Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC10761218
The p values for IC50 of W. somnifera leaf, stem, and root methanolic extracts were found to be 0.0014, 0.0007, and 0.9999 in HepG2 and 0.9993, 0.9994, and 0.9993 in L292 cell lines, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "p", "values", "for", "IC50", "of", "W.", "somnifera", "leaf", ",", "stem", ",", "and", "root", "methanolic", "extracts", "were", "found", "to", "be", "0.0014", ",", "0.0007", ",", "and", "0.9999", "in", "HepG2", "and", "0.9993", ",", "0.9994", ",", "and", "0.9993", "in", "L292", "cell", "lines", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC11625890
AMBRA1 is a protein that helps with removal of unwanted and damaged cell components and the controlling of cell death.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "AMBRA1", "is", "a", "protein", "that", "helps", "with", "removal", "of", "unwanted", "and", "damaged", "cell", "components", "and", "the", "controlling", "of", "cell", "death", "." ] } ]
PMC9080589
Additionally, the expression of PCDH8 in human PTC cell lines was also evaluated.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "the", "expression", "of", "PCDH8", "in", "human", "PTC", "cell", "lines", "was", "also", "evaluated", "." ] } ]
PMC7823217
Recent approaches such as immersion printing, are beneficial in developing tumor constructs in multi-well plates therefore increasing the throughput of personalized drug screening .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Recent", "approaches", "such", "as", "immersion", "printing", ",", "are", "beneficial", "in", "developing", "tumor", "constructs", "in", "multi-well", "plates", "therefore", "increasing", "the", "throughput", "of", "personalized", "drug", "screening", "." ] } ]
PMC8097906
Finally, the protein signals were visualized with the Clarity™ Western ECL Chemiluminescent Substrate (Bio-Rad Laboratories Inc., USA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Finally", ",", "the", "protein", "signals", "were", "visualized", "with", "the", "Clarity", "™", "Western", "ECL", "Chemiluminescent", "Substrate", "(", "Bio-Rad", "Laboratories", "Inc.", ",", "USA", ")", "." ] } ]
PMC11155445
Acyl thiourea ligands L2 and L3 crystallized in a monoclinic crystal system adopting the P21/c space group.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Acyl", "thiourea", "ligands", "L2", "and", "L3", "crystallized", "in", "a", "monoclinic", "crystal", "system", "adopting", "the", "P21/c", "space", "group", "." ] } ]
PMC11366496
For example, the E3 enzyme TRAF6 mediates K63 ubiquitination of AKT, promoting its recruitment to the cell membrane and phosphorylation activation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "example", ",", "the", "E3", "enzyme", "TRAF6", "mediates", "K63", "ubiquitination", "of", "AKT", ",", "promoting", "its", "recruitment", "to", "the", "cell", "membrane", "and", "phosphorylation", "activation", "." ] } ]
PMC9429973
For the proportion of patients that after KRd treatment was both FDG PET/CT negative and MRD negative by EuroFlow, the difference was even higher (37% vs 5% in MRD negative vs MRD positive patients, respectively).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "the", "proportion", "of", "patients", "that", "after", "KRd", "treatment", "was", "both", "FDG", "PET/CT", "negative", "and", "MRD", "negative", "by", "EuroFlow", ",", "the", "difference", "was", "even", "higher", "(", "37", "%", "vs", "5", "%", "in", "MRD", "negative", "vs", "MRD", "positive", "patients", ",", "respectively", ")", "." ] } ]
PMC8343815
After synthesis, nanoparticles were characterized using transmission electron microscopy (TEM; LEO906, ZEISS, Germany) to determine the shape and size of both spherical and rod-shaped nanoparticles.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "synthesis", ",", "nanoparticles", "were", "characterized", "using", "transmission", "electron", "microscopy", "(", "TEM", ";", "LEO906", ",", "ZEISS", ",", "Germany", ")", "to", "determine", "the", "shape", "and", "size", "of", "both", "spherical", "and", "rod-shaped", "nanoparticles", "." ] } ]
PMC8481254
D, E Bel-7402 and Bel-7404 cells were cultured in medium containing the indicated concentrations of glucose before they were subjected to the CCK-8 cytotoxicity test (D) and soft agar colony-formation assays (E).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "D", ",", "E", "Bel-7402", "and", "Bel-7404", "cells", "were", "cultured", "in", "medium", "containing", "the", "indicated", "concentrations", "of", "glucose", "before", "they", "were", "subjected", "to", "the", "CCK-8", "cytotoxicity", "test", "(", "D", ")", "and", "soft", "agar", "colony-formation", "assays", "(", "E", ")", "." ] } ]
PMC9621239
Three-dimensional structures of wild-type and mutant HBx proteins.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Three-dimensional", "structures", "of", "wild-type", "and", "mutant", "HBx", "proteins", "." ] } ]
PMC11740508
Combinations with other cytotoxic agents have proven to be too toxic due to the narrow therapeutic window of PARPi.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Combinations", "with", "other", "cytotoxic", "agents", "have", "proven", "to", "be", "too", "toxic", "due", "to", "the", "narrow", "therapeutic", "window", "of", "PARPi", "." ] } ]
PMC8009078
Similar to the above average RMSF (< 2.002 Å) was seen for the TMPRSS2 bound with A1–A5.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Similar", "to", "the", "above", "average", "RMSF", "(", "<", "2.002", "Å", ")", "was", "seen", "for", "the", "TMPRSS2", "bound", "with", "A1–A5", "." ] } ]
PMC11638764
The first p97 active site inhibitor, DBeQ was discovered via a high-throughput screen, and subsequent structure-activity study identify ML240 and ML241 as improved p97 inhibitors (Chou, 2011, 2013) .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "first", "p97", "active", "site", "inhibitor", ",", "DBeQ", "was", "discovered", "via", "a", "high-throughput", "screen", ",", "and", "subsequent", "structure-activity", "study", "identify", "ML240", "and", "ML241", "as", "improved", "p97", "inhibitors", "(", "Chou", ",", "2011", ",", "2013", ")", "." ] } ]
PMC10976516
In a second example, Barlabé et al. used modified adenovirus ICOVIR15-cBiTE, expressing an epidermal growth factor receptor (EGFR)-targeting bispecific T cell engager (cBiTE) loaded on human MSCs and systemically administered it together with allogenic PBMCs into an A549 transplanted human lung tumor model.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "a", "second", "example", ",", "Barlabé", "et", "al.", "used", "modified", "adenovirus", "ICOVIR15-cBiTE", ",", "expressing", "an", "epidermal", "growth", "factor", "receptor", "(EGFR)-targeting", "bispecific", "T", "cell", "engager", "(", "cBiTE", ")", "loaded", "on", "human", "MSCs", "and", "systemically", "administered", "it", "together", "with", "allogenic", "PBMCs", "into", "an", "A549", "transplanted", "human", "lung", "tumor", "model", "." ] } ]
PMC11706776
Neither H3K27ac nor the FLI1 peak is observed around KCNN1 promoter areas in MSCs transfected with the control plasmid (Fig. 3D, upper panels) or FLI1 overexpression plasmid (Fig. 3D, middle panels).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Neither", "H3K27ac", "nor", "the", "FLI1", "peak", "is", "observed", "around", "KCNN1", "promoter", "areas", "in", "MSCs", "transfected", "with", "the", "control", "plasmid", "(", "Fig.", "3D", ",", "upper", "panels", ")", "or", "FLI1", "overexpression", "plasmid", "(", "Fig.", "3D", ",", "middle", "panels", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Table 1 summarizes the responder analysis for SV reduction (SVR) based on baseline PC.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Table", "1", "summarizes", "the", "responder", "analysis", "for", "SV", "reduction", "(", "SVR", ")", "based", "on", "baseline", "PC", "." ] } ]
PMC11742670
The effectiveness of the proposed DL prediction model is validated through the application of diverse performance assessment metrics.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "effectiveness", "of", "the", "proposed", "DL", "prediction", "model", "is", "validated", "through", "the", "application", "of", "diverse", "performance", "assessment", "metrics", "." ] } ]
PMC10652261
Yield: 53%.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Yield", ":", "53", "%", "." ] } ]
PMC11528603
Importantly, corticosteroids have been widely used as supportive treatment for cancer patients to reduce the related complications and side effects of cancer treatments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Importantly", ",", "corticosteroids", "have", "been", "widely", "used", "as", "supportive", "treatment", "for", "cancer", "patients", "to", "reduce", "the", "related", "complications", "and", "side", "effects", "of", "cancer", "treatments", "." ] } ]
PMC11240571
Regarding the therapeutic effect of anti-PD-1 antibodies against bone and soft tissue sarcoma, in an interim report on a phase 2 trial, only 18% of soft tissue sarcomas and 5% of osteosarcoma patients had a response .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Regarding", "the", "therapeutic", "effect", "of", "anti-PD-1", "antibodies", "against", "bone", "and", "soft", "tissue", "sarcoma", ",", "in", "an", "interim", "report", "on", "a", "phase", "2", "trial", ",", "only", "18", "%", "of", "soft", "tissue", "sarcomas", "and", "5", "%", "of", "osteosarcoma", "patients", "had", "a", "response", "." ] } ]
PMC9429973
Summary/Conclusion: The observed correlation between GSTP1 A313G gene polymorphisms and formation progressive/refractory or prolapsed course of disease needs to be studied to provide safe and effective specific chemotherapy.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Summary/Conclusion", ":", "The", "observed", "correlation", "between", "GSTP1", "A313", "G", "gene", "polymorphisms", "and", "formation", "progressive/refractory", "or", "prolapsed", "course", "of", "disease", "needs", "to", "be", "studied", "to", "provide", "safe", "and", "effective", "specific", "chemotherapy", "." ] } ]
PMC11365983
Dysregulated Hedgehog signaling in the meninges of Foxc1 mutant embryos. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Dysregulated", "Hedgehog", "signaling", "in", "the", "meninges", "of", "Foxc1", "mutant", "embryos", ".", "(" ] } ]
PMC5173112
Five replicates were used for each condition, and the experiment was repeated two times.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Five", "replicates", "were", "used", "for", "each", "condition", ",", "and", "the", "experiment", "was", "repeated", "two", "times", "." ] } ]
PMC11699042
Changes in drug sensitivity during the long-term culture of each cell line for six and 12 months (m6 and m12) were analyzed using the initial time point (m0) values as reference.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Changes", "in", "drug", "sensitivity", "during", "the", "long-term", "culture", "of", "each", "cell", "line", "for", "six", "and", "12", "months", "(", "m6", "and", "m12", ")", "were", "analyzed", "using", "the", "initial", "time", "point", "(", "m0", ")", "values", "as", "reference", "." ] } ]
PMC11641532
PRCC, the second most common type, is often linked to MET proto-oncogene, receptor tyrosine kinase (MET) gene alterations, while ChRCC exhibits multiple chromosomal losses and generally has a better prognosis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "PRCC", ",", "the", "second", "most", "common", "type", ",", "is", "often", "linked", "to", "MET", "proto-oncogene", ",", "receptor", "tyrosine", "kinase", "(", "MET", ")", "gene", "alterations", ",", "while", "ChRCC", "exhibits", "multiple", "chromosomal", "losses", "and", "generally", "has", "a", "better", "prognosis", "." ] } ]
PMC11575040
In A2058 cells, the relative expressions of LINC00094 were determined to be 65% in the cytoplasm and 35% in the nucleus, whereas in A375 cells, the relative expressions of LINC00094 were determined to be 60% in the cytoplasm and 40% in the nucleus.
[ { "tags": [ "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "A2058", "cells", ",", "the", "relative", "expressions", "of", "LINC00094", "were", "determined", "to", "be", "65", "%", "in", "the", "cytoplasm", "and", "35", "%", "in", "the", "nucleus", ",", "whereas", "in", "A375", "cells", ",", "the", "relative", "expressions", "of", "LINC00094", "were", "determined", "to", "be", "60", "%", "in", "the", "cytoplasm", "and", "40", "%", "in", "the", "nucleus", "." ] } ]
PMC10589262
A, B Immunocytochemistry (ICC) analysis of KIT expression in gastrointestinal stromal tumor (GIST) (GIST430 and GIST882) and colon cancer (CC) cells (DLD-1 and Colo320DM) with or without permeabilization using triton X-100.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", ",", "B", "Immunocytochemistry", "(", "ICC", ")", "analysis", "of", "KIT", "expression", "in", "gastrointestinal", "stromal", "tumor", "(", "GIST", ")", "(", "GIST430", "and", "GIST882", ")", "and", "colon", "cancer", "(", "CC", ")", "cells", "(", "DLD-1", "and", "Colo320DM", ")", "with", "or", "without", "permeabilization", "using", "triton", "X-100", "." ] } ]
PMC11583690
We synthesized two types of tetrasulfide-based porous organosilica nanoparticles using the sol-gel method as previously described .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "synthesized", "two", "types", "of", "tetrasulfide-based", "porous", "organosilica", "nanoparticles", "using", "the", "sol-gel", "method", "as", "previously", "described", "." ] } ]
PMC3765139
Further studies are necessary to uncover the role of these transcription factors in melanoma cell lines.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Further", "studies", "are", "necessary", "to", "uncover", "the", "role", "of", "these", "transcription", "factors", "in", "melanoma", "cell", "lines", "." ] } ]
PMC10198699
The abstract principle in Roman-Dutch law is that anything that is useful and valuable, not part of something else or of a human body, and that is capable of human control, qualifies as a legal object that is susceptible of ownership.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "abstract", "principle", "in", "Roman-Dutch", "law", "is", "that", "anything", "that", "is", "useful", "and", "valuable", ",", "not", "part", "of", "something", "else", "or", "of", "a", "human", "body", ",", "and", "that", "is", "capable", "of", "human", "control", ",", "qualifies", "as", "a", "legal", "object", "that", "is", "susceptible", "of", "ownership", "." ] } ]
PMC11670407
P < 0.05, **P < 0.01 vs. the corresponding control OTULIN regulated the ubiquitin levels of GPX4 and conferred resistance to cisplatin in osteosarcoma.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P", "<", "0.05", ",", "*", "*", "P", "<", "0.01", "vs.", "the", "corresponding", "control", "OTULIN", "regulated", "the", "ubiquitin", "levels", "of", "GPX4", "and", "conferred", "resistance", "to", "cisplatin", "in", "osteosarcoma", "." ] } ]
PMC11357960
The relative mRNA expression levels of 15 SUMO machinery components in PBMC were calculated using the 2–ΔΔCT method.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "relative", "mRNA", "expression", "levels", "of", "15", "SUMO", "machinery", "components", "in", "PBMC", "were", "calculated", "using", "the", "2–ΔΔCT", "method", "." ] } ]
PMC8922418
By targeting multiple sites of the HIV-1 genome, Liao et al. improved the efficiency of gene editing and conferred primary cells with resistance to HIV-1 infection (Liao et al., 2015).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "By", "targeting", "multiple", "sites", "of", "the", "HIV-1", "genome", ",", "Liao", "et", "al.", "improved", "the", "efficiency", "of", "gene", "editing", "and", "conferred", "primary", "cells", "with", "resistance", "to", "HIV-1", "infection", "(", "Liao", "et", "al.", ",", "2015", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Impact on quality of life was also extensively discussed among patients, with emotional impact (56%) being the most prevalent, followed by physical (47%), social (30%), and financial (10%) impact.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Impact", "on", "quality", "of", "life", "was", "also", "extensively", "discussed", "among", "patients", ",", "with", "emotional", "impact", "(", "56", "%", ")", "being", "the", "most", "prevalent", ",", "followed", "by", "physical", "(", "47", "%", ")", ",", "social", "(", "30", "%", ")", ",", "and", "financial", "(", "10", "%", ")", "impact", "." ] } ]
PMC9927933
While previous in vitro studies showed that UBE2C plays a growth-promoting role in cancer cell lines, the underlying mechanism remains elusive.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "While", "previous", "in", "vitro", "studies", "showed", "that", "UBE2C", "plays", "a", "growth-promoting", "role", "in", "cancer", "cell", "lines", ",", "the", "underlying", "mechanism", "remains", "elusive", "." ] } ]
PMC9429973
The higher cell dose infusion resulted in a significantly increased expression of natural cytotoxicity receptors, a greater cytokine production by NK, T and NKT cells, and in an increased capacity of PBMC to lyse K562 cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "higher", "cell", "dose", "infusion", "resulted", "in", "a", "significantly", "increased", "expression", "of", "natural", "cytotoxicity", "receptors", ",", "a", "greater", "cytokine", "production", "by", "NK", ",", "T", "and", "NKT", "cells", ",", "and", "in", "an", "increased", "capacity", "of", "PBMC", "to", "lyse", "K562", "cells", "." ] } ]
PMC11723947
Data show values for biological replicates from two (e–j) or three (c) independent experiments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "show", "values", "for", "biological", "replicates", "from", "two", "(", "e", "–", "j", ")", "or", "three", "(", "c", ")", "independent", "experiments", "." ] } ]
PMC11799620
Non significant effect.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Non", "significant", "effect", "." ] } ]
PMC7685376
The granules of Huaier were obtained from Qidong Gaitianli Medicine Co., Ltd. The drug was dissolved in enzyme-free water to a final concentration of 300 mg/mL. Then, the supernatant was collected after centrifugation at 1000 rpm for 1 min and stored at 4°C for short-term use.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "granules", "of", "Huaier", "were", "obtained", "from", "Qidong", "Gaitianli", "Medicine", "Co.", ",", "Ltd.", "The", "drug", "was", "dissolved", "in", "enzyme-free", "water", "to", "a", "final", "concentration", "of", "300", "mg/mL.", "Then", ",", "the", "supernatant", "was", "collected", "after", "centrifugation", "at", "1000", "rpm", "for", "1", "min", "and", "stored", "at", "4", "°", "C", "for", "short-term", "use", "." ] } ]
PMC11769522
IL-6 was hardly detected in CPEKs incubated with vehicle, IL-4, IL-13, the IL4/IL13 mixture, IFN-γ, or TNF-α (Figure 1A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "IL-6", "was", "hardly", "detected", "in", "CPEKs", "incubated", "with", "vehicle", ",", "IL-4", ",", "IL-13", ",", "the", "IL4/IL13", "mixture", ",", "IFN-γ", ",", "or", "TNF-α", "(", "Figure", "1A", ")", "." ] } ]
PMC11319300
We used CTCF ChIA-PET data from the GM12878 cell line (ENCODE Project Consortium, 2012), where interactions between MYEOV and CCND1 had already been detected (Supplementary Figures S2, S3).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "used", "CTCF", "ChIA-PET", "data", "from", "the", "GM12878", "cell", "line", "(", "ENCODE", "Project", "Consortium", ",", "2012", ")", ",", "where", "interactions", "between", "MYEOV", "and", "CCND1", "had", "already", "been", "detected", "(", "Supplementary", "Figures", "S2", ",", "S3", ")", "." ] } ]
PMC11543935
Human adenocarcinoma cells HCC-827 purchased from the DSMZ (no. ACC 566) were cultivated in RPMI1640 (Thermo Fisher Scientific Inc., United States, 61870010) supplemented with 20 % FCS (Bio&Sell, Nürnberg, Germany, FBS.S0615).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Human", "adenocarcinoma", "cells", "HCC-827", "purchased", "from", "the", "DSMZ", "(", "no.", "ACC", "566", ")", "were", "cultivated", "in", "RPMI1640", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", "Inc.", ",", "United", "States", ",", "61870010", ")", "supplemented", "with", "20", "%", "FCS", "(", "Bio&Sell", ",", "Nürnberg", ",", "Germany", ",", "FBS.S0615", ")", "." ] } ]
PMC7759933
In the present study, we evaluated the gene expression of CYP1A1, CYP1A2, CYP3A4, AHR, and ALDH3A1 in 3D spheroids at the age of 3, 5, 7, 10, 12, 14, and 17 days, and compared to the expression of monolayer culture at the age of 2 days (Figure 5).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "present", "study", ",", "we", "evaluated", "the", "gene", "expression", "of", "CYP1A1", ",", "CYP1A2", ",", "CYP3A4", ",", "AHR", ",", "and", "ALDH3A1", "in", "3D", "spheroids", "at", "the", "age", "of", "3", ",", "5", ",", "7", ",", "10", ",", "12", ",", "14", ",", "and", "17", "days", ",", "and", "compared", "to", "the", "expression", "of", "monolayer", "culture", "at", "the", "age", "of", "2", "days", "(", "Figure", "5", ")", "." ] } ]
PMC10344560
In serial 11 cases of Rhodotorula peritonitis, only 1 died by aspiration pneumonia, not because of peritonitis complication.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "serial", "11", "cases", "of", "Rhodotorula", "peritonitis", ",", "only", "1", "died", "by", "aspiration", "pneumonia", ",", "not", "because", "of", "peritonitis", "complication", "." ] } ]
PMC11519077
The cells were then incubated for the final 4 h at 37°C with 5% CO2 in the MTT solution.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cells", "were", "then", "incubated", "for", "the", "final", "4", "h", "at", "37", "°", "C", "with", "5", "%", "CO2", "in", "the", "MTT", "solution", "." ] } ]
PMC11637276
Dysregulations in endocytic trafficking, such as overexpression of trafficking proteins or macropinocytosis, have been associated with cancer [41,58–60].
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Dysregulations", "in", "endocytic", "trafficking", ",", "such", "as", "overexpression", "of", "trafficking", "proteins", "or", "macropinocytosis", ",", "have", "been", "associated", "with", "cancer", "[", "41,58–60", "]", "." ] } ]
PMC7057940
The study by Matsumoto et al (12) reported that the EWS-FLI1 transcription factor affects the expression of regulatory genes of the G1 stage of the cell cycle, including cyclin G1, cyclin D1, p21 and p27 (13).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "study", "by", "Matsumoto", "et", "al", "(", "12", ")", "reported", "that", "the", "EWS-FLI1", "transcription", "factor", "affects", "the", "expression", "of", "regulatory", "genes", "of", "the", "G1", "stage", "of", "the", "cell", "cycle", ",", "including", "cyclin", "G1", ",", "cyclin", "D1", ",", "p21", "and", "p27", "(", "13", ")", "." ] } ]
PMC11763126
To investigate the impact of CBDP1 on the growth and spread of ccRCC in vivo, animal experiments were conducted (Fig. 10A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "investigate", "the", "impact", "of", "CBDP1", "on", "the", "growth", "and", "spread", "of", "ccRCC", "in", "vivo", ",", "animal", "experiments", "were", "conducted", "(", "Fig.", "10A", ")", "." ] } ]
PMC11483468
GST, glutathione-S-transferase; MTT, 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyltetrazolium bromide; PBS, phosphate buffered saline; T-GFP, TAT-GFP; TAT, HIV transcription activator of transcription protein; GFP, green fluorescent protein.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "GST", ",", "glutathione-S-transferase", ";", "MTT", ",", "3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyltetrazolium", "bromide", ";", "PBS", ",", "phosphate", "buffered", "saline", ";", "T-GFP", ",", "TAT-GFP", ";", "TAT", ",", "HIV", "transcription", "activator", "of", "transcription", "protein", ";", "GFP", ",", "green", "fluorescent", "protein", "." ] } ]
PMC9221284
Data that were described above led us to carry out a study of c-MYC transcripts and the corresponding proteins in a Burkitt lymphoma cell line.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "that", "were", "described", "above", "led", "us", "to", "carry", "out", "a", "study", "of", "c-MYC", "transcripts", "and", "the", "corresponding", "proteins", "in", "a", "Burkitt", "lymphoma", "cell", "line", "." ] } ]
PMC11352877
The relative mRNA level of VEGF-A is listed in Table 2.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "relative", "mRNA", "level", "of", "VEGF-A", "is", "listed", "in", "Table", "2", "." ] } ]
PMC10605143
The enrichment analyses of gene sets were performed in PANTHER Pathways using the PANTHER Overrepresentation Test, version 17.0 .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "enrichment", "analyses", "of", "gene", "sets", "were", "performed", "in", "PANTHER", "Pathways", "using", "the", "PANTHER", "Overrepresentation", "Test", ",", "version", "17.0", "." ] } ]
PMC11295144
NL2 was tagged with mCherry (red), synaptic terminals were labeled with an anti-Bassoon antibody (cyan), and GABAARs were visualized with an anti-α2 subunit specific antibody (green).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "NL2", "was", "tagged", "with", "mCherry", "(", "red", ")", ",", "synaptic", "terminals", "were", "labeled", "with", "an", "anti-Bassoon", "antibody", "(", "cyan", ")", ",", "and", "GABAARs", "were", "visualized", "with", "an", "anti-α2", "subunit", "specific", "antibody", "(", "green", ")", "." ] } ]
PMC11617590
First, the effects of SFN on the proliferation of Mia PaCa‐2 cells were measured.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "First", ",", "the", "effects", "of", "SFN", "on", "the", "proliferation", "of", "Mia", "PaCa‐2", "cells", "were", "measured", "." ] } ]
PMC11401350
Moreover, through gene-set-expression analysis it was further confirmed that this murine peripheral T cell lymphoma (PTCL) was equivalent to human AITL .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "through", "gene-set-expression", "analysis", "it", "was", "further", "confirmed", "that", "this", "murine", "peripheral", "T", "cell", "lymphoma", "(", "PTCL", ")", "was", "equivalent", "to", "human", "AITL", "." ] } ]
PMC9504875
The OTU domain of HAZV L protein was reported to have at least deubiquitinating activity , indicating that HAZV has the ability both to inhibit ubiquitination and to remove ubiquitin.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "OTU", "domain", "of", "HAZV", "L", "protein", "was", "reported", "to", "have", "at", "least", "deubiquitinating", "activity", ",", "indicating", "that", "HAZV", "has", "the", "ability", "both", "to", "inhibit", "ubiquitination", "and", "to", "remove", "ubiquitin", "." ] } ]
PMC9429973
Patients received four courses of ZRMA regimen every 21 days a cycle: Zanubrutinib 80mg twice daily, rituximab 375 mg/m() on days 0,methotrexate 3·5 g/m() on day 1 plus cytarabine 2 g/m() once daily on days 2.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Patients", "received", "four", "courses", "of", "ZRMA", "regimen", "every", "21", "days", "a", "cycle", ":", "Zanubrutinib", "80", "mg", "twice", "daily", ",", "rituximab", "375", "mg/m", "(", ")", "on", "days", "0,methotrexate", "3·5", "g/m", "(", ")", "on", "day", "1", "plus", "cytarabine", "2", "g/m", "(", ")", "once", "daily", "on", "days", "2", "." ] } ]
PMC9429973
NOTCH1 activity was assessed by western blot (WB) for the NOTCH1-intracellular domain (NOTCH1-IC) and HES1 expression.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "NOTCH1", "activity", "was", "assessed", "by", "western", "blot", "(", "WB", ")", "for", "the", "NOTCH1-intracellular", "domain", "(", "NOTCH1-IC", ")", "and", "HES1", "expression", "." ] } ]
PMC4369959
Anticancer activities of ginger against colorectal cancer have been well documented.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Anticancer", "activities", "of", "ginger", "against", "colorectal", "cancer", "have", "been", "well", "documented", "." ] } ]
PMC10114490
Dyes were excited, and their fluorescence was monitored at the excitation and emission wavelengths at appropriate filter settings.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Dyes", "were", "excited", ",", "and", "their", "fluorescence", "was", "monitored", "at", "the", "excitation", "and", "emission", "wavelengths", "at", "appropriate", "filter", "settings", "." ] } ]
PMC11604830
Moreover, the images (Figure 6B,C) show a strong signal corresponding to the blood vessels in the lower part of the mouse's head, as expected since the half‐life time of the PFCE‐NE in the blood is around 11.5 h. In vivo H CSI after intravenous injection of PFCE‐NE in a murine model of inflammation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "the", "images", "(", "Figure", "6B", ",", "C", ")", "show", "a", "strong", "signal", "corresponding", "to", "the", "blood", "vessels", "in", "the", "lower", "part", "of", "the", "mouse", "'s", "head", ",", "as", "expected", "since", "the", "half‐life", "time", "of", "the", "PFCE‐NE", "in", "the", "blood", "is", "around", "11.5", "h.", "In", "vivo", "H", "CSI", "after", "intravenous", "injection", "of", "PFCE‐NE", "in", "a", "murine", "model", "of", "inflammation", "." ] } ]
PMC9429973
Of these, 16 were EE (8 not EE due to: duration of treatment (n=6), death (n=1), study discontinuation (n=1)).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Of", "these", ",", "16", "were", "EE", "(", "8", "not", "EE", "due", "to", ":", "duration", "of", "treatment", "(", "n=6", ")", ",", "death", "(", "n=1", ")", ",", "study", "discontinuation", "(", "n=1", ")", ")", "." ] } ]
PMC11635087
However, following the DCMU treatment, the decrease in the chlorophyll fluorescence yield was similar between isolated chloroplasts and whole cells and was much smaller than the decrease in the absence of DCMU, reflecting a significant decrease in the efficiency of the electron transport chain.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "following", "the", "DCMU", "treatment", ",", "the", "decrease", "in", "the", "chlorophyll", "fluorescence", "yield", "was", "similar", "between", "isolated", "chloroplasts", "and", "whole", "cells", "and", "was", "much", "smaller", "than", "the", "decrease", "in", "the", "absence", "of", "DCMU", ",", "reflecting", "a", "significant", "decrease", "in", "the", "efficiency", "of", "the", "electron", "transport", "chain", "." ] } ]
PMC11380329
In the current study, the propolis from different geographic regions including Egypt, Germany and France exerts anticancer properties against OVCAR4 cancer cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "current", "study", ",", "the", "propolis", "from", "different", "geographic", "regions", "including", "Egypt", ",", "Germany", "and", "France", "exerts", "anticancer", "properties", "against", "OVCAR4", "cancer", "cells", "." ] } ]
PMC9581083
are used as minister medicines for clearing heat, dispelling lung and detoxification, while Quangualou widens the chest and loosens phlegm, and magnolia reduces qi and relieves asthma.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "are", "used", "as", "minister", "medicines", "for", "clearing", "heat", ",", "dispelling", "lung", "and", "detoxification", ",", "while", "Quangualou", "widens", "the", "chest", "and", "loosens", "phlegm", ",", "and", "magnolia", "reduces", "qi", "and", "relieves", "asthma", "." ] } ]
PMC8193046
Broad-spectrum ABCB1, ABCC1, and ABCG2 inhibitors obtained from computational approaches.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Broad-spectrum", "ABCB1", ",", "ABCC1", ",", "and", "ABCG2", "inhibitors", "obtained", "from", "computational", "approaches", "." ] } ]
PMC11741906
Furthermore, a study focused on osteosarcoma showed that hsa-miR-133b promotes resistance to cisplatin, giving cancer cells the ability to migrate and evade cell death .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "a", "study", "focused", "on", "osteosarcoma", "showed", "that", "hsa-miR-133b", "promotes", "resistance", "to", "cisplatin", ",", "giving", "cancer", "cells", "the", "ability", "to", "migrate", "and", "evade", "cell", "death", "." ] } ]
PMC8956657
This is compensated by an Arg at the P0 position.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "is", "compensated", "by", "an", "Arg", "at", "the", "P0", "position", "." ] } ]
PMC11477621
Among them, compound 20 showed high potency against RPMI-8226 cells with an IC50 value of 2.89 ± 0.43 μM, which was better than that of chidamide (IC50 = 10.23 ± 1.02 μM).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Among", "them", ",", "compound", "20", "showed", "high", "potency", "against", "RPMI-8226", "cells", "with", "an", "IC50", "value", "of", "2.89", "±", "0.43", "μM", ",", "which", "was", "better", "than", "that", "of", "chidamide", "(", "IC50", "=", "10.23", "±", "1.02", "μM", ")", "." ] } ]
PMC11577421
Left panel: experimental traces (green and blue lines), best-fit curves (red lines), and fitting residuals.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Left", "panel", ":", "experimental", "traces", "(", "green", "and", "blue", "lines", ")", ",", "best-fit", "curves", "(", "red", "lines", ")", ",", "and", "fitting", "residuals", "." ] } ]
PMC10565698
TCF12 mRNA and protein expression decrease following circUSP10 knockdown.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "TCF12", "mRNA", "and", "protein", "expression", "decrease", "following", "circUSP10", "knockdown", "." ] } ]
PMC11547917
Limited studies on ethanolic extract from A. clematitis aerial parts demonstrated through several chemical-based antioxidant assays, that the extract had good antioxidant activity with polyphenolic and flavonoids content methods .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Limited", "studies", "on", "ethanolic", "extract", "from", "A.", "clematitis", "aerial", "parts", "demonstrated", "through", "several", "chemical-based", "antioxidant", "assays", ",", "that", "the", "extract", "had", "good", "antioxidant", "activity", "with", "polyphenolic", "and", "flavonoids", "content", "methods", "." ] } ]
PMC11615101
All bar graphs represent mean ± standard deviation (SD), and data were obtained from at least three independent experiments.43 The methods applied in the study have been summarized in a flow chart given in the supplementary data (Supplementary data Figure S2).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "bar", "graphs", "represent", "mean", "±", "standard", "deviation", "(", "SD", ")", ",", "and", "data", "were", "obtained", "from", "at", "least", "three", "independent", "experiments.43", "The", "methods", "applied", "in", "the", "study", "have", "been", "summarized", "in", "a", "flow", "chart", "given", "in", "the", "supplementary", "data", "(", "Supplementary", "data", "Figure", "S2", ")", "." ] } ]
PMC10158546
CJD inocula was sourced from clinical cases identified by the Canadian CJD Surveillance System and was selected because they represented typical cases of sCJD MM1 and sCJD VV2.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CJD", "inocula", "was", "sourced", "from", "clinical", "cases", "identified", "by", "the", "Canadian", "CJD", "Surveillance", "System", "and", "was", "selected", "because", "they", "represented", "typical", "cases", "of", "sCJD", "MM1", "and", "sCJD", "VV2", "." ] } ]
PMC9065483
For nuclear and cytoplasmic fractionation, the NE-PER Nuclear and Cytoplasmic Extraction Kit (Thermo Fisher Scientific) was used according to the manufacturer’s protocol.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "nuclear", "and", "cytoplasmic", "fractionation", ",", "the", "NE-PER", "Nuclear", "and", "Cytoplasmic", "Extraction", "Kit", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ")", "was", "used", "according", "to", "the", "manufacturer", "’s", "protocol", "." ] } ]
PMC9118379
In this study, we conducted an examination of isobaric substitution and semitryptic cleavage on the RefP_V database to verify the identified variant peptides.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "we", "conducted", "an", "examination", "of", "isobaric", "substitution", "and", "semitryptic", "cleavage", "on", "the", "RefP_V", "database", "to", "verify", "the", "identified", "variant", "peptides", "." ] } ]
PMC4485786
FcIL-7 or IL-2MAB602 modulated the effect of the NHS-IL12 construct on the infiltrating NK cell population.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "FcIL-7", "or", "IL-2MAB602", "modulated", "the", "effect", "of", "the", "NHS-IL12", "construct", "on", "the", "infiltrating", "NK", "cell", "population", "." ] } ]
PMC11618052
H NMR (400 MHz, δ ppm CDCl3): 8.15 (d, J = 7.6 Hz, 1H, Ar–H), 7.97 (s, 1H, triazole CH), 7.65 (t, J = 7.4 Hz, 1H, Ar–H), 7.54 (d, J = 8.4 Hz, 2H, Ar–H p-Cl C6H4), 7.52 (s, 1H, Ar–H), 7.38 (d, J = 8.4 Hz, 2H, Ar–H p-Cl C6H4), 7.33 (d, J = 7.6 Hz, 1H, Ar–H), 5.91–5.76 (m, 1H, CH), 5.20 (d, J = 12.0 Hz, 1H, CH2), 5.17 (d, J = 6.0 Hz, 1H, CH2), 4.67 (d, J = 5.1 Hz, 2H, N–CH2), 4.63 (s, 2H, S–CH2).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "H", "NMR", "(", "400", "MHz", ",", "δ", "ppm", "CDCl3", "):", "8.15", "(", "d", ",", "J", "=", "7.6", "Hz", ",", "1H", ",", "Ar", "–", "H", ")", ",", "7.97", "(", "s", ",", "1H", ",", "triazole", "CH", ")", ",", "7.65", "(", "t", ",", "J", "=", "7.4", "Hz", ",", "1H", ",", "Ar", "–", "H", ")", ",", "7.54", "(", "d", ",", "J", "=", "8.4", "Hz", ",", "2H", ",", "Ar", "–", "H", "p-Cl", "C6H4", ")", ",", "7.52", "(", "s", ",", "1H", ",", "Ar", "–", "H", ")", ",", "7.38", "(", "d", ",", "J", "=", "8.4", "Hz", ",", "2H", ",", "Ar", "–", "H", "p-Cl", "C6H4", ")", ",", "7.33", "(", "d", ",", "J", "=", "7.6", "Hz", ",", "1H", ",", "Ar", "–", "H", ")", ",", "5.91–5.76", "(", "m", ",", "1H", ",", "CH", ")", ",", "5.20", "(", "d", ",", "J", "=", "12.0", "Hz", ",", "1H", ",", "CH2", ")", ",", "5.17", "(", "d", ",", "J", "=", "6.0", "Hz", ",", "1H", ",", "CH2", ")", ",", "4.67", "(", "d", ",", "J", "=", "5.1", "Hz", ",", "2H", ",", "N", "–", "CH2", ")", ",", "4.63", "(", "s", ",", "2H", ",", "S", "–", "CH2", ")", "." ] } ]
PMC11633763
G, H) Representative images of colony formation assays of osteosarcoma (OS) cells transfected with shUSP22 (G) or p‐USP22 (H). (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "G", ",", "H", ")", "Representative", "images", "of", "colony", "formation", "assays", "of", "osteosarcoma", "(", "OS", ")", "cells", "transfected", "with", "shUSP22", "(", "G", ")", "or", "p‐USP22", "(", "H", ")", ".", "(" ] } ]
PMC10788478
In addition, we found that LGR6 overexpression was associated with vascular invasion and the wild‐type EGFR genotype in lung adenocarcinomas, and that LGR6 overexpression was a poor prognostic factor in patients with lung adenocarcinoma.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", ",", "we", "found", "that", "LGR6", "overexpression", "was", "associated", "with", "vascular", "invasion", "and", "the", "wild‐type", "EGFR", "genotype", "in", "lung", "adenocarcinomas", ",", "and", "that", "LGR6", "overexpression", "was", "a", "poor", "prognostic", "factor", "in", "patients", "with", "lung", "adenocarcinoma", "." ] } ]
PMC9596868
Following 30 min incubation on ice, cell debris was pelleted down by centrifugation at 13,000 rpm for 15 min at 4°C and the supernatant transferred to a fresh 1.5 mL centrifuge tube.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Following", "30", "min", "incubation", "on", "ice", ",", "cell", "debris", "was", "pelleted", "down", "by", "centrifugation", "at", "13,000", "rpm", "for", "15", "min", "at", "4", "°", "C", "and", "the", "supernatant", "transferred", "to", "a", "fresh", "1.5", "mL", "centrifuge", "tube", "." ] } ]
PMC11731614
Resulting protein lists include subset proteins to allow for consideration of all possible protein isoforms implicated by at least three given peptides identified from the complex protein mixtures.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Resulting", "protein", "lists", "include", "subset", "proteins", "to", "allow", "for", "consideration", "of", "all", "possible", "protein", "isoforms", "implicated", "by", "at", "least", "three", "given", "peptides", "identified", "from", "the", "complex", "protein", "mixtures", "." ] } ]
PMC10759659
Therefore, combining inhibition of both pathways might be a promising strategy to overcome the drug resistance of PD-1/PD-L1 inhibitor monotherapy in HBV-HCC patients with ARID1A deficiency.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "combining", "inhibition", "of", "both", "pathways", "might", "be", "a", "promising", "strategy", "to", "overcome", "the", "drug", "resistance", "of", "PD-1/PD-L1", "inhibitor", "monotherapy", "in", "HBV-HCC", "patients", "with", "ARID1A", "deficiency", "." ] } ]
PMC5941560
SnpEff “High Impact” variants—comprising stop gained, stop lost, start lost, splice acceptor, splice donor, exon loss, and frameshift variants—were annotated with ExAC population information.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "SnpEff", "“", "High", "Impact", "”", "variants", "—", "comprising", "stop", "gained", ",", "stop", "lost", ",", "start", "lost", ",", "splice", "acceptor", ",", "splice", "donor", ",", "exon", "loss", ",", "and", "frameshift", "variants", "—", "were", "annotated", "with", "ExAC", "population", "information", "." ] } ]
PMC10840195
The results for the CCK-8 assay only mark the significance of 96 h drug treatment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "results", "for", "the", "CCK-8", "assay", "only", "mark", "the", "significance", "of", "96", "h", "drug", "treatment", "." ] } ]
PMC11092418
FBS fetal bovine serum; HER: human epidermal growth factor receptor; SD: standard deviation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "FBS", "fetal", "bovine", "serum", ";", "HER", ":", "human", "epidermal", "growth", "factor", "receptor", ";", "SD", ":", "standard", "deviation", "." ] } ]
PMC11543935
NIH3T3 cells have a higher standard deviation of σC = ± 17 % and σIRE = ± 15 %, while HCC-827 is at σC = ± 2 % and σIRE = ± 4 %.
[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "NIH3T3", "cells", "have", "a", "higher", "standard", "deviation", "of", "σC", "=", "±", "17", "%", "and", "σIRE", "=", "±", "15", "%", ",", "while", "HCC-827", "is", "at", "σC", "=", "±", "2", "%", "and", "σIRE", "=", "±", "4", "%", "." ] } ]
PMC9429973
Clinical trial information: NCT04892446.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Clinical", "trial", "information", ":", "NCT04892446", "." ] } ]
PMC11742670
Fig. 8MAE comparison for testing and training datasets to predict IC50 on three different cell lines. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "8MAE", "comparison", "for", "testing", "and", "training", "datasets", "to", "predict", "IC50", "on", "three", "different", "cell", "lines", ".", "(" ] } ]
PMC11610461
Several immune-related pathways were enriched including immune response, complement and coagulation cascade reactions, and neutrophil extracellular trap formation, as evidenced by enrichment analyses.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Several", "immune-related", "pathways", "were", "enriched", "including", "immune", "response", ",", "complement", "and", "coagulation", "cascade", "reactions", ",", "and", "neutrophil", "extracellular", "trap", "formation", ",", "as", "evidenced", "by", "enrichment", "analyses", "." ] } ]
PMC10698968
Our results demonstrate that we successfully isolated an aggressive MFS-derived cell line that recapitulates the pathologically relevant features of the patient’s tumour mass.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "results", "demonstrate", "that", "we", "successfully", "isolated", "an", "aggressive", "MFS-derived", "cell", "line", "that", "recapitulates", "the", "pathologically", "relevant", "features", "of", "the", "patient", "’s", "tumour", "mass", "." ] } ]
PMC9429973
Mice received GR-MDSCs treatment displayed significantly lower platelet levels than mice treated with NC-MDSCs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mice", "received", "GR-MDSCs", "treatment", "displayed", "significantly", "lower", "platelet", "levels", "than", "mice", "treated", "with", "NC-MDSCs", "." ] } ]
PMC9111184
The assays were done in eight replicates for each concentration and the cell viability percentage was calculated by the following formula:Viability (%) ​= ​[(Abs 595 – Abs 630 of sample)/(Abs 595 – Abs 630 of control)] ​× ​100 For transport and metabolism experiments, the cells (grown as previously described) were seeded at a density of 2–4 x 104 ​cells/cm2 in 12-well transwell plate inserts with 10.5 ​mm diameter, 0.4 ​μm pore size (BD Falcon™).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "assays", "were", "done", "in", "eight", "replicates", "for", "each", "concentration", "and", "the", "cell", "viability", "percentage", "was", "calculated", "by", "the", "following", "formula", ":", "Viability", "(", "%", ")", "​=", "​[(Abs", "595", "–", "Abs", "630", "of", "sample)/(Abs", "595", "–", "Abs", "630", "of", "control", ")", "]", "​", "×", "​100", "For", "transport", "and", "metabolism", "experiments", ",", "the", "cells", "(", "grown", "as", "previously", "described", ")", "were", "seeded", "at", "a", "density", "of", "2–4", "x", "104", "​cells/cm2", "in", "12-well", "transwell", "plate", "inserts", "with", "10.5", "​mm", "diameter", ",", "0.4", "​μm", "pore", "size", "(", "BD", "Falcon", "™", ")", "." ] } ]
PMC11607638
p = .0020, ****p < .0001. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "p", "=", ".0020", ",", "*", "*", "*", "*", "p", "<", ".0001", ".", "(" ] } ]
PMC8992508
The chemistry of recently described BCRP inhibitors and dual P-gp/BCRP inhibitors, as well as their preliminary pharmacological evaluation are discussed, and the most recent advances concerning these kinds of MDR modulators are reviewed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "chemistry", "of", "recently", "described", "BCRP", "inhibitors", "and", "dual", "P-gp/BCRP", "inhibitors", ",", "as", "well", "as", "their", "preliminary", "pharmacological", "evaluation", "are", "discussed", ",", "and", "the", "most", "recent", "advances", "concerning", "these", "kinds", "of", "MDR", "modulators", "are", "reviewed", "." ] } ]
PMC11684269
In the progression of certain kidney diseases, T cell metabolism undergoes a series of changes to provide necessary energy support.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "progression", "of", "certain", "kidney", "diseases", ",", "T", "cell", "metabolism", "undergoes", "a", "series", "of", "changes", "to", "provide", "necessary", "energy", "support", "." ] } ]
PMC9429973
Baseline patient characteristics, dose intensity and treatment outcomes were extracted from hospital medical electronic records.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Baseline", "patient", "characteristics", ",", "dose", "intensity", "and", "treatment", "outcomes", "were", "extracted", "from", "hospital", "medical", "electronic", "records", "." ] } ]
PMC11248911
Yellow crystals, mp = 200–1 °C, yield (92%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Yellow", "crystals", ",", "mp", "=", "200–1", "°", "C", ",", "yield", "(", "92", "%", ")", "." ] } ]
PMC9780037
These observations are consistent with a lack of apoptosis induction in cancer due to insufficient cyt c levels in the cytoplasm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "observations", "are", "consistent", "with", "a", "lack", "of", "apoptosis", "induction", "in", "cancer", "due", "to", "insufficient", "cyt", "c", "levels", "in", "the", "cytoplasm", "." ] } ]