Datasets:
jackkuo
/
LLM-Ribozyme-Kinetics-Golden-Benchmark

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
Ribozyme
stringlengths
2
37
Organism
stringclasses
56 values
Variable_reactant
stringlengths
2
100
⌀
Kobs
stringlengths
1
19
⌀
Unit_Kobs
stringclasses
11 values
km
stringclasses
287 values
Unit_Km
stringclasses
11 values
kcat
stringclasses
262 values
Unit_Kcat
stringclasses
9 values
km_kcat
stringlengths
1
16
⌀
Unit_Kcat/Km
stringclasses
30 values
Kcleav
stringclasses
52 values
Unit_Kcleav
stringclasses
3 values
Commentary[Temp]
stringclasses
29 values
Commentary[pH]
stringclasses
34 values
Commentary[Mutant]
stringlengths
2
89
⌀
Commentary[Others]
stringlengths
3
94
⌀
pubmed_id
stringclasses
164 values
Source
stringclasses
4 values
L-21 ScaI
Tetrahymena thermophila
cS_rUT
NA
NA
160
nM
null
null
7.8
× 10^7 M^-1 min^-1
NA
NA
50°C
5.5
WT
5 mM pG，50 mM NaMES (pH 7.0), 10 mM MgCl2
11551186
Table
L-21 ScaI
Tetrahymena thermophila
cS_TT
null
null
1340
nM
NA
NA
0.0017
× 10^7 M^-1 min^-1
NA
NA
50°C
7
WT
No G，50 mM NaMES (pH 7.0), 10 mM MgCl2
11551186
Table
L-21 ScaI
Tetrahymena thermophila
cS_T_mp_T
null
null
152
nM
NA
NA
1.2
× 10^7 M^-1 min^-1
NA
NA
50°C
7
WT
No G，50 mM NaMES (pH 7.0), 10 mM MgCl2
11551186
Table
L-21 ScaI
Tetrahymena thermophila
dS_TOCH3 DNA substrates
NA
NA
183
nM
null
null
2.43
× 10^6 M^-1 min^-1
NA
NA
30°C
7
WT
2.2 mM G ,50 mM NaMES (pH 7.0) and 10 mM MgCl2
11551186
Table
L-21 ScaI
Tetrahymena thermophila
dS_TCH2CH3 DNA substrates
NA
NA
126
nM
null
null
204
× 10^6 M^-1 min^-1
NA
NA
30°C
7
WT
2.2 mM G ,50 mM NaMES (pH 7.0) and 10 mM MgCl2
11551186
Table
L-21 ScaI
Tetrahymena thermophila
cS_TOCH3 chimeric substrates
NA
NA
226
nM
null
null
110
× 10^6 M^-1 min^-1
NA
NA
50°C
7
WT
5 mM pG，50 mM NaMES (pH 7.0) and 10 mM MgCl2
11551186
Table
L-21 ScaI
Tetrahymena thermophila
cS_TCH2CH3 chimeric substrates
NA
NA
163
nM
null
null
9000
× 10^6 M^-1 min^-1
NA
NA
50°C
7
WT
5 mM pG，50 mM NaMES (pH 7.0) and 10 mM MgCl2
11551186
Table
VS
Neurospora
Ribozyme
1
min^-1
1
µM
2
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
8
WT
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
∆A652
0.013
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
∆A652
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
+650G:+772C
1.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
+650G:+772C
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
+653G:+770C
0.0056
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
+653G:+770C
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A652G
0.01
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A652G
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A652C
0.17
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A652C
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A652U
0.24
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A652U
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A652 Inv
<0.001
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A652 Inv
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
G722C:C763G
0.84
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G722C:C763G
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
C723G:G762C
0.84
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
C723G:G762C
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
U724A:A761U
0.21
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U724A:A761U
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
G727C:C760G
0.35
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G727C:C760G
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
U728A:A759U
1.3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U728A:A759U
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
G729C:C758G
0.43
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G729C:C758G
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
C731G:G754C
0.042
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
C731G:G754C
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
G732U:U753G:G733U:U752G
0.47
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G732U:U753G:G733U:U752G
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
U752C
0.8
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U752C
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
U753C
0.42
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U753C
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
U752C:U753C
0.52
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U752C:U753C
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
VIc: ∆2 bp
0.97
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
VIc: ∆2 bp
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
VIc: ∆4 bp
1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
VIc: ∆4 bp
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
VIc: ∆6 bp
0.7
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
VIc: ∆6 bp
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
VIc: ∆8 bp
0.46
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
VIc: ∆8 bp
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A725G
0.055
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A725G
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A725C
1.6
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A725C
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A725U
1.5
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A725U
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A726G
1.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A726G
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A726C
1.7
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A726C
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A726U
1.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A726U
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
∆A725
0.17
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
∆A725
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
∆A725:∆A726
0.0071
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
∆A725:∆A726
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
∆A725:∆A726G
0.25
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
∆A725:∆A726G
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
∆A725:∆A726C
1.6
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
∆A725:∆A726C
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
∆A725:∆A726U
0.37
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
∆A725:∆A726U
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
∆A725:∆A726 Inv
0.0028
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
∆A725:∆A726 Inv
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
∆A725:∆A726 Inv
0.043
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
∆A725:∆A726 Inv
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A730G
0.011
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A730G
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A730C
0.055
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A730C
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A730U
0.036
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A730U
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
C755A
0.84
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
C755A
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
C755G
0.02
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
C755G
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
C755U
0.17
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
C755U
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A756G
0.0027
min^-1
3.5
µM
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A756G
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A756C
0.0019
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A756C
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A756U
0.0013
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A756U
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
G757A
0.044
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G757A
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
G757C
0.015
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G757C
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
G757U
0.018
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G757U
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
Nature sequence
0.28
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G757U
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A756-2'H
0.032
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A756-2'H
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
VS
Neurospora
A756 abasic
<0.001
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
A756 abasic
10 mM MgCl2, 25 mM KCl, 2 mM spermidine
11575922
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
long pre-tRNA^Asp (3'-CCA)
NA
NA
190
nM
0.04
s^-1
2.1 × 10^5
M^-1 s^-1
NA
NA
55°C
8
WT
100 mM MgCl2, 800 mM NH4OAc
11602252
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
short pre-tRNA^Asp (no CCA)
NA
NA
1200
nM
0.79
s^-1
6 × 10^5
M^-1 s^-1
NA
NA
55°C
8
WT
100 mM MgCl2, 800 mM NH4OAc
11602252
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
long pre-tRNA^Asp (3'-CCA)
NA
NA
400
nM
0.009
s^-1
1.9 × 10^4
M^-1 s^-1
NA
NA
55°C
8
∆5.1
100 mM MgCl2, 800 mM NH4OAc
11602252
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
short pre-tRNA^Asp (no CCA)
NA
NA
6000
nM
0.03
s^-1
5 × 10^3
M^-1 s^-1
NA
NA
55°C
8
∆5.1
100 mM MgCl2, 800 mM NH4OAc
11602252
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
long pre-tRNA^Asp (3'-CCA)
NA
NA
200
nM
0.01
s^-1
4.1 × 10^4
M^-1 s^-1
NA
NA
55°C
8
∆5.1 + PL5.1
100 mM MgCl2, 800 mM NH4OAc
11602252
Table
RNase P RNA
Bacillus subtilis
short pre-tRNA^Asp (no CCA)
NA
NA
1900
nM
0.028
s^-1
1.5 × 10^4
M^-1 s^-1
NA
NA
55°C
8
∆5.1 + PL5.1
100 mM MgCl2, 800 mM NH4OAc
11602252
Table
Bipartite I 12-17
NA
(50-32P)-labeled substrate 13-RNA
1.72
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.4
NA
10 mM MgCl2, 150 mM NaCl
11800557
Table
Bipartite I 12-29
NA
(50-32P)-labeled substrate 13-RNA
1.37
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.4
NA
10 mM MgCl2, 150 mM NaCl
11800557
Table
Bipartite I 12-06
NA
(50-32P)-labeled substrate 13-RNA
0.9
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.4
NA
10 mM MgCl2, 150 mM NaCl
11800557
Table
Bipartite I 12-36
NA
(50-32P)-labeled substrate 13-RNA
0.44
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.4
NA
10 mM MgCl2, 150 mM NaCl
11800557
Table
Bipartite I 12-08
NA
(50-32P)-labeled substrate 13-RNA
0.56
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.4
NA
10 mM MgCl2, 150 mM NaCl
11800557
Table
Bipartite I 12-17
NA
(50-32P)-labeled substrate 13-RNA
1.62
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7.4
NA
2 mM MnCl2
11800557
Text
Bipartite II
NA
substrate 7
0.27
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.4
NA
30 mM MgCl2, substrate 7, enzyme construct 1
11800557
Text
Bipartite II
NA
substrate 9
0.66
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.4
NA
30 mM MgCl2, substrate 9, enzyme construct 1
11800557
Text
Bipartite II
NA
substrate S9
0.6
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.4
NA
30 mM MgCl2,
11800557
Text
Bipartite II
NA
RNA substrate derived from the HIV env gene
NA
NA
232
nM
1.37
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
30 mM MgCl2, HIV-1-derived RNA substrate
11800557
Text
Bipartite II
NA
substrate 9
0.68
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
5.8
NA
30 mM MgCl2
11800557
Text
Bipartite II
NA
substrate 9
0.237
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
9
NA
45 mM Na.EPPS
11800557
Text
HpRz
Hepatitis B virus
Substrate
NA
NA
26.31
nmol·L^-1
0.18
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
NA
WT
12 mmol·L^-1 MgCl2
11833079
Text
Zinzyme
NA
NA
NA
NA
70
nM
0.07
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
Optimized motif 8.3
1 mM MgCl2, 1 mM CaCl2, 10 mM NaCl, 14 mM KCl
11911367
Text
A1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.05
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
1 mM MgCl2, 1 mM CaCl2, 10 mM NaCl, 14 mM KCl
11911367
Table
A5
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.03
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
1 mM MgCl2, 1 mM CaCl2, 10 mM NaCl, 14 mM KCl
11911367
Table
A11
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.015
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
1 mM MgCl2, 1 mM CaCl2, 10 mM NaCl, 14 mM KCl
11911367
Table
A12
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.03
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
1 mM MgCl2, 1 mM CaCl2, 10 mM NaCl, 14 mM KCl
11911367
Table
B6
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
1 mM MgCl2, 1 mM CaCl2, 10 mM NaCl, 14 mM KCl
11911367
Table
B3
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.11
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
1 mM MgCl2, 1 mM CaCl2, 10 mM NaCl, 14 mM KCl
11911367
Table
B7
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.04
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
1 mM MgCl2, 1 mM CaCl2, 10 mM NaCl, 14 mM KCl
11911367
Table
B23
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.05
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
1 mM MgCl2, 1 mM CaCl2, 10 mM NaCl, 14 mM KCl
11911367
Table
C8
NA
NA
NA
NA
NA
NA
<0.0001
min^-1
NA
NA
NA
NA
25°C
7.4
NA
1 mM MgCl2, 1 mM CaCl2, 10 mM NaCl, 14 mM KCl
11911367
Table
C5
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.01
min^-1
NA
NA
NA
NA
25°C
7.4
NA
1 mM MgCl2, 1 mM CaCl2, 10 mM NaCl, 14 mM KCl
11911367
Table
A5-7/14
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.03
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
55-mer
11911367
Table
A5-5/10
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.04
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
40-mer
11911367
Table
A1-7/7
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.03
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
37-mer
11911367
Table
A12-6/7
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
48-mer
11911367
Table
A11-6/7
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.04
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
47-mer
11911367
Table
A5 7/7
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
49-mer
11911367
Table
A5 7/7
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.02
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
36-mer
11911367
Table
A5 7/7
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
GCc gaaa gGC
36-mer
11911367
Table
A2-6/7
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.0009
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
48-mer
11911367
Table
B2-7/7
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.003
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
48-mer
11911367
Table
B2-7/7
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.0006
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
40-mer
11911367
Table
B2-5/10
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.0005
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
40-mer
11911367
Table