Datasets:
jackkuo
/
LLM-Ribozyme-Kinetics-Golden-Benchmark

Dataset card Data Studio Files
xet
Community
1
Ribozyme
stringlengths
2
37
Organism
stringclasses
56 values
Variable_reactant
stringlengths
2
100
⌀
Kobs
stringlengths
1
19
⌀
Unit_Kobs
stringclasses
11 values
km
stringclasses
287 values
Unit_Km
stringclasses
11 values
kcat
stringclasses
262 values
Unit_Kcat
stringclasses
9 values
km_kcat
stringlengths
1
16
⌀
Unit_Kcat/Km
stringclasses
30 values
Kcleav
stringclasses
52 values
Unit_Kcleav
stringclasses
3 values
Commentary[Temp]
stringclasses
29 values
Commentary[pH]
stringclasses
34 values
Commentary[Mutant]
stringlengths
2
89
⌀
Commentary[Others]
stringlengths
3
94
⌀
pubmed_id
stringclasses
164 values
Source
stringclasses
4 values
8-17
NA
NA
0.38
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
(E) -A^15.0
200 µM Pb^2+, 100 mM NaNO3
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.36
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
(E) -A^15.0
5 mM Zn^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.0048
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
(E) -T^12
200 µM Pb^2+, 100 mM NaNO3
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.0026
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
(E) -T^12
5 mM Zn^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.0037
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
(E) +G^4.0; +C^9.0
200 µM Pb^2+, 100 mM NaNO3
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.0069
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
(E) +G^4.0; +C^9.0
5 mM Zn^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.43
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
(E) C^4 → A; G^10 → T
200 µM Pb^2+, 100 mM NaNO3
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.18
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
(E) C^4 → A; G^10 → T
5 mM Zn^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.021
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
(E) +A^6.0
200 µM Pb^2+, 100 mM NaNO3
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.029
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
(E) +A^6.0
5 mM Zn^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.003
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
(E) A^6 → C; C^8 → A
200 µM Pb^2+, 100 mM NaNO3
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.0038
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
(E) A^6 → C; C^8 → A
5 mM Zn^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.92
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
(E) -T^16.9
200 µM Pb^2+, 100 mM NaNO3
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.91
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
(E) -T^16.9
5 mM Zn^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.91
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
(E) -T^16.9, G^16.8
200 µM Pb^2+, 100 mM NaNO3
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.91
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
(E) -T^16.9, G^16.8
5 mM Zn^2+
12795611
Table
8-17
NA
rA^18
0.47
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
17E
200 µM Pb^2+
12795611
Table
8-17
NA
rG^18
0.34
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
17E
200 µM Pb^2+
12795611
Table
8-17
NA
rC^18
0.024
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
17E
200 µM Pb^2+
12795611
Table
8-17
NA
rU^18
0.015
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
5
17E
200 µM Pb^2+
12795611
Table
8-17
NA
rA^18
0.49
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
17E
500 µM Zn^2+
12795611
Table
8-17
NA
rG^18
0.57
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
17E
500 µM Zn^2+
12795611
Table
8-17
NA
rC^18
0.066
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
17E
500 µM Zn^2+
12795611
Table
8-17
NA
rU^18
0.029
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
6
17E
500 µM Zn^2+
12795611
Table
8-17
NA
NA
0.114
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
7.4
17E
200 µM Pb^2+, 17EP2 present
12795611
Text
8-17
NA
NA
0.06
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
28°C
7.4
17E
200 µM Pb^2+, 17EP2 absent
12795611
Text
A2B Rz2
Mus musculus
Mouse A2B target
NA
NA
4.3 ± 0.7
µmol/L
36.1 ± 8.3
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
NA
WT
20 mmol/L MgCl2
12919950
Table
A2B Rz2
Mus musculus
Mouse A2B target
NA
NA
14.4 ± 1.1
µmol/L
1.1 ± 0.06
min^-1
NA
NA
NA
NA
25°C
NA
WT
1 mmol/L MgCl2
12919950
Table
A2B Rz1
Mus musculus
Mouse A2B target
NA
NA
8.3 ± 0.2
µmol/L
1.8 ± 0.06
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
NA
WT
20 mmol/L MgCl2
12919950
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-2
NA
NA
2.07
µM
0.22
min^-1
0.11
min^-1 µM^-1
NA
NA
37°C
7.5
WT
10 mM MgCl2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-3
NA
NA
2.31
µM
0.25
min^-1
0.11
min^-1 µM^-1
NA
NA
37°C
7.5
WT
10 mM MgCl2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-4
NA
NA
2.25
µM
0.34
min^-1
0.15
min^-1 µM^-1
NA
NA
37°C
7.5
WT
10 mM MgCl2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-2
NA
NA
NA
NA
NA
NA
1.8 × 10^-5
min^-1 µM^-1
NA
NA
37°C
7.5
M1 mutant
10 mM MgCl2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-3
NA
NA
NA
NA
NA
NA
8.3 × 10^-6
min^-1 µM^-1
NA
NA
37°C
7.5
M1 mutant
10 mM MgCl2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-4
NA
NA
NA
NA
NA
NA
1.4 × 10^-4
min^-1 µM^-1
NA
NA
37°C
7.5
M1 mutant
10 mM MgCl2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-2
0.43
min^-1
0.22
µM
0.43
min^-1
2.33
min^-1 µM^-1
NA
NA
37°C
7.5
Clone 107
10 mM MgCl2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-3
0.5
min^-1
0.23
µM
0.5
min^-1
2.15
min^-1 µM^-1
NA
NA
37°C
7.5
Clone 107
10 mM MgCl2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-4
0.23
min^-1
0.24
µM
0.23
min^-1
0.99
min^-1 µM^-1
NA
NA
37°C
7.5
Clone 107
10 mM MgCl2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-2
0.66
min^-1
0.14
µM
0.66
min^-1
4.61
min^-1 µM^-1
NA
NA
37°C
7.5
Clone 204
10 mM MgCl2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-3
0.57
min^-1
0.13
µM
0.57
min^-1
4.58
min^-1 µM^-1
NA
NA
37°C
7.5
Clone 204
10 mM MgCl2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-4
1.17
min^-1
0.23
µM
1.17
min^-1
5.11
min^-1 µM^-1
NA
NA
37°C
7.5
Clone 204
10 mM MgCl2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-2
0.042
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
10 mM MgCl2, 0.5 µM S-2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-2
0.079
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
U34C/U35C/A36G/U40C
10 mM MgCl2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-2
0.129
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
U35C/A36G/U40C
10 mM MgCl2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-2
0.308
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
Clone 107
10 mM MgCl2, 0.5 µM S-2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-2
0.298
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
Clone 107 with U34C/U35C/A36G/U40C
10 mM MgCl2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-2
0.663
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
Clone 204
10 mM MgCl2, 0.5 µM S-2
14573613
Table
Group I intron
Bacteriophage T4
S-2
0.512
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
Clone 204 with U35C/A36G/U40C
10 mM MgCl2
14573613
Table
9F7
NA
RNA substrate
0.3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
20 mM Mn^2+
14690435
Text
9F7
NA
RNA substrate
0.4
h^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
100 mM Mg^2+
14690435
Text
9F7
NA
NA
~4 × 10^-6
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
WT
10 mM Co^2+
14690435
Text
9F7
NA
left-hand RNA substrate
0.27
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
150 mM NaCl,2 mM KCl, and 20 mM MnCl2
14690435
Text
9F21
NA
left-hand RNA substrate
0.13
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
150 mM NaCl,2 mM KCl, and 20 mM MnCl2
14690435
Text
9F7
NA
left-hand RNA substrate with 2 tail lengths(ua)
0.24
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
150 mM NaCl, 2 mM KCl, and 20 mM MnCl2
14690435
Text
9F7
NA
left-hand RNA substrate with 8 tail lengths(uacagcag)
0.16
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
150 mM NaCl, 2 mM KCl, and 20 mM MnCl2
14690435
Text
9F7
NA
left-hand RNA substrate with 2 tail lengths(uacagcagagcagaaccaga)
0.12
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
150 mM NaCl, 2 mM KCl, and 20 mM MnCl2
14690435
Text
9F7
NA
Tail-less substrate
0.13
h^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
20 mM Mn^2+
14690435
Text
9F21
NA
Tail-less substrate
0.075
h^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
20 mM Mn^2+
14690435
Text
9F7
NA
DNA binding arm
0.26
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
G nucleotide absent
20 mM Mn^2+
14690435
Text
9F7
NA
DNA binding arm
0.13
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
G nucleotide present
20 mM Mn^2+
14690435
Text
9F21
NA
DNA binding arm
0.34
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
G nucleotide absent
20 mM Mn^2+
14690435
Text
9F21
NA
DNA binding arm
0.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
G nucleotide present
20 mM Mn^2+
14690435
Text
L115
NA
AppDNA
1 × 10^-4
min^-1
100
nM
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7
NA
200 mM KCl, 15 mM MgCl2, 5 mM CaCl2, 1 mM MnCl2
15025472
Text
CHR 859
Homo sapiens
CTGF mRNA
NA
NA
1.56
µM
2.97
min^-1
1.9 × 10^6
M^-1 min^-1
NA
NA
37°C
7.5
WT
40 mM Tris/HCl, 20 mM MgCl2
15109919
Text
CHR 745
Homo sapiens
CTGF mRNA
NA
NA
7.8
µM
5.7
min^-1
7.4 × 10^5
M^-1 min^-1
NA
NA
37°C
7.5
WT
40 mM Tris/HCl, 20 mM MgCl2
15109919
Text
C-Dz7
NA
S7
NA
NA
110.1
nM
0.86
min^-1
7.82 × 10^6
M^-1·min^-1
NA
NA
37°C
7.6
NA
10 mM MgCl2, 0.01% SDS
15115797
Table
C-Dz482
NA
S482
NA
NA
78.6
nM
1.07
min^-1
1.36 × 10^7
M^-1·min^-1
NA
NA
37°C
7.6
NA
10 mM MgCl2, 0.01% SDS
15115797
Table
L-Dz7
NA
S7
NA
NA
42.3
nM
1.24
min^-1
2.93 × 10^7
M^-1·min^-1
NA
NA
37°C
7.6
NA
10 mM MgCl2, 0.01% SDS
15115797
Table
L-Dz482
NA
S482
NA
NA
31.7
nM
1.21
min^-1
3.82 × 10^7
M^-1·min^-1
NA
NA
37°C
7.6
NA
10 mM MgCl2, 0.01% SDS
15115797
Table
C-Dz482
NA
S482
NA
NA
19.5
nM
2.27
min^-1
1.16 × 10^8
M^-1·min^-1
NA
NA
37°C
7.6
Denatured
10 mM MgCl2, 0.01% SDS
15115797
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-7)
6.3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-7)
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-6)
8.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-6)
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-5)
9.6
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-5)
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-4)
12
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-4)
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3)
12.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3)
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3')
10.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3')
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-7)
41.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-7), burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-7)
0.08
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-7), slow phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3)
25.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3), burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3)
0.28
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3), slow phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-6)
32.8
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-6), burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-6)
0.06
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-6), slow phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-5)
29.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-5), burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-5)
0.06
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-5), slow phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-4)
24.6
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-4), burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-4)
0.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-4), slow phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3')
22.4
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3‘), burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3')
0.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3’), slow phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-7)
51.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-7), burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-7)
0.13
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-7), slow phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3)
19.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3), burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3)
0.65
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3), slow phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-6)
45.9
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-6), burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-6)
0.14
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-6), slow phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-5)
40.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-5), burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-5)
0.28
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-5), slow phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-4)
22.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-4), burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-4)
0.36
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-4), slow phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3')
37.5
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3‘), burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3')
0.35
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3’), slow phase
15288780
Table