Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC9429973
A. Oriol, M. Dimopoulos, F. Schjesvold, M. Beksac, M. Yagci, A. Larocca, S. Guo, Y. Mu, K. Hong, S. Dhanasiri, P. Richardson, K. Weisel Hematology Department, Institut Català d’Oncologia, Barcelona, Spain; National and Kapodistrian University, Athens, Greece; Oslo Myeloma Center, Department of Hematology, Oslo University Hospital; KG Jebsen Center for B Cell Malignancies, University of Oslo, Oslo, Norway; Ankara Üniversitesi Tip Fakültes; Gazi University Medical Faculty, Ankara, Turkey; SSD Clinical trials in onco-ematologia e mieloma multiplo, Division of Hematology, University of Torino, Azienda Ospedaliero-Universitaria Città della Salute e della Scienza di Torino, Torino, Italy; Evidera, Waltham; Bristol Myers Squibb, Princeton, United States of America; Celgene International Sàrl, a Bristol-Myers Squibb Company, Boudry, Switzerland; Dana-Farber Cancer Institute, Boston, United States of America; University Medical Center Hamburg-Eppendorf, Hamburg, Germany Background: Patients (pts) with multiple myeloma (MM) are likely to be older adults, and advanced age is associated with lower survival rates, in part due to comorbidities and frailty.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A.", "Oriol", ",", "M.", "Dimopoulos", ",", "F.", "Schjesvold", ",", "M.", "Beksac", ",", "M.", "Yagci", ",", "A.", "Larocca", ",", "S.", "Guo", ",", "Y.", "Mu", ",", "K.", "Hong", ",", "S.", "Dhanasiri", ",", "P.", "Richardson", ",", "K.", "Weisel", "Hematology", "Department", ",", "Institut", "Català", "d’Oncologia", ",", "Barcelona", ",", "Spain", ";", "National", "and", "Kapodistrian", "University", ",", "Athens", ",", "Greece", ";", "Oslo", "Myeloma", "Center", ",", "Department", "of", "Hematology", ",", "Oslo", "University", "Hospital", ";", "KG", "Jebsen", "Center", "for", "B", "Cell", "Malignancies", ",", "University", "of", "Oslo", ",", "Oslo", ",", "Norway", ";", "Ankara", "Üniversitesi", "Tip", "Fakültes", ";", "Gazi", "University", "Medical", "Faculty", ",", "Ankara", ",", "Turkey", ";", "SSD", "Clinical", "trials", "in", "onco-ematologia", "e", "mieloma", "multiplo", ",", "Division", "of", "Hematology", ",", "University", "of", "Torino", ",", "Azienda", "Ospedaliero-Universitaria", "Città", "della", "Salute", "e", "della", "Scienza", "di", "Torino", ",", "Torino", ",", "Italy", ";", "Evidera", ",", "Waltham", ";", "Bristol", "Myers", "Squibb", ",", "Princeton", ",", "United", "States", "of", "America", ";", "Celgene", "International", "Sàrl", ",", "a", "Bristol-Myers", "Squibb", "Company", ",", "Boudry", ",", "Switzerland", ";", "Dana-Farber", "Cancer", "Institute", ",", "Boston", ",", "United", "States", "of", "America", ";", "University", "Medical", "Center", "Hamburg-Eppendorf", ",", "Hamburg", ",", "Germany", "Background", ":", "Patients", "(", "pts", ")", "with", "multiple", "myeloma", "(", "MM", ")", "are", "likely", "to", "be", "older", "adults", ",", "and", "advanced", "age", "is", "associated", "with", "lower", "survival", "rates", ",", "in", "part", "due", "to", "comorbidities", "and", "frailty", "." ] } ]
PMC10490530
As expected, the A2780pPIK3CA cell line treated with TNFα showed a 3–fold increase in PIK3CA promoter activity (p < 0.0001) and a significantly decreased activity with doxorubicin treatment (p = 0.0076) (Supplementary Figure S5).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "expected", ",", "the", "A2780pPIK3CA", "cell", "line", "treated", "with", "TNFα", "showed", "a", "3–fold", "increase", "in", "PIK3CA", "promoter", "activity", "(", "p", "<", "0.0001", ")", "and", "a", "significantly", "decreased", "activity", "with", "doxorubicin", "treatment", "(", "p", "=", "0.0076", ")", "(", "Supplementary", "Figure", "S5", ")", "." ] } ]
PMC9118379
Detailed information about sample collection, experimental preparation, and MS conditions was reported in Chick et al. We converted the MS/MS files from .raw to .mgf using MSConvert (ProteoWizard 3.0.11110 64-bit).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Detailed", "information", "about", "sample", "collection", ",", "experimental", "preparation", ",", "and", "MS", "conditions", "was", "reported", "in", "Chick", "et", "al.", "We", "converted", "the", "MS/MS", "files", "from", ".raw", "to", ".mgf", "using", "MSConvert", "(", "ProteoWizard", "3.0.11110", "64-bit", ")", "." ] } ]
PMC8753818
These checkpoints control the events needed for accurate cell division and prevent the occurrence of each step prior to the completion of preceding steps .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "checkpoints", "control", "the", "events", "needed", "for", "accurate", "cell", "division", "and", "prevent", "the", "occurrence", "of", "each", "step", "prior", "to", "the", "completion", "of", "preceding", "steps", "." ] } ]
PMC4839679
All cells were maintained at 37°C in a humidified atmosphere in a 5% CO2 incubator.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "cells", "were", "maintained", "at", "37", "°", "C", "in", "a", "humidified", "atmosphere", "in", "a", "5", "%", "CO2", "incubator", "." ] } ]
PMC11679892
Volcano plot analyses in the web-based “RT Profiler™ PCR Array Data Analysis” program were used.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Volcano", "plot", "analyses", "in", "the", "web-based", "“", "RT", "Profiler", "™", "PCR", "Array", "Data", "Analysis", "”", "program", "were", "used", "." ] } ]
PMC11701801
Cells were transfected for 48 hours with the indicated siRNAs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "transfected", "for", "48", "hours", "with", "the", "indicated", "siRNAs", "." ] } ]
PMC9822769
The caspase 3/7 inhibitor Ac-DEVD-CHO (N-Ac-Asp-Glu-Val-Asp-CHO) was added to the control wells at a concentration of 0.01 g·L. Then, 200 μL of the caspase-3 fluorescent substrate, Ac-DEVD-AFC (N-Acetyl-Asp-Glu-Val-Asp-7-amino-4-trifluoromethylcoumarin, 0.01 g·L in lysis buffer), was added to all wells, and mixed and 200 μL of each sample was transferred to a black microtiter plate.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "caspase", "3/7", "inhibitor", "Ac-DEVD-CHO", "(", "N-Ac-Asp-Glu-Val-Asp-CHO", ")", "was", "added", "to", "the", "control", "wells", "at", "a", "concentration", "of", "0.01", "g·L.", "Then", ",", "200", "μL", "of", "the", "caspase-3", "fluorescent", "substrate", ",", "Ac-DEVD-AFC", "(", "N-Acetyl-Asp-Glu-Val-Asp-7-amino-4-trifluoromethylcoumarin", ",", "0.01", "g·L", "in", "lysis", "buffer", ")", ",", "was", "added", "to", "all", "wells", ",", "and", "mixed", "and", "200", "μL", "of", "each", "sample", "was", "transferred", "to", "a", "black", "microtiter", "plate", "." ] } ]
PMC3915447
A dynamic light-scattering spectrometer (DLS-7000AL, Otsuka Electronics, Japan) was used to determine the average diameters of the bare and the coated NPs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "dynamic", "light-scattering", "spectrometer", "(", "DLS-7000AL", ",", "Otsuka", "Electronics", ",", "Japan", ")", "was", "used", "to", "determine", "the", "average", "diameters", "of", "the", "bare", "and", "the", "coated", "NPs", "." ] } ]
PMC11665555
A hallmark of cancer stem cells is adaptation to starvation-induced nutritional stress by the generation of βHB and acetoacetate (47, 48).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "hallmark", "of", "cancer", "stem", "cells", "is", "adaptation", "to", "starvation-induced", "nutritional", "stress", "by", "the", "generation", "of", "βHB", "and", "acetoacetate", "(", "47", ",", "48", ")", "." ] } ]
PMC11093197
A total of 3 × 10 cells were seeded onto a D60 dish and cultured for 10 days.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "total", "of", "3", "×", "10", "cells", "were", "seeded", "onto", "a", "D60", "dish", "and", "cultured", "for", "10", "days", "." ] } ]
PMC8873393
Transcript levels were quantified as fragments per kilobase of transcript per million mapped reads (FPKM) generated by TopHat/Cufflinks .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Transcript", "levels", "were", "quantified", "as", "fragments", "per", "kilobase", "of", "transcript", "per", "million", "mapped", "reads", "(", "FPKM", ")", "generated", "by", "TopHat/Cufflinks", "." ] } ]
PMC11711663
A 10-fold cross-validation was then performed to assess model generalizability.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "10-fold", "cross-validation", "was", "then", "performed", "to", "assess", "model", "generalizability", "." ] } ]
PMC7602170
Some patients occasionally present with an asymptomatic tumor .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Some", "patients", "occasionally", "present", "with", "an", "asymptomatic", "tumor", "." ] } ]
PMC11533140
H-NMR and C-NMR spectra were generated using Bruker AM-400 and 500 spectrometers (Bruker Bioscience, United States) with TMS as the internal standard.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "H-NMR", "and", "C-NMR", "spectra", "were", "generated", "using", "Bruker", "AM-400", "and", "500", "spectrometers", "(", "Bruker", "Bioscience", ",", "United", "States", ")", "with", "TMS", "as", "the", "internal", "standard", "." ] } ]
PMC7961460
Aliquots of breast cancer tissues were obtained during surgical intervention between 2003 and 2007 in the Breast Unit of the La Maddalena Hospital and immediately frozen at −80 °C until used.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aliquots", "of", "breast", "cancer", "tissues", "were", "obtained", "during", "surgical", "intervention", "between", "2003", "and", "2007", "in", "the", "Breast", "Unit", "of", "the", "La", "Maddalena", "Hospital", "and", "immediately", "frozen", "at", "−80", "°", "C", "until", "used", "." ] } ]
PMC11643361
Although zinc does not exhibit redox activity like the previous transition metals, it is still an essential element in various cellular pathways, including signaling, maintaining homeostasis, and modulating cytotoxicity .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Although", "zinc", "does", "not", "exhibit", "redox", "activity", "like", "the", "previous", "transition", "metals", ",", "it", "is", "still", "an", "essential", "element", "in", "various", "cellular", "pathways", ",", "including", "signaling", ",", "maintaining", "homeostasis", ",", "and", "modulating", "cytotoxicity", "." ] } ]
PMC11277157
We apply the esiRNA-RULC of a mixture of 21 nt dsRNA used as a negative control (RLUC stands esiRNA directed against Renilla Luciferase; EHURLUC) in addition to the specific PARK7 (to knockdown the DJ-1 transcripts and protein products; EHU113961).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "apply", "the", "esiRNA-RULC", "of", "a", "mixture", "of", "21", "nt", "dsRNA", "used", "as", "a", "negative", "control", "(", "RLUC", "stands", "esiRNA", "directed", "against", "Renilla", "Luciferase", ";", "EHURLUC", ")", "in", "addition", "to", "the", "specific", "PARK7", "(", "to", "knockdown", "the", "DJ-1", "transcripts", "and", "protein", "products", ";", "EHU113961", ")", "." ] } ]
PMC11774747
The first strategy allows for the selective induction of apoptosis of transduced cells upon administration of a small molecule dimerizer, effectively eliminating the CAR-VST in the event of severe toxicity or off-target effects.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "first", "strategy", "allows", "for", "the", "selective", "induction", "of", "apoptosis", "of", "transduced", "cells", "upon", "administration", "of", "a", "small", "molecule", "dimerizer", ",", "effectively", "eliminating", "the", "CAR-VST", "in", "the", "event", "of", "severe", "toxicity", "or", "off-target", "effects", "." ] } ]
PMC11453018
BUN was actually modestly decreased with statistical significance in the treated group.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "BUN", "was", "actually", "modestly", "decreased", "with", "statistical", "significance", "in", "the", "treated", "group", "." ] } ]
PMC11731161
For functional experiments, selected cells were further treated with doxycycline (1 μg/mL) for 2 days to induce the knockdown of USP7.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "functional", "experiments", ",", "selected", "cells", "were", "further", "treated", "with", "doxycycline", "(", "1", "μg/mL", ")", "for", "2", "days", "to", "induce", "the", "knockdown", "of", "USP7", "." ] } ]
PMC9325715
The iron mineral cores were shown to have a similar form which is ordinarily accumulated within ferritin.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "iron", "mineral", "cores", "were", "shown", "to", "have", "a", "similar", "form", "which", "is", "ordinarily", "accumulated", "within", "ferritin", "." ] } ]
PMC11679033
Although CIT is less toxic and less studied than OTA or aflatoxins, it can interact with OTA in additive, synergistic, or antagonistic ways depending on the dose and model used .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Although", "CIT", "is", "less", "toxic", "and", "less", "studied", "than", "OTA", "or", "aflatoxins", ",", "it", "can", "interact", "with", "OTA", "in", "additive", ",", "synergistic", ",", "or", "antagonistic", "ways", "depending", "on", "the", "dose", "and", "model", "used", "." ] } ]
PMC11644761
Given that one of the primary nutrigenomic effects of dietary molecules is their influence on genome-wide DNA methylation , we analyzed specific molecular endpoints in an appropriate in vitro cell system, as a preliminary model previously used for screening the molecular targets of various exogenous compounds .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Given", "that", "one", "of", "the", "primary", "nutrigenomic", "effects", "of", "dietary", "molecules", "is", "their", "influence", "on", "genome-wide", "DNA", "methylation", ",", "we", "analyzed", "specific", "molecular", "endpoints", "in", "an", "appropriate", "in", "vitro", "cell", "system", ",", "as", "a", "preliminary", "model", "previously", "used", "for", "screening", "the", "molecular", "targets", "of", "various", "exogenous", "compounds", "." ] } ]
PMC9429973
CHD4-/- cells display much stronger reduction in cellular proliferation post-2Gy irradiation compared to control while cell cycle analysis showed further cellular arrest in G2/M. Furthermore, a drug screen (160 DNA damaging compounds) showed an increased sensitivity of CHD4-/- cells to compounds targeting DNA/RNA synthesis pathways, including Tubercidin and Cytarabine, indicating that loss of CHD4 results in hyper-increase in damage.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CHD4-/-", "cells", "display", "much", "stronger", "reduction", "in", "cellular", "proliferation", "post-2Gy", "irradiation", "compared", "to", "control", "while", "cell", "cycle", "analysis", "showed", "further", "cellular", "arrest", "in", "G2/M.", "Furthermore", ",", "a", "drug", "screen", "(", "160", "DNA", "damaging", "compounds", ")", "showed", "an", "increased", "sensitivity", "of", "CHD4-/-", "cells", "to", "compounds", "targeting", "DNA/RNA", "synthesis", "pathways", ",", "including", "Tubercidin", "and", "Cytarabine", ",", "indicating", "that", "loss", "of", "CHD4", "results", "in", "hyper-increase", "in", "damage", "." ] } ]
PMC11678841
The blocked membranes were incubated overnight at 4 °C with the primary antibodies anti-c-FOS (1:1000), anti-phospho-p38 (1:1000), anti-phospho-MKK3/6 (1:1000), anti-MKK3 (1:1000), anti-phospho-MAPK (ERK1/2) (1:1000), anti-MAPK (ERK1/2) (1:1000), anti-β-actin (1:1000), anti-GAPDH (1:2000), and anti-β-tubulin (1:1000) by Cell Signaling Technology.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "blocked", "membranes", "were", "incubated", "overnight", "at", "4", "°", "C", "with", "the", "primary", "antibodies", "anti-c-FOS", "(", "1:1000", ")", ",", "anti-phospho-p38", "(", "1:1000", ")", ",", "anti-phospho-MKK3/6", "(", "1:1000", ")", ",", "anti-MKK3", "(", "1:1000", ")", ",", "anti-phospho-MAPK", "(", "ERK1/2", ")", "(", "1:1000", ")", ",", "anti-MAPK", "(", "ERK1/2", ")", "(", "1:1000", ")", ",", "anti-β-actin", "(", "1:1000", ")", ",", "anti-GAPDH", "(", "1:2000", ")", ",", "and", "anti-β-tubulin", "(", "1:1000", ")", "by", "Cell", "Signaling", "Technology", "." ] } ]
PMC10196713
no. 170-6515; Bio-Rad Laboratories, Inc.).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "no.", "170", "-", "6515", ";", "Bio-Rad", "Laboratories", ",", "Inc.", ")", "." ] } ]
PMC3681794
Hypoxia-induced drug-resistance has been observed in vitro in rhabdomyosarcoma, Ewing’s sarcoma and neuroblastoma, , although this is not a universal phenomenon, and hypoxic sensitisation has also been reported.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Hypoxia-induced", "drug-resistance", "has", "been", "observed", "in", "vitro", "in", "rhabdomyosarcoma", ",", "Ewing", "’s", "sarcoma", "and", "neuroblastoma", ",", ",", "although", "this", "is", "not", "a", "universal", "phenomenon", ",", "and", "hypoxic", "sensitisation", "has", "also", "been", "reported", "." ] } ]
PMC9429973
As of December 08, 2021, a total of 33 patients with r/r MM were treated with intravenous WVT078 once weekly at the following dose levels: 3, 6, 12, 24, 48, 64, 96, 192, and 250 µg/kg of body weight.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "of", "December", "08", ",", "2021", ",", "a", "total", "of", "33", "patients", "with", "r/r", "MM", "were", "treated", "with", "intravenous", "WVT078", "once", "weekly", "at", "the", "following", "dose", "levels", ":", "3", ",", "6", ",", "12", ",", "24", ",", "48", ",", "64", ",", "96", ",", "192", ",", "and", "250", "µg/kg", "of", "body", "weight", "." ] } ]
PMC11155445
MIC values of the compounds (92aa–ae, 92ba–bb) were in the range of 15.62–31.25 μg mL. Compound (92bb) having imidazole group along with benzyl group was most effective against M. Tuberculosis H37Rv strain with MIC value of 15.62 μg mL (Fig. 31).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "MIC", "values", "of", "the", "compounds", "(", "92aa", "–", "ae", ",", "92ba", "–", "bb", ")", "were", "in", "the", "range", "of", "15.62–31.25", "μg", "mL.", "Compound", "(", "92bb", ")", "having", "imidazole", "group", "along", "with", "benzyl", "group", "was", "most", "effective", "against", "M.", "Tuberculosis", "H37Rv", "strain", "with", "MIC", "value", "of", "15.62", "μg", "mL", "(", "Fig.", "31", ")", "." ] } ]
PMC10890307
All kinetic parameters were calculated as described in .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "kinetic", "parameters", "were", "calculated", "as", "described", "in", "." ] } ]
PMC10747139
Recently, de Araujo-Neto et al. (2023) presented the in vitro and in vivo studies of half-sandwich Ru complexes (20–22) with alizarin, specifically Ru/arene/alizarin, as antitumor agents.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Recently", ",", "de", "Araujo-Neto", "et", "al.", "(", "2023", ")", "presented", "the", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", "studies", "of", "half-sandwich", "Ru", "complexes", "(", "20–22", ")", "with", "alizarin", ",", "specifically", "Ru/arene/alizarin", ",", "as", "antitumor", "agents", "." ] } ]
PMC11397654
The tert-butylated analogue 5 showed high toxicity against A549 (15.70 μM) and PC-3 (23.38 μM) cells; however, its cytotoxicity against healthy cells was the highest of all the investigated derivatives (40.06 μM).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "tert-butylated", "analogue", "5", "showed", "high", "toxicity", "against", "A549", "(", "15.70", "μM", ")", "and", "PC-3", "(", "23.38", "μM", ")", "cells", ";", "however", ",", "its", "cytotoxicity", "against", "healthy", "cells", "was", "the", "highest", "of", "all", "the", "investigated", "derivatives", "(", "40.06", "μM", ")", "." ] } ]
PMC11802855
However, in the absence of IL6, most MM cell lines still have a highly active JAK/STAT3 pathway.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "in", "the", "absence", "of", "IL6", ",", "most", "MM", "cell", "lines", "still", "have", "a", "highly", "active", "JAK/STAT3", "pathway", "." ] } ]
PMC11803149
We sought to investigate the effect of aging on ACT for solid tumors, using CD8 T cells transduced with an MHC class I-restricted TCR specific for chicken ovalbumin (OVA) antigen (OT-I TCR-T cells).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "sought", "to", "investigate", "the", "effect", "of", "aging", "on", "ACT", "for", "solid", "tumors", ",", "using", "CD8", "T", "cells", "transduced", "with", "an", "MHC", "class", "I-restricted", "TCR", "specific", "for", "chicken", "ovalbumin", "(", "OVA", ")", "antigen", "(", "OT-I", "TCR-T", "cells", ")", "." ] } ]
PMC11486946
The mobility of lateral diffusion was analyzed with the MSD calculated from the positions of the fluorescent spots with the following equation:3[12pt] $$(n t)=_(n t+m t)-_(m t)\}}^+_(n t+m t)-_(m t)\}}^]}_$$Δt=xinΔt+mΔt−xi(mΔt)2+yinΔt+mΔt−yi(mΔt)2i,mHere, xi and yi represent the single-molecule position in the i-th track, n and m denote the frame number, Δt is the time interval between frames (33 ms), and []i,m denotes the average over i tracks and m frames.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "mobility", "of", "lateral", "diffusion", "was", "analyzed", "with", "the", "MSD", "calculated", "from", "the", "positions", "of", "the", "fluorescent", "spots", "with", "the", "following", "equation:3[12pt", "]", "$", "$", "(", "n", "t)=_(n", "t+m", "t)-_(m", "t)\\}}^+_(n", "t+m", "t)-_(m", "t)\\}}^]}_$$Δt", "=", "xinΔt+mΔt−xi(mΔt)2+yinΔt+mΔt−yi(mΔt)2i", ",", "mHere", ",", "xi", "and", "yi", "represent", "the", "single-molecule", "position", "in", "the", "i-th", "track", ",", "n", "and", "m", "denote", "the", "frame", "number", ",", "Δt", "is", "the", "time", "interval", "between", "frames", "(", "33", "ms", ")", ",", "and", "[", "]", "i", ",", "m", "denotes", "the", "average", "over", "i", "tracks", "and", "m", "frames", "." ] } ]
PMC9429973
Overall survival after 5 year is 77% (95% Confidence Interval (95%CI) 67-86%) Figure 1 shows the results of the MSM.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Overall", "survival", "after", "5", "year", "is", "77", "%", "(", "95", "%", "Confidence", "Interval", "(", "95%CI", ")", "67", "-", "86", "%", ")", "Figure", "1", "shows", "the", "results", "of", "the", "MSM", "." ] } ]
PMC11786704
E–F) The levels of pro-inflammatory factor IL-6 and TNF-α in RAW 264.7 cells treated with LPS and PC capsules. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "E", "–", "F", ")", "The", "levels", "of", "pro-inflammatory", "factor", "IL-6", "and", "TNF-α", "in", "RAW", "264.7", "cells", "treated", "with", "LPS", "and", "PC", "capsules", ".", "(" ] } ]
PMC11367146
Out of all the complexes, BCL2_daucosterol shown the most favourable average binding affinity of −48.28 kcal/mol.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Out", "of", "all", "the", "complexes", ",", "BCL2_daucosterol", "shown", "the", "most", "favourable", "average", "binding", "affinity", "of", "−48.28", "kcal/mol", "." ] } ]
PMC11680578
<0 .001 as compared to that of the control.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "<", "0", ".001", "as", "compared", "to", "that", "of", "the", "control", "." ] } ]
PMC11672617
An additional dye, 7-AAD, is used to detect apoptosis caused by abnormalities in the mitochondrial membrane.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "An", "additional", "dye", ",", "7-AAD", ",", "is", "used", "to", "detect", "apoptosis", "caused", "by", "abnormalities", "in", "the", "mitochondrial", "membrane", "." ] } ]
PMC11190538
Statistical difference between groups was considered at (p ≤ 0.05).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Statistical", "difference", "between", "groups", "was", "considered", "at", "(", "p", "≤", "0.05", ")", "." ] } ]
PMC11706776
The whiskers indicate the fifth and the ninety-fifth percentiles.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "whiskers", "indicate", "the", "fifth", "and", "the", "ninety-fifth", "percentiles", "." ] } ]
PMC9429973
A multivariable analysis (MVA) using a logistic regression model was used to examine factors associated with SVR.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "multivariable", "analysis", "(", "MVA", ")", "using", "a", "logistic", "regression", "model", "was", "used", "to", "examine", "factors", "associated", "with", "SVR", "." ] } ]
PMC10452486
Similarly, dityrosine crosslinking is observed in lipoproteins, extracellular matrix proteins, lysozyme, myoglobin, fibronectin, laminins, calmodulin, insulin receptors, hemoglobin, and centrin 2 .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Similarly", ",", "dityrosine", "crosslinking", "is", "observed", "in", "lipoproteins", ",", "extracellular", "matrix", "proteins", ",", "lysozyme", ",", "myoglobin", ",", "fibronectin", ",", "laminins", ",", "calmodulin", ",", "insulin", "receptors", ",", "hemoglobin", ",", "and", "centrin", "2", "." ] } ]
PMC9429973
All 16 pts assigned to mitapivat in ACTIVATE who achieved Hb responses continued to the LTE; 15 M/M pts were evaluable for Hb assessment in the LTE.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "16", "pts", "assigned", "to", "mitapivat", "in", "ACTIVATE", "who", "achieved", "Hb", "responses", "continued", "to", "the", "LTE", ";", "15", "M/M", "pts", "were", "evaluable", "for", "Hb", "assessment", "in", "the", "LTE", "." ] } ]
PMC9841531
Figure 9 shows the flow cytometry scatter plot of untreated (A) compared to that of 24-treated A-549 cells (B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Figure", "9", "shows", "the", "flow", "cytometry", "scatter", "plot", "of", "untreated", "(", "A", ")", "compared", "to", "that", "of", "24-treated", "A-549", "cells", "(", "B", ")", "." ] } ]
PMC7553912
In contrast, OSM suppresses adipose tissue inflammation by changing the phenotype of adipose tissue macrophages from M1 type (pro-inflammatory) to M2 type (anti-inflammatory).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", ",", "OSM", "suppresses", "adipose", "tissue", "inflammation", "by", "changing", "the", "phenotype", "of", "adipose", "tissue", "macrophages", "from", "M1", "type", "(", "pro-inflammatory", ")", "to", "M2", "type", "(", "anti-inflammatory", ")", "." ] } ]
PMC5916734
The substrate of the enzyme reaction, vitamin K1 2-3 epoxide (K > O), was synthesized from the quinone form of vitamin K1 (Sigma Aldrich, USA) and purified .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "substrate", "of", "the", "enzyme", "reaction", ",", "vitamin", "K1", "2", "-", "3", "epoxide", "(", "K", ">", "O", ")", ",", "was", "synthesized", "from", "the", "quinone", "form", "of", "vitamin", "K1", "(", "Sigma", "Aldrich", ",", "USA", ")", "and", "purified", "." ] } ]
PMC4355729
In order to reveal the functional influence of PIK3R1 depletion, a CRISPR/Cas9 strategy which was designed according to the nonsense mutation reported previously14, was applied to induce a haploid deletion mutation in order to achieve haploid knockout of PIK3R1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "order", "to", "reveal", "the", "functional", "influence", "of", "PIK3R1", "depletion", ",", "a", "CRISPR/Cas9", "strategy", "which", "was", "designed", "according", "to", "the", "nonsense", "mutation", "reported", "previously14", ",", "was", "applied", "to", "induce", "a", "haploid", "deletion", "mutation", "in", "order", "to", "achieve", "haploid", "knockout", "of", "PIK3R1", "." ] } ]
PMC11286266
To stabilise ATF6α molecules reaching the Golgi, a CHO-K1 cell line stably expressing a GFP-tagged version of cgATF6α_LD lacking S1P and S2P cleavage sites (GFP-ATF6α_LD) was engineered (Figure 3A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "stabilise", "ATF6α", "molecules", "reaching", "the", "Golgi", ",", "a", "CHO-K1", "cell", "line", "stably", "expressing", "a", "GFP-tagged", "version", "of", "cgATF6α_LD", "lacking", "S1P", "and", "S2P", "cleavage", "sites", "(", "GFP-ATF6α_LD", ")", "was", "engineered", "(", "Figure", "3A", ")", "." ] } ]
PMC11590005
It is important to discuss the levels of prejudice within universities .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "is", "important", "to", "discuss", "the", "levels", "of", "prejudice", "within", "universities", "." ] } ]
PMC9429973
The effectiveness of these molecules in NPM1c AML prompts the question whether NPM1c and the wildtype MLL complex cooperate directly on chromatin to drive leukemic self-renewal.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "effectiveness", "of", "these", "molecules", "in", "NPM1c", "AML", "prompts", "the", "question", "whether", "NPM1c", "and", "the", "wildtype", "MLL", "complex", "cooperate", "directly", "on", "chromatin", "to", "drive", "leukemic", "self-renewal", "." ] } ]
PMC11674441
We have started neoantigen vaccine therapy as a cell therapy called cancer antigen-stimulated dendritic cell vaccines under the Act on the Safety of Regenerative Medicine in Japan and have published on its safety and immunological efficacy .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "have", "started", "neoantigen", "vaccine", "therapy", "as", "a", "cell", "therapy", "called", "cancer", "antigen-stimulated", "dendritic", "cell", "vaccines", "under", "the", "Act", "on", "the", "Safety", "of", "Regenerative", "Medicine", "in", "Japan", "and", "have", "published", "on", "its", "safety", "and", "immunological", "efficacy", "." ] } ]
PMC7802142
However, the increase was suppressed when anti-miR-100 was loaded (Fig. 7e).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "the", "increase", "was", "suppressed", "when", "anti-miR-100", "was", "loaded", "(", "Fig.", "7e", ")", "." ] } ]
PMC11612315
Upon visualization of the sciatic nerve, the peroneal and tibial nerves were ligated and transected at the lower end of the ligature via silk thread, whereas the sural nerve remained intact.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Upon", "visualization", "of", "the", "sciatic", "nerve", ",", "the", "peroneal", "and", "tibial", "nerves", "were", "ligated", "and", "transected", "at", "the", "lower", "end", "of", "the", "ligature", "via", "silk", "thread", ",", "whereas", "the", "sural", "nerve", "remained", "intact", "." ] } ]
PMC10729469
560,181, BD Pharmingen), PE-Cyanine5.5-anti-CD8a (cat.35–0081-82, Invitrogen), PE-Cy7-anti-CD25 (cat.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "560,181", ",", "BD", "Pharmingen", ")", ",", "PE-Cyanine5.5-anti-CD8a", "(", "cat.35–0081", "-", "82", ",", "Invitrogen", ")", ",", "PE-Cy7-anti-CD25", "(", "cat", "." ] } ]
PMC9429973
P. Chorão, M. Henriques, P. Baptista, I. Carvalhais, A. L. Pinto, P. Silva, A. M. Carneiro, F. Ferreira, F. Trigo Clinical Hematology Department, Centro Hospitalar Universitário São João, Porto, Portugal Background: In diffuse large B cell lymphoma (DLBCL), the value of the International Prognostic Index (IPI) and age-adjusted IPI (aaIPI) changed with rituximab, cyclophosphamide, doxorubicin, vincristine, prednisone (R-CHOP) as standard first line.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P.", "Chorão", ",", "M.", "Henriques", ",", "P.", "Baptista", ",", "I.", "Carvalhais", ",", "A.", "L.", "Pinto", ",", "P.", "Silva", ",", "A.", "M.", "Carneiro", ",", "F.", "Ferreira", ",", "F.", "Trigo", "Clinical", "Hematology", "Department", ",", "Centro", "Hospitalar", "Universitário", "São", "João", ",", "Porto", ",", "Portugal", "Background", ":", "In", "diffuse", "large", "B", "cell", "lymphoma", "(", "DLBCL", ")", ",", "the", "value", "of", "the", "International", "Prognostic", "Index", "(", "IPI", ")", "and", "age-adjusted", "IPI", "(", "aaIPI", ")", "changed", "with", "rituximab", ",", "cyclophosphamide", ",", "doxorubicin", ",", "vincristine", ",", "prednisone", "(", "R-CHOP", ")", "as", "standard", "first", "line", "." ] } ]
PMC7602170
ASP824Val (D842V) substitution is considered as a resistance factor to imatinib and is most commonly found in PDGFRA exon 18 mutation, whereas other subtypes of PDGFRA mutations are sensitive to imatinib .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ASP824Val", "(", "D842V", ")", "substitution", "is", "considered", "as", "a", "resistance", "factor", "to", "imatinib", "and", "is", "most", "commonly", "found", "in", "PDGFRA", "exon", "18", "mutation", ",", "whereas", "other", "subtypes", "of", "PDGFRA", "mutations", "are", "sensitive", "to", "imatinib", "." ] } ]
PMC11155445
Citral thiourea derivatives were synthesized and evaluated for their antifungal activity against Colletotrichum gloeosporioides by Zeng et al. Compounds (107a, 107c, 107f, 107e, and 108) showed improved activity against C. gloeosporioides with 0.160, 1.66, 1.37, 4.76, and 4.60 mg L EC50 values, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Citral", "thiourea", "derivatives", "were", "synthesized", "and", "evaluated", "for", "their", "antifungal", "activity", "against", "Colletotrichum", "gloeosporioides", "by", "Zeng", "et", "al.", "Compounds", "(", "107a", ",", "107c", ",", "107f", ",", "107e", ",", "and", "108", ")", "showed", "improved", "activity", "against", "C.", "gloeosporioides", "with", "0.160", ",", "1.66", ",", "1.37", ",", "4.76", ",", "and", "4.60", "mg", "L", "EC50", "values", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC11087055
Testing model of relationships between the polonaise movements, primitive streak (PS) morphogenesis, using ectopic Vg1-inducing system.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Testing", "model", "of", "relationships", "between", "the", "polonaise", "movements", ",", "primitive", "streak", "(", "PS", ")", "morphogenesis", ",", "using", "ectopic", "Vg1-inducing", "system", "." ] } ]
PMC8751435
Therefore, loss‐of‐function assay is applied to validate its cytotoxicity and target gene of CME in our research, and this validation will improve our understanding on anticancer property of CME.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "loss‐of‐function", "assay", "is", "applied", "to", "validate", "its", "cytotoxicity", "and", "target", "gene", "of", "CME", "in", "our", "research", ",", "and", "this", "validation", "will", "improve", "our", "understanding", "on", "anticancer", "property", "of", "CME", "." ] } ]
PMC5854676
Figure 6TGA thermogram of (a) MgO and (b) PEG + MgO. TGA Thermogram of (c) MgO (d) DTG curve of MgO. TGA thermogram of (a) MgO and (b) PEG + MgO. TGA Thermogram of (c) MgO (d) DTG curve of MgO. Figure 7 shows the cell viability loss in dark conditions, as well as with a dose of 660 nm laser light.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Figure", "6TGA", "thermogram", "of", "(", "a", ")", "MgO", "and", "(", "b", ")", "PEG", "+", "MgO.", "TGA", "Thermogram", "of", "(", "c", ")", "MgO", "(", "d", ")", "DTG", "curve", "of", "MgO.", "TGA", "thermogram", "of", "(", "a", ")", "MgO", "and", "(", "b", ")", "PEG", "+", "MgO.", "TGA", "Thermogram", "of", "(", "c", ")", "MgO", "(", "d", ")", "DTG", "curve", "of", "MgO.", "Figure", "7", "shows", "the", "cell", "viability", "loss", "in", "dark", "conditions", ",", "as", "well", "as", "with", "a", "dose", "of", "660", "nm", "laser", "light", "." ] } ]
PMC11092382
The genus Sophora exhibits a wide distribution across North America and Eurasia, encompassing several plant species that have long been employed in traditional herbal medicine, such as Sophora alopecuroides L. and Sophora flavescens Ait.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "genus", "Sophora", "exhibits", "a", "wide", "distribution", "across", "North", "America", "and", "Eurasia", ",", "encompassing", "several", "plant", "species", "that", "have", "long", "been", "employed", "in", "traditional", "herbal", "medicine", ",", "such", "as", "Sophora", "alopecuroides", "L.", "and", "Sophora", "flavescens", "Ait", "." ] } ]
PMC11335267
We found that at the dose used (0.2 mg/kg i.p.),
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "found", "that", "at", "the", "dose", "used", "(", "0.2", "mg/kg", "i.p", ".", ")", "," ] } ]
PMC10900886
Several immune cells, including B cells, express α2,6-linked and α2,3-linked sialic acids (SAs), which can function as receptors for EV-D68 to initiate binding and virus entry (33–35).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Several", "immune", "cells", ",", "including", "B", "cells", ",", "express", "α2,6-linked", "and", "α2,3-linked", "sialic", "acids", "(", "SAs", ")", ",", "which", "can", "function", "as", "receptors", "for", "EV-D68", "to", "initiate", "binding", "and", "virus", "entry", "(", "33–35", ")", "." ] } ]
PMC9429973
No new mutations were found.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "No", "new", "mutations", "were", "found", "." ] } ]
PMC11701801
Primer/probe sets specific for the following genes were used for TaqMan Gene Expression Assays: CASP6 (Hs00154250_m1), CREBBP (Hs00932878_m1), EP300 (Hs00914212_m1), KREMEN1 (Hs00230750_m1), KREMEN2 (Hs00225867_m1), and GAPDH (Hs99999905_m1; Thermo Fisher Scientific).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Primer/probe", "sets", "specific", "for", "the", "following", "genes", "were", "used", "for", "TaqMan", "Gene", "Expression", "Assays", ":", "CASP6", "(", "Hs00154250_m1", ")", ",", "CREBBP", "(", "Hs00932878_m1", ")", ",", "EP300", "(", "Hs00914212_m1", ")", ",", "KREMEN1", "(", "Hs00230750_m1", ")", ",", "KREMEN2", "(", "Hs00225867_m1", ")", ",", "and", "GAPDH", "(", "Hs99999905_m1", ";", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ")", "." ] } ]
PMC9812014
Other alkaloids used in this study also had a good repressive effect on the reduction of the CPE caused by HSV-I; scopolamine, allantoin, octopamine, synephrine, colchicine, and trigonelline alkaloids at a concentration of 1.6 µg/mL showed significant inhibitory activity on HSV-I .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Other", "alkaloids", "used", "in", "this", "study", "also", "had", "a", "good", "repressive", "effect", "on", "the", "reduction", "of", "the", "CPE", "caused", "by", "HSV-I", ";", "scopolamine", ",", "allantoin", ",", "octopamine", ",", "synephrine", ",", "colchicine", ",", "and", "trigonelline", "alkaloids", "at", "a", "concentration", "of", "1.6", "µg/mL", "showed", "significant", "inhibitory", "activity", "on", "HSV-I", "." ] } ]
PMC10729469
For cDNA preparation, 1ug RNA was reverse transcribed using a TaqMan reverse transcription kit (Applied Biosystems, cat N808080234, Waltham, MA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "cDNA", "preparation", ",", "1ug", "RNA", "was", "reverse", "transcribed", "using", "a", "TaqMan", "reverse", "transcription", "kit", "(", "Applied", "Biosystems", ",", "cat", "N808080234", ",", "Waltham", ",", "MA", ")", "." ] } ]
PMC11759751
In in vivo experiments, Chidamide was diluted in DMSO, PEG300, Tween80, and saline, then administered orally at 3 mg/kg.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "in", "vivo", "experiments", ",", "Chidamide", "was", "diluted", "in", "DMSO", ",", "PEG300", ",", "Tween80", ",", "and", "saline", ",", "then", "administered", "orally", "at", "3", "mg/kg", "." ] } ]
PMC11216402
The TFs detected largely overlap with those in the cell lines, indicating that these TFs also drive variation in the regulatory state between normal stomach tissue and GC tumors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "TFs", "detected", "largely", "overlap", "with", "those", "in", "the", "cell", "lines", ",", "indicating", "that", "these", "TFs", "also", "drive", "variation", "in", "the", "regulatory", "state", "between", "normal", "stomach", "tissue", "and", "GC", "tumors", "." ] } ]
PMC9275501
Quagliariello et al. (2017) found that the combination of rapamycin (RAP) and Que could significantly reduce the levels of IL-8, IL-6 and IL-19 cytokines, suggesting that the combination could regulate the immune state of the body and enhance tumor immunity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Quagliariello", "et", "al.", "(", "2017", ")", "found", "that", "the", "combination", "of", "rapamycin", "(", "RAP", ")", "and", "Que", "could", "significantly", "reduce", "the", "levels", "of", "IL-8", ",", "IL-6", "and", "IL-19", "cytokines", ",", "suggesting", "that", "the", "combination", "could", "regulate", "the", "immune", "state", "of", "the", "body", "and", "enhance", "tumor", "immunity", "." ] } ]
PMC11144200
DC-tumor fusion vaccines were first generated.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "DC-tumor", "fusion", "vaccines", "were", "first", "generated", "." ] } ]
PMC11632064
These results suggest that A-375 cells have constitutive mitochondrial configurations that make these organelles maladapted to cellular stress, which could be linked to their propensity to engage apoptosis compared with other cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "results", "suggest", "that", "A-375", "cells", "have", "constitutive", "mitochondrial", "configurations", "that", "make", "these", "organelles", "maladapted", "to", "cellular", "stress", ",", "which", "could", "be", "linked", "to", "their", "propensity", "to", "engage", "apoptosis", "compared", "with", "other", "cells", "." ] } ]
PMC9429973
M. Baile González, M. Hidalgo Soto, S. Marcos Asensio, M. Cabrero Calvo, R. Martínez Fernández, A. Avendaño Pita, A. Á. Martín López, A. Cabero Martínez, M. Cortés Rodríguez, E. Pérez López, L. López Corral, F. Sánchez Guijo, L. Vázquez López, M. D. Caballero Barrigón Hematology, Hospital Clínico Universitario de Salamanca (CAUSA/IBSAL), Salamanca; Hematology, Hospital Universitario 12 de Octubre, Madrid; Hematology, Hospital Universitario Príncipe de Asturias, Alcalá de Henares, Madrid, Spain Background: The improvement in support treatment and the implementation of reduced intensity conditioning (RIC) makes that Allogeneic-HSCT in patients over 60 years is a standard clinical practice.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "M.", "Baile", "González", ",", "M.", "Hidalgo", "Soto", ",", "S.", "Marcos", "Asensio", ",", "M.", "Cabrero", "Calvo", ",", "R.", "Martínez", "Fernández", ",", "A.", "Avendaño", "Pita", ",", "A.", "Á.", "Martín", "López", ",", "A.", "Cabero", "Martínez", ",", "M.", "Cortés", "Rodríguez", ",", "E.", "Pérez", "López", ",", "L.", "López", "Corral", ",", "F.", "Sánchez", "Guijo", ",", "L.", "Vázquez", "López", ",", "M.", "D.", "Caballero", "Barrigón", "Hematology", ",", "Hospital", "Clínico", "Universitario", "de", "Salamanca", "(", "CAUSA/IBSAL", ")", ",", "Salamanca", ";", "Hematology", ",", "Hospital", "Universitario", "12", "de", "Octubre", ",", "Madrid", ";", "Hematology", ",", "Hospital", "Universitario", "Príncipe", "de", "Asturias", ",", "Alcalá", "de", "Henares", ",", "Madrid", ",", "Spain", "Background", ":", "The", "improvement", "in", "support", "treatment", "and", "the", "implementation", "of", "reduced", "intensity", "conditioning", "(", "RIC", ")", "makes", "that", "Allogeneic-HSCT", "in", "patients", "over", "60", "years", "is", "a", "standard", "clinical", "practice", "." ] } ]
PMC9545714
The study suggests that GTE regulates the expression of these genes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "study", "suggests", "that", "GTE", "regulates", "the", "expression", "of", "these", "genes", "." ] } ]
PMC11240448
For basal BC cell lines, we identified four distinct groups whose oncogenic states were primarily driven by (i) mTOR, (ii) MEK/ERK, (iii) STAT3, and (iv) PKC pathways.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "basal", "BC", "cell", "lines", ",", "we", "identified", "four", "distinct", "groups", "whose", "oncogenic", "states", "were", "primarily", "driven", "by", "(", "i", ")", "mTOR", ",", "(", "ii", ")", "MEK/ERK", ",", "(", "iii", ")", "STAT3", ",", "and", "(", "iv", ")", "PKC", "pathways", "." ] } ]
PMC9712534
Cells were treated with 20 µM ICRF-187 or DMSO (vehicle) for 1 h and subsequently subjected to FRAP analysis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "treated", "with", "20", "µM", "ICRF-187", "or", "DMSO", "(", "vehicle", ")", "for", "1", "h", "and", "subsequently", "subjected", "to", "FRAP", "analysis", "." ] } ]
PMC11786704
Percentage of closed diabetic wound area at different time points. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Percentage", "of", "closed", "diabetic", "wound", "area", "at", "different", "time", "points", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
J. Mascarenhas, A. T. Gerds, J. K. Kish, P. Abraham, A. Balanean, J. A. Nadal, D. Liassou, B. A. Feinberg, A. McBride, C. Harrison The Tisch Cancer Institute, Icahn School of Medicine at Mount Sinai, New York; Cleveland Clinic Taussig Cancer Institute, Cleveland; Cardinal Health, Dublin; Bristol Myers Squibb, Princeton, United States of America; Guy’s and St Thomas’ NHS Foundation Trust, London, United Kingdom Background: Relief of symptoms and splenomegaly is an important treatment (Tx) goal for patients with myelofibrosis (MF).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "J.", "Mascarenhas", ",", "A.", "T.", "Gerds", ",", "J.", "K.", "Kish", ",", "P.", "Abraham", ",", "A.", "Balanean", ",", "J.", "A.", "Nadal", ",", "D.", "Liassou", ",", "B.", "A.", "Feinberg", ",", "A.", "McBride", ",", "C.", "Harrison", "The", "Tisch", "Cancer", "Institute", ",", "Icahn", "School", "of", "Medicine", "at", "Mount", "Sinai", ",", "New", "York", ";", "Cleveland", "Clinic", "Taussig", "Cancer", "Institute", ",", "Cleveland", ";", "Cardinal", "Health", ",", "Dublin", ";", "Bristol", "Myers", "Squibb", ",", "Princeton", ",", "United", "States", "of", "America", ";", "Guy", "’s", "and", "St", "Thomas", "’", "NHS", "Foundation", "Trust", ",", "London", ",", "United", "Kingdom", "Background", ":", "Relief", "of", "symptoms", "and", "splenomegaly", "is", "an", "important", "treatment", "(", "Tx", ")", "goal", "for", "patients", "with", "myelofibrosis", "(", "MF", ")", "." ] } ]
PMC11694625
IR (cm, KBr): 3199, 2960, 2923, 2855, 1587, 1558, 1496, 1461, 1417, 1256, 1203, 1126, 1085, 1035, 989, 792, 652, 547.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "IR", "(", "cm", ",", "KBr", "):", "3199", ",", "2960", ",", "2923", ",", "2855", ",", "1587", ",", "1558", ",", "1496", ",", "1461", ",", "1417", ",", "1256", ",", "1203", ",", "1126", ",", "1085", ",", "1035", ",", "989", ",", "792", ",", "652", ",", "547", "." ] } ]
PMC11791478
Kinetic data were analyzed and fitted globally using a 1:1 Langmuir binding model with equilibrium dissociation constant (KD) determined.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Kinetic", "data", "were", "analyzed", "and", "fitted", "globally", "using", "a", "1:1", "Langmuir", "binding", "model", "with", "equilibrium", "dissociation", "constant", "(", "KD", ")", "determined", "." ] } ]
PMC11267036
Besides, the levels of p-STAT1/STAT1 and RIG-I were down-regulated in MM.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Besides", ",", "the", "levels", "of", "p-STAT1/STAT1", "and", "RIG-I", "were", "down-regulated", "in", "MM", "." ] } ]
PMC11457557
This method can identify miRNAs as valuable indicators of DM susceptibility and prognosis, potentially transforming personalized medicine.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "method", "can", "identify", "miRNAs", "as", "valuable", "indicators", "of", "DM", "susceptibility", "and", "prognosis", ",", "potentially", "transforming", "personalized", "medicine", "." ] } ]
PMC10203589
The total amino acids of human and rat FGF18 were also confirmed to be identical (11).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "total", "amino", "acids", "of", "human", "and", "rat", "FGF18", "were", "also", "confirmed", "to", "be", "identical", "(", "11", ")", "." ] } ]
PMC7553912
The plot of a forward- versus side-scatter was used as the first gate to gate out aggregates and debris (Fig. S3).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "plot", "of", "a", "forward-", "versus", "side-scatter", "was", "used", "as", "the", "first", "gate", "to", "gate", "out", "aggregates", "and", "debris", "(", "Fig.", "S3", ")", "." ] } ]
PMC11519077
As a result, genes associated with inflammation, antibacterial characteristics, and apoptosis may play an important role in the development of IBD.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "a", "result", ",", "genes", "associated", "with", "inflammation", ",", "antibacterial", "characteristics", ",", "and", "apoptosis", "may", "play", "an", "important", "role", "in", "the", "development", "of", "IBD", "." ] } ]
PMC7192625
We were also able to estimate assortativity of feature pairs (histone modifications) either appearing on the same chromatin fragment or each on one of two interacting fragments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "were", "also", "able", "to", "estimate", "assortativity", "of", "feature", "pairs", "(", "histone", "modifications", ")", "either", "appearing", "on", "the", "same", "chromatin", "fragment", "or", "each", "on", "one", "of", "two", "interacting", "fragments", "." ] } ]
PMC11612626
Cells were then washed with PBS and resuspended in lysis buffer (0.25% sodium deoxycholate, 200 μmol/L iodoacetamide, 1% N-octyl-β-D-thioglucoside, and 1 μmol/L EDTA) containing protease inhibitor (1 mL lysis buffer/1 × 10 cells).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "then", "washed", "with", "PBS", "and", "resuspended", "in", "lysis", "buffer", "(", "0.25", "%", "sodium", "deoxycholate", ",", "200", "μmol/L", "iodoacetamide", ",", "1", "%", "N-octyl-β-D-thioglucoside", ",", "and", "1", "μmol/L", "EDTA", ")", "containing", "protease", "inhibitor", "(", "1", "mL", "lysis", "buffer/1", "×", "10", "cells", ")", "." ] } ]
PMC11787651
B, elution profiles and quantification of histone H4 4–17 peptides bearing a single acetylation at distinct sites by EpiProfile.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "B", ",", "elution", "profiles", "and", "quantification", "of", "histone", "H4", "4–17", "peptides", "bearing", "a", "single", "acetylation", "at", "distinct", "sites", "by", "EpiProfile", "." ] } ]
PMC11599565
Both drugs were simultaneous incubated with 2 µg/mL of cisplatin for 5 days.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Both", "drugs", "were", "simultaneous", "incubated", "with", "2", "µg/mL", "of", "cisplatin", "for", "5", "days", "." ] } ]
PMC11739504
Acetylated α-tubulin expression was decreased in Kat2b silenced NIH/3T3 cells at 6 h and 24 h after serum starvation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Acetylated", "α-tubulin", "expression", "was", "decreased", "in", "Kat2b", "silenced", "NIH/3T3", "cells", "at", "6", "h", "and", "24", "h", "after", "serum", "starvation", "." ] } ]
PMC11397654
Often, these macrocycles require ionised substituents like the quaternary ammonium cations or the sulfonate anions to become water-soluble without the addition of cosolvents.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Often", ",", "these", "macrocycles", "require", "ionised", "substituents", "like", "the", "quaternary", "ammonium", "cations", "or", "the", "sulfonate", "anions", "to", "become", "water-soluble", "without", "the", "addition", "of", "cosolvents", "." ] } ]
PMC6771295
SIRT3 and SIRT5 exhibited pro-survival effects in U2OS cells, whereas in mesothelioma cell lines SIRT3 and SIRT5 exerted pro-survival trends (Figures 1A–C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "SIRT3", "and", "SIRT5", "exhibited", "pro-survival", "effects", "in", "U2OS", "cells", ",", "whereas", "in", "mesothelioma", "cell", "lines", "SIRT3", "and", "SIRT5", "exerted", "pro-survival", "trends", "(", "Figures", "1A", "–", "C", ")", "." ] } ]
PMC11802929
Y-axis: NetMHCpan prediction rank (left) and average charge of exposed residues (right).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Y-axis", ":", "NetMHCpan", "prediction", "rank", "(", "left", ")", "and", "average", "charge", "of", "exposed", "residues", "(", "right", ")", "." ] } ]
PMC11040965
C Densitometric analysis of the experiment shown in (B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C", "Densitometric", "analysis", "of", "the", "experiment", "shown", "in", "(", "B", ")", "." ] } ]
PMC11585994
The particle size distribution and polydispersity index (PDI) were assessed using dynamic light scattering (DLS), while the surface charge was evaluated through zeta potential analysis via laser-Doppler electrophoresis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "particle", "size", "distribution", "and", "polydispersity", "index", "(", "PDI", ")", "were", "assessed", "using", "dynamic", "light", "scattering", "(", "DLS", ")", ",", "while", "the", "surface", "charge", "was", "evaluated", "through", "zeta", "potential", "analysis", "via", "laser-Doppler", "electrophoresis", "." ] } ]
PMC9429973
These results are critical for future targeted therapies, and multi-center studies with larger numbers of patients are needed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "results", "are", "critical", "for", "future", "targeted", "therapies", ",", "and", "multi-center", "studies", "with", "larger", "numbers", "of", "patients", "are", "needed", "." ] } ]
PMC11023271
This could be because LPA signaled through parallel pathways to promote cell proliferation , and/or LPA induced down-regulation of RIPK4 in at least part of the 24-hour period we analyzed so the treated cells would be equivalent to RIPK4-knockdown cells during that period.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "could", "be", "because", "LPA", "signaled", "through", "parallel", "pathways", "to", "promote", "cell", "proliferation", ",", "and/or", "LPA", "induced", "down-regulation", "of", "RIPK4", "in", "at", "least", "part", "of", "the", "24-hour", "period", "we", "analyzed", "so", "the", "treated", "cells", "would", "be", "equivalent", "to", "RIPK4-knockdown", "cells", "during", "that", "period", "." ] } ]