Ribozyme
stringlengths
2
37
Organism
stringclasses
56 values
Variable_reactant
stringlengths
2
100
Kobs
stringlengths
1
19
Unit_Kobs
stringclasses
11 values
km
stringclasses
287 values
Unit_Km
stringclasses
11 values
kcat
stringclasses
262 values
Unit_Kcat
stringclasses
9 values
km_kcat
stringlengths
1
16
Unit_Kcat/Km
stringclasses
30 values
Kcleav
stringclasses
52 values
Unit_Kcleav
stringclasses
3 values
Commentary[Temp]
stringclasses
29 values
Commentary[pH]
stringclasses
34 values
Commentary[Mutant]
stringlengths
2
89
Commentary[Others]
stringlengths
3
94
pubmed_id
stringclasses
164 values
Source
stringclasses
4 values
B6-7/7
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.0002
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
38-mer
11911367
Table
B23-7/7
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.0002
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
NA
40-mer
11911367
Table
GCcgaaagGCGaGuCaaGGuCu
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.07
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
8.1 GCcgaaagGCGaGuCaaGGuCu
40-mer
11911367
Table
GCcgaaagGCGaGucaaGGuCu
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.03
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
8.2 GCcgaaagGCGaGucaaGGuCu
40-mer
11911367
Table
GCcgaaagGCGaGucaaGGuCu
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.024
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
8.3 GCcgaaagGCGaGucaaGGuCu
40-mer
11911367
Table
RNase P
Escherichia coli
mature tRNA
NA
NA
63
nM
0.037
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.8
WT
60 mM MgCl2, 100 mM NH4Cl, 5% polyethylene glycol 6000, 50 mM Tris-HCl
12400701
Text
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.078
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
WT
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.013
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
C18dC
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.0033
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
C19dC
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.0057
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
U20dU
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.033
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
C21dC
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.028
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
U23dU
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.029
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
G25dG
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.0093
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
G28G*
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.0087
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
G29G*
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.021
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
G38dG
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.011
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
G38G*
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.026
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
G39dG
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.021
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
G39I
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.011
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
G40dG
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.01
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
C41dC
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.01
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
A42dA
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.0053
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
A42A*
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.019
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
A43dA
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.0043
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
G74dG
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.0028
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
C75dC
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.012
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
G76dG
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.011
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
A77dA
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.017
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
A77A*
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.0034
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
A78dA
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.015
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
A78A*
10 mM Mg2+
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
11
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7.4
CdS4
0.1 mM EDTA
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.16
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
G74dG
40 mM Tris/HCl
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.43
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
C75dC
40 mM Tris/HCl
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.54
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
G76dG
40 mM Tris/HCl
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.95
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
A77dA
40 mM Tris/HCl
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
null
0.27
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
A78dA
40 mM Tris/HCl
12444967
Table
HDV
Hepatitis delta virus
Imidazole
0.0021
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.1
C75(N4Et)dC
200 mM Imidazole
12444967
Text
DiGIR1
Didymium iridis
NA
0.053
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
45°C
NA
WT
1 M K^+, 25 mM Mg^2+
12458083
Text
DiGIR1
Didymium iridis
NA
0.006
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
45°C
NA
U232C
1 M K^+, 25 mM Mg^2+
12458083
Text
DiGIR1
Didymium iridis
NA
0.016
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
45°C
NA
G109A
1 M K^+, 25 mM Mg^2+
12458083
Text
DiGIR1
Didymium iridis
NA
~0.000
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
45°C
NA
ΔCAU
1 M K^+, 25 mM Mg^2+
12458083
Figure
DiGIR1
Didymium iridis
NA
0.013
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
45°C
NA
U203C/U207C
1 M K^+, 25 mM Mg^2+
12458083
Figure
DiGIR1
Didymium iridis
NA
0.009
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
45°C
NA
G109A/U203C/U207C
1 M K^+, 25 mM Mg^2+
12458083
Figure
Group I intron
Tetrahymena thermophila
NA
1.5 × 10^-1
/min
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5bc
5 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
NA
9.7 × 10^-2
/min
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5bc
15 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
NA
2.0 × 10^-3
/min
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5a2bc
5 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
NA
5.4 × 10^-2
/min
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5a2bc
15 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
NA
5.1 × 10^-3
/min
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5bc(A184U)
5 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
NA
8.7 × 10^-2
/min
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5bc(A184U)
15 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
NA
1.2 × 10^-2
/min
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5/J5
15 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
NA
2.8 × 10^-2
/min
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5bc/L9
15 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
NA
4.2 × 10^-4
/min
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5a2bc/L9
15 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
NA
1.2 × 10^-3
/min
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5/J5/L9
15 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
GTP
NA
NA
39
μM
2.0 × 10^-1
/min
5.1 × 10^3
/M/min
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5bc
5 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
GTP
NA
NA
93
μM
5.5 × 10^-3
/min
5.9 × 10^1
/M/min
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5a2bc
5 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
GTP
NA
NA
780
μM
3.3 × 10^-1
/min
4.2 × 10^2
/M/min
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5a2bc-BT
5 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
GTP
NA
NA
0.75
μM
1.0 × 10^-1
/min
1.3 × 10^5
/M/min
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5bc
25 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
GTP
NA
NA
3.3
μM
7.4 × 10^-2
/min
2.2 × 10^4
/M/min
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5a2bc
25 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
GTP
NA
NA
2.2
μM
1.9 × 10^-1
/min
8.6 × 10^4
/M/min
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5a2bc-BT
25 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
NA
7.1 × 10^-2
/min
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5bc-BT
5 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
NA
6.3 × 10^-2
/min
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5a2bc-BT
5 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
NA
2.7 × 10^-1
/min
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5bc-BT
15 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
NA
3.2 × 10^-1
/min
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5a2bc-BT
15 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
NA
4.7 × 10^-2
/min
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5bcBT/L9
15 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
NA
4.4 × 10^-2
/min
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5a2bcBT/L9
15 mM Mg^2+
12485161
Table
Group I intron
Tetrahymena thermophila
NA
8.5 × 10^-2
/min
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
ΔP5a2bc
25 mM Mg^2+
12485161
Text
9F21
NA
branched RNA
0.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
20 mM Mn^2+
12783536
Text
9F13
NA
branched RNA
2.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
20 mM Mn^2+
12783536
Text
DNA splint
NA
Mg2+-dependent self-splicing group Il introns
1 × 10^-4
h^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
80 mM Mg^2+
12783536
Text
DNA splint
NA
Mg2+-dependent spliceosome in vitro
1
h^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
80 mM Mg^2+
12783536
Text
8-17
NA
NA
0.5
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5
WT
200 µM Pb^2+
12795611
Text
8-17
NA
NA
2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5
Mg5
200 µM Pb^2+
12795611
Text
8-17
NA
NA
1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
5
17E
200 µM Pb^2+
12795611
Text
8-17
NA
NA
5.75
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
17E
100 µM Pb^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
1.35
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
17E
10 mM Zn^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.24
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
17E
10 mM Mn^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.25
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
17E
10 mM Co^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.008
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
17E
10 mM Ni^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.017
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
17E
10 mM Mg^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.015
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
17E
10 mM Ca^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.0005
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
17E
10 mM Sr^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.0003
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
17E
10 mM Ba^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
NA
NA
13.5
µM
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
17E
Pb^2+
12795611
Text
8-17
NA
NA
NA
NA
0.9970
mM
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
6
17E
Zn^2+
12795611
Text
8-17
NA
NA
NA
NA
10.5
mM
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
7
17E
Mg^2+
12795611
Text
8-17
NA
NA
0.99
min^-1
0.52
µM
0.5
min^-1
NA
NA
NA
NA
28°C
5
17E
200 µM Pb^2+, 100 mM NaNO3
12795611
Text
8-17
NA
NA
0.99
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
17E
5 mM Zn^2+
12795611
Text
8-17
NA
NA
0.47
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
8-17
200 µM Pb^2+, 100 mM NaNO3
12795611
Text
8-17
NA
NA
0.12
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
8-17
5 mM Zn^2+
12795611
Text
8-17
NA
NA
2.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
Mg5
200 µM Pb^2+, 100 mM NaNO3
12795611
Text
8-17
NA
NA
0.74
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
Mg5
5 mM Zn^2+
12795611
Text
8-17
NA
NA
0.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
(E) C^2.2 → T
200 µM Pb^2+, 100 mM NaNO3
12795611
Text
8-17
NA
NA
0.091
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
(E) C^2.2 → T
5 mM Zn^2+
12795611
Text
8-17
NA
NA
0.4
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
(E) A^16.1 → G
200 µM Pb^2+, 100 mM NaNO3
12795611
Text
8-17
NA
NA
0.3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
(E) A^16.1 → G
5 mM Zn^2+
12795611
Text
8-17
NA
NA
0.47
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
(E) -A^15.0; T^12 → A
200 µM Pb^2+, 100 mM NaNO3
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.12
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
(E) -A^15.0; T^12 → A
5 mM Zn^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
2.06
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
(E) T^12 → A; C^3 → G; C^4 → T; G^5 → C; C^9 → G; G^10 → A; G^11 → C
200 µM Pb^2+, 100 mM NaNO3
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.74
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
(E) T^12 → A; C^3 → G; C^4 → T; G^5 → C; C^9 → G; G^10 → A; G^11 → C
5 mM Zn^2+
12795611
Table