Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
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Sentences
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ner
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PMC3765139
Following chip data processing and statistical analysis using Fisher’s ANOVA, 68 up- and 46 downregulated genes in CD133+ as compared to CD133- D10 cells (+/-1.3-fold, p ≤ 0.001) were obtained.
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PMC11790971
In cancer biology, these methodologies hold promise for unraveling cancer cell transformation, the cellular heterogeneity within tumors, and shedding light on the diverse cell populations contributing to tumor progression, metastasis, and therapeutic resistance.
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PMC9341513
To verify that HiP-HoP gives good predictions for CCND1, we generated simulated Hi-C interaction maps and compared them with publicly available data (Fig. 2A; Rao et al. 2014; Supplemental Fig. S1 shows a similar plot but for the entire 3-Mbp region which was simulated, along with the experimental data used as an input).
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PMC11748335
Despite their lower signal intensity and weakest capacity to suppress gene expression, our analysis suggests a potential association with LTR and LINE suppression, which requires further investigation .
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PMC9960565
Furthermore, and as noted above for the monodentate metallodendrimers, the increase in the anionic PAMAM dendrimers ζ-potential after the conjugation with cisplatin (Table 2) indicates that the dendrimer’s coordination to cisplatin occurred at the dendrimer surface.
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PMC6268318
Some Combretum species are extensively used in traditional medicine against inflammation, infections, diabetes, malaria, bleeding, diarrhea and digestive disorders and others as a diuretic.
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PMC11705862
To analyze the mean signal intensity of IRIS-1 and 2 immunoreactivity in Group 1 A, 1B and Group 2 at least 6 images were taken per case with 10–20 neurons per image.
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PMC8584666
Surprisingly, a remarkably high pantetheinase activity was observed in FCS-containing cell culture medium (Supplemental Figure S8c).
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PMC8759873
In the cytoplasm, pVHL30 is connected by tiny tubes, allowing mRNA to be specifically expressed in tissues.
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PMC11628904
Photoconversion data were quantified by measuring the thresholded area of the red (photoconverted) channel and normalising relative to the photoconverted area present at 0 h post‐burn.
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PMC11604015
These CD7-loss T cells predominantly presented the CD4 phenotype and the CD45RA-negative CD45RO-positive memory phenotype .
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PMC10502403
The recruitment of CD8-associated Lck is essential for the augmentation of TCR signal transduction and in vivo persistence of αβ-T cells.
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PMC10452486
Interestingly, Colombo et al. performed a detailed investigation on plasma protein-bound di-tyrosines as biomarkers of oxidative stress in ESRD patients on maintenance hemodialysis (HD).
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PMC6379402
Always-silenced gene sets are all statistically significantly depleted in drivers, which is expected.
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PMC9250505
Four fresh patient-derived EOC (~1 g) samples were obtained with written informed consent and approval from the patients and the Ethical Committee of the University of Hong Kong-Shenzhen Hospital (HKU-SZH, research No. hkuszh2019105, approval No.伦 096, Date: 2019.03.26).
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PMC9429973
50-60% of patients successfully discontinue treatment without relapsing (treatment-free remission, TFR), which implies that 40-50% will have to remain with TKI treatment for life.
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PMC10387886
The recombinant TGFβ1 PeproTech (100-21C) was used at 5 ng/mL concentration.
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PMC11604768
Neuro-2a cells were maintained in EMEM supplemented with 10% FBS, penicillin (100 IU/mL) and streptomycin (100 µg/mL) (growth media).
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PMC11381192
We silenced ENO1 in the RPMI‐8226 cell line that showed the highest expression of ENO1, and observed a significant inhibition of cellular proliferation (Figure 8F).
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PMC9429973
3.Continuous quality improvement represents an additional workload sometimes unacceptable, it would be required a limited version adapted to general hospitals with low rate of transfusion and no specific staff transfusion related.
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PMC11502327
Studies have confirmed that RS-AgNPs have anticancer activity similar to doxorubicin (DOX), and have targeted anti-proliferation and pro-apoptosis ability against SKOV-3 cells, playing an anticancer role through ROS production and apoptosis signaling pathway switching after DNA fragmentation.
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PMC10178190
The data presented in Figure 4 show that JAK inhibitors (Ruxolitinib and Tofacitinib) mildly restore platinum sensitivity in A2780 cells.
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PMC11700165
BAF3 and Jurkat cells were cultured in RPMI 1640 medium with supplements.
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PMC11047729
They also lower their binding affinity to the vitamin D-binding protein (DBP), which results in their easier cellular intake .
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PMC11768281
This figure illustrates the activation of T cells in the lymph node during Plasmodium infection.
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PMC11509224
Two unusual C17 γ-lactone norditerpenoids (a pair of inseparable enantiomers, 56a and 56b, Figure 7) were obtained from the marine sponge Cacospongia sp. as a mixture .
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PMC11754432
Future experiments using exogenous oxylipins in keratinocytes would help in elucidating if a similar pattern of effects from different PUFA products also occurs in this cell type.
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PMC9429973
In patients with 1 or ≥2 prior lines of therapy, the median (95% CI) duration of remission (DOR) was 4.7 months (1.8-not estimable [NE]) and 14.6 months (9.4-NE), and the median (95% CI) overall survival (OS) was not reached (NR) (2.1-NE) and 25.4 months (14.2-NE), respectively.
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PMC11678130
Changes in the cell morphology were observed at 20× magnification, while the cell confluence was measured automatically at a magnification of 4× using the Cell Analysis Tool included in the Gen5™ Microplate Data Collection and Analysis software (version 3.14) and following the protocol provided by the manufacturer .
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PMC2944824
As expected, the expression of p53 protein increased in mock Hr transfected COS cells treated with either tunicamycin or staurosporine (figure 4).
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PMC9817179
When the fixation rate inside the puncta is greater than outside the puncta ( > ), the fixed cell will have a higher punctate percentage than the live cell, that is, fixation enhances the apparent LLPS behaviors.
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PMC11680391
Thus, we wanted to focus on the degree to which they agreed and whether certain areas would indicate agreement to monitor the status and highlight whether and potentially where improvement was needed.
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PMC11511922
Fig. S4D C26 cancer cell line was incubated in the presence of different uptake inhibitors for 30 min and then labeled exo-S2 was added.
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PMC9429973
Median time on therapy was 12.6 months in PACE and 19.5 months in OPTIC.
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PMC11802855
After alcohol disinfection, the mice were inoculated with 100 μL of cell suspension on the outside of the right upper limb and returned to their cages for further observation.
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PMC10808409
The slower release observed in TPGS micelles after 3 h, may be due to the use of TPGS which might have caused an increase in the hydrophobic interactions between the polymer chains in the micelles’ core, resulting in stronger interactions between the drug and the micellar system, and the thus slower the release of FA.
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PMC9429973
Median FEDR Tx duration at cutoff was 28.3 (range, 1.6–101.3) wk; 14 (41%) pts had completed >12 cycles.
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PMC2193049
NA8-MEL cells transfected with pGFP/Ub–MAGE-31–314 (Fig. 1, construct I) and pGFP/Ub–MAGE-3271–279 (construct II) encoding the reference protein GFPha–Ub and either MAGE-31–314 or MAGE-3271–279, respectively, were incubated with cells from the CTL line specific for MAGE-3271–279 at a lymphocyte-to-target cell ratio of 30:1.
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PMC9954564
Using a local BLAST server with databases containing all known class I and II HLA CDS sequences described so far, downloaded from the IPD-IMGT/HLA database (https://www.ebi.ac.uk/ipd/imgt/hla/ (accessed on 1 October 2021)) version 3.31.0, the closest known HLA-G coding allele was defined for each haplotype.
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PMC11697703
For dendritic spine analysis, 2nd order segments of apical dendrites and 3rd order segments of basal dendrites were selected for spine analysis.
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PMC8658661
Furthermore, a marker deletion in the reading frame of the CTNNB1 gene for HB also occurs in HCC in 19% of patients .
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PMC10978090
Negative anti-PF4/H IgG levels were achieved after 5 and 3 TPE sessions in patients #1 and #2, respectively.
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PMC9429973
We hypothesize that a part of HM patients will have an altered, attenuated, or absent immune response to SARS-CoV-2 vaccination.
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PMC9622879
Given the local buying and selling prices, the daily energy cost of home i can be calculated as follows:40[12pt] $$ C_= _^ P_(t) E_(t), $$=∑t=1TPL(t)·Ei,Com(t),where41[12pt] $$ P_(t) = P_(t) & E_(t) > 0 \\ P_(t) & E_(t) < 0. . }
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f A heatmap comparing normalized Hi-C contact frequencies of ARID1A LLPS-positive, negative, and published EWS/FLI1 knockdown (KD) A673 cells, respectively.
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P ≤ 0.05 was considered significant by Student's t‐test.
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PMC11748335
D Relative loop density in the long LOCKs and the background within the whole genome, common PMDs, or common HMDs.
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Importantly, no cases of GvHD were reported, even in patients who received multiple infusions, including those with HLA mismatches products (66).
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PMC10809689
The figure was Created in BioRender.com.
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The data are reported as the mean ± SD.
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PMC11473750
b Kelly cells transiently transfected with Myc-tagged wild-type RNF121 (RNF121) or mutant RNF121 for 48 h. Shown here are representative images of immunofluorescent staining using an anti-Myc-tag antibody for the RNF121 protein and a GM130 antibody for the cis-Golgi.
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PMC9429973
If necessary, the required supportive therapy was carried out for this period of HSCT.
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PMC11790599
Rab7 plays an important role in facilitating late endosome-lysosome fusion (Bucci et al., 2000; Luzio et al., 2010).
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PMC10329074
cell-cycle analysis kit C1052 (Beyotime Biotechnology, China) was used in the present study to assess the cell cycle, and to investigate the proliferative abilities of cells.
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PMC6799808
Treatment with GLPT (0–2 mg/ml) for 24 h did not obviously influence the expression of TRAIL, TRADD, FASL, FADD, and RIP1 but drastically upregulated the protein levels of DR4 and DR5 (Fig. 3b).
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PMC7081114
Overall, the univariate and multivariate analyses confirmed the potential of KIF21B as an independent risk factor for poor prognosis in HCC.
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PMC11615743
It is worth noting that the absence of effective screening methods has traditionally limited the application of L‐DNA aptamers targeting cell surface proteins.
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PMC11640476
In each well, 135 µL of fibrinogen WS were mixed with 15 µL of thrombin WS and incubated at 37 °C for about 30 min.
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PMC11641532
The experimental validation demonstrated that HSD3B7 overexpression promotes cell proliferation, migration, and invasion, while silencing HSD3B7 inhibits these oncogenic behaviors.
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Despite the approval of one anti-C3 and two anti-C5 therapies for PNH, high treatment costs limit market access in many countries.
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PMC11138140
This cautions against the interpretation of raw morphological measurements as absolute since the accuracy of these measurements is dependent on segmentation accuracy and cell thickness (Figure 2C,D).
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PMC11746948
Padj <0.05 and |log2(foldchange)| >1 were set as the threshold for significantly differential expression.
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PMC11593031
Even though reported as a male cell line, no Y-chromosome was present in all three studied subclones of Neuro-2a.
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PMC11377827
The reaction was stopped with 0.2 µl of 0.5 M EDTA, and samples were prepared for immunoblotting by adding 20 µl 6 x SDS loading dye and boiling.
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PMC9429973
Decitabine was given at a dose of 20 mg/m/day for 5 days (n=3) or azacytidine (n=8) was given at a dose of 75 mg/m/day for 7 days at the discretion of the treating physician.
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PMC11434983
Following incubation, cells were washed three times with serum-free medium to remove unbound compound.
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PMC11025866
Another striking similarity between VPA and VPM is that they both inhibit reactivation of the Epstein-Barr virus (EBV) lytic cycle .
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PMC11792888
Etoposide can cause either caspase-dependent or -independent apoptotic cell death depending on the dose, with caspase-independent apoptosis occurring at low doses .
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PMC10858941
The graphs below show the normalised levels of p62 fluorescence intensity in the left and right-side zones, and the central zone for both cell lines.
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PMC2614415
Cells were treated for 96 hours with differing doses of VE-465. (
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PMC11661040
J-L) Flow cytometry showed that wnt pathway inhibitor attenuated the cell cycle promotion effect of CGREF1 overexpression.
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PMC11763111
To address HLA-related HVGR, researchers have explored the ablation of HLA-I/II through knockdown of B2M and CIITA genes.
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PMC10006224
a Representative flow cytometry contour plots for chromatin-bound STAG1 and STAG2 in control (gray plots) and KD (colored plots) HeLa cells.
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PMC7334607
Jacob Scott is the lead contact for this manuscript.
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PMC10123657
Detection of the galectin-3 protein of mouse origin agrees with the reported transfer of this protein from mouse MSC to human ALL cells .
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PMC10957991
In addition, immunofluorescence stainings of TRPV4 CRISPR KO cells with p63, a nuclear marker for the mature myoepithelial cells, showed lower amount of p63 positive nuclei as well as lower mean intensity level of p63 in TRPV4 KO cells (Fig. 2C,D), suggesting that TRPV4 plays a role in the differentiation of the mammary epithelial cells.
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PMC11803918
To the best of our knowledge, this is the first time that exosomes derived from human immune cells were engineered with PDT to target synergistic cancer therapy.
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PMC9429973
Median treatment time at data cut-off was 12 cycles in co1 (2-98) and co2 (3-46); 3 pts of co2 have not yet reached EOC12.
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PMC2777936
Cells were infected with the lentiviral supernatant for 24 hours in the presence of 4 μg/ml of polybrene (Sigma-Aldrich, MO).
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PMC11694066
G and H, Representative immunofluorescence images (G) and quantification (H) of micronuclei-positive cells in JN1 cells exposed to DMSO control, PARPi talazoparib, ATRi M4344, or a combination of both for 72 hours.
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PMC10652261
HRMS (m/z): [M + H] calcd for C24H25N5O2S: 448.1802.
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PMC10582828
It is thus plausible that gain of function could be induced via co-cultivation, serial passage, and in vitro genetic recombination with bat R. affinis, RaTG13, and pangolin coronavirus and thus produce a new lineage of a unique virus with particular receptor requirements.
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PMC11012012
Mou et al. (2023) demonstrated that SLAMF2/CD48-expressing feeder cells can promote the proliferation of primary NK cells (which express SLAMF4/CD244) and reduce NK cell apoptosis by activating the p-ERK/BCL2 pathway both in vitro and in vivo without affecting the overall phenotype.
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PMC11653168
Therefore, continuous efforts are required to improve ALL treatment.
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PMC8540611
This is easily explained by the presence of a rigid metal core, which makes the nanoparticle less flexible.
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PMC11703896
The graph shows RMSF values of rapamycin with ALK, EGFR, MET, ROS1, and FGFR receptors compared to controls.
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PMC10589262
TG treatment decreased GIST cell viability in a dose-dependent manner (0.1–5 µM) (Fig. 4C).
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PMC8873393
This cluster is dominated by genes required for histone modification and DNA replication (cluster 7 in Fig. 3C, Table S3).
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PMC11792740
For example, targeting inhibitory molecules such as SHP2 with specific inhibitors has shown promise in restoring TCR signaling and enhancing T-cell function .
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PMC6799808
In addition, GLPT treatment also activated the AMPK network, as evidenced by increased phosphorylation of AMPKα (T172) and the two substrates of AMPK, TSC2 (S1387) and raptor (S792), in A549 cells (Fig. 5c).
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PMC9429973
The extra-nodal MZBCL includes gastric, bronchial, bowel, salivary gland, thyroid, and orbital MALT lymphoma.
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PMC7504302
Further evaluation revealed that the PDX models effectively reflected the clinical heterogeneity of the respective parent tumors, and responded to Cisplatin treatment, proving the utility of these models to identify predictive biomarkers and evaluate the efficacy of treatment regimens .
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PMC11021472
We did not detect any obvious change in subcellular localization of the individual ZDHHC11 transcripts upon miR-150 overexpression.
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PMC11785489
Thus, to attain statistical power, we did not require cells to have both a nonproductive alpha and a nonproductive beta chain.
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PMC8348645
The absorbance was measured at 510 nm using a Spectramax I3x multimode microplate reader from Bio-Rad (102).
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PMC11718109
These neurons were cultured and maintained in complete NB/B27 medium followed by the addition of 0.1% anti-mitotic inhibitor (Supplement K, Brainxell) at day 25 to terminate division of non-neuronal cells.
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PMC11786156
The circles and enlarged images highlight the measured cells.
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PMC7022782
Postfixation was performed using osmium tetroxide 1.33% in 0.1 M collidine buffer for 20 min at room temperature, then at 4 °C overnight.
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PMC11805741
Our findings revealed that the extracted carotenoids significantly reduced cell viability and metastasis as verified by neutral red uptake and migration test.
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PMC11243198
For C3H10T1/2 cells, Hoechst dye 33342 (10 µg/mL) was added to each well 5 d after treatment.
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