OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "in", "line", "with", "trajectory", "analysis", ",", "cam", "##ls", "co", "-", "expressed", "many", "of", "the", "genes", "specific", "to", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "(", "supplementary", "fig", ".", "2a", ")", ",", "supporting", "the", "hypothesis", "that", "cam", "##ls", "are", "likely", "derived", "from", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "following", "their", "close", "interaction", "with", "tumour", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "finally", ",", "dea", "analysis", "between", "cam", "##ls", "from", "lu", "##sc", "versus", "lu", "##ad", "patients", ",", "showed", "upregulation", "of", "krt", "##17", ",", "krt", "##5", "and", "krt", "##6a", "in", "lu", "##sc", "samples", "(", "supplementary", "data", "17", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "krt", "genes", "were", "previously", "identified", "as", "markers", "of", "lu", "##sc", "in", "multiple", "studies", ",", "which", "supports", "hypothesis", "that", "cam", "##ls", "arise", "from", "the", "interaction", "between", "m", "##ɸ", "and", "tumour", "cell", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "m", "##ɸ", ",", "traditionally", "categorised", "into", "distinc", "t", "m1", "(", "classically", "activated", ")", "and", "m2", "(", "alternatively", "activated", ")", "phenotypes", ",", "are", "now", "understood", "to", "exist", "along", "a", "dynamic", "spectrum", "of", "functional", "states", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "concept", "of", "m", "##ɸ", "plasticity", "underscores", "their", "ability", "to", "seam", "##less", "##ly", "transition", "between", "pro", "-", "inflammatory", "and", "anti-inflammatory", "roles", "in", "response", "to", "intricate", "cues", "from", "their", "microenvironment", "(", "supplementary", "fig", ".", "5d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "better", "understand", "the", "transcriptional", "changes", "that", "different", "m", "##ɸ", "populations", "undergo", "in", "the", "tme", ",", "we", "performed", "dea", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "tumours", ",", "both", "am", "##ɸ", "and", "aim", "##ɸ", "upregulated", "genes", "involved", "in", "cholesterol", "and", "lipid", "transport", "and", "metabolism", "(", "such", "as", "abca1", ",", "apoc", "##1", ",", "apoe", ",", "fabp", "##3", "and", "fabp", "##5", ")", "compared", "to", "the", "background", "tissue", "(", "fig", ".", "5a", ",", "b", "and", "supplementary", "data", "18", "and", "19", ")", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cholesterol", "plays", "a", "vital", "role", "in", "tumour", "growth", "due", "to", "the", "high", "demand", "of", "newly", "synthesis", "##ed", "cellular", "membranes", "during", "cancer", "cell", "proliferation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "hypoxia", "-", "related", "genes", "were", "upregulated", "in", "at2", "cells", "in", "tumour", "compared", "to", "the", "background", "(", "fig", ".", "4d", ")", ",", "which", "can", "promote", "cholesterol", "aux", "##otroph", "##y", "in", "tumour", "cells", "by", "suppressing", "cholesterol", "synthesis", ",", "thereby", "forcing", "them", "to", "rely", "on", "exogenous", "cholesterol", "uptake", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "our", "dataset", ",", "we", "detected", "higher", "expression", "of", "the", "cholesterol", "export", "##er", "abca1", "and", "no", "expression", "of", "low", "-", "density", "lipoprotein", "receptor", "(", "ldlr", ")", "in", "am", "##ɸ", "and", "aim", "##ɸ", ",", "the", "latter", "gene", "being", "responsible", "for", "the", "uptake", "of", "cholesterol", "-", "carrying", "lipoprotein", "particles", "into", "cells", ",", "suggesting", "preferential", "export", "of", "cholesterol", "from", "tams", "to", "the", "tme", "(", "fig", ".", "5a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "interestingly", ",", "we", "also", "noted", "a", "high", "expression", "of", "trem", "##2", "in", "both", "am", "##ɸ", "and", "aim", "##ɸ", "(", "fig", ".", "5a", ")", ",", "which", "plays", "a", "prominent", "role", "in", "efflux", "of", "cholesterol", "in", "microglia", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "to", "validate", "the", "increased", "levels", "of", "cholesterol", "in", "the", "tme", ",", "we", "stained", "matched", "tumour", "and", "background", "tissue", "sections", "with", "bodipy", "##™", "493", "/", "503", ",", "a", "stain", "targeting", "cholesterol", "and", "other", "neutral", "lipids", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "found", "a", "significant", "increase", "in", "the", "bodipy", "signal", "in", "the", "tumour", "sections", ",", "compared", "to", "background", "tissue", "(", "fig", ".", "5c", ",", "d", ")", ",", "confirming", "an", "increased", "availability", "of", "neutral", "lipids", "in", "the", "tumour", ",", "possibly", "as", "a", "result", "of", "an", "increased", "export", "by", "tams", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "were", "identified", "in", "the", "tumour", "resections", "(", "fig", ".", "5e", "–", "h", ",", "supplementary", "fig", ".", "2", "and", "supplementary", "notes", ")", ",", "so", "we", "used", "dea", "to", "identify", "a", "set", "of", "genes", "that", "were", "specific", "for", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "compared", "to", "tumour", "aim", "##ɸ", "or", "am", "##ɸ", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "we", "identified", "20", "genes", ",", "from", "here", "on", "referred", "to", "as", "“", "sta", "##b1", "signature", "genes", "”", "(", "fig", ".", "5", "##i", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "interestingly", ",", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "uniquely", "expressed", "slc", "##40", "##a1", ",", "which", "encodes", "for", "the", "ferro", "##port", "##in", ",", "the", "only", "known", "protein", "that", "export", "##s", "ferrous", "iron", "from", "the", "cytoplasm", "across", "the", "plasma", "membrane", "and", "is", "key", "for", "the", "iron", "-", "releasing", "activity", "of", "macrophages", "(", "fig", ".", "5", "##i", ",", "j", "and", "supplementary", "data", "20", "and", "21", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ferro", "##port", "##in", "-", "mediated", "release", "of", "free", "iron", "by", "m2", "m", "##ɸ", "was", "reported", "to", "promote", "the", "proliferation", "of", "renal", "carcinoma", "cells", "in", "vitro", ",", "possibly", "by", "supporting", "the", "high", "iron", "requirement", "due", "to", "increased", "dna", "synthesis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "furthermore", ",", "compared", "to", "am", "##ɸ", ",", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "expressed", "lower", "levels", "of", "ferritin", "heavy", "chain", "1", "(", "ft", "##h1", ")", "and", "ferritin", "light", "chain", "(", "ft", "##l", ")", "encoding", "for", "the", "iron", "store", "##r", "ferritin", "(", "fig", ".", "5", "##j", "and", "supplementary", "data", "20", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "consistent", "with", "the", "hypothesis", "of", "their", "sustained", "export", "of", "free", "iron", "to", "the", "extracellular", "milieu", ",", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "downregulated", "genes", "involved", "in", "iron", "sequestration", "(", "fig", ".", "5", "##k", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "taken", "together", ",", "our", "analysis", "suggests", "that", "macrophages", "undergo", "“", "reprogramming", "”", "within", "the", "tme", "and", "adopt", "a", "transcriptional", "signature", "that", "facilitates", "cholesterol", "efflux", "and", "iron", "export", ",", "thus", "supporting", "tumour", "progression", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "embryonic", "development", "shares", "many", "characteristics", "with", "tumour", "tissue", ",", "including", "rapid", "cell", "division", ",", "cellular", "flexibility", ",", "and", "a", "highly", "vascular", "microenvironment", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "it", "has", "been", "recently", "reported", "that", "during", "tumorigenesis", ",", "m", "##ɸ", "can", "undergo", "onc", "##of", "##oe", "##tal", "reprogramming", "and", "acquire", "a", "foetal", "-", "like", "transcriptional", "identity", "that", "supports", "tumour", "growth", "and", "metastasis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "considering", "that", "some", "of", "the", "sta", "##b1", "signature", "genes", "are", "typically", "expressed", "by", "foetal", "m", "##ɸ", "(", "such", "as", "sta", "##b1", ",", "fol", "##r2", ",", "slc", "##40", "##a1", ",", "mer", "##t", "##k", ",", "gpr", "##34", "and", "f1", "##3a", "##1", ")", ",", "we", "wanted", "to", "explore", "if", "further", "transcriptional", "common", "##alities", "exist", "between", "tumour", "-", "originating", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "and", "m", "##ɸ", "isolated", "from", "human", "foetal", "lung", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "to", "this", "end", ",", "we", "combined", "tumour", "-", "and", "background", "-", "originating", "myeloid", "cells", "from", "our", "dataset", "(", "n", "=", "347", ",", "364", "cells", ")", "with", "myeloid", "and", "progenitor", "cells", "from", "a", "publicly", "available", "foetal", "lung", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", "(", "n", "=", "6", ",", "94", "##7", "cells", ")", "using", "harmon", "##y", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "we", "performed", "lei", "##den", "clustering", "on", "the", "neighbourhood", "graph", "and", "examined", "how", "cell", "types", "are", "distributed", "within", "the", "clusters", "(", "supplementary", "fig", ".", "6a", ",", "b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "examine", "similarity", "in", "their", "gene", "expression", "profile", ",", "we", "applied", "hierarchical", "clustering", "and", "built", "a", "dendro", "##gram", "by", "estimating", "the", "correlation", "distance", "between", "cell", "types", "on", "the", "harmon", "##ised", "pc", "embedding", "space", ",", "under", "the", "complete", "linkage", "criterion", "of", "hierarchical", "clustering", "(", "fig", ".", "6a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "we", "observed", "that", "tumour", "cdc2", "exhibited", "the", "strongest", "correlation", "with", "background", "cdc2", ",", "whereas", "tumour", "mo", "-", "dc", "##2", "displayed", "the", "highest", "correlation", "with", "foetal", "dc", "##2", "and", ",", "in", "a", "broader", "context", ",", "with", "background", "mo", "-", "dc", "##2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "the", "population", "of", "pdc", "from", "tumour", ",", "background", "and", "foetal", "lung", "were", "closely", "correlated", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "similarly", ",", "tumour", "monocytes", "were", "correlated", "with", "foetal", "classical", "monocytes", "and", "background", "monocytes", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "in", "contrast", ",", "macrophage", "populations", "in", "tumour", ",", "and", "in", "particular", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", ",", "were", "correlated", "with", "foetal", "macrophages", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "clustered", "predominantly", "with", "foetal", "spp", "##1", "+", "m", "##ɸ", "(", "fig", ".", "6a", ")", ",", "which", "accounted", "for", "over", "80", "%", "of", "all", "foetal", "lung", "macrophages", "reported", "in", "ref", ".", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "consistent", "with", "this", "finding", ",", "spp", "##1", "+", "m", "##ɸ", "had", "a", "high", "expression", "of", "the", "“", "sta", "##b1", "signature", "genes", "”", "compared", "to", "other", "haemat", "##opoietic", "populations", "(", "fig", ".", "6b", ",", "c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "analysis", "substantiate", "s", "the", "idea", "that", "monocytes", "within", "the", "tumour", "environment", ",", "as", "they", "undergo", "differentiation", "into", "anti-inflammatory", "macrophages", ",", "acquire", "a", "transcriptional", "signature", "akin", "to", "that", "of", "foetal", "macrophages", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "this", "distinc", "ti", "##ve", "transcriptional", "signature", "was", "not", "observed", "in", "the", "macrophages", "from", "surrounding", "normal", "tissue", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "further", "examine", "the", "prevalence", "of", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "in", "other", "pathologies", ",", "including", "other", "cancers", ",", "we", "examined", "the", "expression", "of", "“", "sta", "##b1", "signature", "genes", "”", "across", "a", "diverse", "group", "of", "myeloid", "cells", "using", "a", "published", "atlas", "of", "human", "monocytes", "and", "m", "##ɸ", "collected", "from", "12", "different", "healthy", "and", "pathologic", "tissues", "(", "n", "=", "140", ",", "327", "cells", ")", ",", "called", "mom", "##ac", "-", "vers", "##e", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "cluster", "of", "“", "hes", "##1", "+", "macrophages", "”", "identified", "in", "mom", "##ac", "-", "vers", "##e", "showed", "the", "highest", "expression", "of", "the", "“", "sta", "##b1", "signature", "genes", "”", "(", "fig", ".", "6d", ",", "e", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "similar", "to", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", ",", "hes", "##1", "+", "macrophages", "accumulated", "in", "tumours", "of", "lung", "cancer", "patients", "but", "also", "liver", "cancer", "patients", "and", "were", "suggested", "to", "represent", "a", "cluster", "of", "“", "long", "-", "term", "resident", "-", "like", "”", "m", "##ɸ", "with", "foetal", "-", "like", "transcriptional", "signature", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "contrast", ",", "“", "c1q", "”", "m", "##ɸ", "from", "mom", "##ac", "-", "vers", "##e", ",", "which", "have", "been", "described", "as", "lung", "alveol", "ar", "m", "##ɸ", ",", "had", "a", "high", "expression", "of", "genes", "unique", "to", "our", "tumour", "alveol", "ar", "am", "##ɸ", "(", "from", "here", "on", "referred", "as", "“", "am", "##ɸ", "signature", "genes", "”", ",", "fig", ".", "6f", ",", "h", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "the", "context", "of", "foetal", "lung", ",", "a", "rare", "population", "of", "apoe", "+", "m", "##ɸ", ",", "which", "accounted", "for", "less", "than", "1", "%", "of", "all", "foetal", "lung", "macrophages", "reported", "in", "ref", ".", "," ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "had", "a", "high", "am", "##ɸ", "signature", "genes", "score", "(", "supplementary", "notes", "and", "fig", ".", "6g", ",", "i", ",", "see", "“", "methods", "”", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "taken", "together", ",", "our", "analysis", "suggests", "that", "tumour", "macrophages", ",", "especially", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", ",", "exhibited", "a", "transcriptional", "signature", "reminiscent", "of", "m", "##ɸ", "during", "foetal", "lung", "development", ",", "suggesting", "that", "they", "have", "undergone", "onc", "##of", "##oe", "##tal", "reprogramming", "within", "the", "nsclc", "tumour", "environment", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "our", "study", "represents", "a", "large", "single", "-", "cell", "multi", "##omics", "analysis", "of", "samples", "collected", "from", "treatment", "-", "naive", "patients", "with", "nsclc", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "integrated", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "from", "nearly", "900", ",", "000", "cells", "from", "tumour", "resections", "and", "adjacent", "non", "-", "malignant", "tissue", "from", "25", "treatment", "-", "naive", "patients", "with", "spatial", "transcriptomic", "##s", "to", "build", "an", "atlas", "of", "immune", "and", "non-immune", "compartments", "in", "lung", "cancer", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "the", "tme", "plays", "a", "crucial", "role", "in", "modulating", "the", "population", "and", "behaviour", "of", "m", "##ɸ", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "we", "found", "that", ",", "compared", "to", "the", "adjacent", "non", "-", "tumour", "tissue", ",", "tumour", "resections", "harbour", "##ed", "a", "lower", "proportion", "of", "monocytes", "but", "a", "higher", "proportion", "of", "monocyte-derived", "cells", ",", "such", "as", "mo", "-", "dc", "##2s", "and", "anti-inflammatory", "m", "##ɸ", ",", "suggestive", "of", "an", "enhanced", "monocyte", "differentiation", "in", "the", "tme", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "prevalence", "of", "anti-inflammatory", "m", "##ɸ", ",", "including", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", ",", "exhibited", "an", "inverse", "relationship", "with", "the", "abundance", "of", "natural", "killer", "(", "nk", ")", "cells", "and", "t", "cells", "in", "the", "tumour", "environment", ";", "and", "the", "nk", "cells", "within", "the", "tumour", "exhibited", "reduced", "cytotoxic", "activity", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "results", "are", "in", "line", "with", "the", "recent", "findings", "that", "the", "removal", "of", "tumour", "cell", "debris", "by", "lung", "m", "##ɸ", "leads", "to", "their", "conversion", "into", "an", "immunosupp", "res", "##si", "##ve", "phenotype", ",", "consequently", "hinder", "##ing", "the", "infiltration", "of", "nk", "cells", "into", "the", "tme", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "m", "##ɸ", "with", "elevated", "levels", "of", "tumour", "##al", "debris", "were", "reported", "to", "upregulate", "genes", "involved", "in", "cholesterol", "trafficking", "and", "lipid", "metabolism", ",", "a", "characteristic", "shared", "with", "anti-inflammatory", "m", "##ɸ", "in", "our", "dataset", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "a", "result", ",", "they", "downregulated", "co", "-", "stimulatory", "molecules", ",", "cytokines", "and", "chemok", "ine", "##s", "essential", "for", "the", "recruitment", "of", "cd8", "+", "t", "cells", ",", "therefore", "becoming", "more", "immunosupp", "res", "##si", "##ve", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "among", "the", "m", "##ɸ", "population", "within", "tumours", ",", "we", "also", "identified", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "that", "exhibited", "the", "highest", "level", "of", "immunosupp", "res", "##si", "##on", "markers", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "displayed", "a", "gene", "expression", "pattern", "akin", "to", "that", "of", "foetal", "lung", "m", "##ɸ", "and", "demonstrated", "a", "modified", "iron", "metabolism", ",", "marked", "by", "the", "increased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "iron", "release", "in", "the", "tme", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "therefore", ",", "we", "hypothesise", "that", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "might", "play", "a", "crucial", "role", "in", "supporting", "tumour", "progression", "by", "sustaining", "the", "increased", "iron", "requirement", "of", "highly", "-", "cycling", "tumour", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "in", "a", "subcutaneous", "llc", "##1", "lewis", "lung", "adenocarcinoma", "model", ",", "mice", "lacking", "sta", "##b1", "expression", "in", "m", "##ɸ", ",", "tumour", "growth", "was", "diminished", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "outcome", "was", "attributed", "to", "a", "shift", "towards", "a", "pro", "-", "inflammatory", "phenotype", "in", "tam", "and", "a", "robust", "infiltration", "of", "cd8", "+", "t", "cells", "within", "the", "tme", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "displayed", "a", "transcriptional", "resemblance", "to", "cam", "##ls", ",", "which", "concurrently", "expressed", "genes", "associated", "with", "both", "m", "##ɸ", "and", "epithelial", "cells", ",", "and", "exhibited", "copy", "number", "alterations", "(", "cn", "##as", ")", "similar", "to", "those", "found", "in", "tumour", "cells", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "sta", "##b1", "+", "plays", "a", "pivotal", "role", "in", "facilitating", "the", "adhesion", "and", "engulf", "##ment", "of", "apoptotic", "cells", "by", "engaging", "in", "a", "specific", "interaction", "with", "phosphatidylserine", ",", "supporting", "the", "hypothesis", "of", "a", "strong", "interaction", "of", "a", "m", "##ɸ", "with", "a", "tumour", "cell", "in", "cam", "##ls", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "in", "previous", "studies", ",", "cam", "##ls", "were", "identified", "by", "immunoflu", "ore", "##sc", "##ence", "in", "the", "peripheral", "blood", "of", "individuals", "affected", "by", "various", "solid", "tumours", "and", "were", "proposed", "to", "facilitate", "the", "dissemination", "and", "establishment", "of", "circulating", "tumour", "cells", "in", "distant", "metastatic", "sites", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "here", ",", "we", "report", "their", "presence", "in", "multiple", "tumour", "resections", ",", "based", "on", "a", "combination", "of", "a", "compound", "gene", "expression", "signature", ",", "tumour", "-", "specific", "copy", "number", "alterations", "and", "physical", "proximity", "to", "tumour", "cells", ",", "as", "evident", "from", "vis", "##ium", "sections", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "taken", "together", ",", "our", "comprehensive", "dataset", "allowed", "identifying", "a", "multitude", "of", "molecular", "changes", "in", "the", "m", "##ɸ", "population", "of", "the", "lung", "tumour", "microenvironment", ",", "which", "will", "help", "pav", "##e", "the", "way", "for", "the", "development", "of", "therapeutic", "strategies", "against", "nsclc", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "tissue", "used", "in", "the", "research", "study", "was", "obtained", "from", "the", "pap", "##worth", "hospital", "research", "tissue", "bank", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "written", "consent", "was", "obtained", "for", "all", "tissue", "samples", "using", "pap", "##worth", "hospital", "research", "tissue", "bank", "’", "s", "ethical", "approval", "(", "east", "of", "england", "—", "cambridge", "east", "research", "ethics", "committee", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "human", "tumour", "and", "adjacent", "background", "tissues", ",", "collected", "from", "the", "edges", "of", "the", "lungs", ",", "were", "obtained", "from", "25", "patients", "following", "tumour", "resection", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]
[ "human", "healthy", "lung", "samples", "were", "obtained", "from", "two", "healthy", "deceased", "donors", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "both", "healthy", "samples", "were", "evaluated", "by", "an", "expert", "pathologist", "to", "exclude", "the", "presence", "of", "malignancies", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "human", "material", "was", "provided", "by", "the", "royal", "pap", "##worth", "tissue", "bank", "(", "t0", "##222", "##9", ")", ",", "in", "accordance", "with", "the", "hm", "##dm", "##c", "human", "tissue", "act", "sample", "cust", "##odia", "##n", "form", "version", "7", ".", "0", "(", "uk", "nr", "##es", "rec", "approval", "reference", "number", "(", "s", ")", ":", "08", "/", "h0", "##304", "/", "56", "+", "5", ";", "hm", "##dm", "##c", "16", "\|", "09", "##4", ")", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "nsclc", "ffpe", "tumour", "blocks", "(", "n", "=", "2", ")", "used", "for", "validation", "of", "sta", "##b1", "+", "macrophages", "with", "ak", "##oy", "##a", "were", "obtained", "from", "2", "different", "donors", "and", "purchased", "from", "bio", "##iv", "##t", "(", "ex", "-", "aster", "##and", "bioscience", ")", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "informed", "consent", "form", "(", "icf", ")", "and", "institutional", "review", "board", "approval", "letter", "(", "irb", "##a", ")", "were", "obtained", "for", "all", "tissue", "samples", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "tissues", "were", "kept", "in", "cold", "complete", "rpmi", "medium", "(", "rpmi", "[", "invitrogen", "]", "supplemented", "with", "10", "%", "fbs", "[", "sigma", "millipore", ",", "catalogue", "number", ":", "f", "##96", "##65", "]", ",", "2", "mm", "l-glutamine", "[", "life", "technologies", ",", "catalogue", "number", ":", "250", "##30", "-", "024", "]", "and", "100", "u", "/", "ml", "penicillin", "-", "streptomycin", "[", "thermofisher", ",", "catalogue", "number", ":", "151", "##40", "##122", "]", ")", "until", "dissociation", ",", "which", "was", "performed", "on", "the", "same", "day", "of", "collection", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "single", "-", "cell", "suspensions", "were", "generated", "as", "follows", ":", "tissues", "were", "placed", "into", "a", "petri", "dish", "and", "cut", "into", "small", "pieces", "of", "2", "–", "4", "mm", "and", "transferred", "into", "a", "1", ".", "5", "-", "ml", "tube", "containing", "the", "digestion", "mix", "(", "complete", "rpmi", "media", "supplemented", "with", "1", "mg", "ml", "collagenase", "iv", "and", "0", ".", "1", "mg", "ml", "dnase", "i", ")", "and", "min", "##ced", "using", "surgical", "sciss", "##ors", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "min", "##ced", "tissues", "were", "incubated", "for", "45", "min", "at", "37", "°c", "and", "vortexed", "every", "15", "min", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "digested", "tissues", "were", "passed", "through", "a", "100", "-", "μm", "strain", "##er", "into", "a", "falcon", "tube", "pref", "##illed", "with", "cold", "pbs", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "cells", "were", "then", "centrifuged", "for", "5", "min", "at", "300", "×", "g", ",", "4", "°c", "and", "the", "pellet", "was", "resuspended", "into", "1×", "rbc", "lysis", "buffer", "(", "ebioscience", ")", "for", "2", "min", "at", "room", "temperature", ",", "after", "which", "20", "ml", "of", "cold", "pbs", "were", "added", "to", "stop", "the", "lysis", "reaction", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "were", "cryopreserved", "in", "5", "%", "dmso", "in", "knockout", "serum", "replacement", "(", "kos", "##r", ";", "gibco", ",", "catalogue", "number", ":", "108", "##28", "##01", "##0", ")", "until", "further", "use", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "on", "the", "day", "of", "facs", "sorting", ",", "cells", "were", "rapidly", "thawed", "at", "37", "°c", "and", "transferred", "to", "complete", "rpmi", "media", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "live", "-", "cell", "enrichment", "was", "performed", "using", "macs", "dead", "cell", "removal", "kit", "(", "miltenyi", "biotec", ")", "following", "the", "manufacturer", "’", "s", "instructions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "red", "blood", "cells", "were", "further", "depleted", "by", "negative", "selection", "using", "cd2", "##35", "##a", "microbe", "##ads", "(", "miltenyi", "biotec", ")", "and", "macs", "ls", "columns", "(", "miltenyi", "biotec", ")", ",", "following", "the", "manufacturer", "’", "s", "instructions", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "for", "facs", "sorting", ",", "cells", "were", "stained", "with", "zo", "##mb", "##ie", "aqu", "##a", "to", "exclude", "dead", "cells", "and", "the", "cocktail", "of", "antibod", "ie", "##s", "for", "30", "min", "at", "4", "°c", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "were", "centrifuged", "for", "5", "min", "at", "300", "×", "g", ",", "4", "°c", ",", "resuspended", "in", "500", "μl", "of", "5", "%", "fbs", "in", "pbs", "and", "subsequently", "filtered", "into", "polypropylene", "facs", "tubes", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "immune", "cells", "were", "sorted", "as", "live", ",", "cd45", "+", ";", "mdsc", "were", "sorted", "as", "live", ",", "cd45", "+", ",", "lineage", "-", "(", "lin", ":", "cd3", ",", "cd56", ",", "cd19", ")", ",", "cd3", "##3", "+", ",", "hla", "-", "dr", "-", "/", "low", "(", "supplementary", "data", "22", "and", "supplementary", "fig", ".", "1a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "were", "sorted", "into", "a", "1", ".", "5", "-", "ml", "tube", ",", "counted", "and", "submitted", "for", "10x", "scr", "##na", "-", "seq", "library", "preparation", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "integrating", "numerous", "samples", ",", "notably", "from", "diverse", "cancer", "subtypes", "and", "adjacent", "normal", "tissues", ",", "is", "challenging", "due", "to", "variations", "in", "gene", "programmes", "between", "samples", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "consequently", ",", "these", "differences", "often", "hinder", "a", "coherent", "biological", "alignment", "when", "attempting", "simultaneous", "embedding", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "most", "current", "integration", "techniques", ",", "primarily", "focused", "on", "batch", "correction", ",", "operate", "under", "the", "assumption", "of", "shared", "cell", "states", "across", "samples", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "while", "they", "aim", "to", "mitigate", "technical", "disparities", ",", "they", "might", "inadvert", "##ently", "era", "##se", "genuine", "biological", "distinc", "ti", "##ons", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "therefore", ",", "we", "applied", "the", "qc", "filtration", "and", "doublet", "removal", "on", "the", "merged", "dataset", "(", "tumour", "+", "b", "/", "h", ")", "but", "we", "split", "the", "datasets", "between", "tumour", "and", "b", "/", "h", "for", "hv", "##g", "selection", ",", "pca", ",", "batch", "correction", "(", "using", "harmon", "##y", ")", ",", "clustering", "and", "annotations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "starting", "from", "the", "unn", "##ormal", "##ised", ",", "uncorrected", "gene", "expression", "matrices", "produced", "(", "per", "sample", ")", "by", "the", "cell", "##ran", "##ger", "protocol", ",", "we", "performed", "careful", "downstream", "analysis", "of", "the", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "each", "cell", "##ran", "##ger", "output", "(", "corresponding", "to", "a", "specific", "technical", "and", "biological", "replicate", "of", "the", "separate", "tumour", ",", "background", "and", "healthy", "data", ")", "we", "identified", "low", "-", "quality", "cells", "or", "empty", "droplets", "by", "applying", "the", "barcode", "##ran", "##ks", "and", "empty", "##dr", "##ops", "functions", "using", "the", "r", "package", "droplet", "##ut", "##ils", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "following", "per", "-", "sample", "droplets", "removal", ",", "the", "complete", "set", "of", "cell", "expression", "matrices", "was", "merged", "(", "we", "merged", "tumour", ",", "background", ",", "and", "healthy", "samples", ")", ",", "and", "quality", "control", "(", "qc", ")", "was", "applied", "to", "the", "resultant", "merged", "matrix", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "remaining", "analysis", "is", "implemented", "using", "standard", "approaches", "in", "the", "scan", "##py", "framework", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "qc", "is", "based", "on", "three", "parameters", ":", "the", "total", "um", "##i", "count", "(", "lower", "-", "upper", "threshold", ")", ",", "the", "number", "of", "detected", "genes", "(", "lower", "-", "upper", "threshold", ")", ",", "and", "the", "proportion", "of", "mitochondrial", "gene", "count", "per", "cell", "(", "20", "%", "fraction", "upper", "bound", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "applied", "scr", "##uble", "##t", "to", "remove", "potential", "doublet", "##s", "with", "0", ".", "06", "as", "the", "expected", "doublet", "rate", "and", "then", "filtered", "the", "results", "using", "the", "parameter", "values", "(", "2", "for", "minimum", "read", "count", "of", "cell", ",", "3", "for", "minimum", "detected", "cell", "of", "gene", ",", "85", "for", "minimum", "gene", "variability", "percentage", ",", "and", "30", "for", "the", "number", "of", "principal", "components", "used", "to", "embed", "the", "transcriptomes", "prior", "to", "k", "-", "nearest", "-", "neighbour", "graph", "construction", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "resulting", "merged", "and", "filtered", "expression", "matrix", "is", "then", "normalised", "using", "the", "scaling", "factor", "10", ",", "000", ",", "followed", "by", "log", "##1p", "transformation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "following", "between", "-", "sample", "batch", "correction", ",", "we", "computed", "a", "neighbourhood", "graph", "and", "applied", "lei", "##den", "clustering", "(", "with", "lei", "##den", "resolution", "being", "1", ")", "to", "the", "15", "-", "dimensional", "harmon", "##ised", "pca", "space", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "visual", "##isation", "purposes", ",", "we", "used", "uniform", "manifold", "approximation", "and", "projection", "(", "um", "##ap", ")", "manifold", "embedding", "to", "capture", "the", "global", "features", "of", "the", "15", "-", "dimensional", "clustered", "manifold", "and", "represent", "the", "global", "structure", "in", "two", "and", "three", "dimensions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "identified", "top", "100", "representative", "genes", "for", "each", "cluster", "by", "performing", "the", "wilcoxon", "signed", "-", "rank", "test", "with", "the", "bonferroni", "correction", ",", "followed", "by", "a", "filtering", "to", "obtain", "genes", "overexpressed", "in", "the", "target", "group", "(", "minimum", "log", "fold", "change", "as", "0", ")", "and", "expressed", "in", "at", "least", "30", "%", "of", "cells", "within", "the", "group", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "did", "not", "control", "the", "fraction", "of", "gene", "expression", "of", "other", "clusters", ",", "by", "setting", "the", "maximum", "threshold", "as", "100", "%", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "then", "annotate", "d", "each", "cell", "cluster", "according", "to", "the", "the", "expression", "profile", "of", "these", "marker", "genes", "and", "the", "expression", "of", "other", "canonical", "genes", "significant", "for", "different", "lung", "cell", "types", "based", "on", "the", "literature", "(", "see", "extended", "results", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "annotation", "procedure", "was", "done", "iteratively", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "with", "this", "approach", "we", "generated", "two", "separate", "annotate", "d", "um", "##aps", ",", "together", "with", "associated", "marker", "genes", ",", "for", "the", "tumour", "and", "b", "/", "h", "datasets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "compare", "cell", "-", "type", "abundances", ",", "we", "calculated", "the", "proportion", "of", "each", "cell", "type", "within", "each", "patient", "and", "broad", "cell", "annotation", "in", "the", "une", "##nr", "##ich", "##ed", "(", "cd2", "##35", "-", ")", "samples", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "line", "with", "trajectory", "analysis", ",", "cam", "##ls", "co", "-", "expressed", "many", "of", "the", "genes", "specific", "to", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "(", "supplementary", "fig", ".", "2a", ")", ",", "supporting", "the", "hypothesis", "that", "cam", "##ls", "are", "likely", "derived", "from", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "following", "their", "close", "interaction", "with", "tumour", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "finally", ",", "dea", "analysis", "between", "cam", "##ls", "from", "lu", "##sc", "versus", "lu", "##ad", "patients", ",", "showed", "upregulation", "of", "krt", "##17", ",", "krt", "##5", "and", "krt", "##6a", "in", "lu", "##sc", "samples", "(", "supplementary", "data", "17", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "krt", "genes", "were", "previously", "identified", "as", "markers", "of", "lu", "##sc", "in", "multiple", "studies", ",", "which", "supports", "hypothesis", "that", "cam", "##ls", "arise", "from", "the", "interaction", "between", "m", "##ɸ", "and", "tumour", "cell", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "m", "##ɸ", ",", "traditionally", "categorised", "into", "distinc", "t", "m1", "(", "classically", "activated", ")", "and", "m2", "(", "alternatively", "activated", ")", "phenotypes", ",", "are", "now", "understood", "to", "exist", "along", "a", "dynamic", "spectrum", "of", "functional", "states", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "concept", "of", "m", "##ɸ", "plasticity", "underscores", "their", "ability", "to", "seam", "##less", "##ly", "transition", "between", "pro", "-", "inflammatory", "and", "anti-inflammatory", "roles", "in", "response", "to", "intricate", "cues", "from", "their", "microenvironment", "(", "supplementary", "fig", ".", "5d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "better", "understand", "the", "transcriptional", "changes", "that", "different", "m", "##ɸ", "populations", "undergo", "in", "the", "tme", ",", "we", "performed", "dea", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "tumours", ",", "both", "am", "##ɸ", "and", "aim", "##ɸ", "upregulated", "genes", "involved", "in", "cholesterol", "and", "lipid", "transport", "and", "metabolism", "(", "such", "as", "abca1", ",", "apoc", "##1", ",", "apoe", ",", "fabp", "##3", "and", "fabp", "##5", ")", "compared", "to", "the", "background", "tissue", "(", "fig", ".", "5a", ",", "b", "and", "supplementary", "data", "18", "and", "19", ")", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cholesterol", "plays", "a", "vital", "role", "in", "tumour", "growth", "due", "to", "the", "high", "demand", "of", "newly", "synthesis", "##ed", "cellular", "membranes", "during", "cancer", "cell", "proliferation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "hypoxia", "-", "related", "genes", "were", "upregulated", "in", "at2", "cells", "in", "tumour", "compared", "to", "the", "background", "(", "fig", ".", "4d", ")", ",", "which", "can", "promote", "cholesterol", "aux", "##otroph", "##y", "in", "tumour", "cells", "by", "suppressing", "cholesterol", "synthesis", ",", "thereby", "forcing", "them", "to", "rely", "on", "exogenous", "cholesterol", "uptake", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "our", "dataset", ",", "we", "detected", "higher", "expression", "of", "the", "cholesterol", "export", "##er", "abca1", "and", "no", "expression", "of", "low", "-", "density", "lipoprotein", "receptor", "(", "ldlr", ")", "in", "am", "##ɸ", "and", "aim", "##ɸ", ",", "the", "latter", "gene", "being", "responsible", "for", "the", "uptake", "of", "cholesterol", "-", "carrying", "lipoprotein", "particles", "into", "cells", ",", "suggesting", "preferential", "export", "of", "cholesterol", "from", "tams", "to", "the", "tme", "(", "fig", ".", "5a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "interestingly", ",", "we", "also", "noted", "a", "high", "expression", "of", "trem", "##2", "in", "both", "am", "##ɸ", "and", "aim", "##ɸ", "(", "fig", ".", "5a", ")", ",", "which", "plays", "a", "prominent", "role", "in", "efflux", "of", "cholesterol", "in", "microglia", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "to", "validate", "the", "increased", "levels", "of", "cholesterol", "in", "the", "tme", ",", "we", "stained", "matched", "tumour", "and", "background", "tissue", "sections", "with", "bodipy", "##™", "493", "/", "503", ",", "a", "stain", "targeting", "cholesterol", "and", "other", "neutral", "lipids", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "found", "a", "significant", "increase", "in", "the", "bodipy", "signal", "in", "the", "tumour", "sections", ",", "compared", "to", "background", "tissue", "(", "fig", ".", "5c", ",", "d", ")", ",", "confirming", "an", "increased", "availability", "of", "neutral", "lipids", "in", "the", "tumour", ",", "possibly", "as", "a", "result", "of", "an", "increased", "export", "by", "tams", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "were", "identified", "in", "the", "tumour", "resections", "(", "fig", ".", "5e", "–", "h", ",", "supplementary", "fig", ".", "2", "and", "supplementary", "notes", ")", ",", "so", "we", "used", "dea", "to", "identify", "a", "set", "of", "genes", "that", "were", "specific", "for", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "compared", "to", "tumour", "aim", "##ɸ", "or", "am", "##ɸ", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "we", "identified", "20", "genes", ",", "from", "here", "on", "referred", "to", "as", "“", "sta", "##b1", "signature", "genes", "”", "(", "fig", ".", "5", "##i", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "interestingly", ",", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "uniquely", "expressed", "slc", "##40", "##a1", ",", "which", "encodes", "for", "the", "ferro", "##port", "##in", ",", "the", "only", "known", "protein", "that", "export", "##s", "ferrous", "iron", "from", "the", "cytoplasm", "across", "the", "plasma", "membrane", "and", "is", "key", "for", "the", "iron", "-", "releasing", "activity", "of", "macrophages", "(", "fig", ".", "5", "##i", ",", "j", "and", "supplementary", "data", "20", "and", "21", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ferro", "##port", "##in", "-", "mediated", "release", "of", "free", "iron", "by", "m2", "m", "##ɸ", "was", "reported", "to", "promote", "the", "proliferation", "of", "renal", "carcinoma", "cells", "in", "vitro", ",", "possibly", "by", "supporting", "the", "high", "iron", "requirement", "due", "to", "increased", "dna", "synthesis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "furthermore", ",", "compared", "to", "am", "##ɸ", ",", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "expressed", "lower", "levels", "of", "ferritin", "heavy", "chain", "1", "(", "ft", "##h1", ")", "and", "ferritin", "light", "chain", "(", "ft", "##l", ")", "encoding", "for", "the", "iron", "store", "##r", "ferritin", "(", "fig", ".", "5", "##j", "and", "supplementary", "data", "20", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "consistent", "with", "the", "hypothesis", "of", "their", "sustained", "export", "of", "free", "iron", "to", "the", "extracellular", "milieu", ",", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "downregulated", "genes", "involved", "in", "iron", "sequestration", "(", "fig", ".", "5", "##k", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "taken", "together", ",", "our", "analysis", "suggests", "that", "macrophages", "undergo", "“", "reprogramming", "”", "within", "the", "tme", "and", "adopt", "a", "transcriptional", "signature", "that", "facilitates", "cholesterol", "efflux", "and", "iron", "export", ",", "thus", "supporting", "tumour", "progression", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "embryonic", "development", "shares", "many", "characteristics", "with", "tumour", "tissue", ",", "including", "rapid", "cell", "division", ",", "cellular", "flexibility", ",", "and", "a", "highly", "vascular", "microenvironment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "it", "has", "been", "recently", "reported", "that", "during", "tumorigenesis", ",", "m", "##ɸ", "can", "undergo", "onc", "##of", "##oe", "##tal", "reprogramming", "and", "acquire", "a", "foetal", "-", "like", "transcriptional", "identity", "that", "supports", "tumour", "growth", "and", "metastasis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "considering", "that", "some", "of", "the", "sta", "##b1", "signature", "genes", "are", "typically", "expressed", "by", "foetal", "m", "##ɸ", "(", "such", "as", "sta", "##b1", ",", "fol", "##r2", ",", "slc", "##40", "##a1", ",", "mer", "##t", "##k", ",", "gpr", "##34", "and", "f1", "##3a", "##1", ")", ",", "we", "wanted", "to", "explore", "if", "further", "transcriptional", "common", "##alities", "exist", "between", "tumour", "-", "originating", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "and", "m", "##ɸ", "isolated", "from", "human", "foetal", "lung", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "to", "this", "end", ",", "we", "combined", "tumour", "-", "and", "background", "-", "originating", "myeloid", "cells", "from", "our", "dataset", "(", "n", "=", "347", ",", "364", "cells", ")", "with", "myeloid", "and", "progenitor", "cells", "from", "a", "publicly", "available", "foetal", "lung", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", "(", "n", "=", "6", ",", "94", "##7", "cells", ")", "using", "harmon", "##y", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "we", "performed", "lei", "##den", "clustering", "on", "the", "neighbourhood", "graph", "and", "examined", "how", "cell", "types", "are", "distributed", "within", "the", "clusters", "(", "supplementary", "fig", ".", "6a", ",", "b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "examine", "similarity", "in", "their", "gene", "expression", "profile", ",", "we", "applied", "hierarchical", "clustering", "and", "built", "a", "dendro", "##gram", "by", "estimating", "the", "correlation", "distance", "between", "cell", "types", "on", "the", "harmon", "##ised", "pc", "embedding", "space", ",", "under", "the", "complete", "linkage", "criterion", "of", "hierarchical", "clustering", "(", "fig", ".", "6a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "we", "observed", "that", "tumour", "cdc2", "exhibited", "the", "strongest", "correlation", "with", "background", "cdc2", ",", "whereas", "tumour", "mo", "-", "dc", "##2", "displayed", "the", "highest", "correlation", "with", "foetal", "dc", "##2", "and", ",", "in", "a", "broader", "context", ",", "with", "background", "mo", "-", "dc", "##2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "the", "population", "of", "pdc", "from", "tumour", ",", "background", "and", "foetal", "lung", "were", "closely", "correlated", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "similarly", ",", "tumour", "monocytes", "were", "correlated", "with", "foetal", "classical", "monocytes", "and", "background", "monocytes", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "in", "contrast", ",", "macrophage", "populations", "in", "tumour", ",", "and", "in", "particular", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", ",", "were", "correlated", "with", "foetal", "macrophages", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "clustered", "predominantly", "with", "foetal", "spp", "##1", "+", "m", "##ɸ", "(", "fig", ".", "6a", ")", ",", "which", "accounted", "for", "over", "80", "%", "of", "all", "foetal", "lung", "macrophages", "reported", "in", "ref", ".", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "consistent", "with", "this", "finding", ",", "spp", "##1", "+", "m", "##ɸ", "had", "a", "high", "expression", "of", "the", "“", "sta", "##b1", "signature", "genes", "”", "compared", "to", "other", "haemat", "##opoietic", "populations", "(", "fig", ".", "6b", ",", "c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "analysis", "substantiate", "s", "the", "idea", "that", "monocytes", "within", "the", "tumour", "environment", ",", "as", "they", "undergo", "differentiation", "into", "anti-inflammatory", "macrophages", ",", "acquire", "a", "transcriptional", "signature", "akin", "to", "that", "of", "foetal", "macrophages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "this", "distinc", "ti", "##ve", "transcriptional", "signature", "was", "not", "observed", "in", "the", "macrophages", "from", "surrounding", "normal", "tissue", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "further", "examine", "the", "prevalence", "of", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "in", "other", "pathologies", ",", "including", "other", "cancers", ",", "we", "examined", "the", "expression", "of", "“", "sta", "##b1", "signature", "genes", "”", "across", "a", "diverse", "group", "of", "myeloid", "cells", "using", "a", "published", "atlas", "of", "human", "monocytes", "and", "m", "##ɸ", "collected", "from", "12", "different", "healthy", "and", "pathologic", "tissues", "(", "n", "=", "140", ",", "327", "cells", ")", ",", "called", "mom", "##ac", "-", "vers", "##e", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "cluster", "of", "“", "hes", "##1", "+", "macrophages", "”", "identified", "in", "mom", "##ac", "-", "vers", "##e", "showed", "the", "highest", "expression", "of", "the", "“", "sta", "##b1", "signature", "genes", "”", "(", "fig", ".", "6d", ",", "e", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "similar", "to", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", ",", "hes", "##1", "+", "macrophages", "accumulated", "in", "tumours", "of", "lung", "cancer", "patients", "but", "also", "liver", "cancer", "patients", "and", "were", "suggested", "to", "represent", "a", "cluster", "of", "“", "long", "-", "term", "resident", "-", "like", "”", "m", "##ɸ", "with", "foetal", "-", "like", "transcriptional", "signature", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "contrast", ",", "“", "c1q", "”", "m", "##ɸ", "from", "mom", "##ac", "-", "vers", "##e", ",", "which", "have", "been", "described", "as", "lung", "alveol", "ar", "m", "##ɸ", ",", "had", "a", "high", "expression", "of", "genes", "unique", "to", "our", "tumour", "alveol", "ar", "am", "##ɸ", "(", "from", "here", "on", "referred", "as", "“", "am", "##ɸ", "signature", "genes", "”", ",", "fig", ".", "6f", ",", "h", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "the", "context", "of", "foetal", "lung", ",", "a", "rare", "population", "of", "apoe", "+", "m", "##ɸ", ",", "which", "accounted", "for", "less", "than", "1", "%", "of", "all", "foetal", "lung", "macrophages", "reported", "in", "ref", ".", "," ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "had", "a", "high", "am", "##ɸ", "signature", "genes", "score", "(", "supplementary", "notes", "and", "fig", ".", "6g", ",", "i", ",", "see", "“", "methods", "”", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "taken", "together", ",", "our", "analysis", "suggests", "that", "tumour", "macrophages", ",", "especially", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", ",", "exhibited", "a", "transcriptional", "signature", "reminiscent", "of", "m", "##ɸ", "during", "foetal", "lung", "development", ",", "suggesting", "that", "they", "have", "undergone", "onc", "##of", "##oe", "##tal", "reprogramming", "within", "the", "nsclc", "tumour", "environment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "our", "study", "represents", "a", "large", "single", "-", "cell", "multi", "##omics", "analysis", "of", "samples", "collected", "from", "treatment", "-", "naive", "patients", "with", "nsclc", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "integrated", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "from", "nearly", "900", ",", "000", "cells", "from", "tumour", "resections", "and", "adjacent", "non", "-", "malignant", "tissue", "from", "25", "treatment", "-", "naive", "patients", "with", "spatial", "transcriptomic", "##s", "to", "build", "an", "atlas", "of", "immune", "and", "non-immune", "compartments", "in", "lung", "cancer", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "the", "tme", "plays", "a", "crucial", "role", "in", "modulating", "the", "population", "and", "behaviour", "of", "m", "##ɸ", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "we", "found", "that", ",", "compared", "to", "the", "adjacent", "non", "-", "tumour", "tissue", ",", "tumour", "resections", "harbour", "##ed", "a", "lower", "proportion", "of", "monocytes", "but", "a", "higher", "proportion", "of", "monocyte-derived", "cells", ",", "such", "as", "mo", "-", "dc", "##2s", "and", "anti-inflammatory", "m", "##ɸ", ",", "suggestive", "of", "an", "enhanced", "monocyte", "differentiation", "in", "the", "tme", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "prevalence", "of", "anti-inflammatory", "m", "##ɸ", ",", "including", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", ",", "exhibited", "an", "inverse", "relationship", "with", "the", "abundance", "of", "natural", "killer", "(", "nk", ")", "cells", "and", "t", "cells", "in", "the", "tumour", "environment", ";", "and", "the", "nk", "cells", "within", "the", "tumour", "exhibited", "reduced", "cytotoxic", "activity", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "results", "are", "in", "line", "with", "the", "recent", "findings", "that", "the", "removal", "of", "tumour", "cell", "debris", "by", "lung", "m", "##ɸ", "leads", "to", "their", "conversion", "into", "an", "immunosupp", "res", "##si", "##ve", "phenotype", ",", "consequently", "hinder", "##ing", "the", "infiltration", "of", "nk", "cells", "into", "the", "tme", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "m", "##ɸ", "with", "elevated", "levels", "of", "tumour", "##al", "debris", "were", "reported", "to", "upregulate", "genes", "involved", "in", "cholesterol", "trafficking", "and", "lipid", "metabolism", ",", "a", "characteristic", "shared", "with", "anti-inflammatory", "m", "##ɸ", "in", "our", "dataset", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "a", "result", ",", "they", "downregulated", "co", "-", "stimulatory", "molecules", ",", "cytokines", "and", "chemok", "ine", "##s", "essential", "for", "the", "recruitment", "of", "cd8", "+", "t", "cells", ",", "therefore", "becoming", "more", "immunosupp", "res", "##si", "##ve", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "among", "the", "m", "##ɸ", "population", "within", "tumours", ",", "we", "also", "identified", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "that", "exhibited", "the", "highest", "level", "of", "immunosupp", "res", "##si", "##on", "markers", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "displayed", "a", "gene", "expression", "pattern", "akin", "to", "that", "of", "foetal", "lung", "m", "##ɸ", "and", "demonstrated", "a", "modified", "iron", "metabolism", ",", "marked", "by", "the", "increased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "iron", "release", "in", "the", "tme", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "therefore", ",", "we", "hypothesise", "that", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "might", "play", "a", "crucial", "role", "in", "supporting", "tumour", "progression", "by", "sustaining", "the", "increased", "iron", "requirement", "of", "highly", "-", "cycling", "tumour", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "in", "a", "subcutaneous", "llc", "##1", "lewis", "lung", "adenocarcinoma", "model", ",", "mice", "lacking", "sta", "##b1", "expression", "in", "m", "##ɸ", ",", "tumour", "growth", "was", "diminished", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "outcome", "was", "attributed", "to", "a", "shift", "towards", "a", "pro", "-", "inflammatory", "phenotype", "in", "tam", "and", "a", "robust", "infiltration", "of", "cd8", "+", "t", "cells", "within", "the", "tme", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "displayed", "a", "transcriptional", "resemblance", "to", "cam", "##ls", ",", "which", "concurrently", "expressed", "genes", "associated", "with", "both", "m", "##ɸ", "and", "epithelial", "cells", ",", "and", "exhibited", "copy", "number", "alterations", "(", "cn", "##as", ")", "similar", "to", "those", "found", "in", "tumour", "cells", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "sta", "##b1", "+", "plays", "a", "pivotal", "role", "in", "facilitating", "the", "adhesion", "and", "engulf", "##ment", "of", "apoptotic", "cells", "by", "engaging", "in", "a", "specific", "interaction", "with", "phosphatidylserine", ",", "supporting", "the", "hypothesis", "of", "a", "strong", "interaction", "of", "a", "m", "##ɸ", "with", "a", "tumour", "cell", "in", "cam", "##ls", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "in", "previous", "studies", ",", "cam", "##ls", "were", "identified", "by", "immunoflu", "ore", "##sc", "##ence", "in", "the", "peripheral", "blood", "of", "individuals", "affected", "by", "various", "solid", "tumours", "and", "were", "proposed", "to", "facilitate", "the", "dissemination", "and", "establishment", "of", "circulating", "tumour", "cells", "in", "distant", "metastatic", "sites", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "here", ",", "we", "report", "their", "presence", "in", "multiple", "tumour", "resections", ",", "based", "on", "a", "combination", "of", "a", "compound", "gene", "expression", "signature", ",", "tumour", "-", "specific", "copy", "number", "alterations", "and", "physical", "proximity", "to", "tumour", "cells", ",", "as", "evident", "from", "vis", "##ium", "sections", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "taken", "together", ",", "our", "comprehensive", "dataset", "allowed", "identifying", "a", "multitude", "of", "molecular", "changes", "in", "the", "m", "##ɸ", "population", "of", "the", "lung", "tumour", "microenvironment", ",", "which", "will", "help", "pav", "##e", "the", "way", "for", "the", "development", "of", "therapeutic", "strategies", "against", "nsclc", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "tissue", "used", "in", "the", "research", "study", "was", "obtained", "from", "the", "pap", "##worth", "hospital", "research", "tissue", "bank", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "written", "consent", "was", "obtained", "for", "all", "tissue", "samples", "using", "pap", "##worth", "hospital", "research", "tissue", "bank", "’", "s", "ethical", "approval", "(", "east", "of", "england", "—", "cambridge", "east", "research", "ethics", "committee", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "human", "tumour", "and", "adjacent", "background", "tissues", ",", "collected", "from", "the", "edges", "of", "the", "lungs", ",", "were", "obtained", "from", "25", "patients", "following", "tumour", "resection", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]

[ "human", "healthy", "lung", "samples", "were", "obtained", "from", "two", "healthy", "deceased", "donors", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "both", "healthy", "samples", "were", "evaluated", "by", "an", "expert", "pathologist", "to", "exclude", "the", "presence", "of", "malignancies", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "human", "material", "was", "provided", "by", "the", "royal", "pap", "##worth", "tissue", "bank", "(", "t0", "##222", "##9", ")", ",", "in", "accordance", "with", "the", "hm", "##dm", "##c", "human", "tissue", "act", "sample", "cust", "##odia", "##n", "form", "version", "7", ".", "0", "(", "uk", "nr", "##es", "rec", "approval", "reference", "number", "(", "s", ")", ":", "08", "/", "h0", "##304", "/", "56", "+", "5", ";", "hm", "##dm", "##c", "16", "|", "09", "##4", ")", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "nsclc", "ffpe", "tumour", "blocks", "(", "n", "=", "2", ")", "used", "for", "validation", "of", "sta", "##b1", "+", "macrophages", "with", "ak", "##oy", "##a", "were", "obtained", "from", "2", "different", "donors", "and", "purchased", "from", "bio", "##iv", "##t", "(", "ex", "-", "aster", "##and", "bioscience", ")", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "informed", "consent", "form", "(", "icf", ")", "and", "institutional", "review", "board", "approval", "letter", "(", "irb", "##a", ")", "were", "obtained", "for", "all", "tissue", "samples", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "tissues", "were", "kept", "in", "cold", "complete", "rpmi", "medium", "(", "rpmi", "[", "invitrogen", "]", "supplemented", "with", "10", "%", "fbs", "[", "sigma", "millipore", ",", "catalogue", "number", ":", "f", "##96", "##65", "]", ",", "2", "mm", "l-glutamine", "[", "life", "technologies", ",", "catalogue", "number", ":", "250", "##30", "-", "024", "]", "and", "100", "u", "/", "ml", "penicillin", "-", "streptomycin", "[", "thermofisher", ",", "catalogue", "number", ":", "151", "##40", "##122", "]", ")", "until", "dissociation", ",", "which", "was", "performed", "on", "the", "same", "day", "of", "collection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "single", "-", "cell", "suspensions", "were", "generated", "as", "follows", ":", "tissues", "were", "placed", "into", "a", "petri", "dish", "and", "cut", "into", "small", "pieces", "of", "2", "–", "4", "mm", "and", "transferred", "into", "a", "1", ".", "5", "-", "ml", "tube", "containing", "the", "digestion", "mix", "(", "complete", "rpmi", "media", "supplemented", "with", "1", "mg", "ml", "collagenase", "iv", "and", "0", ".", "1", "mg", "ml", "dnase", "i", ")", "and", "min", "##ced", "using", "surgical", "sciss", "##ors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "min", "##ced", "tissues", "were", "incubated", "for", "45", "min", "at", "37", "°c", "and", "vortexed", "every", "15", "min", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "digested", "tissues", "were", "passed", "through", "a", "100", "-", "μm", "strain", "##er", "into", "a", "falcon", "tube", "pref", "##illed", "with", "cold", "pbs", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "cells", "were", "then", "centrifuged", "for", "5", "min", "at", "300", "×", "g", ",", "4", "°c", "and", "the", "pellet", "was", "resuspended", "into", "1×", "rbc", "lysis", "buffer", "(", "ebioscience", ")", "for", "2", "min", "at", "room", "temperature", ",", "after", "which", "20", "ml", "of", "cold", "pbs", "were", "added", "to", "stop", "the", "lysis", "reaction", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "were", "cryopreserved", "in", "5", "%", "dmso", "in", "knockout", "serum", "replacement", "(", "kos", "##r", ";", "gibco", ",", "catalogue", "number", ":", "108", "##28", "##01", "##0", ")", "until", "further", "use", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "on", "the", "day", "of", "facs", "sorting", ",", "cells", "were", "rapidly", "thawed", "at", "37", "°c", "and", "transferred", "to", "complete", "rpmi", "media", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "live", "-", "cell", "enrichment", "was", "performed", "using", "macs", "dead", "cell", "removal", "kit", "(", "miltenyi", "biotec", ")", "following", "the", "manufacturer", "’", "s", "instructions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "red", "blood", "cells", "were", "further", "depleted", "by", "negative", "selection", "using", "cd2", "##35", "##a", "microbe", "##ads", "(", "miltenyi", "biotec", ")", "and", "macs", "ls", "columns", "(", "miltenyi", "biotec", ")", ",", "following", "the", "manufacturer", "’", "s", "instructions", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "for", "facs", "sorting", ",", "cells", "were", "stained", "with", "zo", "##mb", "##ie", "aqu", "##a", "to", "exclude", "dead", "cells", "and", "the", "cocktail", "of", "antibod", "ie", "##s", "for", "30", "min", "at", "4", "°c", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "were", "centrifuged", "for", "5", "min", "at", "300", "×", "g", ",", "4", "°c", ",", "resuspended", "in", "500", "μl", "of", "5", "%", "fbs", "in", "pbs", "and", "subsequently", "filtered", "into", "polypropylene", "facs", "tubes", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "immune", "cells", "were", "sorted", "as", "live", ",", "cd45", "+", ";", "mdsc", "were", "sorted", "as", "live", ",", "cd45", "+", ",", "lineage", "-", "(", "lin", ":", "cd3", ",", "cd56", ",", "cd19", ")", ",", "cd3", "##3", "+", ",", "hla", "-", "dr", "-", "/", "low", "(", "supplementary", "data", "22", "and", "supplementary", "fig", ".", "1a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "were", "sorted", "into", "a", "1", ".", "5", "-", "ml", "tube", ",", "counted", "and", "submitted", "for", "10x", "scr", "##na", "-", "seq", "library", "preparation", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "integrating", "numerous", "samples", ",", "notably", "from", "diverse", "cancer", "subtypes", "and", "adjacent", "normal", "tissues", ",", "is", "challenging", "due", "to", "variations", "in", "gene", "programmes", "between", "samples", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "consequently", ",", "these", "differences", "often", "hinder", "a", "coherent", "biological", "alignment", "when", "attempting", "simultaneous", "embedding", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "most", "current", "integration", "techniques", ",", "primarily", "focused", "on", "batch", "correction", ",", "operate", "under", "the", "assumption", "of", "shared", "cell", "states", "across", "samples", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "while", "they", "aim", "to", "mitigate", "technical", "disparities", ",", "they", "might", "inadvert", "##ently", "era", "##se", "genuine", "biological", "distinc", "ti", "##ons", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "therefore", ",", "we", "applied", "the", "qc", "filtration", "and", "doublet", "removal", "on", "the", "merged", "dataset", "(", "tumour", "+", "b", "/", "h", ")", "but", "we", "split", "the", "datasets", "between", "tumour", "and", "b", "/", "h", "for", "hv", "##g", "selection", ",", "pca", ",", "batch", "correction", "(", "using", "harmon", "##y", ")", ",", "clustering", "and", "annotations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "starting", "from", "the", "unn", "##ormal", "##ised", ",", "uncorrected", "gene", "expression", "matrices", "produced", "(", "per", "sample", ")", "by", "the", "cell", "##ran", "##ger", "protocol", ",", "we", "performed", "careful", "downstream", "analysis", "of", "the", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "each", "cell", "##ran", "##ger", "output", "(", "corresponding", "to", "a", "specific", "technical", "and", "biological", "replicate", "of", "the", "separate", "tumour", ",", "background", "and", "healthy", "data", ")", "we", "identified", "low", "-", "quality", "cells", "or", "empty", "droplets", "by", "applying", "the", "barcode", "##ran", "##ks", "and", "empty", "##dr", "##ops", "functions", "using", "the", "r", "package", "droplet", "##ut", "##ils", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "following", "per", "-", "sample", "droplets", "removal", ",", "the", "complete", "set", "of", "cell", "expression", "matrices", "was", "merged", "(", "we", "merged", "tumour", ",", "background", ",", "and", "healthy", "samples", ")", ",", "and", "quality", "control", "(", "qc", ")", "was", "applied", "to", "the", "resultant", "merged", "matrix", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "remaining", "analysis", "is", "implemented", "using", "standard", "approaches", "in", "the", "scan", "##py", "framework", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "qc", "is", "based", "on", "three", "parameters", ":", "the", "total", "um", "##i", "count", "(", "lower", "-", "upper", "threshold", ")", ",", "the", "number", "of", "detected", "genes", "(", "lower", "-", "upper", "threshold", ")", ",", "and", "the", "proportion", "of", "mitochondrial", "gene", "count", "per", "cell", "(", "20", "%", "fraction", "upper", "bound", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "applied", "scr", "##uble", "##t", "to", "remove", "potential", "doublet", "##s", "with", "0", ".", "06", "as", "the", "expected", "doublet", "rate", "and", "then", "filtered", "the", "results", "using", "the", "parameter", "values", "(", "2", "for", "minimum", "read", "count", "of", "cell", ",", "3", "for", "minimum", "detected", "cell", "of", "gene", ",", "85", "for", "minimum", "gene", "variability", "percentage", ",", "and", "30", "for", "the", "number", "of", "principal", "components", "used", "to", "embed", "the", "transcriptomes", "prior", "to", "k", "-", "nearest", "-", "neighbour", "graph", "construction", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "resulting", "merged", "and", "filtered", "expression", "matrix", "is", "then", "normalised", "using", "the", "scaling", "factor", "10", ",", "000", ",", "followed", "by", "log", "##1p", "transformation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "following", "between", "-", "sample", "batch", "correction", ",", "we", "computed", "a", "neighbourhood", "graph", "and", "applied", "lei", "##den", "clustering", "(", "with", "lei", "##den", "resolution", "being", "1", ")", "to", "the", "15", "-", "dimensional", "harmon", "##ised", "pca", "space", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "visual", "##isation", "purposes", ",", "we", "used", "uniform", "manifold", "approximation", "and", "projection", "(", "um", "##ap", ")", "manifold", "embedding", "to", "capture", "the", "global", "features", "of", "the", "15", "-", "dimensional", "clustered", "manifold", "and", "represent", "the", "global", "structure", "in", "two", "and", "three", "dimensions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "identified", "top", "100", "representative", "genes", "for", "each", "cluster", "by", "performing", "the", "wilcoxon", "signed", "-", "rank", "test", "with", "the", "bonferroni", "correction", ",", "followed", "by", "a", "filtering", "to", "obtain", "genes", "overexpressed", "in", "the", "target", "group", "(", "minimum", "log", "fold", "change", "as", "0", ")", "and", "expressed", "in", "at", "least", "30", "%", "of", "cells", "within", "the", "group", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "did", "not", "control", "the", "fraction", "of", "gene", "expression", "of", "other", "clusters", ",", "by", "setting", "the", "maximum", "threshold", "as", "100", "%", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "then", "annotate", "d", "each", "cell", "cluster", "according", "to", "the", "the", "expression", "profile", "of", "these", "marker", "genes", "and", "the", "expression", "of", "other", "canonical", "genes", "significant", "for", "different", "lung", "cell", "types", "based", "on", "the", "literature", "(", "see", "extended", "results", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "annotation", "procedure", "was", "done", "iteratively", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "with", "this", "approach", "we", "generated", "two", "separate", "annotate", "d", "um", "##aps", ",", "together", "with", "associated", "marker", "genes", ",", "for", "the", "tumour", "and", "b", "/", "h", "datasets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "compare", "cell", "-", "type", "abundances", ",", "we", "calculated", "the", "proportion", "of", "each", "cell", "type", "within", "each", "patient", "and", "broad", "cell", "annotation", "in", "the", "une", "##nr", "##ich", "##ed", "(", "cd2", "##35", "-", ")", "samples", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]