OTAR3088/BioData-CellLine_annotated · Datasets at Hugging Face

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PMC9429973	Obtained data were analyzed by SPSS (V 20.0) and Stat disk (V 13.0).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Obtained", "data", "were", "analyzed", "by", "SPSS", "(", "V", "20.0", ")", "and", "Stat", "disk", "(", "V", "13.0", ")", "." ] } ]
PMC11387401	Assay C and D were performed on uninfected and NL4.3 HIV-1 infected SupT1 cells, respectively, with anti-FLAG antibody.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Assay", "C", "and", "D", "were", "performed", "on", "uninfected", "and", "NL4.3", "HIV-1", "infected", "SupT1", "cells", ",", "respectively", ",", "with", "anti-FLAG", "antibody", "." ] } ]
PMC11040965	These molecular variations parallel the clinical progression from MGUS to MM.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "molecular", "variations", "parallel", "the", "clinical", "progression", "from", "MGUS", "to", "MM", "." ] } ]
PMC10976516	We also should make better use of our growing insight into lung cancer biology in which the concept of tumor plasticity is not only a major determining factor for intrinsic lung cancer heterogeneity and changing tumor microenvironment (TME) interactions but also influences treatment response of most if not all lung cancer types.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "also", "should", "make", "better", "use", "of", "our", "growing", "insight", "into", "lung", "cancer", "biology", "in", "which", "the", "concept", "of", "tumor", "plasticity", "is", "not", "only", "a", "major", "determining", "factor", "for", "intrinsic", "lung", "cancer", "heterogeneity", "and", "changing", "tumor", "microenvironment", "(", "TME", ")", "interactions", "but", "also", "influences", "treatment", "response", "of", "most", "if", "not", "all", "lung", "cancer", "types", "." ] } ]
PMC11342785	The corresponding secondary structure prediction of TPPP protein domains is indicated, with α-helical and β-strands structures are shown as pink and yellow blocks, along with the PrDOS-predicted intrinsic disorder of TPPP.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "corresponding", "secondary", "structure", "prediction", "of", "TPPP", "protein", "domains", "is", "indicated", ",", "with", "α-helical", "and", "β-strands", "structures", "are", "shown", "as", "pink", "and", "yellow", "blocks", ",", "along", "with", "the", "PrDOS-predicted", "intrinsic", "disorder", "of", "TPPP", "." ] } ]
PMC11634027	Genomic deletions of conserved sequences within dachsous identified regions of the intracellular domain that contribute to Dachsous activity.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Genomic", "deletions", "of", "conserved", "sequences", "within", "dachsous", "identified", "regions", "of", "the", "intracellular", "domain", "that", "contribute", "to", "Dachsous", "activity", "." ] } ]
PMC11750696	However, if the stress is not effectively managed, the UPR can initiate apoptotic pathways, underscoring its dual role in both sustaining and terminating cell life ( Figure 1 ).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "if", "the", "stress", "is", "not", "effectively", "managed", ",", "the", "UPR", "can", "initiate", "apoptotic", "pathways", ",", "underscoring", "its", "dual", "role", "in", "both", "sustaining", "and", "terminating", "cell", "life", "(", "Figure", "1", ")", "." ] } ]
PMC11400680	Different studies in literature have proposed various methods for the segmentation of cells from unstained microscopic images.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Different", "studies", "in", "literature", "have", "proposed", "various", "methods", "for", "the", "segmentation", "of", "cells", "from", "unstained", "microscopic", "images", "." ] } ]
PMC11320084	To understand whether TNNT1 expression changes are involved in human LC, we first analyzed TNNT1 mRNA expression data in 483 lung adenocarcinoma (LUAD) and 486 lung squamous cell carcinoma (LUSC) tumor samples and corresponding normal tissue samples from the online GEPIA database.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "understand", "whether", "TNNT1", "expression", "changes", "are", "involved", "in", "human", "LC", ",", "we", "first", "analyzed", "TNNT1", "mRNA", "expression", "data", "in", "483", "lung", "adenocarcinoma", "(", "LUAD", ")", "and", "486", "lung", "squamous", "cell", "carcinoma", "(", "LUSC", ")", "tumor", "samples", "and", "corresponding", "normal", "tissue", "samples", "from", "the", "online", "GEPIA", "database", "." ] } ]
PMC11483468	After 4 h incubation, the culture supernatant was carefully discarded.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "4", "h", "incubation", ",", "the", "culture", "supernatant", "was", "carefully", "discarded", "." ] } ]
PMC11676670	Cells were seeded into a 4-well insert dish (Ibidi, Gräfelfing, Germany), and upon reaching confluence, the insert was removed to create a wound in the center of the monolayer.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "seeded", "into", "a", "4-well", "insert", "dish", "(", "Ibidi", ",", "Gräfelfing", ",", "Germany", ")", ",", "and", "upon", "reaching", "confluence", ",", "the", "insert", "was", "removed", "to", "create", "a", "wound", "in", "the", "center", "of", "the", "monolayer", "." ] } ]
PMC11352746	For example, in Korecka et al., 2019, researchers used hiPSCs transfected with the LRRK2 G2019S mutation to study the effects of ER calcium control in Parkinson’s disease .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "example", ",", "in", "Korecka", "et", "al.", ",", "2019", ",", "researchers", "used", "hiPSCs", "transfected", "with", "the", "LRRK2", "G2019S", "mutation", "to", "study", "the", "effects", "of", "ER", "calcium", "control", "in", "Parkinson", "’s", "disease", "." ] } ]
PMC6442998	GIST882 and GIST48 were treated with verteporfin (0 to 30μM) for 24h, 48h and 72h.	[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "GIST882", "and", "GIST48", "were", "treated", "with", "verteporfin", "(", "0", "to", "30μM", ")", "for", "24h", ",", "48h", "and", "72h", "." ] } ]
PMC10968586	These findings were confirmed in a study using an HT-rich natural extract of the olive pulp as a source of HT .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "findings", "were", "confirmed", "in", "a", "study", "using", "an", "HT-rich", "natural", "extract", "of", "the", "olive", "pulp", "as", "a", "source", "of", "HT", "." ] } ]
PMC11401350	F Six days post-transduction T cells were surface stained for CD8 and hCD34 followed by intracellular staining for INFγ, perforin and granzyme B and analyzed by FACS.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "F", "Six", "days", "post-transduction", "T", "cells", "were", "surface", "stained", "for", "CD8", "and", "hCD34", "followed", "by", "intracellular", "staining", "for", "INFγ", ",", "perforin", "and", "granzyme", "B", "and", "analyzed", "by", "FACS", "." ] } ]
PMC9822769	At treatment time zero, 100 μL of the medium was taken from each sample to verify the extracellular Pt concentration.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "At", "treatment", "time", "zero", ",", "100", "μL", "of", "the", "medium", "was", "taken", "from", "each", "sample", "to", "verify", "the", "extracellular", "Pt", "concentration", "." ] } ]
PMC11012313	Further studies demonstrate that LMP2A does not increase HIF-1α levels by increasing HIF-1α RNA or STAT3 activation.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Further", "studies", "demonstrate", "that", "LMP2A", "does", "not", "increase", "HIF-1α", "levels", "by", "increasing", "HIF-1α", "RNA", "or", "STAT3", "activation", "." ] } ]
PMC10079526	Average BLI signal per group (n = 7) for the times when all mice were present in the experiment.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Average", "BLI", "signal", "per", "group", "(", "n", "=", "7", ")", "for", "the", "times", "when", "all", "mice", "were", "present", "in", "the", "experiment", "." ] } ]
PMC11476222	This manual inspection was critical for the later development of automated quantitation parameters.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "manual", "inspection", "was", "critical", "for", "the", "later", "development", "of", "automated", "quantitation", "parameters", "." ] } ]
PMC11486946	Source data are provided as a Source Data file.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Source", "data", "are", "provided", "as", "a", "Source", "Data", "file", "." ] } ]
PMC11301242	Subsequently, we compared the ATAC-seq peaks within locus overlapping with circular amplification regions between circular and non-circular samples.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Subsequently", ",", "we", "compared", "the", "ATAC-seq", "peaks", "within", "locus", "overlapping", "with", "circular", "amplification", "regions", "between", "circular", "and", "non-circular", "samples", "." ] } ]
PMC11047729	This mechanism shows its effectiveness in numbers—95% of patients experience complete remission with just ATRA and chemotherapy .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "mechanism", "shows", "its", "effectiveness", "in", "numbers—95", "%", "of", "patients", "experience", "complete", "remission", "with", "just", "ATRA", "and", "chemotherapy", "." ] } ]
PMC9952933	The CAP treatment was performed with the clinically approved kINPen MED.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "CAP", "treatment", "was", "performed", "with", "the", "clinically", "approved", "kINPen", "MED", "." ] } ]
PMC4270159	0.001 µM–10 µM sunitinib + no ligand.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "0.001", "µM–10", "µM", "sunitinib", "+", "no", "ligand", "." ] } ]
PMC11718109	For days 11–20, complete NB/B27 medium was added to cells, with the addition of 4 μM CHIR99021 on days 11 and 12 only.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "days", "11–20", ",", "complete", "NB/B27", "medium", "was", "added", "to", "cells", ",", "with", "the", "addition", "of", "4", "μM", "CHIR99021", "on", "days", "11", "and", "12", "only", "." ] } ]
PMC11750696	Endoplasmic reticulum (ER) stress and the unfolded protein response (UPR) are integral to T cell biology, influencing immune responses and associated diseases.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Endoplasmic", "reticulum", "(", "ER", ")", "stress", "and", "the", "unfolded", "protein", "response", "(", "UPR", ")", "are", "integral", "to", "T", "cell", "biology", ",", "influencing", "immune", "responses", "and", "associated", "diseases", "." ] } ]
PMC7057940	The primers used to amplify these genes were: EWS forward, 5′-CAGCCTCCCACTAGTTACCC-3′ and reverse, 5′-GTTCTCTCCTGGTCCGGAAA-3′; FLI1 forward, 5′-AATACAACCTCCACACCGA-3′ and reverse, 5′-CTTACTGATCGTTTGTGCCCC-3′; and FLI1-EWS forward, 5′-GTGCTGTTGTCACACCTCAG-3′ and reverse, 5′-GTTCTCTCCTGGTCCGGAAA-3′ (22).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "primers", "used", "to", "amplify", "these", "genes", "were", ":", "EWS", "forward", ",", "5′-CAGCCTCCCACTAGTTACCC-3′", "and", "reverse", ",", "5′-GTTCTCTCCTGGTCCGGAAA-3′", ";", "FLI1", "forward", ",", "5′-AATACAACCTCCACACCGA-3′", "and", "reverse", ",", "5′-CTTACTGATCGTTTGTGCCCC-3′", ";", "and", "FLI1-EWS", "forward", ",", "5′-GTGCTGTTGTCACACCTCAG-3′", "and", "reverse", ",", "5′-GTTCTCTCCTGGTCCGGAAA-3′", "(", "22", ")", "." ] } ]
PMC11401358	Samples were diluted to approximately 750 μg/mL (for SF) and 40 μg/mL (for peptide) to obtain the optimal feature densities on the substrate for topography imaging.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Samples", "were", "diluted", "to", "approximately", "750", "μg/mL", "(", "for", "SF", ")", "and", "40", "μg/mL", "(", "for", "peptide", ")", "to", "obtain", "the", "optimal", "feature", "densities", "on", "the", "substrate", "for", "topography", "imaging", "." ] } ]
PMC10587429	Select for luciferase positive cells using appropriate antibiotics (300 μg/mL neomycin).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Select", "for", "luciferase", "positive", "cells", "using", "appropriate", "antibiotics", "(", "300", "μg/mL", "neomycin", ")", "." ] } ]
PMC9429973	Moreover, WES identified a subset of shared myeloid drivers across the spectrum of BPDCN, AML and CMML.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "WES", "identified", "a", "subset", "of", "shared", "myeloid", "drivers", "across", "the", "spectrum", "of", "BPDCN", ",", "AML", "and", "CMML", "." ] } ]
PMC11544122	For example, some GPCRs, such as the protease-activated receptor 1 (PAR1), require direct binding to AP2 for internalization, not β-arrestins.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "example", ",", "some", "GPCRs", ",", "such", "as", "the", "protease-activated", "receptor", "1", "(", "PAR1", ")", ",", "require", "direct", "binding", "to", "AP2", "for", "internalization", ",", "not", "β-arrestins", "." ] } ]
PMC11012012	Elotuzumab also enhanced the survival of PEL-bearing immunodeficient mice with the adoptive transfer of human NK cells .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Elotuzumab", "also", "enhanced", "the", "survival", "of", "PEL-bearing", "immunodeficient", "mice", "with", "the", "adoptive", "transfer", "of", "human", "NK", "cells", "." ] } ]
PMC11568601	Cell lysates were scraped into EP tubes and centrifuged at 12,000 rpm for 20 min at 4 ℃.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "lysates", "were", "scraped", "into", "EP", "tubes", "and", "centrifuged", "at", "12,000", "rpm", "for", "20", "min", "at", "4", "℃", "." ] } ]
PMC11216402	For every single cell, the average expression over the top 100 genes (fibroblast or stomach) was calculated, and the boxplot (Fig. 5D,E) was drawn based on the single-cell clusters, where clusters 2 and 5 were combined as they were both similarly correlated with the same group of GC cell lines.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "every", "single", "cell", ",", "the", "average", "expression", "over", "the", "top", "100", "genes", "(", "fibroblast", "or", "stomach", ")", "was", "calculated", ",", "and", "the", "boxplot", "(", "Fig.", "5D", ",", "E", ")", "was", "drawn", "based", "on", "the", "single-cell", "clusters", ",", "where", "clusters", "2", "and", "5", "were", "combined", "as", "they", "were", "both", "similarly", "correlated", "with", "the", "same", "group", "of", "GC", "cell", "lines", "." ] } ]
PMC11095939	The role of Mecp2 in quiescence exit and tissue regeneration and the underlying mechanisms have not been reported to the best of our knowledge.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "role", "of", "Mecp2", "in", "quiescence", "exit", "and", "tissue", "regeneration", "and", "the", "underlying", "mechanisms", "have", "not", "been", "reported", "to", "the", "best", "of", "our", "knowledge", "." ] } ]
PMC11089031	Briefly, 1 μg total RNA and 1 nmol random hexamers primers were mixed and incubated at 65 ℃ for 5 min.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Briefly", ",", "1", "μg", "total", "RNA", "and", "1", "nmol", "random", "hexamers", "primers", "were", "mixed", "and", "incubated", "at", "65", "℃", "for", "5", "min", "." ] } ]
PMC11703992	The CD8 + Naive T cells is mainly in the initial differentiation level, as well as the CD8 + effector T cells is mainly in the terminal differentiation level.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "CD8", "+", "Naive", "T", "cells", "is", "mainly", "in", "the", "initial", "differentiation", "level", ",", "as", "well", "as", "the", "CD8", "+", "effector", "T", "cells", "is", "mainly", "in", "the", "terminal", "differentiation", "level", "." ] } ]
PMC9878278	A nontargeting siRNA was used as a negative control in every experiment (cat: 4404020).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "nontargeting", "siRNA", "was", "used", "as", "a", "negative", "control", "in", "every", "experiment", "(", "cat", ":", "4404020", ")", "." ] } ]
PMC11352666	A673 cells were cultured overnight in complete growth medium at a density of 300 cells/well in a 24-well plate and then treated with the indicated concentrations of MRX-2843 or an equivalent volume of DMSO control for 6–8 days.	[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A673", "cells", "were", "cultured", "overnight", "in", "complete", "growth", "medium", "at", "a", "density", "of", "300", "cells/well", "in", "a", "24-well", "plate", "and", "then", "treated", "with", "the", "indicated", "concentrations", "of", "MRX-2843", "or", "an", "equivalent", "volume", "of", "DMSO", "control", "for", "6–8", "days", "." ] } ]
PMC11406030	In this group, 75% of patients died of ovarian cancer within the first 5 years after diagnosis.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "group", ",", "75", "%", "of", "patients", "died", "of", "ovarian", "cancer", "within", "the", "first", "5", "years", "after", "diagnosis", "." ] } ]
PMC9429973	Coherently, SREBP1 is known to activate ABCG1 transcription (Ecker et al, Biochem Biophys Res Commun, 2007, 352(3): 805-11).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Coherently", ",", "SREBP1", "is", "known", "to", "activate", "ABCG1", "transcription", "(", "Ecker", "et", "al", ",", "Biochem", "Biophys", "Res", "Commun", ",", "2007", ",", "352(3", "):", "805", "-", "11", ")", "." ] } ]
PMC11772585	I EdU staining assay was used to assess cell proliferation (n = 3).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "I", "EdU", "staining", "assay", "was", "used", "to", "assess", "cell", "proliferation", "(", "n", "=", "3", ")", "." ] } ]
PMC11075223	Therefore, this article intend to systematically review the botanical characterization, chemical composition, pharmacological action, the traditional uses, quality control, clinical study together with toxicity of the official Cimicifugae Rhizoma species in ChP, which provides a good reference for the subsequent development of Cimicifugae Rhizoma and related products in the future.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "this", "article", "intend", "to", "systematically", "review", "the", "botanical", "characterization", ",", "chemical", "composition", ",", "pharmacological", "action", ",", "the", "traditional", "uses", ",", "quality", "control", ",", "clinical", "study", "together", "with", "toxicity", "of", "the", "official", "Cimicifugae", "Rhizoma", "species", "in", "ChP", ",", "which", "provides", "a", "good", "reference", "for", "the", "subsequent", "development", "of", "Cimicifugae", "Rhizoma", "and", "related", "products", "in", "the", "future", "." ] } ]
PMC2777936	The other Wnt receptors Ryk and Ror2 can signal through Src and JNK intermediates, respectively .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "other", "Wnt", "receptors", "Ryk", "and", "Ror2", "can", "signal", "through", "Src", "and", "JNK", "intermediates", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC9509578	These results revealed the enhanced intracellular accumulation of paclitaxel in cells and also indicated increased pro-apoptotic protein expressions of caspase 3, caspase 9, p53 and Bax .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "results", "revealed", "the", "enhanced", "intracellular", "accumulation", "of", "paclitaxel", "in", "cells", "and", "also", "indicated", "increased", "pro-apoptotic", "protein", "expressions", "of", "caspase", "3", ",", "caspase", "9", ",", "p53", "and", "Bax", "." ] } ]
PMC11515150	Membrane-proximal region of antigen molecule may be responsible for special ability to cause stronger antitumor immunity, which had been applied to anti-CD22 CAR-T targeting the most proximal Ig domain (d7) and anti-Mesothelin CAR-T targeting region III , as well as HIV vaccine design .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Membrane-proximal", "region", "of", "antigen", "molecule", "may", "be", "responsible", "for", "special", "ability", "to", "cause", "stronger", "antitumor", "immunity", ",", "which", "had", "been", "applied", "to", "anti-CD22", "CAR-T", "targeting", "the", "most", "proximal", "Ig", "domain", "(", "d7", ")", "and", "anti-Mesothelin", "CAR-T", "targeting", "region", "III", ",", "as", "well", "as", "HIV", "vaccine", "design", "." ] } ]
PMC11687663	A medium sharp absorption peak was observed at 2362 cm indicates the presence of C≡N group.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "medium", "sharp", "absorption", "peak", "was", "observed", "at", "2362", "cm", "indicates", "the", "presence", "of", "C≡N", "group", "." ] } ]
PMC11397654	After treatment with a 10 µM solution of 44, MMP-2 and MMP-9 expression was reduced in both pancreatic cancer cell lines, indicating that calixarene is able to reduce MMP activity but only at high concentrations that may make it not viable for human treatment.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "treatment", "with", "a", "10", "µM", "solution", "of", "44", ",", "MMP-2", "and", "MMP-9", "expression", "was", "reduced", "in", "both", "pancreatic", "cancer", "cell", "lines", ",", "indicating", "that", "calixarene", "is", "able", "to", "reduce", "MMP", "activity", "but", "only", "at", "high", "concentrations", "that", "may", "make", "it", "not", "viable", "for", "human", "treatment", "." ] } ]
PMC11228511	The total numbers of cells examined in three independent experiments (circles) are shown in parentheses.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "total", "numbers", "of", "cells", "examined", "in", "three", "independent", "experiments", "(", "circles", ")", "are", "shown", "in", "parentheses", "." ] } ]
PMC9776316	A 1 μg amount of total RNA was reverse transcribed to cDNA.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "1", "μg", "amount", "of", "total", "RNA", "was", "reverse", "transcribed", "to", "cDNA", "." ] } ]
PMC9429973	Aims: To further extend the experience with NGS-based MRD assessment, we prospectively collected samples to explore prognostic implications of MRD as detected by NGS at CR/CRi in the context of a randomized, placebo-controlled phase 3 study (UNIFY; NCT03512197), investigating midostaurin added to conventional 7 + 3 based chemotherapy in FLT3wt pts.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "To", "further", "extend", "the", "experience", "with", "NGS-based", "MRD", "assessment", ",", "we", "prospectively", "collected", "samples", "to", "explore", "prognostic", "implications", "of", "MRD", "as", "detected", "by", "NGS", "at", "CR/CRi", "in", "the", "context", "of", "a", "randomized", ",", "placebo-controlled", "phase", "3", "study", "(", "UNIFY", ";", "NCT03512197", ")", ",", "investigating", "midostaurin", "added", "to", "conventional", "7", "+", "3", "based", "chemotherapy", "in", "FLT3wt", "pts", "." ] } ]
PMC9398137	Thus, pharmacologic targeting of both, MCL1 and BCL2 proteins might represent an effective treatment strategy to overcome BCL2-induced resistance in aggressive B-NHL.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "pharmacologic", "targeting", "of", "both", ",", "MCL1", "and", "BCL2", "proteins", "might", "represent", "an", "effective", "treatment", "strategy", "to", "overcome", "BCL2-induced", "resistance", "in", "aggressive", "B-NHL", "." ] } ]
PMC11380454	This unique mechanism of action affords the compounds relative specificity since these adjacent thiols do not necessarily provide redox-sensitive sites for the regulation of other integrins.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "unique", "mechanism", "of", "action", "affords", "the", "compounds", "relative", "specificity", "since", "these", "adjacent", "thiols", "do", "not", "necessarily", "provide", "redox-sensitive", "sites", "for", "the", "regulation", "of", "other", "integrins", "." ] } ]
PMC11470999	In this study, through a drug repositioning strategy and screening of various antipsychotics capable of penetrating the BBB, we identified PF as a potential drug of treating melanoma growth and metastasis, including brain metastases, by targeting CIP2A.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "through", "a", "drug", "repositioning", "strategy", "and", "screening", "of", "various", "antipsychotics", "capable", "of", "penetrating", "the", "BBB", ",", "we", "identified", "PF", "as", "a", "potential", "drug", "of", "treating", "melanoma", "growth", "and", "metastasis", ",", "including", "brain", "metastases", ",", "by", "targeting", "CIP2A", "." ] } ]
PMC11244823	Both the cellular fraction and the supernatant were sonicated for two cycles at 60% amplitude, 5s on/5s off for 25s at 4°C (Q800R3 Sonicator, QSonica Sonicators, Newton, CT, USA).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Both", "the", "cellular", "fraction", "and", "the", "supernatant", "were", "sonicated", "for", "two", "cycles", "at", "60", "%", "amplitude", ",", "5s", "on/5s", "off", "for", "25s", "at", "4", "°", "C", "(", "Q800R3", "Sonicator", ",", "QSonica", "Sonicators", ",", "Newton", ",", "CT", ",", "USA", ")", "." ] } ]
PMC11592008	Alternatively, another enzyme may be responsible for cleaving GSDMD in SVTERT cells.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Alternatively", ",", "another", "enzyme", "may", "be", "responsible", "for", "cleaving", "GSDMD", "in", "SVTERT", "cells", "." ] } ]
PMC11345828	Compound 26 was found to be a moderate inhibitor of CYP3A4 (1.8 μM) and CYP2C8 (2.1 μM) and have moderate time dependent inhibition of CYP3A4 (67% function remaining following incubation).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Compound", "26", "was", "found", "to", "be", "a", "moderate", "inhibitor", "of", "CYP3A4", "(", "1.8", "μM", ")", "and", "CYP2C8", "(", "2.1", "μM", ")", "and", "have", "moderate", "time", "dependent", "inhibition", "of", "CYP3A4", "(", "67", "%", "function", "remaining", "following", "incubation", ")", "." ] } ]
PMC11604015	Our group reported a new strategy combining CD7 CAR-T cell therapy and sequential haploidentical HSCT without GvHD prophylaxis, providing an alternative approach for patients with CD7-positive malignancies who are ineligible for conventional allogeneic HSCT.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "group", "reported", "a", "new", "strategy", "combining", "CD7", "CAR-T", "cell", "therapy", "and", "sequential", "haploidentical", "HSCT", "without", "GvHD", "prophylaxis", ",", "providing", "an", "alternative", "approach", "for", "patients", "with", "CD7-positive", "malignancies", "who", "are", "ineligible", "for", "conventional", "allogeneic", "HSCT", "." ] } ]
PMC11343332	Under AO/EtBr staining, treated cells show chromatin condensation and nuclear fragmentation.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Under", "AO/EtBr", "staining", ",", "treated", "cells", "show", "chromatin", "condensation", "and", "nuclear", "fragmentation", "." ] } ]
PMC11653552	Mesenchymal stem cells (MSCs) from Vk*Che-1 mice showed elevated miR-590-3p and reduced TAZ levels, indicating a potential interaction between these molecules in MM.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mesenchymal", "stem", "cells", "(", "MSCs", ")", "from", "Vk*Che-1", "mice", "showed", "elevated", "miR-590", "-", "3p", "and", "reduced", "TAZ", "levels", ",", "indicating", "a", "potential", "interaction", "between", "these", "molecules", "in", "MM", "." ] } ]
PMC9065483	CRL-1932), CT26WT (murine colon carcinoma, cat.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CRL-1932", ")", ",", "CT26WT", "(", "murine", "colon", "carcinoma", ",", "cat", "." ] } ]
PMC11585565	The plasmid constructs pCMV-FLAG-CNNM4-WT, -Gly492Cys, -Gly492Asp, and -Thr495Ile were ectopically overexpressed in a HEK293 cell line (Fig. 2a).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "plasmid", "constructs", "pCMV-FLAG-CNNM4-WT", ",", "-Gly492Cys", ",", "-Gly492Asp", ",", "and", "-Thr495Ile", "were", "ectopically", "overexpressed", "in", "a", "HEK293", "cell", "line", "(", "Fig.", "2a", ")", "." ] } ]
PMC11767793	Controls are also included to demonstrate the correct assay performance and facilitate reproducibility, and are critical for data comparisons between testing laboratories .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Controls", "are", "also", "included", "to", "demonstrate", "the", "correct", "assay", "performance", "and", "facilitate", "reproducibility", ",", "and", "are", "critical", "for", "data", "comparisons", "between", "testing", "laboratories", "." ] } ]
PMC4485786	Upper lane: Cytokine-treated A204 cancer cells are senescent (black arrow: bluish-gray staining) and multinucleate (white arrows, DAPI staining).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Upper", "lane", ":", "Cytokine-treated", "A204", "cancer", "cells", "are", "senescent", "(", "black", "arrow", ":", "bluish-gray", "staining", ")", "and", "multinucleate", "(", "white", "arrows", ",", "DAPI", "staining", ")", "." ] } ]
PMC10820104	Column chromatography included various stationary phases such as Sephadex LH-20 (0.25–0.1 mm mesh size, Merck) and Merck MN silica gel 60 M (0.04–0.063 mm mesh size).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Column", "chromatography", "included", "various", "stationary", "phases", "such", "as", "Sephadex", "LH-20", "(", "0.25–0.1", "mm", "mesh", "size", ",", "Merck", ")", "and", "Merck", "MN", "silica", "gel", "60", "M", "(", "0.04–0.063", "mm", "mesh", "size", ")", "." ] } ]
PMC6617630	However, BCL6 mRNA expression was equally suppressed by BETi in LY1 and Val cell lines (Fig. 4a, b).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "BCL6", "mRNA", "expression", "was", "equally", "suppressed", "by", "BETi", "in", "LY1", "and", "Val", "cell", "lines", "(", "Fig.", "4a", ",", "b", ")", "." ] } ]
PMC11087766	However, infected cells expressing the PicA targeting guide only exhibited a maturing phage nucleus 15% of the time.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "infected", "cells", "expressing", "the", "PicA", "targeting", "guide", "only", "exhibited", "a", "maturing", "phage", "nucleus", "15", "%", "of", "the", "time", "." ] } ]
PMC11529598	Fig. 2miR-3154 promotes glioblastoma cells proliferation.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "2miR-3154", "promotes", "glioblastoma", "cells", "proliferation", "." ] } ]
PMC9592219	Molecular docking showed that two TOP2A inhibitors, teniposide and etoposide, did not show high binding power, whereas refametinib (high extra precision) and dabrafenib (high standard precision) showed stronger binding power and effect on TOP2A (Table 1, Figure 8).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Molecular", "docking", "showed", "that", "two", "TOP2A", "inhibitors", ",", "teniposide", "and", "etoposide", ",", "did", "not", "show", "high", "binding", "power", ",", "whereas", "refametinib", "(", "high", "extra", "precision", ")", "and", "dabrafenib", "(", "high", "standard", "precision", ")", "showed", "stronger", "binding", "power", "and", "effect", "on", "TOP2A", "(", "Table", "1", ",", "Figure", "8)", "." ] } ]
PMC11805741	The novelty of exploring Paracoccus sp. EGY7 carotenoids on TNBC, an aggressive cancer subtype with limited treatment options, adds valuable knowledge to the field.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "novelty", "of", "exploring", "Paracoccus", "sp.", "EGY7", "carotenoids", "on", "TNBC", ",", "an", "aggressive", "cancer", "subtype", "with", "limited", "treatment", "options", ",", "adds", "valuable", "knowledge", "to", "the", "field", "." ] } ]
PMC11790599	This suggests that most of the cell death induced by TSL is caspase-independent, and the minor apoptotic response may be a compensatory stress reaction.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "suggests", "that", "most", "of", "the", "cell", "death", "induced", "by", "TSL", "is", "caspase-independent", ",", "and", "the", "minor", "apoptotic", "response", "may", "be", "a", "compensatory", "stress", "reaction", "." ] } ]
PMC9429973	GAPDH was used as a loading control.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "GAPDH", "was", "used", "as", "a", "loading", "control", "." ] } ]
PMC11546117	The hypothesis was that the epithelial cells form the main barrier for medicines between the blood and human milk.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "hypothesis", "was", "that", "the", "epithelial", "cells", "form", "the", "main", "barrier", "for", "medicines", "between", "the", "blood", "and", "human", "milk", "." ] } ]
PMC10218459	The number of living cells was determined after 4 h, 24 h, 48 h, 72 h, 96 h, and 120 h. The cytostatic treatment of cell line A673 showed an antiproliferative effect with all cytostatics.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "number", "of", "living", "cells", "was", "determined", "after", "4", "h", ",", "24", "h", ",", "48", "h", ",", "72", "h", ",", "96", "h", ",", "and", "120", "h.", "The", "cytostatic", "treatment", "of", "cell", "line", "A673", "showed", "an", "antiproliferative", "effect", "with", "all", "cytostatics", "." ] } ]
PMC9739791	Diazido-Pt(IV) complexes were suggested as a more efficient alternative .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Diazido-Pt(IV", ")", "complexes", "were", "suggested", "as", "a", "more", "efficient", "alternative", "." ] } ]
PMC11144200	We also examined the effector cells’ ability to survive in mice.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "also", "examined", "the", "effector", "cells", "’", "ability", "to", "survive", "in", "mice", "." ] } ]
PMC11725127	However, WP1130, the inhibitor of USP9X and USP24, could not reduce the KRAS protein level in MM cells, indicating that USP9X and USP24 are not the DUBs for KRAS (Fig. S7C).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "WP1130", ",", "the", "inhibitor", "of", "USP9X", "and", "USP24", ",", "could", "not", "reduce", "the", "KRAS", "protein", "level", "in", "MM", "cells", ",", "indicating", "that", "USP9X", "and", "USP24", "are", "not", "the", "DUBs", "for", "KRAS", "(", "Fig.", "S7C", ")", "." ] } ]
PMC10006224	Upon arrival to CTCF sites, cohesin becomes resistant to WAPL-mediated unloading.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Upon", "arrival", "to", "CTCF", "sites", ",", "cohesin", "becomes", "resistant", "to", "WAPL-mediated", "unloading", "." ] } ]
PMC10788478	The HBEC3 cell line was maintained in keratinocyte‐SFM medium (Invitrogen) containing bovine pituitary extract (50 μg/mL) and epidermal growth factor (EGF; 5 ng/mL).	[ { "tags": [ "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "HBEC3", "cell", "line", "was", "maintained", "in", "keratinocyte‐SFM", "medium", "(", "Invitrogen", ")", "containing", "bovine", "pituitary", "extract", "(", "50", "μg/mL", ")", "and", "epidermal", "growth", "factor", "(", "EGF", ";", "5", "ng/mL", ")", "." ] } ]
PMC9220170	It was originally identified as an autocrine tumor motility factor receptor that promotes invasion and metastasis of tumors.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "was", "originally", "identified", "as", "an", "autocrine", "tumor", "motility", "factor", "receptor", "that", "promotes", "invasion", "and", "metastasis", "of", "tumors", "." ] } ]
PMC11705067	To further investigate the effect of DNA methylation status of FDX1 and DLAT on ccRCC, MEXPRESS visualized expression, DNA methylation, and clinical parameters according to TCGA data20.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "further", "investigate", "the", "effect", "of", "DNA", "methylation", "status", "of", "FDX1", "and", "DLAT", "on", "ccRCC", ",", "MEXPRESS", "visualized", "expression", ",", "DNA", "methylation", ",", "and", "clinical", "parameters", "according", "to", "TCGA", "data20", "." ] } ]
PMC11438317	Jurkat T cells were grown in RPMI-1640 medium supplemented with 10% fetal bovine serum, 2 mM L-glutamine, 100 units·mL penicillin G, and 100 μg·mL streptomycin.	[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Jurkat", "T", "cells", "were", "grown", "in", "RPMI-1640", "medium", "supplemented", "with", "10", "%", "fetal", "bovine", "serum", ",", "2", "mM", "L-glutamine", ",", "100", "units·mL", "penicillin", "G", ",", "and", "100", "μg·mL", "streptomycin", "." ] } ]
PMC7057940	A previous study indicated a probable contribution in the activation of the EWS-FLI1 gene by the covalent histone modifications evaluated in this study (25).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "previous", "study", "indicated", "a", "probable", "contribution", "in", "the", "activation", "of", "the", "EWS-FLI1", "gene", "by", "the", "covalent", "histone", "modifications", "evaluated", "in", "this", "study", "(", "25", ")", "." ] } ]
PMC9429973	Dose modifications were assessed in 64 pts (2 deaths & one lost to follow up).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Dose", "modifications", "were", "assessed", "in", "64", "pts", "(", "2", "deaths", "&", "one", "lost", "to", "follow", "up", ")", "." ] } ]
PMC11357960	Subsequently, we analyzed the data of lymphocyte subsets from 90 patients who underwent peripheral lymphocyte subset analysis.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Subsequently", ",", "we", "analyzed", "the", "data", "of", "lymphocyte", "subsets", "from", "90", "patients", "who", "underwent", "peripheral", "lymphocyte", "subset", "analysis", "." ] } ]
PMC11583690	Moreover, the prostate cancer cell line, VcAP, was used to evaluate the cancer cell cytotoxicity of MSN@DTX, BPMO@DTX, and free DTX.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "the", "prostate", "cancer", "cell", "line", ",", "VcAP", ",", "was", "used", "to", "evaluate", "the", "cancer", "cell", "cytotoxicity", "of", "MSN@DTX", ",", "BPMO@DTX", ",", "and", "free", "DTX", "." ] } ]
PMC6379402	For each clustering, the bars show the percentage of the reactome pathway (RP) annotated genes having at least one annotation that is enriched in the clusters.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "each", "clustering", ",", "the", "bars", "show", "the", "percentage", "of", "the", "reactome", "pathway", "(", "RP", ")", "annotated", "genes", "having", "at", "least", "one", "annotation", "that", "is", "enriched", "in", "the", "clusters", "." ] } ]
PMC11604015	Moreover, recombinant antibodies and the TET-OFF expression system can also be beneficial in avoiding fratricide during the manufacturing of pan-T targeted CAR-T cells.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "recombinant", "antibodies", "and", "the", "TET-OFF", "expression", "system", "can", "also", "be", "beneficial", "in", "avoiding", "fratricide", "during", "the", "manufacturing", "of", "pan-T", "targeted", "CAR-T", "cells", "." ] } ]
PMC11754291	The lysates were then subjected to sonication (450 Digital Sonifier, Branson, Brookfield, CT, United States) at 20% amplitude for 15 s to break cell membranes and shear DNA, repeated for a second cycle, and centrifuged at 13,000 g for 10 min at 4°C.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "lysates", "were", "then", "subjected", "to", "sonication", "(", "450", "Digital", "Sonifier", ",", "Branson", ",", "Brookfield", ",", "CT", ",", "United", "States", ")", "at", "20", "%", "amplitude", "for", "15", "s", "to", "break", "cell", "membranes", "and", "shear", "DNA", ",", "repeated", "for", "a", "second", "cycle", ",", "and", "centrifuged", "at", "13,000", "g", "for", "10", "min", "at", "4", "°", "C", "." ] } ]
PMC11143482	In a nutshell, the humanised mouse model could be used to investigate further the tumour formation, growth, and metastasis specifically as immunotherapeutic assessment tool.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "a", "nutshell", ",", "the", "humanised", "mouse", "model", "could", "be", "used", "to", "investigate", "further", "the", "tumour", "formation", ",", "growth", ",", "and", "metastasis", "specifically", "as", "immunotherapeutic", "assessment", "tool", "." ] } ]
PMC10788478	Integrated analysis of mRNA sequencing in HCC15 and A427 cells identified 18 DEGs, including 11 downregulated and seven upregulated genes (Table 4).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Integrated", "analysis", "of", "mRNA", "sequencing", "in", "HCC15", "and", "A427", "cells", "identified", "18", "DEGs", ",", "including", "11", "downregulated", "and", "seven", "upregulated", "genes", "(", "Table", "4", ")", "." ] } ]
PMC11747467	In summary, ERBB2 was highly enriched in luminal bladder cancer and expressed at lower levels in basal bladder cancer.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "summary", ",", "ERBB2", "was", "highly", "enriched", "in", "luminal", "bladder", "cancer", "and", "expressed", "at", "lower", "levels", "in", "basal", "bladder", "cancer", "." ] } ]
PMC11514418	The combined therapy of APS and GS improved the recent efficacy and long-term survival of patients with pancreatic cancer and alleviated chemotherapy-induced immune suppression and adverse reactions.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "combined", "therapy", "of", "APS", "and", "GS", "improved", "the", "recent", "efficacy", "and", "long-term", "survival", "of", "patients", "with", "pancreatic", "cancer", "and", "alleviated", "chemotherapy-induced", "immune", "suppression", "and", "adverse", "reactions", "." ] } ]
PMC11394386	Several studies suggest that LncRNAs like HOTAIR may undergo regulation through feedback loops involving signaling pathways and the lncRNA itself.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Several", "studies", "suggest", "that", "LncRNAs", "like", "HOTAIR", "may", "undergo", "regulation", "through", "feedback", "loops", "involving", "signaling", "pathways", "and", "the", "lncRNA", "itself", "." ] } ]
PMC8996378	A further study was conducted on reversal activities of compound 44 against ABCB1-mediated MDR and apoptosis sensitization in K562/ADR cells.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "further", "study", "was", "conducted", "on", "reversal", "activities", "of", "compound", "44", "against", "ABCB1-mediated", "MDR", "and", "apoptosis", "sensitization", "in", "K562/ADR", "cells", "." ] } ]
PMC11496728	Effect of adding regulatory elements on the transient expression of eGFP.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Effect", "of", "adding", "regulatory", "elements", "on", "the", "transient", "expression", "of", "eGFP", "." ] } ]
PMC9429973	G. Oñate, M. Pratcorona, A. Garrido, A. Artigas, A. Bataller, M. Tormo, M. Arnan, S. Vives, R. Coll, O. Salamero, F. Vall-Llovera, A. Sampol, A. Garcia, M. Cervera, S. Garcia Avila, J. Bargay, X. Ortin, J. Esteve, J. Sierra Hematology, Hospital de la Santa Creu i Sant Pau; Universitat Autònoma de Barcelona; Hematology, Hospital Clínic, Barcelona; Hematology, Hospital Clínico Universitario, Biomedical Research Institute INCLIVA, Valencia; Hematology, Institut Català d’Oncologia, Hospital Duran i Reynals, Institut d’Investigació Biomèdica de Bellvitge (IDIBELL), Universitat de Barcelona, Hospitalet de Llobregat; Hematology, ICO-Hospital Germans Trias i Pujol, Badalona; Hematology, ICO-Hospital Josep Trueta, Girona; Hematology, Hospital Universitari Vall d’Hebron, VHIO; Hematology, Hospital Universitari Mútua Terrassa, Barcelona; Hematology, Hospital Son Espases, Palma de Mallorca; Hospital Universitari Arnau de Vilanova, Lleida; ICO-Hospital Joan XXIII, Tarragona; Hematology, Hospital del Mar, Barcelona; Hospital Son Llàtzer, Palma de Mallorca; Hematology, Hospital Verge de la Cinta, Tortosa, Spain Background: In recent years, the treatment of AML is rapidly evolving due to the advances in targeted therapy, risk-adapted protocols and MRD-guided decisions.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "G.", "Oñate", ",", "M.", "Pratcorona", ",", "A.", "Garrido", ",", "A.", "Artigas", ",", "A.", "Bataller", ",", "M.", "Tormo", ",", "M.", "Arnan", ",", "S.", "Vives", ",", "R.", "Coll", ",", "O.", "Salamero", ",", "F.", "Vall-Llovera", ",", "A.", "Sampol", ",", "A.", "Garcia", ",", "M.", "Cervera", ",", "S.", "Garcia", "Avila", ",", "J.", "Bargay", ",", "X.", "Ortin", ",", "J.", "Esteve", ",", "J.", "Sierra", "Hematology", ",", "Hospital", "de", "la", "Santa", "Creu", "i", "Sant", "Pau", ";", "Universitat", "Autònoma", "de", "Barcelona", ";", "Hematology", ",", "Hospital", "Clínic", ",", "Barcelona", ";", "Hematology", ",", "Hospital", "Clínico", "Universitario", ",", "Biomedical", "Research", "Institute", "INCLIVA", ",", "Valencia", ";", "Hematology", ",", "Institut", "Català", "d’Oncologia", ",", "Hospital", "Duran", "i", "Reynals", ",", "Institut", "d’Investigació", "Biomèdica", "de", "Bellvitge", "(", "IDIBELL", ")", ",", "Universitat", "de", "Barcelona", ",", "Hospitalet", "de", "Llobregat", ";", "Hematology", ",", "ICO-Hospital", "Germans", "Trias", "i", "Pujol", ",", "Badalona", ";", "Hematology", ",", "ICO-Hospital", "Josep", "Trueta", ",", "Girona", ";", "Hematology", ",", "Hospital", "Universitari", "Vall", "d’Hebron", ",", "VHIO", ";", "Hematology", ",", "Hospital", "Universitari", "Mútua", "Terrassa", ",", "Barcelona", ";", "Hematology", ",", "Hospital", "Son", "Espases", ",", "Palma", "de", "Mallorca", ";", "Hospital", "Universitari", "Arnau", "de", "Vilanova", ",", "Lleida", ";", "ICO-Hospital", "Joan", "XXIII", ",", "Tarragona", ";", "Hematology", ",", "Hospital", "del", "Mar", ",", "Barcelona", ";", "Hospital", "Son", "Llàtzer", ",", "Palma", "de", "Mallorca", ";", "Hematology", ",", "Hospital", "Verge", "de", "la", "Cinta", ",", "Tortosa", ",", "Spain", "Background", ":", "In", "recent", "years", ",", "the", "treatment", "of", "AML", "is", "rapidly", "evolving", "due", "to", "the", "advances", "in", "targeted", "therapy", ",", "risk-adapted", "protocols", "and", "MRD-guided", "decisions", "." ] } ]
PMC10874773	Yanqing Xie: Writing – review & editing.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Yanqing", "Xie", ":", "Writing", "–", "review", "&", "editing", "." ] } ]
PMC11721064	These findings align with the upregulated STAT3 expression (p < 0.001).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "findings", "align", "with", "the", "upregulated", "STAT3", "expression", "(", "p", "<", "0.001", ")", "." ] } ]
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PMC9429973

Obtained data were analyzed by SPSS (V 20.0) and Stat disk (V 13.0).

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PMC11387401

Assay C and D were performed on uninfected and NL4.3 HIV-1 infected SupT1 cells, respectively, with anti-FLAG antibody.

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PMC11040965

These molecular variations parallel the clinical progression from MGUS to MM.

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PMC10976516

We also should make better use of our growing insight into lung cancer biology in which the concept of tumor plasticity is not only a major determining factor for intrinsic lung cancer heterogeneity and changing tumor microenvironment (TME) interactions but also influences treatment response of most if not all lung cancer types.

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PMC11342785

The corresponding secondary structure prediction of TPPP protein domains is indicated, with α-helical and β-strands structures are shown as pink and yellow blocks, along with the PrDOS-predicted intrinsic disorder of TPPP.

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PMC11634027

Genomic deletions of conserved sequences within dachsous identified regions of the intracellular domain that contribute to Dachsous activity.

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PMC11750696

However, if the stress is not effectively managed, the UPR can initiate apoptotic pathways, underscoring its dual role in both sustaining and terminating cell life ( Figure 1 ).

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PMC11400680

Different studies in literature have proposed various methods for the segmentation of cells from unstained microscopic images.

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PMC11320084

To understand whether TNNT1 expression changes are involved in human LC, we first analyzed TNNT1 mRNA expression data in 483 lung adenocarcinoma (LUAD) and 486 lung squamous cell carcinoma (LUSC) tumor samples and corresponding normal tissue samples from the online GEPIA database.

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PMC11483468

After 4 h incubation, the culture supernatant was carefully discarded.

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PMC11676670

Cells were seeded into a 4-well insert dish (Ibidi, Gräfelfing, Germany), and upon reaching confluence, the insert was removed to create a wound in the center of the monolayer.

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PMC11352746

For example, in Korecka et al., 2019, researchers used hiPSCs transfected with the LRRK2 G2019S mutation to study the effects of ER calcium control in Parkinson’s disease .

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PMC6442998

GIST882 and GIST48 were treated with verteporfin (0 to 30μM) for 24h, 48h and 72h.

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PMC10968586

These findings were confirmed in a study using an HT-rich natural extract of the olive pulp as a source of HT .

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PMC11401350

F Six days post-transduction T cells were surface stained for CD8 and hCD34 followed by intracellular staining for INFγ, perforin and granzyme B and analyzed by FACS.

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PMC9822769

At treatment time zero, 100 μL of the medium was taken from each sample to verify the extracellular Pt concentration.

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PMC11012313

Further studies demonstrate that LMP2A does not increase HIF-1α levels by increasing HIF-1α RNA or STAT3 activation.

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PMC10079526

Average BLI signal per group (n = 7) for the times when all mice were present in the experiment.

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This manual inspection was critical for the later development of automated quantitation parameters.

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Source data are provided as a Source Data file.

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PMC11301242

Subsequently, we compared the ATAC-seq peaks within locus overlapping with circular amplification regions between circular and non-circular samples.

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PMC11047729

This mechanism shows its effectiveness in numbers—95% of patients experience complete remission with just ATRA and chemotherapy .

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PMC9952933

The CAP treatment was performed with the clinically approved kINPen MED.

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PMC4270159

0.001 µM–10 µM sunitinib + no ligand.

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For days 11–20, complete NB/B27 medium was added to cells, with the addition of 4 μM CHIR99021 on days 11 and 12 only.

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PMC11750696

Endoplasmic reticulum (ER) stress and the unfolded protein response (UPR) are integral to T cell biology, influencing immune responses and associated diseases.

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PMC7057940

The primers used to amplify these genes were: EWS forward, 5′-CAGCCTCCCACTAGTTACCC-3′ and reverse, 5′-GTTCTCTCCTGGTCCGGAAA-3′; FLI1 forward, 5′-AATACAACCTCCACACCGA-3′ and reverse, 5′-CTTACTGATCGTTTGTGCCCC-3′; and FLI1-EWS forward, 5′-GTGCTGTTGTCACACCTCAG-3′ and reverse, 5′-GTTCTCTCCTGGTCCGGAAA-3′ (22).

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PMC11401358

Samples were diluted to approximately 750 μg/mL (for SF) and 40 μg/mL (for peptide) to obtain the optimal feature densities on the substrate for topography imaging.

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PMC10587429

Select for luciferase positive cells using appropriate antibiotics (300 μg/mL neomycin).

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PMC9429973

Moreover, WES identified a subset of shared myeloid drivers across the spectrum of BPDCN, AML and CMML.

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PMC11544122

For example, some GPCRs, such as the protease-activated receptor 1 (PAR1), require direct binding to AP2 for internalization, not β-arrestins.

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PMC11012012

Elotuzumab also enhanced the survival of PEL-bearing immunodeficient mice with the adoptive transfer of human NK cells .

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PMC11568601

Cell lysates were scraped into EP tubes and centrifuged at 12,000 rpm for 20 min at 4 ℃.

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PMC11216402

For every single cell, the average expression over the top 100 genes (fibroblast or stomach) was calculated, and the boxplot (Fig. 5D,E) was drawn based on the single-cell clusters, where clusters 2 and 5 were combined as they were both similarly correlated with the same group of GC cell lines.

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PMC11095939

The role of Mecp2 in quiescence exit and tissue regeneration and the underlying mechanisms have not been reported to the best of our knowledge.

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PMC11089031

Briefly, 1 μg total RNA and 1 nmol random hexamers primers were mixed and incubated at 65 ℃ for 5 min.

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PMC11703992

The CD8 + Naive T cells is mainly in the initial differentiation level, as well as the CD8 + effector T cells is mainly in the terminal differentiation level.

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PMC9878278

A nontargeting siRNA was used as a negative control in every experiment (cat: 4404020).

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PMC11352666

A673 cells were cultured overnight in complete growth medium at a density of 300 cells/well in a 24-well plate and then treated with the indicated concentrations of MRX-2843 or an equivalent volume of DMSO control for 6–8 days.

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PMC11406030

In this group, 75% of patients died of ovarian cancer within the first 5 years after diagnosis.

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PMC9429973

Coherently, SREBP1 is known to activate ABCG1 transcription (Ecker et al, Biochem Biophys Res Commun, 2007, 352(3): 805-11).

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PMC11772585

I EdU staining assay was used to assess cell proliferation (n = 3).

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PMC11075223

Therefore, this article intend to systematically review the botanical characterization, chemical composition, pharmacological action, the traditional uses, quality control, clinical study together with toxicity of the official Cimicifugae Rhizoma species in ChP, which provides a good reference for the subsequent development of Cimicifugae Rhizoma and related products in the future.

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PMC2777936

The other Wnt receptors Ryk and Ror2 can signal through Src and JNK intermediates, respectively .

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PMC9509578

These results revealed the enhanced intracellular accumulation of paclitaxel in cells and also indicated increased pro-apoptotic protein expressions of caspase 3, caspase 9, p53 and Bax .

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PMC11515150

Membrane-proximal region of antigen molecule may be responsible for special ability to cause stronger antitumor immunity, which had been applied to anti-CD22 CAR-T targeting the most proximal Ig domain (d7) and anti-Mesothelin CAR-T targeting region III , as well as HIV vaccine design .

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PMC11687663

A medium sharp absorption peak was observed at 2362 cm indicates the presence of C≡N group.

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PMC11397654

After treatment with a 10 µM solution of 44, MMP-2 and MMP-9 expression was reduced in both pancreatic cancer cell lines, indicating that calixarene is able to reduce MMP activity but only at high concentrations that may make it not viable for human treatment.

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PMC11228511

The total numbers of cells examined in three independent experiments (circles) are shown in parentheses.

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PMC9776316

A 1 μg amount of total RNA was reverse transcribed to cDNA.

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PMC9429973

Aims: To further extend the experience with NGS-based MRD assessment, we prospectively collected samples to explore prognostic implications of MRD as detected by NGS at CR/CRi in the context of a randomized, placebo-controlled phase 3 study (UNIFY; NCT03512197), investigating midostaurin added to conventional 7 + 3 based chemotherapy in FLT3wt pts.

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PMC9398137

Thus, pharmacologic targeting of both, MCL1 and BCL2 proteins might represent an effective treatment strategy to overcome BCL2-induced resistance in aggressive B-NHL.

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PMC11380454

This unique mechanism of action affords the compounds relative specificity since these adjacent thiols do not necessarily provide redox-sensitive sites for the regulation of other integrins.

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PMC11470999

In this study, through a drug repositioning strategy and screening of various antipsychotics capable of penetrating the BBB, we identified PF as a potential drug of treating melanoma growth and metastasis, including brain metastases, by targeting CIP2A.

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PMC11244823

Both the cellular fraction and the supernatant were sonicated for two cycles at 60% amplitude, 5s on/5s off for 25s at 4°C (Q800R3 Sonicator, QSonica Sonicators, Newton, CT, USA).

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PMC11592008

Alternatively, another enzyme may be responsible for cleaving GSDMD in SVTERT cells.

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PMC11345828

Compound 26 was found to be a moderate inhibitor of CYP3A4 (1.8 μM) and CYP2C8 (2.1 μM) and have moderate time dependent inhibition of CYP3A4 (67% function remaining following incubation).

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PMC11604015

Our group reported a new strategy combining CD7 CAR-T cell therapy and sequential haploidentical HSCT without GvHD prophylaxis, providing an alternative approach for patients with CD7-positive malignancies who are ineligible for conventional allogeneic HSCT.

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PMC11343332

Under AO/EtBr staining, treated cells show chromatin condensation and nuclear fragmentation.

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PMC11653552

Mesenchymal stem cells (MSCs) from Vk*Che-1 mice showed elevated miR-590-3p and reduced TAZ levels, indicating a potential interaction between these molecules in MM.

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PMC9065483

CRL-1932), CT26WT (murine colon carcinoma, cat.

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PMC11585565

The plasmid constructs pCMV-FLAG-CNNM4-WT, -Gly492Cys, -Gly492Asp, and -Thr495Ile were ectopically overexpressed in a HEK293 cell line (Fig. 2a).

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PMC11767793

Controls are also included to demonstrate the correct assay performance and facilitate reproducibility, and are critical for data comparisons between testing laboratories .

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PMC4485786

Upper lane: Cytokine-treated A204 cancer cells are senescent (black arrow: bluish-gray staining) and multinucleate (white arrows, DAPI staining).

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PMC10820104

Column chromatography included various stationary phases such as Sephadex LH-20 (0.25–0.1 mm mesh size, Merck) and Merck MN silica gel 60 M (0.04–0.063 mm mesh size).

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PMC6617630

However, BCL6 mRNA expression was equally suppressed by BETi in LY1 and Val cell lines (Fig. 4a, b).

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PMC11087766

However, infected cells expressing the PicA targeting guide only exhibited a maturing phage nucleus 15% of the time.

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PMC11529598

Fig. 2miR-3154 promotes glioblastoma cells proliferation.

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PMC9592219

Molecular docking showed that two TOP2A inhibitors, teniposide and etoposide, did not show high binding power, whereas refametinib (high extra precision) and dabrafenib (high standard precision) showed stronger binding power and effect on TOP2A (Table 1, Figure 8).

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PMC11805741

The novelty of exploring Paracoccus sp. EGY7 carotenoids on TNBC, an aggressive cancer subtype with limited treatment options, adds valuable knowledge to the field.

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PMC11790599

This suggests that most of the cell death induced by TSL is caspase-independent, and the minor apoptotic response may be a compensatory stress reaction.

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PMC9429973

GAPDH was used as a loading control.

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PMC11546117

The hypothesis was that the epithelial cells form the main barrier for medicines between the blood and human milk.

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PMC10218459

The number of living cells was determined after 4 h, 24 h, 48 h, 72 h, 96 h, and 120 h. The cytostatic treatment of cell line A673 showed an antiproliferative effect with all cytostatics.

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PMC9739791

Diazido-Pt(IV) complexes were suggested as a more efficient alternative .

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PMC11144200

We also examined the effector cells’ ability to survive in mice.

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PMC11725127

However, WP1130, the inhibitor of USP9X and USP24, could not reduce the KRAS protein level in MM cells, indicating that USP9X and USP24 are not the DUBs for KRAS (Fig. S7C).

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PMC10006224

Upon arrival to CTCF sites, cohesin becomes resistant to WAPL-mediated unloading.

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The HBEC3 cell line was maintained in keratinocyte‐SFM medium (Invitrogen) containing bovine pituitary extract (50 μg/mL) and epidermal growth factor (EGF; 5 ng/mL).

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PMC9220170

It was originally identified as an autocrine tumor motility factor receptor that promotes invasion and metastasis of tumors.

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PMC11705067

To further investigate the effect of DNA methylation status of FDX1 and DLAT on ccRCC, MEXPRESS visualized expression, DNA methylation, and clinical parameters according to TCGA data20.

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PMC11438317

Jurkat T cells were grown in RPMI-1640 medium supplemented with 10% fetal bovine serum, 2 mM L-glutamine, 100 units·mL penicillin G, and 100 μg·mL streptomycin.

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PMC7057940

A previous study indicated a probable contribution in the activation of the EWS-FLI1 gene by the covalent histone modifications evaluated in this study (25).

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PMC9429973

Dose modifications were assessed in 64 pts (2 deaths & one lost to follow up).

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PMC11357960

Subsequently, we analyzed the data of lymphocyte subsets from 90 patients who underwent peripheral lymphocyte subset analysis.

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PMC11583690

Moreover, the prostate cancer cell line, VcAP, was used to evaluate the cancer cell cytotoxicity of MSN@DTX, BPMO@DTX, and free DTX.

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PMC6379402

For each clustering, the bars show the percentage of the reactome pathway (RP) annotated genes having at least one annotation that is enriched in the clusters.

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PMC11604015

Moreover, recombinant antibodies and the TET-OFF expression system can also be beneficial in avoiding fratricide during the manufacturing of pan-T targeted CAR-T cells.

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PMC11754291

The lysates were then subjected to sonication (450 Digital Sonifier, Branson, Brookfield, CT, United States) at 20% amplitude for 15 s to break cell membranes and shear DNA, repeated for a second cycle, and centrifuged at 13,000 g for 10 min at 4°C.

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PMC11143482

In a nutshell, the humanised mouse model could be used to investigate further the tumour formation, growth, and metastasis specifically as immunotherapeutic assessment tool.

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PMC10788478

Integrated analysis of mRNA sequencing in HCC15 and A427 cells identified 18 DEGs, including 11 downregulated and seven upregulated genes (Table 4).

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PMC11747467

In summary, ERBB2 was highly enriched in luminal bladder cancer and expressed at lower levels in basal bladder cancer.

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PMC11514418

The combined therapy of APS and GS improved the recent efficacy and long-term survival of patients with pancreatic cancer and alleviated chemotherapy-induced immune suppression and adverse reactions.

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PMC11394386

Several studies suggest that LncRNAs like HOTAIR may undergo regulation through feedback loops involving signaling pathways and the lncRNA itself.

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PMC8996378

A further study was conducted on reversal activities of compound 44 against ABCB1-mediated MDR and apoptosis sensitization in K562/ADR cells.

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PMC11496728

Effect of adding regulatory elements on the transient expression of eGFP.

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PMC9429973

G. Oñate, M. Pratcorona, A. Garrido, A. Artigas, A. Bataller, M. Tormo, M. Arnan, S. Vives, R. Coll, O. Salamero, F. Vall-Llovera, A. Sampol, A. Garcia, M. Cervera, S. Garcia Avila, J. Bargay, X. Ortin, J. Esteve, J. Sierra Hematology, Hospital de la Santa Creu i Sant Pau; Universitat Autònoma de Barcelona; Hematology, Hospital Clínic, Barcelona; Hematology, Hospital Clínico Universitario, Biomedical Research Institute INCLIVA, Valencia; Hematology, Institut Català d’Oncologia, Hospital Duran i Reynals, Institut d’Investigació Biomèdica de Bellvitge (IDIBELL), Universitat de Barcelona, Hospitalet de Llobregat; Hematology, ICO-Hospital Germans Trias i Pujol, Badalona; Hematology, ICO-Hospital Josep Trueta, Girona; Hematology, Hospital Universitari Vall d’Hebron, VHIO; Hematology, Hospital Universitari Mútua Terrassa, Barcelona; Hematology, Hospital Son Espases, Palma de Mallorca; Hospital Universitari Arnau de Vilanova, Lleida; ICO-Hospital Joan XXIII, Tarragona; Hematology, Hospital del Mar, Barcelona; Hospital Son Llàtzer, Palma de Mallorca; Hematology, Hospital Verge de la Cinta, Tortosa, Spain Background: In recent years, the treatment of AML is rapidly evolving due to the advances in targeted therapy, risk-adapted protocols and MRD-guided decisions.

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PMC10874773

Yanqing Xie: Writing – review & editing.

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PMC11721064

These findings align with the upregulated STAT3 expression (p < 0.001).

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PMC11799620

Prevention methods need more research.

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