Ribozyme
stringlengths
2
37
Organism
stringclasses
56 values
Variable_reactant
stringlengths
2
100
Kobs
stringlengths
1
19
Unit_Kobs
stringclasses
11 values
km
stringclasses
287 values
Unit_Km
stringclasses
11 values
kcat
stringclasses
262 values
Unit_Kcat
stringclasses
9 values
km_kcat
stringlengths
1
16
Unit_Kcat/Km
stringclasses
30 values
Kcleav
stringclasses
52 values
Unit_Kcleav
stringclasses
3 values
Commentary[Temp]
stringclasses
29 values
Commentary[pH]
stringclasses
34 values
Commentary[Mutant]
stringlengths
2
89
Commentary[Others]
stringlengths
3
94
pubmed_id
stringclasses
164 values
Source
stringclasses
4 values
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-7)
16.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-7), 2 M urea
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3)
14.4
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3), 2 M urea
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-7)
21.3
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-7), 2 M urea, burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-7)
0.67
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-7), 2 M urea, slow phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3)
8.1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3), 2 M urea, burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3)
2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3), 2 M urea, slow phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-7)
19.8
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-7), 2 M urea, burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-7)
1.44
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-7), 2 M urea, slow phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3)
12.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3), 2 M urea, burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3)
3.5
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3), 2 M urea, slow phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-7)
16.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-7), 0.2 M Na+
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3)
19.8
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3), 0.2 M Na+
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-7)
57.6
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-7), 0.2 M Na+ , burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3)
25.5
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3), 0.2 M Na+ , burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-7)
60
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-7), 0.2 M Na+ , burst phase
15288780
Table
HDV
Hepatitis delta virus
AS(-30/-3)
19.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
8
G11C/U27∆
10 mM MgCl2, 10 µM AS(-30/-3), 0.2 M Na+, burst phase
15288780
Table
Dz1
Escherichia coli
S1
NA
NA
61.4
nM
3.9
min^-1
6.4 × 10^7
M^-1·min^-1
NA
NA
37°C
7.6
WT
10 mM MgCl2, 0.01% SDS
15294072
Table
Dz2
Escherichia coli
S2
NA
NA
39.5
nM
3.6
min^-1
9.1 × 10^7
M^-1·min^-1
NA
NA
37°C
7.6
WT
10 mM MgCl2, 0.01% SDS
15294072
Table
Dz1-2
Escherichia coli
S1
NA
NA
97.5
nM
3
min^-1
3.1 × 10^7
M^-1·min^-1
NA
NA
37°C
7.6
WT
10 mM MgCl2, 0.01% SDS
15294072
Table
Dz1-2
Escherichia coli
S2
NA
NA
55.1
nM
2.6
min^-1
4.7 × 10^7
M^-1·min^-1
NA
NA
37°C
7.6
WT
10 mM MgCl2, 0.01% SDS
15294072
Table
8AY13
NA
RNA substrate L and R
0.0077
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
9
NA
40 mM Mg^2+, 150 mM NaCl, 2 mM KCl, 50 mM CHES
15600344
Figure
8AY13
NA
RNA substrate L and R
0.06
h^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
40 mM Mg^2+, 150 mM NaCl, 2 mM KCl, 50 mM HEPES
15600344
Text
8AY13
NA
RNA substrate L and R
0.027
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
9
NA
160 mM Mg^2+, 150 mM NaCl, 2 mM KCl, 50 mM CHES
15600344
Figure
8AY13
NA
NA
0.008
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
9
NA
40 mM Mg^2+
15600344
Text
7AV deoxyribozyme
NA
NA
0.01
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
9
NA
40 mM Mg^2+
15600344
Text
7AV deoxyribozyme
NA
NA
0.01
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
NA
40 mM Mn^2+
15600344
Text
9₂₅-11t
NA
S1
NA
NA
69
nM
0.037
min^-1
5.3 × 10^5
M^-1 min^-1
NA
NA
24°C
7.5
NA
200 mM NaCl, 1 mM EDTA
15625232
Multisource
9₂₅-11t
NA
S1
NA
NA
109
nM
0.029
min^-1
NA
NA
NA
NA
24°C
7.5
NA
1 mM Mg^2+
15625232
Text
9₂₅-11t
NA
S1
NA
NA
NA
NA
0.037
min^-1
NA
NA
NA
NA
24°C
7.5
NA
2 mM Mg^2+
15625232
Text
9₂₅-11t
NA
S1-OMe
NA
NA
82
nM
NA
NA
NA
NA
NA
NA
24°C
7.5
NA
200 mM NaCl, 1 mM EDTA
15625232
Text
9₂₅-11t
NA
S1-DNA
NA
NA
43
nM
NA
NA
NA
NA
NA
NA
24°C
7.5
NA
200 mM NaCl, 1 mM EDTA
15625232
Text
9₂₅-11t
NA
5'-GCGTGCCrAGTCTGTT-3'
NA
NA
NA
NA
0.0101
min^-1
NA
NA
NA
NA
24°C
7.5
NA
200 mM NaCl, 1 mM EDTA
15625232
Table
9₂₅-11t
NA
5'-GCGTGCCrUGTCTGTT-3'
NA
NA
NA
NA
0.00139
min^-1
NA
NA
NA
NA
24°C
7.5
NA
200 mM NaCl, 1 mM EDTA
15625232
Table
9₂₅-11t
NA
5'-GCGTGCCrGGTCTGTT-3'
NA
NA
NA
NA
0.000659
min^-1
NA
NA
NA
NA
24°C
7.5
NA
200 mM NaCl, 1 mM EDTA
15625232
Table
9₂₅-11t
NA
5'-GCGTGCCrCATCTGTT-3'
NA
NA
NA
NA
0.00013
min^-1
NA
NA
NA
NA
24°C
7.5
NA
200 mM NaCl, 1 mM EDTA
15625232
Table
9₂₅-11t
NA
5'-GCGTGCCrCACCTGTT-3'
NA
NA
NA
NA
0.00015
min^-1
NA
NA
NA
NA
24°C
7.5
NA
200 mM NaCl, 1 mM EDTA
15625232
Table
9₂₅-11t
NA
5'-GCGTGCCrCGCCTGTT-3'
NA
NA
NA
NA
0.00123
min^-1
NA
NA
NA
NA
24°C
7.5
NA
200 mM NaCl, 1 mM EDTA
15625232
Table
9₂₅-11t
null
null
NA
NA
NA
NA
0.037
min^-1
5 × 10^5
M^-1 min^-1
NA
NA
24°C
7.5
NA
200 mM NaCl
15625232
Table
10-23
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.18
min^-1
3200 × 10^5
M^-1 min^-1
NA
NA
37°C
7.5
NA
2 mM MgCl2
15625232
Table
8-17cb
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.011
min^-1
20-100 × 10^5
M^-1 min^-1
NA
NA
25°C
7.4
NA
3 mM Mg(OAc)2
15625232
Table
Hammerhead(HH16)
NA
NA
NA
NA
NA
NA
1
min^-1
NA
M^-1 min^-1
NA
NA
24°C
7.5
NA
10 mM MgCl2
15625232
Table
Hairpin(SV5)
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.16
min^-1
200× 10^5
M^-1 min^-1
NA
NA
25°C
7.5
NA
12 mM MgCl2
15625232
Table
HDV(ADCI)
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.91
min^-1
NA
M^-1 min^-1
NA
NA
37°C
8
NA
10 mM MgCl2
15625232
Table
Group II intron(D5-exD123)
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.041
min^-1
5.5× 10^5
M^-1 min^-1
NA
NA
45°C
7.5
NA
100 mM MgCl2, 500 mM KCl
15625232
Table
VS(G11/Ava S)
NA
NA
NA
NA
NA
NA
0.7
min^-1
54× 10^5
M^-1 min^-1
NA
NA
30°C
8
NA
5 mM MgCl2, 2 mM spermidine
15625232
Table
6J12
NA
32Pradiolabeled RNA substrate L and R
0.5
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.9
NA
1 mM Zn2+, 150 mM NaCl, 2 mM KCl
15966746
Table
6J1
NA
32Pradiolabeled RNA substrate L and R
0.044
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.9
NA
1 mM Zn2+, 150 mM NaCl, 2 mM KCl
15966746
Table
6J18
NA
32Pradiolabeled RNA substrate L and R
0.061
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.9
NA
1 mM Zn2+, 150 mM NaCl, 2 mM KCl
15966746
Table
6J2
NA
32Pradiolabeled RNA substrate L and R
0.018
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.9
NA
1 mM Zn2+, 150 mM NaCl, 2 mM KCl
15966746
Table
12BB1
NA
32Pradiolabeled RNA substrate L and R
0.056/0.06
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.5
NA
1 mM Zn2+, 150 mM NaCl, 2 mM KCl
15966746
Table
12BB2
NA
32Pradiolabeled RNA substrate L and R
0.077/0.06
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.5
NA
1 mM Zn2+, 150 mM NaCl, 2 mM KCl
15966746
Table
12BB5
NA
32Pradiolabeled RNA substrate L and R
0.02/0.13
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.5
NA
1 mM Zn2+, 150 mM NaCl, 2 mM KCl
15966746
Table
12BB12
NA
32Pradiolabeled RNA substrate L and R
0.011/0.0039
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.5
NA
1 mM Zn2+, 150 mM NaCl, 2 mM KCl
15966746
Table
12BB6
NA
32Pradiolabeled RNA substrate L and R
0.065/0.046
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.5
NA
1 mM Zn2+, 150 mM NaCl, 2 mM KCl
15966746
Table
12BB8
NA
32Pradiolabeled RNA substrate L and R
0.107/0.056
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
23°C
7.5
NA
1 mM Zn2+, 150 mM NaCl, 2 mM KCl
15966746
Table
HRz35
NA
short synthetic RNA oligomer targets (14 nt)
NA
NA
980
nM
0.48
minute^-1
4.9 × 10^5
M^-1minute^-1
NA
NA
37°C
7.5
WT
20 mM MgCl2
16186371
Table
HRz42
NA
short synthetic RNA oligomer targets (14 nt)
NA
NA
971
nM
0.17
minute^-1
1.8 × 10^5
M^-1minute^-1
NA
NA
37°C
7.5
WT
20 mM MgCl2
16186371
Table
Group II intron
bacteria and lower eukaryotes
NA
3.2 × 10^2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
42°C
6.8
WT
100 mM MgCl2, 0.5 M (NH4)2SO4
16252007
Table
Group II intron
bacteria and lower eukaryotes
NA
0.35 × 10^2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
42°C
6.8
A600G
100 mM MgCl2, 0.5 M (NH4)2SO4
16252007
Table
Group II intron
AS(-30/-7)
NA
0.6 × 10^2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
42°C
6.8
A617G
100 mM MgCl2, 0.5 M (NH4)2SO4
16252007
Table
Group II intron
bacteria and lower eukaryotes
NA
1.0 × 10^2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
42°C
6.8
A617U
100 mM MgCl2, 0.5 M (NH4)2SO4
16252007
Table
Group II intron
bacteria and lower eukaryotes
NA
0.97 × 10^2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
42°C
6.8
A618G
100 mM MgCl2, 0.5 M (NH4)2SO4
16252007
Table
Group II intron
bacteria and lower eukaryotes
NA
2.0 × 10^2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
42°C
6.8
G615A
100 mM MgCl2, 0.5 M (NH4)2SO4
16252007
Table
Group II intron
bacteria and lower eukaryotes
NA
2.4 × 10^2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
42°C
6.8
G615U
100 mM MgCl2, 0.5 M (NH4)2SO4
16252007
Table
Group II intron
bacteria and lower eukaryotes
NA
2.1 × 10^2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
42°C
6.8
U619A
100 mM MgCl2, 0.5 M (NH4)2SO4
16252007
Table
Group II intron
bacteria and lower eukaryotes
NA
0.13 × 10^2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
42°C
6.8
UUCG
100 mM MgCl2, 0.5 M (NH4)2SO4
16252007
Table
Group II intron
bacteria and lower eukaryotes
NA
0.265 × 10^2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
42°C
6.8
Δ619
100 mM MgCl2, 0.5 M (NH4)2SO4
16252007
Table
Group II intron
bacteria and lower eukaryotes
NA
0.06 × 10^2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
42°C
6.8
A617C, A618C
100 mM MgCl2, 0.5 M (NH4)2SO4
16252007
Table
Hammerhead
Satellite tobacco ringspot virus
NA
0.62
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
6
HH16-T1
10 mM MgCl2
16262257
Table
Hammerhead
Satellite tobacco ringspot virus
NA
0.15
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
6
HH16-T1
1 mM MgCl2
16262257
Table
Hammerhead
Satellite tobacco ringspot virus
NA
1.67
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
6
HH16-T2
10 mM MgCl2
16262257
Table
Hammerhead
Satellite tobacco ringspot virus
NA
0.53
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
6
HH16-T2
1 mM MgCl2
16262257
Table
Hammerhead
Satellite tobacco ringspot virus
NA
0.03
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
6
HH16
10 mM MgCl2
16262257
Table
Hammerhead
Satellite tobacco ringspot virus
NA
0.004
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
6
HH16
1 mM MgCl2
16262257
Table
Hammerhead
Satellite tobacco ringspot virus
NA
0.54
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
6
HH16-T2
Cleavage reaction in 1 mM MgCl2
16262257
Text
Hammerhead
Satellite tobacco ringspot virus
NA
0.04
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
6
HH16-T1M
10 mM MgCl2
16262257
Text
Hammerhead
Satellite tobacco ringspot virus
NA
0.59
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
6
HH16-T2
Ligation reaction in 1 mM MgCl2
16262257
Text
Hammerhead
Satellite tobacco ringspot virus
NA
0.47
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
7.5
HH16-T2
4 M LiCl
16262257
Text
Hammerhead
Satellite tobacco ringspot virus
NA
0.32
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
25°C
6
HH8
4 M LiCl
16262257
Text
pH4DZ1
NA
NA
1
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
3.8
WT
400 mM NaCl, 10 mM CdCl2
16391005
Table
pH4DZ1
NA
NA
0.16
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
3.8
EC1
400 mM NaCl, 10 mM CdCl2
16391005
Table
pH4DZ1
NA
NA
0.93
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
3.8
EC2
400 mM NaCl, 10 mM CdCl2
16391005
Table
pH4DZ1
NA
NA
1.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
3.8
EC6
400 mM NaCl, 10 mM CdCl2
16391005
Table
pH4DZ1
NA
NA
0.00003
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
3.8
EC9
400 mM NaCl, 10 mM CdCl2
16391005
Table
pH4DZ1
NA
NA
0.12
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
3.8
EC12
400 mM NaCl, 10 mM CdCl2
16391005
Table
pH4DZ1
NA
NA
0.000024
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
3.8
EC14
400 mM NaCl, 10 mM CdCl2
16391005
Table
pH4DZ1
NA
NA
0.018
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
3.8
EC21
400 mM NaCl, 10 mM CdCl2
16391005
Table
pH4DZ1
NA
NA
0.0027
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
3.8
EC29
400 mM NaCl, 10 mM CdCl2
16391005
Table
pH4DZ1
NA
NA
0.81
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
3.8
EC39
400 mM NaCl, 10 mM CdCl2
16391005
Table
pH4DZ1
NA
NA
0.00087
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
3.8
EC46
400 mM NaCl, 10 mM CdCl2
16391005
Table
pH4DZ1
NA
NA
0.00047
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
3.8
EC48
400 mM NaCl, 10 mM CdCl2
16391005
Table
pH4DZ1
NA
NA
0.4
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
3.8
ET1/S2
400 mM NaCl, 10 mM CdCl2
16391005
Table
pH4DZ1
NA
S1
0.0000006
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
3.8
S1 only
400 mM NaCl, 10 mM CdCl2
16391005
Table
Dz1-1093
Escherichia coli
17n RNA
0.014
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
WT
150 mM NaCl, 10 mM MgCl2
16753066
Text
Lz1-1093
Escherichia coli
17n RNA
0.78
min^-1
33
nM
1.2
min^-1
NA
NA
NA
NA
37°C
7.5
α-L-LNA
150 mM NaCl, 10 mM MgCl2
16753066
Text
Hammerhead
Schistosoma mansoni
NA
0.22
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
27°C
7.5
G8C + C3G
50 mM Tris, 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 10 mM MgCl2
16859740
Text
Hammerhead
Schistosoma mansoni
NA
<0.0001
min^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
27°C
7.5
G8C
50 mM Tris, 100 mM NaCl, 0.1 mM EDTA, 10 mM MgCl2
16859740
Text
CPEB3
Homo sapiens
NA
0.69
hour^-1
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
NA
37°C
7.4
WT
5 mM MgCl2, 140 mM KCl, 10 mM NaCl
16990549
Text
Kin.46
NA
ATP γ S
NA
NA
1.2
mM
0.0159
min^-1
0.013
mM^-1min^-1
NA
NA
room temperature
7
nontethered
50 mM Mg^2+
17068208
Table
Kin.46
NA
ATP γ S
NA
NA
0.9
mM
0.084
min^-1
0.093
mM^-1min^-1
NA
NA
room temperature
7
nontethered
300 mM Mg^2+
17068208
Table