PMCID
string
Sentences
string
ner
list
PMC10728200
Experiments were independently repeated three times.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Experiments", "were", "independently", "repeated", "three", "times", "." ] } ]
PMC9429973
Blood from before, after the first and after the second vaccine was collected and analyzed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Blood", "from", "before", ",", "after", "the", "first", "and", "after", "the", "second", "vaccine", "was", "collected", "and", "analyzed", "." ] } ]
PMC10813895
While it is established that ELF5 represses ERα expression in BC cell lines , the mechanisms underlying ELF5-mediated downregulation of ERα remain unexplored.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "While", "it", "is", "established", "that", "ELF5", "represses", "ERα", "expression", "in", "BC", "cell", "lines", ",", "the", "mechanisms", "underlying", "ELF5-mediated", "downregulation", "of", "ERα", "remain", "unexplored", "." ] } ]
PMC11718817
As found in many models investigating NLRP3 effects , NLRP3 activation had no straightforward, unidirectional impact on antitumor immunity.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "found", "in", "many", "models", "investigating", "NLRP3", "effects", ",", "NLRP3", "activation", "had", "no", "straightforward", ",", "unidirectional", "impact", "on", "antitumor", "immunity", "." ] } ]
PMC11591038
Furthermore, in the presence of Fe and/or lipoxygenases, the polyunsaturated fatty acids in the cell membrane catalyze lipid peroxidation to trigger ferroptosis, an iron-specific programmed cell death, which is closely related to the occurrence, development, and prognosis of AD .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Furthermore", ",", "in", "the", "presence", "of", "Fe", "and/or", "lipoxygenases", ",", "the", "polyunsaturated", "fatty", "acids", "in", "the", "cell", "membrane", "catalyze", "lipid", "peroxidation", "to", "trigger", "ferroptosis", ",", "an", "iron-specific", "programmed", "cell", "death", ",", "which", "is", "closely", "related", "to", "the", "occurrence", ",", "development", ",", "and", "prognosis", "of", "AD", "." ] } ]
PMC11767725
This fat depot acts as an endocrine organ, secreting the following: -Elevated levels of pro-inflammatory adipokines, such as leptin, resistin, and visfatin.-Reduced levels of anti-inflammatory adiponectin.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "fat", "depot", "acts", "as", "an", "endocrine", "organ", ",", "secreting", "the", "following", ":", "-Elevated", "levels", "of", "pro-inflammatory", "adipokines", ",", "such", "as", "leptin", ",", "resistin", ",", "and", "visfatin.-Reduced", "levels", "of", "anti-inflammatory", "adiponectin", "." ] } ]
PMC11335267
The coordination of food intake, energy storage, and expenditure involves complex interactions between hypothalamic neurons and peripheral tissues including pancreatic islets, adipocytes, muscle, and liver.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "coordination", "of", "food", "intake", ",", "energy", "storage", ",", "and", "expenditure", "involves", "complex", "interactions", "between", "hypothalamic", "neurons", "and", "peripheral", "tissues", "including", "pancreatic", "islets", ",", "adipocytes", ",", "muscle", ",", "and", "liver", "." ] } ]
PMC11574271
Thus, results in Fig. 4 demonstrate that activation of RON, either by ligand stimulation or by overexpression, results in increased HIF-2α stability at post-translational level in bladder cancer cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Thus", ",", "results", "in", "Fig.", "4", "demonstrate", "that", "activation", "of", "RON", ",", "either", "by", "ligand", "stimulation", "or", "by", "overexpression", ",", "results", "in", "increased", "HIF-2α", "stability", "at", "post-translational", "level", "in", "bladder", "cancer", "cells", "." ] } ]
PMC11640476
A549 cell line was detached and counted as previously described.
[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A549", "cell", "line", "was", "detached", "and", "counted", "as", "previously", "described", "." ] } ]
PMC11590005
As a result of these initiatives, the racial and socioeconomic profiles of dental students enrolled in Brazilian pub-lic and private higher education have become more diverse , as can be seen from the findings of this study, although they do not enable the researchers to address the social hierarchies among students .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "As", "a", "result", "of", "these", "initiatives", ",", "the", "racial", "and", "socioeconomic", "profiles", "of", "dental", "students", "enrolled", "in", "Brazilian", "pub-lic", "and", "private", "higher", "education", "have", "become", "more", "diverse", ",", "as", "can", "be", "seen", "from", "the", "findings", "of", "this", "study", ",", "although", "they", "do", "not", "enable", "the", "researchers", "to", "address", "the", "social", "hierarchies", "among", "students", "." ] } ]
PMC9577200
Apoptosis is important in eliminating cancer cells that have mutated or overgrown.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Apoptosis", "is", "important", "in", "eliminating", "cancer", "cells", "that", "have", "mutated", "or", "overgrown", "." ] } ]
PMC11772449
Therefore, we first selected four different liver cancer cell lines Huh-7, PLC/PRF/5, Hep-G2, BEL-7404 and mouse normal liver cell line AML-12, and detected the background expression of p38γ in the cells by Western Blot (Fig. 1 I).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "we", "first", "selected", "four", "different", "liver", "cancer", "cell", "lines", "Huh-7", ",", "PLC/PRF/5", ",", "Hep-G2", ",", "BEL-7404", "and", "mouse", "normal", "liver", "cell", "line", "AML-12", ",", "and", "detected", "the", "background", "expression", "of", "p38γ", "in", "the", "cells", "by", "Western", "Blot", "(", "Fig.", "1", "I", ")", "." ] } ]
PMC11739696
ROS then oxidize DCFH to generate DCF, a fluorescent compound that emits green light with an excitation wavelength of 485 nm and an emission wavelength of 530 nm.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "ROS", "then", "oxidize", "DCFH", "to", "generate", "DCF", ",", "a", "fluorescent", "compound", "that", "emits", "green", "light", "with", "an", "excitation", "wavelength", "of", "485", "nm", "and", "an", "emission", "wavelength", "of", "530", "nm", "." ] } ]
PMC8164677
The reason could be two additional pi-pi bonds in the case of latter (Figure 8E and F Figure 9E and F).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "reason", "could", "be", "two", "additional", "pi-pi", "bonds", "in", "the", "case", "of", "latter", "(", "Figure", "8E", "and", "F", "Figure", "9E", "and", "F", ")", "." ] } ]
PMC11754094
Consistent with the CRISPRi screen, we found that POLQ KO (P = 1.46 × 10) or the addition of M4344 (P = 8.83 × 10) significantly reduced large-deletion rates, whereas RAD52 KO (P = 5.64 × 10) increased the large-deletion rates (Fig. 3e).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Consistent", "with", "the", "CRISPRi", "screen", ",", "we", "found", "that", "POLQ", "KO", "(", "P", "=", "1.46", "×", "10", ")", "or", "the", "addition", "of", "M4344", "(", "P", "=", "8.83", "×", "10", ")", "significantly", "reduced", "large-deletion", "rates", ",", "whereas", "RAD52", "KO", "(", "P", "=", "5.64", "×", "10", ")", "increased", "the", "large-deletion", "rates", "(", "Fig.", "3e", ")", "." ] } ]
PMC11599565
Lane 1, SKOV3 cells cultured in 2D DMEM; lane 2, SKOV3 cells in 2D DMEM; lane 3, SKOV3 cells in 2D Neuropan neuronal induction medium.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Lane", "1", ",", "SKOV3", "cells", "cultured", "in", "2D", "DMEM", ";", "lane", "2", ",", "SKOV3", "cells", "in", "2D", "DMEM", ";", "lane", "3", ",", "SKOV3", "cells", "in", "2D", "Neuropan", "neuronal", "induction", "medium", "." ] } ]
PMC11643491
C et al. showed that when the oil was heated to 200 °C, the desired effect was achieved .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "C", "et", "al.", "showed", "that", "when", "the", "oil", "was", "heated", "to", "200", "°", "C", ",", "the", "desired", "effect", "was", "achieved", "." ] } ]
PMC8740518
Survival analysis of the SLC genes indicated that the three most significant genes were SLC1A5 (HR = 1.70), SLC7A5 (HR = 2.35), and SLC1A3 (HR = 2.21) (Fig. 5B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Survival", "analysis", "of", "the", "SLC", "genes", "indicated", "that", "the", "three", "most", "significant", "genes", "were", "SLC1A5", "(", "HR", "=", "1.70", ")", ",", "SLC7A5", "(", "HR", "=", "2.35", ")", ",", "and", "SLC1A3", "(", "HR", "=", "2.21", ")", "(", "Fig.", "5B", ")", "." ] } ]
PMC11337594
Fig. 4Inhibition of cell proliferation by TER is associated with a decrease in CyclinA2. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Fig.", "4Inhibition", "of", "cell", "proliferation", "by", "TER", "is", "associated", "with", "a", "decrease", "in", "CyclinA2", ".", "(" ] } ]
PMC11676670
In contrast, RT-qPCR showed very low expression of mesenchymal markers such as CDH2 (CD325, N-cadherin) and VIM (Vimentin).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", ",", "RT-qPCR", "showed", "very", "low", "expression", "of", "mesenchymal", "markers", "such", "as", "CDH2", "(", "CD325", ",", "N-cadherin", ")", "and", "VIM", "(", "Vimentin", ")", "." ] } ]
PMC10530622
Inflammasome activation by CaOx also increased IL-1β secretion via the NLRP3/ASC/caspase-1 pathway in dendritic cells derived from bone marrow .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Inflammasome", "activation", "by", "CaOx", "also", "increased", "IL-1β", "secretion", "via", "the", "NLRP3/ASC/caspase-1", "pathway", "in", "dendritic", "cells", "derived", "from", "bone", "marrow", "." ] } ]
PMC5261804
Examples of these compounds include Navitoclax (ABT-263) , which inhibits BCL2-BAX interactions; Nutlin-3 , which blocks MDM2-TP53 interactions; PRI-724 , which interferes with β-catenin-CBP interactions; and JQ-1 and I-BET726 , which prevent BRD4 binding to acetylated histones.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Examples", "of", "these", "compounds", "include", "Navitoclax", "(", "ABT-263", ")", ",", "which", "inhibits", "BCL2-BAX", "interactions", ";", "Nutlin-3", ",", "which", "blocks", "MDM2-TP53", "interactions", ";", "PRI-724", ",", "which", "interferes", "with", "β-catenin-CBP", "interactions", ";", "and", "JQ-1", "and", "I-BET726", ",", "which", "prevent", "BRD4", "binding", "to", "acetylated", "histones", "." ] } ]
PMC11682525
Under normoxic conditions, HIF1α is hydroxylated and targeted for degradation by the von Hippel-Lindau protein.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Under", "normoxic", "conditions", ",", "HIF1α", "is", "hydroxylated", "and", "targeted", "for", "degradation", "by", "the", "von", "Hippel-Lindau", "protein", "." ] } ]
PMC9429973
Apart from keratopathy requiring dose modification, no other substantial toxicity was observed.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Apart", "from", "keratopathy", "requiring", "dose", "modification", ",", "no", "other", "substantial", "toxicity", "was", "observed", "." ] } ]
PMC10887351
Experimental modes have showed that β-AR blockers may be efficient in reducing cancer growth and progression.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Experimental", "modes", "have", "showed", "that", "β-AR", "blockers", "may", "be", "efficient", "in", "reducing", "cancer", "growth", "and", "progression", "." ] } ]
PMC9429973
Analysis of VTE and Bleeding.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Analysis", "of", "VTE", "and", "Bleeding", "." ] } ]
PMC11763764
Relative expression was calculated using the comparative ΔΔCT method.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Relative", "expression", "was", "calculated", "using", "the", "comparative", "ΔΔCT", "method", "." ] } ]
PMC9370419
The cccDNA was from pgRNA reverse-transcription.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "cccDNA", "was", "from", "pgRNA", "reverse-transcription", "." ] } ]
PMC11361748
Scale bars: 50 μm. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Scale", "bars", ":", "50", "μm", ".", "(" ] } ]
PMC11543853
Warping of membranes of virus-containing endosomes. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Warping", "of", "membranes", "of", "virus-containing", "endosomes", ".", "(" ] } ]
PMC11627133
Super‐resolved imaging facilitated by RhoBAST : SpyRho using SMLM adheres to principles analogous to DNA‐PAINT.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Super‐resolved", "imaging", "facilitated", "by", "RhoBAST", ":", "SpyRho", "using", "SMLM", "adheres", "to", "principles", "analogous", "to", "DNA‐PAINT", "." ] } ]
PMC11507371
Ultimately, the inability of cancer cells to adapt to additional ROS as inflicted by CAP leads to ROS overloading and the accelerated surpassing of the threshold, resulting in apoptosis of A431 cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "Ultimately", ",", "the", "inability", "of", "cancer", "cells", "to", "adapt", "to", "additional", "ROS", "as", "inflicted", "by", "CAP", "leads", "to", "ROS", "overloading", "and", "the", "accelerated", "surpassing", "of", "the", "threshold", ",", "resulting", "in", "apoptosis", "of", "A431", "cells", "." ] } ]
PMC10529414
We further validated the binding of the RUNX2 TF to the promoter region of TALAM1 through ChIP assays in the A549 cell line.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "further", "validated", "the", "binding", "of", "the", "RUNX2", "TF", "to", "the", "promoter", "region", "of", "TALAM1", "through", "ChIP", "assays", "in", "the", "A549", "cell", "line", "." ] } ]
PMC11806613
MDA-MB-231 TNBC cells were treated with OST-01 in a dose-dependent manner for 24 h. Cell lysates were immunoblotted with the indicated selenoprotein antibodies.
[ { "tags": [ "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "MDA-MB-231", "TNBC", "cells", "were", "treated", "with", "OST-01", "in", "a", "dose-dependent", "manner", "for", "24", "h.", "Cell", "lysates", "were", "immunoblotted", "with", "the", "indicated", "selenoprotein", "antibodies", "." ] } ]
PMC10213199
TCMID 2.0 was later updated in 2017 with data relating to 18 203 TC M ingredients, 15 prescriptions, 82 related targets, 1356 drugs, 842 diseases, and various associations among the data.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "TCMID", "2.0", "was", "later", "updated", "in", "2017", "with", "data", "relating", "to", "18", "203", "TC", "M", "ingredients", ",", "15", "prescriptions", ",", "82", "related", "targets", ",", "1356", "drugs", ",", "842", "diseases", ",", "and", "various", "associations", "among", "the", "data", "." ] } ]
PMC11612315
d Effects of intraplantar administration of exendin 20–29 (20 μg) and BCTC (0.5 μg) on CAP (1.6 μg)-induced acute licking time (mean ± S.E.M., n = 6).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "d", "Effects", "of", "intraplantar", "administration", "of", "exendin", "20–29", "(", "20", "μg", ")", "and", "BCTC", "(", "0.5", "μg", ")", "on", "CAP", "(", "1.6", "μg)-induced", "acute", "licking", "time", "(", "mean", "±", "S.E.M.", ",", "n", "=", "6", ")", "." ] } ]
PMC9599726
A major antioxidant pathway that prevents ferroptosis is the SLC7A11/GSH/GPX4 axis .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "major", "antioxidant", "pathway", "that", "prevents", "ferroptosis", "is", "the", "SLC7A11/GSH/GPX4", "axis", "." ] } ]
PMC8735881
The plasmid encoding DSP1-7 and 293FT cells stably expressing CXCR4/CCR5/DSP8–11 were generous gifts from Zene Matsuda at the Institute of Medical Science of the University of Tokyo (Tokyo, Japan).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "plasmid", "encoding", "DSP1", "-", "7", "and", "293FT", "cells", "stably", "expressing", "CXCR4/CCR5/DSP8–11", "were", "generous", "gifts", "from", "Zene", "Matsuda", "at", "the", "Institute", "of", "Medical", "Science", "of", "the", "University", "of", "Tokyo", "(", "Tokyo", ",", "Japan", ")", "." ] } ]
PMC11726848
The level of DNA damage is significantly greater after HDR irradiation, which may be the main reason for the different mechanisms of action of HDR and LDR irradiations.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "level", "of", "DNA", "damage", "is", "significantly", "greater", "after", "HDR", "irradiation", ",", "which", "may", "be", "the", "main", "reason", "for", "the", "different", "mechanisms", "of", "action", "of", "HDR", "and", "LDR", "irradiations", "." ] } ]
PMC11279598
In contrast, MCF-7 cells treated with 5% (w/v) dextrose or 5% (w/v) Mesquite honey did not exhibit comparable increments in the number of apoptotic cells after 48 h treatment as compared to Manuka honey-treated cells (Figure 2A).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "contrast", ",", "MCF-7", "cells", "treated", "with", "5", "%", "(", "w/v", ")", "dextrose", "or", "5", "%", "(", "w/v", ")", "Mesquite", "honey", "did", "not", "exhibit", "comparable", "increments", "in", "the", "number", "of", "apoptotic", "cells", "after", "48", "h", "treatment", "as", "compared", "to", "Manuka", "honey-treated", "cells", "(", "Figure", "2A", ")", "." ] } ]
PMC11281366
Ultimately, all three pathways lead to the formation of the membrane attack complex (MAC), as well as the formation of anaphylatoxins, which contribute to inflammation by attracting leukocytes to the site of infection .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Ultimately", ",", "all", "three", "pathways", "lead", "to", "the", "formation", "of", "the", "membrane", "attack", "complex", "(", "MAC", ")", ",", "as", "well", "as", "the", "formation", "of", "anaphylatoxins", ",", "which", "contribute", "to", "inflammation", "by", "attracting", "leukocytes", "to", "the", "site", "of", "infection", "." ] } ]
PMC10743717
There is no reason to believe what was claimed by the authors of Ref. ,
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "There", "is", "no", "reason", "to", "believe", "what", "was", "claimed", "by", "the", "authors", "of", "Ref", ".", "," ] } ]
PMC11371627
Activated lymphocytes and NKs in the CSF are associated with immunological processes and have been found in autoimmune and inflammatory CNS diseases (Strunk et al., 2018; Gross et al., 2021).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Activated", "lymphocytes", "and", "NKs", "in", "the", "CSF", "are", "associated", "with", "immunological", "processes", "and", "have", "been", "found", "in", "autoimmune", "and", "inflammatory", "CNS", "diseases", "(", "Strunk", "et", "al.", ",", "2018", ";", "Gross", "et", "al.", ",", "2021", ")", "." ] } ]
PMC11650848
Significant p value: p < 0.05 tested via ANOVA.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Significant", "p", "value", ":", "p", "<", "0.05", "tested", "via", "ANOVA", "." ] } ]
PMC11476264
Collectively, our study demonstrates that FBXO11 modulates EMT by mediating the stability of ZEB1 in lung cancer cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Collectively", ",", "our", "study", "demonstrates", "that", "FBXO11", "modulates", "EMT", "by", "mediating", "the", "stability", "of", "ZEB1", "in", "lung", "cancer", "cells", "." ] } ]
PMC11594074
Initially, the ligands were energetically minimized, and the PDB file of DNMT1 was converted into a PDBQT file.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Initially", ",", "the", "ligands", "were", "energetically", "minimized", ",", "and", "the", "PDB", "file", "of", "DNMT1", "was", "converted", "into", "a", "PDBQT", "file", "." ] } ]
PMC11737091
A total of 613 samples from ccRCC patients, comprising 541 tumor samples and 72 normal samples, were collected.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "A", "total", "of", "613", "samples", "from", "ccRCC", "patients", ",", "comprising", "541", "tumor", "samples", "and", "72", "normal", "samples", ",", "were", "collected", "." ] } ]
PMC11711871
Residual tension (RDT) was achieved in the aortic rings after precontraction with 10 M phenylephrine before the first dose of the vasodilator and did not significantly differ between genotypes and/or diets (Table 1).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Residual", "tension", "(", "RDT", ")", "was", "achieved", "in", "the", "aortic", "rings", "after", "precontraction", "with", "10", "M", "phenylephrine", "before", "the", "first", "dose", "of", "the", "vasodilator", "and", "did", "not", "significantly", "differ", "between", "genotypes", "and/or", "diets", "(", "Table", "1", ")", "." ] } ]
PMC9429973
Pts randomized to the investigator-selected TKI arm will receive their selected TKIs at approved doses: imatinib 400 mg QD, bosutinib 400 mg QD, dasatinib 100 mg QD, or nilotinib 300 mg twice daily.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Pts", "randomized", "to", "the", "investigator-selected", "TKI", "arm", "will", "receive", "their", "selected", "TKIs", "at", "approved", "doses", ":", "imatinib", "400", "mg", "QD", ",", "bosutinib", "400", "mg", "QD", ",", "dasatinib", "100", "mg", "QD", ",", "or", "nilotinib", "300", "mg", "twice", "daily", "." ] } ]
PMC11750712
Positive and negative droplets were then quantified on the QX200 Droplet Reader Generator (Bio-Rad).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Positive", "and", "negative", "droplets", "were", "then", "quantified", "on", "the", "QX200", "Droplet", "Reader", "Generator", "(", "Bio-Rad", ")", "." ] } ]
PMC10577955
Moving to our results we found that the treatment of the A549 human lung cancer cell line with ALUP, BA, and LUP significantly increased the mRNA expression of the apoptotic promotors Bax (the pro-apoptotic), CASP-8, and CD95, with BA treatment showing the most pronounced effect.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Moving", "to", "our", "results", "we", "found", "that", "the", "treatment", "of", "the", "A549", "human", "lung", "cancer", "cell", "line", "with", "ALUP", ",", "BA", ",", "and", "LUP", "significantly", "increased", "the", "mRNA", "expression", "of", "the", "apoptotic", "promotors", "Bax", "(", "the", "pro-apoptotic", ")", ",", "CASP-8", ",", "and", "CD95", ",", "with", "BA", "treatment", "showing", "the", "most", "pronounced", "effect", "." ] } ]
PMC9479186
Therefore, whether the tumor metabolism of liver cancer may be different from that of other tissue types is still need clarified.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "whether", "the", "tumor", "metabolism", "of", "liver", "cancer", "may", "be", "different", "from", "that", "of", "other", "tissue", "types", "is", "still", "need", "clarified", "." ] } ]
PMC11634794
Extensive research has revealed that LAMP1 is implicated in various human diseases, with increasing attention being paid to its role in tumorigenesis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Extensive", "research", "has", "revealed", "that", "LAMP1", "is", "implicated", "in", "various", "human", "diseases", ",", "with", "increasing", "attention", "being", "paid", "to", "its", "role", "in", "tumorigenesis", "." ] } ]
PMC11243198
Several other GLI-directed inhibitors have been identified ), including GANT58 , HPI-1-4 , glabrescione B , arsenic trioxide , genistein , pirfenidone , pyrvinium , FN1-8 , ketoprofen , nanoquinacrine , zerumbone , 5′-O-Methyl-3-hydroxyflemingin , and cynanbungeigenin C and D .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Several", "other", "GLI-directed", "inhibitors", "have", "been", "identified", ")", ",", "including", "GANT58", ",", "HPI-1", "-", "4", ",", "glabrescione", "B", ",", "arsenic", "trioxide", ",", "genistein", ",", "pirfenidone", ",", "pyrvinium", ",", "FN1", "-", "8", ",", "ketoprofen", ",", "nanoquinacrine", ",", "zerumbone", ",", "5′-O-Methyl-3-hydroxyflemingin", ",", "and", "cynanbungeigenin", "C", "and", "D", "." ] } ]
PMC11637276
Internalisation of fibronectin-bound α5β1 integrin is required for invasive migration in A2780-Rab25 cells , while degradation of the ECM is required in invasive migration to enable cell movement through “ECM barriers” .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Internalisation", "of", "fibronectin-bound", "α5β1", "integrin", "is", "required", "for", "invasive", "migration", "in", "A2780-Rab25", "cells", ",", "while", "degradation", "of", "the", "ECM", "is", "required", "in", "invasive", "migration", "to", "enable", "cell", "movement", "through", "“", "ECM", "barriers", "”", "." ] } ]
PMC10222971
Therefore, the number of apoptotic cells was quantified and assayed by flow cytometry.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "the", "number", "of", "apoptotic", "cells", "was", "quantified", "and", "assayed", "by", "flow", "cytometry", "." ] } ]
PMC8557138
The advantages and disadvantages of various existing in vivo, in vitro, and ex vivo angiogenic models are summarized in Table 1.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "advantages", "and", "disadvantages", "of", "various", "existing", "in", "vivo", ",", "in", "vitro", ",", "and", "ex", "vivo", "angiogenic", "models", "are", "summarized", "in", "Table", "1", "." ] } ]
PMC7039683
Color coded bars: Chromatin status (color code explained in key), revealed by ChIP-seq to various chromatin marks.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Color", "coded", "bars", ":", "Chromatin", "status", "(", "color", "code", "explained", "in", "key", ")", ",", "revealed", "by", "ChIP-seq", "to", "various", "chromatin", "marks", "." ] } ]
PMC11656380
Mutations in the NOTCH1 gene, found in over 50% of T-ALL patients, lead to constitutively active forms of the NOTCH1, critical drivers of leukemia cell growth and metabolism.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Mutations", "in", "the", "NOTCH1", "gene", ",", "found", "in", "over", "50", "%", "of", "T-ALL", "patients", ",", "lead", "to", "constitutively", "active", "forms", "of", "the", "NOTCH1", ",", "critical", "drivers", "of", "leukemia", "cell", "growth", "and", "metabolism", "." ] } ]
PMC10907726
Bioinformatic analysis of RNA-seq data. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Bioinformatic", "analysis", "of", "RNA-seq", "data", ".", "(" ] } ]
PMC3164356
Subsequently, the aligned sequences were annotated by mapping to annotation files from fRNAdb and sorted according to alignment scores.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Subsequently", ",", "the", "aligned", "sequences", "were", "annotated", "by", "mapping", "to", "annotation", "files", "from", "fRNAdb", "and", "sorted", "according", "to", "alignment", "scores", "." ] } ]
PMC11789597
Additionally, CAV1 knockdown enhances glutamine addiction by increasing ASCT2 and LAT1 and dysregulates glutathione metabolism.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Additionally", ",", "CAV1", "knockdown", "enhances", "glutamine", "addiction", "by", "increasing", "ASCT2", "and", "LAT1", "and", "dysregulates", "glutathione", "metabolism", "." ] } ]
PMC11301242
Transcriptome in the OCILy1 cell line, lacking ecDNA.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Transcriptome", "in", "the", "OCILy1", "cell", "line", ",", "lacking", "ecDNA", "." ] } ]
PMC10698968
Consequently, myxofibrosarcoma represents a burden for patients, a challenge for clinicians, and an interesting disease to study tumour progression.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Consequently", ",", "myxofibrosarcoma", "represents", "a", "burden", "for", "patients", ",", "a", "challenge", "for", "clinicians", ",", "and", "an", "interesting", "disease", "to", "study", "tumour", "progression", "." ] } ]
PMC11786600
Therefore, adding kaempferol to the dressings in the PED4 group may improve the wound-healing environment by modulating the immune environment and inflammatory factors.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Therefore", ",", "adding", "kaempferol", "to", "the", "dressings", "in", "the", "PED4", "group", "may", "improve", "the", "wound-healing", "environment", "by", "modulating", "the", "immune", "environment", "and", "inflammatory", "factors", "." ] } ]
PMC11244823
Structure comparison of the different gD1 fragments when fused to nLuc-V5-6xHis.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Structure", "comparison", "of", "the", "different", "gD1", "fragments", "when", "fused", "to", "nLuc-V5", "-", "6xHis", "." ] } ]
PMC11715644
In breast cancer, the EMT-related oncogene ErbB2 (Her2/neu epidermal growth receptor family) was found to be overexpressed in advanced-stage patients, and its overexpression enhances cell migration in confined matrices.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "breast", "cancer", ",", "the", "EMT-related", "oncogene", "ErbB2", "(", "Her2/neu", "epidermal", "growth", "receptor", "family", ")", "was", "found", "to", "be", "overexpressed", "in", "advanced-stage", "patients", ",", "and", "its", "overexpression", "enhances", "cell", "migration", "in", "confined", "matrices", "." ] } ]
PMC9429973
Aims: To analyze the prognostic significance of CD200 expression in newly diagnosed adult patients with non-M3 acute myeloid leukemia (AML) in our department, and to explore the effect of CD200 expression on lymphocyte subsets of patients.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Aims", ":", "To", "analyze", "the", "prognostic", "significance", "of", "CD200", "expression", "in", "newly", "diagnosed", "adult", "patients", "with", "non-M3", "acute", "myeloid", "leukemia", "(", "AML", ")", "in", "our", "department", ",", "and", "to", "explore", "the", "effect", "of", "CD200", "expression", "on", "lymphocyte", "subsets", "of", "patients", "." ] } ]
PMC11610461
PSENEN expression in KIRC specimens was investigated in The Cancer Genome Atlas (TCGA) and Gene Expression Omnibus (GEO) databases, as well as by immunohistochemical analysis and qPCR assay.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "PSENEN", "expression", "in", "KIRC", "specimens", "was", "investigated", "in", "The", "Cancer", "Genome", "Atlas", "(", "TCGA", ")", "and", "Gene", "Expression", "Omnibus", "(", "GEO", ")", "databases", ",", "as", "well", "as", "by", "immunohistochemical", "analysis", "and", "qPCR", "assay", "." ] } ]
PMC10713411
These different types of PCD have distinct characteristics and regulatory mechanisms and play vital roles in tumor development [14–17].
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "These", "different", "types", "of", "PCD", "have", "distinct", "characteristics", "and", "regulatory", "mechanisms", "and", "play", "vital", "roles", "in", "tumor", "development", "[", "14–17", "]", "." ] } ]
PMC9927933
We next characterized UBE2C-APC/C as a bona fide E2-E3 for DEPTOR.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "We", "next", "characterized", "UBE2C-APC/C", "as", "a", "bona", "fide", "E2-E3", "for", "DEPTOR", "." ] } ]
PMC11686380
Neurons isolated at E16 were transfected with pCAG-EGFP vector together with Myc-GAP43 (WT) or GAP43-E111K, and cultured for 3 days.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Neurons", "isolated", "at", "E16", "were", "transfected", "with", "pCAG-EGFP", "vector", "together", "with", "Myc-GAP43", "(", "WT", ")", "or", "GAP43-E111", "K", ",", "and", "cultured", "for", "3", "days", "." ] } ]
PMC11783017
Measurement of tumor volume changes in each group after different treatment. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Measurement", "of", "tumor", "volume", "changes", "in", "each", "group", "after", "different", "treatment", ".", "(" ] } ]
PMC10965315
The MTT analysis revealed that treatment with harmaline led to a significant dose‐dependent reduction in cell viability in A2780 cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "MTT", "analysis", "revealed", "that", "treatment", "with", "harmaline", "led", "to", "a", "significant", "dose‐dependent", "reduction", "in", "cell", "viability", "in", "A2780", "cells", "." ] } ]
PMC11638255
Samples were analyzed on a Cytek 5L Aurora (Cytek Biosciences, USA) with 200,000 events collected per sample.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Samples", "were", "analyzed", "on", "a", "Cytek", "5L", "Aurora", "(", "Cytek", "Biosciences", ",", "USA", ")", "with", "200,000", "events", "collected", "per", "sample", "." ] } ]
PMC11699465
For (F), cell1 is HCT116 cells, cell2 is 143B cells; For (G), it is done in 4T1 cells; (H) is done in CaoV-3 cells. (
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "For", "(", "F", ")", ",", "cell1", "is", "HCT116", "cells", ",", "cell2", "is", "143B", "cells", ";", "For", "(", "G", ")", ",", "it", "is", "done", "in", "4T1", "cells", ";", "(", "H", ")", "is", "done", "in", "CaoV-3", "cells", ".", "(" ] } ]
PMC10329237
Malondialdehyde (MDA) and anti-oxidant enzyme activity including catalase (CAT) and superoxide dismutase (SOD) were assessed after co-treatment.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Malondialdehyde", "(", "MDA", ")", "and", "anti-oxidant", "enzyme", "activity", "including", "catalase", "(", "CAT", ")", "and", "superoxide", "dismutase", "(", "SOD", ")", "were", "assessed", "after", "co-treatment", "." ] } ]
PMC11754094
The lentivirus was concentrated using the Lenti-X concentrator (Takara Bio).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "lentivirus", "was", "concentrated", "using", "the", "Lenti-X", "concentrator", "(", "Takara", "Bio", ")", "." ] } ]
PMC10914904
m5C methylation of miRNAs facilitates the loading of these small RNAs into AGO, enabling them to mediate posttranscriptional gene silencing .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "m5C", "methylation", "of", "miRNAs", "facilitates", "the", "loading", "of", "these", "small", "RNAs", "into", "AGO", ",", "enabling", "them", "to", "mediate", "posttranscriptional", "gene", "silencing", "." ] } ]
PMC11531735
The objective of this study is to assess the efficacy and toxicity of ER121 in metastatic and triple negative breast cancer (TNBC, HER2+) cells and tumor models.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "objective", "of", "this", "study", "is", "to", "assess", "the", "efficacy", "and", "toxicity", "of", "ER121", "in", "metastatic", "and", "triple", "negative", "breast", "cancer", "(", "TNBC", ",", "HER2", "+", ")", "cells", "and", "tumor", "models", "." ] } ]
PMC11528603
Works of Le-Trung et al. significantly stress the promising anti-cancer activity of substances from S. affinis fruits.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Works", "of", "Le-Trung", "et", "al.", "significantly", "stress", "the", "promising", "anti-cancer", "activity", "of", "substances", "from", "S.", "affinis", "fruits", "." ] } ]
PMC9429973
Methods: All patients diagnosed with congenital neutropenia from the Israeli Inherited Bone Marrow Failure registry were included.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Methods", ":", "All", "patients", "diagnosed", "with", "congenital", "neutropenia", "from", "the", "Israeli", "Inherited", "Bone", "Marrow", "Failure", "registry", "were", "included", "." ] } ]
PMC9429973
The model is planned for international validation.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "model", "is", "planned", "for", "international", "validation", "." ] } ]
PMC11240448
Multiple reports link different activation patterns of the same proteins, including ERK, JNK, AKT, p53, to distinct cell fate decisions and phenotypic outcomes .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Multiple", "reports", "link", "different", "activation", "patterns", "of", "the", "same", "proteins", ",", "including", "ERK", ",", "JNK", ",", "AKT", ",", "p53", ",", "to", "distinct", "cell", "fate", "decisions", "and", "phenotypic", "outcomes", "." ] } ]
PMC11738017
To test this hypothesis, we generated an isogenic OPM2 cell line that stably overexpressed BCMA (OPM2_BCMA) through lentiviral transduction of TNFRSF17.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "To", "test", "this", "hypothesis", ",", "we", "generated", "an", "isogenic", "OPM2", "cell", "line", "that", "stably", "overexpressed", "BCMA", "(", "OPM2_BCMA", ")", "through", "lentiviral", "transduction", "of", "TNFRSF17", "." ] } ]
PMC11394227
The T25 culture flask was inoculated with 2 mL of 5 × 10 cell suspensions.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "T25", "culture", "flask", "was", "inoculated", "with", "2", "mL", "of", "5", "×", "10", "cell", "suspensions", "." ] } ]
PMC10165258
The droplet format allows a large number of independent experiments to be performed in parallel, by taking advantage of the encapsulation of the cells within isolated drops.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "droplet", "format", "allows", "a", "large", "number", "of", "independent", "experiments", "to", "be", "performed", "in", "parallel", ",", "by", "taking", "advantage", "of", "the", "encapsulation", "of", "the", "cells", "within", "isolated", "drops", "." ] } ]
PMC11461874
DBP protein levels highly oscillate in a circadian manner.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "DBP", "protein", "levels", "highly", "oscillate", "in", "a", "circadian", "manner", "." ] } ]
PMC8873393
Meanwhile, UV-induced genes were found in clusters 1–5 (Fig. 3A, B).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Meanwhile", ",", "UV-induced", "genes", "were", "found", "in", "clusters", "1–5", "(", "Fig.", "3A", ",", "B", ")", "." ] } ]
PMC10329074
In brief, 100 μl cell suspension was added to each well of five 96-well plates, and the cells were incubated at 37° for 24 h. Subsequently, 10 μl CCK8 solution was added on days 1, 2, 3, 4 and 5 and incubated for 2 h. Finally, the absorbance at 450 nm was measured using a microplate reader.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "In", "brief", ",", "100", "μl", "cell", "suspension", "was", "added", "to", "each", "well", "of", "five", "96-well", "plates", ",", "and", "the", "cells", "were", "incubated", "at", "37", "°", "for", "24", "h.", "Subsequently", ",", "10", "μl", "CCK8", "solution", "was", "added", "on", "days", "1", ",", "2", ",", "3", ",", "4", "and", "5", "and", "incubated", "for", "2", "h.", "Finally", ",", "the", "absorbance", "at", "450", "nm", "was", "measured", "using", "a", "microplate", "reader", "." ] } ]
PMC8996378
MDR of cancer cells is associated with various mechanisms (Bukowski et al., 2020).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "MDR", "of", "cancer", "cells", "is", "associated", "with", "various", "mechanisms", "(", "Bukowski", "et", "al.", ",", "2020", ")", "." ] } ]
PMC10891340
The damage to mitochondria by DPV during the early stage of infection resulted in a downregulation of ROS, but ROS upregulated upon CCCP treatment, we thought ROS did not exceed the normal dynamic levels, and therefore CCCP treatment did not change ROS generation in normal cells but inversed the aberrant accumulated ROS to basal level in the DPV infected cells.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "damage", "to", "mitochondria", "by", "DPV", "during", "the", "early", "stage", "of", "infection", "resulted", "in", "a", "downregulation", "of", "ROS", ",", "but", "ROS", "upregulated", "upon", "CCCP", "treatment", ",", "we", "thought", "ROS", "did", "not", "exceed", "the", "normal", "dynamic", "levels", ",", "and", "therefore", "CCCP", "treatment", "did", "not", "change", "ROS", "generation", "in", "normal", "cells", "but", "inversed", "the", "aberrant", "accumulated", "ROS", "to", "basal", "level", "in", "the", "DPV", "infected", "cells", "." ] } ]
PMC8073654
This compound exerted potent antiproliferative activity toward CEMss cells with an IC50 value of 7.11 μg/mL, followed by hepatocellular carcinoma (HepG2), human breast adenocarcinoma (MCF-7), human breast carcinoma (MDA-MB-231), cervical carcinoma (HeLa), and human blood mononuclear cells with IC50 values of 17.65, 21.28, 32.38, >50, and >50 μg/mL, respectively.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "This", "compound", "exerted", "potent", "antiproliferative", "activity", "toward", "CEMss", "cells", "with", "an", "IC50", "value", "of", "7.11", "μg/mL", ",", "followed", "by", "hepatocellular", "carcinoma", "(", "HepG2", ")", ",", "human", "breast", "adenocarcinoma", "(", "MCF-7", ")", ",", "human", "breast", "carcinoma", "(", "MDA-MB-231", ")", ",", "cervical", "carcinoma", "(", "HeLa", ")", ",", "and", "human", "blood", "mononuclear", "cells", "with", "IC50", "values", "of", "17.65", ",", "21.28", ",", "32.38", ",", ">", "50", ",", "and", ">", "50", "μg/mL", ",", "respectively", "." ] } ]
PMC8345486
Acetonitrile 200 SpS far UV 99.9% (H-048) was purchased from ROMIL (Cambridge, UK).
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Acetonitrile", "200", "SpS", "far", "UV", "99.9", "%", "(", "H-048", ")", "was", "purchased", "from", "ROMIL", "(", "Cambridge", ",", "UK", ")", "." ] } ]
PMC11705547
Cisplatin increases lipid deposition in tumor cells, which in turn increases ROS production and induces apoptosis .
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Cisplatin", "increases", "lipid", "deposition", "in", "tumor", "cells", ",", "which", "in", "turn", "increases", "ROS", "production", "and", "induces", "apoptosis", "." ] } ]
PMC11391695
1ACYP2 is lowly expressed in HCC.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "1ACYP2", "is", "lowly", "expressed", "in", "HCC", "." ] } ]
PMC11726183
Many solid tumors have an acidic microenvironment because of the excess lactic acid produced by cancer cells due to anaerobic glucose metabolism and inadequate vascular clearance.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Many", "solid", "tumors", "have", "an", "acidic", "microenvironment", "because", "of", "the", "excess", "lactic", "acid", "produced", "by", "cancer", "cells", "due", "to", "anaerobic", "glucose", "metabolism", "and", "inadequate", "vascular", "clearance", "." ] } ]
PMC8427838
B Collision-induced dissociation (CID) MS/MS spectrum assigned to the C-terminal moesin peptide QRIDEFESM[O] (precursor [M + 2H] m/z 585.578, one of four high-confidence moesin peptide matches for analysis of the tryptic digestion products of xx. *
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "B", "Collision-induced", "dissociation", "(", "CID", ")", "MS/MS", "spectrum", "assigned", "to", "the", "C-terminal", "moesin", "peptide", "QRIDEFESM[O", "]", "(", "precursor", "[", "M", "+", "2H", "]", "m/z", "585.578", ",", "one", "of", "four", "high-confidence", "moesin", "peptide", "matches", "for", "analysis", "of", "the", "tryptic", "digestion", "products", "of", "xx", ".", "*" ] } ]
PMC11013014
The results show that eight derivatives of the EA including 1–3, 10, 16(a–b), and 17b exhibit very high anti-proliferative activity at 1 μM against the HL60 cell line, with values of the percentage of cell viability ranging from 20 to 35%.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellLine", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "The", "results", "show", "that", "eight", "derivatives", "of", "the", "EA", "including", "1–3", ",", "10", ",", "16(a", "–", "b", ")", ",", "and", "17b", "exhibit", "very", "high", "anti-proliferative", "activity", "at", "1", "μM", "against", "the", "HL60", "cell", "line", ",", "with", "values", "of", "the", "percentage", "of", "cell", "viability", "ranging", "from", "20", "to", "35", "%", "." ] } ]
PMC11792090
Genomic DNA was isolated from these samples using the DNeasy Blood & Tissue Kit (QIAGEN, 69506) following the manufacturer’s protocol.
[ { "tags": [ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ], "tokens": [ "Genomic", "DNA", "was", "isolated", "from", "these", "samples", "using", "the", "DNeasy", "Blood", "&", "Tissue", "Kit", "(", "QIAGEN", ",", "69506", ")", "following", "the", "manufacturer", "’s", "protocol", "." ] } ]