Datasets:
jackkuo
/
LLM-Ribozyme-Kinetics-Golden-Benchmark

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
Ribozyme
stringlengths
2
37
Organism
stringclasses
56 values
Variable_reactant
stringlengths
2
100
⌀
Kobs
stringlengths
1
19
⌀
Unit_Kobs
stringclasses
11 values
km
stringclasses
287 values
Unit_Km
stringclasses
11 values
kcat
stringclasses
262 values
Unit_Kcat
stringclasses
9 values
km_kcat
stringlengths
1
16
⌀
Unit_Kcat/Km
stringclasses
30 values
Kcleav
stringclasses
52 values
Unit_Kcleav
stringclasses
3 values
Commentary[Temp]
stringclasses
29 values
Commentary[pH]
stringclasses
34 values
Commentary[Mutant]
stringlengths
2
89
⌀
Commentary[Others]
stringlengths
3
94
⌀
pubmed_id
stringclasses
164 values
Source
stringclasses
4 values
Hatchet
Metagenomic
NA
4.6
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
Ht-2
100 mM KCl, 10 mM Mn^2+
26385510
Text
env22 twister
NA
NA
0.88
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.5
mini-twister variant
2 mM Mg^2+ 100 mM KCl
26473980
Text
env22 twister
NA
NA
1.41
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.5
WT
2 mM Mg^2+ 100 mM KCl
26473980
Text
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A
0.35
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
5.5
WT
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A
2.45
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
WT
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A
3.5
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
8.5
WT
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 G
0.00017
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
5.5
WT
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 G
0.00024
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
WT
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 G
0.0019
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
8.5
WT
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A N7C
0.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
5.5
WT
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A N7C
1.37
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
WT
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A N7C
>8
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
8.5
WT
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A N7C
0.018
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
5.5
A20G
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A N7C
0.28
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
A20G
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A N7C
2.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
8.5
A20G
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A
0.038
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
5.5
A20G
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A
0.23
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
A20G
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A
0.43
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
8.5
A20G
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A N3C O2'H
0.00003
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
WT
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A N3C O2'H
0.00004
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
8.5
WT
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A O2'H
0.97
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
WT
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A N1C
0.06
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
5.5
A19U
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A N1C
1.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
A19U
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A N1C
7.7
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
8.5
A19U
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A
0.0092
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
5.5
A19U
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A
0.059
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
A19U
10 mM MgCl2
27153229
Table
Two Piece ES2
Oryza sativa
Position 1 A
0.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
8.5
A19U
10 mM MgCl2
27153229
Table
Twister Ribozyme
Oryza sativa
NA
2.45
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
WT
10 mM Mg^2+
27153229
Table
Twister Ribozyme
Oryza sativa
NA
0.026
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
WT
10 mM Mg^2+, R_P phosphorothioate
27153229
Table
Twister Ribozyme
Oryza sativa
NA
3.3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
WT
10 mM Mg^2+, S_P phosphorothioate
27153229
Table
Twister Ribozyme
Oryza sativa
NA
0.09
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
WT
1 M Li^+ + 100 mM EDTA
27153229
Table
Twister Ribozyme
Oryza sativa
NA
0.003
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
WT
1 M Li^+ + 100 mM EDTA, R_P phosphorothioate
27153229
Table
Twister Ribozyme
Oryza sativa
NA
0.165
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
WT
1 M Li^+ + 100 mM EDTA, S_P phosphorothioate
27153229
Table
Twister Ribozyme
Oryza sativa
NA
0.8
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
WT
10 mM Mg^2+ + 10 mM Mn^2+
27153229
Table
Twister Ribozyme
Oryza sativa
NA
0.007
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
WT
10 mM Mg^2+ + 10 mM Mn^2+, R_P phosphorothioate
27153229
Table
Twister Ribozyme
Oryza sativa
NA
3.7
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
WT
10 mM Mg^2+ + 10 mM Mn^2+, S_P phosphorothioate
27153229
Table
Twister Ribozyme
Oryza sativa
NA
0.43
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
WT
10 mM Mg^2+ + 2 mM Cd^2+
27153229
Table
Twister Ribozyme
Oryza sativa
NA
0.046
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
WT
10 mM Mg^2+ + 2 mM Cd^2+, R_P phosphorothioate
27153229
Table
Twister Ribozyme
Oryza sativa
NA
5
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7
WT
10 mM Mg^2+ + 2 mM Cd^2+, S_P phosphorothioate
27153229
Table
Pistol
NA
NA
0.88 ± 0.07
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
15°C
NA
A57Ap
10 mM MgCl2
27398999
Text
Pistol
NA
NA
2.72 ± 0.38
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
20°C
NA
A57Ap
10 mM MgCl2
27398999
Text
other fast-cleaving ribozymes
NA
NA
1.41
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
15°C
NA
null
null
27398999
Text
other fast-cleaving ribozymes
NA
NA
2.44
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
20°C
NA
null
null
27398999
Text
10-23 DNAzyme
NA
NA
5.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ01 (WT)
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
0.78
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A5-3
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
0.3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A9-3
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
0.37
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A11-3
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
0.9
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A12-3
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
12.7
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A15-3
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
0.4
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A5-4
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
6
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A9-4
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
4.6
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A11-4
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
0.36
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A12-4
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
8.5
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A15-4
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
8.9
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A5-5
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
8.9
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A9-5
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
1.4
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A11-5
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
1.3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A12-5
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
1.4
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A15-5
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
11.8
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A9-6
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
3.4
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A11-6
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
26
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A15-6
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
8.9
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A9-1
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
45
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A9-2
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
6.9
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A9-8
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
9.8
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A12-7
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
1.3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A15-7
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
<0.0001
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A5-8
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
0.3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A11-8
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
0.8
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A12-8
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
0.9
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
DZ-A15-8
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
27506560
Table
newt
Notophthalmus viridescens
RNA
0.0018
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
55°C
8
WT
0.08 µM RNA ,10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA
27858507
Table
newt
Notophthalmus viridescens
RNA
0.015
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
55°C
8
WT
0.8 µM RNA ,10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA
27858507
Table
newt
Notophthalmus viridescens
RNA
0.033
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
55°C
8
WT
8 µM RNA ,10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA
27858507
Table
newt-like
Notophthalmus viridescens
RNA
0.00006
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
55°C
8
WT
0.08 µM RNA ,10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA
27858507
Table
newt-like
Notophthalmus viridescens
RNA
0.0018
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
55°C
8
WT
0.8 µM RNA ,10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA
27858507
Table
newt-like
Notophthalmus viridescens
RNA
0.012
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
55°C
8
WT
8 µM RNA ,10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA
27858507
Table
env1c
NA
RNA
0.0012
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
55°C
8
WT
0.8 µM RNA ,10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA
27858507
Table
env1c
NA
RNA
0.0024
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
55°C
8
WT
8 µM RNA ,10 mM MgCl2, 0.5 mM EDTA
27858507
Table
Twister
Oryza sativa
NA
2.45 ± 0.04
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
neutral pH
NA
NA
27863022
Table
Twister env22
NA
NA
2.44 ± 0.31
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
20°C
neutral pH
NA
NA
27863022
Table
Twister env22
NA
NA
1.41 ± 0.16
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
15°C
neutral pH
NA
NA
27863022
Table
Pistol env25
NA
NA
2.72 ± 0.38
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
20°C
neutral pH
NA
NA
27863022
Table
Pistol env25
NA
NA
0.88 ±0.07
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
15°C
neutral pH
NA
NA
27863022
Table
RzB Hammerhead
NA
NA
1.39±0.04
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
null
neutral pH
NA
NA
27863022
Table
Hairpin
NA
NA
0.1-0.5
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
null
neutral pH
NA
NA
27863022
Table
HDV
NA
NA
52
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
null
neutral pH
NA
NA
27863022
Table
Neurospora VS
NA
NA
1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
null
neutral pH
NA
NA
27863022
Table
glmS
NA
NA
1-3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
null
neutral pH
NA
NA
27863022
Table
glmS
Thermoanaerobacter tengcongensis
oxo substrate
80
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7
WT
10 mM Mg^2+, 10 mM GlcN6P
28192411
Text
glmS
Thermoanaerobacter tengcongensis
R_P thio substrate
0.4
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7
WT
10 mM Mg^2+, 10 mM GlcN6P
28192411
Text
glmS
Thermoanaerobacter tengcongensis
S_P thio substrate
5
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7
WT
10 mM Mg^2+, 10 mM GlcN6P
28192411
Text
glmS
Thermoanaerobacter tengcongensis
dithio substrate
0.009
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7
WT
10 mM Mg^2+, 10 mM GlcN6P
28192411
Text
Twister
Oryza sativa
S
0.24
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
20°C
7.5
WT
50 µM MgCl2
28825710
Text
Twister
Oryza sativa
S
8.4
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
20°C
7.5
WT
≥0.5 mM MgCl2, initial phase
28825710
Text
Twister
Oryza sativa
S
0.6
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
20°C
7.5
WT
≥0.5 mM MgCl2, slower kinetic phase
28825710
Text
Twister
Oryza sativa
S
NA
NA
135
µM
NA
NA
NA
NA
NA
NA
20°C
7.5
WT
MgCl2, Bimolecular form
28825710
Text
Twister
Oryza sativa
S
NA
NA
59
µM
NA
NA
NA
NA
NA
NA
20°C
7.5
WT
MnCl2
28825710
Text
Twister
Oryza sativa
S
NA
NA
51
µM
NA
NA
NA
NA
NA
NA
20°C
7.5
WT
ZnCl2
28825710
Text
Pistol
NA
NA
0.88
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
15°C
NA
WT
10 mM Mg^2+
29107885
Text