Datasets:
jackkuo
/
LLM-Ribozyme-Kinetics-Golden-Benchmark

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
Ribozyme
stringlengths
2
37
Organism
stringclasses
56 values
Variable_reactant
stringlengths
2
100
⌀
Kobs
stringlengths
1
19
⌀
Unit_Kobs
stringclasses
11 values
km
stringclasses
287 values
Unit_Km
stringclasses
11 values
kcat
stringclasses
262 values
Unit_Kcat
stringclasses
9 values
km_kcat
stringlengths
1
16
⌀
Unit_Kcat/Km
stringclasses
30 values
Kcleav
stringclasses
52 values
Unit_Kcleav
stringclasses
3 values
Commentary[Temp]
stringclasses
29 values
Commentary[pH]
stringclasses
34 values
Commentary[Mutant]
stringlengths
2
89
⌀
Commentary[Others]
stringlengths
3
94
⌀
pubmed_id
stringclasses
164 values
Source
stringclasses
4 values
Twister
NA
NA
2.4 ± 0.3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
WT
NA
29107885
Text
Hammerhead
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
10
min^-1
NA
NA
WT
Physiological pH and Mg^2+ conditions
29107885
Text
Hatchet
NA
NA
4
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
WT
Mg^2+
29107885
Text
Dz7-38-32t
NA
Substrate
NA
NA
1.37
µM
1.06
min^-1
7.7 × 10^5
M^-1 min^-1
NA
NA
30°C
7.5
NA
0.5 mM Mg^2+, 150 mM KCl
29675226
Text
Dz7-38-32t
NA
Substrate
NA
NA
3.3
µM
0.27
min^-1
8.2 × 10^4
M^-1 min^-1
NA
NA
37°C
7.5
NA
0.5 mM Mg^2+, 150 mM KCl
29675226
Text
Dz7-38-32
NA
NA
4.9
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7.45
NA
fast phase, 200 mM NaCl, 1 mM EDTA
29675226
Text
Dz7-38-32
NA
NA
0.06
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7.45
NA
slow phase, 200 mM NaCl, 1 mM EDTA
29675226
Text
Dz7-38-32t
NA
Substrate
0.51
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
30°C
7.45
NA
0.5 mM Mg^2+, 150 mM KCl
29675226
Table
Dz7-38-32t
NA
Substrate
0.36
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
30°C
7.45
NA
0.5 mM Cu^2+, 150 mM KCl
29675226
Table
Dz7-38-32t
NA
Substrate
0.41
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
30°C
7.45
NA
0.5 mM Zn^2+, 150 mM KCl
29675226
Table
Dz7-38-32t
NA
Substrate
0.46
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
30°C
7.45
NA
0.5 mM Ca^2+, 150 mM KCl
29675226
Table
Dz7-38-32t
NA
Substrate
0.48
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
30°C
7.45
NA
0.5 mM Mn^2+, 150 mM KCl
29675226
Table
Dz7-38-32t
NA
Substrate
0.26
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
30°C
7.45
NA
0.05 mM Pb^2+, 150 mM KCl
29675226
Table
Dz7-38-32t
NA
Substrate
0.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
30°C
7.45
NA
0.05 mM Hg^2+, 150 mM KCl
29675226
Table
Dz7-38-32t
NA
Substrate
0.43
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
30°C
7.45
NA
M^2+-free, 150 mM KCl
29675226
Table
CPEB3
Homo sapiens
NA
0.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
2 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 2511
NA
NA
0.0021
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 20
NA
NA
0.0013
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 15
NA
NA
0.0013
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 19
NA
NA
0.0017
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 1104
NA
NA
0.0013
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 1285
NA
NA
0.0012
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 1998
NA
NA
0.0019
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 940
NA
NA
0.0028
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 2859
NA
NA
0.0019
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 1714
NA
NA
0.002
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 790
NA
NA
0.002
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 671
NA
NA
0.0014
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 1767
NA
NA
0.0012
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 1571
NA
NA
0.001
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 1998 JM1
NA
NA
0.0081
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 1998 JM2
NA
NA
0.007
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 2511 JM1
NA
NA
0.0075
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 2511 JM2
NA
NA
0.0045
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 2511 M1
NA
NA
0.028
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 2511 M2
NA
NA
0.0017
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 2511 M3
NA
NA
0.0023
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 2859 M1
NA
NA
0.025
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
DHRz 1714 M1
NA
NA
0.038
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
50 mM Mg^2+
30462314
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
9.8
min^-1
25°C
8
WT
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.29
min^-1
25°C
8
ΔG25
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
11
min^-1
25°C
8
ΔU26
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
2.2
min^-1
25°C
8
U30C
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.3
min^-1
25°C
8
A32G
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
12.3
min^-1
25°C
8
G40 6S
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
1.23
min^-1
25°C
8
G40I
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.00022
min^-1
25°C
8
U+1 PS Rp
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5.6
min^-1
25°C
8
U+1 PS Sp
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.0039
min^-1
25°C
8
U+1 PS Rp + G40I
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.7
min^-1
25°C
8
U+1 PS Sp + G40I
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
120
min^-1
25°C
8
WT
1 mM MnCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
15
min^-1
25°C
8
G40I
1 mM MnCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.033
min^-1
25°C
8
U+1 PS Rp
1 mM MnCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.39
min^-1
25°C
8
U+1 PS Rp + G40I
1 mM MnCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.00054
min^-1
25°C
8
2'OMe-A32
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.15
min^-1
25°C
8
dA32
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.18
min^-1
25°C
8
dA32 + G42I
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.102
min^-1
25°C
8
A32 2'NH2
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
min^-1
25°C
8
G-1I
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.00077
min^-1
25°C
8
G33 N7C
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
9.4
min^-1
25°C
8
G33 PS
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5.5
min^-1
25°C
8
C35 PS
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.014
min^-1
25°C
8
G42AP
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.012
min^-1
25°C
8
G42AP + G-1I
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.0108
min^-1
25°C
8
G42AP + G40I
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8.5
min^-1
25°C
8
G42I
1 mM MgCl2, 2 M NaCl
31017785
Table
Pistol
Alistipes putredinis
CGAUCAGGUGCAAGG
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.025
min^-1
25°C
8
WT
1 mM hexammine CoCl3
31017785
Table
10-12opt
NA
UU
1.5 × 10^-2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
50 mM MgCl2, 1 M NaCl
31160698
Text
10-12opt
NA
UA
2.7 × 10^-3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
50 mM MgCl2, 1 M NaCl
31160698
Text
17E
NA
Fe^2+
1.12
min^-1
29.7
µM
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
WT
1 mM Fe^2+, 50 mM MOPS, 25 mM NaCl
31322805
Text
17E
NA
Mg^2+
0.053
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
WT
1 mM Mg^2+, 50 mM MOPS, 25 mM NaCl
31322805
Text
17E
NA
Mn^2+
1.19
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
WT
1 mM Mn^2+, 50 mM MOPS, 25 mM NaCl
31322805
Text
17E
NA
Co^2+
0.87
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.5
WT
1 mM Co^2+, 50 mM MOPS, 25 mM NaCl
31322805
Text
twister
NA
NA
≥ 200000
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
G-1
NA
31328021
Text
Pistol
NA
NA
4.12
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.5
WT
10 mM Mg^2+
31804735
Table
Pistol
NA
NA
4.38
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.5
A38c^7A
10 mM Mg^2+
31804735
Table
Pistol
NA
NA
2.85
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.5
A39c^7A
10 mM Mg^2+
31804735
Table
Pistol
NA
NA
0.51
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.5
A38c^7A, A39c^7A
10 mM Mg^2+
31804735
Table
Pistol
NA
NA
4.21
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.5
G40Ap
10 mM Mg^2+
31804735
Table
Pistol
NA
NA
0.018
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.5
G40I
2 mM Mg^2+
31804735
Table
Pistol
NA
NA
0.0043
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
G33c^7G
NA
31804735
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
0.005
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
31932223
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
0.0018
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
HJDS03
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
31932223
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
0.0111
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
HJDS05
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
31932223
Table
10-23 DNAzyme
NA
NA
0.003
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
HJDS06
50 mM Tris-HCl, 2 mM Mg^2+
31932223
Table
VS
Neurospora
oxo
0.32
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
WT
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
31959957
Table
VS
Neurospora
A621 S_P
<0.0001
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
WT
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
31959957
Table
VS
Neurospora
A621 R_P
<0.0001
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
WT
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
31959957
Table
VS
Neurospora
A622 S_P
0.0294
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
WT
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
31959957
Table
VS
Neurospora
A622 R_P
<0.0001
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
WT
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
31959957
Table
VS
Neurospora
oxo
0.283
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
WT
10 mM MgCl2, 20 µM Cd2+ ,25mM KCl, 2mM spermidine
31959957
Table
VS
Neurospora
A621 S_P
0.0053
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
WT
10 mM MgCl2, 20 µM Cd2+, 25mM KCl, 2mM spermidine
31959957
Table
VS
Neurospora
A621 R_P
<0.0001
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
WT
10 mM MgCl2, 20 µM Cd2+ ,25mM KCl, 2mM spermidine
31959957
Table
VS
Neurospora
A622 S_P
0.0328
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
WT
10 mM MgCl2, 20 µM Cd2+, 25mM KCl, 2mM spermidine
31959957
Table
VS
Neurospora
A622 R_P
0.019
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
WT
10 mM MgCl2, 20 µM Cd2+ , 25mM KCl, 2mM spermidine
31959957
Table
VS
Neurospora
oxo
0.0135
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
G638I
10 mM MgCl2 , 25mM KCl, 2mM spermidine
31959957
Table
VS
Neurospora
A621 S_P
<0.0001
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
G638I
10 mM MgCl2 ,25mM KCl, 2mM spermidine
31959957
Table
VS
Neurospora
A621 R_P
0.002
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
G638I
10 mM MgCl2 ,25mM KCl, 2mM spermidine
31959957
Table
VS
Neurospora
oxo
0.0141
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
G638I
10 mM MgCl2, 20 µM Cd2+ , 25mM KCl, 2mM spermidine
31959957
Table
VS
Neurospora
A621 S_P
0.0009
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8
G638I
10 mM MgCl2, 20 µM Cd2+ , 25mM KCl, 2mM spermidine
31959957
Table