OTAR3088/BioData-CellLine_annotated · Datasets at Hugging Face

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PMC11754291	The feeder layer fibroblasts were isolated from the dermis (foreskin) of a 10-day-old donor, which had been previously separated from the epidermis using a thermolysin solution, by incubating the tissue in a collagenase H solution (0.125 U/mL; Roche Diagnostics, Laval, Quebec, Canada) for 3 h at 37°C (Le-Bel et al., 2019).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "feeder", "layer", "fibroblasts", "were", "isolated", "from", "the", "dermis", "(", "foreskin", ")", "of", "a", "10-day-old", "donor", ",", "which", "had", "been", "previously", "separated", "from", "the", "epidermis", "using", "a", "thermolysin", "solution", ",", "by", "incubating", "the", "tissue", "in", "a", "collagenase", "H", "solution", "(", "0.125", "U/mL", ";", "Roche", "Diagnostics", ",", "Laval", ",", "Quebec", ",", "Canada", ")", "for", "3", "h", "at", "37", "°", "C", "(", "Le-Bel", "et", "al.", ",", "2019", ")", "." ] } ]
PMC9874064	These drugs can cause DNA damage and induce cell apoptosis by cross-linking with DNAs in cancer cells .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "drugs", "can", "cause", "DNA", "damage", "and", "induce", "cell", "apoptosis", "by", "cross-linking", "with", "DNAs", "in", "cancer", "cells", "." ] } ]
PMC10998613	A 100× TIRF oil objective (Nikon) was used for the excitation laser focus and emitted fluorescence collection.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "100", "×", "TIRF", "oil", "objective", "(", "Nikon", ")", "was", "used", "for", "the", "excitation", "laser", "focus", "and", "emitted", "fluorescence", "collection", "." ] } ]
PMC9786247	Increased concentrations of pro-inflammatory cytokines were found in milk from cows with coliform mastitis .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Increased", "concentrations", "of", "pro-inflammatory", "cytokines", "were", "found", "in", "milk", "from", "cows", "with", "coliform", "mastitis", "." ] } ]
PMC11661040	The CGREF1 gene is homologous to the rat Cgr11 gene, which has been shown to edit secreted proteins involved in cell adhesion(Devnath et al. 2009).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "CGREF1", "gene", "is", "homologous", "to", "the", "rat", "Cgr11", "gene", ",", "which", "has", "been", "shown", "to", "edit", "secreted", "proteins", "involved", "in", "cell", "adhesion(Devnath", "et", "al.", "2009", ")", "." ] } ]
PMC9712534	FRAP analysis was performed on EGFP-TOP2B H58Y as described in (a). (	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "FRAP", "analysis", "was", "performed", "on", "EGFP-TOP2B", "H58Y", "as", "described", "in", "(", "a", ")", ".", "(" ] } ]
PMC11774747	Rossig et al. and Savoldo et al. reported that CAR stimulation alone was inadequate to maintain T cell proliferation and expansion (81, 82).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Rossig", "et", "al.", "and", "Savoldo", "et", "al.", "reported", "that", "CAR", "stimulation", "alone", "was", "inadequate", "to", "maintain", "T", "cell", "proliferation", "and", "expansion", "(", "81", ",", "82", ")", "." ] } ]
PMC11307990	The cell nucleus was labeled with Hoechst 33342 (blue), and 6HB-DONs were labeled with Cy5 (red). (	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cell", "nucleus", "was", "labeled", "with", "Hoechst", "33342", "(", "blue", ")", ",", "and", "6HB-DONs", "were", "labeled", "with", "Cy5", "(", "red", ")", ".", "(" ] } ]
PMC10818573	The reaction time was set to 5, 10, 15, or 20 min to observe amplification with a constant reaction temperature of 39 °C.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "reaction", "time", "was", "set", "to", "5", ",", "10", ",", "15", ",", "or", "20", "min", "to", "observe", "amplification", "with", "a", "constant", "reaction", "temperature", "of", "39", "°", "C", "." ] } ]
PMC11773391	Cells were visualised using a fluorescence microscope (IX5 Observer Inverted Microscope; Olympus, Tokyo, Japan).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "visualised", "using", "a", "fluorescence", "microscope", "(", "IX5", "Observer", "Inverted", "Microscope", ";", "Olympus", ",", "Tokyo", ",", "Japan", ")", "." ] } ]
PMC8345486	The spheroids in the suspension (0.15 mL) in the 96-well ultra-low attachment tissue culture plates were then treated with compound 23 alone, cisplatin, or in combination.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "spheroids", "in", "the", "suspension", "(", "0.15", "mL", ")", "in", "the", "96-well", "ultra-low", "attachment", "tissue", "culture", "plates", "were", "then", "treated", "with", "compound", "23", "alone", ",", "cisplatin", ",", "or", "in", "combination", "." ] } ]
PMC11127909	The apoptosis rate was analyzed by a FACSort Flow Cytometer.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "apoptosis", "rate", "was", "analyzed", "by", "a", "FACSort", "Flow", "Cytometer", "." ] } ]
PMC8526701	B BRD9 protein expression in GISTs and adjacent nontumor tissues was examined by western blotting.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "B", "BRD9", "protein", "expression", "in", "GISTs", "and", "adjacent", "nontumor", "tissues", "was", "examined", "by", "western", "blotting", "." ] } ]
PMC11377827	VEGF: control vs. Set1B sgRNA ****P < 0.0001.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "VEGF", ":", "control", "vs.", "Set1B", "sgRNA", "", "", "", "", "P", "<", "0.0001", "." ] } ]
PMC11454387	M. Tsachaki: None.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "M.", "Tsachaki", ":", "None", "." ] } ]
PMC9436459	Diene S186 was prepared from its precursor S185 by deprotection (Scheme 18), so were dienes S187 and S188 from their precursors S28 and S85, respectively (Scheme 19).Scheme 17Syntheses of dienophiles (S166 and 168) by the Lei groupScheme 18Syntheses of dienes (S176, S182, and S186− S188) by the Lei groupScheme 19MaDA-mediated chemoenzymatic total syntheses of chalcomoracin (5), 18″-O-methychalcomoracin (5b), guangsangon E (56), kuwanol E (62), kuwanon J (81), and deoxyartonin I (102) by the Lei group Syntheses of dienophiles (S166 and 168) by the Lei group Syntheses of dienes (S176, S182, and S186− S188) by the Lei group MaDA-mediated chemoenzymatic total syntheses of chalcomoracin (5), 18″-O-methychalcomoracin (5b), guangsangon E (56), kuwanol E (62), kuwanon J (81), and deoxyartonin I (102) by the Lei group As show in Scheme 19, during the final MaDA-mediated chemoenzymatic Diels–Alder cycloaddition, chalcone dienophiles was directly subjected to the corresponding mixture produced by deprotection of diene precursors to yield target MDAAs with high enantioselectivity.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Diene", "S186", "was", "prepared", "from", "its", "precursor", "S185", "by", "deprotection", "(", "Scheme", "18", ")", ",", "so", "were", "dienes", "S187", "and", "S188", "from", "their", "precursors", "S28", "and", "S85", ",", "respectively", "(", "Scheme", "19).Scheme", "17Syntheses", "of", "dienophiles", "(", "S166", "and", "168", ")", "by", "the", "Lei", "groupScheme", "18Syntheses", "of", "dienes", "(", "S176", ",", "S182", ",", "and", "S186−", "S188", ")", "by", "the", "Lei", "groupScheme", "19MaDA-mediated", "chemoenzymatic", "total", "syntheses", "of", "chalcomoracin", "(", "5", ")", ",", "18″-O-methychalcomoracin", "(", "5b", ")", ",", "guangsangon", "E", "(", "56", ")", ",", "kuwanol", "E", "(", "62", ")", ",", "kuwanon", "J", "(", "81", ")", ",", "and", "deoxyartonin", "I", "(", "102", ")", "by", "the", "Lei", "group", "Syntheses", "of", "dienophiles", "(", "S166", "and", "168", ")", "by", "the", "Lei", "group", "Syntheses", "of", "dienes", "(", "S176", ",", "S182", ",", "and", "S186−", "S188", ")", "by", "the", "Lei", "group", "MaDA-mediated", "chemoenzymatic", "total", "syntheses", "of", "chalcomoracin", "(", "5", ")", ",", "18″-O-methychalcomoracin", "(", "5b", ")", ",", "guangsangon", "E", "(", "56", ")", ",", "kuwanol", "E", "(", "62", ")", ",", "kuwanon", "J", "(", "81", ")", ",", "and", "deoxyartonin", "I", "(", "102", ")", "by", "the", "Lei", "group", "As", "show", "in", "Scheme", "19", ",", "during", "the", "final", "MaDA-mediated", "chemoenzymatic", "Diels", "–", "Alder", "cycloaddition", ",", "chalcone", "dienophiles", "was", "directly", "subjected", "to", "the", "corresponding", "mixture", "produced", "by", "deprotection", "of", "diene", "precursors", "to", "yield", "target", "MDAAs", "with", "high", "enantioselectivity", "." ] } ]
PMC11650848	Theta band power has been negatively associated to alertness, while beta has been positively associated to attention .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Theta", "band", "power", "has", "been", "negatively", "associated", "to", "alertness", ",", "while", "beta", "has", "been", "positively", "associated", "to", "attention", "." ] } ]
PMC8592717	The amount of PCA and PAL varies based on the plant part; for example, 0.832 mg/kg fresh weight of PCA is present in Alpinia oxyphylla (AOF) fruit, while about 11.3 mg/kg is found in its air-dried kernels .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "amount", "of", "PCA", "and", "PAL", "varies", "based", "on", "the", "plant", "part", ";", "for", "example", ",", "0.832", "mg/kg", "fresh", "weight", "of", "PCA", "is", "present", "in", "Alpinia", "oxyphylla", "(", "AOF", ")", "fruit", ",", "while", "about", "11.3", "mg/kg", "is", "found", "in", "its", "air-dried", "kernels", "." ] } ]
PMC9918897	with which they interact .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "with", "which", "they", "interact", "." ] } ]
PMC9164404	In a word, up to now, Although thousands of Pt(IV) prodrugs and their DDS have been developed, and some of them showed excellent clinical translational prospect and even entered clinical research, the mechanism of Pt(IV) prodrugs and their DDS at the molecular level remains unknown, which hampers their further clinical translation.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "a", "word", ",", "up", "to", "now", ",", "Although", "thousands", "of", "Pt(IV", ")", "prodrugs", "and", "their", "DDS", "have", "been", "developed", ",", "and", "some", "of", "them", "showed", "excellent", "clinical", "translational", "prospect", "and", "even", "entered", "clinical", "research", ",", "the", "mechanism", "of", "Pt(IV", ")", "prodrugs", "and", "their", "DDS", "at", "the", "molecular", "level", "remains", "unknown", ",", "which", "hampers", "their", "further", "clinical", "translation", "." ] } ]
PMC10993311	A 2-mL aliquot of peripheral maternal blood was also collected at the end of pregnancy into a VACUETTE EDTA tube, homogenized manually, and refrigerated for DNA extraction and methylation analysis.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "2-mL", "aliquot", "of", "peripheral", "maternal", "blood", "was", "also", "collected", "at", "the", "end", "of", "pregnancy", "into", "a", "VACUETTE", "EDTA", "tube", ",", "homogenized", "manually", ",", "and", "refrigerated", "for", "DNA", "extraction", "and", "methylation", "analysis", "." ] } ]
PMC6024716	Three all-in-one CRISPR/Cas9 lentiviral particles with single guide RNAs (sgRNAs) targeting the second exonic region of the OAZ1 gene were designed and purified by Sigma Aldrich.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Three", "all-in-one", "CRISPR/Cas9", "lentiviral", "particles", "with", "single", "guide", "RNAs", "(", "sgRNAs", ")", "targeting", "the", "second", "exonic", "region", "of", "the", "OAZ1", "gene", "were", "designed", "and", "purified", "by", "Sigma", "Aldrich", "." ] } ]
PMC9429973	Mechanistically, venetoclax with gilteritinib decreased phosphorylation of ERK and GSK3B with subsequent suppression of the antiapoptotic protein MCL-1.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mechanistically", ",", "venetoclax", "with", "gilteritinib", "decreased", "phosphorylation", "of", "ERK", "and", "GSK3B", "with", "subsequent", "suppression", "of", "the", "antiapoptotic", "protein", "MCL-1", "." ] } ]
PMC7229095	This could mask the results of genuine high producer cells, which may be missed (not picked).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "could", "mask", "the", "results", "of", "genuine", "high", "producer", "cells", ",", "which", "may", "be", "missed", "(", "not", "picked", ")", "." ] } ]
PMC11457557	Furthermore, a genome-wide search for DKD in African American families showed evidence for nephropathy loci on for susceptibility loci on chromosomes 3q, 7p, and 18q .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "a", "genome-wide", "search", "for", "DKD", "in", "African", "American", "families", "showed", "evidence", "for", "nephropathy", "loci", "on", "for", "susceptibility", "loci", "on", "chromosomes", "3q", ",", "7p", ",", "and", "18q", "." ] } ]
PMC11599565	Furthermore, βIII-tubulin expression was strongly stimulated by the MAP4K4i in SKOV3 cells, an effect not observed in the resistant SKOV3 subline.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "βIII-tubulin", "expression", "was", "strongly", "stimulated", "by", "the", "MAP4K4i", "in", "SKOV3", "cells", ",", "an", "effect", "not", "observed", "in", "the", "resistant", "SKOV3", "subline", "." ] } ]
PMC9429973	Most common cause of admission was respiratory failure, consistent with reported.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Most", "common", "cause", "of", "admission", "was", "respiratory", "failure", ",", "consistent", "with", "reported", "." ] } ]
PMC11470381	Incubate for an additional 15 min before tracking.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Incubate", "for", "an", "additional", "15", "min", "before", "tracking", "." ] } ]
PMC11743975	The underlying mechanism of these interesting phenomena is not clear, and we suspect that the light-induced mitochondrial aggregation may directly promote mitochondrial fusion.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "underlying", "mechanism", "of", "these", "interesting", "phenomena", "is", "not", "clear", ",", "and", "we", "suspect", "that", "the", "light-induced", "mitochondrial", "aggregation", "may", "directly", "promote", "mitochondrial", "fusion", "." ] } ]
PMC11743316	Additionally, ovarian cancer has been linked to targeted therapies and biomarkers found through various alteration processes underlying mitochondrial dysfunction, notably targeting (ROS), metabolites, rewind metabolic pathways, and chemo-resistant ovarian carcinoma cells.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "I-CellLine", "I-CellLine", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "ovarian", "cancer", "has", "been", "linked", "to", "targeted", "therapies", "and", "biomarkers", "found", "through", "various", "alteration", "processes", "underlying", "mitochondrial", "dysfunction", ",", "notably", "targeting", "(", "ROS", ")", ",", "metabolites", ",", "rewind", "metabolic", "pathways", ",", "and", "chemo-resistant", "ovarian", "carcinoma", "cells", "." ] } ]
PMC10898159	Current research is evaluating the agents target the high level of KIT expression, either alone or in combination with imatinib or other TKIs, aiming to circumvent the high rate of resistance.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Current", "research", "is", "evaluating", "the", "agents", "target", "the", "high", "level", "of", "KIT", "expression", ",", "either", "alone", "or", "in", "combination", "with", "imatinib", "or", "other", "TKIs", ",", "aiming", "to", "circumvent", "the", "high", "rate", "of", "resistance", "." ] } ]
PMC9874064	USP1 (Ubiquitin-specific protease 1) is closely related to the prognosis of patients with liver cancer and plays an important role in DNA damage repair.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "USP1", "(", "Ubiquitin-specific", "protease", "1", ")", "is", "closely", "related", "to", "the", "prognosis", "of", "patients", "with", "liver", "cancer", "and", "plays", "an", "important", "role", "in", "DNA", "damage", "repair", "." ] } ]
PMC11742431	A total of 6 h of treatment, with 0 h as control.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "total", "of", "6", "h", "of", "treatment", ",", "with", "0", "h", "as", "control", "." ] } ]
PMC7351993	Based on the extracted contours, the binary image mask of the cell was obtained after morphological analysis operations such as erosion, dilation, flood-fill, and convex-hall.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Based", "on", "the", "extracted", "contours", ",", "the", "binary", "image", "mask", "of", "the", "cell", "was", "obtained", "after", "morphological", "analysis", "operations", "such", "as", "erosion", ",", "dilation", ",", "flood-fill", ",", "and", "convex-hall", "." ] } ]
PMC11737091	The proliferation of ccRCC cells subjected to DBF4 knockdown was assessed via a cell counting kit 8 (CCK-8) (Monmouth Junction, NJ, USA).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "proliferation", "of", "ccRCC", "cells", "subjected", "to", "DBF4", "knockdown", "was", "assessed", "via", "a", "cell", "counting", "kit", "8", "(", "CCK-8", ")", "(", "Monmouth", "Junction", ",", "NJ", ",", "USA", ")", "." ] } ]
PMC6889484	Cell lystates were prepared using CelLytic M (Sigma) solution containing Protease Inhibitor Cocktail (Roche, Mannheim, Germany), followed by centrifugation at 10,000 × g for 10 min in a Heraeus Biofuge Fresco centrifuge to remove cellular debris.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell", "lystates", "were", "prepared", "using", "CelLytic", "M", "(", "Sigma", ")", "solution", "containing", "Protease", "Inhibitor", "Cocktail", "(", "Roche", ",", "Mannheim", ",", "Germany", ")", ",", "followed", "by", "centrifugation", "at", "10,000", "×", "g", "for", "10", "min", "in", "a", "Heraeus", "Biofuge", "Fresco", "centrifuge", "to", "remove", "cellular", "debris", "." ] } ]
PMC9436459	Mulberrofuran K (40) suppressed the production of NO, reactive oxygen species (ROS), and proinflammatory cytokines IL-1β, IL-6, and TNF-α in a dose-dependent manner in LPS-stimulated RAW264 cells .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Mulberrofuran", "K", "(", "40", ")", "suppressed", "the", "production", "of", "NO", ",", "reactive", "oxygen", "species", "(", "ROS", ")", ",", "and", "proinflammatory", "cytokines", "IL-1β", ",", "IL-6", ",", "and", "TNF-α", "in", "a", "dose-dependent", "manner", "in", "LPS-stimulated", "RAW264", "cells", "." ] } ]
PMC9516401	Next, a quantitative RT-PCR was carried out with specific primers for GAPDH and IDE enzymes.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Next", ",", "a", "quantitative", "RT-PCR", "was", "carried", "out", "with", "specific", "primers", "for", "GAPDH", "and", "IDE", "enzymes", "." ] } ]
PMC11269933	PK, as a key enzyme controlling this balance, participates in aerobic and anaerobic metabolism under various stressors.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "PK", ",", "as", "a", "key", "enzyme", "controlling", "this", "balance", ",", "participates", "in", "aerobic", "and", "anaerobic", "metabolism", "under", "various", "stressors", "." ] } ]
PMC11767725	Notably, SaGU1 did not harm S. epidermidis, suggesting a targeted antimicrobial effect.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Notably", ",", "SaGU1", "did", "not", "harm", "S.", "epidermidis", ",", "suggesting", "a", "targeted", "antimicrobial", "effect", "." ] } ]
PMC9429973	Aims: Definition of the pharmacokinetic target for optimal fludarabine exposure during conditioning prior to HCT and establishment of a pharmacokinetic population model to support target attainment in individual patients.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "Definition", "of", "the", "pharmacokinetic", "target", "for", "optimal", "fludarabine", "exposure", "during", "conditioning", "prior", "to", "HCT", "and", "establishment", "of", "a", "pharmacokinetic", "population", "model", "to", "support", "target", "attainment", "in", "individual", "patients", "." ] } ]
PMC10578720	HBV stimulation drives the polarization of macrophages toward the M2 phenotype and inhibits the TCA cycle. (	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "HBV", "stimulation", "drives", "the", "polarization", "of", "macrophages", "toward", "the", "M2", "phenotype", "and", "inhibits", "the", "TCA", "cycle", ".", "(" ] } ]
PMC9429973	Methods: RT-PCR was performed to measure the expression level of miR-199a.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "RT-PCR", "was", "performed", "to", "measure", "the", "expression", "level", "of", "miR-199a", "." ] } ]
PMC11707577	EGFR was selected as a target because its overexpression is observed in many cancers and EGFR‐targeted therapies have great anticancer potential.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "EGFR", "was", "selected", "as", "a", "target", "because", "its", "overexpression", "is", "observed", "in", "many", "cancers", "and", "EGFR‐targeted", "therapies", "have", "great", "anticancer", "potential", "." ] } ]
PMC11240052	Quantitative real-time PCR (qRT-PCR) was used to evaluate the transfection efficiency.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Quantitative", "real-time", "PCR", "(", "qRT-PCR", ")", "was", "used", "to", "evaluate", "the", "transfection", "efficiency", "." ] } ]
PMC9429973	A careful assessment of infectious risk and antimicrobial prophylaxis could be beneficial in some.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "careful", "assessment", "of", "infectious", "risk", "and", "antimicrobial", "prophylaxis", "could", "be", "beneficial", "in", "some", "." ] } ]
PMC11092418	In this study, we found the expression of CD44 to be high in three of the four human brain cancer cell lines (Table 1).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "we", "found", "the", "expression", "of", "CD44", "to", "be", "high", "in", "three", "of", "the", "four", "human", "brain", "cancer", "cell", "lines", "(", "Table", "1", ")", "." ] } ]
PMC11699465	Therefore, TMEM199 potentially contributes to the cancer development process.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "TMEM199", "potentially", "contributes", "to", "the", "cancer", "development", "process", "." ] } ]
PMC11389534	In parallel, patents have proposed innovative prevention and therapeutic strategies for diseases by engaging the UFM1 system (worldwide.espacenet.com).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "parallel", ",", "patents", "have", "proposed", "innovative", "prevention", "and", "therapeutic", "strategies", "for", "diseases", "by", "engaging", "the", "UFM1", "system", "(", "worldwide.espacenet.com", ")", "." ] } ]
PMC9429973	Next Generation Sequencing (NGS) is useful to identify clonal markers, other than those found using standardized methods.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Next", "Generation", "Sequencing", "(", "NGS", ")", "is", "useful", "to", "identify", "clonal", "markers", ",", "other", "than", "those", "found", "using", "standardized", "methods", "." ] } ]
PMC9635307	The A20 transfectants or primary cells were stained with the following antibodies (Abs): anti-mouse CEACAM1 mAb, CC1 (kindly provided by Dr. Kathlyn Holmes, University of Colorado, CO), anti-IgG1, FITC-anti-B220, PE-anti-IgM, FITC-anti-CD4, PE-anti-CD3ε, PerCP-anti-B220, PE-anti-CD43, PE-anti-CD25, PE-anti-Igκ, PE-anti-CD138, PE-anti-CD5, PE-anti-H-2K, PE-anti-I-A, PE-anti-CD69, PE-anti-CD80 and PE-anti-CD86 Abs (BD Biosciences, San Jose, CA).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "A20", "transfectants", "or", "primary", "cells", "were", "stained", "with", "the", "following", "antibodies", "(", "Abs", "):", "anti-mouse", "CEACAM1", "mAb", ",", "CC1", "(", "kindly", "provided", "by", "Dr.", "Kathlyn", "Holmes", ",", "University", "of", "Colorado", ",", "CO", ")", ",", "anti-IgG1", ",", "FITC-anti-B220", ",", "PE-anti-IgM", ",", "FITC-anti-CD4", ",", "PE-anti-CD3ε", ",", "PerCP-anti-B220", ",", "PE-anti-CD43", ",", "PE-anti-CD25", ",", "PE-anti-Igκ", ",", "PE-anti-CD138", ",", "PE-anti-CD5", ",", "PE-anti-H-2", "K", ",", "PE-anti-I-A", ",", "PE-anti-CD69", ",", "PE-anti-CD80", "and", "PE-anti-CD86", "Abs", "(", "BD", "Biosciences", ",", "San", "Jose", ",", "CA", ")", "." ] } ]
PMC3681794	Reverse transcription was performed using the TaqMan Reverse Transcription Reagent Kit (Applied Biosystems) according to the manufacturer’s guidelines.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Reverse", "transcription", "was", "performed", "using", "the", "TaqMan", "Reverse", "Transcription", "Reagent", "Kit", "(", "Applied", "Biosystems", ")", "according", "to", "the", "manufacturer", "’s", "guidelines", "." ] } ]
PMC9874064	A semi-quantitative study was conducted on the uptake of nanoparticles (Fig. 2H).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "semi-quantitative", "study", "was", "conducted", "on", "the", "uptake", "of", "nanoparticles", "(", "Fig.", "2H", ")", "." ] } ]
PMC11489175	Based on their aminoacid sequence and protein domain organization, CP are classified in six families including: the ubiquitin C-terminal hydrolases (UCHs), the ubiquitin-specific proteases (USPs), the ovarian tumor domain-containing proteases (OTUs), the Machado-Josephin domain-containing proteases (MJD), the K48 polyubiquitin-specific MIU-containing the novel DUB family domain-containing proteases (MINDYs), and the zinc finger with Ubiquitin Fold Modifier1-specific peptidase domain-containing proteases (UFM1s) 23.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Based", "on", "their", "aminoacid", "sequence", "and", "protein", "domain", "organization", ",", "CP", "are", "classified", "in", "six", "families", "including", ":", "the", "ubiquitin", "C-terminal", "hydrolases", "(", "UCHs", ")", ",", "the", "ubiquitin-specific", "proteases", "(", "USPs", ")", ",", "the", "ovarian", "tumor", "domain-containing", "proteases", "(", "OTUs", ")", ",", "the", "Machado-Josephin", "domain-containing", "proteases", "(", "MJD", ")", ",", "the", "K48", "polyubiquitin-specific", "MIU-containing", "the", "novel", "DUB", "family", "domain-containing", "proteases", "(", "MINDYs", ")", ",", "and", "the", "zinc", "finger", "with", "Ubiquitin", "Fold", "Modifier1-specific", "peptidase", "domain-containing", "proteases", "(", "UFM1s", ")", "23", "." ] } ]
PMC9429973	The cost and impact of recently approved chronic, non-curative SCD therapies were not included in analyses.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cost", "and", "impact", "of", "recently", "approved", "chronic", ",", "non-curative", "SCD", "therapies", "were", "not", "included", "in", "analyses", "." ] } ]
PMC11377827	For transduction, cells were seeded on 24-well plates in 500 µl medium, and 500 µl viral supernatant was added.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "transduction", ",", "cells", "were", "seeded", "on", "24-well", "plates", "in", "500", "µl", "medium", ",", "and", "500", "µl", "viral", "supernatant", "was", "added", "." ] } ]
PMC11098378	The five effectors we chose to further analyze are collectively encoded by four bacterial pathogens and have distinct known or putative structures and functions (Fig 3A).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "five", "effectors", "we", "chose", "to", "further", "analyze", "are", "collectively", "encoded", "by", "four", "bacterial", "pathogens", "and", "have", "distinct", "known", "or", "putative", "structures", "and", "functions", "(", "Fig", "3A", ")", "." ] } ]
PMC11574029	D, E Cell proliferation assessed by CCK8 assay.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "D", ",", "E", "Cell", "proliferation", "assessed", "by", "CCK8", "assay", "." ] } ]
PMC11530949	Indicates P<0.05, and *** indicates P<0.001, indicating the level of statistical significance.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Indicates", "P<0.05", ",", "and", "", "", "*", "indicates", "P<0.001", ",", "indicating", "the", "level", "of", "statistical", "significance", "." ] } ]
PMC11762280	To elucidate the dominant form of RCDs in keratinocytes during UVB injury, we first investigated the role of GSDMD-mediated pyroptosis in this process.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "elucidate", "the", "dominant", "form", "of", "RCDs", "in", "keratinocytes", "during", "UVB", "injury", ",", "we", "first", "investigated", "the", "role", "of", "GSDMD-mediated", "pyroptosis", "in", "this", "process", "." ] } ]
PMC10936243	Knowledge of practice management should be advocated in the Malaysian veterinary curriculum.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Knowledge", "of", "practice", "management", "should", "be", "advocated", "in", "the", "Malaysian", "veterinary", "curriculum", "." ] } ]
PMC11694625	The target compounds 3a–3d were synthesized by a two-step reaction (Scheme 1).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "target", "compounds", "3a–3d", "were", "synthesized", "by", "a", "two-step", "reaction", "(", "Scheme", "1", ")", "." ] } ]
PMC8524093	Endothelial brain cells, neuroblastoma cells, astrocytes, microglial cells, neurons, oligodendrocytes, corneal endothelium, corneal fibroblasts, scleral stroma, ciliary body, iris, and ocular muscle fibers have been reported to be infected by CHIKV but further studies need to be performed to confirm the effect of their infection to CHIKF clinical outcome (Abere et al., 2012; Couderc et al., 2012; Dhanwani et al., 2012; Wikan et al., 2012; Abraham et al., 2013, 2017; Fraisier et al., 2014; Lim and Chu, 2014; Das et al., 2015; Wei Chiam et al., 2015).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Endothelial", "brain", "cells", ",", "neuroblastoma", "cells", ",", "astrocytes", ",", "microglial", "cells", ",", "neurons", ",", "oligodendrocytes", ",", "corneal", "endothelium", ",", "corneal", "fibroblasts", ",", "scleral", "stroma", ",", "ciliary", "body", ",", "iris", ",", "and", "ocular", "muscle", "fibers", "have", "been", "reported", "to", "be", "infected", "by", "CHIKV", "but", "further", "studies", "need", "to", "be", "performed", "to", "confirm", "the", "effect", "of", "their", "infection", "to", "CHIKF", "clinical", "outcome", "(", "Abere", "et", "al.", ",", "2012", ";", "Couderc", "et", "al.", ",", "2012", ";", "Dhanwani", "et", "al.", ",", "2012", ";", "Wikan", "et", "al.", ",", "2012", ";", "Abraham", "et", "al.", ",", "2013", ",", "2017", ";", "Fraisier", "et", "al.", ",", "2014", ";", "Lim", "and", "Chu", ",", "2014", ";", "Das", "et", "al.", ",", "2015", ";", "Wei", "Chiam", "et", "al.", ",", "2015", ")", "." ] } ]
PMC7334607	Time points are denoted as the drug combination that a given replicate has recently recovered from.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Time", "points", "are", "denoted", "as", "the", "drug", "combination", "that", "a", "given", "replicate", "has", "recently", "recovered", "from", "." ] } ]
PMC11718109	Representative EM images showing numerous SSV clusters in presynaptic structures (B) and the presence of electron dense postsynaptic densities in iNeurons (C).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Representative", "EM", "images", "showing", "numerous", "SSV", "clusters", "in", "presynaptic", "structures", "(", "B", ")", "and", "the", "presence", "of", "electron", "dense", "postsynaptic", "densities", "in", "iNeurons", "(", "C", ")", "." ] } ]
PMC6617630	Since BET inhibition had no significant effect on anti-apoptotic protein BCL-2 in DHL and THL cells, we hypothesized that MYC inhibition by BETi could demonstrate synergism with pro-apoptotic agents such as the BCL-2 antagonist ABT-199.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Since", "BET", "inhibition", "had", "no", "significant", "effect", "on", "anti-apoptotic", "protein", "BCL-2", "in", "DHL", "and", "THL", "cells", ",", "we", "hypothesized", "that", "MYC", "inhibition", "by", "BETi", "could", "demonstrate", "synergism", "with", "pro-apoptotic", "agents", "such", "as", "the", "BCL-2", "antagonist", "ABT-199", "." ] } ]
PMC7334607	For example, the data representing dose-response models after the first application of the VDC drug combination would be labeled with VDC1.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "example", ",", "the", "data", "representing", "dose-response", "models", "after", "the", "first", "application", "of", "the", "VDC", "drug", "combination", "would", "be", "labeled", "with", "VDC1", "." ] } ]
PMC11656657	We next assessed the in vivo CAR.GD2 T-cell antitumor activity in soft-tissue sarcoma xenograft mice model (Fig. 4 and Supplemental Fig. 9), implanting in NSG mice the aggressive metastatic embryonal RMS RD cells engineered with GFP-FF-Luc for the in vivo monitoring of tumor growth (Fig. 4A).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "next", "assessed", "the", "in", "vivo", "CAR.GD2", "T-cell", "antitumor", "activity", "in", "soft-tissue", "sarcoma", "xenograft", "mice", "model", "(", "Fig.", "4", "and", "Supplemental", "Fig.", "9", ")", ",", "implanting", "in", "NSG", "mice", "the", "aggressive", "metastatic", "embryonal", "RMS", "RD", "cells", "engineered", "with", "GFP-FF-Luc", "for", "the", "in", "vivo", "monitoring", "of", "tumor", "growth", "(", "Fig.", "4A", ")", "." ] } ]
PMC9559528	He reported being treated with intravenous (IV) fluids and a single dose of intramuscular ketorolac, which resulted in a transient resolution of symptoms.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "He", "reported", "being", "treated", "with", "intravenous", "(", "IV", ")", "fluids", "and", "a", "single", "dose", "of", "intramuscular", "ketorolac", ",", "which", "resulted", "in", "a", "transient", "resolution", "of", "symptoms", "." ] } ]
PMC9429973	Our study not only provides new insights into the impact of inflammatory stress on the HSPC compartment but also serves as a guideline for the analysis of longitudinal response datasets in the hematopoietic system.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "study", "not", "only", "provides", "new", "insights", "into", "the", "impact", "of", "inflammatory", "stress", "on", "the", "HSPC", "compartment", "but", "also", "serves", "as", "a", "guideline", "for", "the", "analysis", "of", "longitudinal", "response", "datasets", "in", "the", "hematopoietic", "system", "." ] } ]
PMC11786767	Scale bars represent (A) 5 μm.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Scale", "bars", "represent", "(", "A", ")", "5", "μm", "." ] } ]
PMC9429973	Results: Out of 528 screened drugs, 161 had an inhibitory effect on cytotoxicity (dDSS < -2.5), 325 had no effect, and 42 had an enhancing effect (dDSS > 2.5).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "Out", "of", "528", "screened", "drugs", ",", "161", "had", "an", "inhibitory", "effect", "on", "cytotoxicity", "(", "dDSS", "<", "-2.5", ")", ",", "325", "had", "no", "effect", ",", "and", "42", "had", "an", "enhancing", "effect", "(", "dDSS", ">", "2.5", ")", "." ] } ]
PMC11585587	Docking complexes of MAPK1 and RA.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Docking", "complexes", "of", "MAPK1", "and", "RA", "." ] } ]
PMC9848491	The overall and disease-free survival probability of patients in the high-risk group is lower than that in the low-risk group.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "overall", "and", "disease-free", "survival", "probability", "of", "patients", "in", "the", "high-risk", "group", "is", "lower", "than", "that", "in", "the", "low-risk", "group", "." ] } ]
PMC11670954	Furthermore, BA partly reversed the changes in the intracellular distribution of RhoA, ROCK2, and MLCK, thereby, mitigating the damage caused by LPS on the intestinal barrier.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "BA", "partly", "reversed", "the", "changes", "in", "the", "intracellular", "distribution", "of", "RhoA", ",", "ROCK2", ",", "and", "MLCK", ",", "thereby", ",", "mitigating", "the", "damage", "caused", "by", "LPS", "on", "the", "intestinal", "barrier", "." ] } ]
PMC11026382	As a consequence, enzyme mutations that are neutral in one context may have profound consequences for metabolic flux and growth rate in the background of variation in another.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "a", "consequence", ",", "enzyme", "mutations", "that", "are", "neutral", "in", "one", "context", "may", "have", "profound", "consequences", "for", "metabolic", "flux", "and", "growth", "rate", "in", "the", "background", "of", "variation", "in", "another", "." ] } ]
PMC11422497	n = 20. (	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "n", "=", "20", ".", "(" ] } ]
PMC9429973	The planned sample size in FL was 120 pts on ID, with the primary efficacy population (PEP) pre-defined as the first 91 pts treated and the safety population consisting of all FL pts treated.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "planned", "sample", "size", "in", "FL", "was", "120", "pts", "on", "ID", ",", "with", "the", "primary", "efficacy", "population", "(", "PEP", ")", "pre-defined", "as", "the", "first", "91", "pts", "treated", "and", "the", "safety", "population", "consisting", "of", "all", "FL", "pts", "treated", "." ] } ]
PMC11791478	Peak IIa [highest thrombin concentration generated on the thrombin generation curve (nmol/L)] is reported relative to plasma in the absence of antibody.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Peak", "IIa", "[", "highest", "thrombin", "concentration", "generated", "on", "the", "thrombin", "generation", "curve", "(", "nmol/L", ")", "]", "is", "reported", "relative", "to", "plasma", "in", "the", "absence", "of", "antibody", "." ] } ]
PMC11082662	no. L3000075; Invitrogen, Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA), TRIzol (cat.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "no.", "L3000075", ";", "Invitrogen", ",", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "Waltham", ",", "MA", ",", "USA", ")", ",", "TRIzol", "(", "cat", "." ] } ]
PMC11529598	Cells were incubated for 12 h. The chamber was taken out and fixed in 10% formaldehyde for 12 h and dyed with crystal violet (Beyotime).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "incubated", "for", "12", "h.", "The", "chamber", "was", "taken", "out", "and", "fixed", "in", "10", "%", "formaldehyde", "for", "12", "h", "and", "dyed", "with", "crystal", "violet", "(", "Beyotime", ")", "." ] } ]
PMC9429973	Results: The twenty-six patients enrolled in the study were classified as high risk according to the Multinational Association of Supportive Care in Cancer (MASCC) score.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "The", "twenty-six", "patients", "enrolled", "in", "the", "study", "were", "classified", "as", "high", "risk", "according", "to", "the", "Multinational", "Association", "of", "Supportive", "Care", "in", "Cancer", "(", "MASCC", ")", "score", "." ] } ]
PMC11703992	I Examination of cytotoxicity of DDIT4 in PMA-induced groups.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "I", "Examination", "of", "cytotoxicity", "of", "DDIT4", "in", "PMA-induced", "groups", "." ] } ]
PMC11389534	Transcriptional profiling in cells with deficient UFMylation has revealed an ERN1‐mediated ER stress response, which accounts for the increased sensitivity to pro‐inflammatory stimuli.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Transcriptional", "profiling", "in", "cells", "with", "deficient", "UFMylation", "has", "revealed", "an", "ERN1‐mediated", "ER", "stress", "response", ",", "which", "accounts", "for", "the", "increased", "sensitivity", "to", "pro‐inflammatory", "stimuli", "." ] } ]
PMC11392912	After day 14, the Clo-miR-14 group and MTX group showed reduction in paw volume till 34th day (Figure 5F) compared with the CIA and NC group (Figure 5F).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "day", "14", ",", "the", "Clo-miR-14", "group", "and", "MTX", "group", "showed", "reduction", "in", "paw", "volume", "till", "34th", "day", "(", "Figure", "5F", ")", "compared", "with", "the", "CIA", "and", "NC", "group", "(", "Figure", "5F", ")", "." ] } ]
PMC7961460	Under the influence of the newly secreted HA, CAFs migrate close to the tumour cells and activate an autocrine production of HA which stimulates the migration of the HA-binding tumour subpopulation .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Under", "the", "influence", "of", "the", "newly", "secreted", "HA", ",", "CAFs", "migrate", "close", "to", "the", "tumour", "cells", "and", "activate", "an", "autocrine", "production", "of", "HA", "which", "stimulates", "the", "migration", "of", "the", "HA-binding", "tumour", "subpopulation", "." ] } ]
PMC11300639	CDK4 and CDK6 are related kinases that play important regulatory roles in the G1/S transition phase of the cell cycle.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "CDK4", "and", "CDK6", "are", "related", "kinases", "that", "play", "important", "regulatory", "roles", "in", "the", "G1/S", "transition", "phase", "of", "the", "cell", "cycle", "." ] } ]
PMC11795610	HC-067047 promoted the expression of CCND1 and CCND2, while CDKN1A and CDKN1C were downregulated.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "HC-067047", "promoted", "the", "expression", "of", "CCND1", "and", "CCND2", ",", "while", "CDKN1A", "and", "CDKN1C", "were", "downregulated", "." ] } ]
PMC11509224	Ceylonins A–F contain three additional carbons in ring D to supply an ether-bridged bicyclic ring system.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Ceylonins", "A", "–", "F", "contain", "three", "additional", "carbons", "in", "ring", "D", "to", "supply", "an", "ether-bridged", "bicyclic", "ring", "system", "." ] } ]
PMC11348300	In these specific cases, fluorescence images were then overlaid with semitransparency onto the color images.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "these", "specific", "cases", ",", "fluorescence", "images", "were", "then", "overlaid", "with", "semitransparency", "onto", "the", "color", "images", "." ] } ]
PMC10898159	Ligation of upregulated MET by hepatocyte growth factor (HGF) expand the activation of the downstream of mitogen-activated protein kinase (MAPK).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Ligation", "of", "upregulated", "MET", "by", "hepatocyte", "growth", "factor", "(", "HGF", ")", "expand", "the", "activation", "of", "the", "downstream", "of", "mitogen-activated", "protein", "kinase", "(", "MAPK", ")", "." ] } ]
PMC11739504	DsRed tagged Kat2b constructs were investigated vector transfected cell and nuclear localization signal domain deleted Kat2b positioned only cytosol. (	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "DsRed", "tagged", "Kat2b", "constructs", "were", "investigated", "vector", "transfected", "cell", "and", "nuclear", "localization", "signal", "domain", "deleted", "Kat2b", "positioned", "only", "cytosol", ".", "(" ] } ]
PMC11522251	HOXB8 may render colorectal cancer cells resistant to cetuximab by activating the STAT3 pathway.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "HOXB8", "may", "render", "colorectal", "cancer", "cells", "resistant", "to", "cetuximab", "by", "activating", "the", "STAT3", "pathway", "." ] } ]
PMC11066331	Interestingly, when the mass spectra without median centering were used as inputs for ML classifiers, the performance of classifiers was not impaired significantly for pure SKOV3scrambled shRNA and SKOV3TUSC3 shRNA cell samples.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interestingly", ",", "when", "the", "mass", "spectra", "without", "median", "centering", "were", "used", "as", "inputs", "for", "ML", "classifiers", ",", "the", "performance", "of", "classifiers", "was", "not", "impaired", "significantly", "for", "pure", "SKOV3scrambled", "shRNA", "and", "SKOV3TUSC3", "shRNA", "cell", "samples", "." ] } ]
PMC10380508	Interestingly, PAX2, PAX6, and PAX8 showed significantly higher mRNA expression levels in RCC samples compared to other members of the PAX gene family.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interestingly", ",", "PAX2", ",", "PAX6", ",", "and", "PAX8", "showed", "significantly", "higher", "mRNA", "expression", "levels", "in", "RCC", "samples", "compared", "to", "other", "members", "of", "the", "PAX", "gene", "family", "." ] } ]
PMC11643491	This organic phase was flowed in the dispersed phase channel at a flow rate of 80 μL/min.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "organic", "phase", "was", "flowed", "in", "the", "dispersed", "phase", "channel", "at", "a", "flow", "rate", "of", "80", "μL/min", "." ] } ]
PMC11769522	Cells seeded on a 10-centimeter dish were cultured using CnT-09 Canine Epithelial Proliferation Medium (CellnTec).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "seeded", "on", "a", "10-centimeter", "dish", "were", "cultured", "using", "CnT-09", "Canine", "Epithelial", "Proliferation", "Medium", "(", "CellnTec", ")", "." ] } ]
PMC11519077	According to previously published research, MSCs have the ability to prevent the proliferation of in vitro activated B cells and their ability to produce immunoglobin .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "According", "to", "previously", "published", "research", ",", "MSCs", "have", "the", "ability", "to", "prevent", "the", "proliferation", "of", "in", "vitro", "activated", "B", "cells", "and", "their", "ability", "to", "produce", "immunoglobin", "." ] } ]
PMC9952933	This points toward the selective effect of CAP on sarcoma cells and represents a further step toward the clinical application of CAP.Tumors affecting the skeleton are a great medical and economical challenge.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "points", "toward", "the", "selective", "effect", "of", "CAP", "on", "sarcoma", "cells", "and", "represents", "a", "further", "step", "toward", "the", "clinical", "application", "of", "CAP.Tumors", "affecting", "the", "skeleton", "are", "a", "great", "medical", "and", "economical", "challenge", "." ] } ]
PMC10587429	Follow the animals until death or sacrificed upon reaching a tumor size of 2 cm in any dimension.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Follow", "the", "animals", "until", "death", "or", "sacrificed", "upon", "reaching", "a", "tumor", "size", "of", "2", "cm", "in", "any", "dimension", "." ] } ]

PMC11754291

The feeder layer fibroblasts were isolated from the dermis (foreskin) of a 10-day-old donor, which had been previously separated from the epidermis using a thermolysin solution, by incubating the tissue in a collagenase H solution (0.125 U/mL; Roche Diagnostics, Laval, Quebec, Canada) for 3 h at 37°C (Le-Bel et al., 2019).

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PMC9874064

These drugs can cause DNA damage and induce cell apoptosis by cross-linking with DNAs in cancer cells .

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PMC10998613

A 100× TIRF oil objective (Nikon) was used for the excitation laser focus and emitted fluorescence collection.

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PMC9786247

Increased concentrations of pro-inflammatory cytokines were found in milk from cows with coliform mastitis .

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PMC11661040

The CGREF1 gene is homologous to the rat Cgr11 gene, which has been shown to edit secreted proteins involved in cell adhesion(Devnath et al. 2009).

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PMC9712534

FRAP analysis was performed on EGFP-TOP2B H58Y as described in (a). (

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PMC11774747

Rossig et al. and Savoldo et al. reported that CAR stimulation alone was inadequate to maintain T cell proliferation and expansion (81, 82).

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PMC11307990

The cell nucleus was labeled with Hoechst 33342 (blue), and 6HB-DONs were labeled with Cy5 (red). (

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PMC10818573

The reaction time was set to 5, 10, 15, or 20 min to observe amplification with a constant reaction temperature of 39 °C.

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PMC11773391

Cells were visualised using a fluorescence microscope (IX5 Observer Inverted Microscope; Olympus, Tokyo, Japan).

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PMC8345486

The spheroids in the suspension (0.15 mL) in the 96-well ultra-low attachment tissue culture plates were then treated with compound 23 alone, cisplatin, or in combination.

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PMC11127909

The apoptosis rate was analyzed by a FACSort Flow Cytometer.

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PMC8526701

B BRD9 protein expression in GISTs and adjacent nontumor tissues was examined by western blotting.

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PMC11377827

VEGF: control vs. Set1B sgRNA ****P < 0.0001.

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M. Tsachaki: None.

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PMC9436459

Diene S186 was prepared from its precursor S185 by deprotection (Scheme 18), so were dienes S187 and S188 from their precursors S28 and S85, respectively (Scheme 19).Scheme 17Syntheses of dienophiles (S166 and 168) by the Lei groupScheme 18Syntheses of dienes (S176, S182, and S186− S188) by the Lei groupScheme 19MaDA-mediated chemoenzymatic total syntheses of chalcomoracin (5), 18″-O-methychalcomoracin (5b), guangsangon E (56), kuwanol E (62), kuwanon J (81), and deoxyartonin I (102) by the Lei group Syntheses of dienophiles (S166 and 168) by the Lei group Syntheses of dienes (S176, S182, and S186− S188) by the Lei group MaDA-mediated chemoenzymatic total syntheses of chalcomoracin (5), 18″-O-methychalcomoracin (5b), guangsangon E (56), kuwanol E (62), kuwanon J (81), and deoxyartonin I (102) by the Lei group As show in Scheme 19, during the final MaDA-mediated chemoenzymatic Diels–Alder cycloaddition, chalcone dienophiles was directly subjected to the corresponding mixture produced by deprotection of diene precursors to yield target MDAAs with high enantioselectivity.

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PMC11650848

Theta band power has been negatively associated to alertness, while beta has been positively associated to attention .

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PMC8592717

The amount of PCA and PAL varies based on the plant part; for example, 0.832 mg/kg fresh weight of PCA is present in Alpinia oxyphylla (AOF) fruit, while about 11.3 mg/kg is found in its air-dried kernels .

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PMC9918897

with which they interact .

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PMC9164404

In a word, up to now, Although thousands of Pt(IV) prodrugs and their DDS have been developed, and some of them showed excellent clinical translational prospect and even entered clinical research, the mechanism of Pt(IV) prodrugs and their DDS at the molecular level remains unknown, which hampers their further clinical translation.

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PMC10993311

A 2-mL aliquot of peripheral maternal blood was also collected at the end of pregnancy into a VACUETTE EDTA tube, homogenized manually, and refrigerated for DNA extraction and methylation analysis.

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PMC6024716

Three all-in-one CRISPR/Cas9 lentiviral particles with single guide RNAs (sgRNAs) targeting the second exonic region of the OAZ1 gene were designed and purified by Sigma Aldrich.

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PMC9429973

Mechanistically, venetoclax with gilteritinib decreased phosphorylation of ERK and GSK3B with subsequent suppression of the antiapoptotic protein MCL-1.

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PMC7229095

This could mask the results of genuine high producer cells, which may be missed (not picked).

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PMC11457557

Furthermore, a genome-wide search for DKD in African American families showed evidence for nephropathy loci on for susceptibility loci on chromosomes 3q, 7p, and 18q .

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PMC11599565

Furthermore, βIII-tubulin expression was strongly stimulated by the MAP4K4i in SKOV3 cells, an effect not observed in the resistant SKOV3 subline.

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PMC9429973

Most common cause of admission was respiratory failure, consistent with reported.

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PMC11470381

Incubate for an additional 15 min before tracking.

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PMC11743975

The underlying mechanism of these interesting phenomena is not clear, and we suspect that the light-induced mitochondrial aggregation may directly promote mitochondrial fusion.

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PMC11743316

Additionally, ovarian cancer has been linked to targeted therapies and biomarkers found through various alteration processes underlying mitochondrial dysfunction, notably targeting (ROS), metabolites, rewind metabolic pathways, and chemo-resistant ovarian carcinoma cells.

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PMC10898159

Current research is evaluating the agents target the high level of KIT expression, either alone or in combination with imatinib or other TKIs, aiming to circumvent the high rate of resistance.

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PMC9874064

USP1 (Ubiquitin-specific protease 1) is closely related to the prognosis of patients with liver cancer and plays an important role in DNA damage repair.

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PMC11742431

A total of 6 h of treatment, with 0 h as control.

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PMC7351993

Based on the extracted contours, the binary image mask of the cell was obtained after morphological analysis operations such as erosion, dilation, flood-fill, and convex-hall.

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PMC11737091

The proliferation of ccRCC cells subjected to DBF4 knockdown was assessed via a cell counting kit 8 (CCK-8) (Monmouth Junction, NJ, USA).

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PMC6889484

Cell lystates were prepared using CelLytic M (Sigma) solution containing Protease Inhibitor Cocktail (Roche, Mannheim, Germany), followed by centrifugation at 10,000 × g for 10 min in a Heraeus Biofuge Fresco centrifuge to remove cellular debris.

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PMC9436459

Mulberrofuran K (40) suppressed the production of NO, reactive oxygen species (ROS), and proinflammatory cytokines IL-1β, IL-6, and TNF-α in a dose-dependent manner in LPS-stimulated RAW264 cells .

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PMC9516401

Next, a quantitative RT-PCR was carried out with specific primers for GAPDH and IDE enzymes.

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PMC11269933

PK, as a key enzyme controlling this balance, participates in aerobic and anaerobic metabolism under various stressors.

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PMC11767725

Notably, SaGU1 did not harm S. epidermidis, suggesting a targeted antimicrobial effect.

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PMC9429973

Aims: Definition of the pharmacokinetic target for optimal fludarabine exposure during conditioning prior to HCT and establishment of a pharmacokinetic population model to support target attainment in individual patients.

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PMC10578720

HBV stimulation drives the polarization of macrophages toward the M2 phenotype and inhibits the TCA cycle. (

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PMC9429973

Methods: RT-PCR was performed to measure the expression level of miR-199a.

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PMC11707577

EGFR was selected as a target because its overexpression is observed in many cancers and EGFR‐targeted therapies have great anticancer potential.

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PMC11240052

Quantitative real-time PCR (qRT-PCR) was used to evaluate the transfection efficiency.

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PMC9429973

A careful assessment of infectious risk and antimicrobial prophylaxis could be beneficial in some.

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PMC11092418

In this study, we found the expression of CD44 to be high in three of the four human brain cancer cell lines (Table 1).

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PMC11699465

Therefore, TMEM199 potentially contributes to the cancer development process.

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PMC11389534

In parallel, patents have proposed innovative prevention and therapeutic strategies for diseases by engaging the UFM1 system (worldwide.espacenet.com).

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PMC9429973

Next Generation Sequencing (NGS) is useful to identify clonal markers, other than those found using standardized methods.

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PMC9635307

The A20 transfectants or primary cells were stained with the following antibodies (Abs): anti-mouse CEACAM1 mAb, CC1 (kindly provided by Dr. Kathlyn Holmes, University of Colorado, CO), anti-IgG1, FITC-anti-B220, PE-anti-IgM, FITC-anti-CD4, PE-anti-CD3ε, PerCP-anti-B220, PE-anti-CD43, PE-anti-CD25, PE-anti-Igκ, PE-anti-CD138, PE-anti-CD5, PE-anti-H-2K, PE-anti-I-A, PE-anti-CD69, PE-anti-CD80 and PE-anti-CD86 Abs (BD Biosciences, San Jose, CA).

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PMC3681794

Reverse transcription was performed using the TaqMan Reverse Transcription Reagent Kit (Applied Biosystems) according to the manufacturer’s guidelines.

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PMC9874064

A semi-quantitative study was conducted on the uptake of nanoparticles (Fig. 2H).

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PMC11489175

Based on their aminoacid sequence and protein domain organization, CP are classified in six families including: the ubiquitin C-terminal hydrolases (UCHs), the ubiquitin-specific proteases (USPs), the ovarian tumor domain-containing proteases (OTUs), the Machado-Josephin domain-containing proteases (MJD), the K48 polyubiquitin-specific MIU-containing the novel DUB family domain-containing proteases (MINDYs), and the zinc finger with Ubiquitin Fold Modifier1-specific peptidase domain-containing proteases (UFM1s) 23.

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PMC9429973

The cost and impact of recently approved chronic, non-curative SCD therapies were not included in analyses.

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PMC11377827

For transduction, cells were seeded on 24-well plates in 500 µl medium, and 500 µl viral supernatant was added.

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PMC11098378

The five effectors we chose to further analyze are collectively encoded by four bacterial pathogens and have distinct known or putative structures and functions (Fig 3A).

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PMC11574029

D, E Cell proliferation assessed by CCK8 assay.

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PMC11530949

Indicates P<0.05, and *** indicates P<0.001, indicating the level of statistical significance.

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PMC11762280

To elucidate the dominant form of RCDs in keratinocytes during UVB injury, we first investigated the role of GSDMD-mediated pyroptosis in this process.

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PMC10936243

Knowledge of practice management should be advocated in the Malaysian veterinary curriculum.

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PMC11694625

The target compounds 3a–3d were synthesized by a two-step reaction (Scheme 1).

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PMC8524093

Endothelial brain cells, neuroblastoma cells, astrocytes, microglial cells, neurons, oligodendrocytes, corneal endothelium, corneal fibroblasts, scleral stroma, ciliary body, iris, and ocular muscle fibers have been reported to be infected by CHIKV but further studies need to be performed to confirm the effect of their infection to CHIKF clinical outcome (Abere et al., 2012; Couderc et al., 2012; Dhanwani et al., 2012; Wikan et al., 2012; Abraham et al., 2013, 2017; Fraisier et al., 2014; Lim and Chu, 2014; Das et al., 2015; Wei Chiam et al., 2015).

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PMC7334607

Time points are denoted as the drug combination that a given replicate has recently recovered from.

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PMC11718109

Representative EM images showing numerous SSV clusters in presynaptic structures (B) and the presence of electron dense postsynaptic densities in iNeurons (C).

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PMC6617630

Since BET inhibition had no significant effect on anti-apoptotic protein BCL-2 in DHL and THL cells, we hypothesized that MYC inhibition by BETi could demonstrate synergism with pro-apoptotic agents such as the BCL-2 antagonist ABT-199.

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PMC7334607

For example, the data representing dose-response models after the first application of the VDC drug combination would be labeled with VDC1.

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PMC11656657

We next assessed the in vivo CAR.GD2 T-cell antitumor activity in soft-tissue sarcoma xenograft mice model (Fig. 4 and Supplemental Fig. 9), implanting in NSG mice the aggressive metastatic embryonal RMS RD cells engineered with GFP-FF-Luc for the in vivo monitoring of tumor growth (Fig. 4A).

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PMC9559528

He reported being treated with intravenous (IV) fluids and a single dose of intramuscular ketorolac, which resulted in a transient resolution of symptoms.

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PMC9429973

Our study not only provides new insights into the impact of inflammatory stress on the HSPC compartment but also serves as a guideline for the analysis of longitudinal response datasets in the hematopoietic system.

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PMC11786767

Scale bars represent (A) 5 μm.

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PMC9429973

Results: Out of 528 screened drugs, 161 had an inhibitory effect on cytotoxicity (dDSS < -2.5), 325 had no effect, and 42 had an enhancing effect (dDSS > 2.5).

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PMC11585587

Docking complexes of MAPK1 and RA.

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PMC9848491

The overall and disease-free survival probability of patients in the high-risk group is lower than that in the low-risk group.

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PMC11670954

Furthermore, BA partly reversed the changes in the intracellular distribution of RhoA, ROCK2, and MLCK, thereby, mitigating the damage caused by LPS on the intestinal barrier.

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PMC11026382

As a consequence, enzyme mutations that are neutral in one context may have profound consequences for metabolic flux and growth rate in the background of variation in another.

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PMC11422497

n = 20. (

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PMC9429973

The planned sample size in FL was 120 pts on ID, with the primary efficacy population (PEP) pre-defined as the first 91 pts treated and the safety population consisting of all FL pts treated.

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PMC11791478

Peak IIa [highest thrombin concentration generated on the thrombin generation curve (nmol/L)] is reported relative to plasma in the absence of antibody.

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PMC11082662

no. L3000075; Invitrogen, Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA), TRIzol (cat.

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PMC11529598

Cells were incubated for 12 h. The chamber was taken out and fixed in 10% formaldehyde for 12 h and dyed with crystal violet (Beyotime).

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PMC9429973

Results: The twenty-six patients enrolled in the study were classified as high risk according to the Multinational Association of Supportive Care in Cancer (MASCC) score.

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PMC11703992

I Examination of cytotoxicity of DDIT4 in PMA-induced groups.

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PMC11389534

Transcriptional profiling in cells with deficient UFMylation has revealed an ERN1‐mediated ER stress response, which accounts for the increased sensitivity to pro‐inflammatory stimuli.

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After day 14, the Clo-miR-14 group and MTX group showed reduction in paw volume till 34th day (Figure 5F) compared with the CIA and NC group (Figure 5F).

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Under the influence of the newly secreted HA, CAFs migrate close to the tumour cells and activate an autocrine production of HA which stimulates the migration of the HA-binding tumour subpopulation .

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PMC11300639

CDK4 and CDK6 are related kinases that play important regulatory roles in the G1/S transition phase of the cell cycle.

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HC-067047 promoted the expression of CCND1 and CCND2, while CDKN1A and CDKN1C were downregulated.

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Ceylonins A–F contain three additional carbons in ring D to supply an ether-bridged bicyclic ring system.

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PMC11348300

In these specific cases, fluorescence images were then overlaid with semitransparency onto the color images.

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Ligation of upregulated MET by hepatocyte growth factor (HGF) expand the activation of the downstream of mitogen-activated protein kinase (MAPK).

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DsRed tagged Kat2b constructs were investigated vector transfected cell and nuclear localization signal domain deleted Kat2b positioned only cytosol. (

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HOXB8 may render colorectal cancer cells resistant to cetuximab by activating the STAT3 pathway.

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Interestingly, when the mass spectra without median centering were used as inputs for ML classifiers, the performance of classifiers was not impaired significantly for pure SKOV3scrambled shRNA and SKOV3TUSC3 shRNA cell samples.

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PMC10380508

Interestingly, PAX2, PAX6, and PAX8 showed significantly higher mRNA expression levels in RCC samples compared to other members of the PAX gene family.

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PMC11643491

This organic phase was flowed in the dispersed phase channel at a flow rate of 80 μL/min.

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PMC11769522

Cells seeded on a 10-centimeter dish were cultured using CnT-09 Canine Epithelial Proliferation Medium (CellnTec).

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PMC11519077

According to previously published research, MSCs have the ability to prevent the proliferation of in vitro activated B cells and their ability to produce immunoglobin .

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PMC9952933

This points toward the selective effect of CAP on sarcoma cells and represents a further step toward the clinical application of CAP.Tumors affecting the skeleton are a great medical and economical challenge.

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PMC10587429

Follow the animals until death or sacrificed upon reaching a tumor size of 2 cm in any dimension.

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