Datasets:
jackkuo
/
LLM-Ribozyme-Kinetics-Golden-Benchmark

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
Ribozyme
stringlengths
2
37
Organism
stringclasses
56 values
Variable_reactant
stringlengths
2
100
⌀
Kobs
stringlengths
1
19
⌀
Unit_Kobs
stringclasses
11 values
km
stringclasses
287 values
Unit_Km
stringclasses
11 values
kcat
stringclasses
262 values
Unit_Kcat
stringclasses
9 values
km_kcat
stringlengths
1
16
⌀
Unit_Kcat/Km
stringclasses
30 values
Kcleav
stringclasses
52 values
Unit_Kcleav
stringclasses
3 values
Commentary[Temp]
stringclasses
29 values
Commentary[pH]
stringclasses
34 values
Commentary[Mutant]
stringlengths
2
89
⌀
Commentary[Others]
stringlengths
3
94
⌀
pubmed_id
stringclasses
164 values
Source
stringclasses
4 values
glmS
Bacillus anthracis
L-prolinol
0.0007
min^-1
≥1000
mM
NA
NA
0.000023
mM^-1 min^-1
NA
NA
25°C
7.5
G18
10 mM L-prolinol
23113700
Table
glmS
Bacillus anthracis
no cofactor
0.0001
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7.5
G18
NA
23113700
Table
K28(1-77)C
NA
Mg2+/Cu2+
0.0032
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
32°C
7.5
NA
0.5-1 mM GTP𝛾S, 6 mM MgCl2,, 10 μM CuCl2, 0.2 mM CaCl2, 0.5 mM MnCl2, 200 mM KCl, 15 mM NaCl
23358821
Text
K28(1-77)C
NA
CoHex
0.0034
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
32°C
7.5
NA
0.5-1 mM GTP𝛾S, 10 μM CuCl2, 0.2 mM CaCl2, 0.5 mM MnCl2, 200 mM KCl, 15 mM NaCl, 6 mM CoHex
23358821
Text
K28(1-77)C
NA
CoHex
0.0026
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
32°C
7.5
NA
0.5-1 mM GTP𝛾S, 10 μM CuCl2, 0.2 mM CaCl2, 0.5 mM MnCl2, 200 mM KCl, 15 mM NaCl, 12 mM CoHex
23358821
Text
K28(1-77)C
NA
pH
0.049
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
32°C
8.5
NA
0.5-1 mM GTP𝛾S, 6 mM MgCl2, 10 μM CuCl2, 200 mM KCl, 15 mM NaCl
23358821
Text
Dz12-91
NA
12 nt RNA-target (oligonucleotide 8)
0.058
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
24°C
7.4
NA
200 mM NaCl, 1 mM EDTA, 50 mM cacodylate
23485334
Text
Dz12-91
NA
2'OMe/RNA chimeric substrate 9
0.066
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
24°C
7.4
NA
200 mM NaCl, 1 mM EDTA, 50 mM cacodylate
23485334
Text
Dz12-91
NA
single embedded ribocytosine (oligonucleotide 1)
0.272
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
24°C
7.4
NA
200 mM NaCl, 1 mM EDTA, 50 mM cacodylate
23485334
Text
Dz12-91
NA
17 nt all-RNA target (oligonucleotide 12)
0.034
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
24°C
7.4
NA
200 mM NaCl, 1 mM EDTA, 50 mM cacodylate
23485334
Text
Dz9-86
NA
all-RNA substrate
0.088
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
200 mM NaCl, 1 mM EDTA, 50 mM cacodylate
23485334
Text
Dz9-86
NA
single embedded ribocytosine (oligonucleotide 1)
0.134
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
24°C
7.4
NA
200 mM NaCl, 1 mM EDTA, 50 mM cacodylate
23485334
Text
HDV ribozyme
Hepatitis delta virus
Control
142 × 10^-3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
1 mM Mg(II)
23583885
Table
HDV ribozyme
Hepatitis delta virus
Amoxicillin
30 × 10^-3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
1 mM Mg(II), 200 µM amoxicillin
23583885
Table
HDV ribozyme
Hepatitis delta virus
Cu(II)-amoxicillin
0.08 × 10^-3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
1 mM Mg(II), 200 µM Cu(II)-amoxicillin
23583885
Table
HDV ribozyme
Hepatitis delta virus
Cu(II)-amoxicillin
72 × 10^-3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
1 mM Mg(II), 50 µM Cu(II)-amoxicillin
23583885
Table
HDV ribozyme
Hepatitis delta virus
Apramycin
43 × 10^-3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
1 mM Mg(II), 200 µM apramycin
23583885
Table
HDV ribozyme
Hepatitis delta virus
Cu(II)-apramycin
0.18 × 10^-3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
1 mM Mg(II), 200 µM Cu(II)-apramycin
23583885
Table
HDV ribozyme
Hepatitis delta virus
Cu(II)-apramycin
43 × 10^-3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
1 mM Mg(II), 50 µM Cu(II)-apramycin
23583885
Table
HDV ribozyme
Hepatitis delta virus
Ristomycin A
19 × 10^-3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
1 mM Mg(II), 200 µM ristomycin A
23583885
Table
HDV ribozyme
Hepatitis delta virus
Cu(II)-ristomycin A
0.86 × 10^-3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
1 mM Mg(II), 200 µM Cu(II)-ristomycin A
23583885
Table
HDV ribozyme
Hepatitis delta virus
Cu(II)-ristomycin A
79 × 10^-3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
1 mM Mg(II), 50 µM Cu(II)-ristomycin A
23583885
Table
I-R3
NA
DNA Substrates
~1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.05
WT
2 mM Zn^2+, 20 mM Mg^2+
23679108
Text
I-R3
NA
DNA Substrates
1.6
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
45°C
7.05
WT
2 mM Zn^2+, 20 mM Mg^2+
23679108
Text
NS4
NA
DNA Substrates
4.8 × 10^-5
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.05
WT
2 mM Zn^2+, 20 mM Mg^2+
23679108
Text
glmS
Thermoanaerobacter tengcongensis
Ca2+
>1.7
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
AAA
50 mM Ca2+
24096303
Text
glmS
Thermoanaerobacter tengcongensis
Ca2+
~0.02
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
AAG
50 mM Ca2+
24096303
Text
twister
environmental sequence
Mg^2+
10
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
5.5
WT
NA
24240507
Text
twister
environmental sequence
NA
~1000
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
WT
1 mM MgCl2
24240507
Text
env22 twister
NA
Mg^2+
2.44 ± 0.31
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
20°C
7.5
U3AP-A54U
10 mM MgCl2; 100 mM KCl
25410397
Text
env22 twister
NA
Mg^2+
1.41 ± 0.16
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
15°C
7.5
U3AP-A54U
10 mM MgCl2; 100 mM KCl
25410397
Text
Dz8-17
NA
NA
0.22
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.2
WT
2 M NaCl, 100 mM MgCl2
25854917
Table
Dz8-17
NA
NA
0.303
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.2
817_6
2 M NaCl, 100 mM MgCl2
25854917
Table
Dz8-17
NA
NA
0.313
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.2
817_10
2 M NaCl, 100 mM MgCl2
25854917
Table
Dz8-17
NA
NA
0.52
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.2
817_12
2 M NaCl, 100 mM MgCl2
25854917
Table
Dz8-17
NA
NA
0.142
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.2
817_15
2 M NaCl, 100 mM MgCl2
25854917
Table
Dz8-17
NA
NA
0.07
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.2
817_150
2 M NaCl, 100 mM MgCl2
25854917
Table
Dz10-23
NA
NA
0.103
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
WT
2 M NaCl, 500 mM MgCl2
25854917
Table
Dz10-23
NA
NA
0.051
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
1023_5
2 M NaCl, 500 mM MgCl2
25854917
Table
Dz10-23
NA
NA
0.05
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
1023_9
2 M NaCl, 500 mM MgCl2
25854917
Table
Dz10-23
NA
NA
0.032
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
1023_11
2 M NaCl, 500 mM MgCl2
25854917
Table
Dz10-23
NA
NA
0.017
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
1023_12
2 M NaCl, 500 mM MgCl2
25854917
Table
Dz10-23
NA
NA
0.033
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
1023_15
2 M NaCl, 500 mM MgCl2
25854917
Table
NaA43
NA
Na+
0.11
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
20°C
NA
WT
400 mM Na+
25918425
Text
NaA43
NA
Na+
~0.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
WT
0.135–50 mM Na+
25918425
Text
HH16-T2
Tobacco ringspot virus satellite RNA
NA
0.25
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5.6
Full-length optimized
NA
25981451
Table
HH16-T1
Tobacco ringspot virus satellite RNA
NA
0.76
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5.6
Full-length non-optimized
NA
25981451
Table
HH16-T2
Tobacco ringspot virus satellite RNA
NA
0.62
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
Full-length optimized
NA
25981451
Table
HH16-T1
Tobacco ringspot virus satellite RNA
NA
1.9
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
Full-length non-optimized
NA
25981451
Table
HH16-T2
Tobacco ringspot virus satellite RNA
NA
20
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
Full-length optimized
NA
25981451
Table
HH16-T1
Tobacco ringspot virus satellite RNA
NA
60
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
Full-length non-optimized
NA
25981451
Table
HH16-min
NA
NA
0.01
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5.6
Minimal
NA
25981451
Table
HH16-min
NA
NA
0.03
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
Minimal
NA
25981451
Table
HH16-min
NA
NA
1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
Minimal
NA
25981451
Table
HHmin-AL4:U1.7
NA
NA
0.77
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5.6
NA
NA
25981451
Table
HHmin-WC-AU
NA
NA
0.02
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5.6
Negative control
NA
25981451
Table
HHmin-5'GUU
NA
NA
0.19
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5.6
5'-GUU addition
NA
25981451
Table
HHmin-GL3A
NA
NA
0.063
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5.6
GL3A mutation
NA
25981451
Table
HHmin-GL3U
NA
NA
1.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5.6
GL3U mutation
NA
25981451
Table
HHmin-5'GUU-GL3A
NA
NA
1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5.6
5'-GUU addition + GL3A mutation
NA
25981451
Table
HHmin-5'GUU-GL3U
NA
NA
1.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5.6
5'-GUU addition + GL3U mutation
NA
25981451
Table
HHmin-AL4:U1.7
NA
NA
1.9
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
NA
NA
25981451
Table
HHmin-WC-AU
NA
NA
0.05
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
Negative control
NA
25981451
Table
HHmin-5'GUU
NA
NA
0.48
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
5'-GUU addition
NA
25981451
Table
HHmin-GL3A
NA
NA
0.15
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
GL3A mutation
NA
25981451
Table
HHmin-GL3U
NA
NA
3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
GL3U mutation
NA
25981451
Table
HHmin-5'GUU-GL3A
NA
NA
2.5
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
5'-GUU addition + GL3A mutation
NA
25981451
Table
HHmin-5'GUU-GL3U
NA
NA
3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
5'-GUU addition + GL3U mutation
NA
25981451
Table
HHmin-AL4:U1.7
NA
NA
61
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
NA
NA
25981451
Table
HHmin-WC-AU
NA
NA
1.5
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
Negative control
NA
25981451
Table
HHmin-5'GUU
NA
NA
15
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
5'-GUU addition
NA
25981451
Table
HHmin-GL3A
NA
NA
5
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
GL3A mutation
NA
25981451
Table
HHmin-GL3U
NA
NA
95
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
GL3U mutation
NA
25981451
Table
HHmin-5'GUU-GL3A
NA
NA
79
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
5'-GUU addition + GL3A mutation
NA
25981451
Table
HHmin-5'GUU-GL3U
NA
NA
95
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
5'-GUU addition + GL3U mutation
NA
25981451
Table
HHmin-AL4C
NA
NA
0.39
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5.6
AL4C mutation
NA
25981451
Table
HHmin-3ZP8
Schistosoma mansoni
NA
0.3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5.6
Minimized Class I
NA
25981451
Table
HHmin-AL4C
NA
NA
0.96
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
AL4C mutation
NA
25981451
Table
HHmin-3ZP8
Schistosoma mansoni
NA
0.74
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
Minimized Class I
NA
25981451
Table
HHmin-AL4C
NA
NA
31
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
AL4C mutation
NA
25981451
Table
HHmin-3ZP8
Schistosoma mansoni
NA
24
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
Minimized Class I
NA
25981451
Table
HDV
Hepatitis delta virus
S5'-O
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.055
min^-1
25°C
4.9
WT
10 mM MgCl2
26125657
Table
HDV
Hepatitis delta virus
S5'-O
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.0063
min^-1
25°C
4.9
4-NMe-C25
10 mM MgCl2
26125657
Table
HDV
Hepatitis delta virus
S5'-O
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.034
min^-1
25°C
4.9
dC76
10 mM MgCl2
26125657
Table
HDV
Hepatitis delta virus
S5'-O
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.033
min^-1
25°C
4.9
4-NMe-C25 / dC76
10 mM MgCl2
26125657
Table
HDV
Hepatitis delta virus
S5'-O
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.12
min^-1
25°C
4.9
C25U:G40A
10 mM MgCl2
26125657
Table
HDV
Hepatitis delta virus
S5'-O
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.04
min^-1
25°C
4.9
2'-F-C76
10 mM MgCl2
26125657
Table
HDV
Hepatitis delta virus
S5'-O
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.00205
min^-1
25°C
4.9
4-NMe-C25 / 2'-F-C76
10 mM MgCl2
26125657
Table
HDV
Hepatitis delta virus
S5'-O
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.097
min^-1
25°C
4.9
C25U:G40A / dC76
10 mM MgCl2
26125657
Table
HDV
Hepatitis delta virus
S5'-O
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.0098
min^-1
25°C
4.9
C25U:G40A / 2'-F-C76
10 mM MgCl2
26125657
Table
Twister sister
Human gut metagenome
Mg^2+
5
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.5
TS-1
100 mM KCl, 5 mM MgCl2
26167874
Text
Twister sister
Human gut metagenome
Mg^2+
>100
min−1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.5
TS-3
100 mM KCl
26167874
Text
10-23 DNAzyme
NA
Mg^2+
1.3 × 10^-3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7.3
WT
0.5 mM Mg^2+, 150 mM NaCl
26218121
Text
10-23 DNAzyme
NA
Mg^2+
4.1 × 10^-3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7.3
WT
0.5 mM Mg^2+, 150 mM NaCl, PLL-g-Dex (N/P = 2)
26218121
Figure
10-23 DNAzyme
NA
Mn^2+
NA
NA
8.5 × 10^-7
M
5.2 × 10
min^-1
6.1 × 10^7
M^-1 min^-1
NA
NA
50°C
7.3
WT
5 mM Mn^2+, 150 mM NaCl
26218121
Table
10-23 DNAzyme
NA
Mn^2+
NA
NA
2.4 × 10^-8
M
7.8 × 10
min^-1
3.2 × 10^9
M^-1 min^-1
NA
NA
50°C
7.3
WT
5 mM Mn^2+, 150 mM NaCl, PLL-g-Dex (N/P = 2)
26218121
Table
10-23 DNAzyme
NA
Mn^2+
NA
NA
1.5 × 10^-7
M
6.6
min^-1
4.4 × 10^7
M^-1 min^-1
NA
NA
37°C
7.3
WT
5 mM Mn^2+, 150 mM NaCl
26218121
Table
10-23 DNAzyme
NA
Mn^2+
NA
NA
4.5 × 10^-9
M
5.8
min^-1
1.3 × 10^9
M^-1 min^-1
NA
NA
37°C
7.3
WT
5 mM Mn^2+, 150 mM NaCl, PLL-g-Dex (N/P = 2)
26218121
Table
Hatchet
Metagenomic
NA
4
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.5
Ht-2
10 mM Mg^2+, 100 mM KCl
26385510
Text
Hatchet
Metagenomic
NA
1.5
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
Ht-2
100 mM KCl ,10 mM Mg^2+
26385510
Text