Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC10847511
Knockout of BRCA1 or BRCA2 in human embryonic stem cells or in the chicken B cell-derived cell line DT40 cells markedly increased sensitivity to PARP inhibitors and platinum drugs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Knockout", "of", "BRCA1", "or", "BRCA2", "in", "human", "embryonic", "stem", "cells", "or", "in", "the", "chicken", "B", "cell-derived", "cell", "line", "DT40", "cells", "markedly", "increased", "sensitivity", "to", "PARP", "inhibitors", "and", "platinum", "drugs", "." ] } ]
PMC9780037
The aptamer is also hybridized with a fluorescently labeled complementary oligonucleotide (represented in black).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "aptamer", "is", "also", "hybridized", "with", "a", "fluorescently", "labeled", "complementary", "oligonucleotide", "(", "represented", "in", "black", ")", "." ] } ]
PMC9429973
The primary endpoint was PFS from MT.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "primary", "endpoint", "was", "PFS", "from", "MT", "." ] } ]
PMC11777207
WT PD-L1 td (transduced) is the construct with PD-L1 in the MIGR1 vector, and WT untd (untransduced) is WT PD-L1 BMDCs without the MIGR1 vector. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "WT", "PD-L1", "td", "(", "transduced", ")", "is", "the", "construct", "with", "PD-L1", "in", "the", "MIGR1", "vector", ",", "and", "WT", "untd", "(", "untransduced", ")", "is", "WT", "PD-L1", "BMDCs", "without", "the", "MIGR1", "vector", ".", "(" ] } ]
PMC11486946
In addition to the methods used in previous single-molecule screening for nuclear receptors, AiSIS enabled highly precise auto-focusing on the plasma membrane receptor and uniform TIR illumination for the quantification of fluorescence brightness.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", "to", "the", "methods", "used", "in", "previous", "single-molecule", "screening", "for", "nuclear", "receptors", ",", "AiSIS", "enabled", "highly", "precise", "auto-focusing", "on", "the", "plasma", "membrane", "receptor", "and", "uniform", "TIR", "illumination", "for", "the", "quantification", "of", "fluorescence", "brightness", "." ] } ]
PMC11021472
For stripping of the membranes, incubation in stripping buffer (25 mM glycine, pH 2.0, 0.001% SDS) for 15 min was followed by blocking in 5% ELK in TBST for 15 min, after which incubation with antibodies was performed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "stripping", "of", "the", "membranes", ",", "incubation", "in", "stripping", "buffer", "(", "25", "mM", "glycine", ",", "pH", "2.0", ",", "0.001", "%", "SDS", ")", "for", "15", "min", "was", "followed", "by", "blocking", "in", "5", "%", "ELK", "in", "TBST", "for", "15", "min", ",", "after", "which", "incubation", "with", "antibodies", "was", "performed", "." ] } ]
PMC11754436
p<0.05, **p<0.01, ***p<0.001, the scale is 100 μm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "p<0.05", ",", "*", "*", "p<0.01", ",", "*", "*", "*", "p<0.001", ",", "the", "scale", "is", "100", "μm", "." ] } ]
PMC11240448
We could discern between non-cancerous and cancerous cells with fewer than 100 analytes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "could", "discern", "between", "non-cancerous", "and", "cancerous", "cells", "with", "fewer", "than", "100", "analytes", "." ] } ]
PMC11470999
Experimental metastatic models include left cardiac injection models, stereotactic intracerebral injection models, and intracarotid artery injection models.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Experimental", "metastatic", "models", "include", "left", "cardiac", "injection", "models", ",", "stereotactic", "intracerebral", "injection", "models", ",", "and", "intracarotid", "artery", "injection", "models", "." ] } ]
PMC6461034
Kinase‐specific, aggregated “phosphosignals” from the “PSP” and “NWK” analyses are summed to get a substrate‐centric measure (equation (2)).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Kinase‐specific", ",", "aggregated", "“", "phosphosignals", "”", "from", "the", "“", "PSP", "”", "and", "“", "NWK", "”", "analyses", "are", "summed", "to", "get", "a", "substrate‐centric", "measure", "(", "equation", "(", "2", ")", ")", "." ] } ]
PMC9429973
M. chen, W. zhao, M. fu, H. Wang Hebei Yanda Lu Daopei Hospital, Langfang, sanhe; Beijing Lu Daopei Hospital; beijing Lu daopei hospital, beijing; clinical lab, Hebei Yanda Lu Daopei Hospital, Langfang, sanhe, China Background: Minimal Residual Disease(MRD) detection by multicolor flow cytometry(MFC) is an important parameter for monitoring therapy effect in acute leukaemia.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "M.", "chen", ",", "W.", "zhao", ",", "M.", "fu", ",", "H.", "Wang", "Hebei", "Yanda", "Lu", "Daopei", "Hospital", ",", "Langfang", ",", "sanhe", ";", "Beijing", "Lu", "Daopei", "Hospital", ";", "beijing", "Lu", "daopei", "hospital", ",", "beijing", ";", "clinical", "lab", ",", "Hebei", "Yanda", "Lu", "Daopei", "Hospital", ",", "Langfang", ",", "sanhe", ",", "China", "Background", ":", "Minimal", "Residual", "Disease(MRD", ")", "detection", "by", "multicolor", "flow", "cytometry(MFC", ")", "is", "an", "important", "parameter", "for", "monitoring", "therapy", "effect", "in", "acute", "leukaemia", "." ] } ]
PMC10940855
Further analysis revealed that numerous STAT5 target genes were downregulated in multiple myeloma cells treated with sh-EFNB2 (Fig. 4C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Further", "analysis", "revealed", "that", "numerous", "STAT5", "target", "genes", "were", "downregulated", "in", "multiple", "myeloma", "cells", "treated", "with", "sh-EFNB2", "(", "Fig.", "4C", ")", "." ] } ]
PMC11477621
C NMR (150 MHz, CDCl3) δ 171.7, 136.1, 128.7, 128.0, 121.5, 121.1, 119.4, 109.5, 101.1, 46.4, 32.7, 30.0, 28.6, 26.6, 25.1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C", "NMR", "(", "150", "MHz", ",", "CDCl3", ")", "δ", "171.7", ",", "136.1", ",", "128.7", ",", "128.0", ",", "121.5", ",", "121.1", ",", "119.4", ",", "109.5", ",", "101.1", ",", "46.4", ",", "32.7", ",", "30.0", ",", "28.6", ",", "26.6", ",", "25.1", "." ] } ]
PMC9429973
Results: At time of writing, 5 out of 7 tested antiviral NAs induce an enhanced mutation burden in exposed HSPCs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "At", "time", "of", "writing", ",", "5", "out", "of", "7", "tested", "antiviral", "NAs", "induce", "an", "enhanced", "mutation", "burden", "in", "exposed", "HSPCs", "." ] } ]
PMC11748618
In order to determine the impact of genetic variants on CHD1L expression, we investigated large African eQTL studies to determine potential functions of our candidate variants.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "order", "to", "determine", "the", "impact", "of", "genetic", "variants", "on", "CHD1L", "expression", ",", "we", "investigated", "large", "African", "eQTL", "studies", "to", "determine", "potential", "functions", "of", "our", "candidate", "variants", "." ] } ]
PMC10253553
The complex mTORC2 consists of mTOR along with six other distinct proteins .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "complex", "mTORC2", "consists", "of", "mTOR", "along", "with", "six", "other", "distinct", "proteins", "." ] } ]
PMC11731161
Images were captured using a Leica DMI 6000B microscope.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Images", "were", "captured", "using", "a", "Leica", "DMI", "6000B", "microscope", "." ] } ]
PMC11679326
More detailed studies have already linked the altered expression of glycosyltransferases with the tumorigenic properties of glioblastoma .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "More", "detailed", "studies", "have", "already", "linked", "the", "altered", "expression", "of", "glycosyltransferases", "with", "the", "tumorigenic", "properties", "of", "glioblastoma", "." ] } ]
PMC11655536
All the media were supplemented with 10% fetal bovine serum (BI) and 100 U/mL penicillin, and 100 μg/mL streptomycin (Gibco).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "the", "media", "were", "supplemented", "with", "10", "%", "fetal", "bovine", "serum", "(", "BI", ")", "and", "100", "U/mL", "penicillin", ",", "and", "100", "μg/mL", "streptomycin", "(", "Gibco", ")", "." ] } ]
PMC11406030
For each patient, the highest intensity value was used in the analyses.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "each", "patient", ",", "the", "highest", "intensity", "value", "was", "used", "in", "the", "analyses", "." ] } ]
PMC11774747
For instance, Savoldo et al., and Landmeier et al., observed stable and potent antitumor activity in long-term co-cultures (45 days), with CAR-modified T cells effectively eliminating tumor cells and proliferating in response to antigen exposure (82, 95).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "instance", ",", "Savoldo", "et", "al.", ",", "and", "Landmeier", "et", "al.", ",", "observed", "stable", "and", "potent", "antitumor", "activity", "in", "long-term", "co-cultures", "(", "45", "days", ")", ",", "with", "CAR-modified", "T", "cells", "effectively", "eliminating", "tumor", "cells", "and", "proliferating", "in", "response", "to", "antigen", "exposure", "(", "82", ",", "95", ")", "." ] } ]
PMC5415764
These iRGD co-loading NPs possessed significantly stronger capacity to regulate apoptosis pathway, compared to either free P+T or non-iRGD NPs (p < 0.05).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "iRGD", "co-loading", "NPs", "possessed", "significantly", "stronger", "capacity", "to", "regulate", "apoptosis", "pathway", ",", "compared", "to", "either", "free", "P+T", "or", "non-iRGD", "NPs", "(", "p", "<", "0.05", ")", "." ] } ]
PMC11638255
c Violin plots of gene expression levels associated with intracellular copper levels (Mt1, Mt2) and neuroblastoma oncogene Mycn, split by treatment group.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "c", "Violin", "plots", "of", "gene", "expression", "levels", "associated", "with", "intracellular", "copper", "levels", "(", "Mt1", ",", "Mt2", ")", "and", "neuroblastoma", "oncogene", "Mycn", ",", "split", "by", "treatment", "group", "." ] } ]
PMC11799620
The tubes were shaken and then centrifuged at 1000 rpm for 10 minutes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "tubes", "were", "shaken", "and", "then", "centrifuged", "at", "1000", "rpm", "for", "10", "minutes", "." ] } ]
PMC11562028
The mice in the Re-CDs group were treated with the drug at a dosage of 10 mg kg daily (tail vein injection).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "mice", "in", "the", "Re-CDs", "group", "were", "treated", "with", "the", "drug", "at", "a", "dosage", "of", "10", "mg", "kg", "daily", "(", "tail", "vein", "injection", ")", "." ] } ]
PMC10237474
The chosen antibiotic concentration for selection was the lowest concentration that killed 100% of un-transfected host cells but not transfected cells (red arrows). (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "chosen", "antibiotic", "concentration", "for", "selection", "was", "the", "lowest", "concentration", "that", "killed", "100", "%", "of", "un-transfected", "host", "cells", "but", "not", "transfected", "cells", "(", "red", "arrows", ")", ".", "(" ] } ]
PMC11495567
Many non-viable rounded and floating cells do not get pelleted during the processing steps, thereby resulting in undercounts of apoptotic and possibly necrotic cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Many", "non-viable", "rounded", "and", "floating", "cells", "do", "not", "get", "pelleted", "during", "the", "processing", "steps", ",", "thereby", "resulting", "in", "undercounts", "of", "apoptotic", "and", "possibly", "necrotic", "cells", "." ] } ]
PMC11473750
While the RNF121 protein localised predominantly to the cis-Golgi Complex, the RNF121 mutation in Helix 4 of its transmembrane domain caused reduced RNF121 protein stability and absent Golgi localisation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "While", "the", "RNF121", "protein", "localised", "predominantly", "to", "the", "cis-Golgi", "Complex", ",", "the", "RNF121", "mutation", "in", "Helix", "4", "of", "its", "transmembrane", "domain", "caused", "reduced", "RNF121", "protein", "stability", "and", "absent", "Golgi", "localisation", "." ] } ]
PMC11615828
Scale bar, 10 µm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Scale", "bar", ",", "10", "µm", "." ] } ]
PMC11194678
Scale bars, 10 μm; inset, 2 μm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Scale", "bars", ",", "10", "μm", ";", "inset", ",", "2", "μm", "." ] } ]
PMC11640555
As activation of the ROS-p53/Nrf2 signaling pathway is known to induce apoptosis, results from this study revealed that CX-4945 at the higher concentrations of 10 and 15 μM significantly reduced protein expression levels of Nrf2 (Figure 3C, densitometric analysis Figure 3(C1)).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "activation", "of", "the", "ROS-p53/Nrf2", "signaling", "pathway", "is", "known", "to", "induce", "apoptosis", ",", "results", "from", "this", "study", "revealed", "that", "CX-4945", "at", "the", "higher", "concentrations", "of", "10", "and", "15", "μM", "significantly", "reduced", "protein", "expression", "levels", "of", "Nrf2", "(", "Figure", "3C", ",", "densitometric", "analysis", "Figure", "3(C1", ")", ")", "." ] } ]
PMC11087301
Recently, Chen et al. reported that there are high amounts of TAMs in human triple-negative breast cancer (TNBC) tissues.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Recently", ",", "Chen", "et", "al.", "reported", "that", "there", "are", "high", "amounts", "of", "TAMs", "in", "human", "triple-negative", "breast", "cancer", "(", "TNBC", ")", "tissues", "." ] } ]
PMC9429973
The 3-year expected overall OS of AML, ALL and MDS patients was 72.7%, 57.1% and 58.3%, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "3-year", "expected", "overall", "OS", "of", "AML", ",", "ALL", "and", "MDS", "patients", "was", "72.7", "%", ",", "57.1", "%", "and", "58.3", "%", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC11474209
After internalizing the cell, with the help of OATP1B1 and OATP1B3, it starts striking cytotoxic effects on cytoskeleton disruption .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "internalizing", "the", "cell", ",", "with", "the", "help", "of", "OATP1B1", "and", "OATP1B3", ",", "it", "starts", "striking", "cytotoxic", "effects", "on", "cytoskeleton", "disruption", "." ] } ]
PMC10788478
The Wnt/β‐catenin pathway plays a pivotal role in regulating embryogenesis and multiple cellular functions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "Wnt/β‐catenin", "pathway", "plays", "a", "pivotal", "role", "in", "regulating", "embryogenesis", "and", "multiple", "cellular", "functions", "." ] } ]
PMC5925824
LY3300054 IgG was purified from the culture supernatant by protein A affinity chromatography (Poros A, Applied Biosystems, Foster City, CA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "LY3300054", "IgG", "was", "purified", "from", "the", "culture", "supernatant", "by", "protein", "A", "affinity", "chromatography", "(", "Poros", "A", ",", "Applied", "Biosystems", ",", "Foster", "City", ",", "CA", ")", "." ] } ]
PMC11672142
The lipophilicity of DefNEtTrp was characterized by measuring the partition coefficient (log DpH7.4) of the compound between 1-octanol and 1× PBS (pH 7.4) using the shake-flask method and compared with the value for Def and Trp also measured here experimentally.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "lipophilicity", "of", "DefNEtTrp", "was", "characterized", "by", "measuring", "the", "partition", "coefficient", "(", "log", "DpH7.4", ")", "of", "the", "compound", "between", "1-octanol", "and", "1", "×", "PBS", "(", "pH", "7.4", ")", "using", "the", "shake-flask", "method", "and", "compared", "with", "the", "value", "for", "Def", "and", "Trp", "also", "measured", "here", "experimentally", "." ] } ]
PMC10605143
Cells were incubated with rat monoclonal antibody against ITGA6 (1:50, MAB13501, R&D Systems, MN, USA) or rabbit monoclonal antibody against CDH1 (1:100, #3195, Cell Signaling Technology) at 4 °C overnight.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "incubated", "with", "rat", "monoclonal", "antibody", "against", "ITGA6", "(", "1:50", ",", "MAB13501", ",", "R&D", "Systems", ",", "MN", ",", "USA", ")", "or", "rabbit", "monoclonal", "antibody", "against", "CDH1", "(", "1:100", ",", "#", "3195", ",", "Cell", "Signaling", "Technology", ")", "at", "4", "°", "C", "overnight", "." ] } ]
PMC9429973
Image: Summary/Conclusion: We demonstrate that high proton leak and high mitochondrial respiration at onset, arguably with the concourse of MCL1/HK2 action, is significantly linked with a shorter overall survival in AMLs’ patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Image", ":", "Summary/Conclusion", ":", "We", "demonstrate", "that", "high", "proton", "leak", "and", "high", "mitochondrial", "respiration", "at", "onset", ",", "arguably", "with", "the", "concourse", "of", "MCL1/HK2", "action", ",", "is", "significantly", "linked", "with", "a", "shorter", "overall", "survival", "in", "AMLs", "’", "patients", "." ] } ]
PMC5034105
The peak ZIKV-NS1 protein expression in these cell lines occurred on 3–5 d.p.i.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "peak", "ZIKV-NS1", "protein", "expression", "in", "these", "cell", "lines", "occurred", "on", "3–5", "d.p.i", "." ] } ]
PMC10114490
p < 0.05 D Most significant oncogenic molecular signatures in PD vs. PD iHDF-T (GSEA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "p", "<", "0.05", "D", "Most", "significant", "oncogenic", "molecular", "signatures", "in", "PD", "vs.", "PD", "iHDF-T", "(", "GSEA", ")", "." ] } ]
PMC11531744
Immunotherapy had become a promising clinical treatment strategy for several refractory carcinomas, however its roles in OC was limited (Bellone et al., 2018; Mesnage et al., 2016; Mittal et al., 2014).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Immunotherapy", "had", "become", "a", "promising", "clinical", "treatment", "strategy", "for", "several", "refractory", "carcinomas", ",", "however", "its", "roles", "in", "OC", "was", "limited", "(", "Bellone", "et", "al.", ",", "2018", ";", "Mesnage", "et", "al.", ",", "2016", ";", "Mittal", "et", "al.", ",", "2014", ")", "." ] } ]
PMC11679892
In future studies, the selectivity of P. sidoides should be investigated using healthy cell lines (e.g., fibroblast or epithelial cells).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "future", "studies", ",", "the", "selectivity", "of", "P.", "sidoides", "should", "be", "investigated", "using", "healthy", "cell", "lines", "(", "e.g.", ",", "fibroblast", "or", "epithelial", "cells", ")", "." ] } ]
PMC11453018
The strongest synergistic effects were observed with Dasatinib, while other senolytics demonstrated varying levels of synergy or antagonism.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "strongest", "synergistic", "effects", "were", "observed", "with", "Dasatinib", ",", "while", "other", "senolytics", "demonstrated", "varying", "levels", "of", "synergy", "or", "antagonism", "." ] } ]
PMC11547972
For protein visualization, the membranes were incubated with ECL detection reagent (ECL; Amersham/GE Healthcare, München, Germany).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "protein", "visualization", ",", "the", "membranes", "were", "incubated", "with", "ECL", "detection", "reagent", "(", "ECL", ";", "Amersham/GE", "Healthcare", ",", "München", ",", "Germany", ")", "." ] } ]
PMC2196094
Several platings of the unamplified library were made with ∼25,000 recombinants/138-mm plate.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Several", "platings", "of", "the", "unamplified", "library", "were", "made", "with", "∼25,000", "recombinants/138-mm", "plate", "." ] } ]
PMC9429973
In JAKARTA2, median BL spleen volume was 1937 (737–4305) mL and 4002 (1821–7815) mL for pts with <mSS and ≥mSS, respectively; BL TSS was 17.2 (0.7–48.0) and 23.6 (1.0–44.0).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "JAKARTA2", ",", "median", "BL", "spleen", "volume", "was", "1937", "(", "737–4305", ")", "mL", "and", "4002", "(", "1821–7815", ")", "mL", "for", "pts", "with", "<", "mSS", "and", "≥mSS", ",", "respectively", ";", "BL", "TSS", "was", "17.2", "(", "0.7–48.0", ")", "and", "23.6", "(", "1.0–44.0", ")", "." ] } ]
PMC11700523
In this study, we found that IS-induced MR activation is due, at least in part, to the elevation of MR protein levels.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "we", "found", "that", "IS-induced", "MR", "activation", "is", "due", ",", "at", "least", "in", "part", ",", "to", "the", "elevation", "of", "MR", "protein", "levels", "." ] } ]
PMC11144200
Among these, immune checkpoints signal pathways (CTLA-4/B7,PD-1/PDL-1,TIM-3, etc.)
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Among", "these", ",", "immune", "checkpoints", "signal", "pathways", "(", "CTLA-4/B7,PD-1/PDL-1,TIM-3", ",", "etc", ".", ")" ] } ]
PMC11708541
Pyrilamine acts on the H1 receptor and is an antihistamine of the first generation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Pyrilamine", "acts", "on", "the", "H1", "receptor", "and", "is", "an", "antihistamine", "of", "the", "first", "generation", "." ] } ]
PMC11487720
F FRET microscopy revealed the increased binding of EGFP-TRAF2 with DsRedM-WWOX in UV/cold shock-treated COS7 cells at 37 °C, whereas the binding was significantly reduced at 4 °C during incubation for 60 min Dissociation of TRAF2/WWOX complex at low temperature leading to BCD suppression.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "F", "FRET", "microscopy", "revealed", "the", "increased", "binding", "of", "EGFP-TRAF2", "with", "DsRedM-WWOX", "in", "UV/cold", "shock-treated", "COS7", "cells", "at", "37", "°", "C", ",", "whereas", "the", "binding", "was", "significantly", "reduced", "at", "4", "°", "C", "during", "incubation", "for", "60", "min", "Dissociation", "of", "TRAF2/WWOX", "complex", "at", "low", "temperature", "leading", "to", "BCD", "suppression", "." ] } ]
PMC10890307
The pH was adjusted to 7.2 or 6.2 using HCl (37% v/v) in both cases.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "pH", "was", "adjusted", "to", "7.2", "or", "6.2", "using", "HCl", "(", "37", "%", "v/v", ")", "in", "both", "cases", "." ] } ]
PMC11265931
Small extracellular vesicles (SEVs) are known to have an impact on the physiological conditions of target cells, are a critical component of cell-to-cell communication, and have been implicated in a variety of diseases.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Small", "extracellular", "vesicles", "(", "SEVs", ")", "are", "known", "to", "have", "an", "impact", "on", "the", "physiological", "conditions", "of", "target", "cells", ",", "are", "a", "critical", "component", "of", "cell-to-cell", "communication", ",", "and", "have", "been", "implicated", "in", "a", "variety", "of", "diseases", "." ] } ]
PMC9429973
Results: Results are not yet available for this trial in progress.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "Results", "are", "not", "yet", "available", "for", "this", "trial", "in", "progress", "." ] } ]
PMC9429973
Competitive bone marrow transplantation using bone marrow from wildling mice that have neonatal microbial colonization, showed no defect in long-term HSC engraftment suggesting uncompromised HSC function.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Competitive", "bone", "marrow", "transplantation", "using", "bone", "marrow", "from", "wildling", "mice", "that", "have", "neonatal", "microbial", "colonization", ",", "showed", "no", "defect", "in", "long-term", "HSC", "engraftment", "suggesting", "uncompromised", "HSC", "function", "." ] } ]
PMC11541241
However, the precise molecular mechanism of autophagy during biotrophic growth remained unclear until they provided new molecular insights into M. oryzae appressorium morphogenesis (Sun et al., 2019).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "the", "precise", "molecular", "mechanism", "of", "autophagy", "during", "biotrophic", "growth", "remained", "unclear", "until", "they", "provided", "new", "molecular", "insights", "into", "M.", "oryzae", "appressorium", "morphogenesis", "(", "Sun", "et", "al.", ",", "2019", ")", "." ] } ]
PMC10958426
We identified 288 DEGs and 85 DEGs between tumor subclones by setting average expression level fold change >1.5 and > 1.8, respectively (Fig. 4A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "identified", "288", "DEGs", "and", "85", "DEGs", "between", "tumor", "subclones", "by", "setting", "average", "expression", "level", "fold", "change", ">", "1.5", "and", ">", "1.8", ",", "respectively", "(", "Fig.", "4A", ")", "." ] } ]
PMC11092382
Zhang et al. used a network pharmacology analysis technique followed by experimental validation and reported that sophocarpine may have potential therapeutic effects on coronavirus disease 2019 (COVID-19) by mediating cytokine release and the nuclear factor NF-κB signaling pathway (Zhang and Zhang, 2022).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Zhang", "et", "al.", "used", "a", "network", "pharmacology", "analysis", "technique", "followed", "by", "experimental", "validation", "and", "reported", "that", "sophocarpine", "may", "have", "potential", "therapeutic", "effects", "on", "coronavirus", "disease", "2019", "(", "COVID-19", ")", "by", "mediating", "cytokine", "release", "and", "the", "nuclear", "factor", "NF-κB", "signaling", "pathway", "(", "Zhang", "and", "Zhang", ",", "2022", ")", "." ] } ]
PMC11680578
Furthermore, the CAM assay substantiated the anti-angiogenic potential of the synergistic treatment of paclitaxel and rosiglitazone.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "the", "CAM", "assay", "substantiated", "the", "anti-angiogenic", "potential", "of", "the", "synergistic", "treatment", "of", "paclitaxel", "and", "rosiglitazone", "." ] } ]
PMC11535726
saprobic on submerged decaying wood in freshwater habitats, 22 August 2021, Rong-ju Xu, SYC-05 (HKAS 135651, paratype), living culture, KUNCC 10499.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "saprobic", "on", "submerged", "decaying", "wood", "in", "freshwater", "habitats", ",", "22", "August", "2021", ",", "Rong-ju", "Xu", ",", "SYC-05", "(", "HKAS", "135651", ",", "paratype", ")", ",", "living", "culture", ",", "KUNCC", "10499", "." ] } ]
PMC9429973
Summary/Conclusion: The identification of MDSCs and their relation with the mutational status suggest a new mechanism of MF pathogenesis, either related to the chronic inflammatory status of patients or as players of the neoangiogenesis that characterizes the disease.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Summary/Conclusion", ":", "The", "identification", "of", "MDSCs", "and", "their", "relation", "with", "the", "mutational", "status", "suggest", "a", "new", "mechanism", "of", "MF", "pathogenesis", ",", "either", "related", "to", "the", "chronic", "inflammatory", "status", "of", "patients", "or", "as", "players", "of", "the", "neoangiogenesis", "that", "characterizes", "the", "disease", "." ] } ]
PMC9429973
Y.-H. Chiang, M. Girotra, M. Charmoy, H. Carrasco Hope, P. Ginefra, F. Schyrr, F. Franco, P.-C. Ho, O. Naveiras, J. Auwerx, W. Held, N. Vannini Department of Oncology, Ludwig Institute for Cancer Research, University of Lausanne; Department of Oncology, University of Lausanne, Epalinges; Laboratory of Regenerative Hematopoiesis, Department of Biomedical Sciences, University of Lausanne; ISREC, School of Life Sciences, Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL); Hematology Service, Department of Oncology, Centre Hospitalier Universitaire Vaudois (CHUV); Laboratory of Integrative and Systems Physiology, Institute of Bioengineering, Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL), Lausanne, Switzerland Background: Hematopoietic stem cells (HSCs) generate all blood lineages and ensure the correct homeostasis between myeloid and lymphoid lineages during the entire life of an organism.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Y.-H.", "Chiang", ",", "M.", "Girotra", ",", "M.", "Charmoy", ",", "H.", "Carrasco", "Hope", ",", "P.", "Ginefra", ",", "F.", "Schyrr", ",", "F.", "Franco", ",", "P.-C.", "Ho", ",", "O.", "Naveiras", ",", "J.", "Auwerx", ",", "W.", "Held", ",", "N.", "Vannini", "Department", "of", "Oncology", ",", "Ludwig", "Institute", "for", "Cancer", "Research", ",", "University", "of", "Lausanne", ";", "Department", "of", "Oncology", ",", "University", "of", "Lausanne", ",", "Epalinges", ";", "Laboratory", "of", "Regenerative", "Hematopoiesis", ",", "Department", "of", "Biomedical", "Sciences", ",", "University", "of", "Lausanne", ";", "ISREC", ",", "School", "of", "Life", "Sciences", ",", "Ecole", "Polytechnique", "Fédérale", "de", "Lausanne", "(", "EPFL", ")", ";", "Hematology", "Service", ",", "Department", "of", "Oncology", ",", "Centre", "Hospitalier", "Universitaire", "Vaudois", "(", "CHUV", ")", ";", "Laboratory", "of", "Integrative", "and", "Systems", "Physiology", ",", "Institute", "of", "Bioengineering", ",", "Ecole", "Polytechnique", "Fédérale", "de", "Lausanne", "(", "EPFL", ")", ",", "Lausanne", ",", "Switzerland", "Background", ":", "Hematopoietic", "stem", "cells", "(", "HSCs", ")", "generate", "all", "blood", "lineages", "and", "ensure", "the", "correct", "homeostasis", "between", "myeloid", "and", "lymphoid", "lineages", "during", "the", "entire", "life", "of", "an", "organism", "." ] } ]
PMC11569208
to a final stock concentration of 2.5µM and stored at -20 °C until use.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "to", "a", "final", "stock", "concentration", "of", "2.5µM", "and", "stored", "at", "-20", "°", "C", "until", "use", "." ] } ]
PMC11138140
The cells were subsequently filtered through a 70 μm cell strainer (258368, Nest Scientific, Woodbridge, NJ, USA) into a 6-well plate for pre-plating.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cells", "were", "subsequently", "filtered", "through", "a", "70", "μm", "cell", "strainer", "(", "258368", ",", "Nest", "Scientific", ",", "Woodbridge", ",", "NJ", ",", "USA", ")", "into", "a", "6-well", "plate", "for", "pre-plating", "." ] } ]
PMC11791203
In this study, various solvents (petroleum ether, chloroform, ethyl acetate, acetone, methanol, and water) were used to extract phytochemicals from H. malabarica and showed that the chloroform extract has compounds with anticancer potential against HT29 cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "various", "solvents", "(", "petroleum", "ether", ",", "chloroform", ",", "ethyl", "acetate", ",", "acetone", ",", "methanol", ",", "and", "water", ")", "were", "used", "to", "extract", "phytochemicals", "from", "H.", "malabarica", "and", "showed", "that", "the", "chloroform", "extract", "has", "compounds", "with", "anticancer", "potential", "against", "HT29", "cells", "." ] } ]
PMC10944868
The multicomponent reaction is catalyzed by N-methylmorpholine (2.5 mol%) to deliver the desired 3-(cyanomethoxy)acrylates in excellent yields (84%–95% for isomer mixtures; 32%–56% for separated isomers) for their biological evaluation (Scheme 1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "multicomponent", "reaction", "is", "catalyzed", "by", "N-methylmorpholine", "(", "2.5", "mol%", ")", "to", "deliver", "the", "desired", "3-(cyanomethoxy)acrylates", "in", "excellent", "yields", "(", "84%–95", "%", "for", "isomer", "mixtures", ";", "32%–56", "%", "for", "separated", "isomers", ")", "for", "their", "biological", "evaluation", "(", "Scheme", "1", ")", "." ] } ]
PMC10898159
4Perspective of KIT in GIST.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "4Perspective", "of", "KIT", "in", "GIST", "." ] } ]
PMC11267830
To confirm that these events are associated with the loss of RBM39 rather than lineage specificity, RNA was extracted from RBM39-knockdown T-ALL cells, and PCR was utilized to confirm the occurrence of similar mis-splicing events (Fig. 6j).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "confirm", "that", "these", "events", "are", "associated", "with", "the", "loss", "of", "RBM39", "rather", "than", "lineage", "specificity", ",", "RNA", "was", "extracted", "from", "RBM39-knockdown", "T-ALL", "cells", ",", "and", "PCR", "was", "utilized", "to", "confirm", "the", "occurrence", "of", "similar", "mis-splicing", "events", "(", "Fig.", "6j", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Some patients need long-term treatment with CsA to maintain this response and durable efficacy is hampered by relapsing aplasia or the development of MDS, AML or PNH.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Some", "patients", "need", "long-term", "treatment", "with", "CsA", "to", "maintain", "this", "response", "and", "durable", "efficacy", "is", "hampered", "by", "relapsing", "aplasia", "or", "the", "development", "of", "MDS", ",", "AML", "or", "PNH", "." ] } ]
PMC11474209
The first cyanobacterial species to be identified as producing MC-LR is Microcystis aeruginosa .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "first", "cyanobacterial", "species", "to", "be", "identified", "as", "producing", "MC-LR", "is", "Microcystis", "aeruginosa", "." ] } ]
PMC11547972
In fact, a maximum of 180 mg of HCN can be released from 500 mg of completely hydrolyzed amygdalin and possibly be lethal for humans.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "fact", ",", "a", "maximum", "of", "180", "mg", "of", "HCN", "can", "be", "released", "from", "500", "mg", "of", "completely", "hydrolyzed", "amygdalin", "and", "possibly", "be", "lethal", "for", "humans", "." ] } ]
PMC9429973
Results: We demonstrated the anti-proliferative effect of omipalisib and gedatolisib on a panel of AML cell lines with different genetic backgrounds.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "We", "demonstrated", "the", "anti-proliferative", "effect", "of", "omipalisib", "and", "gedatolisib", "on", "a", "panel", "of", "AML", "cell", "lines", "with", "different", "genetic", "backgrounds", "." ] } ]
PMC9080589
Then, the effect of PCDH8 on PTC cell proliferation was measured using the MTT assay.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Then", ",", "the", "effect", "of", "PCDH8", "on", "PTC", "cell", "proliferation", "was", "measured", "using", "the", "MTT", "assay", "." ] } ]
PMC8557138
Employing a breast cancer model, Chen et al. demonstrated that the enhanced expression of VEGF and the recruitment of endothelial cells led to the changes in the architecture and polarity loss during the breast cell transformation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Employing", "a", "breast", "cancer", "model", ",", "Chen", "et", "al.", "demonstrated", "that", "the", "enhanced", "expression", "of", "VEGF", "and", "the", "recruitment", "of", "endothelial", "cells", "led", "to", "the", "changes", "in", "the", "architecture", "and", "polarity", "loss", "during", "the", "breast", "cell", "transformation", "." ] } ]
PMC10858941
Then, the solution was incubated for 20 min.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Then", ",", "the", "solution", "was", "incubated", "for", "20", "min", "." ] } ]
PMC8382973
Therefore, the 2P23 gel must not interfere with normal rectovaginal microbiota.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "the", "2P23", "gel", "must", "not", "interfere", "with", "normal", "rectovaginal", "microbiota", "." ] } ]
PMC10808409
Incorporation of FA into polymeric micelles could be another good strategy for the enhancement of FA solubility and efficacy.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Incorporation", "of", "FA", "into", "polymeric", "micelles", "could", "be", "another", "good", "strategy", "for", "the", "enhancement", "of", "FA", "solubility", "and", "efficacy", "." ] } ]
PMC9429973
B. L. Lampson, A. Gupta, S. Tyekucheva, Z. Wang, N. Wojciechowska, C. J. Shaughnessy, P. O. Baker, S. M. Fernandes, A. S. Kim, J. R. Brown Medical Oncology; Data Science, Dana-Farber Cancer Institute; Pathology, Brigham and Women’s Hospital, Boston, United States of America Background: Germline missense variants of unknown significance (VUS) are increasingly identified in cancer-related genes by next generation sequencing.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "B.", "L.", "Lampson", ",", "A.", "Gupta", ",", "S.", "Tyekucheva", ",", "Z.", "Wang", ",", "N.", "Wojciechowska", ",", "C.", "J.", "Shaughnessy", ",", "P.", "O.", "Baker", ",", "S.", "M.", "Fernandes", ",", "A.", "S.", "Kim", ",", "J.", "R.", "Brown", "Medical", "Oncology", ";", "Data", "Science", ",", "Dana-Farber", "Cancer", "Institute", ";", "Pathology", ",", "Brigham", "and", "Women", "’s", "Hospital", ",", "Boston", ",", "United", "States", "of", "America", "Background", ":", "Germline", "missense", "variants", "of", "unknown", "significance", "(", "VUS", ")", "are", "increasingly", "identified", "in", "cancer-related", "genes", "by", "next", "generation", "sequencing", "." ] } ]
PMC6190245
The concurrent use of F. gummosa and radiation increases radiosensitivity and cell death.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "concurrent", "use", "of", "F.", "gummosa", "and", "radiation", "increases", "radiosensitivity", "and", "cell", "death", "." ] } ]
PMC10582049
Increased activity of the JAK-STAT, VEGF, Trail, EGFR, hypoxia, and WNT signaling pathways was observed in both the CTHRC1FAP and FAPACTA2 CAF subpopulations.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Increased", "activity", "of", "the", "JAK-STAT", ",", "VEGF", ",", "Trail", ",", "EGFR", ",", "hypoxia", ",", "and", "WNT", "signaling", "pathways", "was", "observed", "in", "both", "the", "CTHRC1FAP", "and", "FAPACTA2", "CAF", "subpopulations", "." ] } ]
PMC11678841
The effect of alpha-tocopherol (α-TOH; Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA) or garcinoic acid (GA; isolated from Garcinia kola seeds as reported in ) on A-431 cell line viability was evaluated by using the 3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyl-2H-tetrazolium bromide (MTT) colorimetric assay according to the procedure previously published in .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "effect", "of", "alpha-tocopherol", "(", "α-TOH", ";", "Sigma-Aldrich", ",", "St.", "Louis", ",", "MO", ",", "USA", ")", "or", "garcinoic", "acid", "(", "GA", ";", "isolated", "from", "Garcinia", "kola", "seeds", "as", "reported", "in", ")", "on", "A-431", "cell", "line", "viability", "was", "evaluated", "by", "using", "the", "3-(4,5-dimethylthiazol-2-yl)-2,5-diphenyl-2H-tetrazolium", "bromide", "(", "MTT", ")", "colorimetric", "assay", "according", "to", "the", "procedure", "previously", "published", "in", "." ] } ]
PMC11541409
Secondly, spatial conformation in the catalytic center of KIT/PDGFRA mutants can lead to increased affinity for ATP (Km[ATP]) and/or enhanced catalytic velocity (Kcat) [14–16] (Fig. 2B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Secondly", ",", "spatial", "conformation", "in", "the", "catalytic", "center", "of", "KIT/PDGFRA", "mutants", "can", "lead", "to", "increased", "affinity", "for", "ATP", "(", "Km[ATP", "]", ")", "and/or", "enhanced", "catalytic", "velocity", "(", "Kcat", ")", "[", "14–16", "]", "(", "Fig.", "2B", ")", "." ] } ]
PMC11621493
Lamp1, Calnexin, pan-Cadherin, and SDHA were used as marker-proteins for the endo-lysosomal compartment, ER, plasma membrane, and mitochondria, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Lamp1", ",", "Calnexin", ",", "pan-Cadherin", ",", "and", "SDHA", "were", "used", "as", "marker-proteins", "for", "the", "endo-lysosomal", "compartment", ",", "ER", ",", "plasma", "membrane", ",", "and", "mitochondria", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC11291697
Therefore, we considered the proband’s LCL as a reliable biological source for mRNA analysis, although expression changes as compared to the nervous system cannot be completely ruled out.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "we", "considered", "the", "proband", "’s", "LCL", "as", "a", "reliable", "biological", "source", "for", "mRNA", "analysis", ",", "although", "expression", "changes", "as", "compared", "to", "the", "nervous", "system", "can", "not", "be", "completely", "ruled", "out", "." ] } ]
PMC9429973
In contrast, compared with pre-G-CSF mobilization, there was no significant change in RORγt+MAIT (MAIT17), but the increased expression of chemokine receptors (CCR6, CXCR3) after mobilization, which suggested that MAIT17, once activated by specific stimulatory signals, enhanced chemotaxis to inflammation or specific tissues.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", ",", "compared", "with", "pre-G-CSF", "mobilization", ",", "there", "was", "no", "significant", "change", "in", "RORγt+MAIT", "(", "MAIT17", ")", ",", "but", "the", "increased", "expression", "of", "chemokine", "receptors", "(", "CCR6", ",", "CXCR3", ")", "after", "mobilization", ",", "which", "suggested", "that", "MAIT17", ",", "once", "activated", "by", "specific", "stimulatory", "signals", ",", "enhanced", "chemotaxis", "to", "inflammation", "or", "specific", "tissues", "." ] } ]
PMC9429973
Expanded NK cells showed stronger cytotoxicity against HCMV infected fibroblasts and enhanced abilities to inhibit HCMV propagation compared with primary NK cells in vitro (figure 1b).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Expanded", "NK", "cells", "showed", "stronger", "cytotoxicity", "against", "HCMV", "infected", "fibroblasts", "and", "enhanced", "abilities", "to", "inhibit", "HCMV", "propagation", "compared", "with", "primary", "NK", "cells", "in", "vitro", "(", "figure", "1b", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Then, somatic mutations were selected, and MRD quantification was performed in liquid biopsy combining whole blood cells (WBC) and cfDNA.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Then", ",", "somatic", "mutations", "were", "selected", ",", "and", "MRD", "quantification", "was", "performed", "in", "liquid", "biopsy", "combining", "whole", "blood", "cells", "(", "WBC", ")", "and", "cfDNA", "." ] } ]
PMC11546117
Primary cultures of hMECs were purchased by Life Technologies (A10565 Lot.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Primary", "cultures", "of", "hMECs", "were", "purchased", "by", "Life", "Technologies", "(", "A10565", "Lot", "." ] } ]
PMC11361748
Consistent with a role in regulating skin inflammation, PKC has been shown to regulate several types of signaling events involved in the pathogenesis of inflammation, including nitric oxide biosynthesis , inflammatory cytokine and superoxide production , and phospholipase A2 activation —moreover, increased levels of diacylglycerol and of PKCα occur in psoriatic skin.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Consistent", "with", "a", "role", "in", "regulating", "skin", "inflammation", ",", "PKC", "has", "been", "shown", "to", "regulate", "several", "types", "of", "signaling", "events", "involved", "in", "the", "pathogenesis", "of", "inflammation", ",", "including", "nitric", "oxide", "biosynthesis", ",", "inflammatory", "cytokine", "and", "superoxide", "production", ",", "and", "phospholipase", "A2", "activation", "—moreover", ",", "increased", "levels", "of", "diacylglycerol", "and", "of", "PKCα", "occur", "in", "psoriatic", "skin", "." ] } ]
PMC6889484
Vector peYFPip expresses eYFP, and vector pA3G(DK) expresses the intact A3G-D128K fused in frame with P2A and eYFP.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Vector", "peYFPip", "expresses", "eYFP", ",", "and", "vector", "pA3G(DK", ")", "expresses", "the", "intact", "A3G-D128", "K", "fused", "in", "frame", "with", "P2A", "and", "eYFP", "." ] } ]
PMC11451829
According to Džunić et al., lymphocytic infiltration and the presence of plasma cells are histopathological hallmarks of chronic inflammation; these findings were also observed in our pterygium-like lesions at the end of the study.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "According", "to", "Džunić", "et", "al.", ",", "lymphocytic", "infiltration", "and", "the", "presence", "of", "plasma", "cells", "are", "histopathological", "hallmarks", "of", "chronic", "inflammation", ";", "these", "findings", "were", "also", "observed", "in", "our", "pterygium-like", "lesions", "at", "the", "end", "of", "the", "study", "." ] } ]
PMC10907726
Scale bar: 1 mm for B and 500 μm for C. (D) Western blot was employed to measure the expression levels of E-cad, N-cad, MMP-2, Snail and Vimentin in OS cells. *
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Scale", "bar", ":", "1", "mm", "for", "B", "and", "500", "μm", "for", "C.", "(", "D", ")", "Western", "blot", "was", "employed", "to", "measure", "the", "expression", "levels", "of", "E-cad", ",", "N-cad", ",", "MMP-2", ",", "Snail", "and", "Vimentin", "in", "OS", "cells", ".", "*" ] } ]
PMC11767793
To this reflux, 1 mL of aqueous sodium citrate (120 mmol/L) was added and stirred for 30 min.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "this", "reflux", ",", "1", "mL", "of", "aqueous", "sodium", "citrate", "(", "120", "mmol/L", ")", "was", "added", "and", "stirred", "for", "30", "min", "." ] } ]
PMC10631132
Cells were then additionally stained with TRITC-conjugated Phalloidin and DAPI nuclear stain.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "then", "additionally", "stained", "with", "TRITC-conjugated", "Phalloidin", "and", "DAPI", "nuclear", "stain", "." ] } ]
PMC11727062
Curcuma longa, recognized as warm in nature and bitter and pungent in flavor within TCM, is associated with the Spleen and Liver meridians.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Curcuma", "longa", ",", "recognized", "as", "warm", "in", "nature", "and", "bitter", "and", "pungent", "in", "flavor", "within", "TCM", ",", "is", "associated", "with", "the", "Spleen", "and", "Liver", "meridians", "." ] } ]
PMC7171147
N = 3; y-axis, cell death (fold change); error bar, SD; ns not significant; **p < 0.01.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "N", "=", "3", ";", "y-axis", ",", "cell", "death", "(", "fold", "change", ")", ";", "error", "bar", ",", "SD", ";", "ns", "not", "significant", ";", "*", "*", "p", "<", "0.01", "." ] } ]
PMC11544122
This inhibitory effect is consistent with other studies that indicate certain phosphorylation sites on GPCR CTs have an inhibitory effect on β-arrestin binding.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "inhibitory", "effect", "is", "consistent", "with", "other", "studies", "that", "indicate", "certain", "phosphorylation", "sites", "on", "GPCR", "CTs", "have", "an", "inhibitory", "effect", "on", "β-arrestin", "binding", "." ] } ]
PMC9429973
These data show clinically meaningful outcomes for patients with r/r EBVPTLD post-SOT or post-HCT treated with tabelecleucel consistent with previously reported favorable safety and efficacy profile (Prockop, ASH 2021).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "data", "show", "clinically", "meaningful", "outcomes", "for", "patients", "with", "r/r", "EBVPTLD", "post-SOT", "or", "post-HCT", "treated", "with", "tabelecleucel", "consistent", "with", "previously", "reported", "favorable", "safety", "and", "efficacy", "profile", "(", "Prockop", ",", "ASH", "2021", ")", "." ] } ]
PMC10213179
To identify aptamers that selectively bind to recombinant human EphA2 (rhEphA2), an in vitro protein-SELEX procedure (Figure 1A) was performed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "identify", "aptamers", "that", "selectively", "bind", "to", "recombinant", "human", "EphA2", "(", "rhEphA2", ")", ",", "an", "in", "vitro", "protein-SELEX", "procedure", "(", "Figure", "1A", ")", "was", "performed", "." ] } ]
PMC8382973
Equal portions of the 2P23 gel were taken weekly, diluted in complete medium, and incubated at 37°C for 48 h. The antiviral activity was determined as described above.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Equal", "portions", "of", "the", "2P23", "gel", "were", "taken", "weekly", ",", "diluted", "in", "complete", "medium", ",", "and", "incubated", "at", "37", "°", "C", "for", "48", "h.", "The", "antiviral", "activity", "was", "determined", "as", "described", "above", "." ] } ]