Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC11474209
As a result of their build-up and breakdown, poisonous secondary metabolites such as hydrogen sulfide, poisons, and odorants are produced.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "a", "result", "of", "their", "build-up", "and", "breakdown", ",", "poisonous", "secondary", "metabolites", "such", "as", "hydrogen", "sulfide", ",", "poisons", ",", "and", "odorants", "are", "produced", "." ] } ]
PMC9065483
Guided by the mounting evidence supporting the role of the EGFR axis in oncogenesis and metastasis, several small molecule EGFR modulators have been developed and clinically approved in the past few decades.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Guided", "by", "the", "mounting", "evidence", "supporting", "the", "role", "of", "the", "EGFR", "axis", "in", "oncogenesis", "and", "metastasis", ",", "several", "small", "molecule", "EGFR", "modulators", "have", "been", "developed", "and", "clinically", "approved", "in", "the", "past", "few", "decades", "." ] } ]
PMC11802855
In the mm03 subpopulation, the JAK/STAT3 pathway was strikingly activated.
[ { "tags": [ "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "mm03", "subpopulation", ",", "the", "JAK/STAT3", "pathway", "was", "strikingly", "activated", "." ] } ]
PMC6487404
Lucifer yellow is a small hydrophilic fluorescent molecule that is easily detectable by spectrophotofluorometer (485 nm excitation and 535 nm emission).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Lucifer", "yellow", "is", "a", "small", "hydrophilic", "fluorescent", "molecule", "that", "is", "easily", "detectable", "by", "spectrophotofluorometer", "(", "485", "nm", "excitation", "and", "535", "nm", "emission", ")", "." ] } ]
PMC11502962
In G02, the count of tumor cells was 2750, accounting for 27.5% of the total cell number; the count of macrophages was 4130, accounting for 41.3% of the total cell number; and the count of CD8 T cells was 1593, accounting for 15.9% of the total cell number.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "G02", ",", "the", "count", "of", "tumor", "cells", "was", "2750", ",", "accounting", "for", "27.5", "%", "of", "the", "total", "cell", "number", ";", "the", "count", "of", "macrophages", "was", "4130", ",", "accounting", "for", "41.3", "%", "of", "the", "total", "cell", "number", ";", "and", "the", "count", "of", "CD8", "T", "cells", "was", "1593", ",", "accounting", "for", "15.9", "%", "of", "the", "total", "cell", "number", "." ] } ]
PMC11723947
To determine whether this cluster was associated with specific biological functions, we next performed gene ontology (GO)-based overrepresentation analysis (ORA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "determine", "whether", "this", "cluster", "was", "associated", "with", "specific", "biological", "functions", ",", "we", "next", "performed", "gene", "ontology", "(GO)-based", "overrepresentation", "analysis", "(", "ORA", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Efficient DNA repair has shown to enable leukemic cells to survive the damaging effects of therapeutics, therefore, understanding of DNA repair alterations in leukemia may provide novel druggable targets and prognostic biomarkers.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Efficient", "DNA", "repair", "has", "shown", "to", "enable", "leukemic", "cells", "to", "survive", "the", "damaging", "effects", "of", "therapeutics", ",", "therefore", ",", "understanding", "of", "DNA", "repair", "alterations", "in", "leukemia", "may", "provide", "novel", "druggable", "targets", "and", "prognostic", "biomarkers", "." ] } ]
PMC11361748
Though available evidence supports a role for K17 in altering inflammation and immune responses in skin experiencing stress , whether it regulates neutrophil infiltration, specifically, and the potential relevance for inflammatory skin diseases, are unknown.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Though", "available", "evidence", "supports", "a", "role", "for", "K17", "in", "altering", "inflammation", "and", "immune", "responses", "in", "skin", "experiencing", "stress", ",", "whether", "it", "regulates", "neutrophil", "infiltration", ",", "specifically", ",", "and", "the", "potential", "relevance", "for", "inflammatory", "skin", "diseases", ",", "are", "unknown", "." ] } ]
PMC11295144
Quantification of the % area of co-localized pixels that represent contacts between synaptotagmin-positive and VGAT-positive terminals and the control HEK293 cells, confirmed that NL2 can induce the adhesion of active terminals in the absence of GABAARs (median = 0.12%; IQR = 0.03 - 0.22%; n = 30 cells; from N = 3 independent experiments; Figures 4A,D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Quantification", "of", "the", "%", "area", "of", "co-localized", "pixels", "that", "represent", "contacts", "between", "synaptotagmin-positive", "and", "VGAT-positive", "terminals", "and", "the", "control", "HEK293", "cells", ",", "confirmed", "that", "NL2", "can", "induce", "the", "adhesion", "of", "active", "terminals", "in", "the", "absence", "of", "GABAARs", "(", "median", "=", "0.12", "%", ";", "IQR", "=", "0.03", "-", "0.22", "%", ";", "n", "=", "30", "cells", ";", "from", "N", "=", "3", "independent", "experiments", ";", "Figures", "4A", ",", "D", ")", "." ] } ]
PMC10850553
Differences between the 2 groups were examined using the non-parametric Wilcoxon rank-sum test.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Differences", "between", "the", "2", "groups", "were", "examined", "using", "the", "non-parametric", "Wilcoxon", "rank-sum", "test", "." ] } ]
PMC10988555
Additionally, this assay also permits the study of the toxicity in vivo of the complexes by analyzing the death of the embryo during that period of incubation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "this", "assay", "also", "permits", "the", "study", "of", "the", "toxicity", "in", "vivo", "of", "the", "complexes", "by", "analyzing", "the", "death", "of", "the", "embryo", "during", "that", "period", "of", "incubation", "." ] } ]
PMC11013014
Based on the obtained results for the parent EA and the analogues 1–10, 16(a–c), 17b, and 18 (Table 3 and Table 4), the log p values of the compounds are less than five, meaning that they are all soluble in aqueous solutions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Based", "on", "the", "obtained", "results", "for", "the", "parent", "EA", "and", "the", "analogues", "1–10", ",", "16(a", "–", "c", ")", ",", "17b", ",", "and", "18", "(", "Table", "3", "and", "Table", "4", ")", ",", "the", "log", "p", "values", "of", "the", "compounds", "are", "less", "than", "five", ",", "meaning", "that", "they", "are", "all", "soluble", "in", "aqueous", "solutions", "." ] } ]
PMC11640115
First, we examined the correlation between the imGPS components (CRP, ALB and lymphocyte count) and the prognosis of pembrolizumab (Figure 3).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "First", ",", "we", "examined", "the", "correlation", "between", "the", "imGPS", "components", "(", "CRP", ",", "ALB", "and", "lymphocyte", "count", ")", "and", "the", "prognosis", "of", "pembrolizumab", "(", "Figure", "3", ")", "." ] } ]
PMC11657695
The whiskers indicate the fifth and the ninety-fifth percentiles.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "whiskers", "indicate", "the", "fifth", "and", "the", "ninety-fifth", "percentiles", "." ] } ]
PMC11066331
Our work also supports the use of mass window 2–10 kDa for robust and reproducible mass spectra as demonstrated in ovarian cancer cell line.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O" ], "tokens": [ "Our", "work", "also", "supports", "the", "use", "of", "mass", "window", "2–10", "kDa", "for", "robust", "and", "reproducible", "mass", "spectra", "as", "demonstrated", "in", "ovarian", "cancer", "cell", "line", "." ] } ]
PMC11285179
After 7 to 15 days, about ten single-cell clones were selected for PCR and ELISA.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "7", "to", "15", "days", ",", "about", "ten", "single-cell", "clones", "were", "selected", "for", "PCR", "and", "ELISA", "." ] } ]
PMC11768927
Research by Kottke et al. highlighted the role of CSDE1 in cancer relapse among patients treated with rVSV-IFNβ, as it generates a neo-epitope recognized by non-tolerized T cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Research", "by", "Kottke", "et", "al.", "highlighted", "the", "role", "of", "CSDE1", "in", "cancer", "relapse", "among", "patients", "treated", "with", "rVSV-IFNβ", ",", "as", "it", "generates", "a", "neo-epitope", "recognized", "by", "non-tolerized", "T", "cells", "." ] } ]
PMC10958426
We inferred pseudotime of cancer cells to better understand the relationship among these tumor subclones.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "inferred", "pseudotime", "of", "cancer", "cells", "to", "better", "understand", "the", "relationship", "among", "these", "tumor", "subclones", "." ] } ]
PMC11621493
Total levels of PI, hexosylceramides, PS, LPC, plasmalogen-PE, PG, DAG, TAG, cardiolipin, and lyso-PI remained unaltered between genotypes under both basal and inflammatory conditions (Fig. 8B–D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Total", "levels", "of", "PI", ",", "hexosylceramides", ",", "PS", ",", "LPC", ",", "plasmalogen-PE", ",", "PG", ",", "DAG", ",", "TAG", ",", "cardiolipin", ",", "and", "lyso-PI", "remained", "unaltered", "between", "genotypes", "under", "both", "basal", "and", "inflammatory", "conditions", "(", "Fig.", "8B", "–", "D", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Tandem autologous stem cell transplantation compared to single ASCT was associated with a significantly superior progression free survival (random-effect HR 0.89; 95% CI 0.82-0.97; I2 = 0.0%), but no significance difference regard to overall survival (random-effect HR 0.98; 95% CI 0.94–1.03; I2 = 0%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Tandem", "autologous", "stem", "cell", "transplantation", "compared", "to", "single", "ASCT", "was", "associated", "with", "a", "significantly", "superior", "progression", "free", "survival", "(", "random-effect", "HR", "0.89", ";", "95", "%", "CI", "0.82", "-", "0.97", ";", "I2", "=", "0.0", "%", ")", ",", "but", "no", "significance", "difference", "regard", "to", "overall", "survival", "(", "random-effect", "HR", "0.98", ";", "95", "%", "CI", "0.94–1.03", ";", "I2", "=", "0", "%", ")", "." ] } ]
PMC11637276
Box and whisker plots represent 5–95 percentile, + represents the mean, N = 4 independent experiments. **
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Box", "and", "whisker", "plots", "represent", "5–95", "percentile", ",", "+", "represents", "the", "mean", ",", "N", "=", "4", "independent", "experiments", ".", "*", "*" ] } ]
PMC3035438
Bsd = blasticidin S deaminase.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Bsd", "=", "blasticidin", "S", "deaminase", "." ] } ]
PMC9985266
A, B RT‒qPCR for DNMT1 and MEG3 transfection efficiency; C EdU for cell proliferation viability (magnification: × 200; scale bars: 100 μm); D Western blot for protein expression levels; E Immunofluorescence for LC3 and Beclin1 fluorescence intensity (magnification: × 200; scale bars: 10 μm); F–H The mRNA levels of α-SMA, FN, and COL I were detected by RT‒qPCR; I Western blot to detect α-SMA, FN, and COL I protein expression levels; J Immunofluorescence to detect α-SMA, FN, and COL I fluorescence intensity (magnification: × 200; scale bars: 100 μm). *
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", ",", "B", "RT‒qPCR", "for", "DNMT1", "and", "MEG3", "transfection", "efficiency", ";", "C", "EdU", "for", "cell", "proliferation", "viability", "(", "magnification", ":", "×", "200", ";", "scale", "bars", ":", "100", "μm", ")", ";", "D", "Western", "blot", "for", "protein", "expression", "levels", ";", "E", "Immunofluorescence", "for", "LC3", "and", "Beclin1", "fluorescence", "intensity", "(", "magnification", ":", "×", "200", ";", "scale", "bars", ":", "10", "μm", ")", ";", "F", "–", "H", "The", "mRNA", "levels", "of", "α-SMA", ",", "FN", ",", "and", "COL", "I", "were", "detected", "by", "RT‒qPCR", ";", "I", "Western", "blot", "to", "detect", "α-SMA", ",", "FN", ",", "and", "COL", "I", "protein", "expression", "levels", ";", "J", "Immunofluorescence", "to", "detect", "α-SMA", ",", "FN", ",", "and", "COL", "I", "fluorescence", "intensity", "(", "magnification", ":", "×", "200", ";", "scale", "bars", ":", "100", "μm", ")", ".", "*" ] } ]
PMC5916734
The scheme of production of cell populations and clonal lines is shown with arrows.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "scheme", "of", "production", "of", "cell", "populations", "and", "clonal", "lines", "is", "shown", "with", "arrows", "." ] } ]
PMC11632064
Proliferation curve in A-375 cells treated with DMSO 0.1% or LJH685 (3 μM) for 72 h. (B) Differentially expressed transcripts in A-375 cells treated with LJH685 for 72 h compared to DMSO.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Proliferation", "curve", "in", "A-375", "cells", "treated", "with", "DMSO", "0.1", "%", "or", "LJH685", "(", "3", "μM", ")", "for", "72", "h.", "(", "B", ")", "Differentially", "expressed", "transcripts", "in", "A-375", "cells", "treated", "with", "LJH685", "for", "72", "h", "compared", "to", "DMSO", "." ] } ]
PMC11307990
In addition, DNA nanotapes-SUN also showed a similar fluorescence signal compared to 6HB-DONs, indicating that SUN loading did not affect the adsorption ability of DNA nanotapes to the cell membrane (Figure 4A,B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", ",", "DNA", "nanotapes-SUN", "also", "showed", "a", "similar", "fluorescence", "signal", "compared", "to", "6HB-DONs", ",", "indicating", "that", "SUN", "loading", "did", "not", "affect", "the", "adsorption", "ability", "of", "DNA", "nanotapes", "to", "the", "cell", "membrane", "(", "Figure", "4A", ",", "B", ")", "." ] } ]
PMC11757131
During this process, 3-hydroxyisobutyryl-CoA is formed and further converted into 3-hydroxyisobutyrate (3-HIB) under the catalytic action of 3-hydroxyisobutyrate-CoA deacylase (HIBCH) (9).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "During", "this", "process", ",", "3-hydroxyisobutyryl-CoA", "is", "formed", "and", "further", "converted", "into", "3-hydroxyisobutyrate", "(", "3-HIB", ")", "under", "the", "catalytic", "action", "of", "3-hydroxyisobutyrate-CoA", "deacylase", "(", "HIBCH", ")", "(", "9", ")", "." ] } ]
PMC11794847
Results about the differentially expressed cytokines in mouse lung tumor are shown in the supplementary file 2.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", "about", "the", "differentially", "expressed", "cytokines", "in", "mouse", "lung", "tumor", "are", "shown", "in", "the", "supplementary", "file", "2", "." ] } ]
PMC8041314
Two main questions should be addressed to identify the critical fingerprints for triple ABCB1, ABCC1, and ABCG2 inhibition (“multitarget fingerprints”): (i) which basic scaffolds do the 48 compounds of class 7 have and (ii) what structural features must be present for promiscuity toward ABCB1, ABCC1, and ABCG2?
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Two", "main", "questions", "should", "be", "addressed", "to", "identify", "the", "critical", "fingerprints", "for", "triple", "ABCB1", ",", "ABCC1", ",", "and", "ABCG2", "inhibition", "(", "“", "multitarget", "fingerprints", "”", "):", "(", "i", ")", "which", "basic", "scaffolds", "do", "the", "48", "compounds", "of", "class", "7", "have", "and", "(", "ii", ")", "what", "structural", "features", "must", "be", "present", "for", "promiscuity", "toward", "ABCB1", ",", "ABCC1", ",", "and", "ABCG2", "?" ] } ]
PMC11222184
We showed that XL-888 and Debio0932 down-regulated DNA repair-related genes DDIT3, ERCC5, PPP1R15A and GADD45G to inhibit neuroblastoma cell proliferation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "showed", "that", "XL-888", "and", "Debio0932", "down-regulated", "DNA", "repair-related", "genes", "DDIT3", ",", "ERCC5", ",", "PPP1R15A", "and", "GADD45", "G", "to", "inhibit", "neuroblastoma", "cell", "proliferation", "." ] } ]
PMC9429973
No patients was of Jew etnicity, one was asiatic and one was black, Caucasian the remaining.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "No", "patients", "was", "of", "Jew", "etnicity", ",", "one", "was", "asiatic", "and", "one", "was", "black", ",", "Caucasian", "the", "remaining", "." ] } ]
PMC9848491
Sankey diagram of prognostic endoplasmic reticulum stress -related lncRNAs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Sankey", "diagram", "of", "prognostic", "endoplasmic", "reticulum", "stress", "-related", "lncRNAs", "." ] } ]
PMC8481254
WB results indicated that CA reduced the levels of O-GlcNAcylated proteins as well as the expression of YAP and OGT in Bel-7402 and Bel-7404 (Fig. 2E, F); however, in SMMC-7721 cells, CA was unable to reduce these levels as significantly in Bel-7402 and Bel-7404 cells (Supplementary Fig. 4E).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "WB", "results", "indicated", "that", "CA", "reduced", "the", "levels", "of", "O-GlcNAcylated", "proteins", "as", "well", "as", "the", "expression", "of", "YAP", "and", "OGT", "in", "Bel-7402", "and", "Bel-7404", "(", "Fig.", "2E", ",", "F", ")", ";", "however", ",", "in", "SMMC-7721", "cells", ",", "CA", "was", "unable", "to", "reduce", "these", "levels", "as", "significantly", "in", "Bel-7402", "and", "Bel-7404", "cells", "(", "Supplementary", "Fig.", "4E", ")", "." ] } ]
PMC11723947
P values were calculated using multiple unpaired t test with Holm-Šidák correction.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P", "values", "were", "calculated", "using", "multiple", "unpaired", "t", "test", "with", "Holm-Šidák", "correction", "." ] } ]
PMC11564322
Both peptides increased the mTOR protein expression, and the application of the c-SRC inhibitor potentiated the effect of the VGVAPG peptide in the HL-60 and K562 cell lines.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Both", "peptides", "increased", "the", "mTOR", "protein", "expression", ",", "and", "the", "application", "of", "the", "c-SRC", "inhibitor", "potentiated", "the", "effect", "of", "the", "VGVAPG", "peptide", "in", "the", "HL-60", "and", "K562", "cell", "lines", "." ] } ]
PMC6160470
This indicates that they could act as P-gp substrates at certain concentrations, in spite of the absence of UIC2 shift (similarly to verapamil).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "indicates", "that", "they", "could", "act", "as", "P-gp", "substrates", "at", "certain", "concentrations", ",", "in", "spite", "of", "the", "absence", "of", "UIC2", "shift", "(", "similarly", "to", "verapamil", ")", "." ] } ]
PMC9621239
β-actin was used as a loading control.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "β-actin", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "." ] } ]
PMC11634794
LAMP1 expression has been implicated in prognosis across various tumor types.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "LAMP1", "expression", "has", "been", "implicated", "in", "prognosis", "across", "various", "tumor", "types", "." ] } ]
PMC9429973
1 patient with HSTCL is alive relapse/GVHD free 12 years after HSCT.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "1", "patient", "with", "HSTCL", "is", "alive", "relapse/GVHD", "free", "12", "years", "after", "HSCT", "." ] } ]
PMC11738017
Box plot representing the median sBCMA levels (ng/mL), (B) mBCMA levels (in MESF), and (C) sBCMA:mBCMA in responding vs nonresponding patients. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Box", "plot", "representing", "the", "median", "sBCMA", "levels", "(", "ng/mL", ")", ",", "(", "B", ")", "mBCMA", "levels", "(", "in", "MESF", ")", ",", "and", "(", "C", ")", "sBCMA", ":", "mBCMA", "in", "responding", "vs", "nonresponding", "patients", ".", "(" ] } ]
PMC11750165
Confocal images indicated the Flag-tagged PEX1 in the green channel (D) and the Myc-tagged J2 in the red channel (E).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Confocal", "images", "indicated", "the", "Flag-tagged", "PEX1", "in", "the", "green", "channel", "(", "D", ")", "and", "the", "Myc-tagged", "J2", "in", "the", "red", "channel", "(", "E", ")", "." ] } ]
PMC11638255
Female BALB/c (BALB/cOzarc) and C57BL/6 (C57BL/6JOzarc) mice were bred and maintained at the Ozgene Animal Resources Centre (Perth, Australia) or Harry Perkins Institute of Medical Research (Murdoch and Nedlands, Australia).
[ { "tags": [ "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Female", "BALB/c", "(", "BALB/cOzarc", ")", "and", "C57BL/6", "(", "C57BL/6JOzarc", ")", "mice", "were", "bred", "and", "maintained", "at", "the", "Ozgene", "Animal", "Resources", "Centre", "(", "Perth", ",", "Australia", ")", "or", "Harry", "Perkins", "Institute", "of", "Medical", "Research", "(", "Murdoch", "and", "Nedlands", ",", "Australia", ")", "." ] } ]
PMC11714165
Further histological analysis using TRAP staining revealed that the PBS group exhibited abundant TRAP‐positive staining near the growth plate regions (Figure 6F).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Further", "histological", "analysis", "using", "TRAP", "staining", "revealed", "that", "the", "PBS", "group", "exhibited", "abundant", "TRAP‐positive", "staining", "near", "the", "growth", "plate", "regions", "(", "Figure", "6F", ")", "." ] } ]
PMC10944868
The compound is said to be easily permeable through BBB if the predicted value of log BB is > 0.3 and poorly distributed if the value is < -1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "compound", "is", "said", "to", "be", "easily", "permeable", "through", "BBB", "if", "the", "predicted", "value", "of", "log", "BB", "is", ">", "0.3", "and", "poorly", "distributed", "if", "the", "value", "is", "<", "-1", "." ] } ]
PMC9429973
From the 58 remaining patients, clinical, laboratory and PET examinations data was recorded.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "From", "the", "58", "remaining", "patients", ",", "clinical", ",", "laboratory", "and", "PET", "examinations", "data", "was", "recorded", "." ] } ]
PMC9429973
A global Phase 3 trial of rusfertide in PV, VERIFY, has been initiated.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "global", "Phase", "3", "trial", "of", "rusfertide", "in", "PV", ",", "VERIFY", ",", "has", "been", "initiated", "." ] } ]
PMC11127909
We found that MG63 cells exhibited approximately twofold higher expression of EFHD1 than 143B cells, which had the lowest levels (Fig. 1C, D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "found", "that", "MG63", "cells", "exhibited", "approximately", "twofold", "higher", "expression", "of", "EFHD1", "than", "143B", "cells", ",", "which", "had", "the", "lowest", "levels", "(", "Fig.", "1C", ",", "D", ")", "." ] } ]
PMC11473843
LSL-Kras;p53 mice were treated once daily with the indicated inhibitors or vehicle starting 12 weeks after Cre induction and continued for 2 weeks. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "LSL-Kras;p53", "mice", "were", "treated", "once", "daily", "with", "the", "indicated", "inhibitors", "or", "vehicle", "starting", "12", "weeks", "after", "Cre", "induction", "and", "continued", "for", "2", "weeks", ".", "(" ] } ]
PMC11711345
A primary screening of the compounds at 100 µM was conducted (n=6) on nine HCCLs (SK-MEL-28, K562, Lucena, Jurkat, Caco-2, MDA-MB-231, THP-1, U87-MG, and Calu-3) and HEK-293 through the MTT method after 48h-incubation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "primary", "screening", "of", "the", "compounds", "at", "100", "µM", "was", "conducted", "(", "n=6", ")", "on", "nine", "HCCLs", "(", "SK-MEL-28", ",", "K562", ",", "Lucena", ",", "Jurkat", ",", "Caco-2", ",", "MDA-MB-231", ",", "THP-1", ",", "U87-MG", ",", "and", "Calu-3", ")", "and", "HEK-293", "through", "the", "MTT", "method", "after", "48h-incubation", "." ] } ]
PMC9429973
Patients receiving magrolimab+AZA or VEN+AZA will remain on treatment until disease progression, relapse, loss of clinical benefit, unacceptable toxicities, or stem cell transplant.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Patients", "receiving", "magrolimab+AZA", "or", "VEN+AZA", "will", "remain", "on", "treatment", "until", "disease", "progression", ",", "relapse", ",", "loss", "of", "clinical", "benefit", ",", "unacceptable", "toxicities", ",", "or", "stem", "cell", "transplant", "." ] } ]
PMC9429973
We recently demonstrated an impaired function of HSC due to the defective crosstalk with stromal BM niche in BT mice (Aprile et al., Blood 2020).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "recently", "demonstrated", "an", "impaired", "function", "of", "HSC", "due", "to", "the", "defective", "crosstalk", "with", "stromal", "BM", "niche", "in", "BT", "mice", "(", "Aprile", "et", "al.", ",", "Blood", "2020", ")", "." ] } ]
PMC10452486
Allen et al. noted a high level of expression of the H-2D HC at the cell surface of the EL4 cell line even though there is no B2m protein within the cell.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Allen", "et", "al.", "noted", "a", "high", "level", "of", "expression", "of", "the", "H-2D", "HC", "at", "the", "cell", "surface", "of", "the", "EL4", "cell", "line", "even", "though", "there", "is", "no", "B2", "m", "protein", "within", "the", "cell", "." ] } ]
PMC10291556
HeLa cells were treated with the tested compounds at concentrations corresponding to 1× IC50, 2× IC50, and 3× IC50 values. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "HeLa", "cells", "were", "treated", "with", "the", "tested", "compounds", "at", "concentrations", "corresponding", "to", "1", "×", "IC50", ",", "2", "×", "IC50", ",", "and", "3", "×", "IC50", "values", ".", "(" ] } ]
PMC11656380
The macropinocytic index, representing the degree of macropinocytosis, was quantified through flow cytometric analysis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "macropinocytic", "index", ",", "representing", "the", "degree", "of", "macropinocytosis", ",", "was", "quantified", "through", "flow", "cytometric", "analysis", "." ] } ]
PMC11727062
Structural formulas of some major Chinese medicinal monomers.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Structural", "formulas", "of", "some", "major", "Chinese", "medicinal", "monomers", "." ] } ]
PMC11588008
Recombinant glutamate cysteine ligase, catalytic (GCLC) and glutamate cysteine ligase, modifier subunit (GCLM) are the key subunits of γ-glutamyl cysteine synthetase (γ-GCS) which also the downstream proteins of heme oxygenase-1 (HO-1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Recombinant", "glutamate", "cysteine", "ligase", ",", "catalytic", "(", "GCLC", ")", "and", "glutamate", "cysteine", "ligase", ",", "modifier", "subunit", "(", "GCLM", ")", "are", "the", "key", "subunits", "of", "γ-glutamyl", "cysteine", "synthetase", "(", "γ-GCS", ")", "which", "also", "the", "downstream", "proteins", "of", "heme", "oxygenase-1", "(", "HO-1", ")", "." ] } ]
PMC9429973
The mean age was 4.75 years (range 2 months-13.1 years).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "mean", "age", "was", "4.75", "years", "(", "range", "2", "months-13.1", "years", ")", "." ] } ]
PMC10443665
The effects of APS on the viability of CCRF-CEM cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "effects", "of", "APS", "on", "the", "viability", "of", "CCRF-CEM", "cells", "." ] } ]
PMC6889484
All approved human protocols are available upon request at The Scripps Research Institute.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "approved", "human", "protocols", "are", "available", "upon", "request", "at", "The", "Scripps", "Research", "Institute", "." ] } ]
PMC11700247
A20 tumor–bearing BALB/c mice were treated with RT as previously described, followed by CART-19 cell therapy with or without H-151 (Figure 6A).
[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A20", "tumor", "–", "bearing", "BALB/c", "mice", "were", "treated", "with", "RT", "as", "previously", "described", ",", "followed", "by", "CART-19", "cell", "therapy", "with", "or", "without", "H-151", "(", "Figure", "6A", ")", "." ] } ]
PMC10507284
By combining tumor tissue data in the TCGA database with normal tissue data in the Genotype‐Tissue Expression (GTEx) database, our observation was that TROAP indicates a trend of significant upregulation in STS (Figure 1A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "By", "combining", "tumor", "tissue", "data", "in", "the", "TCGA", "database", "with", "normal", "tissue", "data", "in", "the", "Genotype‐Tissue", "Expression", "(", "GTEx", ")", "database", ",", "our", "observation", "was", "that", "TROAP", "indicates", "a", "trend", "of", "significant", "upregulation", "in", "STS", "(", "Figure", "1A", ")", "." ] } ]
PMC11740907
The findings of our study were consistent with those of earlier research.71Figure 5Representation of apoptotic cell death through DAPI staining: Pure P5W30 (A) and P5W30-BW-SLNs (B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "findings", "of", "our", "study", "were", "consistent", "with", "those", "of", "earlier", "research.71Figure", "5Representation", "of", "apoptotic", "cell", "death", "through", "DAPI", "staining", ":", "Pure", "P5W30", "(", "A", ")", "and", "P5W30-BW-SLNs", "(", "B", ")", "." ] } ]
PMC10882807
Colony counts were counted to analyze colony formation rate, *P < 0.05, **p < 0.01, ***p < 0.001. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Colony", "counts", "were", "counted", "to", "analyze", "colony", "formation", "rate", ",", "*", "P", "<", "0.05", ",", "*", "*", "p", "<", "0.01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0.001", ".", "(" ] } ]
PMC9681981
However, given the vaccine toxicity, identification of factors that increase the expression of toxin genes (ε and α) effectively, and determination of their expression peak time can be effective in the production of more cost-effective vaccines.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "given", "the", "vaccine", "toxicity", ",", "identification", "of", "factors", "that", "increase", "the", "expression", "of", "toxin", "genes", "(", "ε", "and", "α", ")", "effectively", ",", "and", "determination", "of", "their", "expression", "peak", "time", "can", "be", "effective", "in", "the", "production", "of", "more", "cost-effective", "vaccines", "." ] } ]
PMC11621493
Western blotting analysis of total fraction (TF; 1,000 g supernatant), heavy mitochondrial fraction (HMF; 3,000 g pellet), light mitochondrial fraction (LMF; 17,000 g pellet), microsomal fraction (MICRO; 100,000 g pellet), and cytosolic fraction (CYTO; 100,000 g supernatant) of COS7 cells overexpressing His-tagged mPLA2G4D.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Western", "blotting", "analysis", "of", "total", "fraction", "(", "TF", ";", "1,000", "g", "supernatant", ")", ",", "heavy", "mitochondrial", "fraction", "(", "HMF", ";", "3,000", "g", "pellet", ")", ",", "light", "mitochondrial", "fraction", "(", "LMF", ";", "17,000", "g", "pellet", ")", ",", "microsomal", "fraction", "(", "MICRO", ";", "100,000", "g", "pellet", ")", ",", "and", "cytosolic", "fraction", "(", "CYTO", ";", "100,000", "g", "supernatant", ")", "of", "COS7", "cells", "overexpressing", "His-tagged", "mPLA2G4D", "." ] } ]
PMC10578720
Immunofluorescence assays revealed that the SIRT3 expression of liver macrophages in rAAV-1.3 HBV mice was significantly lower than in normal mice (Figure 6A), consistent with the in vitro findings and suggests impairment of the TCA cycle in macrophages (Figure 3A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Immunofluorescence", "assays", "revealed", "that", "the", "SIRT3", "expression", "of", "liver", "macrophages", "in", "rAAV-1.3", "HBV", "mice", "was", "significantly", "lower", "than", "in", "normal", "mice", "(", "Figure", "6A", ")", ",", "consistent", "with", "the", "in", "vitro", "findings", "and", "suggests", "impairment", "of", "the", "TCA", "cycle", "in", "macrophages", "(", "Figure", "3A", ")", "." ] } ]
PMC9429973
There was no early death (at day+100: OS=100%; NRM=0%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "There", "was", "no", "early", "death", "(", "at", "day+100", ":", "OS=100", "%", ";", "NRM=0", "%", ")", "." ] } ]
PMC11733919
Cells were passaged using 0.25% trypsin/2.21 mM EDTA solution (Corning, Tewksbury, MA, USA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "passaged", "using", "0.25", "%", "trypsin/2.21", "mM", "EDTA", "solution", "(", "Corning", ",", "Tewksbury", ",", "MA", ",", "USA", ")", "." ] } ]
PMC10898159
Inhibitors of the PI3K pathway have already made significant contributions to GIST, with the dual PI3K/mTOR inhibitor voxtalisib, the pan-PI3K inhibitor pilaralisib, and the PI3K-restricted inhibitor alpelisib all reducing GIST cell proliferation .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Inhibitors", "of", "the", "PI3", "K", "pathway", "have", "already", "made", "significant", "contributions", "to", "GIST", ",", "with", "the", "dual", "PI3K/mTOR", "inhibitor", "voxtalisib", ",", "the", "pan-PI3", "K", "inhibitor", "pilaralisib", ",", "and", "the", "PI3K-restricted", "inhibitor", "alpelisib", "all", "reducing", "GIST", "cell", "proliferation", "." ] } ]
PMC4695073
The final H scores were accumulated as follows formula: H score = I1×P1+ I2×P2 +I3×P3.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "final", "H", "scores", "were", "accumulated", "as", "follows", "formula", ":", "H", "score", "=", "I1", "×", "P1", "+", "I2", "×", "P2", "+", "I3", "×", "P3", "." ] } ]
PMC11721096
A. sparsifolia and C. arabica were ground into a fine powder and then soaked in 80% ethanol at a material-to-liquid ratio of 1:5.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A.", "sparsifolia", "and", "C.", "arabica", "were", "ground", "into", "a", "fine", "powder", "and", "then", "soaked", "in", "80", "%", "ethanol", "at", "a", "material-to-liquid", "ratio", "of", "1:5", "." ] } ]
PMC10547921
Topotecan (53) and the human TOPO I-DNA covalent complex suggest that topotecan is a non-competitive inhibitor that binds to an enzyme–substrate complex by inserting bases between the two strands of DNA at an enzyme-induced notch.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Topotecan", "(", "53", ")", "and", "the", "human", "TOPO", "I-DNA", "covalent", "complex", "suggest", "that", "topotecan", "is", "a", "non-competitive", "inhibitor", "that", "binds", "to", "an", "enzyme", "–", "substrate", "complex", "by", "inserting", "bases", "between", "the", "two", "strands", "of", "DNA", "at", "an", "enzyme-induced", "notch", "." ] } ]
PMC11365427
This is attributed to the dual consequences of excessive phenylalanine: on one hand, it poses neurotoxic risks, and on the other, it potentially accelerates the aberrant metabolism of myeloma cells, thereby facilitating the recurrence or malignant progression of MM.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "is", "attributed", "to", "the", "dual", "consequences", "of", "excessive", "phenylalanine", ":", "on", "one", "hand", ",", "it", "poses", "neurotoxic", "risks", ",", "and", "on", "the", "other", ",", "it", "potentially", "accelerates", "the", "aberrant", "metabolism", "of", "myeloma", "cells", ",", "thereby", "facilitating", "the", "recurrence", "or", "malignant", "progression", "of", "MM", "." ] } ]
PMC11055323
two-sided, unpaired t-test, n = 4, from 2 independent experiments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "two-sided", ",", "unpaired", "t-test", ",", "n", "=", "4", ",", "from", "2", "independent", "experiments", "." ] } ]
PMC7685376
Histograms showing KEGG enrichment of differentially expressed proteins. *
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Histograms", "showing", "KEGG", "enrichment", "of", "differentially", "expressed", "proteins", ".", "*" ] } ]
PMC10747160
This was then diluted with an equal volume of 20 mM sodium phosphate and pH 9 buffer to obtain a final pH that varied between 6.62 and 6.96.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "was", "then", "diluted", "with", "an", "equal", "volume", "of", "20", "mM", "sodium", "phosphate", "and", "pH", "9", "buffer", "to", "obtain", "a", "final", "pH", "that", "varied", "between", "6.62", "and", "6.96", "." ] } ]
PMC11319300
Multiple sequence alignment illustrates the comparative analysis of the human MYEOV-3′-putative enhancer sequence with homologous sequences from 17 distinct species, identified through a BLAST search.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Multiple", "sequence", "alignment", "illustrates", "the", "comparative", "analysis", "of", "the", "human", "MYEOV-3′-putative", "enhancer", "sequence", "with", "homologous", "sequences", "from", "17", "distinct", "species", ",", "identified", "through", "a", "BLAST", "search", "." ] } ]
PMC11684269
Metabolic modulation of T cell.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Metabolic", "modulation", "of", "T", "cell", "." ] } ]
PMC8389560
SeNP have the potential to suppress the growth of cancer cells via the induction of cell cycle arrest at S phase .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "SeNP", "have", "the", "potential", "to", "suppress", "the", "growth", "of", "cancer", "cells", "via", "the", "induction", "of", "cell", "cycle", "arrest", "at", "S", "phase", "." ] } ]
PMC11543853
The infection of cells pre-treated with wiskostatin increased the odds of genome release inside endosomes 10-fold relative to untreated cells (Fig. 4e, Supplementary Table 2).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "infection", "of", "cells", "pre-treated", "with", "wiskostatin", "increased", "the", "odds", "of", "genome", "release", "inside", "endosomes", "10-fold", "relative", "to", "untreated", "cells", "(", "Fig.", "4e", ",", "Supplementary", "Table", "2", ")", "." ] } ]
PMC8557138
Tumor models are also developed by editing genomes using the Clustered regularly interspaced short palindromic repeats-CRISPR-associated protein 9 (CRISPR/Cas9) technique for studying the genetic basis of diseases.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Tumor", "models", "are", "also", "developed", "by", "editing", "genomes", "using", "the", "Clustered", "regularly", "interspaced", "short", "palindromic", "repeats-CRISPR-associated", "protein", "9", "(", "CRISPR/Cas9", ")", "technique", "for", "studying", "the", "genetic", "basis", "of", "diseases", "." ] } ]
PMC9429973
Image: Summary/Conclusion: The main interest of our study was to elicit investigators interest in the importance of consistently defining endpoints in MZL trials and to highlight that composite endpoints should not be encouraged.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Image", ":", "Summary/Conclusion", ":", "The", "main", "interest", "of", "our", "study", "was", "to", "elicit", "investigators", "interest", "in", "the", "importance", "of", "consistently", "defining", "endpoints", "in", "MZL", "trials", "and", "to", "highlight", "that", "composite", "endpoints", "should", "not", "be", "encouraged", "." ] } ]
PMC11377827
USP43 was found to strongly associate with 14-3-3 proteins in an unbiased mass spectrometry interactome (Sowa et al, 2009), and given the multifunctional roles of 14-3-3 proteins, this interaction likely helps facilitate USP43 function, or localise USP43 within the cell.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "USP43", "was", "found", "to", "strongly", "associate", "with", "14", "-", "3", "-", "3", "proteins", "in", "an", "unbiased", "mass", "spectrometry", "interactome", "(", "Sowa", "et", "al", ",", "2009", ")", ",", "and", "given", "the", "multifunctional", "roles", "of", "14", "-", "3", "-", "3", "proteins", ",", "this", "interaction", "likely", "helps", "facilitate", "USP43", "function", ",", "or", "localise", "USP43", "within", "the", "cell", "." ] } ]
PMC11766332
Next, we considered if targeted glycogenes included OMIM-classified genes associated with CDGs .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Next", ",", "we", "considered", "if", "targeted", "glycogenes", "included", "OMIM-classified", "genes", "associated", "with", "CDGs", "." ] } ]
PMC9429973
The venetoclax dosage was reduced to 50 or 100 mg daily in case of concomitant strong CYP3A4 inhibitors (e.g. posaconazole) and 200 mg daily in case of moderate CYP3A4 inhibitors (e.g. isavuconazole).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "venetoclax", "dosage", "was", "reduced", "to", "50", "or", "100", "mg", "daily", "in", "case", "of", "concomitant", "strong", "CYP3A4", "inhibitors", "(", "e.g.", "posaconazole", ")", "and", "200", "mg", "daily", "in", "case", "of", "moderate", "CYP3A4", "inhibitors", "(", "e.g.", "isavuconazole", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Methods: We included 553 patients who underwent ASCT from July 1996 to June 2014.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "We", "included", "553", "patients", "who", "underwent", "ASCT", "from", "July", "1996", "to", "June", "2014", "." ] } ]
PMC11036064
However, there is no study investigating the molecular mechanism of hsa-miR-34a-5p ectopic expression on GBM development and chemosensitivity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "there", "is", "no", "study", "investigating", "the", "molecular", "mechanism", "of", "hsa-miR-34a-5p", "ectopic", "expression", "on", "GBM", "development", "and", "chemosensitivity", "." ] } ]
PMC11750712
There is insufficient data to extrapolate to AUTO4 from these data and given the high response rates at a higher dose level, the clinical benefit of circulating AUTO4 cells is unclear and is best determined by ongoing clinical exploration.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "There", "is", "insufficient", "data", "to", "extrapolate", "to", "AUTO4", "from", "these", "data", "and", "given", "the", "high", "response", "rates", "at", "a", "higher", "dose", "level", ",", "the", "clinical", "benefit", "of", "circulating", "AUTO4", "cells", "is", "unclear", "and", "is", "best", "determined", "by", "ongoing", "clinical", "exploration", "." ] } ]
PMC9024365
non-significant; n = 15 cells per condition; *p < 0.05; ****p < 0.0001; Student’s t-test (B); one-way ANOVA with post-hoc Tukey’s test. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "non-significant", ";", "n", "=", "15", "cells", "per", "condition", ";", "*", "p", "<", "0.05", ";", "*", "*", "*", "*", "p", "<", "0.0001", ";", "Student", "’s", "t-test", "(", "B", ")", ";", "one-way", "ANOVA", "with", "post-hoc", "Tukey", "’s", "test", ".", "(" ] } ]
PMC11347429
Only four SNPs were absent from all samples.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Only", "four", "SNPs", "were", "absent", "from", "all", "samples", "." ] } ]
PMC8170755
After measuring the protein concentration of the cell lysate using the bicinchoninic acid (BCA) method, equal volumes of protein (100 μg) were diluted to a total volume of 50 μL and mixed with 50 μL of 2X reaction buffer (BioVision, Inc.).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "measuring", "the", "protein", "concentration", "of", "the", "cell", "lysate", "using", "the", "bicinchoninic", "acid", "(", "BCA", ")", "method", ",", "equal", "volumes", "of", "protein", "(", "100", "μg", ")", "were", "diluted", "to", "a", "total", "volume", "of", "50", "μL", "and", "mixed", "with", "50", "μL", "of", "2X", "reaction", "buffer", "(", "BioVision", ",", "Inc.", ")", "." ] } ]
PMC10154881
and their TDLNs were collected to analyze NK cells and T‐cell activation (Figure 3A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "and", "their", "TDLNs", "were", "collected", "to", "analyze", "NK", "cells", "and", "T‐cell", "activation", "(", "Figure", "3A", ")", "." ] } ]
PMC11320834
Antiproliferative activity was determined with the MTT assay.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Antiproliferative", "activity", "was", "determined", "with", "the", "MTT", "assay", "." ] } ]
PMC11770746
The values obtained were an average of the values of the six animals in each group.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "values", "obtained", "were", "an", "average", "of", "the", "values", "of", "the", "six", "animals", "in", "each", "group", "." ] } ]
PMC11731161
Fig. 8Schematic showing the mechanism of SEL-induced XPO1 degradation in MM cells: SEL disrupts the interaction between XPO1 and USP7, leading to the ubiquitination and subsequent degradation of XPO1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "8Schematic", "showing", "the", "mechanism", "of", "SEL-induced", "XPO1", "degradation", "in", "MM", "cells", ":", "SEL", "disrupts", "the", "interaction", "between", "XPO1", "and", "USP7", ",", "leading", "to", "the", "ubiquitination", "and", "subsequent", "degradation", "of", "XPO1", "." ] } ]
PMC11082662
At present, transvaginal ultrasound and blood sampling for cancer antigen 125 (CA-125) tumor marker assessment are the primary diagnostic methods for ovarian cancer.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "At", "present", ",", "transvaginal", "ultrasound", "and", "blood", "sampling", "for", "cancer", "antigen", "125", "(", "CA-125", ")", "tumor", "marker", "assessment", "are", "the", "primary", "diagnostic", "methods", "for", "ovarian", "cancer", "." ] } ]
PMC9878278
The increase in IFN-β correlated with a significant increase in the levels of IFIT1 and MXA transcripts (Figure 7G) in SC exposed to both poly I:C and BMP6.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "increase", "in", "IFN-β", "correlated", "with", "a", "significant", "increase", "in", "the", "levels", "of", "IFIT1", "and", "MXA", "transcripts", "(", "Figure", "7", "G", ")", "in", "SC", "exposed", "to", "both", "poly", "I", ":", "C", "and", "BMP6", "." ] } ]
PMC11429241
They grew both in attachment to the scaffold and independently in proximity to it.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "They", "grew", "both", "in", "attachment", "to", "the", "scaffold", "and", "independently", "in", "proximity", "to", "it", "." ] } ]
PMC9429973
Results: 2,306 initiated an ALL treatment in the study period.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "2,306", "initiated", "an", "ALL", "treatment", "in", "the", "study", "period", "." ] } ]
PMC9429973
K. Sun, C.-H. Tsai, M.-Y. Lo, M.-H. Tseng, Y.-Y. Kuo, M.-C. Liu, C.-C. Lin, C.-L. Cheng, S.-J. Wu, C.-Y. Chen, B.-S. Ko, M. Yao, W.-C. Chou, H.-A. Hou, H.-F. Tien Hematology; Oncology; Pathology, National Taiwan University Hospital; Hematology, National Taiwan University Cancer center, Taipei, Taiwan Background: More and more gene mutations have been identified in patients with de novo acute myeloid leukemia (AML).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "K.", "Sun", ",", "C.-H.", "Tsai", ",", "M.-Y.", "Lo", ",", "M.-H.", "Tseng", ",", "Y.-Y.", "Kuo", ",", "M.-C.", "Liu", ",", "C.-C.", "Lin", ",", "C.-L.", "Cheng", ",", "S.-J.", "Wu", ",", "C.-Y.", "Chen", ",", "B.-S.", "Ko", ",", "M.", "Yao", ",", "W.-C.", "Chou", ",", "H.-A.", "Hou", ",", "H.-F.", "Tien", "Hematology", ";", "Oncology", ";", "Pathology", ",", "National", "Taiwan", "University", "Hospital", ";", "Hematology", ",", "National", "Taiwan", "University", "Cancer", "center", ",", "Taipei", ",", "Taiwan", "Background", ":", "More", "and", "more", "gene", "mutations", "have", "been", "identified", "in", "patients", "with", "de", "novo", "acute", "myeloid", "leukemia", "(", "AML", ")", "." ] } ]