OTAR3088/BioData-CellLine_annotated · Datasets at Hugging Face

PMCID string	Sentences string	ner list
PMC11719944	We considered effector memory cells (CD45RO+CCR7-), central memory cells (CD4+CD45RO+CCR7+), effector cells (CD45RO-CCR7-), and naive cells (CD45RO-CCR7+).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "considered", "effector", "memory", "cells", "(", "CD45RO+CCR7-", ")", ",", "central", "memory", "cells", "(", "CD4+CD45RO+CCR7", "+", ")", ",", "effector", "cells", "(", "CD45RO-CCR7-", ")", ",", "and", "naive", "cells", "(", "CD45RO-CCR7", "+", ")", "." ] } ]
PMC8270637	The following day, TGF-β1-treated H9 cells and control H9 cells were added to the six-well plates (1×10 cells/well) to be co-cultured with HCC cells.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "following", "day", ",", "TGF-β1-treated", "H9", "cells", "and", "control", "H9", "cells", "were", "added", "to", "the", "six-well", "plates", "(", "1", "×", "10", "cells/well", ")", "to", "be", "co-cultured", "with", "HCC", "cells", "." ] } ]
PMC11407042	∗∗, p < 0.01; ns, no significance compared to the indicated group.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "∗∗", ",", "p", "<", "0.01", ";", "ns", ",", "no", "significance", "compared", "to", "the", "indicated", "group", "." ] } ]
PMC3681794	Luminescence was measured on the FLUOstar OPTIMA microplate reader and normalised to cell number.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Luminescence", "was", "measured", "on", "the", "FLUOstar", "OPTIMA", "microplate", "reader", "and", "normalised", "to", "cell", "number", "." ] } ]
PMC8992508	All compounds were stable to enzymatic hydrolysis evaluated in human plasma, even those containing an amide or ester group not impairing, therefore, the in vivo bioavailability.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "compounds", "were", "stable", "to", "enzymatic", "hydrolysis", "evaluated", "in", "human", "plasma", ",", "even", "those", "containing", "an", "amide", "or", "ester", "group", "not", "impairing", ",", "therefore", ",", "the", "in", "vivo", "bioavailability", "." ] } ]
PMC11783017	Fig. 1Schematic diagram of the preparation and application of Cis/Mn/NH@PGP.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "1Schematic", "diagram", "of", "the", "preparation", "and", "application", "of", "Cis/Mn/NH@PGP", "." ] } ]
PMC11604768	a Promoter responses of HEK293 cells treated with 10% FBS (left) or 20 µM forskolin (right) (n = 3 each) compared to untreated cells (n = 4).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "a", "Promoter", "responses", "of", "HEK293", "cells", "treated", "with", "10", "%", "FBS", "(", "left", ")", "or", "20", "µM", "forskolin", "(", "right", ")", "(", "n", "=", "3", "each", ")", "compared", "to", "untreated", "cells", "(", "n", "=", "4", ")", "." ] } ]
PMC2193049	Cells were transiently transfected using the Lipofectamine reagent (GIBCO BRL) according to the manufacturer's protocol.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "transiently", "transfected", "using", "the", "Lipofectamine", "reagent", "(", "GIBCO", "BRL", ")", "according", "to", "the", "manufacturer", "'s", "protocol", "." ] } ]
PMC11474209	Among the techniques are ligands such as lipophilic cations, membrane fusion, mitochondria-penetrating peptides, mitochondrial protein import machinery, polymeric nanoparticles, liposomes, metal nanoparticles, polysomes, etc.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Among", "the", "techniques", "are", "ligands", "such", "as", "lipophilic", "cations", ",", "membrane", "fusion", ",", "mitochondria-penetrating", "peptides", ",", "mitochondrial", "protein", "import", "machinery", ",", "polymeric", "nanoparticles", ",", "liposomes", ",", "metal", "nanoparticles", ",", "polysomes", ",", "etc", "." ] } ]
PMC9352806	Significant differences were defined at p< 0.05.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Significant", "differences", "were", "defined", "at", "p", "<", "0.05", "." ] } ]
PMC10170482	Alexander and HepG2 cells were cultivated for 7 days in either MC or CS conditions.	[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Alexander", "and", "HepG2", "cells", "were", "cultivated", "for", "7", "days", "in", "either", "MC", "or", "CS", "conditions", "." ] } ]
PMC9429973	Our findings indicate that hyperferritinemia is an independent prognostic biomarker that may serve as a surrogate representative of disease biology and comorbidities in CMML.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "findings", "indicate", "that", "hyperferritinemia", "is", "an", "independent", "prognostic", "biomarker", "that", "may", "serve", "as", "a", "surrogate", "representative", "of", "disease", "biology", "and", "comorbidities", "in", "CMML", "." ] } ]
PMC11462673	E the qPCR analysis showed that the expression levels of genes sustaining the hematopoietic stem cell differentiation, such as NOTCH1, MYB, and RUNX1, were decreased To identify the binding profile of LDB1 in 6 T-CEM cells, we conducted LDB1 CUT&Tag analysis, revealing 26,479 peaks.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "E", "the", "qPCR", "analysis", "showed", "that", "the", "expression", "levels", "of", "genes", "sustaining", "the", "hematopoietic", "stem", "cell", "differentiation", ",", "such", "as", "NOTCH1", ",", "MYB", ",", "and", "RUNX1", ",", "were", "decreased", "To", "identify", "the", "binding", "profile", "of", "LDB1", "in", "6", "T-CEM", "cells", ",", "we", "conducted", "LDB1", "CUT&Tag", "analysis", ",", "revealing", "26,479", "peaks", "." ] } ]
PMC9429973	The thicker and softer structure of the MDS matrix may be both a consequence and a driver of changes in the MSC phenotype.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "thicker", "and", "softer", "structure", "of", "the", "MDS", "matrix", "may", "be", "both", "a", "consequence", "and", "a", "driver", "of", "changes", "in", "the", "MSC", "phenotype", "." ] } ]
PMC11742670	In contrast, features like SsSH, SsBr, and SdCH2 have negative weights, suggesting adverse effects on predictions.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", ",", "features", "like", "SsSH", ",", "SsBr", ",", "and", "SdCH2", "have", "negative", "weights", ",", "suggesting", "adverse", "effects", "on", "predictions", "." ] } ]
PMC11144200	We anticipate that the combination of this chemotherapy and immunotherapy approach will result in a lower dosage of DOX, increased antitumor efficaciousness, and enhanced safety.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "anticipate", "that", "the", "combination", "of", "this", "chemotherapy", "and", "immunotherapy", "approach", "will", "result", "in", "a", "lower", "dosage", "of", "DOX", ",", "increased", "antitumor", "efficaciousness", ",", "and", "enhanced", "safety", "." ] } ]
PMC11760643	Percent cytotoxicity was determined using FlowJo v10.7.1 software with the gating strategy demonstrated in Figure S2.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Percent", "cytotoxicity", "was", "determined", "using", "FlowJo", "v10.7.1", "software", "with", "the", "gating", "strategy", "demonstrated", "in", "Figure", "S2", "." ] } ]
PMC10588957	The HepG2 cell apoptosis was measured using Hoechst 33258 staining and western blotting.	[ { "tags": [ "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "HepG2", "cell", "apoptosis", "was", "measured", "using", "Hoechst", "33258", "staining", "and", "western", "blotting", "." ] } ]
PMC5925824	An alignment position is marked with (*) if both mu-PD-L1 and ca-PD-L1 substitutions differ from the hu-PD-L1 sequence.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "An", "alignment", "position", "is", "marked", "with", "(", "*", ")", "if", "both", "mu-PD-L1", "and", "ca-PD-L1", "substitutions", "differ", "from", "the", "hu-PD-L1", "sequence", "." ] } ]
PMC6835428	In a variation of the above in vivo test, the authors used an IP mouse model of OC generated with HeyA8 cells, which overexpress CD44 and PLXDC1.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "a", "variation", "of", "the", "above", "in", "vivo", "test", ",", "the", "authors", "used", "an", "IP", "mouse", "model", "of", "OC", "generated", "with", "HeyA8", "cells", ",", "which", "overexpress", "CD44", "and", "PLXDC1", "." ] } ]
PMC11585254	In summary, our study shows that β-arrestin1 and β-arrestin2 are recruited to agonist-activated CXCR5 by a phospho-site cluster located at the extreme distal CT.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "summary", ",", "our", "study", "shows", "that", "β-arrestin1", "and", "β-arrestin2", "are", "recruited", "to", "agonist-activated", "CXCR5", "by", "a", "phospho-site", "cluster", "located", "at", "the", "extreme", "distal", "CT", "." ] } ]
PMC11755467	Pri-miR-132 in vitro transcription (IVT) was performed using New England Biolabs (NEB) T7 polymerase and followed the manufacturer’s protocol.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Pri-miR-132", "in", "vitro", "transcription", "(", "IVT", ")", "was", "performed", "using", "New", "England", "Biolabs", "(", "NEB", ")", "T7", "polymerase", "and", "followed", "the", "manufacturer", "’s", "protocol", "." ] } ]
PMC11705862	In brief, SH-SY5Y cells (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA) were cultured in Eagle’s minimum essential medium (EMEM, Sigma, #M2279), and Ham’s F-12 nutrient mix (Sigma, #N4888), supplemented with nonessential amino acids (Sigma, #M7145), 15% fetal bovine serum (ATCC), 500U L-Glutamine (Cytiva), penicillin (100 U/ ml) and streptomycin (100 µg/ ml).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "brief", ",", "SH-SY5Y", "cells", "(", "Sigma-Aldrich", ",", "St.", "Louis", ",", "MO", ",", "USA", ")", "were", "cultured", "in", "Eagle", "’s", "minimum", "essential", "medium", "(", "EMEM", ",", "Sigma", ",", "#", "M2279", ")", ",", "and", "Ham", "’s", "F-12", "nutrient", "mix", "(", "Sigma", ",", "#", "N4888", ")", ",", "supplemented", "with", "nonessential", "amino", "acids", "(", "Sigma", ",", "#", "M7145", ")", ",", "15", "%", "fetal", "bovine", "serum", "(", "ATCC", ")", ",", "500U", "L-Glutamine", "(", "Cytiva", ")", ",", "penicillin", "(", "100", "U/", "ml", ")", "and", "streptomycin", "(", "100", "µg/", "ml", ")", "." ] } ]
PMC10858941	Glioblastoma is a malignant tumour with a very poor prognosis, in part due to the great complexity and heterogeneity of its microenvironment .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Glioblastoma", "is", "a", "malignant", "tumour", "with", "a", "very", "poor", "prognosis", ",", "in", "part", "due", "to", "the", "great", "complexity", "and", "heterogeneity", "of", "its", "microenvironment", "." ] } ]
PMC10808409	ANOVA test was used to identify the significant terms.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ANOVA", "test", "was", "used", "to", "identify", "the", "significant", "terms", "." ] } ]
PMC7154001	For example, in human, the levels of CYP2E1 and 1A2 are found to be higher in males than females, while the level of CYP3A4 is higher in females.100 In rat liver, the expression level of CYP2C12 is higher in females than males, while the level of CYP2C11 is higher in males than females.101 Ventura et al investigated the metabolic profiles of irosustat (inhibitor of steroid sulfatase under development for hormone-sensitive cancers such as breast and prostate cancer) using liver microsomes from male and female rats, dogs, monkeys, and humans.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "example", ",", "in", "human", ",", "the", "levels", "of", "CYP2E1", "and", "1A2", "are", "found", "to", "be", "higher", "in", "males", "than", "females", ",", "while", "the", "level", "of", "CYP3A4", "is", "higher", "in", "females.100", "In", "rat", "liver", ",", "the", "expression", "level", "of", "CYP2C12", "is", "higher", "in", "females", "than", "males", ",", "while", "the", "level", "of", "CYP2C11", "is", "higher", "in", "males", "than", "females.101", "Ventura", "et", "al", "investigated", "the", "metabolic", "profiles", "of", "irosustat", "(", "inhibitor", "of", "steroid", "sulfatase", "under", "development", "for", "hormone-sensitive", "cancers", "such", "as", "breast", "and", "prostate", "cancer", ")", "using", "liver", "microsomes", "from", "male", "and", "female", "rats", ",", "dogs", ",", "monkeys", ",", "and", "humans", "." ] } ]
PMC10605143	Down-regulation of CDH1 is assumed to be the main signal initiating EMT.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Down-regulation", "of", "CDH1", "is", "assumed", "to", "be", "the", "main", "signal", "initiating", "EMT", "." ] } ]
PMC11680391	All participating dairy herds had a herd health contract with a herd veterinarian, including mandatory herd visits 1–3 weeks apart, depending on herd size.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "participating", "dairy", "herds", "had", "a", "herd", "health", "contract", "with", "a", "herd", "veterinarian", ",", "including", "mandatory", "herd", "visits", "1–3", "weeks", "apart", ",", "depending", "on", "herd", "size", "." ] } ]
PMC11297139	Furthermore, our analysis revealed that the condensates formed by these mutants exhibited liquid-like properties (Supplementary Fig. 2d, e).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "our", "analysis", "revealed", "that", "the", "condensates", "formed", "by", "these", "mutants", "exhibited", "liquid-like", "properties", "(", "Supplementary", "Fig.", "2d", ",", "e", ")", "." ] } ]
PMC5415764	After being cultured for 24 h, the cells were treated with PTX alone, TET alone; or the combination of the two drugs at molar ratios of 1/0.5, 1/1, 1/1.5 or 1/2 (PTX/TET).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "being", "cultured", "for", "24", "h", ",", "the", "cells", "were", "treated", "with", "PTX", "alone", ",", "TET", "alone", ";", "or", "the", "combination", "of", "the", "two", "drugs", "at", "molar", "ratios", "of", "1/0.5", ",", "1/1", ",", "1/1.5", "or", "1/2", "(", "PTX/TET", ")", "." ] } ]
PMC11661040	Our study demonstrated that CGREF1 functions as an oncogene in OS.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "study", "demonstrated", "that", "CGREF1", "functions", "as", "an", "oncogene", "in", "OS", "." ] } ]
PMC9429973	The autologous GPRC5D-directed CAR-T cell (OriCAR-017), owning to an additional proprietary Ori element, is the standard second generation CAR-T cell with improvement in expansion and durability of CAR-T cells post-transfusion.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "autologous", "GPRC5D-directed", "CAR-T", "cell", "(", "OriCAR-017", ")", ",", "owning", "to", "an", "additional", "proprietary", "Ori", "element", ",", "is", "the", "standard", "second", "generation", "CAR-T", "cell", "with", "improvement", "in", "expansion", "and", "durability", "of", "CAR-T", "cells", "post-transfusion", "." ] } ]
PMC8978939	VBC complex with pVHL : HIF-1α and pVHL : EloC interfaces where variants are located circled and evidencing relevant residues. (	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "VBC", "complex", "with", "pVHL", ":", "HIF-1α", "and", "pVHL", ":", "EloC", "interfaces", "where", "variants", "are", "located", "circled", "and", "evidencing", "relevant", "residues", ".", "(" ] } ]
PMC9429973	We evaluated the overall thrombosis and haemorrhage rates related to DOACs, and also by the DOAC type (apixaban or rivaroxaban) as well as the daily dosage prescribed.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "evaluated", "the", "overall", "thrombosis", "and", "haemorrhage", "rates", "related", "to", "DOACs", ",", "and", "also", "by", "the", "DOAC", "type", "(", "apixaban", "or", "rivaroxaban", ")", "as", "well", "as", "the", "daily", "dosage", "prescribed", "." ] } ]
PMC11657695	Among canonical potassium channel functions, it has been demonstrated that potassium channels are able to regulate membrane potential and therefore can regulate calcium signalling via the hyperpolarisation of the plasma membrane .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Among", "canonical", "potassium", "channel", "functions", ",", "it", "has", "been", "demonstrated", "that", "potassium", "channels", "are", "able", "to", "regulate", "membrane", "potential", "and", "therefore", "can", "regulate", "calcium", "signalling", "via", "the", "hyperpolarisation", "of", "the", "plasma", "membrane", "." ] } ]
PMC11409031	This model is anticipated to effectively categorize OV patients, pinpoint specific subgroups that can benefit from immunotherapy, and ultimately enhance the overall clinical prognosis for individuals with OV.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "model", "is", "anticipated", "to", "effectively", "categorize", "OV", "patients", ",", "pinpoint", "specific", "subgroups", "that", "can", "benefit", "from", "immunotherapy", ",", "and", "ultimately", "enhance", "the", "overall", "clinical", "prognosis", "for", "individuals", "with", "OV", "." ] } ]
PMC11721064	G Enrichment analysis of differentially expressed genes in corneal versus skin sequencing samples Previous studies have established a strong association between STAT3 and the JAK signaling pathway.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "G", "Enrichment", "analysis", "of", "differentially", "expressed", "genes", "in", "corneal", "versus", "skin", "sequencing", "samples", "Previous", "studies", "have", "established", "a", "strong", "association", "between", "STAT3", "and", "the", "JAK", "signaling", "pathway", "." ] } ]
PMC11714165	In contrast, the NBD‐F and D‐NBD‐F groups exhibited attenuated tumor progression.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", ",", "the", "NBD‐F", "and", "D‐NBD‐F", "groups", "exhibited", "attenuated", "tumor", "progression", "." ] } ]
PMC11682172	Medium from the lower chamber was collected and absorbance was measured at 595 nm.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Medium", "from", "the", "lower", "chamber", "was", "collected", "and", "absorbance", "was", "measured", "at", "595", "nm", "." ] } ]
PMC9429973	Aims: Our study aims at evaluating the predictive value of ALC recovery in AML patients treated with IC by analysing its impact through different patient subgroups according to therapy response, type of chemotherapy regimen and the use of allogeneic stem cell transplantations (HSCT).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "Our", "study", "aims", "at", "evaluating", "the", "predictive", "value", "of", "ALC", "recovery", "in", "AML", "patients", "treated", "with", "IC", "by", "analysing", "its", "impact", "through", "different", "patient", "subgroups", "according", "to", "therapy", "response", ",", "type", "of", "chemotherapy", "regimen", "and", "the", "use", "of", "allogeneic", "stem", "cell", "transplantations", "(", "HSCT", ")", "." ] } ]
PMC9429973	However, it may present some more aggressive traits, such as more frequent B symptoms and elevated LDH.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "it", "may", "present", "some", "more", "aggressive", "traits", ",", "such", "as", "more", "frequent", "B", "symptoms", "and", "elevated", "LDH", "." ] } ]
PMC11387401	Interaction networks were constructed and visualized using Cytoscape (3.8.0).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interaction", "networks", "were", "constructed", "and", "visualized", "using", "Cytoscape", "(", "3.8.0", ")", "." ] } ]
PMC11551844	Panwar et al. (2024) have summarized various approaches used in the synthesis of AuNPs.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Panwar", "et", "al.", "(", "2024", ")", "have", "summarized", "various", "approaches", "used", "in", "the", "synthesis", "of", "AuNPs", "." ] } ]
PMC11743316	In mitochondrial samples collected from tissues of human ovarian carcinoma, about 5115 expressed proteins in mitochondrial (mtEPs) have been discovered.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "mitochondrial", "samples", "collected", "from", "tissues", "of", "human", "ovarian", "carcinoma", ",", "about", "5115", "expressed", "proteins", "in", "mitochondrial", "(", "mtEPs", ")", "have", "been", "discovered", "." ] } ]
PMC11787355	f Fluorescence reporter signal of TCR-Jurkat cells upon overnight coculture with various peptide-loaded target cells.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "f", "Fluorescence", "reporter", "signal", "of", "TCR-Jurkat", "cells", "upon", "overnight", "coculture", "with", "various", "peptide-loaded", "target", "cells", "." ] } ]
PMC5386478	Hypoxia is a common feature of solid tumors and is associated with disease progression as well as resistance to radiotherapy and chemotherapy.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Hypoxia", "is", "a", "common", "feature", "of", "solid", "tumors", "and", "is", "associated", "with", "disease", "progression", "as", "well", "as", "resistance", "to", "radiotherapy", "and", "chemotherapy", "." ] } ]
PMC10957991	Objective used: HCX PL APO 20x/0.7 Imm Corr (water, glycerol, oil) Lbd.bl.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Objective", "used", ":", "HCX", "PL", "APO", "20x/0.7", "Imm", "Corr", "(", "water", ",", "glycerol", ",", "oil", ")", "Lbd.bl", "." ] } ]
PMC11348300	The contrast is expressed as the contrast to background ratio (CBR) as defined in the methods section.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "contrast", "is", "expressed", "as", "the", "contrast", "to", "background", "ratio", "(", "CBR", ")", "as", "defined", "in", "the", "methods", "section", "." ] } ]
PMC7192625	We find evidence for genomic regions with specific histone modifications, DNA methylation, and gene expression levels to be forming preferential contacts in 3D nuclear space, to a different extent depending on the cell type and lineage.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "find", "evidence", "for", "genomic", "regions", "with", "specific", "histone", "modifications", ",", "DNA", "methylation", ",", "and", "gene", "expression", "levels", "to", "be", "forming", "preferential", "contacts", "in", "3D", "nuclear", "space", ",", "to", "a", "different", "extent", "depending", "on", "the", "cell", "type", "and", "lineage", "." ] } ]
PMC11412721	B-cell subpopulations in spleens of 6-week-old Trp53 Eμ-Myc and Trp53 Eμ-Myc mice.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "B-cell", "subpopulations", "in", "spleens", "of", "6-week-old", "Trp53", "Eμ-Myc", "and", "Trp53", "Eμ-Myc", "mice", "." ] } ]
PMC8524093	Succeeding these events, the nucleocapsid core moves to membrane regions rich in E1-E2 dimers and mature virion is released by budding process from the infected cell (Figure 1).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Succeeding", "these", "events", ",", "the", "nucleocapsid", "core", "moves", "to", "membrane", "regions", "rich", "in", "E1-E2", "dimers", "and", "mature", "virion", "is", "released", "by", "budding", "process", "from", "the", "infected", "cell", "(", "Figure", "1", ")", "." ] } ]
PMC10976516	The latter intrinsic OV genome mutation can also affect the maintenance and viral life cycle of OVs in various carrier cell types.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "latter", "intrinsic", "OV", "genome", "mutation", "can", "also", "affect", "the", "maintenance", "and", "viral", "life", "cycle", "of", "OVs", "in", "various", "carrier", "cell", "types", "." ] } ]
PMC7612475	D, Quantification of GFP-positive cells by flow cytometry from a DR-GFP reporter cassette stably integrated in U2OS cells, to assess HR.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "D", ",", "Quantification", "of", "GFP-positive", "cells", "by", "flow", "cytometry", "from", "a", "DR-GFP", "reporter", "cassette", "stably", "integrated", "in", "U2OS", "cells", ",", "to", "assess", "HR", "." ] } ]
PMC11098378	Targets were chosen such that the sense siRNA start nucleotide was preceded by “AA” sequence and the antisense siRNA ended on an A or U .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Targets", "were", "chosen", "such", "that", "the", "sense", "siRNA", "start", "nucleotide", "was", "preceded", "by", "“", "AA", "”", "sequence", "and", "the", "antisense", "siRNA", "ended", "on", "an", "A", "or", "U", "." ] } ]
PMC10454535	Our data suggest that this combination treatment induces apoptosis in MM cells even with resistance from interactions with BMSCs.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "data", "suggest", "that", "this", "combination", "treatment", "induces", "apoptosis", "in", "MM", "cells", "even", "with", "resistance", "from", "interactions", "with", "BMSCs", "." ] } ]
PMC6835428	Regardless of the cell type used, all xenograft mouse models suffer from the fact that the animals are immunocompromised; therefore, the role of the immune system is completely ignored.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Regardless", "of", "the", "cell", "type", "used", ",", "all", "xenograft", "mouse", "models", "suffer", "from", "the", "fact", "that", "the", "animals", "are", "immunocompromised", ";", "therefore", ",", "the", "role", "of", "the", "immune", "system", "is", "completely", "ignored", "." ] } ]
PMC11659734	In such cases, EFSA indicates the copyright holder and users should seek permission to reproduce the content from the original source.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "such", "cases", ",", "EFSA", "indicates", "the", "copyright", "holder", "and", "users", "should", "seek", "permission", "to", "reproduce", "the", "content", "from", "the", "original", "source", "." ] } ]
PMC11637284	Homologues of TAC subunits, as the TAC itself, are exclusively found within the Kinetoplastids.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Homologues", "of", "TAC", "subunits", ",", "as", "the", "TAC", "itself", ",", "are", "exclusively", "found", "within", "the", "Kinetoplastids", "." ] } ]
PMC11791264	Left panels provide a graphical representation of the accumulated number of migrated cells at 24 h, and the right panels show the representative images (200 × magnification).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Left", "panels", "provide", "a", "graphical", "representation", "of", "the", "accumulated", "number", "of", "migrated", "cells", "at", "24", "h", ",", "and", "the", "right", "panels", "show", "the", "representative", "images", "(", "200", "×", "magnification", ")", "." ] } ]
PMC11306331	We found that this gene set was enriched for various gene categories: NFκB, pro-inflammatory, and p53 gene signatures, as well as de-enrichment for Myc targets, E2F targets, and G2/M associated gene expression.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "found", "that", "this", "gene", "set", "was", "enriched", "for", "various", "gene", "categories", ":", "NFκB", ",", "pro-inflammatory", ",", "and", "p53", "gene", "signatures", ",", "as", "well", "as", "de-enrichment", "for", "Myc", "targets", ",", "E2F", "targets", ",", "and", "G2/M", "associated", "gene", "expression", "." ] } ]
PMC11715644	Thus, entry of collectively migrating epithelial cells into narrower confinement requires a rise in cell density.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "entry", "of", "collectively", "migrating", "epithelial", "cells", "into", "narrower", "confinement", "requires", "a", "rise", "in", "cell", "density", "." ] } ]
PMC11766174	To detect and quantify the number of HIV CA-containing cells, an immunocytochemistry assay (CA-ICC) was developed with two mouse anti-CA-specific antibodies at 3 µg/mL each.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "detect", "and", "quantify", "the", "number", "of", "HIV", "CA-containing", "cells", ",", "an", "immunocytochemistry", "assay", "(", "CA-ICC", ")", "was", "developed", "with", "two", "mouse", "anti-CA-specific", "antibodies", "at", "3", "µg/mL", "each", "." ] } ]
PMC10809689	To compare results among the groups, one-way and two-way ANOVA tests were utilized.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "compare", "results", "among", "the", "groups", ",", "one-way", "and", "two-way", "ANOVA", "tests", "were", "utilized", "." ] } ]
PMC11185260	Representative photographs of senescence-associated β-galactosidase staining of BT-12 and A-204.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O" ], "tokens": [ "Representative", "photographs", "of", "senescence-associated", "β-galactosidase", "staining", "of", "BT-12", "and", "A-204", "." ] } ]
PMC11718109	Subsequently, the blocks were post-fixed in 1% OsO4 in 100 mM PB on ice, followed by 4 washes of 100 mM PB and three washes of MilliQ water on ice.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Subsequently", ",", "the", "blocks", "were", "post-fixed", "in", "1", "%", "OsO4", "in", "100", "mM", "PB", "on", "ice", ",", "followed", "by", "4", "washes", "of", "100", "mM", "PB", "and", "three", "washes", "of", "MilliQ", "water", "on", "ice", "." ] } ]
PMC11665555	One mechanism for gemcitabine resistance could involve the generation of cytosine to help overcome gemcitabine integration into the newly synthesized DNA in a competitive manner (39, 40).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "One", "mechanism", "for", "gemcitabine", "resistance", "could", "involve", "the", "generation", "of", "cytosine", "to", "help", "overcome", "gemcitabine", "integration", "into", "the", "newly", "synthesized", "DNA", "in", "a", "competitive", "manner", "(", "39", ",", "40", ")", "." ] } ]
PMC11240448	Cellular identity arises from a myriad of combinatorial interactions between molecules in the cell.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cellular", "identity", "arises", "from", "a", "myriad", "of", "combinatorial", "interactions", "between", "molecules", "in", "the", "cell", "." ] } ]
PMC11544122	c, d SNX9 recruitment to receptor (WT, 4A and 5A) (c) or plasma membrane (d) was examined by BRET in HEK293 cells transfected with FLAG-CXCR4-YFP (WT, 4A, or 5A) and Rluc8-SNX9 for receptor BRET (c); or FLAG-receptor (WT, 4A, 5A), Rluc8-SNX9, and PM-Sapphire for plasma membrane BRET (d).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "c", ",", "d", "SNX9", "recruitment", "to", "receptor", "(", "WT", ",", "4A", "and", "5A", ")", "(", "c", ")", "or", "plasma", "membrane", "(", "d", ")", "was", "examined", "by", "BRET", "in", "HEK293", "cells", "transfected", "with", "FLAG-CXCR4-YFP", "(", "WT", ",", "4A", ",", "or", "5A", ")", "and", "Rluc8-SNX9", "for", "receptor", "BRET", "(", "c", ")", ";", "or", "FLAG-receptor", "(", "WT", ",", "4A", ",", "5A", ")", ",", "Rluc8-SNX9", ",", "and", "PM-Sapphire", "for", "plasma", "membrane", "BRET", "(", "d", ")", "." ] } ]
PMC11224020	AA production by cPLA2 also enhances actomyosin contractility, allowing cells that are physically trapped within a dense tissue to release themselves and keep moving forward.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "AA", "production", "by", "cPLA2", "also", "enhances", "actomyosin", "contractility", ",", "allowing", "cells", "that", "are", "physically", "trapped", "within", "a", "dense", "tissue", "to", "release", "themselves", "and", "keep", "moving", "forward", "." ] } ]
PMC9027909	This protist is transmitted via fecal-oral rout, contaminated food and water, and close contact to animals .	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "protist", "is", "transmitted", "via", "fecal-oral", "rout", ",", "contaminated", "food", "and", "water", ",", "and", "close", "contact", "to", "animals", "." ] } ]
PMC10142392	This proves the separation of phases in the 6s-PCL-b-PLA branched star with six arms.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "proves", "the", "separation", "of", "phases", "in", "the", "6s-PCL-b-PLA", "branched", "star", "with", "six", "arms", "." ] } ]
PMC9895440	DNA was eluted in 25 μl 5 mM Tris-HCl.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "DNA", "was", "eluted", "in", "25", "μl", "5", "mM", "Tris-HCl", "." ] } ]
PMC9429973	Image: Summary/Conclusion: Second primary malignancy in 20-year follow-up in our post-transplant cohort was 6% and 16% in 10 years and 19 years, respectively, and extensive chronic GVHD is associated with head and neck and esophageal squamous cell carcinoma.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Image", ":", "Summary/Conclusion", ":", "Second", "primary", "malignancy", "in", "20-year", "follow-up", "in", "our", "post-transplant", "cohort", "was", "6", "%", "and", "16", "%", "in", "10", "years", "and", "19", "years", ",", "respectively", ",", "and", "extensive", "chronic", "GVHD", "is", "associated", "with", "head", "and", "neck", "and", "esophageal", "squamous", "cell", "carcinoma", "." ] } ]
PMC11413393	As with MS023 treatment, we also noted a marked decrease in the levels of general aDMA species in PRMT1-depleted cells relative to NT-shRNA controls, no-dox treated controls and parental non-transduced cell lines (Fig. 3a).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "with", "MS023", "treatment", ",", "we", "also", "noted", "a", "marked", "decrease", "in", "the", "levels", "of", "general", "aDMA", "species", "in", "PRMT1-depleted", "cells", "relative", "to", "NT-shRNA", "controls", ",", "no-dox", "treated", "controls", "and", "parental", "non-transduced", "cell", "lines", "(", "Fig.", "3a", ")", "." ] } ]
PMC11754432	White boxes represent zoomed-in regions, and white overlays represent lysosomal regions.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "White", "boxes", "represent", "zoomed-in", "regions", ",", "and", "white", "overlays", "represent", "lysosomal", "regions", "." ] } ]
PMC9429973	The median follow up of 146 AML was 443 days.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "median", "follow", "up", "of", "146", "AML", "was", "443", "days", "." ] } ]
PMC11487720	The cells were then incubated at indicated temperatures for various durations, followed by measuring bubble formation (mean ± standard deviation; n = 3).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cells", "were", "then", "incubated", "at", "indicated", "temperatures", "for", "various", "durations", ",", "followed", "by", "measuring", "bubble", "formation", "(", "mean", "±", "standard", "deviation", ";", "n", "=", "3", ")", "." ] } ]
PMC11478724	This triggers caspase 9, which activates caspase 3 and cleaves PARP.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "triggers", "caspase", "9", ",", "which", "activates", "caspase", "3", "and", "cleaves", "PARP", "." ] } ]
PMC11585587	RA has been found to have good anti-tumor activity and essential research value.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "RA", "has", "been", "found", "to", "have", "good", "anti-tumor", "activity", "and", "essential", "research", "value", "." ] } ]
PMC11363012	b, The cell with one asterisk is an idioblast cell accumulating high amounts of alkaloids (m/z 337.19, vindolinine (12) and catharanthine (6); m/z 457.23, vindoline (9); m/z 427.22, vindorosine (11); m/z 349.15, serpentine (4); m/z 397.21, anhydrovinblastine (14); the cell with two asterisks is an example of epidermal cells in which both the iridoid secologanin (2) (m/z 389.14) and the flavonoid mauritianin (16) (m/z 741.22) coexist; the cell with three asterisks is an example of IPAP cell accumulating the iridoid loganic acid (1) (m/z 394.17).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "b", ",", "The", "cell", "with", "one", "asterisk", "is", "an", "idioblast", "cell", "accumulating", "high", "amounts", "of", "alkaloids", "(", "m/z", "337.19", ",", "vindolinine", "(", "12", ")", "and", "catharanthine", "(", "6", ")", ";", "m/z", "457.23", ",", "vindoline", "(", "9", ")", ";", "m/z", "427.22", ",", "vindorosine", "(", "11", ")", ";", "m/z", "349.15", ",", "serpentine", "(", "4", ")", ";", "m/z", "397.21", ",", "anhydrovinblastine", "(", "14", ")", ";", "the", "cell", "with", "two", "asterisks", "is", "an", "example", "of", "epidermal", "cells", "in", "which", "both", "the", "iridoid", "secologanin", "(", "2", ")", "(", "m/z", "389.14", ")", "and", "the", "flavonoid", "mauritianin", "(", "16", ")", "(", "m/z", "741.22", ")", "coexist", ";", "the", "cell", "with", "three", "asterisks", "is", "an", "example", "of", "IPAP", "cell", "accumulating", "the", "iridoid", "loganic", "acid", "(", "1", ")", "(", "m/z", "394.17", ")", "." ] } ]
PMC10669128	Heinrich and colleagues tested this compound in a panel of KIT- and PDGFRA-mutant kinases expressed by the transient transfection of the reference cell lines (GIST-T1/829 and IM-resistant GIST-T1).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Heinrich", "and", "colleagues", "tested", "this", "compound", "in", "a", "panel", "of", "KIT-", "and", "PDGFRA-mutant", "kinases", "expressed", "by", "the", "transient", "transfection", "of", "the", "reference", "cell", "lines", "(", "GIST-T1/829", "and", "IM-resistant", "GIST-T1", ")", "." ] } ]
PMC9429973	SCD can be complicated by Moyamoya syndrome (MMS), which is characterized by progressive stenosis of the supraclinoid segment of carotid arteries and development of typical collaterals, resulting in increased risk for both ischemic and hemorrhagic strokes.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "SCD", "can", "be", "complicated", "by", "Moyamoya", "syndrome", "(", "MMS", ")", ",", "which", "is", "characterized", "by", "progressive", "stenosis", "of", "the", "supraclinoid", "segment", "of", "carotid", "arteries", "and", "development", "of", "typical", "collaterals", ",", "resulting", "in", "increased", "risk", "for", "both", "ischemic", "and", "hemorrhagic", "strokes", "." ] } ]
PMC11228511	Lamin C staining in wild-type SMCs had a punctate pattern, both at the nuclear rim and in the nucleoplasm (Fig. 3 A and B).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Lamin", "C", "staining", "in", "wild-type", "SMCs", "had", "a", "punctate", "pattern", ",", "both", "at", "the", "nuclear", "rim", "and", "in", "the", "nucleoplasm", "(", "Fig.", "3", "A", "and", "B", ")", "." ] } ]
PMC9429973	Results: Of 63 patients, only 14 (22%) had a 100% recipient STR profile in the buccal epithelium.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "Of", "63", "patients", ",", "only", "14", "(", "22", "%", ")", "had", "a", "100", "%", "recipient", "STR", "profile", "in", "the", "buccal", "epithelium", "." ] } ]
PMC6948907	To determine the effect of GE and VPA, the cells were seeded in triplicate in 24-well plates and treated with GE (25 µM, IC50) and VPA (5 µM, IC50) in different period times (24 and 48 h), we selected VPA doses according to IC50 and our previous work 65, 67).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "determine", "the", "effect", "of", "GE", "and", "VPA", ",", "the", "cells", "were", "seeded", "in", "triplicate", "in", "24-well", "plates", "and", "treated", "with", "GE", "(", "25", "µM", ",", "IC50", ")", "and", "VPA", "(", "5", "µM", ",", "IC50", ")", "in", "different", "period", "times", "(", "24", "and", "48", "h", ")", ",", "we", "selected", "VPA", "doses", "according", "to", "IC50", "and", "our", "previous", "work", "65", ",", "67", ")", "." ] } ]
PMC9635307	Interestingly, production of IL-4, IL-5 and IL-10 from primary B cells were suppressed by CEACAM1 signaling when cells were activated specifically via BCR.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interestingly", ",", "production", "of", "IL-4", ",", "IL-5", "and", "IL-10", "from", "primary", "B", "cells", "were", "suppressed", "by", "CEACAM1", "signaling", "when", "cells", "were", "activated", "specifically", "via", "BCR", "." ] } ]
PMC8345486	Concerning these results, the effect of compound 15 on spheroid viability was also investigated in comparative studies.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Concerning", "these", "results", ",", "the", "effect", "of", "compound", "15", "on", "spheroid", "viability", "was", "also", "investigated", "in", "comparative", "studies", "." ] } ]
PMC11064533	Wilcoxon rank-sum test was used to analyze the differences, and Benjamini-Hochberg (P.BH) lower than 0.05 was considered significant.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Wilcoxon", "rank-sum", "test", "was", "used", "to", "analyze", "the", "differences", ",", "and", "Benjamini-Hochberg", "(", "P.BH", ")", "lower", "than", "0.05", "was", "considered", "significant", "." ] } ]
PMC11367146	After removing duplicates a total of 535 targets related to VTE was obtained.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "removing", "duplicates", "a", "total", "of", "535", "targets", "related", "to", "VTE", "was", "obtained", "." ] } ]
PMC9429973	Therefore further studies regarding this issue are needed.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", "further", "studies", "regarding", "this", "issue", "are", "needed", "." ] } ]
PMC11763764	Currently, small molecule inhibitors of SORL1 have not been developed.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Currently", ",", "small", "molecule", "inhibitors", "of", "SORL1", "have", "not", "been", "developed", "." ] } ]
PMC11591030	were determined using commercially available kits (Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute, Nanjing, China), following the manufacturer’s instructions meticulously.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "were", "determined", "using", "commercially", "available", "kits", "(", "Nanjing", "Jiancheng", "Bioengineering", "Institute", ",", "Nanjing", ",", "China", ")", ",", "following", "the", "manufacturer", "’s", "instructions", "meticulously", "." ] } ]
PMC11486946	Single-molecule tracking can obtain the brightness of each EGFR-mEGFP fluorescent spot, which reflects the number of fluorescent GFP involved.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Single-molecule", "tracking", "can", "obtain", "the", "brightness", "of", "each", "EGFR-mEGFP", "fluorescent", "spot", ",", "which", "reflects", "the", "number", "of", "fluorescent", "GFP", "involved", "." ] } ]
PMC9429973	Moreover, patient AML blasts also showed a synergistic response to the drug combination compared to single-drug treatments (Figure 1B).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "patient", "AML", "blasts", "also", "showed", "a", "synergistic", "response", "to", "the", "drug", "combination", "compared", "to", "single-drug", "treatments", "(", "Figure", "1B", ")", "." ] } ]
PMC9429973	The most frequent AE was transient injection site reaction reported in 59% of patients.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "most", "frequent", "AE", "was", "transient", "injection", "site", "reaction", "reported", "in", "59", "%", "of", "patients", "." ] } ]
PMC9000591	In SE2, nine compounds were detected.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "SE2", ",", "nine", "compounds", "were", "detected", "." ] } ]
PMC11525028	We found that the ac4C modification of ATF4 mRNA and ATF4 expression significantly decreased in MUT compared with WT control (Figures 3R and S1B).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "found", "that", "the", "ac4C", "modification", "of", "ATF4", "mRNA", "and", "ATF4", "expression", "significantly", "decreased", "in", "MUT", "compared", "with", "WT", "control", "(", "Figures", "3R", "and", "S1B", ")", "." ] } ]
PMC11412721	Trp53 DNA sequencing of Trp53 Eμ-myc and Trp53 Eμ-Myc tumors.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Trp53", "DNA", "sequencing", "of", "Trp53", "Eμ-myc", "and", "Trp53", "Eμ-Myc", "tumors", "." ] } ]
PMC11745823	The HIF‐1α overexpression significantly elevated both RIT1 mRNA and protein levels (Figure 7D,E).	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "HIF‐1α", "overexpression", "significantly", "elevated", "both", "RIT1", "mRNA", "and", "protein", "levels", "(", "Figure", "7D", ",", "E", ")", "." ] } ]
PMC9895440	Our experiments utilizing a human antigen-specific model system (Fig. 3i) and the adoptive transfer of CAR T cells (Fig. 5a–c) indicate that the effects of SNX9 KO are largely CD28-dependent.	[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "experiments", "utilizing", "a", "human", "antigen-specific", "model", "system", "(", "Fig.", "3i", ")", "and", "the", "adoptive", "transfer", "of", "CAR", "T", "cells", "(", "Fig.", "5a", "–", "c", ")", "indicate", "that", "the", "effects", "of", "SNX9", "KO", "are", "largely", "CD28-dependent", "." ] } ]

PMC11719944

We considered effector memory cells (CD45RO+CCR7-), central memory cells (CD4+CD45RO+CCR7+), effector cells (CD45RO-CCR7-), and naive cells (CD45RO-CCR7+).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "considered", "effector", "memory", "cells", "(", "CD45RO+CCR7-", ")", ",", "central", "memory", "cells", "(", "CD4+CD45RO+CCR7", "+", ")", ",", "effector", "cells", "(", "CD45RO-CCR7-", ")", ",", "and", "naive", "cells", "(", "CD45RO-CCR7", "+", ")", "." ] } ]

PMC8270637

The following day, TGF-β1-treated H9 cells and control H9 cells were added to the six-well plates (1×10 cells/well) to be co-cultured with HCC cells.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "following", "day", ",", "TGF-β1-treated", "H9", "cells", "and", "control", "H9", "cells", "were", "added", "to", "the", "six-well", "plates", "(", "1", "×", "10", "cells/well", ")", "to", "be", "co-cultured", "with", "HCC", "cells", "." ] } ]

PMC11407042

∗∗, p < 0.01; ns, no significance compared to the indicated group.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "∗∗", ",", "p", "<", "0.01", ";", "ns", ",", "no", "significance", "compared", "to", "the", "indicated", "group", "." ] } ]

PMC3681794

Luminescence was measured on the FLUOstar OPTIMA microplate reader and normalised to cell number.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Luminescence", "was", "measured", "on", "the", "FLUOstar", "OPTIMA", "microplate", "reader", "and", "normalised", "to", "cell", "number", "." ] } ]

PMC8992508

All compounds were stable to enzymatic hydrolysis evaluated in human plasma, even those containing an amide or ester group not impairing, therefore, the in vivo bioavailability.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "compounds", "were", "stable", "to", "enzymatic", "hydrolysis", "evaluated", "in", "human", "plasma", ",", "even", "those", "containing", "an", "amide", "or", "ester", "group", "not", "impairing", ",", "therefore", ",", "the", "in", "vivo", "bioavailability", "." ] } ]

PMC11783017

Fig. 1Schematic diagram of the preparation and application of Cis/Mn/NH@PGP.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "1Schematic", "diagram", "of", "the", "preparation", "and", "application", "of", "Cis/Mn/NH@PGP", "." ] } ]

PMC11604768

a Promoter responses of HEK293 cells treated with 10% FBS (left) or 20 µM forskolin (right) (n = 3 each) compared to untreated cells (n = 4).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "a", "Promoter", "responses", "of", "HEK293", "cells", "treated", "with", "10", "%", "FBS", "(", "left", ")", "or", "20", "µM", "forskolin", "(", "right", ")", "(", "n", "=", "3", "each", ")", "compared", "to", "untreated", "cells", "(", "n", "=", "4", ")", "." ] } ]

PMC2193049

Cells were transiently transfected using the Lipofectamine reagent (GIBCO BRL) according to the manufacturer's protocol.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cells", "were", "transiently", "transfected", "using", "the", "Lipofectamine", "reagent", "(", "GIBCO", "BRL", ")", "according", "to", "the", "manufacturer", "'s", "protocol", "." ] } ]

PMC11474209

Among the techniques are ligands such as lipophilic cations, membrane fusion, mitochondria-penetrating peptides, mitochondrial protein import machinery, polymeric nanoparticles, liposomes, metal nanoparticles, polysomes, etc.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Among", "the", "techniques", "are", "ligands", "such", "as", "lipophilic", "cations", ",", "membrane", "fusion", ",", "mitochondria-penetrating", "peptides", ",", "mitochondrial", "protein", "import", "machinery", ",", "polymeric", "nanoparticles", ",", "liposomes", ",", "metal", "nanoparticles", ",", "polysomes", ",", "etc", "." ] } ]

PMC9352806

Significant differences were defined at p< 0.05.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Significant", "differences", "were", "defined", "at", "p", "<", "0.05", "." ] } ]

PMC10170482

Alexander and HepG2 cells were cultivated for 7 days in either MC or CS conditions.

[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Alexander", "and", "HepG2", "cells", "were", "cultivated", "for", "7", "days", "in", "either", "MC", "or", "CS", "conditions", "." ] } ]

PMC9429973

Our findings indicate that hyperferritinemia is an independent prognostic biomarker that may serve as a surrogate representative of disease biology and comorbidities in CMML.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "findings", "indicate", "that", "hyperferritinemia", "is", "an", "independent", "prognostic", "biomarker", "that", "may", "serve", "as", "a", "surrogate", "representative", "of", "disease", "biology", "and", "comorbidities", "in", "CMML", "." ] } ]

PMC11462673

E the qPCR analysis showed that the expression levels of genes sustaining the hematopoietic stem cell differentiation, such as NOTCH1, MYB, and RUNX1, were decreased To identify the binding profile of LDB1 in 6 T-CEM cells, we conducted LDB1 CUT&Tag analysis, revealing 26,479 peaks.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "E", "the", "qPCR", "analysis", "showed", "that", "the", "expression", "levels", "of", "genes", "sustaining", "the", "hematopoietic", "stem", "cell", "differentiation", ",", "such", "as", "NOTCH1", ",", "MYB", ",", "and", "RUNX1", ",", "were", "decreased", "To", "identify", "the", "binding", "profile", "of", "LDB1", "in", "6", "T-CEM", "cells", ",", "we", "conducted", "LDB1", "CUT&Tag", "analysis", ",", "revealing", "26,479", "peaks", "." ] } ]

PMC9429973

The thicker and softer structure of the MDS matrix may be both a consequence and a driver of changes in the MSC phenotype.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "thicker", "and", "softer", "structure", "of", "the", "MDS", "matrix", "may", "be", "both", "a", "consequence", "and", "a", "driver", "of", "changes", "in", "the", "MSC", "phenotype", "." ] } ]

PMC11742670

In contrast, features like SsSH, SsBr, and SdCH2 have negative weights, suggesting adverse effects on predictions.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", ",", "features", "like", "SsSH", ",", "SsBr", ",", "and", "SdCH2", "have", "negative", "weights", ",", "suggesting", "adverse", "effects", "on", "predictions", "." ] } ]

PMC11144200

We anticipate that the combination of this chemotherapy and immunotherapy approach will result in a lower dosage of DOX, increased antitumor efficaciousness, and enhanced safety.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "anticipate", "that", "the", "combination", "of", "this", "chemotherapy", "and", "immunotherapy", "approach", "will", "result", "in", "a", "lower", "dosage", "of", "DOX", ",", "increased", "antitumor", "efficaciousness", ",", "and", "enhanced", "safety", "." ] } ]

PMC11760643

Percent cytotoxicity was determined using FlowJo v10.7.1 software with the gating strategy demonstrated in Figure S2.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Percent", "cytotoxicity", "was", "determined", "using", "FlowJo", "v10.7.1", "software", "with", "the", "gating", "strategy", "demonstrated", "in", "Figure", "S2", "." ] } ]

PMC10588957

The HepG2 cell apoptosis was measured using Hoechst 33258 staining and western blotting.

[ { "tags": [ "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "HepG2", "cell", "apoptosis", "was", "measured", "using", "Hoechst", "33258", "staining", "and", "western", "blotting", "." ] } ]

PMC5925824

An alignment position is marked with (*) if both mu-PD-L1 and ca-PD-L1 substitutions differ from the hu-PD-L1 sequence.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "An", "alignment", "position", "is", "marked", "with", "(", "*", ")", "if", "both", "mu-PD-L1", "and", "ca-PD-L1", "substitutions", "differ", "from", "the", "hu-PD-L1", "sequence", "." ] } ]

PMC6835428

In a variation of the above in vivo test, the authors used an IP mouse model of OC generated with HeyA8 cells, which overexpress CD44 and PLXDC1.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "a", "variation", "of", "the", "above", "in", "vivo", "test", ",", "the", "authors", "used", "an", "IP", "mouse", "model", "of", "OC", "generated", "with", "HeyA8", "cells", ",", "which", "overexpress", "CD44", "and", "PLXDC1", "." ] } ]

PMC11585254

In summary, our study shows that β-arrestin1 and β-arrestin2 are recruited to agonist-activated CXCR5 by a phospho-site cluster located at the extreme distal CT.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "summary", ",", "our", "study", "shows", "that", "β-arrestin1", "and", "β-arrestin2", "are", "recruited", "to", "agonist-activated", "CXCR5", "by", "a", "phospho-site", "cluster", "located", "at", "the", "extreme", "distal", "CT", "." ] } ]

PMC11755467

Pri-miR-132 in vitro transcription (IVT) was performed using New England Biolabs (NEB) T7 polymerase and followed the manufacturer’s protocol.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Pri-miR-132", "in", "vitro", "transcription", "(", "IVT", ")", "was", "performed", "using", "New", "England", "Biolabs", "(", "NEB", ")", "T7", "polymerase", "and", "followed", "the", "manufacturer", "’s", "protocol", "." ] } ]

PMC11705862

In brief, SH-SY5Y cells (Sigma-Aldrich, St. Louis, MO, USA) were cultured in Eagle’s minimum essential medium (EMEM, Sigma, #M2279), and Ham’s F-12 nutrient mix (Sigma, #N4888), supplemented with nonessential amino acids (Sigma, #M7145), 15% fetal bovine serum (ATCC), 500U L-Glutamine (Cytiva), penicillin (100 U/ ml) and streptomycin (100 µg/ ml).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "brief", ",", "SH-SY5Y", "cells", "(", "Sigma-Aldrich", ",", "St.", "Louis", ",", "MO", ",", "USA", ")", "were", "cultured", "in", "Eagle", "’s", "minimum", "essential", "medium", "(", "EMEM", ",", "Sigma", ",", "#", "M2279", ")", ",", "and", "Ham", "’s", "F-12", "nutrient", "mix", "(", "Sigma", ",", "#", "N4888", ")", ",", "supplemented", "with", "nonessential", "amino", "acids", "(", "Sigma", ",", "#", "M7145", ")", ",", "15", "%", "fetal", "bovine", "serum", "(", "ATCC", ")", ",", "500U", "L-Glutamine", "(", "Cytiva", ")", ",", "penicillin", "(", "100", "U/", "ml", ")", "and", "streptomycin", "(", "100", "µg/", "ml", ")", "." ] } ]

PMC10858941

Glioblastoma is a malignant tumour with a very poor prognosis, in part due to the great complexity and heterogeneity of its microenvironment .

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Glioblastoma", "is", "a", "malignant", "tumour", "with", "a", "very", "poor", "prognosis", ",", "in", "part", "due", "to", "the", "great", "complexity", "and", "heterogeneity", "of", "its", "microenvironment", "." ] } ]

PMC10808409

ANOVA test was used to identify the significant terms.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ANOVA", "test", "was", "used", "to", "identify", "the", "significant", "terms", "." ] } ]

PMC7154001

For example, in human, the levels of CYP2E1 and 1A2 are found to be higher in males than females, while the level of CYP3A4 is higher in females.100 In rat liver, the expression level of CYP2C12 is higher in females than males, while the level of CYP2C11 is higher in males than females.101 Ventura et al investigated the metabolic profiles of irosustat (inhibitor of steroid sulfatase under development for hormone-sensitive cancers such as breast and prostate cancer) using liver microsomes from male and female rats, dogs, monkeys, and humans.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "example", ",", "in", "human", ",", "the", "levels", "of", "CYP2E1", "and", "1A2", "are", "found", "to", "be", "higher", "in", "males", "than", "females", ",", "while", "the", "level", "of", "CYP3A4", "is", "higher", "in", "females.100", "In", "rat", "liver", ",", "the", "expression", "level", "of", "CYP2C12", "is", "higher", "in", "females", "than", "males", ",", "while", "the", "level", "of", "CYP2C11", "is", "higher", "in", "males", "than", "females.101", "Ventura", "et", "al", "investigated", "the", "metabolic", "profiles", "of", "irosustat", "(", "inhibitor", "of", "steroid", "sulfatase", "under", "development", "for", "hormone-sensitive", "cancers", "such", "as", "breast", "and", "prostate", "cancer", ")", "using", "liver", "microsomes", "from", "male", "and", "female", "rats", ",", "dogs", ",", "monkeys", ",", "and", "humans", "." ] } ]

PMC10605143

Down-regulation of CDH1 is assumed to be the main signal initiating EMT.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Down-regulation", "of", "CDH1", "is", "assumed", "to", "be", "the", "main", "signal", "initiating", "EMT", "." ] } ]

PMC11680391

All participating dairy herds had a herd health contract with a herd veterinarian, including mandatory herd visits 1–3 weeks apart, depending on herd size.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "All", "participating", "dairy", "herds", "had", "a", "herd", "health", "contract", "with", "a", "herd", "veterinarian", ",", "including", "mandatory", "herd", "visits", "1–3", "weeks", "apart", ",", "depending", "on", "herd", "size", "." ] } ]

PMC11297139

Furthermore, our analysis revealed that the condensates formed by these mutants exhibited liquid-like properties (Supplementary Fig. 2d, e).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "our", "analysis", "revealed", "that", "the", "condensates", "formed", "by", "these", "mutants", "exhibited", "liquid-like", "properties", "(", "Supplementary", "Fig.", "2d", ",", "e", ")", "." ] } ]

PMC5415764

After being cultured for 24 h, the cells were treated with PTX alone, TET alone; or the combination of the two drugs at molar ratios of 1/0.5, 1/1, 1/1.5 or 1/2 (PTX/TET).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "being", "cultured", "for", "24", "h", ",", "the", "cells", "were", "treated", "with", "PTX", "alone", ",", "TET", "alone", ";", "or", "the", "combination", "of", "the", "two", "drugs", "at", "molar", "ratios", "of", "1/0.5", ",", "1/1", ",", "1/1.5", "or", "1/2", "(", "PTX/TET", ")", "." ] } ]

PMC11661040

Our study demonstrated that CGREF1 functions as an oncogene in OS.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "study", "demonstrated", "that", "CGREF1", "functions", "as", "an", "oncogene", "in", "OS", "." ] } ]

PMC9429973

The autologous GPRC5D-directed CAR-T cell (OriCAR-017), owning to an additional proprietary Ori element, is the standard second generation CAR-T cell with improvement in expansion and durability of CAR-T cells post-transfusion.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "autologous", "GPRC5D-directed", "CAR-T", "cell", "(", "OriCAR-017", ")", ",", "owning", "to", "an", "additional", "proprietary", "Ori", "element", ",", "is", "the", "standard", "second", "generation", "CAR-T", "cell", "with", "improvement", "in", "expansion", "and", "durability", "of", "CAR-T", "cells", "post-transfusion", "." ] } ]

PMC8978939

VBC complex with pVHL : HIF-1α and pVHL : EloC interfaces where variants are located circled and evidencing relevant residues. (

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "VBC", "complex", "with", "pVHL", ":", "HIF-1α", "and", "pVHL", ":", "EloC", "interfaces", "where", "variants", "are", "located", "circled", "and", "evidencing", "relevant", "residues", ".", "(" ] } ]

PMC9429973

We evaluated the overall thrombosis and haemorrhage rates related to DOACs, and also by the DOAC type (apixaban or rivaroxaban) as well as the daily dosage prescribed.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "evaluated", "the", "overall", "thrombosis", "and", "haemorrhage", "rates", "related", "to", "DOACs", ",", "and", "also", "by", "the", "DOAC", "type", "(", "apixaban", "or", "rivaroxaban", ")", "as", "well", "as", "the", "daily", "dosage", "prescribed", "." ] } ]

PMC11657695

Among canonical potassium channel functions, it has been demonstrated that potassium channels are able to regulate membrane potential and therefore can regulate calcium signalling via the hyperpolarisation of the plasma membrane .

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Among", "canonical", "potassium", "channel", "functions", ",", "it", "has", "been", "demonstrated", "that", "potassium", "channels", "are", "able", "to", "regulate", "membrane", "potential", "and", "therefore", "can", "regulate", "calcium", "signalling", "via", "the", "hyperpolarisation", "of", "the", "plasma", "membrane", "." ] } ]

PMC11409031

This model is anticipated to effectively categorize OV patients, pinpoint specific subgroups that can benefit from immunotherapy, and ultimately enhance the overall clinical prognosis for individuals with OV.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "model", "is", "anticipated", "to", "effectively", "categorize", "OV", "patients", ",", "pinpoint", "specific", "subgroups", "that", "can", "benefit", "from", "immunotherapy", ",", "and", "ultimately", "enhance", "the", "overall", "clinical", "prognosis", "for", "individuals", "with", "OV", "." ] } ]

PMC11721064

G Enrichment analysis of differentially expressed genes in corneal versus skin sequencing samples Previous studies have established a strong association between STAT3 and the JAK signaling pathway.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "G", "Enrichment", "analysis", "of", "differentially", "expressed", "genes", "in", "corneal", "versus", "skin", "sequencing", "samples", "Previous", "studies", "have", "established", "a", "strong", "association", "between", "STAT3", "and", "the", "JAK", "signaling", "pathway", "." ] } ]

PMC11714165

In contrast, the NBD‐F and D‐NBD‐F groups exhibited attenuated tumor progression.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", ",", "the", "NBD‐F", "and", "D‐NBD‐F", "groups", "exhibited", "attenuated", "tumor", "progression", "." ] } ]

PMC11682172

Medium from the lower chamber was collected and absorbance was measured at 595 nm.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Medium", "from", "the", "lower", "chamber", "was", "collected", "and", "absorbance", "was", "measured", "at", "595", "nm", "." ] } ]

PMC9429973

Aims: Our study aims at evaluating the predictive value of ALC recovery in AML patients treated with IC by analysing its impact through different patient subgroups according to therapy response, type of chemotherapy regimen and the use of allogeneic stem cell transplantations (HSCT).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "Our", "study", "aims", "at", "evaluating", "the", "predictive", "value", "of", "ALC", "recovery", "in", "AML", "patients", "treated", "with", "IC", "by", "analysing", "its", "impact", "through", "different", "patient", "subgroups", "according", "to", "therapy", "response", ",", "type", "of", "chemotherapy", "regimen", "and", "the", "use", "of", "allogeneic", "stem", "cell", "transplantations", "(", "HSCT", ")", "." ] } ]

PMC9429973

However, it may present some more aggressive traits, such as more frequent B symptoms and elevated LDH.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "However", ",", "it", "may", "present", "some", "more", "aggressive", "traits", ",", "such", "as", "more", "frequent", "B", "symptoms", "and", "elevated", "LDH", "." ] } ]

PMC11387401

Interaction networks were constructed and visualized using Cytoscape (3.8.0).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interaction", "networks", "were", "constructed", "and", "visualized", "using", "Cytoscape", "(", "3.8.0", ")", "." ] } ]

PMC11551844

Panwar et al. (2024) have summarized various approaches used in the synthesis of AuNPs.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Panwar", "et", "al.", "(", "2024", ")", "have", "summarized", "various", "approaches", "used", "in", "the", "synthesis", "of", "AuNPs", "." ] } ]

PMC11743316

In mitochondrial samples collected from tissues of human ovarian carcinoma, about 5115 expressed proteins in mitochondrial (mtEPs) have been discovered.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "mitochondrial", "samples", "collected", "from", "tissues", "of", "human", "ovarian", "carcinoma", ",", "about", "5115", "expressed", "proteins", "in", "mitochondrial", "(", "mtEPs", ")", "have", "been", "discovered", "." ] } ]

PMC11787355

f Fluorescence reporter signal of TCR-Jurkat cells upon overnight coculture with various peptide-loaded target cells.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "f", "Fluorescence", "reporter", "signal", "of", "TCR-Jurkat", "cells", "upon", "overnight", "coculture", "with", "various", "peptide-loaded", "target", "cells", "." ] } ]

PMC5386478

Hypoxia is a common feature of solid tumors and is associated with disease progression as well as resistance to radiotherapy and chemotherapy.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Hypoxia", "is", "a", "common", "feature", "of", "solid", "tumors", "and", "is", "associated", "with", "disease", "progression", "as", "well", "as", "resistance", "to", "radiotherapy", "and", "chemotherapy", "." ] } ]

PMC10957991

Objective used: HCX PL APO 20x/0.7 Imm Corr (water, glycerol, oil) Lbd.bl.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Objective", "used", ":", "HCX", "PL", "APO", "20x/0.7", "Imm", "Corr", "(", "water", ",", "glycerol", ",", "oil", ")", "Lbd.bl", "." ] } ]

PMC11348300

The contrast is expressed as the contrast to background ratio (CBR) as defined in the methods section.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "contrast", "is", "expressed", "as", "the", "contrast", "to", "background", "ratio", "(", "CBR", ")", "as", "defined", "in", "the", "methods", "section", "." ] } ]

PMC7192625

We find evidence for genomic regions with specific histone modifications, DNA methylation, and gene expression levels to be forming preferential contacts in 3D nuclear space, to a different extent depending on the cell type and lineage.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "find", "evidence", "for", "genomic", "regions", "with", "specific", "histone", "modifications", ",", "DNA", "methylation", ",", "and", "gene", "expression", "levels", "to", "be", "forming", "preferential", "contacts", "in", "3D", "nuclear", "space", ",", "to", "a", "different", "extent", "depending", "on", "the", "cell", "type", "and", "lineage", "." ] } ]

PMC11412721

B-cell subpopulations in spleens of 6-week-old Trp53 Eμ-Myc and Trp53 Eμ-Myc mice.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "B-cell", "subpopulations", "in", "spleens", "of", "6-week-old", "Trp53", "Eμ-Myc", "and", "Trp53", "Eμ-Myc", "mice", "." ] } ]

PMC8524093

Succeeding these events, the nucleocapsid core moves to membrane regions rich in E1-E2 dimers and mature virion is released by budding process from the infected cell (Figure 1).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Succeeding", "these", "events", ",", "the", "nucleocapsid", "core", "moves", "to", "membrane", "regions", "rich", "in", "E1-E2", "dimers", "and", "mature", "virion", "is", "released", "by", "budding", "process", "from", "the", "infected", "cell", "(", "Figure", "1", ")", "." ] } ]

PMC10976516

The latter intrinsic OV genome mutation can also affect the maintenance and viral life cycle of OVs in various carrier cell types.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "latter", "intrinsic", "OV", "genome", "mutation", "can", "also", "affect", "the", "maintenance", "and", "viral", "life", "cycle", "of", "OVs", "in", "various", "carrier", "cell", "types", "." ] } ]

PMC7612475

D, Quantification of GFP-positive cells by flow cytometry from a DR-GFP reporter cassette stably integrated in U2OS cells, to assess HR.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "D", ",", "Quantification", "of", "GFP-positive", "cells", "by", "flow", "cytometry", "from", "a", "DR-GFP", "reporter", "cassette", "stably", "integrated", "in", "U2OS", "cells", ",", "to", "assess", "HR", "." ] } ]

PMC11098378

Targets were chosen such that the sense siRNA start nucleotide was preceded by “AA” sequence and the antisense siRNA ended on an A or U .

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Targets", "were", "chosen", "such", "that", "the", "sense", "siRNA", "start", "nucleotide", "was", "preceded", "by", "“", "AA", "”", "sequence", "and", "the", "antisense", "siRNA", "ended", "on", "an", "A", "or", "U", "." ] } ]

PMC10454535

Our data suggest that this combination treatment induces apoptosis in MM cells even with resistance from interactions with BMSCs.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "data", "suggest", "that", "this", "combination", "treatment", "induces", "apoptosis", "in", "MM", "cells", "even", "with", "resistance", "from", "interactions", "with", "BMSCs", "." ] } ]

PMC6835428

Regardless of the cell type used, all xenograft mouse models suffer from the fact that the animals are immunocompromised; therefore, the role of the immune system is completely ignored.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Regardless", "of", "the", "cell", "type", "used", ",", "all", "xenograft", "mouse", "models", "suffer", "from", "the", "fact", "that", "the", "animals", "are", "immunocompromised", ";", "therefore", ",", "the", "role", "of", "the", "immune", "system", "is", "completely", "ignored", "." ] } ]

PMC11659734

In such cases, EFSA indicates the copyright holder and users should seek permission to reproduce the content from the original source.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "such", "cases", ",", "EFSA", "indicates", "the", "copyright", "holder", "and", "users", "should", "seek", "permission", "to", "reproduce", "the", "content", "from", "the", "original", "source", "." ] } ]

PMC11637284

Homologues of TAC subunits, as the TAC itself, are exclusively found within the Kinetoplastids.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Homologues", "of", "TAC", "subunits", ",", "as", "the", "TAC", "itself", ",", "are", "exclusively", "found", "within", "the", "Kinetoplastids", "." ] } ]

PMC11791264

Left panels provide a graphical representation of the accumulated number of migrated cells at 24 h, and the right panels show the representative images (200 × magnification).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Left", "panels", "provide", "a", "graphical", "representation", "of", "the", "accumulated", "number", "of", "migrated", "cells", "at", "24", "h", ",", "and", "the", "right", "panels", "show", "the", "representative", "images", "(", "200", "×", "magnification", ")", "." ] } ]

PMC11306331

We found that this gene set was enriched for various gene categories: NFκB, pro-inflammatory, and p53 gene signatures, as well as de-enrichment for Myc targets, E2F targets, and G2/M associated gene expression.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "found", "that", "this", "gene", "set", "was", "enriched", "for", "various", "gene", "categories", ":", "NFκB", ",", "pro-inflammatory", ",", "and", "p53", "gene", "signatures", ",", "as", "well", "as", "de-enrichment", "for", "Myc", "targets", ",", "E2F", "targets", ",", "and", "G2/M", "associated", "gene", "expression", "." ] } ]

PMC11715644

Thus, entry of collectively migrating epithelial cells into narrower confinement requires a rise in cell density.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "entry", "of", "collectively", "migrating", "epithelial", "cells", "into", "narrower", "confinement", "requires", "a", "rise", "in", "cell", "density", "." ] } ]

PMC11766174

To detect and quantify the number of HIV CA-containing cells, an immunocytochemistry assay (CA-ICC) was developed with two mouse anti-CA-specific antibodies at 3 µg/mL each.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "detect", "and", "quantify", "the", "number", "of", "HIV", "CA-containing", "cells", ",", "an", "immunocytochemistry", "assay", "(", "CA-ICC", ")", "was", "developed", "with", "two", "mouse", "anti-CA-specific", "antibodies", "at", "3", "µg/mL", "each", "." ] } ]

PMC10809689

To compare results among the groups, one-way and two-way ANOVA tests were utilized.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "compare", "results", "among", "the", "groups", ",", "one-way", "and", "two-way", "ANOVA", "tests", "were", "utilized", "." ] } ]

PMC11185260

Representative photographs of senescence-associated β-galactosidase staining of BT-12 and A-204.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O" ], "tokens": [ "Representative", "photographs", "of", "senescence-associated", "β-galactosidase", "staining", "of", "BT-12", "and", "A-204", "." ] } ]

PMC11718109

Subsequently, the blocks were post-fixed in 1% OsO4 in 100 mM PB on ice, followed by 4 washes of 100 mM PB and three washes of MilliQ water on ice.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Subsequently", ",", "the", "blocks", "were", "post-fixed", "in", "1", "%", "OsO4", "in", "100", "mM", "PB", "on", "ice", ",", "followed", "by", "4", "washes", "of", "100", "mM", "PB", "and", "three", "washes", "of", "MilliQ", "water", "on", "ice", "." ] } ]

PMC11665555

One mechanism for gemcitabine resistance could involve the generation of cytosine to help overcome gemcitabine integration into the newly synthesized DNA in a competitive manner (39, 40).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "One", "mechanism", "for", "gemcitabine", "resistance", "could", "involve", "the", "generation", "of", "cytosine", "to", "help", "overcome", "gemcitabine", "integration", "into", "the", "newly", "synthesized", "DNA", "in", "a", "competitive", "manner", "(", "39", ",", "40", ")", "." ] } ]

PMC11240448

Cellular identity arises from a myriad of combinatorial interactions between molecules in the cell.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cellular", "identity", "arises", "from", "a", "myriad", "of", "combinatorial", "interactions", "between", "molecules", "in", "the", "cell", "." ] } ]

PMC11544122

c, d SNX9 recruitment to receptor (WT, 4A and 5A) (c) or plasma membrane (d) was examined by BRET in HEK293 cells transfected with FLAG-CXCR4-YFP (WT, 4A, or 5A) and Rluc8-SNX9 for receptor BRET (c); or FLAG-receptor (WT, 4A, 5A), Rluc8-SNX9, and PM-Sapphire for plasma membrane BRET (d).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "c", ",", "d", "SNX9", "recruitment", "to", "receptor", "(", "WT", ",", "4A", "and", "5A", ")", "(", "c", ")", "or", "plasma", "membrane", "(", "d", ")", "was", "examined", "by", "BRET", "in", "HEK293", "cells", "transfected", "with", "FLAG-CXCR4-YFP", "(", "WT", ",", "4A", ",", "or", "5A", ")", "and", "Rluc8-SNX9", "for", "receptor", "BRET", "(", "c", ")", ";", "or", "FLAG-receptor", "(", "WT", ",", "4A", ",", "5A", ")", ",", "Rluc8-SNX9", ",", "and", "PM-Sapphire", "for", "plasma", "membrane", "BRET", "(", "d", ")", "." ] } ]

PMC11224020

AA production by cPLA2 also enhances actomyosin contractility, allowing cells that are physically trapped within a dense tissue to release themselves and keep moving forward.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "AA", "production", "by", "cPLA2", "also", "enhances", "actomyosin", "contractility", ",", "allowing", "cells", "that", "are", "physically", "trapped", "within", "a", "dense", "tissue", "to", "release", "themselves", "and", "keep", "moving", "forward", "." ] } ]

PMC9027909

This protist is transmitted via fecal-oral rout, contaminated food and water, and close contact to animals .

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "protist", "is", "transmitted", "via", "fecal-oral", "rout", ",", "contaminated", "food", "and", "water", ",", "and", "close", "contact", "to", "animals", "." ] } ]

PMC10142392

This proves the separation of phases in the 6s-PCL-b-PLA branched star with six arms.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "proves", "the", "separation", "of", "phases", "in", "the", "6s-PCL-b-PLA", "branched", "star", "with", "six", "arms", "." ] } ]

PMC9895440

DNA was eluted in 25 μl 5 mM Tris-HCl.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "DNA", "was", "eluted", "in", "25", "μl", "5", "mM", "Tris-HCl", "." ] } ]

PMC9429973

Image: Summary/Conclusion: Second primary malignancy in 20-year follow-up in our post-transplant cohort was 6% and 16% in 10 years and 19 years, respectively, and extensive chronic GVHD is associated with head and neck and esophageal squamous cell carcinoma.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Image", ":", "Summary/Conclusion", ":", "Second", "primary", "malignancy", "in", "20-year", "follow-up", "in", "our", "post-transplant", "cohort", "was", "6", "%", "and", "16", "%", "in", "10", "years", "and", "19", "years", ",", "respectively", ",", "and", "extensive", "chronic", "GVHD", "is", "associated", "with", "head", "and", "neck", "and", "esophageal", "squamous", "cell", "carcinoma", "." ] } ]

PMC11413393

As with MS023 treatment, we also noted a marked decrease in the levels of general aDMA species in PRMT1-depleted cells relative to NT-shRNA controls, no-dox treated controls and parental non-transduced cell lines (Fig. 3a).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "with", "MS023", "treatment", ",", "we", "also", "noted", "a", "marked", "decrease", "in", "the", "levels", "of", "general", "aDMA", "species", "in", "PRMT1-depleted", "cells", "relative", "to", "NT-shRNA", "controls", ",", "no-dox", "treated", "controls", "and", "parental", "non-transduced", "cell", "lines", "(", "Fig.", "3a", ")", "." ] } ]

PMC11754432

White boxes represent zoomed-in regions, and white overlays represent lysosomal regions.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "White", "boxes", "represent", "zoomed-in", "regions", ",", "and", "white", "overlays", "represent", "lysosomal", "regions", "." ] } ]

PMC9429973

The median follow up of 146 AML was 443 days.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "median", "follow", "up", "of", "146", "AML", "was", "443", "days", "." ] } ]

PMC11487720

The cells were then incubated at indicated temperatures for various durations, followed by measuring bubble formation (mean ± standard deviation; n = 3).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cells", "were", "then", "incubated", "at", "indicated", "temperatures", "for", "various", "durations", ",", "followed", "by", "measuring", "bubble", "formation", "(", "mean", "±", "standard", "deviation", ";", "n", "=", "3", ")", "." ] } ]

PMC11478724

This triggers caspase 9, which activates caspase 3 and cleaves PARP.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "triggers", "caspase", "9", ",", "which", "activates", "caspase", "3", "and", "cleaves", "PARP", "." ] } ]

PMC11585587

RA has been found to have good anti-tumor activity and essential research value.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "RA", "has", "been", "found", "to", "have", "good", "anti-tumor", "activity", "and", "essential", "research", "value", "." ] } ]

PMC11363012

b, The cell with one asterisk is an idioblast cell accumulating high amounts of alkaloids (m/z 337.19, vindolinine (12) and catharanthine (6); m/z 457.23, vindoline (9); m/z 427.22, vindorosine (11); m/z 349.15, serpentine (4); m/z 397.21, anhydrovinblastine (14); the cell with two asterisks is an example of epidermal cells in which both the iridoid secologanin (2) (m/z 389.14) and the flavonoid mauritianin (16) (m/z 741.22) coexist; the cell with three asterisks is an example of IPAP cell accumulating the iridoid loganic acid (1) (m/z 394.17).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "b", ",", "The", "cell", "with", "one", "asterisk", "is", "an", "idioblast", "cell", "accumulating", "high", "amounts", "of", "alkaloids", "(", "m/z", "337.19", ",", "vindolinine", "(", "12", ")", "and", "catharanthine", "(", "6", ")", ";", "m/z", "457.23", ",", "vindoline", "(", "9", ")", ";", "m/z", "427.22", ",", "vindorosine", "(", "11", ")", ";", "m/z", "349.15", ",", "serpentine", "(", "4", ")", ";", "m/z", "397.21", ",", "anhydrovinblastine", "(", "14", ")", ";", "the", "cell", "with", "two", "asterisks", "is", "an", "example", "of", "epidermal", "cells", "in", "which", "both", "the", "iridoid", "secologanin", "(", "2", ")", "(", "m/z", "389.14", ")", "and", "the", "flavonoid", "mauritianin", "(", "16", ")", "(", "m/z", "741.22", ")", "coexist", ";", "the", "cell", "with", "three", "asterisks", "is", "an", "example", "of", "IPAP", "cell", "accumulating", "the", "iridoid", "loganic", "acid", "(", "1", ")", "(", "m/z", "394.17", ")", "." ] } ]

PMC10669128

Heinrich and colleagues tested this compound in a panel of KIT- and PDGFRA-mutant kinases expressed by the transient transfection of the reference cell lines (GIST-T1/829 and IM-resistant GIST-T1).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Heinrich", "and", "colleagues", "tested", "this", "compound", "in", "a", "panel", "of", "KIT-", "and", "PDGFRA-mutant", "kinases", "expressed", "by", "the", "transient", "transfection", "of", "the", "reference", "cell", "lines", "(", "GIST-T1/829", "and", "IM-resistant", "GIST-T1", ")", "." ] } ]

PMC9429973

SCD can be complicated by Moyamoya syndrome (MMS), which is characterized by progressive stenosis of the supraclinoid segment of carotid arteries and development of typical collaterals, resulting in increased risk for both ischemic and hemorrhagic strokes.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "SCD", "can", "be", "complicated", "by", "Moyamoya", "syndrome", "(", "MMS", ")", ",", "which", "is", "characterized", "by", "progressive", "stenosis", "of", "the", "supraclinoid", "segment", "of", "carotid", "arteries", "and", "development", "of", "typical", "collaterals", ",", "resulting", "in", "increased", "risk", "for", "both", "ischemic", "and", "hemorrhagic", "strokes", "." ] } ]

PMC11228511

Lamin C staining in wild-type SMCs had a punctate pattern, both at the nuclear rim and in the nucleoplasm (Fig. 3 A and B).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Lamin", "C", "staining", "in", "wild-type", "SMCs", "had", "a", "punctate", "pattern", ",", "both", "at", "the", "nuclear", "rim", "and", "in", "the", "nucleoplasm", "(", "Fig.", "3", "A", "and", "B", ")", "." ] } ]

PMC9429973

Results: Of 63 patients, only 14 (22%) had a 100% recipient STR profile in the buccal epithelium.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Results", ":", "Of", "63", "patients", ",", "only", "14", "(", "22", "%", ")", "had", "a", "100", "%", "recipient", "STR", "profile", "in", "the", "buccal", "epithelium", "." ] } ]

PMC6948907

To determine the effect of GE and VPA, the cells were seeded in triplicate in 24-well plates and treated with GE (25 µM, IC50) and VPA (5 µM, IC50) in different period times (24 and 48 h), we selected VPA doses according to IC50 and our previous work 65, 67).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "determine", "the", "effect", "of", "GE", "and", "VPA", ",", "the", "cells", "were", "seeded", "in", "triplicate", "in", "24-well", "plates", "and", "treated", "with", "GE", "(", "25", "µM", ",", "IC50", ")", "and", "VPA", "(", "5", "µM", ",", "IC50", ")", "in", "different", "period", "times", "(", "24", "and", "48", "h", ")", ",", "we", "selected", "VPA", "doses", "according", "to", "IC50", "and", "our", "previous", "work", "65", ",", "67", ")", "." ] } ]

PMC9635307

Interestingly, production of IL-4, IL-5 and IL-10 from primary B cells were suppressed by CEACAM1 signaling when cells were activated specifically via BCR.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Interestingly", ",", "production", "of", "IL-4", ",", "IL-5", "and", "IL-10", "from", "primary", "B", "cells", "were", "suppressed", "by", "CEACAM1", "signaling", "when", "cells", "were", "activated", "specifically", "via", "BCR", "." ] } ]

PMC8345486

Concerning these results, the effect of compound 15 on spheroid viability was also investigated in comparative studies.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Concerning", "these", "results", ",", "the", "effect", "of", "compound", "15", "on", "spheroid", "viability", "was", "also", "investigated", "in", "comparative", "studies", "." ] } ]

PMC11064533

Wilcoxon rank-sum test was used to analyze the differences, and Benjamini-Hochberg (P.BH) lower than 0.05 was considered significant.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Wilcoxon", "rank-sum", "test", "was", "used", "to", "analyze", "the", "differences", ",", "and", "Benjamini-Hochberg", "(", "P.BH", ")", "lower", "than", "0.05", "was", "considered", "significant", "." ] } ]

PMC11367146

After removing duplicates a total of 535 targets related to VTE was obtained.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "After", "removing", "duplicates", "a", "total", "of", "535", "targets", "related", "to", "VTE", "was", "obtained", "." ] } ]

PMC9429973

Therefore further studies regarding this issue are needed.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", "further", "studies", "regarding", "this", "issue", "are", "needed", "." ] } ]

PMC11763764

Currently, small molecule inhibitors of SORL1 have not been developed.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Currently", ",", "small", "molecule", "inhibitors", "of", "SORL1", "have", "not", "been", "developed", "." ] } ]

PMC11591030

were determined using commercially available kits (Nanjing Jiancheng Bioengineering Institute, Nanjing, China), following the manufacturer’s instructions meticulously.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "were", "determined", "using", "commercially", "available", "kits", "(", "Nanjing", "Jiancheng", "Bioengineering", "Institute", ",", "Nanjing", ",", "China", ")", ",", "following", "the", "manufacturer", "’s", "instructions", "meticulously", "." ] } ]

PMC11486946

Single-molecule tracking can obtain the brightness of each EGFR-mEGFP fluorescent spot, which reflects the number of fluorescent GFP involved.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Single-molecule", "tracking", "can", "obtain", "the", "brightness", "of", "each", "EGFR-mEGFP", "fluorescent", "spot", ",", "which", "reflects", "the", "number", "of", "fluorescent", "GFP", "involved", "." ] } ]

PMC9429973

Moreover, patient AML blasts also showed a synergistic response to the drug combination compared to single-drug treatments (Figure 1B).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moreover", ",", "patient", "AML", "blasts", "also", "showed", "a", "synergistic", "response", "to", "the", "drug", "combination", "compared", "to", "single-drug", "treatments", "(", "Figure", "1B", ")", "." ] } ]

PMC9429973

The most frequent AE was transient injection site reaction reported in 59% of patients.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "most", "frequent", "AE", "was", "transient", "injection", "site", "reaction", "reported", "in", "59", "%", "of", "patients", "." ] } ]

PMC9000591

In SE2, nine compounds were detected.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "SE2", ",", "nine", "compounds", "were", "detected", "." ] } ]

PMC11525028

We found that the ac4C modification of ATF4 mRNA and ATF4 expression significantly decreased in MUT compared with WT control (Figures 3R and S1B).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "found", "that", "the", "ac4C", "modification", "of", "ATF4", "mRNA", "and", "ATF4", "expression", "significantly", "decreased", "in", "MUT", "compared", "with", "WT", "control", "(", "Figures", "3R", "and", "S1B", ")", "." ] } ]

PMC11412721

Trp53 DNA sequencing of Trp53 Eμ-myc and Trp53 Eμ-Myc tumors.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Trp53", "DNA", "sequencing", "of", "Trp53", "Eμ-myc", "and", "Trp53", "Eμ-Myc", "tumors", "." ] } ]

PMC11745823

The HIF‐1α overexpression significantly elevated both RIT1 mRNA and protein levels (Figure 7D,E).

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "HIF‐1α", "overexpression", "significantly", "elevated", "both", "RIT1", "mRNA", "and", "protein", "levels", "(", "Figure", "7D", ",", "E", ")", "." ] } ]

PMC9895440

Our experiments utilizing a human antigen-specific model system (Fig. 3i) and the adoptive transfer of CAR T cells (Fig. 5a–c) indicate that the effects of SNX9 KO are largely CD28-dependent.

[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Our", "experiments", "utilizing", "a", "human", "antigen-specific", "model", "system", "(", "Fig.", "3i", ")", "and", "the", "adoptive", "transfer", "of", "CAR", "T", "cells", "(", "Fig.", "5a", "–", "c", ")", "indicate", "that", "the", "effects", "of", "SNX9", "KO", "are", "largely", "CD28-dependent", "." ] } ]