PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC2193049
The presence of the reference protein in the other lanes confirmed the expression of the MAGE-3 protein fragments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "presence", "of", "the", "reference", "protein", "in", "the", "other", "lanes", "confirmed", "the", "expression", "of", "the", "MAGE-3", "protein", "fragments", "." ] } ]
PMC11366496
The candidate genes contributing to tumor progression were identified using high‐throughput sequencing (NBT vs. LGG; LGG vs. HGG; NBT: NBT; LGG: low‐grade glioma; HGG: high‐grade glioma).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "candidate", "genes", "contributing", "to", "tumor", "progression", "were", "identified", "using", "high‐throughput", "sequencing", "(", "NBT", "vs.", "LGG", ";", "LGG", "vs.", "HGG", ";", "NBT", ":", "NBT", ";", "LGG", ":", "low‐grade", "glioma", ";", "HGG", ":", "high‐grade", "glioma", ")", "." ] } ]
PMC3203927
This suggests that the up-regulation of cytokines in 3D compared to 2D is not a random differential response but is pertinent as a similar response is elicited when a proven physiologically relevant microenvironmental platform is provided.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "suggests", "that", "the", "up-regulation", "of", "cytokines", "in", "3D", "compared", "to", "2D", "is", "not", "a", "random", "differential", "response", "but", "is", "pertinent", "as", "a", "similar", "response", "is", "elicited", "when", "a", "proven", "physiologically", "relevant", "microenvironmental", "platform", "is", "provided", "." ] } ]
PMC11013014
Infrared spectra were recorded on a Thermo Scientific Nicolet iS10 (Thermo Scientific, Waltham, MA, USA) and are presented in cm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Infrared", "spectra", "were", "recorded", "on", "a", "Thermo", "Scientific", "Nicolet", "iS10", "(", "Thermo", "Scientific", ",", "Waltham", ",", "MA", ",", "USA", ")", "and", "are", "presented", "in", "cm", "." ] } ]
PMC11741906
Our study also showed upregulation of hsa-miR-512-5p in ovarian cancer cell lines resistant to cisplatin compared to the sensitive cell line A2780.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O" ], "tokens": [ "Our", "study", "also", "showed", "upregulation", "of", "hsa-miR-512", "-", "5p", "in", "ovarian", "cancer", "cell", "lines", "resistant", "to", "cisplatin", "compared", "to", "the", "sensitive", "cell", "line", "A2780", "." ] } ]
PMC7823217
Nozzle gauge is one of the processing parameters determining the shear stress to which cells are exposed to along with the time necessary for the material to be placed to produce a 3D structure.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Nozzle", "gauge", "is", "one", "of", "the", "processing", "parameters", "determining", "the", "shear", "stress", "to", "which", "cells", "are", "exposed", "to", "along", "with", "the", "time", "necessary", "for", "the", "material", "to", "be", "placed", "to", "produce", "a", "3D", "structure", "." ] } ]
PMC11087301
By evaluating N-cadherin, EpCAM, CD45, Snail and Vimentin on CTCs obtained from invasive breast carcinoma patients, Tashireva and colleagues found heterogeneous CTC phenotypes indicating EMT flexibility .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "By", "evaluating", "N-cadherin", ",", "EpCAM", ",", "CD45", ",", "Snail", "and", "Vimentin", "on", "CTCs", "obtained", "from", "invasive", "breast", "carcinoma", "patients", ",", "Tashireva", "and", "colleagues", "found", "heterogeneous", "CTC", "phenotypes", "indicating", "EMT", "flexibility", "." ] } ]
PMC2193049
Indeed, transplantation of the MAGE-3271–279 sequence into two unrelated proteins (carrying either the residue histidine or isoleucine immediately after the COOH-terminal valine) did not result in the presentation of peptide MAGE-3271–279 (data not shown).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Indeed", ",", "transplantation", "of", "the", "MAGE-3271–279", "sequence", "into", "two", "unrelated", "proteins", "(", "carrying", "either", "the", "residue", "histidine", "or", "isoleucine", "immediately", "after", "the", "COOH-terminal", "valine", ")", "did", "not", "result", "in", "the", "presentation", "of", "peptide", "MAGE-3271–279", "(", "data", "not", "shown", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Aims: The primary endpoint was tumor size reduction.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "The", "primary", "endpoint", "was", "tumor", "size", "reduction", "." ] } ]
PMC11534035
The one-way ANOVA analysis was followed by Dunnetts’s or Tukey’s multiple comparisons test.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "one-way", "ANOVA", "analysis", "was", "followed", "by", "Dunnetts", "’s", "or", "Tukey", "’s", "multiple", "comparisons", "test", "." ] } ]
PMC11541409
Glycolysis, pentose phosphate pathway, and glutathione metabolism were also reported to be downregulated in imatinib-treated GIST T1 cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Glycolysis", ",", "pentose", "phosphate", "pathway", ",", "and", "glutathione", "metabolism", "were", "also", "reported", "to", "be", "downregulated", "in", "imatinib-treated", "GIST", "T1", "cells", "." ] } ]
PMC10745221
While no differences in protein arginine methylation between the 143B-P and 143B-R cells were observed, it is possible that changes in ADMA may occur at specific points during cell growth and be observed in synchronized cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "While", "no", "differences", "in", "protein", "arginine", "methylation", "between", "the", "143B-P", "and", "143B-R", "cells", "were", "observed", ",", "it", "is", "possible", "that", "changes", "in", "ADMA", "may", "occur", "at", "specific", "points", "during", "cell", "growth", "and", "be", "observed", "in", "synchronized", "cells", "." ] } ]
PMC11001582
A small craniotomy overlying motor cortex was then performed using a hand-held microdrill (WPI).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "small", "craniotomy", "overlying", "motor", "cortex", "was", "then", "performed", "using", "a", "hand-held", "microdrill", "(", "WPI", ")", "." ] } ]
PMC10932641
The most common subtype of RCC is clear-cell RCC (12), and the other subtypes are collectively referred to as non-clear cell RCC by clinical doctors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "most", "common", "subtype", "of", "RCC", "is", "clear-cell", "RCC", "(", "12", ")", ",", "and", "the", "other", "subtypes", "are", "collectively", "referred", "to", "as", "non-clear", "cell", "RCC", "by", "clinical", "doctors", "." ] } ]
PMC7090062
However, miR-30a overexpression partially reversed IM-induced LC3-II accumulation in GST cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "miR-30a", "overexpression", "partially", "reversed", "IM-induced", "LC3-II", "accumulation", "in", "GST", "cells", "." ] } ]
PMC11544122
P values are indicated for each comparison group.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "P", "values", "are", "indicated", "for", "each", "comparison", "group", "." ] } ]
PMC8316344
Knocking out GPX4 in mice results in tissue damage that is associated with the induction of ferroptosis .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Knocking", "out", "GPX4", "in", "mice", "results", "in", "tissue", "damage", "that", "is", "associated", "with", "the", "induction", "of", "ferroptosis", "." ] } ]
PMC9429973
Additional CA were CA defined as HR CA above.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additional", "CA", "were", "CA", "defined", "as", "HR", "CA", "above", "." ] } ]
PMC8956657
The scale bar is 10 μm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "scale", "bar", "is", "10", "μm", "." ] } ]
PMC9429973
CUT&RUN is a novel experimental approach providing high resolution profiling of epigenetic modifications and transcription factor binding.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CUT&RUN", "is", "a", "novel", "experimental", "approach", "providing", "high", "resolution", "profiling", "of", "epigenetic", "modifications", "and", "transcription", "factor", "binding", "." ] } ]
PMC11607638
Here, sulfakinin receptor regulation on Aedes aegypti mosquito blood meal intake was investigated.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Here", ",", "sulfakinin", "receptor", "regulation", "on", "Aedes", "aegypti", "mosquito", "blood", "meal", "intake", "was", "investigated", "." ] } ]
PMC9429973
Kinetics of the DNA damage response (DDR) was evaluated in BCAT1 knock-down cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Kinetics", "of", "the", "DNA", "damage", "response", "(", "DDR", ")", "was", "evaluated", "in", "BCAT1", "knock-down", "cells", "." ] } ]
PMC8708099
Higher doses of osthole increased IL1R1 (450 ng/mL; p = 0.0001) expression.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Higher", "doses", "of", "osthole", "increased", "IL1R1", "(", "450", "ng/mL", ";", "p", "=", "0.0001", ")", "expression", "." ] } ]
PMC7612475
It is becoming clear that the DDR does not solely focus on regulating cellular pathways linked with DNA metabolism, such as DNA replication and repair, but has also been implicated in controlling a variety of different RNA-regulatory processes, such as transcription, mRNA splicing, RNA export, and nonsense-mediated decay.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "is", "becoming", "clear", "that", "the", "DDR", "does", "not", "solely", "focus", "on", "regulating", "cellular", "pathways", "linked", "with", "DNA", "metabolism", ",", "such", "as", "DNA", "replication", "and", "repair", ",", "but", "has", "also", "been", "implicated", "in", "controlling", "a", "variety", "of", "different", "RNA-regulatory", "processes", ",", "such", "as", "transcription", ",", "mRNA", "splicing", ",", "RNA", "export", ",", "and", "nonsense-mediated", "decay", "." ] } ]
PMC11673128
As expected, cells harboring on-target mutations were not sensitive to TKIs in terms of CALR overexpression (i.e., crizotinib in AS4 cell line; Figure 1D, left panel), whereas off-target resistances did not interfere with CALR increase when the TKIs used were active on ALK domain (i.e., lorlatinib in AS4 cell line, Figure 1B, right panel; lorlatinib in CLB-Ga-LR1000, Figure 1C, right panel).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "expected", ",", "cells", "harboring", "on-target", "mutations", "were", "not", "sensitive", "to", "TKIs", "in", "terms", "of", "CALR", "overexpression", "(", "i.e.", ",", "crizotinib", "in", "AS4", "cell", "line", ";", "Figure", "1D", ",", "left", "panel", ")", ",", "whereas", "off-target", "resistances", "did", "not", "interfere", "with", "CALR", "increase", "when", "the", "TKIs", "used", "were", "active", "on", "ALK", "domain", "(", "i.e.", ",", "lorlatinib", "in", "AS4", "cell", "line", ",", "Figure", "1B", ",", "right", "panel", ";", "lorlatinib", "in", "CLB-Ga-LR1000", ",", "Figure", "1C", ",", "right", "panel", ")", "." ] } ]
PMC9118379
We then used the target–decoy approach described in Section 2.6.5 to determine the similarity score threshold between variant spectra and simulated spectra for the confidence results.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "then", "used", "the", "target", "–", "decoy", "approach", "described", "in", "Section", "2.6.5", "to", "determine", "the", "similarity", "score", "threshold", "between", "variant", "spectra", "and", "simulated", "spectra", "for", "the", "confidence", "results", "." ] } ]
PMC11714165
Genistein (GEN), hoechst 33 342, chlorpromazine (CPZ), and methyl‐β‐cyclodextrin (MβCD) were purchased from Sigma–Aldrich (USA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Genistein", "(", "GEN", ")", ",", "hoechst", "33", "342", ",", "chlorpromazine", "(", "CPZ", ")", ",", "and", "methyl‐β‐cyclodextrin", "(", "MβCD", ")", "were", "purchased", "from", "Sigma", "–", "Aldrich", "(", "USA", ")", "." ] } ]
PMC9351137
The fluorescence intensity of BAF53a and Tip60 clearly decreased in RNAi-treated compared to mock-treated cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "fluorescence", "intensity", "of", "BAF53a", "and", "Tip60", "clearly", "decreased", "in", "RNAi-treated", "compared", "to", "mock-treated", "cells", "." ] } ]
PMC9646302
To verify the role of LAPTM5 in 786-0 cell migration, a wound healing assay was performed, which suggested that overexpressed LAPTM5 promoted cell migration, whereas knockdown inhibited cell migration (Figure 3(a)).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "verify", "the", "role", "of", "LAPTM5", "in", "786", "-", "0", "cell", "migration", ",", "a", "wound", "healing", "assay", "was", "performed", ",", "which", "suggested", "that", "overexpressed", "LAPTM5", "promoted", "cell", "migration", ",", "whereas", "knockdown", "inhibited", "cell", "migration", "(", "Figure", "3(a", ")", ")", "." ] } ]
PMC11535726
Maximum Likelihood analysis was conducted using the IQ tree web server (http://iqtree.cibiv.univie.ac.at) and BI was carried out in the CIPRES web portal (Miller et al. 2010).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Maximum", "Likelihood", "analysis", "was", "conducted", "using", "the", "IQ", "tree", "web", "server", "(", "http://iqtree.cibiv.univie.ac.at", ")", "and", "BI", "was", "carried", "out", "in", "the", "CIPRES", "web", "portal", "(", "Miller", "et", "al.", "2010", ")", "." ] } ]
PMC11453018
Therefore, we hypothesized the opposite mechanism might apply when EWS::FLI1 is expressed in a permissive environment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "we", "hypothesized", "the", "opposite", "mechanism", "might", "apply", "when", "EWS::FLI1", "is", "expressed", "in", "a", "permissive", "environment", "." ] } ]
PMC7802142
Scale bar, 10 μm ReN cell-derived nanovesicles (ReN-NV) preparation and identification.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Scale", "bar", ",", "10", "μm", "ReN", "cell-derived", "nanovesicles", "(", "ReN-NV", ")", "preparation", "and", "identification", "." ] } ]
PMC9429973
stimulation and AdCAR-T cells might pave the way for rational design of more sophisticated treatment schedules.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "stimulation", "and", "AdCAR-T", "cells", "might", "pave", "the", "way", "for", "rational", "design", "of", "more", "sophisticated", "treatment", "schedules", "." ] } ]
PMC9429973
Patients with AML-M3 were excluded.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Patients", "with", "AML-M3", "were", "excluded", "." ] } ]
PMC11754291
Sequential Irradiation and Medium Exchange in Melanocyte Culture ± Keratinocyte-Conditioned Medium for Pro-Melanogenic Enzyme Analysis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Sequential", "Irradiation", "and", "Medium", "Exchange", "in", "Melanocyte", "Culture", "±", "Keratinocyte-Conditioned", "Medium", "for", "Pro-Melanogenic", "Enzyme", "Analysis", "." ] } ]
PMC9429973
Haematologists are familiar with the notion of uncertainty.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Haematologists", "are", "familiar", "with", "the", "notion", "of", "uncertainty", "." ] } ]
PMC11592008
Total cellular protein (5–15 µg) was mixed with concentrated Laemmli buffer and boiled at 95 °C for 5 min.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Total", "cellular", "protein", "(", "5–15", "µg", ")", "was", "mixed", "with", "concentrated", "Laemmli", "buffer", "and", "boiled", "at", "95", "°", "C", "for", "5", "min", "." ] } ]
PMC11719944
Immune checkpoint inhibitors play a vital role in immune tolerance by downregulating the immune system.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Immune", "checkpoint", "inhibitors", "play", "a", "vital", "role", "in", "immune", "tolerance", "by", "downregulating", "the", "immune", "system", "." ] } ]
PMC11742231
Specifically, this module will receive the output representation of each layer, , , where N is the number of nodes, and D is the feature vector dimension.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Specifically", ",", "this", "module", "will", "receive", "the", "output", "representation", "of", "each", "layer", ",", ",", ",", "where", "N", "is", "the", "number", "of", "nodes", ",", "and", "D", "is", "the", "feature", "vector", "dimension", "." ] } ]
PMC11401350
The percentage of cells expressing CD69 activation marker is shown for CD8 TILs positive for the anti-CD4CAR (hCD34 +) or not (hCD34-) (middle panel mean (SD) n = 5, t-test,**p < 0.01).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "percentage", "of", "cells", "expressing", "CD69", "activation", "marker", "is", "shown", "for", "CD8", "TILs", "positive", "for", "the", "anti-CD4CAR", "(", "hCD34", "+", ")", "or", "not", "(", "hCD34-", ")", "(", "middle", "panel", "mean", "(", "SD", ")", "n", "=", "5", ",", "t-test,**p", "<", "0.01", ")", "." ] } ]
PMC8759873
After culturing for 48 hours, observe the transfection efficiency of the cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "culturing", "for", "48", "hours", ",", "observe", "the", "transfection", "efficiency", "of", "the", "cells", "." ] } ]
PMC9429973
Results: A total of 1,110 aHL patients were included and the 5-year OS was 81% (95% CI, 79-84%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "A", "total", "of", "1,110", "aHL", "patients", "were", "included", "and", "the", "5-year", "OS", "was", "81", "%", "(", "95", "%", "CI", ",", "79", "-", "84", "%", ")", "." ] } ]
PMC9268183
and related species, vinblastine and vincristine from Catharanthus roseus (L.) G.Don or cyclolignans, such as podophyllotoxin, extracted from Podophyllum hexandrum Royle and P. peltatum L. .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "and", "related", "species", ",", "vinblastine", "and", "vincristine", "from", "Catharanthus", "roseus", "(", "L.", ")", "G.Don", "or", "cyclolignans", ",", "such", "as", "podophyllotoxin", ",", "extracted", "from", "Podophyllum", "hexandrum", "Royle", "and", "P.", "peltatum", "L.", "." ] } ]
PMC11539788
Four-week-old male nude mice (BALB/c-nu) were purchased from Hunan SJA Laboratory Animal Co., Ltd. (Hunan, China) and were housed in an SPF chamber at standard temperature and humidity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Four-week-old", "male", "nude", "mice", "(", "BALB/c-nu", ")", "were", "purchased", "from", "Hunan", "SJA", "Laboratory", "Animal", "Co.", ",", "Ltd.", "(", "Hunan", ",", "China", ")", "and", "were", "housed", "in", "an", "SPF", "chamber", "at", "standard", "temperature", "and", "humidity", "." ] } ]
PMC10936243
Currently, no specific training exists regarding this subject for Malaysian veterinary students that might enable development of a skill set, boosting confidence in this field.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Currently", ",", "no", "specific", "training", "exists", "regarding", "this", "subject", "for", "Malaysian", "veterinary", "students", "that", "might", "enable", "development", "of", "a", "skill", "set", ",", "boosting", "confidence", "in", "this", "field", "." ] } ]
PMC11437637
After PSM to reduce inter-group bias (Table 3), the baseline analysis included 86 patients (Table 3).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "PSM", "to", "reduce", "inter-group", "bias", "(", "Table", "3", ")", ",", "the", "baseline", "analysis", "included", "86", "patients", "(", "Table", "3", ")", "." ] } ]
PMC11629192
Afterward, seizure and rhabdomyolysis resolved, but other symptoms persisted.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Afterward", ",", "seizure", "and", "rhabdomyolysis", "resolved", ",", "but", "other", "symptoms", "persisted", "." ] } ]
PMC11583010
ETx-22 was from humanized 15A7.5 mAb.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ETx-22", "was", "from", "humanized", "15A7.5", "mAb", "." ] } ]
PMC7917457
To test this, we performed an interferon gamma (IFN-γ) enzyme-linked immune absorbent spot (ELISpot) using CD8 T cells isolated from melanoma patients NW-3568 and NW-1751.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "test", "this", ",", "we", "performed", "an", "interferon", "gamma", "(", "IFN-γ", ")", "enzyme-linked", "immune", "absorbent", "spot", "(", "ELISpot", ")", "using", "CD8", "T", "cells", "isolated", "from", "melanoma", "patients", "NW-3568", "and", "NW-1751", "." ] } ]
PMC9429973
NGS MRD (sensitivity 10) was performed in bone marrow in pts with available samples.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "NGS", "MRD", "(", "sensitivity", "10", ")", "was", "performed", "in", "bone", "marrow", "in", "pts", "with", "available", "samples", "." ] } ]
PMC8973085
Anal.
[ { "tags": [ "O", "O" ], "tokens": [ "Anal", "." ] } ]
PMC11052306
However, in those cases, CuCl2 is added to the free dendrimers and monomers in solution, i.e., it is not the preformed complex that is studied, contrarily to the previous experiments.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "in", "those", "cases", ",", "CuCl2", "is", "added", "to", "the", "free", "dendrimers", "and", "monomers", "in", "solution", ",", "i.e.", ",", "it", "is", "not", "the", "preformed", "complex", "that", "is", "studied", ",", "contrarily", "to", "the", "previous", "experiments", "." ] } ]
PMC11502962
MIF/CXCR4 axis was the most crosstalk ligand-receptor between tumor cells and macrophages in G01 (A) and G02 (B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "MIF/CXCR4", "axis", "was", "the", "most", "crosstalk", "ligand-receptor", "between", "tumor", "cells", "and", "macrophages", "in", "G01", "(", "A", ")", "and", "G02", "(", "B", ")", "." ] } ]
PMC11633763
A, B) ATP levels, Cellular G6P levels, glucose consumption and lactate production in 143B/shUSP22 cells (A) or U2OS/p‐USP22 cells (B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", ",", "B", ")", "ATP", "levels", ",", "Cellular", "G6P", "levels", ",", "glucose", "consumption", "and", "lactate", "production", "in", "143B/shUSP22", "cells", "(", "A", ")", "or", "U2OS/p‐USP22", "cells", "(", "B", ")", "." ] } ]
PMC9429973
G. Biagetti, A. Benetti, F. Polese, E. Cosi, I. Bertozzi, G. Ceolotto, M. L. Randi DIDAS, University of Padua, Padova, Italy Background: Absolute erythrocytosis is characterized by persistently raised Haemoglobin (Hb) and hematocrit (Ht) levels.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "G.", "Biagetti", ",", "A.", "Benetti", ",", "F.", "Polese", ",", "E.", "Cosi", ",", "I.", "Bertozzi", ",", "G.", "Ceolotto", ",", "M.", "L.", "Randi", "DIDAS", ",", "University", "of", "Padua", ",", "Padova", ",", "Italy", "Background", ":", "Absolute", "erythrocytosis", "is", "characterized", "by", "persistently", "raised", "Haemoglobin", "(", "Hb", ")", "and", "hematocrit", "(", "Ht", ")", "levels", "." ] } ]
PMC10507284
The TROAP was elevated in STS tissue and cell. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "TROAP", "was", "elevated", "in", "STS", "tissue", "and", "cell", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
Results: Patients had a mean age of 49.55 ± 14.15, 30% (6) male and 70% (14) female.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "Patients", "had", "a", "mean", "age", "of", "49.55", "±", "14.15", ",", "30", "%", "(", "6", ")", "male", "and", "70", "%", "(", "14", ")", "female", "." ] } ]
PMC10443665
B. Samii acquired the data.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "B.", "Samii", "acquired", "the", "data", "." ] } ]
PMC11536589
The mutational activation of the KRAS oncogene is a crucial and necessary stage in initiating and sustaining the progression of PDAC.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "mutational", "activation", "of", "the", "KRAS", "oncogene", "is", "a", "crucial", "and", "necessary", "stage", "in", "initiating", "and", "sustaining", "the", "progression", "of", "PDAC", "." ] } ]
PMC9587298
Phenolic compounds in peanuts also demonstrated an antiglycative potential using a BSA model and cytoprotective effect against MGO in human umbilical vein endothelial (HUVECs) cells (Park, Do, Lee, Jeong, Lim, & Kim, 2017).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Phenolic", "compounds", "in", "peanuts", "also", "demonstrated", "an", "antiglycative", "potential", "using", "a", "BSA", "model", "and", "cytoprotective", "effect", "against", "MGO", "in", "human", "umbilical", "vein", "endothelial", "(", "HUVECs", ")", "cells", "(", "Park", ",", "Do", ",", "Lee", ",", "Jeong", ",", "Lim", ",", "&", "Kim", ",", "2017", ")", "." ] } ]
PMC11381192
Multivariate analysis substantiated the independent prognostic role of CSI.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Multivariate", "analysis", "substantiated", "the", "independent", "prognostic", "role", "of", "CSI", "." ] } ]
PMC11515150
In contrast, commercial CD5 antibody specifically bound to CD5-FL 293T cells instead of CD5-Trunc 293T cells (Fig. 1c).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", ",", "commercial", "CD5", "antibody", "specifically", "bound", "to", "CD5-FL", "293", "T", "cells", "instead", "of", "CD5-Trunc", "293", "T", "cells", "(", "Fig.", "1c", ")", "." ] } ]
PMC4270159
The effect of the secondary kinase inhibitor alone will also be assessed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "effect", "of", "the", "secondary", "kinase", "inhibitor", "alone", "will", "also", "be", "assessed", "." ] } ]
PMC10976516
Zhang et al.Complete E1B-deleted conditionally replicating Ad (CRAd) Adhz60Intratumoral and intrape, with temozolomide (TMZ)H441 human lung tumor cell line in subcutaneous xenotransplant model.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Zhang", "et", "al.", "Complete", "E1B-deleted", "conditionally", "replicating", "Ad", "(", "CRAd", ")", "Adhz60Intratumoral", "and", "intrape", ",", "with", "temozolomide", "(TMZ)H441", "human", "lung", "tumor", "cell", "line", "in", "subcutaneous", "xenotransplant", "model", "." ] } ]
PMC11721587
However, depletion of Sufu allowed Fu and Fu to phosphorylate Ci (Fig. 1M), suggesting that both Fu and Fu have normal kinase activity that can phosphorylate unbound Ci.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "depletion", "of", "Sufu", "allowed", "Fu", "and", "Fu", "to", "phosphorylate", "Ci", "(", "Fig.", "1", "M", ")", ",", "suggesting", "that", "both", "Fu", "and", "Fu", "have", "normal", "kinase", "activity", "that", "can", "phosphorylate", "unbound", "Ci", "." ] } ]
PMC9429973
With a median follow up of 3.1 years, 3-year DFS was 68% in CR1 and 67% in CR2 patients (p=0.41); 3-year OS was 80% in CR1 and 71% in CR2 patients (p=0.32).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "With", "a", "median", "follow", "up", "of", "3.1", "years", ",", "3-year", "DFS", "was", "68", "%", "in", "CR1", "and", "67", "%", "in", "CR2", "patients", "(", "p=0.41", ")", ";", "3-year", "OS", "was", "80", "%", "in", "CR1", "and", "71", "%", "in", "CR2", "patients", "(", "p=0.32", ")", "." ] } ]
PMC10507284
Finally, observe and record the staining results under a microscope.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Finally", ",", "observe", "and", "record", "the", "staining", "results", "under", "a", "microscope", "." ] } ]
PMC11772449
During the experiment, the cell state was observed every 2 days (at least) and the medium was replaced at the appropriate time, and the cells were placed in a cell incubator and continued to be cultured until the end of the experiment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "During", "the", "experiment", ",", "the", "cell", "state", "was", "observed", "every", "2", "days", "(", "at", "least", ")", "and", "the", "medium", "was", "replaced", "at", "the", "appropriate", "time", ",", "and", "the", "cells", "were", "placed", "in", "a", "cell", "incubator", "and", "continued", "to", "be", "cultured", "until", "the", "end", "of", "the", "experiment", "." ] } ]
PMC11698348
Data are presented as mean ± SEM values from three independent experiments. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "are", "presented", "as", "mean", "±", "SEM", "values", "from", "three", "independent", "experiments", ".", "(" ] } ]
PMC11604830
A magnification of the 3.5–3.9 ppm spectral window is displayed in the dashed frame, to better appreciate the main peak of DSPE‐PEG2000 and Kolliphor® P188 (3.71 ppm).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "magnification", "of", "the", "3.5–3.9", "ppm", "spectral", "window", "is", "displayed", "in", "the", "dashed", "frame", ",", "to", "better", "appreciate", "the", "main", "peak", "of", "DSPE‐PEG2000", "and", "Kolliphor", "®", "P188", "(", "3.71", "ppm", ")", "." ] } ]
PMC10944868
In general, a drug candidate with a TPSA value between 20 and 140 Å is considered to have favorable ADME properties.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "general", ",", "a", "drug", "candidate", "with", "a", "TPSA", "value", "between", "20", "and", "140", "Å", "is", "considered", "to", "have", "favorable", "ADME", "properties", "." ] } ]
PMC11380454
We further revealed that tellurium(IV)-mediated inhibition of VLA-4 integrin activity resulted in the conversion of chemotherapy-resistant to chemotherapy-sensitive human myeloid leukemia cells both in vitro and in vivo, enabling the eradication of residual leukemic cells 29.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "further", "revealed", "that", "tellurium(IV)-mediated", "inhibition", "of", "VLA-4", "integrin", "activity", "resulted", "in", "the", "conversion", "of", "chemotherapy-resistant", "to", "chemotherapy-sensitive", "human", "myeloid", "leukemia", "cells", "both", "in", "vitro", "and", "in", "vivo", ",", "enabling", "the", "eradication", "of", "residual", "leukemic", "cells", "29", "." ] } ]
PMC9895440
Cells were rested overnight in fresh medium and 50 U/ml IL-2 and then stimulated either 1x with T2+ peptide and analyzed on day 3 (Teff) or repetitively for 4x T2+ peptide as described above (Tex).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "rested", "overnight", "in", "fresh", "medium", "and", "50", "U/ml", "IL-2", "and", "then", "stimulated", "either", "1x", "with", "T2", "+", "peptide", "and", "analyzed", "on", "day", "3", "(", "Teff", ")", "or", "repetitively", "for", "4x", "T2", "+", "peptide", "as", "described", "above", "(", "Tex", ")", "." ] } ]
PMC11411004
In this study, a dual promoter vector expressing the LC/HC genes of adalimumab driven by the CMV and EF-1α promoters, respectively, was used in this study (Yang et al. 2022).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "a", "dual", "promoter", "vector", "expressing", "the", "LC/HC", "genes", "of", "adalimumab", "driven", "by", "the", "CMV", "and", "EF-1α", "promoters", ",", "respectively", ",", "was", "used", "in", "this", "study", "(", "Yang", "et", "al.", "2022", ")", "." ] } ]
PMC11679892
Neuroblastoma, which shows great clinical and genetic heterogeneity, presents challenges that limit the effectiveness of current treatment methods .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Neuroblastoma", ",", "which", "shows", "great", "clinical", "and", "genetic", "heterogeneity", ",", "presents", "challenges", "that", "limit", "the", "effectiveness", "of", "current", "treatment", "methods", "." ] } ]
PMC8345486
Spheroid aggregates of cancer cells show increased survival capacity and resistance to chemotherapy.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Spheroid", "aggregates", "of", "cancer", "cells", "show", "increased", "survival", "capacity", "and", "resistance", "to", "chemotherapy", "." ] } ]
PMC11705630
In this study, we demonstrated a regulatory role GLDC in the progression of RCC.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "we", "demonstrated", "a", "regulatory", "role", "GLDC", "in", "the", "progression", "of", "RCC", "." ] } ]
PMC9429973
With the availability of treatments there arose a need for early confirmation of presence or absence of antibodies against COVID-19 and testing for antibody was introduced into routine practice for patients about to commence chemotherapy, or those who had yet to complete the four-dose protocol.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "With", "the", "availability", "of", "treatments", "there", "arose", "a", "need", "for", "early", "confirmation", "of", "presence", "or", "absence", "of", "antibodies", "against", "COVID-19", "and", "testing", "for", "antibody", "was", "introduced", "into", "routine", "practice", "for", "patients", "about", "to", "commence", "chemotherapy", ",", "or", "those", "who", "had", "yet", "to", "complete", "the", "four-dose", "protocol", "." ] } ]
PMC5600151
Using one of these strategies, Satsangi et al. developed PAMAM dendrimers of fourth generation conjugating PTX through a glycine-phenylalanine-leucine-glycine peptide linker that is cleavable by cathepsin B, an enzyme upregulated in metastatic breast cancer.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Using", "one", "of", "these", "strategies", ",", "Satsangi", "et", "al.", "developed", "PAMAM", "dendrimers", "of", "fourth", "generation", "conjugating", "PTX", "through", "a", "glycine-phenylalanine-leucine-glycine", "peptide", "linker", "that", "is", "cleavable", "by", "cathepsin", "B", ",", "an", "enzyme", "upregulated", "in", "metastatic", "breast", "cancer", "." ] } ]
PMC11640419
Prior research has demonstrated that p53 facilitates the transcription of Bax and Bad, which regulate the release of cytochrome c from mitochondria and induce cellular apoptosis by activating the cleavage of caspase-3 and caspase-9 .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Prior", "research", "has", "demonstrated", "that", "p53", "facilitates", "the", "transcription", "of", "Bax", "and", "Bad", ",", "which", "regulate", "the", "release", "of", "cytochrome", "c", "from", "mitochondria", "and", "induce", "cellular", "apoptosis", "by", "activating", "the", "cleavage", "of", "caspase-3", "and", "caspase-9", "." ] } ]
PMC11718817
Late measurements demonstrated an overall higher arrest coefficient throughout all groups, possibly associated with dissolution of the spheroid and dispersed presence of antigen within the migratory field (Figure 3C,D and Figure 4D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Late", "measurements", "demonstrated", "an", "overall", "higher", "arrest", "coefficient", "throughout", "all", "groups", ",", "possibly", "associated", "with", "dissolution", "of", "the", "spheroid", "and", "dispersed", "presence", "of", "antigen", "within", "the", "migratory", "field", "(", "Figure", "3C", ",", "D", "and", "Figure", "4D", ")", "." ] } ]
PMC11481779
Finally, after the decoder is done, we apply an additional convolutional layer (kernel size of 3 and padding of 1) that changes dimensions from 512 to 1, leaving us with the heatmap of size (256, 256).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Finally", ",", "after", "the", "decoder", "is", "done", ",", "we", "apply", "an", "additional", "convolutional", "layer", "(", "kernel", "size", "of", "3", "and", "padding", "of", "1", ")", "that", "changes", "dimensions", "from", "512", "to", "1", ",", "leaving", "us", "with", "the", "heatmap", "of", "size", "(", "256", ",", "256", ")", "." ] } ]
PMC9436459
It is currently considered as a valid therapeutic target for type 2 diabetes mellitus and obesity .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "is", "currently", "considered", "as", "a", "valid", "therapeutic", "target", "for", "type", "2", "diabetes", "mellitus", "and", "obesity", "." ] } ]
PMC8750422
An HRP-conjugated anti-mouse IgG antibody (Bio-Rad, Hercules, CA, USA) was used as the secondary antibody.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "An", "HRP-conjugated", "anti-mouse", "IgG", "antibody", "(", "Bio-Rad", ",", "Hercules", ",", "CA", ",", "USA", ")", "was", "used", "as", "the", "secondary", "antibody", "." ] } ]
PMC11583010
Xenografted NSG mice were treated with a single dose or two doses of ETx-22 and compared with a control ADC, as indicated.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Xenografted", "NSG", "mice", "were", "treated", "with", "a", "single", "dose", "or", "two", "doses", "of", "ETx-22", "and", "compared", "with", "a", "control", "ADC", ",", "as", "indicated", "." ] } ]
PMC10988555
Representative natural transition orbital pairs along with the respective coefficients for the TD-DFT calculated low-energy excitations of complexes 1-4.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Representative", "natural", "transition", "orbital", "pairs", "along", "with", "the", "respective", "coefficients", "for", "the", "TD-DFT", "calculated", "low-energy", "excitations", "of", "complexes", "1", "-", "4", "." ] } ]
PMC4270159
Treatment of the cells with the secondary kinase inhibitor alone.a.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Treatment", "of", "the", "cells", "with", "the", "secondary", "kinase", "inhibitor", "alone.a", "." ] } ]
PMC9268620
In some cells, cell and nuclear convolutions were obviously seen.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "some", "cells", ",", "cell", "and", "nuclear", "convolutions", "were", "obviously", "seen", "." ] } ]
PMC5261804
Cell line metadata was obtained from both Achilles and the Cancer Cell Line Encyclopedia (CCLE, http://www.broadinstitute.org/ccle), including histology and organ site, mutations, copy number variation and sensitivities to compounds in the CCLE library.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "line", "metadata", "was", "obtained", "from", "both", "Achilles", "and", "the", "Cancer", "Cell", "Line", "Encyclopedia", "(", "CCLE", ",", "http://www.broadinstitute.org/ccle", ")", ",", "including", "histology", "and", "organ", "site", ",", "mutations", ",", "copy", "number", "variation", "and", "sensitivities", "to", "compounds", "in", "the", "CCLE", "library", "." ] } ]
PMC11394386
In order to evaluate the PI3K/AKT pathways, Western blot experiments were performed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "order", "to", "evaluate", "the", "PI3K/AKT", "pathways", ",", "Western", "blot", "experiments", "were", "performed", "." ] } ]
PMC11755624
Researchers demonstrated that numerous stimulants enhance keratinocyte proliferation, including high levels of double-stranded DNA fragments , adipokines , mechanical stretch , and inflammatory molecules , among many others.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Researchers", "demonstrated", "that", "numerous", "stimulants", "enhance", "keratinocyte", "proliferation", ",", "including", "high", "levels", "of", "double-stranded", "DNA", "fragments", ",", "adipokines", ",", "mechanical", "stretch", ",", "and", "inflammatory", "molecules", ",", "among", "many", "others", "." ] } ]
PMC11659921
Additionally, we utilized the TIDE algorithm to predict the possible response to immune checkpoint blockade (ICB).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "we", "utilized", "the", "TIDE", "algorithm", "to", "predict", "the", "possible", "response", "to", "immune", "checkpoint", "blockade", "(", "ICB", ")", "." ] } ]
PMC8864075
For reTFAE, the three main components and their mass percentages were baicalein (65.8%, Sichuan Weikeqi Biological, wkq-00289), wogonin (21.2%, Sichuan Weikeqi Biological, wkq-00245), and oroxylin-A (13.0%, Sichuan Weikeqi Biological, wkq-00180).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "reTFAE", ",", "the", "three", "main", "components", "and", "their", "mass", "percentages", "were", "baicalein", "(", "65.8", "%", ",", "Sichuan", "Weikeqi", "Biological", ",", "wkq-00289", ")", ",", "wogonin", "(", "21.2", "%", ",", "Sichuan", "Weikeqi", "Biological", ",", "wkq-00245", ")", ",", "and", "oroxylin-A", "(", "13.0", "%", ",", "Sichuan", "Weikeqi", "Biological", ",", "wkq-00180", ")", "." ] } ]
PMC11351758
We then exposed the cells to varying stress conditions of hydrogen peroxide at 1 mM, 10 mM, 50 mM, 100 mM, and 500 mM for 30 min at room temperature.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "then", "exposed", "the", "cells", "to", "varying", "stress", "conditions", "of", "hydrogen", "peroxide", "at", "1", "mM", ",", "10", "mM", ",", "50", "mM", ",", "100", "mM", ",", "and", "500", "mM", "for", "30", "min", "at", "room", "temperature", "." ] } ]
PMC11604830
For the three phantoms for MRI characterization, six decreasing concentrations (100, 75, 50, 25, 10, 2%) of each nanosystem preparation were diluted 1:1 in 2% low‐gelling agar (final volume 300 μL) and transferred in Eppendorf® Microcentrifuge Tubes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "the", "three", "phantoms", "for", "MRI", "characterization", ",", "six", "decreasing", "concentrations", "(", "100", ",", "75", ",", "50", ",", "25", ",", "10", ",", "2", "%", ")", "of", "each", "nanosystem", "preparation", "were", "diluted", "1:1", "in", "2", "%", "low‐gelling", "agar", "(", "final", "volume", "300", "μL", ")", "and", "transferred", "in", "Eppendorf", "®", "Microcentrifuge", "Tubes", "." ] } ]
PMC6364197
DDR1 functions as the unique receptor tyrosine kinase (RTK) which can be activated by collagen (12,13).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "DDR1", "functions", "as", "the", "unique", "receptor", "tyrosine", "kinase", "(", "RTK", ")", "which", "can", "be", "activated", "by", "collagen", "(", "12,13", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Furthermore, Group-2 pts suffered more often from hypertension and chronic kidney disease and used more often anticoagulant agents.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "Group-2", "pts", "suffered", "more", "often", "from", "hypertension", "and", "chronic", "kidney", "disease", "and", "used", "more", "often", "anticoagulant", "agents", "." ] } ]
PMC10048572
The proposed in vitro model of tumor evolution also demonstrated that the accumulation of mutations occur permanently during cell culture.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "proposed", "in", "vitro", "model", "of", "tumor", "evolution", "also", "demonstrated", "that", "the", "accumulation", "of", "mutations", "occur", "permanently", "during", "cell", "culture", "." ] } ]
PMC11799620
Cadmium (Cd) is among the most poisonous heavy metals.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cadmium", "(", "Cd", ")", "is", "among", "the", "most", "poisonous", "heavy", "metals", "." ] } ]
PMC11470999
The data showed that in melanoma cells with stable knockdown of BRCA1, CUL3, RNF4, UBR5, and CHIP, the reduction in CIP2A levels upon PF treatment was not reversed (Figures 6B and S6).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "data", "showed", "that", "in", "melanoma", "cells", "with", "stable", "knockdown", "of", "BRCA1", ",", "CUL3", ",", "RNF4", ",", "UBR5", ",", "and", "CHIP", ",", "the", "reduction", "in", "CIP2A", "levels", "upon", "PF", "treatment", "was", "not", "reversed", "(", "Figures", "6B", "and", "S6", ")", "." ] } ]