT",
"following",
"response",
"to",
"azacitidine",
"and",
"venetoclax",
"."
]
}
] |
PMC11443022 | Additionally, he was diagnosed with a Grade 2 left-sided varicocele and was subsequently referred to our hospital for further evaluation. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Additionally",
",",
"he",
"was",
"diagnosed",
"with",
"a",
"Grade",
"2",
"left-sided",
"varicocele",
"and",
"was",
"subsequently",
"referred",
"to",
"our",
"hospital",
"for",
"further",
"evaluation",
"."
]
}
] |
PMC7039683 | We considered the possibility that, against our prediction, the elements are enhancers in mammals but not in zebrafish. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"We",
"considered",
"the",
"possibility",
"that",
",",
"against",
"our",
"prediction",
",",
"the",
"elements",
"are",
"enhancers",
"in",
"mammals",
"but",
"not",
"in",
"zebrafish",
"."
]
}
] |
PMC11723947 | I, k, m, n Data show mean ± SD of biological replicates from 4 independent experiments. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"I",
",",
"k",
",",
"m",
",",
"n",
"Data",
"show",
"mean",
"±",
"SD",
"of",
"biological",
"replicates",
"from",
"4",
"independent",
"experiments",
"."
]
}
] |
PMC10969097 | MPSSS acts through the TLR4 receptor on CAFs, inhibiting the JAK2/STAT3 pathway, which is linked to CAF activity and TGF-β1 secretion. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"MPSSS",
"acts",
"through",
"the",
"TLR4",
"receptor",
"on",
"CAFs",
",",
"inhibiting",
"the",
"JAK2/STAT3",
"pathway",
",",
"which",
"is",
"linked",
"to",
"CAF",
"activity",
"and",
"TGF-β1",
"secretion",
"."
]
}
] |
PMC4270159 | FGF induces resistance to Sunitinib. • | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"FGF",
"induces",
"resistance",
"to",
"Sunitinib",
".",
"•"
]
}
] |
PMC11461874 | Relative bioluminescence of four independent cell lines are shown as mean ± SEM. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Relative",
"bioluminescence",
"of",
"four",
"independent",
"cell",
"lines",
"are",
"shown",
"as",
"mean",
"±",
"SEM",
"."
]
}
] |
PMC11314247 | The results of this study confirm HO-AAVPA’s role as an apoptotic compound in human BC cell lines (Figure 1, Figure 2, Figure 3 and Figure 4) and its capacity to arrest cells in the S phase (Figure 5). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"results",
"of",
"this",
"study",
"confirm",
"HO-AAVPA",
"’s",
"role",
"as",
"an",
"apoptotic",
"compound",
"in",
"human",
"BC",
"cell",
"lines",
"(",
"Figure",
"1",
",",
"Figure",
"2",
",",
"Figure",
"3",
"and",
"Figure",
"4",
")",
"and",
"its",
"capacity",
"to",
"arrest",
"cells",
"in",
"the",
"S",
"phase",
"(",
"Figure",
"5",
")",
"."
]
}
] |
PMC11615828 | n = 11 (Rapa), and 15 cells (DMSO) in (b), 5 (Rapa), and 6 neurons (DMSO) in (d), from 3 independent experiments. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"n",
"=",
"11",
"(",
"Rapa",
")",
",",
"and",
"15",
"cells",
"(",
"DMSO",
")",
"in",
"(",
"b",
")",
",",
"5",
"(",
"Rapa",
")",
",",
"and",
"6",
"neurons",
"(",
"DMSO",
")",
"in",
"(",
"d",
")",
",",
"from",
"3",
"independent",
"experiments",
"."
]
}
] |
PMC11144200 | D Ki-67 detection by immunohistochemical stain. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"D",
"Ki-67",
"detection",
"by",
"immunohistochemical",
"stain",
"."
]
}
] |
PMC6222635 | From these spectra, 102.48 should be assigned to the carbon at the 2 position of the mannose connected with the acetoxy group. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"From",
"these",
"spectra",
",",
"102.48",
"should",
"be",
"assigned",
"to",
"the",
"carbon",
"at",
"the",
"2",
"position",
"of",
"the",
"mannose",
"connected",
"with",
"the",
"acetoxy",
"group",
"."
]
}
] |
PMC8540611 | Thus, in our case, two complementary mechanisms of apoptosis are quite probable, i.e., along the siRNA pathway and from AuNP that have left the complexes inside the cell. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Thus",
",",
"in",
"our",
"case",
",",
"two",
"complementary",
"mechanisms",
"of",
"apoptosis",
"are",
"quite",
"probable",
",",
"i.e.",
",",
"along",
"the",
"siRNA",
"pathway",
"and",
"from",
"AuNP",
"that",
"have",
"left",
"the",
"complexes",
"inside",
"the",
"cell",
"."
]
}
] |
PMC10079526 | C IC50 values of the cell line panel for TAK981 0.00001–1 µM dose response and 5-Aza-2’ dose response 0.01–10 µM. IC50 values were calculated in Graphad Version 9.3.1. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"C",
"IC50",
"values",
"of",
"the",
"cell",
"line",
"panel",
"for",
"TAK981",
"0.00001–1",
"µM",
"dose",
"response",
"and",
"5-Aza-2",
"’",
"dose",
"response",
"0.01–10",
"µM.",
"IC50",
"values",
"were",
"calculated",
"in",
"Graphad",
"Version",
"9.3.1",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | The Kaplan-Meier method was utilized to estimate the overall survival (OS). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"Kaplan-Meier",
"method",
"was",
"utilized",
"to",
"estimate",
"the",
"overall",
"survival",
"(",
"OS",
")",
"."
]
}
] |
PMC10033453 | Defects in viral entry were further ruled out by performing viral kinetics assays where an MOI of 0.1 resulted in infectious titers of comparable orders of magnitude (10–10 50% tissue culture infectious dose [TCID50]/mL) by 24 hpi, as quantified in cell supernatant (Figure S3). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Defects",
"in",
"viral",
"entry",
"were",
"further",
"ruled",
"out",
"by",
"performing",
"viral",
"kinetics",
"assays",
"where",
"an",
"MOI",
"of",
"0.1",
"resulted",
"in",
"infectious",
"titers",
"of",
"comparable",
"orders",
"of",
"magnitude",
"(",
"10–10",
"50",
"%",
"tissue",
"culture",
"infectious",
"dose",
"[TCID50]/mL",
")",
"by",
"24",
"hpi",
",",
"as",
"quantified",
"in",
"cell",
"supernatant",
"(",
"Figure",
"S3",
")",
"."
]
}
] |
PMC11795610 | In epidermis, basal layer keratinocytes are in a proliferating state and mainly expresse Keratins 5 (K5) and K14. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"In",
"epidermis",
",",
"basal",
"layer",
"keratinocytes",
"are",
"in",
"a",
"proliferating",
"state",
"and",
"mainly",
"expresse",
"Keratins",
"5",
"(",
"K5",
")",
"and",
"K14",
"."
]
}
] |
PMC11064533 | Overall, we were able to investigate the influence of clump formation on cell surface adhesion and antimicrobial tolerance, with the contribution of several factors crucial to clump formation on susceptibility to the selected antibiotics. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Overall",
",",
"we",
"were",
"able",
"to",
"investigate",
"the",
"influence",
"of",
"clump",
"formation",
"on",
"cell",
"surface",
"adhesion",
"and",
"antimicrobial",
"tolerance",
",",
"with",
"the",
"contribution",
"of",
"several",
"factors",
"crucial",
"to",
"clump",
"formation",
"on",
"susceptibility",
"to",
"the",
"selected",
"antibiotics",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | C. Vandersmissen, C. Prieto Fernàndez, O. Gielen, K. Jacobs, I. Govaerts, J. Maertens, H. Segers, J. Cools Human Genetics, KU Leuven; Cancer biology, VIB; Leuvens Kanker Institutie (LKI), KU Leuven - UZ Leuven; Microbiology, Immunology and Transplantation, KU Leuven; Oncology, KU Leuven - UZ Leuven, Leuven, Belgium Background: NOTCH1 activating mutations are found in the majority of T-cell acute lymphoblastic leukemia (T-ALL) cases and inhibition of NOTCH1 activation is therefore a potential therapeutic option in T-ALL. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"C.",
"Vandersmissen",
",",
"C.",
"Prieto",
"Fernàndez",
",",
"O.",
"Gielen",
",",
"K.",
"Jacobs",
",",
"I.",
"Govaerts",
",",
"J.",
"Maertens",
",",
"H.",
"Segers",
",",
"J.",
"Cools",
"Human",
"Genetics",
",",
"KU",
"Leuven",
";",
"Cancer",
"biology",
",",
"VIB",
";",
"Leuvens",
"Kanker",
"Institutie",
"(",
"LKI",
")",
",",
"KU",
"Leuven",
"-",
"UZ",
"Leuven",
";",
"Microbiology",
",",
"Immunology",
"and",
"Transplantation",
",",
"KU",
"Leuven",
";",
"Oncology",
",",
"KU",
"Leuven",
"-",
"UZ",
"Leuven",
",",
"Leuven",
",",
"Belgium",
"Background",
":",
"NOTCH1",
"activating",
"mutations",
"are",
"found",
"in",
"the",
"majority",
"of",
"T-cell",
"acute",
"lymphoblastic",
"leukemia",
"(",
"T-ALL",
")",
"cases",
"and",
"inhibition",
"of",
"NOTCH1",
"activation",
"is",
"therefore",
"a",
"potential",
"therapeutic",
"option",
"in",
"T-ALL",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | and 2021. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"and",
"2021",
"."
]
}
] |
PMC9429973 | This predictor was trained in the BeatAML cohort, and external validation was performed on the remaining two cohorts. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"This",
"predictor",
"was",
"trained",
"in",
"the",
"BeatAML",
"cohort",
",",
"and",
"external",
"validation",
"was",
"performed",
"on",
"the",
"remaining",
"two",
"cohorts",
"."
]
}
] |
PMC8348645 | As indicated by the arrows, normal cells have the circular nucleus uniformly distributed in the centre of the cell, which is seen in the control Figure 8A. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"As",
"indicated",
"by",
"the",
"arrows",
",",
"normal",
"cells",
"have",
"the",
"circular",
"nucleus",
"uniformly",
"distributed",
"in",
"the",
"centre",
"of",
"the",
"cell",
",",
"which",
"is",
"seen",
"in",
"the",
"control",
"Figure",
"8A",
"."
]
}
] |
PMC11759751 | We successfully constructed a CD19 CAR T culture and amplification system from peripheral blood mononuclear cell (PBMC) . | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"We",
"successfully",
"constructed",
"a",
"CD19",
"CAR",
"T",
"culture",
"and",
"amplification",
"system",
"from",
"peripheral",
"blood",
"mononuclear",
"cell",
"(",
"PBMC",
")",
"."
]
}
] |
PMC2193049 | Assuming the presence of two competing proteolytic activities of the proteasome, one dominant under normal conditions and producing peptide MAGE-3272–278 and the other resulting in peptide MAGE-3271–279, it is possible that the inhibition of the dominant activity by lactacystin favors the lactacystin-insensitive activity, yielding only the antigenic peptide MAGE-3271–279. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Assuming",
"the",
"presence",
"of",
"two",
"competing",
"proteolytic",
"activities",
"of",
"the",
"proteasome",
",",
"one",
"dominant",
"under",
"normal",
"conditions",
"and",
"producing",
"peptide",
"MAGE-3272–278",
"and",
"the",
"other",
"resulting",
"in",
"peptide",
"MAGE-3271–279",
",",
"it",
"is",
"possible",
"that",
"the",
"inhibition",
"of",
"the",
"dominant",
"activity",
"by",
"lactacystin",
"favors",
"the",
"lactacystin-insensitive",
"activity",
",",
"yielding",
"only",
"the",
"antigenic",
"peptide",
"MAGE-3271–279",
"."
]
}
] |
PMC9712534 | Quantification of Western blot signals of TOP2B. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Quantification",
"of",
"Western",
"blot",
"signals",
"of",
"TOP2B",
"."
]
}
] |
PMC11583690 | The precipitate was then washed twice with absolute ethanol. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"The",
"precipitate",
"was",
"then",
"washed",
"twice",
"with",
"absolute",
"ethanol",
"."
]
}
] |
PMC7351993 | Based on the Raman spectral differences between the PS and PMMA particles, we conducted sorting of the PMMA particles from a 1/1.5 mixture of the PS and PMMA particles. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Based",
"on",
"the",
"Raman",
"spectral",
"differences",
"between",
"the",
"PS",
"and",
"PMMA",
"particles",
",",
"we",
"conducted",
"sorting",
"of",
"the",
"PMMA",
"particles",
"from",
"a",
"1/1.5",
"mixture",
"of",
"the",
"PS",
"and",
"PMMA",
"particles",
"."
]
}
] |
PMC11365427 | However, the relationship between amino acid remodeling and MM remains unclear. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"However",
",",
"the",
"relationship",
"between",
"amino",
"acid",
"remodeling",
"and",
"MM",
"remains",
"unclear",
"."
]
}
] |
PMC11705862 | Error bars indicate SD (A) Expression of canonical CD59 and (B) its isoforms: IRIS-1, and IRIS-2 in human neuroblastoma cells line (SH-SY5Y) undifferentiated and differentiated into mature neurons with BDNF and retinoic acid analyzed by semi-quantitative RT-PCR (n = 3). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"B-CellLine",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Error",
"bars",
"indicate",
"SD",
"(",
"A",
")",
"Expression",
"of",
"canonical",
"CD59",
"and",
"(",
"B",
")",
"its",
"isoforms",
":",
"IRIS-1",
",",
"and",
"IRIS-2",
"in",
"human",
"neuroblastoma",
"cells",
"line",
"(",
"SH-SY5Y",
")",
"undifferentiated",
"and",
"differentiated",
"into",
"mature",
"neurons",
"with",
"BDNF",
"and",
"retinoic",
"acid",
"analyzed",
"by",
"semi-quantitative",
"RT-PCR",
"(",
"n",
"=",
"3",
")",
"."
]
}
] |
PMC10958426 | G–I) Heatmap of interaction score of cancer/epithelial cell to other cell types (left) and other cell types to cancer/epithelial cell (right) of CDH1 (G), COLLAGEN (H) and MIF (I) pathways in each patient's normal and tumor tissue. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"G",
"–",
"I",
")",
"Heatmap",
"of",
"interaction",
"score",
"of",
"cancer/epithelial",
"cell",
"to",
"other",
"cell",
"types",
"(",
"left",
")",
"and",
"other",
"cell",
"types",
"to",
"cancer/epithelial",
"cell",
"(",
"right",
")",
"of",
"CDH1",
"(",
"G",
")",
",",
"COLLAGEN",
"(",
"H",
")",
"and",
"MIF",
"(",
"I",
")",
"pathways",
"in",
"each",
"patient",
"'s",
"normal",
"and",
"tumor",
"tissue",
"."
]
}
] |
PMC11562028 | In addition, the stability of the Re-CDs has been investigated under UV irradiation, different temperatures, different pH and different salt ion concentrations (NaCl and KCl). | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"In",
"addition",
",",
"the",
"stability",
"of",
"the",
"Re-CDs",
"has",
"been",
"investigated",
"under",
"UV",
"irradiation",
",",
"different",
"temperatures",
",",
"different",
"pH",
"and",
"different",
"salt",
"ion",
"concentrations",
"(",
"NaCl",
"and",
"KCl",
")",
"."
]
}
] |
PMC11792766 | This article explores the complex application of food simulants and extraction solvents in in vitro bioassays, highlighting both their compatibility and the challenges they present in ensuring the safety of FCMs. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"This",
"article",
"explores",
"the",
"complex",
"application",
"of",
"food",
"simulants",
"and",
"extraction",
"solvents",
"in",
"in",
"vitro",
"bioassays",
",",
"highlighting",
"both",
"their",
"compatibility",
"and",
"the",
"challenges",
"they",
"present",
"in",
"ensuring",
"the",
"safety",
"of",
"FCMs",
"."
]
}
] |
PMC7602170 | Regulatory partners of p110γ do not suppress kinase activity, but act to promote activating signals. | [
{
"tags": [
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O",
"O"
],
"tokens": [
"Regulatory",
"partners",
"of",
"p110γ",
"do",
"not",
"suppress",
"kinase",
"activity",
",",
"but",
"act",
"to",
"promote",
"activating",
"signals",
"."
]
}
] |
Subsets and Splits
No community queries yet
The top public SQL queries from the community will appear here once available.