Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC10748106
Structural (h > h*) and response outliers (residualpred > 3SDEP) can be observed outside the area limited by the three dashed black lines.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Structural", "(", "h", ">", "h", "*", ")", "and", "response", "outliers", "(", "residualpred", ">", "3SDEP", ")", "can", "be", "observed", "outside", "the", "area", "limited", "by", "the", "three", "dashed", "black", "lines", "." ] } ]
PMC10729469
B, C. ImmunohistoFchemistry (pan-Aβ) and immunofluorescence (Thioflavin-S) to determine the area occupied by insoluble Aβ plaques in cortical and hippocampal regions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "B", ",", "C.", "ImmunohistoFchemistry", "(", "pan-Aβ", ")", "and", "immunofluorescence", "(", "Thioflavin-S", ")", "to", "determine", "the", "area", "occupied", "by", "insoluble", "Aβ", "plaques", "in", "cortical", "and", "hippocampal", "regions", "." ] } ]
PMC10093184
All animals were chemotherapy naïve.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "animals", "were", "chemotherapy", "naïve", "." ] } ]
PMC11412721
Allele 4.14b encodes a putative protein with 60 N-terminal residues of ACKR4. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Allele", "4.14b", "encodes", "a", "putative", "protein", "with", "60", "N-terminal", "residues", "of", "ACKR4", ".", "(" ] } ]
PMC10243817
In agreement with findings based on immunofluorescence staining, we observed a significant downregulation of epithelial TGFBR3 mRNA expression in tissue from eosinophilic CRSwNP as compared with other types of CRS and controls (Figure 4B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "agreement", "with", "findings", "based", "on", "immunofluorescence", "staining", ",", "we", "observed", "a", "significant", "downregulation", "of", "epithelial", "TGFBR3", "mRNA", "expression", "in", "tissue", "from", "eosinophilic", "CRSwNP", "as", "compared", "with", "other", "types", "of", "CRS", "and", "controls", "(", "Figure", "4B", ")", "." ] } ]
PMC11380454
We show that the immunomodulatory small tellurium complexes AS101 (ammonium trichloro(dioxoethylene-o,o')tellurate) and SAS (octa-O-bis(R,R)-tartarate ditellurane) suppress PD-L1 expression in a variety of human and mouse malignant cells via the modulation of α4β1 very late antigen-4 (VLA-4) integrin activity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "show", "that", "the", "immunomodulatory", "small", "tellurium", "complexes", "AS101", "(", "ammonium", "trichloro(dioxoethylene-o", ",", "o')tellurate", ")", "and", "SAS", "(", "octa-O-bis(R", ",", "R)-tartarate", "ditellurane", ")", "suppress", "PD-L1", "expression", "in", "a", "variety", "of", "human", "and", "mouse", "malignant", "cells", "via", "the", "modulation", "of", "α4β1", "very", "late", "antigen-4", "(", "VLA-4", ")", "integrin", "activity", "." ] } ]
PMC10713411
Here, seventeen PRPCDGs were identified from 1257 genes associated with thirteen PCD modalities, which were highly differentially expressed and significantly affected patients’ prognosis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Here", ",", "seventeen", "PRPCDGs", "were", "identified", "from", "1257", "genes", "associated", "with", "thirteen", "PCD", "modalities", ",", "which", "were", "highly", "differentially", "expressed", "and", "significantly", "affected", "patients", "’", "prognosis", "." ] } ]
PMC11321678
Ten to thirty milligrams tissue from each tumor was used to extract gDNA using the TIANamp Genomic DNA Kit (TIANamp, DP304).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Ten", "to", "thirty", "milligrams", "tissue", "from", "each", "tumor", "was", "used", "to", "extract", "gDNA", "using", "the", "TIANamp", "Genomic", "DNA", "Kit", "(", "TIANamp", ",", "DP304", ")", "." ] } ]
PMC11745600
The detailed description of the materials and methods used in this study can be found in the Appendices S1–S9 (SDC, http://links.lww.com/TP/D122).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "detailed", "description", "of", "the", "materials", "and", "methods", "used", "in", "this", "study", "can", "be", "found", "in", "the", "Appendices", "S1–S9", "(", "SDC", ",", "http://links.lww.com/TP/D122", ")", "." ] } ]
PMC9250505
β-ACTIN (ACTB) was used as input control for cell lysate.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "β-ACTIN", "(", "ACTB", ")", "was", "used", "as", "input", "control", "for", "cell", "lysate", "." ] } ]
PMC3730428
RIPK1 and FADD were obtained from BD Transduction Laboratories (Franklin Lakes, NJ, USA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "RIPK1", "and", "FADD", "were", "obtained", "from", "BD", "Transduction", "Laboratories", "(", "Franklin", "Lakes", ",", "NJ", ",", "USA", ")", "." ] } ]
PMC11626627
The expression levels were normalized to the expression of GAPDH.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "expression", "levels", "were", "normalized", "to", "the", "expression", "of", "GAPDH", "." ] } ]
PMC11297139
Bottom right: quantification of the weight of the extracted tumors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Bottom", "right", ":", "quantification", "of", "the", "weight", "of", "the", "extracted", "tumors", "." ] } ]
PMC9429973
Cohort 2 focused on patients with R/R cHL refractory to anti–PD-1 therapy.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cohort", "2", "focused", "on", "patients", "with", "R/R", "cHL", "refractory", "to", "anti", "–", "PD-1", "therapy", "." ] } ]
PMC11541241
Researchers find that antofine targets the TOR signalling pathway and inhibits the growth of F. graminearum, which provides a novel fungicide in agriculture.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Researchers", "find", "that", "antofine", "targets", "the", "TOR", "signalling", "pathway", "and", "inhibits", "the", "growth", "of", "F.", "graminearum", ",", "which", "provides", "a", "novel", "fungicide", "in", "agriculture", "." ] } ]
PMC8875242
Etravirine, elbasvir, and ledipasvir exhibited low solubility, so higher concentrations that could potentially inhibit ABCB1 more strongly were not tested.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Etravirine", ",", "elbasvir", ",", "and", "ledipasvir", "exhibited", "low", "solubility", ",", "so", "higher", "concentrations", "that", "could", "potentially", "inhibit", "ABCB1", "more", "strongly", "were", "not", "tested", "." ] } ]
PMC10452486
The positivity of mAb L31 in normal tissues is comparable to that observed on carcinomas and adenocarcinomas of various grades of these tissues.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "positivity", "of", "mAb", "L31", "in", "normal", "tissues", "is", "comparable", "to", "that", "observed", "on", "carcinomas", "and", "adenocarcinomas", "of", "various", "grades", "of", "these", "tissues", "." ] } ]
PMC11773391
In addition, vitamin D supplementation has been reported to improve the objective response rate and prolong progression‐free time in melanoma patients receiving anti–PD‐1 therapy , and vitamin D supplementation may reduce melanoma cases .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", ",", "vitamin", "D", "supplementation", "has", "been", "reported", "to", "improve", "the", "objective", "response", "rate", "and", "prolong", "progression‐free", "time", "in", "melanoma", "patients", "receiving", "anti", "–", "PD‐1", "therapy", ",", "and", "vitamin", "D", "supplementation", "may", "reduce", "melanoma", "cases", "." ] } ]
PMC9812014
CHIKV outbreaks have affected over two million individuals worldwide and resulted in hundreds of deaths .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CHIKV", "outbreaks", "have", "affected", "over", "two", "million", "individuals", "worldwide", "and", "resulted", "in", "hundreds", "of", "deaths", "." ] } ]
PMC11543885
Images are collected and analyzed using Harmony imaging and analysis software.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Images", "are", "collected", "and", "analyzed", "using", "Harmony", "imaging", "and", "analysis", "software", "." ] } ]
PMC10965315
In addition, the viability of cells was examined in all treated groups using MTT cell viability method.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", ",", "the", "viability", "of", "cells", "was", "examined", "in", "all", "treated", "groups", "using", "MTT", "cell", "viability", "method", "." ] } ]
PMC11774747
Collaborating with other institutions, they focused on improving both in vitro and in vivo antitumor activity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Collaborating", "with", "other", "institutions", ",", "they", "focused", "on", "improving", "both", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", "antitumor", "activity", "." ] } ]
PMC11476106
The higher VN release to culture media at 3 weeks compared to 2 weeks could be associated with this cell response to stress or to cell lysis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "higher", "VN", "release", "to", "culture", "media", "at", "3", "weeks", "compared", "to", "2", "weeks", "could", "be", "associated", "with", "this", "cell", "response", "to", "stress", "or", "to", "cell", "lysis", "." ] } ]
PMC11279598
Prior independent reports have established that MH at doses similar to those utilized in this work causes no apparent systemic side effects as determined by comprehensive analyses of hematologic and clinical chemistry parameters to probe for alterations in cellular constituents of blood or chemical markers of organ dysfunction .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Prior", "independent", "reports", "have", "established", "that", "MH", "at", "doses", "similar", "to", "those", "utilized", "in", "this", "work", "causes", "no", "apparent", "systemic", "side", "effects", "as", "determined", "by", "comprehensive", "analyses", "of", "hematologic", "and", "clinical", "chemistry", "parameters", "to", "probe", "for", "alterations", "in", "cellular", "constituents", "of", "blood", "or", "chemical", "markers", "of", "organ", "dysfunction", "." ] } ]
PMC11036064
A trend in which A172 cells have decreased expression of miR-34a and increased expression of RAF1 compared to U87MG cells has been identified (Figure 6A, B(Fig.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "trend", "in", "which", "A172", "cells", "have", "decreased", "expression", "of", "miR-34a", "and", "increased", "expression", "of", "RAF1", "compared", "to", "U87MG", "cells", "has", "been", "identified", "(", "Figure", "6A", ",", "B(Fig", "." ] } ]
PMC11670407
After the cell reached 90% confluence, a line was drawn using a marker on the bottom of the dish, after which a sterile 100 μl pipet tip was used to scratch three separate wounds through the cells, moving perpendicular to the line.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "the", "cell", "reached", "90", "%", "confluence", ",", "a", "line", "was", "drawn", "using", "a", "marker", "on", "the", "bottom", "of", "the", "dish", ",", "after", "which", "a", "sterile", "100", "μl", "pipet", "tip", "was", "used", "to", "scratch", "three", "separate", "wounds", "through", "the", "cells", ",", "moving", "perpendicular", "to", "the", "line", "." ] } ]
PMC11802855
H Survival curves for overall survival time of patients in different CXCL7 groups in the MMRF database).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "H", "Survival", "curves", "for", "overall", "survival", "time", "of", "patients", "in", "different", "CXCL7", "groups", "in", "the", "MMRF", "database", ")", "." ] } ]
PMC11271278
C HiChIP, ChIP-seq, and SNP-array-based copy number signal at the DNA segments of the ecDNA found in COLO320DM cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "C", "HiChIP", ",", "ChIP-seq", ",", "and", "SNP-array-based", "copy", "number", "signal", "at", "the", "DNA", "segments", "of", "the", "ecDNA", "found", "in", "COLO320DM", "cells", "." ] } ]
PMC10218459
In this study, it was shown for the first time that the combination of CPP with various cytostatics might be a favorable therapeutic approach for rare bone tumors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "it", "was", "shown", "for", "the", "first", "time", "that", "the", "combination", "of", "CPP", "with", "various", "cytostatics", "might", "be", "a", "favorable", "therapeutic", "approach", "for", "rare", "bone", "tumors", "." ] } ]
PMC11347429
Genotype raw data files are available in PLINK format at the Figshare public database (56), see Table 1 for availability of supplementary data and tables.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Genotype", "raw", "data", "files", "are", "available", "in", "PLINK", "format", "at", "the", "Figshare", "public", "database", "(", "56", ")", ",", "see", "Table", "1", "for", "availability", "of", "supplementary", "data", "and", "tables", "." ] } ]
PMC11473843
In total, 4 × 10 cells were seeded onto the Transwell chamber in Opti-MEM™ I Reduced Serum Medium.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "total", ",", "4", "×", "10", "cells", "were", "seeded", "onto", "the", "Transwell", "chamber", "in", "Opti-MEM", "™", "I", "Reduced", "Serum", "Medium", "." ] } ]
PMC11711063
Differential recruitment of ARID1A and H3K27ac to genomic regions upon Bex + Carv was detected by massively parallel sequencing (ChIP‐seq) and analyzed using the Galaxy (https://usegalaxy.eu/) platforms.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Differential", "recruitment", "of", "ARID1A", "and", "H3K27ac", "to", "genomic", "regions", "upon", "Bex", "+", "Carv", "was", "detected", "by", "massively", "parallel", "sequencing", "(", "ChIP‐seq", ")", "and", "analyzed", "using", "the", "Galaxy", "(", "https://usegalaxy.eu/", ")", "platforms", "." ] } ]
PMC10565698
Detection was performed using a highly sensitive ECL chemiluminescence detection kit (Vazyme).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Detection", "was", "performed", "using", "a", "highly", "sensitive", "ECL", "chemiluminescence", "detection", "kit", "(", "Vazyme", ")", "." ] } ]
PMC4816271
Animal experiments were performed in accordance with UK Home Office license authorization and in accordance with the ARRIVE guidelines.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Animal", "experiments", "were", "performed", "in", "accordance", "with", "UK", "Home", "Office", "license", "authorization", "and", "in", "accordance", "with", "the", "ARRIVE", "guidelines", "." ] } ]
PMC9964654
Cell media and media supplements were purchased from Gibco (Thermo Fisher Scientific).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "media", "and", "media", "supplements", "were", "purchased", "from", "Gibco", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ")", "." ] } ]
PMC10958426
None of them received chemotherapy, radiation or immunotherapy prior to tumor resection.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "None", "of", "them", "received", "chemotherapy", ",", "radiation", "or", "immunotherapy", "prior", "to", "tumor", "resection", "." ] } ]
PMC9429973
Most represented hematologic malignancy subtype was chronic lymphocytic leukemia (CLL) present in 37/154 (24%) patients, followed by aggressive lymphomas (30/154 (19.5%)), plasma cell dyscrasias (28/154 (18.2%)), acute leukemias (21/154 (13.6%)), indolent non Hodgkin lymphomas (18/154 (11.7%)), myelodysplastic syndromes (MDS, 12/154 (7.8%)) and chronic myeloproliferative leukemias (8/154 (5.2%)).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Most", "represented", "hematologic", "malignancy", "subtype", "was", "chronic", "lymphocytic", "leukemia", "(", "CLL", ")", "present", "in", "37/154", "(", "24", "%", ")", "patients", ",", "followed", "by", "aggressive", "lymphomas", "(", "30/154", "(", "19.5", "%", ")", ")", ",", "plasma", "cell", "dyscrasias", "(", "28/154", "(", "18.2", "%", ")", ")", ",", "acute", "leukemias", "(", "21/154", "(", "13.6", "%", ")", ")", ",", "indolent", "non", "Hodgkin", "lymphomas", "(", "18/154", "(", "11.7", "%", ")", ")", ",", "myelodysplastic", "syndromes", "(", "MDS", ",", "12/154", "(", "7.8", "%", ")", ")", "and", "chronic", "myeloproliferative", "leukemias", "(", "8/154", "(", "5.2", "%", ")", ")", "." ] } ]
PMC9429973
The overall REL population (n=19) demonstrated a composite CR (CRc=CR+CRi) of 26% (5/19) and CBR of 79% (14/19); AML pts in 1st relapse (10/19) showed a CRc of 30% (3/10) and CBR of 70% (7/10) whereas REL pts with time on treatment (ToT) > 3 months (11/19) achieved CRc of 45% (5/11) and CBR 91% (9/11); median ToT of 12.9 months for CR/CRi pts; 1 pt remains on treatment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "overall", "REL", "population", "(", "n=19", ")", "demonstrated", "a", "composite", "CR", "(", "CRc", "=", "CR+CRi", ")", "of", "26", "%", "(", "5/19", ")", "and", "CBR", "of", "79", "%", "(", "14/19", ")", ";", "AML", "pts", "in", "1st", "relapse", "(", "10/19", ")", "showed", "a", "CRc", "of", "30", "%", "(", "3/10", ")", "and", "CBR", "of", "70", "%", "(", "7/10", ")", "whereas", "REL", "pts", "with", "time", "on", "treatment", "(", "ToT", ")", ">", "3", "months", "(", "11/19", ")", "achieved", "CRc", "of", "45", "%", "(", "5/11", ")", "and", "CBR", "91", "%", "(", "9/11", ")", ";", "median", "ToT", "of", "12.9", "months", "for", "CR/CRi", "pts", ";", "1", "pt", "remains", "on", "treatment", "." ] } ]
PMC11676674
However, at concentrations of 75, 150, 300, and 600 µg/mL, a significant decrease in CHO-K1 cell viability was observed, with the decrease being concentration-dependent.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "at", "concentrations", "of", "75", ",", "150", ",", "300", ",", "and", "600", "µg/mL", ",", "a", "significant", "decrease", "in", "CHO-K1", "cell", "viability", "was", "observed", ",", "with", "the", "decrease", "being", "concentration-dependent", "." ] } ]
PMC11720107
The extract of the Morado garlic cultivar enhanced ROS production in BJ cells at concentrations of 0.125, 0.250, 0.500, and 1.000 mg/mL, with significant increases of 34.5%, 75.2%, 245.2%, and 250.6%, respectively, compared with the control (Figure 1D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "extract", "of", "the", "Morado", "garlic", "cultivar", "enhanced", "ROS", "production", "in", "BJ", "cells", "at", "concentrations", "of", "0.125", ",", "0.250", ",", "0.500", ",", "and", "1.000", "mg/mL", ",", "with", "significant", "increases", "of", "34.5", "%", ",", "75.2", "%", ",", "245.2", "%", ",", "and", "250.6", "%", ",", "respectively", ",", "compared", "with", "the", "control", "(", "Figure", "1D", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Methods: Pts were stratified into 3 groups based on the non-IC phase 3 VIALE-A trial eligibility criteria: 1) “eligible” pts who would have met all VIALE-A inclusion criteria; 2) “unfit” pts who would have been ineligible for VIALE-A due to ≥ 1 of the following: abnormal liver/kidney function, high ECOG, recent prior malignancy, comorbidities score ≥ 2 by ACE-27, hepatic grade ≥ 1, AIDS grade ≥ 1; 3) “fit” pts who would have been ineligible for a VEN-based regimen in VIALE-A because they would have qualified for IC (defined as: ≤ 74 y of age, low ECOG, no apparent cardiovascular/renal comorbidities, and did not meet any criteria in #2).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "Pts", "were", "stratified", "into", "3", "groups", "based", "on", "the", "non-IC", "phase", "3", "VIALE-A", "trial", "eligibility", "criteria", ":", "1", ")", "“", "eligible", "”", "pts", "who", "would", "have", "met", "all", "VIALE-A", "inclusion", "criteria", ";", "2", ")", "“", "unfit", "”", "pts", "who", "would", "have", "been", "ineligible", "for", "VIALE-A", "due", "to", "≥", "1", "of", "the", "following", ":", "abnormal", "liver/kidney", "function", ",", "high", "ECOG", ",", "recent", "prior", "malignancy", ",", "comorbidities", "score", "≥", "2", "by", "ACE-27", ",", "hepatic", "grade", "≥", "1", ",", "AIDS", "grade", "≥", "1", ";", "3", ")", "“", "fit", "”", "pts", "who", "would", "have", "been", "ineligible", "for", "a", "VEN-based", "regimen", "in", "VIALE-A", "because", "they", "would", "have", "qualified", "for", "IC", "(", "defined", "as", ":", "≤", "74", "y", "of", "age", ",", "low", "ECOG", ",", "no", "apparent", "cardiovascular/renal", "comorbidities", ",", "and", "did", "not", "meet", "any", "criteria", "in", "#", "2", ")", "." ] } ]
PMC11435360
Moreover, CSE was markedly increased at 36 h compared to 8 h (p < 0.0001), whereas CBS and 3-MST were significantly decreased (p < 0.05 and p < 0.05, respectively; Figure 1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "CSE", "was", "markedly", "increased", "at", "36", "h", "compared", "to", "8", "h", "(", "p", "<", "0.0001", ")", ",", "whereas", "CBS", "and", "3-MST", "were", "significantly", "decreased", "(", "p", "<", "0.05", "and", "p", "<", "0.05", ",", "respectively", ";", "Figure", "1", ")", "." ] } ]
PMC9429973
SPM incidences were evaluated in patients who survived more than 1 year after the 1st day of R-CHOP therapy.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "SPM", "incidences", "were", "evaluated", "in", "patients", "who", "survived", "more", "than", "1", "year", "after", "the", "1st", "day", "of", "R-CHOP", "therapy", "." ] } ]
PMC11476837
In the case of the mRNA level of CAS-9, an increase was observed for a combination of 5 µM ML-385 and 100 nM doxorubicin (p < 0.05).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "case", "of", "the", "mRNA", "level", "of", "CAS-9", ",", "an", "increase", "was", "observed", "for", "a", "combination", "of", "5", "µM", "ML-385", "and", "100", "nM", "doxorubicin", "(", "p", "<", "0.05", ")", "." ] } ]
PMC11441402
Quantitative microscopy is likely to change significantly in the next decade toward measuring specific biomolecules and subcellular structures (Bagheri et al. 2022).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Quantitative", "microscopy", "is", "likely", "to", "change", "significantly", "in", "the", "next", "decade", "toward", "measuring", "specific", "biomolecules", "and", "subcellular", "structures", "(", "Bagheri", "et", "al.", "2022", ")", "." ] } ]
PMC9429973
RESORT study (Kahl et al. 2014) clearly showed that Rituximab (R) retreatment strategy provided similar time to treatment failure that maintenance strategy with less rituximab use.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "RESORT", "study", "(", "Kahl", "et", "al.", "2014", ")", "clearly", "showed", "that", "Rituximab", "(", "R", ")", "retreatment", "strategy", "provided", "similar", "time", "to", "treatment", "failure", "that", "maintenance", "strategy", "with", "less", "rituximab", "use", "." ] } ]
PMC9429973
In PFS 55% at 1 year and 9% at 5 years.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "PFS", "55", "%", "at", "1", "year", "and", "9", "%", "at", "5", "years", "." ] } ]
PMC11377827
We therefore examined where USP43 was localised within the cell, and if this altered under hypoxic conditions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "therefore", "examined", "where", "USP43", "was", "localised", "within", "the", "cell", ",", "and", "if", "this", "altered", "under", "hypoxic", "conditions", "." ] } ]
PMC11045125
These results indicate that Myc-expressing lymphomas in this new model system have low levels of NF-κB2 and STAT3 activity, as is the case for human BLs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "results", "indicate", "that", "Myc-expressing", "lymphomas", "in", "this", "new", "model", "system", "have", "low", "levels", "of", "NF-κB2", "and", "STAT3", "activity", ",", "as", "is", "the", "case", "for", "human", "BLs", "." ] } ]
PMC10748106
Only two iridoids, D60 and D62, presented an hydroxymethyl in C8, as with Genipin, but D60 had an epoxy group between C7 and C8.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Only", "two", "iridoids", ",", "D60", "and", "D62", ",", "presented", "an", "hydroxymethyl", "in", "C8", ",", "as", "with", "Genipin", ",", "but", "D60", "had", "an", "epoxy", "group", "between", "C7", "and", "C8", "." ] } ]
PMC11806182
Due to their stability in circulation, exosomal miRNAs from various sources, including adipose tissue macrophages, can influence systemic processes such as insulin sensitivity and glucose homeostasis .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Due", "to", "their", "stability", "in", "circulation", ",", "exosomal", "miRNAs", "from", "various", "sources", ",", "including", "adipose", "tissue", "macrophages", ",", "can", "influence", "systemic", "processes", "such", "as", "insulin", "sensitivity", "and", "glucose", "homeostasis", "." ] } ]
PMC11718274
Epidermoid skin cancer originates from the squamous cells in the epidermis, the outermost layer of the skin, and is primarily driven by chronic exposure to ultraviolet radiation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Epidermoid", "skin", "cancer", "originates", "from", "the", "squamous", "cells", "in", "the", "epidermis", ",", "the", "outermost", "layer", "of", "the", "skin", ",", "and", "is", "primarily", "driven", "by", "chronic", "exposure", "to", "ultraviolet", "radiation", "." ] } ]
PMC9454852
The cytotoxic effect of BOLD-100 on two MPM cell lines, REN and MM98, was evaluated after 24 or 48 h treatment with increasing concentrations (0–1000 µM) of BOLD-100.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cytotoxic", "effect", "of", "BOLD-100", "on", "two", "MPM", "cell", "lines", ",", "REN", "and", "MM98", ",", "was", "evaluated", "after", "24", "or", "48", "h", "treatment", "with", "increasing", "concentrations", "(", "0–1000", "µM", ")", "of", "BOLD-100", "." ] } ]
PMC9429973
Respiratory and the urinary tract were the most common focus of infection.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Respiratory", "and", "the", "urinary", "tract", "were", "the", "most", "common", "focus", "of", "infection", "." ] } ]
PMC11525293
Cell extracts were prepared and analyzed by WB with an anti-ACE2 and anti-p63 Abs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "extracts", "were", "prepared", "and", "analyzed", "by", "WB", "with", "an", "anti-ACE2", "and", "anti-p63", "Abs", "." ] } ]
PMC5308810
A comparison of the changes in the cell population 72 h after treatment with suboptimal concentrations of cisplatin (1 μM), doxorubicin (10 nM), and paclitaxel (100 pM).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "comparison", "of", "the", "changes", "in", "the", "cell", "population", "72", "h", "after", "treatment", "with", "suboptimal", "concentrations", "of", "cisplatin", "(", "1", "μM", ")", ",", "doxorubicin", "(", "10", "nM", ")", ",", "and", "paclitaxel", "(", "100", "pM", ")", "." ] } ]
PMC11656380
Total RNA was extracted using the RNeasy Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany) and then converted to cDNA.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Total", "RNA", "was", "extracted", "using", "the", "RNeasy", "Mini", "Kit", "(", "Qiagen", ",", "Hilden", ",", "Germany", ")", "and", "then", "converted", "to", "cDNA", "." ] } ]
PMC11694066
Mean ± SD; n = 3.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mean", "±", "SD", ";", "n", "=", "3", "." ] } ]
PMC9509578
Cytochrome P450 (CYP) superfamily enzymes oxidize fatty acids, steroids, and xenobiotics.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cytochrome", "P450", "(", "CYP", ")", "superfamily", "enzymes", "oxidize", "fatty", "acids", ",", "steroids", ",", "and", "xenobiotics", "." ] } ]
PMC11792888
Representative histograms of the cell cycle in A549 cells, after scorpion venom treatment. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Representative", "histograms", "of", "the", "cell", "cycle", "in", "A549", "cells", ",", "after", "scorpion", "venom", "treatment", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
There is still no consensus regarding subsequent treatment, and outcomes remain poor.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "There", "is", "still", "no", "consensus", "regarding", "subsequent", "treatment", ",", "and", "outcomes", "remain", "poor", "." ] } ]
PMC11319300
ChIP-seq datasets for H3K4me1, H3K4me3, and H3K27ac histone modifications were retrieved as processed BigWig files from the NIH Epigenomic Roadmap (Bernstein et al., 2010) to determine the chromatin state surrounding MYEOV in human B cells, lung, liver and pancreas (Supplementary Table S1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ChIP-seq", "datasets", "for", "H3K4me1", ",", "H3K4me3", ",", "and", "H3K27ac", "histone", "modifications", "were", "retrieved", "as", "processed", "BigWig", "files", "from", "the", "NIH", "Epigenomic", "Roadmap", "(", "Bernstein", "et", "al.", ",", "2010", ")", "to", "determine", "the", "chromatin", "state", "surrounding", "MYEOV", "in", "human", "B", "cells", ",", "lung", ",", "liver", "and", "pancreas", "(", "Supplementary", "Table", "S1", ")", "." ] } ]
PMC11126803
F, luciferase reporter assay results revealed that overexpressing ERβ in the A498 cells led to increasing the luciferase reporter activity in WT, but not mutant type.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "F", ",", "luciferase", "reporter", "assay", "results", "revealed", "that", "overexpressing", "ERβ", "in", "the", "A498", "cells", "led", "to", "increasing", "the", "luciferase", "reporter", "activity", "in", "WT", ",", "but", "not", "mutant", "type", "." ] } ]
PMC9684669
Terfenadine reverses MDR in ovarian cancer cells by repressing ABCB1 expression (A) Dose-response curves for doxorubicin (Dox) in the presence or absence of 10 μM fexofenadine (Fex) in MDR ovarian cancer cells. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Terfenadine", "reverses", "MDR", "in", "ovarian", "cancer", "cells", "by", "repressing", "ABCB1", "expression", "(", "A", ")", "Dose-response", "curves", "for", "doxorubicin", "(", "Dox", ")", "in", "the", "presence", "or", "absence", "of", "10", "μM", "fexofenadine", "(", "Fex", ")", "in", "MDR", "ovarian", "cancer", "cells", ".", "(" ] } ]
PMC11806818
The catalytic activity of Ti3C2@Au@Pt NCs was verified by the colorimetric effect.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "catalytic", "activity", "of", "Ti3C2@Au@Pt", "NCs", "was", "verified", "by", "the", "colorimetric", "effect", "." ] } ]
PMC11306019
By this same time frame, EGCG alone was already displaying noticeable antagonistic effects against BTZ (Figures 5B–D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "By", "this", "same", "time", "frame", ",", "EGCG", "alone", "was", "already", "displaying", "noticeable", "antagonistic", "effects", "against", "BTZ", "(", "Figures", "5B", "–", "D", ")", "." ] } ]
PMC11228511
P < 0.0001. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P", "<", "0.0001", ".", "(" ] } ]
PMC11495567
The manufacturer’s protocol was followed using the 24-well BD Biocoat Matrigel invasion chambers and inserts (catalogue #354480) from Corning, Bedford, MA, USA.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "manufacturer", "’s", "protocol", "was", "followed", "using", "the", "24-well", "BD", "Biocoat", "Matrigel", "invasion", "chambers", "and", "inserts", "(", "catalogue", "#", "354480", ")", "from", "Corning", ",", "Bedford", ",", "MA", ",", "USA", "." ] } ]
PMC7305184
IRE can also be used for tumor and tissue ablation not amenable to surgical treatment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "IRE", "can", "also", "be", "used", "for", "tumor", "and", "tissue", "ablation", "not", "amenable", "to", "surgical", "treatment", "." ] } ]
PMC11519583
Cos7 cells (obtained from ATCC (Manassas, VA)) were cultured in DMEM supplemented with 10% (v/v) FBS at 37 °C in the presence of 5% CO2 and 20% O2.
[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cos7", "cells", "(", "obtained", "from", "ATCC", "(", "Manassas", ",", "VA", ")", ")", "were", "cultured", "in", "DMEM", "supplemented", "with", "10", "%", "(", "v/v", ")", "FBS", "at", "37", "°", "C", "in", "the", "presence", "of", "5", "%", "CO2", "and", "20", "%", "O2", "." ] } ]
PMC11477621
To assess the potential, those compounds with good HDAC inhibition (3d, 5a–l, 11, 14, 19a, and 20) were evaluated for their anti-proliferation against three different tumor cell lines, HCT-116 (human colon cancer cell line), HL-60 (human leukemia cell line), and RPMI-8226 (human myeloma cell line) (Table 4).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "assess", "the", "potential", ",", "those", "compounds", "with", "good", "HDAC", "inhibition", "(", "3d", ",", "5a", "–", "l", ",", "11", ",", "14", ",", "19a", ",", "and", "20", ")", "were", "evaluated", "for", "their", "anti-proliferation", "against", "three", "different", "tumor", "cell", "lines", ",", "HCT-116", "(", "human", "colon", "cancer", "cell", "line", ")", ",", "HL-60", "(", "human", "leukemia", "cell", "line", ")", ",", "and", "RPMI-8226", "(", "human", "myeloma", "cell", "line", ")", "(", "Table", "4", ")", "." ] } ]
PMC11532793
The edgeR divided-count pipeline is implemented in the edgeR package (14) available from Bioconductor (19).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "edgeR", "divided-count", "pipeline", "is", "implemented", "in", "the", "edgeR", "package", "(", "14", ")", "available", "from", "Bioconductor", "(", "19", ")", "." ] } ]
PMC11802855
Blocking CXCL7 may reduce MMP13 production, decrease osteoclast activation, and mitigate bone resorption, ultimately lowering fracture risk and improving patient outcomes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Blocking", "CXCL7", "may", "reduce", "MMP13", "production", ",", "decrease", "osteoclast", "activation", ",", "and", "mitigate", "bone", "resorption", ",", "ultimately", "lowering", "fracture", "risk", "and", "improving", "patient", "outcomes", "." ] } ]
PMC11397654
The target compounds were prepared in two steps from appropriately substituted 2,4-dichloropyrimidines and benzene 1,3-diamines, and their structures were confirmed by NMR spectroscopy, mass spectrometry, and, only for the dichloro derivative 72a, by X-ray diffraction analysis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "target", "compounds", "were", "prepared", "in", "two", "steps", "from", "appropriately", "substituted", "2,4-dichloropyrimidines", "and", "benzene", "1,3-diamines", ",", "and", "their", "structures", "were", "confirmed", "by", "NMR", "spectroscopy", ",", "mass", "spectrometry", ",", "and", ",", "only", "for", "the", "dichloro", "derivative", "72a", ",", "by", "X-ray", "diffraction", "analysis", "." ] } ]
PMC11782508
Flow cytometry analysis revealed a significant increase in the apoptotic population compared to untreated control cells (Fig. 8a-c).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Flow", "cytometry", "analysis", "revealed", "a", "significant", "increase", "in", "the", "apoptotic", "population", "compared", "to", "untreated", "control", "cells", "(", "Fig.", "8a-c", ")", "." ] } ]
PMC9275501
In addition to pH-responsive nanoparticles, redox-responsive nanoparticles were also used for the co-delivery of natural active ingredients and chemotherapy drugs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", "to", "pH-responsive", "nanoparticles", ",", "redox-responsive", "nanoparticles", "were", "also", "used", "for", "the", "co-delivery", "of", "natural", "active", "ingredients", "and", "chemotherapy", "drugs", "." ] } ]
PMC11367146
RMSF plot obtained during MD simulation of (C) apo-BCL2, BCL2-daucosterol and BCL2-gigantol (D) apo-ESR1, ESR1-daucosterol and ESR1-gigantol (F) apo-MMP9, MMP9-daucosterol and MMP9-gigantol complex.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "RMSF", "plot", "obtained", "during", "MD", "simulation", "of", "(", "C", ")", "apo-BCL2", ",", "BCL2-daucosterol", "and", "BCL2-gigantol", "(", "D", ")", "apo-ESR1", ",", "ESR1-daucosterol", "and", "ESR1-gigantol", "(", "F", ")", "apo-MMP9", ",", "MMP9-daucosterol", "and", "MMP9-gigantol", "complex", "." ] } ]
PMC11682172
CORO1A mRNA levels in all three breast cancer cell lines before and after CORO1A siRNA for 72 h. mRNA expression is reduced to almost undetectable in all three cell lines.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CORO1A", "mRNA", "levels", "in", "all", "three", "breast", "cancer", "cell", "lines", "before", "and", "after", "CORO1A", "siRNA", "for", "72", "h.", "mRNA", "expression", "is", "reduced", "to", "almost", "undetectable", "in", "all", "three", "cell", "lines", "." ] } ]
PMC11495567
We investigated the effect of the PCAIs on actin filaments in NCI-H23 cells using Alexa Fluor568 phalloidin mixed with Hoechst stain (Fig 10).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "investigated", "the", "effect", "of", "the", "PCAIs", "on", "actin", "filaments", "in", "NCI-H23", "cells", "using", "Alexa", "Fluor568", "phalloidin", "mixed", "with", "Hoechst", "stain", "(", "Fig", "10", ")", "." ] } ]
PMC11487720
Cell volume increase occurs normally in dividing cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "volume", "increase", "occurs", "normally", "in", "dividing", "cells", "." ] } ]
PMC11786704
All animal experiments in this study were approved by the Wenzhou Medical University Institutional Animal Care and Use Committee (Approval number: SYXK 2015-009).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "animal", "experiments", "in", "this", "study", "were", "approved", "by", "the", "Wenzhou", "Medical", "University", "Institutional", "Animal", "Care", "and", "Use", "Committee", "(", "Approval", "number", ":", "SYXK", "2015", "-", "009", ")", "." ] } ]
PMC8097906
was performed according to the Ibidi protocol with Ibidi culture inserts (μ-Dish 35 mm; Ibidi GmbH, Martinsried, Germany) and gap closure was analyzed as described previously .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "was", "performed", "according", "to", "the", "Ibidi", "protocol", "with", "Ibidi", "culture", "inserts", "(", "μ-Dish", "35", "mm", ";", "Ibidi", "GmbH", ",", "Martinsried", ",", "Germany", ")", "and", "gap", "closure", "was", "analyzed", "as", "described", "previously", "." ] } ]
PMC11411131
TrxR1 was fused with an N-terminal FLAG tag and a C-terminal HA tag.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "TrxR1", "was", "fused", "with", "an", "N-terminal", "FLAG", "tag", "and", "a", "C-terminal", "HA", "tag", "." ] } ]
PMC10706275
In the initial phase of our experiment, we employed the CHO-K1 as the foundational cell line.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "initial", "phase", "of", "our", "experiment", ",", "we", "employed", "the", "CHO-K1", "as", "the", "foundational", "cell", "line", "." ] } ]
PMC10253553
The inactivation/loss of VHL stabilizes Hypoxia Inducible Factor 1 subunit alpha (HIF-1α) protein .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "inactivation/loss", "of", "VHL", "stabilizes", "Hypoxia", "Inducible", "Factor", "1", "subunit", "alpha", "(", "HIF-1α", ")", "protein", "." ] } ]
PMC9429973
β0β0 patients were more likely to have pancreatic iron overload than both β+β+ patients (odds ratio-OR=4.39, 95%CI=2.01-9.61; P<0.0001) and β0β+patients (OR=4.14, 95%CI=1.94-8.86; P<0.0001).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "β0β0", "patients", "were", "more", "likely", "to", "have", "pancreatic", "iron", "overload", "than", "both", "β+β+", "patients", "(", "odds", "ratio-OR=4.39", ",", "95%CI=2.01", "-", "9.61", ";", "P<0.0001", ")", "and", "β0β+patients", "(", "OR=4.14", ",", "95%CI=1.94", "-", "8.86", ";", "P<0.0001", ")", "." ] } ]
PMC11279397
Phenolic compounds are recurrent and significant moieties in nature, playing a crucial role as authorized small molecule drugs .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Phenolic", "compounds", "are", "recurrent", "and", "significant", "moieties", "in", "nature", ",", "playing", "a", "crucial", "role", "as", "authorized", "small", "molecule", "drugs", "." ] } ]
PMC11757131
The PMECs were cultured in a 96-well culture plate and treated with different concentrations of 3-HIB (0, 0.2, 0.4, 0.8, and 1.6 mM) for 4, 8, 16, 24, and 48 h, after which 20 μL CCK-8 reagent was added to each well and incubation was continued for a further 2 h. The absorbance at 450 nm in each well was measured using an enzyme-labeling instrument (Thermo Fisher Scientific, Carlsbad, CA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "PMECs", "were", "cultured", "in", "a", "96-well", "culture", "plate", "and", "treated", "with", "different", "concentrations", "of", "3-HIB", "(", "0", ",", "0.2", ",", "0.4", ",", "0.8", ",", "and", "1.6", "mM", ")", "for", "4", ",", "8", ",", "16", ",", "24", ",", "and", "48", "h", ",", "after", "which", "20", "μL", "CCK-8", "reagent", "was", "added", "to", "each", "well", "and", "incubation", "was", "continued", "for", "a", "further", "2", "h.", "The", "absorbance", "at", "450", "nm", "in", "each", "well", "was", "measured", "using", "an", "enzyme-labeling", "instrument", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "Carlsbad", ",", "CA", ")", "." ] } ]
PMC10170482
Little attention is given to study how substrates with stiffness lower than 1 kPa impact HCC cellular functions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Little", "attention", "is", "given", "to", "study", "how", "substrates", "with", "stiffness", "lower", "than", "1", "kPa", "impact", "HCC", "cellular", "functions", "." ] } ]
PMC11612794
Although the hydrophobic residues of CENP-T are not thoroughly conserved in other species, the corresponding regions in human and mouse CENP-T contain a cluster of hydrophobic residues (Figure S4A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Although", "the", "hydrophobic", "residues", "of", "CENP-T", "are", "not", "thoroughly", "conserved", "in", "other", "species", ",", "the", "corresponding", "regions", "in", "human", "and", "mouse", "CENP-T", "contain", "a", "cluster", "of", "hydrophobic", "residues", "(", "Figure", "S4A", ")", "." ] } ]
PMC8728081
The Kajjali -Rasasindura water suspension was sonicated for 10 min and exposed to transparent zebrafish larvae to check the morphological and ROS changes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "Kajjali", "-Rasasindura", "water", "suspension", "was", "sonicated", "for", "10", "min", "and", "exposed", "to", "transparent", "zebrafish", "larvae", "to", "check", "the", "morphological", "and", "ROS", "changes", "." ] } ]
PMC11604768
b Four copies of a given TFBM were oriented on alternating sides of the DNA double helix using spacer sets of random nucleotides and rotated along the helix relative to the minimal promoter (TRE unit).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "b", "Four", "copies", "of", "a", "given", "TFBM", "were", "oriented", "on", "alternating", "sides", "of", "the", "DNA", "double", "helix", "using", "spacer", "sets", "of", "random", "nucleotides", "and", "rotated", "along", "the", "helix", "relative", "to", "the", "minimal", "promoter", "(", "TRE", "unit", ")", "." ] } ]
PMC11055510
In vivo, sh-circMAN1A2 lentivirus-infected A2780 cell tumor volume decreases compared to the sh-nc group, and ov-circMAN1A2 lentivirus-infected SKOV3 cell tumor volume increases compared to the mock group (Figs. 9B and 9C).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "vivo", ",", "sh-circMAN1A2", "lentivirus-infected", "A2780", "cell", "tumor", "volume", "decreases", "compared", "to", "the", "sh-nc", "group", ",", "and", "ov-circMAN1A2", "lentivirus-infected", "SKOV3", "cell", "tumor", "volume", "increases", "compared", "to", "the", "mock", "group", "(", "Figs.", "9B", "and", "9C", ")", "." ] } ]
PMC10317042
Interestingly, the knockdown of SOX10 reduced the expression of EWSR1::ATF1 at both the protein and mRNA levels (Fig. 5C and D; siRNA validation data are shown in Supplementary Fig. S4C and S4D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interestingly", ",", "the", "knockdown", "of", "SOX10", "reduced", "the", "expression", "of", "EWSR1::ATF1", "at", "both", "the", "protein", "and", "mRNA", "levels", "(", "Fig.", "5C", "and", "D", ";", "siRNA", "validation", "data", "are", "shown", "in", "Supplementary", "Fig.", "S4C", "and", "S4D", ")", "." ] } ]
PMC9429973
At a median follow-up of 58.2 months (range, 0.0–72.0; data cutoff Oct 1, 2021), median PFS was not reached (NR) (hazard ratio [HR]: 0.11) for A+O and A (HR: 0.21) vs 27.8 months for O+Clb (both P<0.0001).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "At", "a", "median", "follow-up", "of", "58.2", "months", "(", "range", ",", "0.0–72.0", ";", "data", "cutoff", "Oct", "1", ",", "2021", ")", ",", "median", "PFS", "was", "not", "reached", "(", "NR", ")", "(", "hazard", "ratio", "[", "HR", "]", ":", "0.11", ")", "for", "A+O", "and", "A", "(", "HR", ":", "0.21", ")", "vs", "27.8", "months", "for", "O+Clb", "(", "both", "P<0.0001", ")", "." ] } ]
PMC6461034
Treatment with individual drugs resulted in a significant reduction of organoid viability, with the combination of both inhibitors leading to almost complete abrogation of cell viability in CRC0254.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O" ], "tokens": [ "Treatment", "with", "individual", "drugs", "resulted", "in", "a", "significant", "reduction", "of", "organoid", "viability", ",", "with", "the", "combination", "of", "both", "inhibitors", "leading", "to", "almost", "complete", "abrogation", "of", "cell", "viability", "in", "CRC0254", "." ] } ]
PMC8740518
Notes.
[ { "tags": [ "O", "O" ], "tokens": [ "Notes", "." ] } ]
PMC11257988
Arbour et al. identified different biological subtypes of KRAS-mutant lung adenocarcinoma that could be associated with co-mutations and investigated the effect of co-mutations on patient prognosis and treatment response.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Arbour", "et", "al.", "identified", "different", "biological", "subtypes", "of", "KRAS-mutant", "lung", "adenocarcinoma", "that", "could", "be", "associated", "with", "co-mutations", "and", "investigated", "the", "effect", "of", "co-mutations", "on", "patient", "prognosis", "and", "treatment", "response", "." ] } ]
PMC11190538
Only little variations in pH occurred over the 21-day storage period, with minor drops until day 14 and minor rises on day 21.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Only", "little", "variations", "in", "pH", "occurred", "over", "the", "21-day", "storage", "period", ",", "with", "minor", "drops", "until", "day", "14", "and", "minor", "rises", "on", "day", "21", "." ] } ]
PMC11365427
Serum was collected immediately and used for metabolomics studies.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Serum", "was", "collected", "immediately", "and", "used", "for", "metabolomics", "studies", "." ] } ]