Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC11463018
JAKs, composed of JAK1, JAK2, JAK3, and tyrosine kinase 2 (TYK2), are a family of intracellular tyrosine kinases that transduce cytokine-mediated signals through the JAK-STAT pathway.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "JAKs", ",", "composed", "of", "JAK1", ",", "JAK2", ",", "JAK3", ",", "and", "tyrosine", "kinase", "2", "(", "TYK2", ")", ",", "are", "a", "family", "of", "intracellular", "tyrosine", "kinases", "that", "transduce", "cytokine-mediated", "signals", "through", "the", "JAK-STAT", "pathway", "." ] } ]
PMC10723784
Data represent the mean ± SE of n = 4.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "represent", "the", "mean", "±", "SE", "of", "n", "=", "4", "." ] } ]
PMC10490530
The potential of hLuz as a reporter protein for non-invasive imaging to follow tumor growth kinetics in mice models was validated.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "potential", "of", "hLuz", "as", "a", "reporter", "protein", "for", "non-invasive", "imaging", "to", "follow", "tumor", "growth", "kinetics", "in", "mice", "models", "was", "validated", "." ] } ]
PMC11790971
The plate layout design is shown in Fig. S3.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "plate", "layout", "design", "is", "shown", "in", "Fig.", "S3", "." ] } ]
PMC11746948
f GPX4 detected by immunoblots in A375 cells pre-treated with 2-BP for 24 h, followed by 12 h proteasome inhibitor MG132 treatment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "f", "GPX4", "detected", "by", "immunoblots", "in", "A375", "cells", "pre-treated", "with", "2-BP", "for", "24", "h", ",", "followed", "by", "12", "h", "proteasome", "inhibitor", "MG132", "treatment", "." ] } ]
PMC11545737
Thus, the appropriate mixture of Yop proteins delivered to the host cell governs its fate.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "the", "appropriate", "mixture", "of", "Yop", "proteins", "delivered", "to", "the", "host", "cell", "governs", "its", "fate", "." ] } ]
PMC10719213
We conclude that T cells have more detectable mitochondrial DNA mutations than B cells, and cladribine has no detectable mutagenic effect on lymphocyte mitochondrial genome nor does it impair mitochondrial function in human T-cell lines.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "conclude", "that", "T", "cells", "have", "more", "detectable", "mitochondrial", "DNA", "mutations", "than", "B", "cells", ",", "and", "cladribine", "has", "no", "detectable", "mutagenic", "effect", "on", "lymphocyte", "mitochondrial", "genome", "nor", "does", "it", "impair", "mitochondrial", "function", "in", "human", "T-cell", "lines", "." ] } ]
PMC8097906
Rhabdomyosarcoma (RMS) is the most common pediatric soft tissue tumor and accounts for about 6–8% of all pediatric malignancies .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Rhabdomyosarcoma", "(", "RMS", ")", "is", "the", "most", "common", "pediatric", "soft", "tissue", "tumor", "and", "accounts", "for", "about", "6–8", "%", "of", "all", "pediatric", "malignancies", "." ] } ]
PMC7351993
Supplementary Fig. 1 shows pictures of the major components of the RIACS.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Supplementary", "Fig.", "1", "shows", "pictures", "of", "the", "major", "components", "of", "the", "RIACS", "." ] } ]
PMC11489275
Finally, a GAMM model (Table 5) was constructed to analyze the dynamic changes of peripheral blood lymphocyte count from 1 to 14 days in patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Finally", ",", "a", "GAMM", "model", "(", "Table", "5", ")", "was", "constructed", "to", "analyze", "the", "dynamic", "changes", "of", "peripheral", "blood", "lymphocyte", "count", "from", "1", "to", "14", "days", "in", "patients", "." ] } ]
PMC9429973
Median medullary blast count was 4% (0-19%), and median survival in the entire group was 28 months.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Median", "medullary", "blast", "count", "was", "4", "%", "(", "0", "-", "19", "%", ")", ",", "and", "median", "survival", "in", "the", "entire", "group", "was", "28", "months", "." ] } ]
PMC11026382
pTet-Duet is a low-copy number vector containing two multiple cloning sites; the first is under control of the T7 promoter and the second was modified to be regulated by the tetracycline repressor (TetR).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "pTet-Duet", "is", "a", "low-copy", "number", "vector", "containing", "two", "multiple", "cloning", "sites", ";", "the", "first", "is", "under", "control", "of", "the", "T7", "promoter", "and", "the", "second", "was", "modified", "to", "be", "regulated", "by", "the", "tetracycline", "repressor", "(", "TetR", ")", "." ] } ]
PMC11656048
Co-immunoprecipitation and Western blot assay of Nrf2 protein after shikonin and MG132 (2.5 uM) co-treatment 24 h in MG63 and 143B cells. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Co-immunoprecipitation", "and", "Western", "blot", "assay", "of", "Nrf2", "protein", "after", "shikonin", "and", "MG132", "(", "2.5", "uM", ")", "co-treatment", "24", "h", "in", "MG63", "and", "143B", "cells", ".", "(" ] } ]
PMC7612475
Cells were seeded at a density of 10,000 cells per mL, and the compound being tested was added at the desired concentrations and vortexed briefly before plating.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "seeded", "at", "a", "density", "of", "10,000", "cells", "per", "mL", ",", "and", "the", "compound", "being", "tested", "was", "added", "at", "the", "desired", "concentrations", "and", "vortexed", "briefly", "before", "plating", "." ] } ]
PMC11799620
Thus, this metal becomes a health issue.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "this", "metal", "becomes", "a", "health", "issue", "." ] } ]
PMC10631132
Gene expression of POU5F1 decreased in all groups significantly from the mesodermal to the hematopoietic stage (A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Gene", "expression", "of", "POU5F1", "decreased", "in", "all", "groups", "significantly", "from", "the", "mesodermal", "to", "the", "hematopoietic", "stage", "(", "A", ")", "." ] } ]
PMC3730428
Chronic inflammation associated with asbestos exposure is strongly linked with initiation and progression of MPM, and a number of studies have established important roles for pro-inflammatory cytokines in MPM tumorigenesis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Chronic", "inflammation", "associated", "with", "asbestos", "exposure", "is", "strongly", "linked", "with", "initiation", "and", "progression", "of", "MPM", ",", "and", "a", "number", "of", "studies", "have", "established", "important", "roles", "for", "pro-inflammatory", "cytokines", "in", "MPM", "tumorigenesis", "." ] } ]
PMC11371627
KEL gene expression was examined by RNA sequencing.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "KEL", "gene", "expression", "was", "examined", "by", "RNA", "sequencing", "." ] } ]
PMC11703896
No other studies have reported other active sites of rapamycin at present.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "No", "other", "studies", "have", "reported", "other", "active", "sites", "of", "rapamycin", "at", "present", "." ] } ]
PMC11657695
All these results for KCNA2 at mRNA level were confirmed at protein level using Western blot analysis (Figure S4D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "these", "results", "for", "KCNA2", "at", "mRNA", "level", "were", "confirmed", "at", "protein", "level", "using", "Western", "blot", "analysis", "(", "Figure", "S4D", ")", "." ] } ]
PMC5443223
A multi-treatment approach, including chemotherapy, radiation and novel, evolving approaches, such as gene therapy, may provide a more effective palliative and curative result.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "multi-treatment", "approach", ",", "including", "chemotherapy", ",", "radiation", "and", "novel", ",", "evolving", "approaches", ",", "such", "as", "gene", "therapy", ",", "may", "provide", "a", "more", "effective", "palliative", "and", "curative", "result", "." ] } ]
PMC11472569
Moreover, EVs contribute to therapy resistance by influencing the interactions between cancer cells and non-cancer cells within the TME.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "EVs", "contribute", "to", "therapy", "resistance", "by", "influencing", "the", "interactions", "between", "cancer", "cells", "and", "non-cancer", "cells", "within", "the", "TME", "." ] } ]
PMC9429973
Using multiomics approaches to study the intracellular signaling pathways in MPNs we recently identified the down regulation of SHP-1 expression in JAK2V617F cells compared to wild type cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Using", "multiomics", "approaches", "to", "study", "the", "intracellular", "signaling", "pathways", "in", "MPNs", "we", "recently", "identified", "the", "down", "regulation", "of", "SHP-1", "expression", "in", "JAK2V617F", "cells", "compared", "to", "wild", "type", "cells", "." ] } ]
PMC9429973
In fact, PICC has been used in autologous patients (93%); 38 of these were multiple myeloma patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "fact", ",", "PICC", "has", "been", "used", "in", "autologous", "patients", "(", "93", "%", ")", ";", "38", "of", "these", "were", "multiple", "myeloma", "patients", "." ] } ]
PMC11225860
Cell-by-Cell was performed on double thymidine synchronized groups treated with DMSO (B), 1µM alisertib (C), 100µM Aurkin A (D), or a combination 1µM alisertib and 100µM Aurkin A (E).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cell-by-Cell", "was", "performed", "on", "double", "thymidine", "synchronized", "groups", "treated", "with", "DMSO", "(", "B", ")", ",", "1µM", "alisertib", "(", "C", ")", ",", "100µM", "Aurkin", "A", "(", "D", ")", ",", "or", "a", "combination", "1µM", "alisertib", "and", "100µM", "Aurkin", "A", "(", "E", ")", "." ] } ]
PMC10006224
Moreover, next to this loop one can observe the disappearance of a stripe after NIPBL KD (Fig. 5d).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "next", "to", "this", "loop", "one", "can", "observe", "the", "disappearance", "of", "a", "stripe", "after", "NIPBL", "KD", "(", "Fig.", "5d", ")", "." ] } ]
PMC11463018
All compounds showed comfortable dual inhibition against JAK1 and HDAC6 with IC50 in nanomolar range.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "compounds", "showed", "comfortable", "dual", "inhibition", "against", "JAK1", "and", "HDAC6", "with", "IC50", "in", "nanomolar", "range", "." ] } ]
PMC9960565
TOF-MS (ESI+) m/z calc.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "TOF-MS", "(", "ESI+", ")", "m/z", "calc", "." ] } ]
PMC11474209
It has been found that cyanobacteria abundance and the emergence of cyanoHABs resulted in eutrophication in the lakes of the Azores Islands.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "It", "has", "been", "found", "that", "cyanobacteria", "abundance", "and", "the", "emergence", "of", "cyanoHABs", "resulted", "in", "eutrophication", "in", "the", "lakes", "of", "the", "Azores", "Islands", "." ] } ]
PMC11680562
During the initial phase of the release experiments, it was noticed that the gel formulations began to release the 5-Fu after they were placed in the release media (Fig. 7A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "During", "the", "initial", "phase", "of", "the", "release", "experiments", ",", "it", "was", "noticed", "that", "the", "gel", "formulations", "began", "to", "release", "the", "5-Fu", "after", "they", "were", "placed", "in", "the", "release", "media", "(", "Fig.", "7A", ")", "." ] } ]
PMC11740907
The present research included the analysis of the percentage of malignant mice that survived under various treatment conditions over a period of 10 days.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "present", "research", "included", "the", "analysis", "of", "the", "percentage", "of", "malignant", "mice", "that", "survived", "under", "various", "treatment", "conditions", "over", "a", "period", "of", "10", "days", "." ] } ]
PMC9429973
Grade (G) 3–4 treatment-emergent adverse events (TEAEs) were reported in 25 pts (83%); the most frequent G3–4 TEAEs were neutropenia in 19 (63%), thrombocytopenia in 13 (43%), leukopenia in 12 (40%), anemia in 9 (30%), and decreased lymphocyte count in 9 (30%) pts.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Grade", "(", "G", ")", "3–4", "treatment-emergent", "adverse", "events", "(", "TEAEs", ")", "were", "reported", "in", "25", "pts", "(", "83", "%", ")", ";", "the", "most", "frequent", "G3–4", "TEAEs", "were", "neutropenia", "in", "19", "(", "63", "%", ")", ",", "thrombocytopenia", "in", "13", "(", "43", "%", ")", ",", "leukopenia", "in", "12", "(", "40", "%", ")", ",", "anemia", "in", "9", "(", "30", "%", ")", ",", "and", "decreased", "lymphocyte", "count", "in", "9", "(", "30", "%", ")", "pts", "." ] } ]
PMC9118379
Of the 320 spectra, the three OMS tools reported 190–243 spectra having results consistent with conventional protein database searches (Figure 2A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Of", "the", "320", "spectra", ",", "the", "three", "OMS", "tools", "reported", "190–243", "spectra", "having", "results", "consistent", "with", "conventional", "protein", "database", "searches", "(", "Figure", "2A", ")", "." ] } ]
PMC11711663
FeaturesLog rank testScore testTraining CIIndependent CI122.25E-041.7E-050.650.6322, 172.50E-052.9E-070.660.6431, 9, 131.46E-091.2E-070.670.5843, 4, 9, 132.73E-092.8E-060.700.6054, 6, 12, 13, 172.68E-095.9E-070.720.6964, 6, 10, 12, 13, 176.76E-091.1E-060.710.6474, 6, 7, 10, 12, 13, 174.77E-091.6E-060.700.6581, 4, 6, 7, 10, 12, 13, 172.68E-098.6E-070.700.67Notably, we use the index in Table 2 to represent features.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "FeaturesLog", "rank", "testScore", "testTraining", "CIIndependent", "CI122.25E-041.7E-050.650.6322", ",", "172.50E-052.9E-070.660.6431", ",", "9", ",", "131.46E-091.2E-070.670.5843", ",", "4", ",", "9", ",", "132.73E-092.8E-060.700.6054", ",", "6", ",", "12", ",", "13", ",", "172.68E-095.9E-070.720.6964", ",", "6", ",", "10", ",", "12", ",", "13", ",", "176.76E-091.1E-060.710.6474", ",", "6", ",", "7", ",", "10", ",", "12", ",", "13", ",", "174.77E-091.6E-060.700.6581", ",", "4", ",", "6", ",", "7", ",", "10", ",", "12", ",", "13", ",", "172.68E-098.6E-070.700.67Notably", ",", "we", "use", "the", "index", "in", "Table", "2", "to", "represent", "features", "." ] } ]
PMC11088135
p < 0.01 vs. control-plasmid group Finally, we investigated the relationship between lncRNA NUTM2A AS1 and YAP1 in human glioma cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "p", "<", "0.01", "vs.", "control-plasmid", "group", "Finally", ",", "we", "investigated", "the", "relationship", "between", "lncRNA", "NUTM2A", "AS1", "and", "YAP1", "in", "human", "glioma", "cells", "." ] } ]
PMC7348793
After the transformation of the ligation mix into E. coli GeneHogs (Thermo Fisher Scientific, Waltham, MA, USA), white colonies were picked on plates containing ampicillin (200 mg/mL) and X-gal (40 mg/mL), expanded overnight in TB medium, and used for plasmid DNA extraction (Qiaprep Spin miniprep kit, Qiagen, Germantown, MD, USA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "the", "transformation", "of", "the", "ligation", "mix", "into", "E.", "coli", "GeneHogs", "(", "Thermo", "Fisher", "Scientific", ",", "Waltham", ",", "MA", ",", "USA", ")", ",", "white", "colonies", "were", "picked", "on", "plates", "containing", "ampicillin", "(", "200", "mg/mL", ")", "and", "X-gal", "(", "40", "mg/mL", ")", ",", "expanded", "overnight", "in", "TB", "medium", ",", "and", "used", "for", "plasmid", "DNA", "extraction", "(", "Qiaprep", "Spin", "miniprep", "kit", ",", "Qiagen", ",", "Germantown", ",", "MD", ",", "USA", ")", "." ] } ]
PMC11599565
The signature of this cell type is amplified in ovarian carcinoma tumors, suggesting a neuroepithelial origin of this tumor type.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "signature", "of", "this", "cell", "type", "is", "amplified", "in", "ovarian", "carcinoma", "tumors", ",", "suggesting", "a", "neuroepithelial", "origin", "of", "this", "tumor", "type", "." ] } ]
PMC11628904
In addition to determining the optimal timing for treatment of burn wounds, it is paramount to understand how potential treatment works at the molecular level.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", "to", "determining", "the", "optimal", "timing", "for", "treatment", "of", "burn", "wounds", ",", "it", "is", "paramount", "to", "understand", "how", "potential", "treatment", "works", "at", "the", "molecular", "level", "." ] } ]
PMC9847912
Average IC50 values from two or more assay runs ranged from 0.25 to 0.79 nM for the five HIV-1 isolates tested in the CEMss spreading infection assay (Table 1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Average", "IC50", "values", "from", "two", "or", "more", "assay", "runs", "ranged", "from", "0.25", "to", "0.79", "nM", "for", "the", "five", "HIV-1", "isolates", "tested", "in", "the", "CEMss", "spreading", "infection", "assay", "(", "Table", "1", ")", "." ] } ]
PMC11678841
Adjuvant immunotherapies, designed to address hyper-inflammation, could potentially serve as a therapeutic option to enhance the immune response and alleviate symptoms in patients with VVC.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Adjuvant", "immunotherapies", ",", "designed", "to", "address", "hyper-inflammation", ",", "could", "potentially", "serve", "as", "a", "therapeutic", "option", "to", "enhance", "the", "immune", "response", "and", "alleviate", "symptoms", "in", "patients", "with", "VVC", "." ] } ]
PMC9429973
Methods: Systematic search computed in PubMed/Medline, Web of Science and SCOPUS, from the inception of these databases until 28.02.2022, to identify relevant English-written articles.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "Systematic", "search", "computed", "in", "PubMed/Medline", ",", "Web", "of", "Science", "and", "SCOPUS", ",", "from", "the", "inception", "of", "these", "databases", "until", "28.02.2022", ",", "to", "identify", "relevant", "English-written", "articles", "." ] } ]
PMC11461874
Statistical analysis of the data was performed using one-way ANOVA followed by Dunnett’s test.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Statistical", "analysis", "of", "the", "data", "was", "performed", "using", "one-way", "ANOVA", "followed", "by", "Dunnett", "’s", "test", "." ] } ]
PMC11740508
Results were confirmed in BRCA1/2 intact and deficient xenografts and PDX.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", "were", "confirmed", "in", "BRCA1/2", "intact", "and", "deficient", "xenografts", "and", "PDX", "." ] } ]
PMC11345828
All cell lines were cultured at 37 °C with 5% CO2 in a humidified incubator and have been regularly tested negatively for mycoplasm contamination.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "cell", "lines", "were", "cultured", "at", "37", "°", "C", "with", "5", "%", "CO2", "in", "a", "humidified", "incubator", "and", "have", "been", "regularly", "tested", "negatively", "for", "mycoplasm", "contamination", "." ] } ]
PMC11407042
Thaw the CytoTox 96 Reagent in the dark.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thaw", "the", "CytoTox", "96", "Reagent", "in", "the", "dark", "." ] } ]
PMC9429973
The ORR and CR rates was 83 and 79.2%, respectively in this cohort.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "ORR", "and", "CR", "rates", "was", "83", "and", "79.2", "%", ",", "respectively", "in", "this", "cohort", "." ] } ]
PMC9429973
Grade 3-4 drug-related TEAEs occurred in 31 (26%) participants.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Grade", "3", "-", "4", "drug-related", "TEAEs", "occurred", "in", "31", "(", "26", "%", ")", "participants", "." ] } ]
PMC11224020
Sample groups under different confinement conditions are represented by different forms.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Sample", "groups", "under", "different", "confinement", "conditions", "are", "represented", "by", "different", "forms", "." ] } ]
PMC11361748
B, C, E, F) Violin plots reporting on expression levels for (B, E) KRT6A and (C, F) KRT17 in cells showing high, medium, and low TAR11 scores.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "B", ",", "C", ",", "E", ",", "F", ")", "Violin", "plots", "reporting", "on", "expression", "levels", "for", "(", "B", ",", "E", ")", "KRT6A", "and", "(", "C", ",", "F", ")", "KRT17", "in", "cells", "showing", "high", ",", "medium", ",", "and", "low", "TAR11", "scores", "." ] } ]
PMC11049294
The real-time PCR results were calculated according to the following formula: relative expression level = 2 where ∆Ct = Ct (of gene of interest)—Ct (of housekeeping gene) with HPRT as an endogenous control.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "real-time", "PCR", "results", "were", "calculated", "according", "to", "the", "following", "formula", ":", "relative", "expression", "level", "=", "2", "where", "∆Ct", "=", "Ct", "(", "of", "gene", "of", "interest)—Ct", "(", "of", "housekeeping", "gene", ")", "with", "HPRT", "as", "an", "endogenous", "control", "." ] } ]
PMC9429973
Results: A total of 220 patients with abnormal karyotypes were detected; 55 (25%) of them showed del(6q) (28 males; R-ISS: 1: 27.5%, 2: 31.1%, 3: 41.4%).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "A", "total", "of", "220", "patients", "with", "abnormal", "karyotypes", "were", "detected", ";", "55", "(", "25", "%", ")", "of", "them", "showed", "del(6q", ")", "(", "28", "males", ";", "R-ISS", ":", "1", ":", "27.5", "%", ",", "2", ":", "31.1", "%", ",", "3", ":", "41.4", "%", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Methods: We retrospectively collected pts aged ≥ 18 years (yrs.)
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "We", "retrospectively", "collected", "pts", "aged", "≥", "18", "years", "(", "yrs", ".", ")" ] } ]
PMC11629143
Relative enrichment of H3K27ac was 3.2‐fold and 5.0‐fold lower at the CMV promoter of the mAb light and heavy chain genes, respectively, compared to the GAPDH promoter (Figure 2A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Relative", "enrichment", "of", "H3K27ac", "was", "3.2‐fold", "and", "5.0‐fold", "lower", "at", "the", "CMV", "promoter", "of", "the", "mAb", "light", "and", "heavy", "chain", "genes", ",", "respectively", ",", "compared", "to", "the", "GAPDH", "promoter", "(", "Figure", "2A", ")", "." ] } ]
PMC6114978
Expression of the Hippo kinases was lost at the protein level in 0% (LATS1) to 58% (MST1) of the sarcoma cell lines, indicated by (+).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Expression", "of", "the", "Hippo", "kinases", "was", "lost", "at", "the", "protein", "level", "in", "0", "%", "(", "LATS1", ")", "to", "58", "%", "(", "MST1", ")", "of", "the", "sarcoma", "cell", "lines", ",", "indicated", "by", "(", "+", ")", "." ] } ]
PMC7305184
At this experimental point the slope of permeabilization curve is high and the variability between generations is large.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "At", "this", "experimental", "point", "the", "slope", "of", "permeabilization", "curve", "is", "high", "and", "the", "variability", "between", "generations", "is", "large", "." ] } ]
PMC4270159
Seed cells in plates.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Seed", "cells", "in", "plates", "." ] } ]
PMC10723784
If SI <1, this means that the drug is more toxic to non‐cancer cells than cancer cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "If", "SI", "<", "1", ",", "this", "means", "that", "the", "drug", "is", "more", "toxic", "to", "non‐cancer", "cells", "than", "cancer", "cells", "." ] } ]
PMC3019555
In this study, we report a new mechanism of HIF-1α translational regulation that requires the presence of functional microtubules.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "this", "study", ",", "we", "report", "a", "new", "mechanism", "of", "HIF-1α", "translational", "regulation", "that", "requires", "the", "presence", "of", "functional", "microtubules", "." ] } ]
PMC10237474
For Fc-tagged proteins, a 5–10 mL mAb Select Sure column (cat.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "Fc-tagged", "proteins", ",", "a", "5–10", "mL", "mAb", "Select", "Sure", "column", "(", "cat", "." ] } ]
PMC11377827
Deubiquitination as a mechanism to reverse the action of VHL has been observed (Gao et al, 2021; Li et al, 2005; Mennerich et al, 2019; Troilo et al, 2014; Wu et al, 2016), but the relative importance of individual DUBs remains unresolved.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Deubiquitination", "as", "a", "mechanism", "to", "reverse", "the", "action", "of", "VHL", "has", "been", "observed", "(", "Gao", "et", "al", ",", "2021", ";", "Li", "et", "al", ",", "2005", ";", "Mennerich", "et", "al", ",", "2019", ";", "Troilo", "et", "al", ",", "2014", ";", "Wu", "et", "al", ",", "2016", ")", ",", "but", "the", "relative", "importance", "of", "individual", "DUBs", "remains", "unresolved", "." ] } ]
PMC10761218
The MTT assay findings of the methanolic leaf and stem extracts of W. somnifera indicate a significant degree of cytotoxicity on HepG2 cells, ranging from high to moderate, while demonstrating only weak cytotoxicity on the L929 cell line .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "MTT", "assay", "findings", "of", "the", "methanolic", "leaf", "and", "stem", "extracts", "of", "W.", "somnifera", "indicate", "a", "significant", "degree", "of", "cytotoxicity", "on", "HepG2", "cells", ",", "ranging", "from", "high", "to", "moderate", ",", "while", "demonstrating", "only", "weak", "cytotoxicity", "on", "the", "L929", "cell", "line", "." ] } ]
PMC11224020
For the T cell presentation assay, OVA peptide (Cayla, vac-isq) was added to each condition with the corresponding concentration.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "the", "T", "cell", "presentation", "assay", ",", "OVA", "peptide", "(", "Cayla", ",", "vac-isq", ")", "was", "added", "to", "each", "condition", "with", "the", "corresponding", "concentration", "." ] } ]
PMC11777207
Representative flow plots showing KikRed (photoconverted) skin-derived cDC subsets in isotype and αPD-1–treated mice. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Representative", "flow", "plots", "showing", "KikRed", "(", "photoconverted", ")", "skin-derived", "cDC", "subsets", "in", "isotype", "and", "αPD-1–treated", "mice", ".", "(" ] } ]
PMC9429973
A. Ejaz, C. Harris, B. Tseu, A. A. Kirkwood, S. Bhuva, N. Taylor, C. A. Johnson, L. Wing, G. P. Collins University of Oxford; Department of Haematology, Oxford University Hospitals NHS Foundation Trust, Oxford; Cancer Research UK & UCL Cancer Trials Centre, University College London, London; Department of Radiology, Oxford University Hospitals NHS Foundation Trust, Oxford, United Kingdom Background: Lymphoma is usually diagnosed on biopsy, but clues to a possible diagnosis may be found earlier in the diagnostic pathway when patients undergo CT imaging.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A.", "Ejaz", ",", "C.", "Harris", ",", "B.", "Tseu", ",", "A.", "A.", "Kirkwood", ",", "S.", "Bhuva", ",", "N.", "Taylor", ",", "C.", "A.", "Johnson", ",", "L.", "Wing", ",", "G.", "P.", "Collins", "University", "of", "Oxford", ";", "Department", "of", "Haematology", ",", "Oxford", "University", "Hospitals", "NHS", "Foundation", "Trust", ",", "Oxford", ";", "Cancer", "Research", "UK", "&", "UCL", "Cancer", "Trials", "Centre", ",", "University", "College", "London", ",", "London", ";", "Department", "of", "Radiology", ",", "Oxford", "University", "Hospitals", "NHS", "Foundation", "Trust", ",", "Oxford", ",", "United", "Kingdom", "Background", ":", "Lymphoma", "is", "usually", "diagnosed", "on", "biopsy", ",", "but", "clues", "to", "a", "possible", "diagnosis", "may", "be", "found", "earlier", "in", "the", "diagnostic", "pathway", "when", "patients", "undergo", "CT", "imaging", "." ] } ]
PMC11747885
Using this criterion, we identified 159 molecules as hits and selected 21 (1–21) of these for further testing based on their biological targets and chemical structure.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Using", "this", "criterion", ",", "we", "identified", "159", "molecules", "as", "hits", "and", "selected", "21", "(", "1–21", ")", "of", "these", "for", "further", "testing", "based", "on", "their", "biological", "targets", "and", "chemical", "structure", "." ] } ]
PMC9429973
In addition, synergy was observed when ENTO or LANRA was combined with a Menin inhibitor in MLLr, FLT3-ITD cell lines.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", ",", "synergy", "was", "observed", "when", "ENTO", "or", "LANRA", "was", "combined", "with", "a", "Menin", "inhibitor", "in", "MLLr", ",", "FLT3-ITD", "cell", "lines", "." ] } ]
PMC10577955
This is the first report on the anti-cancer activity of acetoxy-lup-5(6), 20(29)-diene (ALUP) in reducing the proliferation and differentiation of the A549 cell line through inducing apoptosis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "is", "the", "first", "report", "on", "the", "anti-cancer", "activity", "of", "acetoxy-lup-5(6", ")", ",", "20(29)-diene", "(", "ALUP", ")", "in", "reducing", "the", "proliferation", "and", "differentiation", "of", "the", "A549", "cell", "line", "through", "inducing", "apoptosis", "." ] } ]
PMC11204465
Organisation of gene clusters of AFs biosynthesis pathway .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Organisation", "of", "gene", "clusters", "of", "AFs", "biosynthesis", "pathway", "." ] } ]
PMC9895440
Cells were then washed twice in FACS buffer and then acquired on an Imagestream MKII imagestream instrument using automated plate handling.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "then", "washed", "twice", "in", "FACS", "buffer", "and", "then", "acquired", "on", "an", "Imagestream", "MKII", "imagestream", "instrument", "using", "automated", "plate", "handling", "." ] } ]
PMC11001582
b, Representative image of the cortex, enhanced magnification of the motor cortex (area delineated in yellow) and quantification of CTIP2-positive upper motor neuron density in layer V of the motor cortex in WT, (GR)400 and (PR)400 mice at 12 months of age.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "b", ",", "Representative", "image", "of", "the", "cortex", ",", "enhanced", "magnification", "of", "the", "motor", "cortex", "(", "area", "delineated", "in", "yellow", ")", "and", "quantification", "of", "CTIP2-positive", "upper", "motor", "neuron", "density", "in", "layer", "V", "of", "the", "motor", "cortex", "in", "WT", ",", "(GR)400", "and", "(PR)400", "mice", "at", "12", "months", "of", "age", "." ] } ]
PMC11291490
Following this, the sequence similarity decreases, with hsCD40L and msCD40L exhibiting identity levels of 46.48% and 40.85%, respectively (Supplementary Fig. 1b).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Following", "this", ",", "the", "sequence", "similarity", "decreases", ",", "with", "hsCD40L", "and", "msCD40L", "exhibiting", "identity", "levels", "of", "46.48", "%", "and", "40.85", "%", ",", "respectively", "(", "Supplementary", "Fig.", "1b", ")", "." ] } ]
PMC11782508
The assignments of some of the peaks are indicated in the spectrum.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "assignments", "of", "some", "of", "the", "peaks", "are", "indicated", "in", "the", "spectrum", "." ] } ]
PMC11798926
SynDIG1 and SynDIG2 are enriched in the trans-Golgi network.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "SynDIG1", "and", "SynDIG2", "are", "enriched", "in", "the", "trans-Golgi", "network", "." ] } ]
PMC9927933
However, it should be noted that other pathways are likely involved, given the observation of partial rescue by DEPTOR knockdown in lung cancer cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "it", "should", "be", "noted", "that", "other", "pathways", "are", "likely", "involved", ",", "given", "the", "observation", "of", "partial", "rescue", "by", "DEPTOR", "knockdown", "in", "lung", "cancer", "cells", "." ] } ]
PMC11085211
The number of viable cells in the sample was defined starting from the cell concentration (cells/μL) calculated by the flow cytometer instrument.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "number", "of", "viable", "cells", "in", "the", "sample", "was", "defined", "starting", "from", "the", "cell", "concentration", "(", "cells/μL", ")", "calculated", "by", "the", "flow", "cytometer", "instrument", "." ] } ]
PMC9429973
Methods: We set up a functional experimental platform with 73 stimulus-cytokine pairs to comprehensively characterize the immune profile of pediatric patients with BCP-ALL with the two most common genetic subtypes, either carrying the ETV6/RUNX1 (E/R) gene fusion or the high-hyperdiploid (HD) karyotype in comparison with an age-and gender-matched healthy control cohort without BCP-ALL and their healthy parents (in total n = 101 individuals).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "We", "set", "up", "a", "functional", "experimental", "platform", "with", "73", "stimulus-cytokine", "pairs", "to", "comprehensively", "characterize", "the", "immune", "profile", "of", "pediatric", "patients", "with", "BCP-ALL", "with", "the", "two", "most", "common", "genetic", "subtypes", ",", "either", "carrying", "the", "ETV6/RUNX1", "(", "E/R", ")", "gene", "fusion", "or", "the", "high-hyperdiploid", "(", "HD", ")", "karyotype", "in", "comparison", "with", "an", "age-and", "gender-matched", "healthy", "control", "cohort", "without", "BCP-ALL", "and", "their", "healthy", "parents", "(", "in", "total", "n", "=", "101", "individuals", ")", "." ] } ]
PMC11519583
We surveyed Wnt proteins whose expression in TA muscle was inhibited by Ctx injection but sustained or enhanced by glycerol injection.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "surveyed", "Wnt", "proteins", "whose", "expression", "in", "TA", "muscle", "was", "inhibited", "by", "Ctx", "injection", "but", "sustained", "or", "enhanced", "by", "glycerol", "injection", "." ] } ]
PMC11705862
Normal distribution of data was verified with histogram and Q-Q plot, whereas the standard deviation between the groups was visually inspected with scatter plot.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Normal", "distribution", "of", "data", "was", "verified", "with", "histogram", "and", "Q-Q", "plot", ",", "whereas", "the", "standard", "deviation", "between", "the", "groups", "was", "visually", "inspected", "with", "scatter", "plot", "." ] } ]
PMC11786767
B and C: Distribution of biotin-DHPE and PS.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "B", "and", "C", ":", "Distribution", "of", "biotin-DHPE", "and", "PS", "." ] } ]
PMC9429973
Results: AML can be targeted with an NKG2D CAR since all patients studied expressed at least one NKG2DL (Fig.1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "AML", "can", "be", "targeted", "with", "an", "NKG2D", "CAR", "since", "all", "patients", "studied", "expressed", "at", "least", "one", "NKG2DL", "(", "Fig.1", ")", "." ] } ]
PMC11612626
Multiple myeloma cells were incubated with T cells at E:T ratios of 1:1, 2:1, and 3:1 and T-cell–mediated tumor lysis analyzed by gating for CD138, annexin V, and PI cells (Fig. 7B; Supplementary Fig. S5B; Supplementary Table S4).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Multiple", "myeloma", "cells", "were", "incubated", "with", "T", "cells", "at", "E", ":", "T", "ratios", "of", "1:1", ",", "2:1", ",", "and", "3:1", "and", "T-cell", "–", "mediated", "tumor", "lysis", "analyzed", "by", "gating", "for", "CD138", ",", "annexin", "V", ",", "and", "PI", "cells", "(", "Fig.", "7B", ";", "Supplementary", "Fig.", "S5B", ";", "Supplementary", "Table", "S4", ")", "." ] } ]
PMC11653533
Furthermore, methanol extract of figs of Ficus religiosa has manifested anti-amnesic potency with a noteworthy memory improvement in scopolamine-induced anterograde and retrograde amnesia mice.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "methanol", "extract", "of", "figs", "of", "Ficus", "religiosa", "has", "manifested", "anti-amnesic", "potency", "with", "a", "noteworthy", "memory", "improvement", "in", "scopolamine-induced", "anterograde", "and", "retrograde", "amnesia", "mice", "." ] } ]
PMC9429973
Statistical analyses were performed using SPSS Version 25 (IBM Corporation, Armonk, NY, USA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Statistical", "analyses", "were", "performed", "using", "SPSS", "Version", "25", "(", "IBM", "Corporation", ",", "Armonk", ",", "NY", ",", "USA", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Intravenous immunoglobulins (IVIg), platelet transfusion or prednisone will be considered rescue treatment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Intravenous", "immunoglobulins", "(", "IVIg", ")", ",", "platelet", "transfusion", "or", "prednisone", "will", "be", "considered", "rescue", "treatment", "." ] } ]
PMC11696576
Data are the mean ± stdev of technical duplicates.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "are", "the", "mean", "±", "stdev", "of", "technical", "duplicates", "." ] } ]
PMC11225860
Fig. 2Disruption of Alisertib induced polyploidy by Aurkin A. U2932 cells were treated for three or five days with DMSO, Alisertib, Aurkin A, or a combination Alisertib and Aurkin A. Cells were harvested, stained with a propidium iodide solution, and analyzed via flow cytometry (A, B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "2Disruption", "of", "Alisertib", "induced", "polyploidy", "by", "Aurkin", "A.", "U2932", "cells", "were", "treated", "for", "three", "or", "five", "days", "with", "DMSO", ",", "Alisertib", ",", "Aurkin", "A", ",", "or", "a", "combination", "Alisertib", "and", "Aurkin", "A.", "Cells", "were", "harvested", ",", "stained", "with", "a", "propidium", "iodide", "solution", ",", "and", "analyzed", "via", "flow", "cytometry", "(", "A", ",", "B", ")", "." ] } ]
PMC4839679
The loss-of-function gene mutations have been identified for A704 but to the best of our knowledge, the sequencing of the PBRM1 gene in Caki2 has not been previously reported.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "loss-of-function", "gene", "mutations", "have", "been", "identified", "for", "A704", "but", "to", "the", "best", "of", "our", "knowledge", ",", "the", "sequencing", "of", "the", "PBRM1", "gene", "in", "Caki2", "has", "not", "been", "previously", "reported", "." ] } ]
PMC8414691
According to this hypothesis, the cell division defects caused by SRCAP and DOM-A depletion in HeLa and Drosophila S2 cells, respectively, are indirect and their recruitment to the mitotic apparatus only reflects a passive accumulation of disposable factors. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "According", "to", "this", "hypothesis", ",", "the", "cell", "division", "defects", "caused", "by", "SRCAP", "and", "DOM-A", "depletion", "in", "HeLa", "and", "Drosophila", "S2", "cells", ",", "respectively", ",", "are", "indirect", "and", "their", "recruitment", "to", "the", "mitotic", "apparatus", "only", "reflects", "a", "passive", "accumulation", "of", "disposable", "factors", ".", "(" ] } ]
PMC8973085
Yellow solid (82%); mp: 268–270 °C (EtOH); IR (KBr, v, cm): 3468 (NH), 3328 (NH), 2221 (CN), 1675 (C=O), 1627 (C=O); H NMR (DMSO-d6): δ 2.34 (s, 3H, CH3), 2.61 (s, 3H, CH3), 3.68 (s, 3H, OCH3), 3.71 (s, 3H, OCH3), 4.17 (s, 2H, CH2), 6.95–7.87 (m, 11H, CH-Ar), 9.50 (bs, 1H, NH), 10.45 (bs, 1H, NH); C NMR (DMSO-d6): δ 20.90, 21.50, 40.10, 56.80, 57.10, 105.20, 112.60, 113.50, 113.90, 115.90, 116.10, 122.50, 123.10, 127.30, 129.20, 129.60, 134.60, 135.10, 136.80, 150.40, 154.30, 155.60, 162.30, 163.10, 165.30, 168.60, 170.20; MS m/z (%): 570 [M] (40).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Yellow", "solid", "(", "82", "%", ")", ";", "mp", ":", "268–270", "°", "C", "(", "EtOH", ")", ";", "IR", "(", "KBr", ",", "v", ",", "cm", "):", "3468", "(", "NH", ")", ",", "3328", "(", "NH", ")", ",", "2221", "(", "CN", ")", ",", "1675", "(", "C", "=", "O", ")", ",", "1627", "(", "C", "=", "O", ")", ";", "H", "NMR", "(", "DMSO-d6", "):", "δ", "2.34", "(", "s", ",", "3H", ",", "CH3", ")", ",", "2.61", "(", "s", ",", "3H", ",", "CH3", ")", ",", "3.68", "(", "s", ",", "3H", ",", "OCH3", ")", ",", "3.71", "(", "s", ",", "3H", ",", "OCH3", ")", ",", "4.17", "(", "s", ",", "2H", ",", "CH2", ")", ",", "6.95–7.87", "(", "m", ",", "11H", ",", "CH-Ar", ")", ",", "9.50", "(", "bs", ",", "1H", ",", "NH", ")", ",", "10.45", "(", "bs", ",", "1H", ",", "NH", ")", ";", "C", "NMR", "(", "DMSO-d6", "):", "δ", "20.90", ",", "21.50", ",", "40.10", ",", "56.80", ",", "57.10", ",", "105.20", ",", "112.60", ",", "113.50", ",", "113.90", ",", "115.90", ",", "116.10", ",", "122.50", ",", "123.10", ",", "127.30", ",", "129.20", ",", "129.60", ",", "134.60", ",", "135.10", ",", "136.80", ",", "150.40", ",", "154.30", ",", "155.60", ",", "162.30", ",", "163.10", ",", "165.30", ",", "168.60", ",", "170.20", ";", "MS", "m/z", "(", "%", "):", "570", "[", "M", "]", "(", "40", ")", "." ] } ]
PMC11585587
GraphPad Prism 9.0 software was used to draw the cells growth curves after being treated with RA and calculate the maximum median inhibitory concentration (IC50) value.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "GraphPad", "Prism", "9.0", "software", "was", "used", "to", "draw", "the", "cells", "growth", "curves", "after", "being", "treated", "with", "RA", "and", "calculate", "the", "maximum", "median", "inhibitory", "concentration", "(", "IC50", ")", "value", "." ] } ]
PMC9429973
Preliminary data from a Phase Ib study have suggested favorable safety and promising activity of M in combination with lenalidomide (Len), a potent immunomodulatory agent that has shown additive/synergistic activity with an anti-CD20 antibody in R/R indolent lymphoma (Leonard et al. 2019), in patients with R/R FL who have received ≥1 prior therapy (NCT4246086; Morschhauser et al. ASH 2021).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Preliminary", "data", "from", "a", "Phase", "Ib", "study", "have", "suggested", "favorable", "safety", "and", "promising", "activity", "of", "M", "in", "combination", "with", "lenalidomide", "(", "Len", ")", ",", "a", "potent", "immunomodulatory", "agent", "that", "has", "shown", "additive/synergistic", "activity", "with", "an", "anti-CD20", "antibody", "in", "R/R", "indolent", "lymphoma", "(", "Leonard", "et", "al.", "2019", ")", ",", "in", "patients", "with", "R/R", "FL", "who", "have", "received", "≥1", "prior", "therapy", "(", "NCT4246086", ";", "Morschhauser", "et", "al.", "ASH", "2021", ")", "." ] } ]
PMC10745221
Thus, the association between methionine addiction and PRMT function may vary among different types of cancer cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "the", "association", "between", "methionine", "addiction", "and", "PRMT", "function", "may", "vary", "among", "different", "types", "of", "cancer", "cells", "." ] } ]
PMC11621493
mPLA2G4D-derived reaction products using an equimolar substrate mixture of 2–18:1 MAG and 2-20:4 MAG (0.5 mM each).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "mPLA2G4D-derived", "reaction", "products", "using", "an", "equimolar", "substrate", "mixture", "of", "2–18:1", "MAG", "and", "2", "-", "20:4", "MAG", "(", "0.5", "mM", "each", ")", "." ] } ]
PMC9100622
As all three tested statins give very similar results on Ewing cell lines, we selected Atorvastatin to assess its impact on cell-cycle progression and on apoptosis in three Ewing cell lines.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "all", "three", "tested", "statins", "give", "very", "similar", "results", "on", "Ewing", "cell", "lines", ",", "we", "selected", "Atorvastatin", "to", "assess", "its", "impact", "on", "cell-cycle", "progression", "and", "on", "apoptosis", "in", "three", "Ewing", "cell", "lines", "." ] } ]
PMC11412721
Statistical analyses by Student’s t-test.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Statistical", "analyses", "by", "Student", "’s", "t-test", "." ] } ]
PMC8557138
The 3D spatial arrangement of organoid is due to its ability to self-organize by cell sorting and in a spatially confined lineage commitment (Takebe et al. 2017).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "3D", "spatial", "arrangement", "of", "organoid", "is", "due", "to", "its", "ability", "to", "self-organize", "by", "cell", "sorting", "and", "in", "a", "spatially", "confined", "lineage", "commitment", "(", "Takebe", "et", "al.", "2017", ")", "." ] } ]
PMC10092581
H NMR spectra were recorded at t=0, 24 h, 48 h and 9 days to investigate the stability of the complexes in aqueous solution.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "H", "NMR", "spectra", "were", "recorded", "at", "t=0", ",", "24", "h", ",", "48", "h", "and", "9", "days", "to", "investigate", "the", "stability", "of", "the", "complexes", "in", "aqueous", "solution", "." ] } ]
PMC11345828
The resultant compound was N-alkylated using General Procedure D followed by saponification using General Procedure G to afford the title compound (500 mg, 74% yield).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "resultant", "compound", "was", "N-alkylated", "using", "General", "Procedure", "D", "followed", "by", "saponification", "using", "General", "Procedure", "G", "to", "afford", "the", "title", "compound", "(", "500", "mg", ",", "74", "%", "yield", ")", "." ] } ]
PMC11222184
In another study, Hsp90 inhibitors, geldanamycin and 17-allylaminogeldanamycin (17-AAG), induced G2/M arrest along with decreased protein levels of CDC25C and CDC2 in lung cancer cell lines .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "another", "study", ",", "Hsp90", "inhibitors", ",", "geldanamycin", "and", "17-allylaminogeldanamycin", "(", "17-AAG", ")", ",", "induced", "G2/M", "arrest", "along", "with", "decreased", "protein", "levels", "of", "CDC25C", "and", "CDC2", "in", "lung", "cancer", "cell", "lines", "." ] } ]
PMC11367939
C–E 20 μm (top) or 2 μm (bottom) Absence of synaptophysin and ATG9A segregation on Rab5 mutant giant endosomes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C", "–", "E", "20", "μm", "(", "top", ")", "or", "2", "μm", "(", "bottom", ")", "Absence", "of", "synaptophysin", "and", "ATG9A", "segregation", "on", "Rab5", "mutant", "giant", "endosomes", "." ] } ]