Datasets:
OTAR3088
/
BioData-CellLine_annotated

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC7519871
3D and (B) 2D poses of WDL with B-cell lymphoma-extra large Protein (Bcl-xL) PDB ID: 4TUH.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "3D", "and", "(", "B", ")", "2D", "poses", "of", "WDL", "with", "B-cell", "lymphoma-extra", "large", "Protein", "(", "Bcl-xL", ")", "PDB", "ID", ":", "4TUH", "." ] } ]
PMC9429973
Skin hemorrhages were more often associated with severe nephrotic syndrome, which may indicate a single pathogenetic mechanism in the form of small vessel lesions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Skin", "hemorrhages", "were", "more", "often", "associated", "with", "severe", "nephrotic", "syndrome", ",", "which", "may", "indicate", "a", "single", "pathogenetic", "mechanism", "in", "the", "form", "of", "small", "vessel", "lesions", "." ] } ]
PMC11739696
Cobalt oxide nanoparticles (Co3O4NPs) for example are gaining significant attention in the field of nanomedicine due to their unique physicochemical properties and potential therapeutic applications.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cobalt", "oxide", "nanoparticles", "(", "Co3O4NPs", ")", "for", "example", "are", "gaining", "significant", "attention", "in", "the", "field", "of", "nanomedicine", "due", "to", "their", "unique", "physicochemical", "properties", "and", "potential", "therapeutic", "applications", "." ] } ]
PMC11732635
Thus far, the effect of treatment is significant for the patient’s symptoms or clinical indicators.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", "far", ",", "the", "effect", "of", "treatment", "is", "significant", "for", "the", "patient", "’s", "symptoms", "or", "clinical", "indicators", "." ] } ]
PMC7762347
Moreover, the expression of GADD45 gene can be induced by diverse pathways like genotoxic stress and multiple environmental and physiological stresses .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "the", "expression", "of", "GADD45", "gene", "can", "be", "induced", "by", "diverse", "pathways", "like", "genotoxic", "stress", "and", "multiple", "environmental", "and", "physiological", "stresses", "." ] } ]
PMC8922418
In the process of gene editing, multi-approaches can be utilized to making cells resistant against HIV-1 infection.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "the", "process", "of", "gene", "editing", ",", "multi-approaches", "can", "be", "utilized", "to", "making", "cells", "resistant", "against", "HIV-1", "infection", "." ] } ]
PMC7039683
The average density of ATAC-seq reads did not differ between the H3K27Ac (Supplementary file 1d) and H3K27Ac (Supplementary file 1e) clusters (p>0.05, Kolmogorov–Smirnov test) (Figure 1D), indicating that nucleosome depletion alone does not signify an active regulatory element.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "average", "density", "of", "ATAC-seq", "reads", "did", "not", "differ", "between", "the", "H3K27Ac", "(", "Supplementary", "file", "1d", ")", "and", "H3K27Ac", "(", "Supplementary", "file", "1e", ")", "clusters", "(", "p>0.05", ",", "Kolmogorov", "–", "Smirnov", "test", ")", "(", "Figure", "1D", ")", ",", "indicating", "that", "nucleosome", "depletion", "alone", "does", "not", "signify", "an", "active", "regulatory", "element", "." ] } ]
PMC11397654
Although the presence of the OH groups might be the reason for the higher anticancer efficacy of 75, the specific mechanism of action is still unclear.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Although", "the", "presence", "of", "the", "OH", "groups", "might", "be", "the", "reason", "for", "the", "higher", "anticancer", "efficacy", "of", "75", ",", "the", "specific", "mechanism", "of", "action", "is", "still", "unclear", "." ] } ]
PMC11271800
Despite the homology between the M1 and M2 phenotypes, they are distinct in their functional roles, yet closely interrelated and interdependent.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Despite", "the", "homology", "between", "the", "M1", "and", "M2", "phenotypes", ",", "they", "are", "distinct", "in", "their", "functional", "roles", ",", "yet", "closely", "interrelated", "and", "interdependent", "." ] } ]
PMC11588008
The transcription factor Nrf2 binding to antioxidant response element 4 (ARE4) was found to be related to human γ-GCS promoter activation .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "transcription", "factor", "Nrf2", "binding", "to", "antioxidant", "response", "element", "4", "(", "ARE4", ")", "was", "found", "to", "be", "related", "to", "human", "γ-GCS", "promoter", "activation", "." ] } ]
PMC10849234
With proper signals, HSCs can follow the differentiation process into terminally-differentiated neutrophils with mature neutrophil effector functions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "With", "proper", "signals", ",", "HSCs", "can", "follow", "the", "differentiation", "process", "into", "terminally-differentiated", "neutrophils", "with", "mature", "neutrophil", "effector", "functions", "." ] } ]
PMC9429973
This KO7CAR is a second-generation CAR-T with the co-stimulatory domain of 4-1BB and CD3ζ targeting CD7.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "KO7CAR", "is", "a", "second-generation", "CAR-T", "with", "the", "co-stimulatory", "domain", "of", "4", "-", "1BB", "and", "CD3ζ", "targeting", "CD7", "." ] } ]
PMC9429973
The mentioned therapy regimes were weighted in different categories according to their intensity, with BSC defined as the therapy with the lowest intensity and alloSCT as the one with the highest (BSC < low-dose-chemotherapy < immunomodulatory treatment < HMA < IC < allo SCT).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "mentioned", "therapy", "regimes", "were", "weighted", "in", "different", "categories", "according", "to", "their", "intensity", ",", "with", "BSC", "defined", "as", "the", "therapy", "with", "the", "lowest", "intensity", "and", "alloSCT", "as", "the", "one", "with", "the", "highest", "(", "BSC", "<", "low-dose-chemotherapy", "<", "immunomodulatory", "treatment", "<", "HMA", "<", "IC", "<", "allo", "SCT", ")", "." ] } ]
PMC7369657
A murine xenograft model mimicking human osteosarcoma was established (Figure S1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "murine", "xenograft", "model", "mimicking", "human", "osteosarcoma", "was", "established", "(", "Figure", "S1", ")", "." ] } ]
PMC5941560
More than 98% of the reads were successfully aligned to the hg19 human reference genome with the Burrows-Wheeler Aligner , totaling over 110 billion aligned bases.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "More", "than", "98", "%", "of", "the", "reads", "were", "successfully", "aligned", "to", "the", "hg19", "human", "reference", "genome", "with", "the", "Burrows-Wheeler", "Aligner", ",", "totaling", "over", "110", "billion", "aligned", "bases", "." ] } ]
PMC9727330
The cultured cells’ imaging was determined using inverted microscopy with a Zeiss A-Plan 10X.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cultured", "cells", "’", "imaging", "was", "determined", "using", "inverted", "microscopy", "with", "a", "Zeiss", "A-Plan", "10X", "." ] } ]
PMC9429973
Aims: We aimed to identify novel high-risk subtypes in adult BCP-ALL as cell-intrinsic determinants of MRD poor response.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "We", "aimed", "to", "identify", "novel", "high-risk", "subtypes", "in", "adult", "BCP-ALL", "as", "cell-intrinsic", "determinants", "of", "MRD", "poor", "response", "." ] } ]
PMC10812665
Another example is the use of transcriptome profiling followed by signaling assays.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Another", "example", "is", "the", "use", "of", "transcriptome", "profiling", "followed", "by", "signaling", "assays", "." ] } ]
PMC9429973
AML has a dismal prognosis, with extremely low two-year survival rates in the poorest cytogenetic risk patients, primarily due to the failure of intensive chemotherapy protocols to deplete LSCs, and the significant toxicity towards healthy hematopoietic cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "AML", "has", "a", "dismal", "prognosis", ",", "with", "extremely", "low", "two-year", "survival", "rates", "in", "the", "poorest", "cytogenetic", "risk", "patients", ",", "primarily", "due", "to", "the", "failure", "of", "intensive", "chemotherapy", "protocols", "to", "deplete", "LSCs", ",", "and", "the", "significant", "toxicity", "towards", "healthy", "hematopoietic", "cells", "." ] } ]
PMC9429973
IVO plus azacitidine (AZA) demonstrated clinical benefit compared with placebo and AZA in the AGILE study (NCT03173248).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "IVO", "plus", "azacitidine", "(", "AZA", ")", "demonstrated", "clinical", "benefit", "compared", "with", "placebo", "and", "AZA", "in", "the", "AGILE", "study", "(", "NCT03173248", ")", "." ] } ]
PMC11740207
Independent studies have detected biological material morphologically typical of VSELSCs in human tissues across various age groups, from young to elderly individuals (Virant-Klun et al., 2008; Sovalat et al., 2011, 2016; Chang et al., 2014; Vojnits et al., 2014; Kakavoulia, 2021).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Independent", "studies", "have", "detected", "biological", "material", "morphologically", "typical", "of", "VSELSCs", "in", "human", "tissues", "across", "various", "age", "groups", ",", "from", "young", "to", "elderly", "individuals", "(", "Virant-Klun", "et", "al.", ",", "2008", ";", "Sovalat", "et", "al.", ",", "2011", ",", "2016", ";", "Chang", "et", "al.", ",", "2014", ";", "Vojnits", "et", "al.", ",", "2014", ";", "Kakavoulia", ",", "2021", ")", "." ] } ]
PMC11283030
The qPCR was performed according to the manufacturer's instructions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "qPCR", "was", "performed", "according", "to", "the", "manufacturer", "'s", "instructions", "." ] } ]
PMC11412721
Transfected cells were incubated for 24 hr, then trypsinized, resuspended in 75 μl culture medium with 7.5% FBS, and transferred into a well of an optical 96-well plate (Nunc).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Transfected", "cells", "were", "incubated", "for", "24", "hr", ",", "then", "trypsinized", ",", "resuspended", "in", "75", "μl", "culture", "medium", "with", "7.5", "%", "FBS", ",", "and", "transferred", "into", "a", "well", "of", "an", "optical", "96-well", "plate", "(", "Nunc", ")", "." ] } ]
PMC11472639
However, how these findings translate to myeloma, a different blood cancer, is unclear.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "how", "these", "findings", "translate", "to", "myeloma", ",", "a", "different", "blood", "cancer", ",", "is", "unclear", "." ] } ]
PMC10588957
After incubation for 30 min, the Hoechst reagent was removed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "incubation", "for", "30", "min", ",", "the", "Hoechst", "reagent", "was", "removed", "." ] } ]
PMC8358006
In esophageal adenocarcinoma, AP1 was identified as a molecular switch to alter gene expression and hence cause cells to adopt a cancer fate.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "esophageal", "adenocarcinoma", ",", "AP1", "was", "identified", "as", "a", "molecular", "switch", "to", "alter", "gene", "expression", "and", "hence", "cause", "cells", "to", "adopt", "a", "cancer", "fate", "." ] } ]
PMC11555465
Eissa et al (32) demonstrate a prophylactic antineoplastic activity of autoclaved Toxoplasma vaccine against Ehrlich solid carcinoma.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Eissa", "et", "al", "(", "32", ")", "demonstrate", "a", "prophylactic", "antineoplastic", "activity", "of", "autoclaved", "Toxoplasma", "vaccine", "against", "Ehrlich", "solid", "carcinoma", "." ] } ]
PMC6461034
In Fig 6C and E, the kinase impact score for the top 10 kinases is shown for INKA, KARP, and INKA components.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "Fig", "6C", "and", "E", ",", "the", "kinase", "impact", "score", "for", "the", "top", "10", "kinases", "is", "shown", "for", "INKA", ",", "KARP", ",", "and", "INKA", "components", "." ] } ]
PMC11522251
Phosphorylated STAT3 (p-STAT3) antibody, STAT3 antibody, and GAPDH antibody were obtained from Proteintech Group (Chicago, USA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Phosphorylated", "STAT3", "(", "p-STAT3", ")", "antibody", ",", "STAT3", "antibody", ",", "and", "GAPDH", "antibody", "were", "obtained", "from", "Proteintech", "Group", "(", "Chicago", ",", "USA", ")", "." ] } ]
PMC8358006
The recurrent gain-of-function or loss-of-function mutations in the gene encoding enhancer of zeste homolog 2 (EZH2) is the one of the catalytic subunits of Polycomb repressive complex 2 (PRC2) and catalyzes the methylation of H3K27me3.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "recurrent", "gain-of-function", "or", "loss-of-function", "mutations", "in", "the", "gene", "encoding", "enhancer", "of", "zeste", "homolog", "2", "(", "EZH2", ")", "is", "the", "one", "of", "the", "catalytic", "subunits", "of", "Polycomb", "repressive", "complex", "2", "(", "PRC2", ")", "and", "catalyzes", "the", "methylation", "of", "H3K27me3", "." ] } ]
PMC9429973
Image: Summary/Conclusion: The ISTH-DIC score is easy to assess, and this study suggests that it accurately predicts 30-day mortality risk of AML patients, regardless of age and cytogenetic risk.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Image", ":", "Summary/Conclusion", ":", "The", "ISTH-DIC", "score", "is", "easy", "to", "assess", ",", "and", "this", "study", "suggests", "that", "it", "accurately", "predicts", "30-day", "mortality", "risk", "of", "AML", "patients", ",", "regardless", "of", "age", "and", "cytogenetic", "risk", "." ] } ]
PMC9080589
Additionally, we found that overexpression of PCDH8 greatly inhibited the migration and invasion of BCPAP cells (Fig. 3C and D).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "we", "found", "that", "overexpression", "of", "PCDH8", "greatly", "inhibited", "the", "migration", "and", "invasion", "of", "BCPAP", "cells", "(", "Fig.", "3C", "and", "D", ")", "." ] } ]
PMC9429973
I. Cloete, V. Smith, R. Jackson, A. Pepper, C. Pepper, M. Dyer, S. Mitchell Brighton & Sussex Medical School, Brighton; The Ernest and Helen Scott Haematological Research Institute, Leceister, United Kingdom Background: Bcl-2 proteins are prominent regulators of mitochondrial-dependent apoptosis in healthy cells and lymphoma.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "I.", "Cloete", ",", "V.", "Smith", ",", "R.", "Jackson", ",", "A.", "Pepper", ",", "C.", "Pepper", ",", "M.", "Dyer", ",", "S.", "Mitchell", "Brighton", "&", "Sussex", "Medical", "School", ",", "Brighton", ";", "The", "Ernest", "and", "Helen", "Scott", "Haematological", "Research", "Institute", ",", "Leceister", ",", "United", "Kingdom", "Background", ":", "Bcl-2", "proteins", "are", "prominent", "regulators", "of", "mitochondrial-dependent", "apoptosis", "in", "healthy", "cells", "and", "lymphoma", "." ] } ]
PMC11531735
These results emphasize the potential of ER121 in targeting HER2-positive tumors, not only in vitro but also in an in vivo setting.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "results", "emphasize", "the", "potential", "of", "ER121", "in", "targeting", "HER2-positive", "tumors", ",", "not", "only", "in", "vitro", "but", "also", "in", "an", "in", "vivo", "setting", "." ] } ]
PMC9429973
The morphology appearance of the blood film is an excellent tool to analyse the disease severity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "morphology", "appearance", "of", "the", "blood", "film", "is", "an", "excellent", "tool", "to", "analyse", "the", "disease", "severity", "." ] } ]
PMC11400680
The architecture of FCNs can be modified by arranging the layers into different styles.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "architecture", "of", "FCNs", "can", "be", "modified", "by", "arranging", "the", "layers", "into", "different", "styles", "." ] } ]
PMC11155445
In silico study of bis(acyl thiourea) derivatives (55–59) against various enzymes such as urease, VEGFR2, EGFR and SARS-CoV-2 main protease showed that the binding energy of the compounds (55–59) was much better than co-crystal ligand.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "silico", "study", "of", "bis(acyl", "thiourea", ")", "derivatives", "(", "55–59", ")", "against", "various", "enzymes", "such", "as", "urease", ",", "VEGFR2", ",", "EGFR", "and", "SARS-CoV-2", "main", "protease", "showed", "that", "the", "binding", "energy", "of", "the", "compounds", "(", "55–59", ")", "was", "much", "better", "than", "co-crystal", "ligand", "." ] } ]
PMC11577421
Here, we independently verified the inhibitory action of MTX on the cell uptake of cationic polystyrene NPs, which were used as a model HS-dependent cargo (Suppl.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Here", ",", "we", "independently", "verified", "the", "inhibitory", "action", "of", "MTX", "on", "the", "cell", "uptake", "of", "cationic", "polystyrene", "NPs", ",", "which", "were", "used", "as", "a", "model", "HS-dependent", "cargo", "(", "Suppl", "." ] } ]
PMC5916734
Among all post-translational modifications, only γ-carboxylation in the Gla domain is directly responsible for the procoagulant activity of FIX.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Among", "all", "post-translational", "modifications", ",", "only", "γ-carboxylation", "in", "the", "Gla", "domain", "is", "directly", "responsible", "for", "the", "procoagulant", "activity", "of", "FIX", "." ] } ]
PMC11703992
C The influence of DDIT4 on cell differentiation of T cells, evaluated by flow cytometry, including expression level of CD45 (X-axis), indicating the differentiation stages of Jurkat cells in DDIT4-OE and Blank groups (n = 3).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C", "The", "influence", "of", "DDIT4", "on", "cell", "differentiation", "of", "T", "cells", ",", "evaluated", "by", "flow", "cytometry", ",", "including", "expression", "level", "of", "CD45", "(", "X-axis", ")", ",", "indicating", "the", "differentiation", "stages", "of", "Jurkat", "cells", "in", "DDIT4-OE", "and", "Blank", "groups", "(", "n", "=", "3", ")", "." ] } ]
PMC10218459
Therefore, the aim of the present study is to investigate the potential synergistic cytotoxicity of CPP and commonly used cytostatic chemotherapeutics on ES cells, focusing on cell growth, cell viability, and apoptosis-related processes.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "the", "aim", "of", "the", "present", "study", "is", "to", "investigate", "the", "potential", "synergistic", "cytotoxicity", "of", "CPP", "and", "commonly", "used", "cytostatic", "chemotherapeutics", "on", "ES", "cells", ",", "focusing", "on", "cell", "growth", ",", "cell", "viability", ",", "and", "apoptosis-related", "processes", "." ] } ]
PMC9429973
The cost and impact of a recently approved non-curative TDT therapy, luspatercept, was not included in this analysis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cost", "and", "impact", "of", "a", "recently", "approved", "non-curative", "TDT", "therapy", ",", "luspatercept", ",", "was", "not", "included", "in", "this", "analysis", "." ] } ]
PMC11770130
The GDF15 protein was also downregulated in the serum of Ntsr2 AKO mice fed by either a chow diet (Fig. 5b) or HFD (Fig. 5c).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "GDF15", "protein", "was", "also", "downregulated", "in", "the", "serum", "of", "Ntsr2", "AKO", "mice", "fed", "by", "either", "a", "chow", "diet", "(", "Fig.", "5b", ")", "or", "HFD", "(", "Fig.", "5c", ")", "." ] } ]
PMC10178190
MSCs are associated with TME-mediated chemoresistance by secreting soluble factors, such as stromal cell-derived factor 1 (SDF-1), IL-6, nitric oxide (NO), interlukin-3 (IL-3), G (granulocytes)-colony-stimulating factor (CSF), M (macrophages)-CSF, and GM-CSF, as well as the activation of proliferation pathways .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "MSCs", "are", "associated", "with", "TME-mediated", "chemoresistance", "by", "secreting", "soluble", "factors", ",", "such", "as", "stromal", "cell-derived", "factor", "1", "(", "SDF-1", ")", ",", "IL-6", ",", "nitric", "oxide", "(", "NO", ")", ",", "interlukin-3", "(", "IL-3", ")", ",", "G", "(granulocytes)-colony-stimulating", "factor", "(", "CSF", ")", ",", "M", "(macrophages)-CSF", ",", "and", "GM-CSF", ",", "as", "well", "as", "the", "activation", "of", "proliferation", "pathways", "." ] } ]
PMC11297139
Scale bar: 5 μm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Scale", "bar", ":", "5", "μm", "." ] } ]
PMC9429973
A. Sabljic, M. Sedinic, R. Kusec, V. Pejsa, M. Lucijanic Hematology, University hospital Dubrava, Zagreb, Croatia Background: There are controversial clinical data on potential benefits of statin use concomitantly with immunochemotherapy in the first line treatment of agressive Non Hodgkin lymphoma (NHL) patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A.", "Sabljic", ",", "M.", "Sedinic", ",", "R.", "Kusec", ",", "V.", "Pejsa", ",", "M.", "Lucijanic", "Hematology", ",", "University", "hospital", "Dubrava", ",", "Zagreb", ",", "Croatia", "Background", ":", "There", "are", "controversial", "clinical", "data", "on", "potential", "benefits", "of", "statin", "use", "concomitantly", "with", "immunochemotherapy", "in", "the", "first", "line", "treatment", "of", "agressive", "Non", "Hodgkin", "lymphoma", "(", "NHL", ")", "patients", "." ] } ]
PMC11172027
Methods: Jurkat and MTC-SK cells were cultured in the absence or presence of varying concentrations (0–500 µg/mL) of NASeLM and NALM solutions.
[ { "tags": [ "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "Jurkat", "and", "MTC-SK", "cells", "were", "cultured", "in", "the", "absence", "or", "presence", "of", "varying", "concentrations", "(", "0–500", "µg/mL", ")", "of", "NASeLM", "and", "NALM", "solutions", "." ] } ]
PMC11597167
While the exact cause of AD remains elusive, several pathological mechanisms have been proposed and widely studied.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "While", "the", "exact", "cause", "of", "AD", "remains", "elusive", ",", "several", "pathological", "mechanisms", "have", "been", "proposed", "and", "widely", "studied", "." ] } ]
PMC10114490
To bypass such drawbacks, we successfully combined the expression of hTERT in the starting cell (human dermal fibroblasts) and the use of a polycistronic vector inducible by Dox.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "bypass", "such", "drawbacks", ",", "we", "successfully", "combined", "the", "expression", "of", "hTERT", "in", "the", "starting", "cell", "(", "human", "dermal", "fibroblasts", ")", "and", "the", "use", "of", "a", "polycistronic", "vector", "inducible", "by", "Dox", "." ] } ]
PMC5417661
The treatment was continued until study day 18 for the control and dose groups 10 and 20 mg/kg, and terminated at day 20.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "treatment", "was", "continued", "until", "study", "day", "18", "for", "the", "control", "and", "dose", "groups", "10", "and", "20", "mg/kg", ",", "and", "terminated", "at", "day", "20", "." ] } ]
PMC9268620
Intracellular Ca levels modulate a multitude of vital cellular processes, including gene expression, cell viability, cell proliferation, cell motility, cell shape, and cell volume regulation, thereby playing a key role in regulating cell responses to external signals.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Intracellular", "Ca", "levels", "modulate", "a", "multitude", "of", "vital", "cellular", "processes", ",", "including", "gene", "expression", ",", "cell", "viability", ",", "cell", "proliferation", ",", "cell", "motility", ",", "cell", "shape", ",", "and", "cell", "volume", "regulation", ",", "thereby", "playing", "a", "key", "role", "in", "regulating", "cell", "responses", "to", "external", "signals", "." ] } ]
PMC11640555
In GBM, differently from normal brain capillaries, the TJs between endothelial cells are damaged for tumor growth and this results in the pathological fenestration and leakage of the BBB .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "GBM", ",", "differently", "from", "normal", "brain", "capillaries", ",", "the", "TJs", "between", "endothelial", "cells", "are", "damaged", "for", "tumor", "growth", "and", "this", "results", "in", "the", "pathological", "fenestration", "and", "leakage", "of", "the", "BBB", "." ] } ]
PMC9429973
Clinical trial information: NCT04830137.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Clinical", "trial", "information", ":", "NCT04830137", "." ] } ]
PMC11762280
Previously, ZBP1-mediated PANoptosis has been proven to play a vital role in many infectious diseases by promoting cell death and inflammation to activate host defense or inflammatory tissue damage, such as C. albicans, A. fumigatus , SARS-CoV-2 , influenza A virus and Yersinia infections .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Previously", ",", "ZBP1-mediated", "PANoptosis", "has", "been", "proven", "to", "play", "a", "vital", "role", "in", "many", "infectious", "diseases", "by", "promoting", "cell", "death", "and", "inflammation", "to", "activate", "host", "defense", "or", "inflammatory", "tissue", "damage", ",", "such", "as", "C.", "albicans", ",", "A.", "fumigatus", ",", "SARS-CoV-2", ",", "influenza", "A", "virus", "and", "Yersinia", "infections", "." ] } ]
PMC11658074
p < 0.01, ***p < 0.001. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "p", "<", "0.01", ",", "*", "*", "*", "p", "<", "0.001", ".", "(" ] } ]
PMC9676986
For the better use of FGFR inhibitors, two lessons are given to us by the papers reviewed above.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "the", "better", "use", "of", "FGFR", "inhibitors", ",", "two", "lessons", "are", "given", "to", "us", "by", "the", "papers", "reviewed", "above", "." ] } ]
PMC11180402
ISO did not significantly affect SOX2 promoter activity (Fig. 4B), suggesting that ISO is unlikely to inhibit SOX2 at the transcriptional level.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ISO", "did", "not", "significantly", "affect", "SOX2", "promoter", "activity", "(", "Fig.", "4B", ")", ",", "suggesting", "that", "ISO", "is", "unlikely", "to", "inhibit", "SOX2", "at", "the", "transcriptional", "level", "." ] } ]
PMC7192625
ChAs values were higher in the PP than in the PO subnetwork, suggesting that this mark is mostly associated to promoters that are in 3D contact with each other, but it can also be found in some regulatory regions in contact with promoters.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ChAs", "values", "were", "higher", "in", "the", "PP", "than", "in", "the", "PO", "subnetwork", ",", "suggesting", "that", "this", "mark", "is", "mostly", "associated", "to", "promoters", "that", "are", "in", "3D", "contact", "with", "each", "other", ",", "but", "it", "can", "also", "be", "found", "in", "some", "regulatory", "regions", "in", "contact", "with", "promoters", "." ] } ]
PMC11155445
Docking results also verified the above results, AChE and BChE showed strong bonding interactions with compound (147) having binding energy −7.5 kcal mol and −7.6 kcal mol, respectively (Fig. 74).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Docking", "results", "also", "verified", "the", "above", "results", ",", "AChE", "and", "BChE", "showed", "strong", "bonding", "interactions", "with", "compound", "(", "147", ")", "having", "binding", "energy", "−7.5", "kcal", "mol", "and", "−7.6", "kcal", "mol", ",", "respectively", "(", "Fig.", "74", ")", "." ] } ]
PMC10994876
Fig. 7The impact of YAP5SA expression on cell size.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "7The", "impact", "of", "YAP5SA", "expression", "on", "cell", "size", "." ] } ]
PMC11453018
EWS::FLI1, together with P300/CBP induce LMNB1 transcription by binding to multiple GGAA repeats in its regulatory elements.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "EWS::FLI1", ",", "together", "with", "P300/CBP", "induce", "LMNB1", "transcription", "by", "binding", "to", "multiple", "GGAA", "repeats", "in", "its", "regulatory", "elements", "." ] } ]
PMC11696659
The selected TAV set used was obtained through a guided automated exploratory data analysis, using AutoDiscovery® methodology (Butler Scientifics, S.L.; Barcelona, Spain) followed by an expert clinician screening to study clinically valuable associations in order to select the best predictor variables.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "selected", "TAV", "set", "used", "was", "obtained", "through", "a", "guided", "automated", "exploratory", "data", "analysis", ",", "using", "AutoDiscovery", "®", "methodology", "(", "Butler", "Scientifics", ",", "S.L.", ";", "Barcelona", ",", "Spain", ")", "followed", "by", "an", "expert", "clinician", "screening", "to", "study", "clinically", "valuable", "associations", "in", "order", "to", "select", "the", "best", "predictor", "variables", "." ] } ]
PMC11473843
Mixed background LSL-Kras;p53 mice were generated by crossing stock B6.129SS4-kras/J (from JaxLab, Stock number 008179) (Jackson et al, 2001), with B6.129P2-Trp53/J (from JaxLab, Stock number 008462) (Marino et al, 2000) mice.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mixed", "background", "LSL-Kras;p53", "mice", "were", "generated", "by", "crossing", "stock", "B6.129SS4-kras/J", "(", "from", "JaxLab", ",", "Stock", "number", "008179", ")", "(", "Jackson", "et", "al", ",", "2001", ")", ",", "with", "B6.129P2-Trp53/J", "(", "from", "JaxLab", ",", "Stock", "number", "008462", ")", "(", "Marino", "et", "al", ",", "2000", ")", "mice", "." ] } ]
PMC9884169
After 14 days of culture, the colonies were fixed with 6% glutaraldehyde (Amresco) for 20 min and stained with a mixture of 0.5% crystal violet for 15 min.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "14", "days", "of", "culture", ",", "the", "colonies", "were", "fixed", "with", "6", "%", "glutaraldehyde", "(", "Amresco", ")", "for", "20", "min", "and", "stained", "with", "a", "mixture", "of", "0.5", "%", "crystal", "violet", "for", "15", "min", "." ] } ]
PMC11767725
The skin microbiota, comprising bacteria (e.g., Staphylococcus epidermidis, Cutibacterium acnes), fungi (e.g., Malassezia spp.),
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "skin", "microbiota", ",", "comprising", "bacteria", "(", "e.g.", ",", "Staphylococcus", "epidermidis", ",", "Cutibacterium", "acnes", ")", ",", "fungi", "(", "e.g.", ",", "Malassezia", "spp", ".", ")", "," ] } ]
PMC9712534
If the covalent TOP2-DNA complex was formed by etoposide treatment, the Western blot signal should be reduced as reported previously.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "If", "the", "covalent", "TOP2-DNA", "complex", "was", "formed", "by", "etoposide", "treatment", ",", "the", "Western", "blot", "signal", "should", "be", "reduced", "as", "reported", "previously", "." ] } ]
PMC8623816
RNA-seq was performed for two strains with 2 replicates per each.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "RNA-seq", "was", "performed", "for", "two", "strains", "with", "2", "replicates", "per", "each", "." ] } ]
PMC10421378
To obtain dried preparations of high quality and viability, various protection strategies can be incorporated into processing steps.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "obtain", "dried", "preparations", "of", "high", "quality", "and", "viability", ",", "various", "protection", "strategies", "can", "be", "incorporated", "into", "processing", "steps", "." ] } ]
PMC11269933
ns” indicates non-significant differences.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ns", "”", "indicates", "non-significant", "differences", "." ] } ]
PMC7762347
Moreover, CYN/MCLR mixtures have been shown to increase the frequency of micronuclei in cultured mouse lymphoma cells L5178YTk compared to control .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "CYN/MCLR", "mixtures", "have", "been", "shown", "to", "increase", "the", "frequency", "of", "micronuclei", "in", "cultured", "mouse", "lymphoma", "cells", "L5178YTk", "compared", "to", "control", "." ] } ]
PMC10900886
Cells and supernatants were collected at 0, 6, 8, 12, 24, 48, and 72 hpi.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "and", "supernatants", "were", "collected", "at", "0", ",", "6", ",", "8", ",", "12", ",", "24", ",", "48", ",", "and", "72", "hpi", "." ] } ]
PMC10218459
They are mainly used to induce wound healing .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "They", "are", "mainly", "used", "to", "induce", "wound", "healing", "." ] } ]
PMC11785489
To find generalizable associations, we combined dataset 1 with a second published dataset (dataset 2, Table 1; STAR Methods), resulting in 494,419 quality-controlled T cells from 256 individuals.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "find", "generalizable", "associations", ",", "we", "combined", "dataset", "1", "with", "a", "second", "published", "dataset", "(", "dataset", "2", ",", "Table", "1", ";", "STAR", "Methods", ")", ",", "resulting", "in", "494,419", "quality-controlled", "T", "cells", "from", "256", "individuals", "." ] } ]
PMC9792775
The extraction of total cellular protein was processed by lysis buffer (1 mM Tris-HCL, pH 6.8, 10% SDS and 80% glycerin).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "extraction", "of", "total", "cellular", "protein", "was", "processed", "by", "lysis", "buffer", "(", "1", "mM", "Tris-HCL", ",", "pH", "6.8", ",", "10", "%", "SDS", "and", "80", "%", "glycerin", ")", "." ] } ]
PMC11766174
Graphs and figures were prepared using GraphPad Prism 10 (GraphPad Software, Inc., La Jolla, CA, USA).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Graphs", "and", "figures", "were", "prepared", "using", "GraphPad", "Prism", "10", "(", "GraphPad", "Software", ",", "Inc.", ",", "La", "Jolla", ",", "CA", ",", "USA", ")", "." ] } ]
PMC11243198
GANT61 was previously predicted to bind at the ZF region of GLI1 .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "GANT61", "was", "previously", "predicted", "to", "bind", "at", "the", "ZF", "region", "of", "GLI1", "." ] } ]
PMC11574271
Mice in the experimental group (J82-RON, 5 mice per group) were treated with BMS-777607 at 25 mg/kg/day.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mice", "in", "the", "experimental", "group", "(", "J82-RON", ",", "5", "mice", "per", "group", ")", "were", "treated", "with", "BMS-777607", "at", "25", "mg/kg/day", "." ] } ]
PMC11406030
Furthermore, our findings revealed a pronounced elevation in the risk of death among ovarian cancer patients who exhibited higher cytoplasmic LMTK3 levels than nuclear LMTK3 levels, particularly within the first few years following diagnosis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "our", "findings", "revealed", "a", "pronounced", "elevation", "in", "the", "risk", "of", "death", "among", "ovarian", "cancer", "patients", "who", "exhibited", "higher", "cytoplasmic", "LMTK3", "levels", "than", "nuclear", "LMTK3", "levels", ",", "particularly", "within", "the", "first", "few", "years", "following", "diagnosis", "." ] } ]
PMC9429973
There were no acute GVHD related deaths.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "There", "were", "no", "acute", "GVHD", "related", "deaths", "." ] } ]
PMC9429973
Results: Clinical, biological and molecular baseline characteristics are summarized in image.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "Clinical", ",", "biological", "and", "molecular", "baseline", "characteristics", "are", "summarized", "in", "image", "." ] } ]
PMC7192625
ChAs calculated for the same features as (A) in the PO and PP PCHi-C networks.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ChAs", "calculated", "for", "the", "same", "features", "as", "(", "A", ")", "in", "the", "PO", "and", "PP", "PCHi-C", "networks", "." ] } ]
PMC11451829
On day 23 (Fig. 1F), a white‒yellow elevated lesion was observed at the site of injury (grade 4).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "On", "day", "23", "(", "Fig.", "1F", ")", ",", "a", "white‒yellow", "elevated", "lesion", "was", "observed", "at", "the", "site", "of", "injury", "(", "grade", "4", ")", "." ] } ]
PMC5673060
In addition, phosphoproteins that contain the CH domain, a 100 amino acid residue domain that binds to actin filaments, are similarly enriched in PazR cells , .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "addition", ",", "phosphoproteins", "that", "contain", "the", "CH", "domain", ",", "a", "100", "amino", "acid", "residue", "domain", "that", "binds", "to", "actin", "filaments", ",", "are", "similarly", "enriched", "in", "PazR", "cells", ",", "." ] } ]
PMC7057940
Samples were obtained during open lung biopsy and submerged in base C culture medium containing antibiotics and 5% fetal bovine serum (cat.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Samples", "were", "obtained", "during", "open", "lung", "biopsy", "and", "submerged", "in", "base", "C", "culture", "medium", "containing", "antibiotics", "and", "5", "%", "fetal", "bovine", "serum", "(", "cat", "." ] } ]
PMC11361748
The source data used to derive the numerical values reported here can be found in S1 Data.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "source", "data", "used", "to", "derive", "the", "numerical", "values", "reported", "here", "can", "be", "found", "in", "S1", "Data", "." ] } ]
PMC11775197
Most of the findings indicate that PPARγ plays a significant place in inhibiting tumor proliferation, including colon cancer .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Most", "of", "the", "findings", "indicate", "that", "PPARγ", "plays", "a", "significant", "place", "in", "inhibiting", "tumor", "proliferation", ",", "including", "colon", "cancer", "." ] } ]
PMC7612475
Mean surviving fraction of three independent experiments is plotted ± SEM. *,
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mean", "surviving", "fraction", "of", "three", "independent", "experiments", "is", "plotted", "±", "SEM", ".", "*", "," ] } ]
PMC5535901
Gene expression results are expressed as mean ± SD relative to vehicle control.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Gene", "expression", "results", "are", "expressed", "as", "mean", "±", "SD", "relative", "to", "vehicle", "control", "." ] } ]
PMC11696576
The MD simulations were carried out using NAMD 3.0 software and the CGENFF and CHARMM36m force field and parameters.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "MD", "simulations", "were", "carried", "out", "using", "NAMD", "3.0", "software", "and", "the", "CGENFF", "and", "CHARMM36", "m", "force", "field", "and", "parameters", "." ] } ]
PMC11693599
Ovarian cancer cell lines and primary ovarian cancer-derived CSCs exhibit enhanced stem-like properties and drug resistance (28, 29), and ovarian CSCs are known to accelerate tumor malignancy (30).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Ovarian", "cancer", "cell", "lines", "and", "primary", "ovarian", "cancer-derived", "CSCs", "exhibit", "enhanced", "stem-like", "properties", "and", "drug", "resistance", "(", "28", ",", "29", ")", ",", "and", "ovarian", "CSCs", "are", "known", "to", "accelerate", "tumor", "malignancy", "(", "30", ")", "." ] } ]
PMC11790971
Further information on research design is available in the Nature Portfolio Reporting Summary linked to this article.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Further", "information", "on", "research", "design", "is", "available", "in", "the", "Nature", "Portfolio", "Reporting", "Summary", "linked", "to", "this", "article", "." ] } ]
PMC10551595
However, to fully comprehend the precise effect of GinA on TP53, further investigation including MD simulations is necessary.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "to", "fully", "comprehend", "the", "precise", "effect", "of", "GinA", "on", "TP53", ",", "further", "investigation", "including", "MD", "simulations", "is", "necessary", "." ] } ]
PMC11089031
The expression pattern of ZNF692 in normal kidney tissue is consistent with its function inferred from the above GSEA results.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "expression", "pattern", "of", "ZNF692", "in", "normal", "kidney", "tissue", "is", "consistent", "with", "its", "function", "inferred", "from", "the", "above", "GSEA", "results", "." ] } ]
PMC3931643
Knockdown of eIF4E or expression of 4EBP1 sensitizes VAL cells to asTORi.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Knockdown", "of", "eIF4E", "or", "expression", "of", "4EBP1", "sensitizes", "VAL", "cells", "to", "asTORi", "." ] } ]
PMC11703992
Also, the friend analysis was conducted.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Also", ",", "the", "friend", "analysis", "was", "conducted", "." ] } ]
PMC6835428
Almost all the published studies to date have focused their attention on general OC cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Almost", "all", "the", "published", "studies", "to", "date", "have", "focused", "their", "attention", "on", "general", "OC", "cells", "." ] } ]
PMC11798926
A better understanding of the trafficking of the SynDIGs might provide greater insight into how SynDIG4 and SynDIG1 can influence AMPAR trafficking and synapse development.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "better", "understanding", "of", "the", "trafficking", "of", "the", "SynDIGs", "might", "provide", "greater", "insight", "into", "how", "SynDIG4", "and", "SynDIG1", "can", "influence", "AMPAR", "trafficking", "and", "synapse", "development", "." ] } ]
PMC11591030
The cells were also collected, and the total RNA was extracted for the determination of gene expression related to the TLR4/NF-κB and Nrf2/Keap1 signaling pathways in PBLs.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cells", "were", "also", "collected", ",", "and", "the", "total", "RNA", "was", "extracted", "for", "the", "determination", "of", "gene", "expression", "related", "to", "the", "TLR4/NF-κB", "and", "Nrf2/Keap1", "signaling", "pathways", "in", "PBLs", "." ] } ]
PMC11337594
Data in C is shown as mean + SEM.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Data", "in", "C", "is", "shown", "as", "mean", "+", "SEM", "." ] } ]
PMC7433824
Reduction of VIME/VIM levels by P4 represents a beneficial effect, as high VIME/VIM expression correlates with a high grade in gliomas while low vimentin levels associated with better survival and temozolomide response in GBM.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Reduction", "of", "VIME/VIM", "levels", "by", "P4", "represents", "a", "beneficial", "effect", ",", "as", "high", "VIME/VIM", "expression", "correlates", "with", "a", "high", "grade", "in", "gliomas", "while", "low", "vimentin", "levels", "associated", "with", "better", "survival", "and", "temozolomide", "response", "in", "GBM", "." ] } ]