OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "we", "contrasted", "cell", "-", "type", "proportions", "between", "groups", "(", "tumour", "vs", ".", "background", "or", "lu", "##ad", "vs", ".", "lu", "##sc", ")", "using", "a", "wilcoxon", "rank", "-", "sum", "test", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "finally", ",", "we", "corrected", "for", "multiple", "testing", "using", "a", "two", "-", "sided", "bonferroni", "correction", "independently", "for", "each", "group", "analysed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "the", "association", "between", "the", "relative", "cell", "-", "type", "abundance", "for", "each", "immune", "cell", "type", "was", "evaluated", "on", "the", "pearson", "’", "s", "product", "-", "moment", "correlation", "coefficients", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "test", "consistency", "in", "cell", "-", "type", "annotation", "performed", "separately", "in", "tumour", "and", "b", "/", "h", ",", "we", "performed", "reference", "-", "query", "mapping", "from", "tumour", "to", "b", "/", "h", "using", "scarc", "##hes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "the", "82", "##8", ",", "191", "immune", "cells", "(", "46", "##4", ",", "95", "##2", "in", "tumour", "and", "363", ",", "239", "in", "b", "/", "h", ")", "identified", "through", "our", "separate", "annotations", ",", "we", "selected", "a", "common", "set", "of", "10", ",", "000", "hv", "##gs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "first", "built", "an", "sc", "##vi", "model", "and", "trained", "it", "on", "the", "tumour", "dataset", "using", "broad", "cell", "types", "for", "reference", ",", "and", "applied", "sch", "##pl", "method", "(", "provided", "in", "the", "scarc", "##hes", "package", ",", "parameters", "set", "to", "use", "kn", "##n", "classifier", ",", "100", "neighbour", "##s", "and", "with", "pca", "dimensionality", "reduction", ")", "to", "obtain", "the", "hierarchy", "for", "the", "tumour", "cell", "types", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "we", "then", "applied", "the", "b", "/", "h", "dataset", "to", "the", "pret", "##ra", "##ined", "reference", "model", "for", "a", "query", ",", "and", "predicted", "b", "/", "h", "broad", "cell", "types", "based", "on", "tumour", "hierarchy", "(", "probability", "threshold", "set", "as", "0", ".", "2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "finally", ",", "we", "compared", "the", "predicted", "cell", "types", "with", "our", "separate", "annotations", "in", "b", "/", "h", "using", "a", "heatmap", "to", "visual", "##ise", "the", "confusion", "matrix", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "we", "initially", "identified", "a", "putative", "long", "list", "of", "cell", "–", "cell", "interactions", "differentially", "observed", "in", "the", "tumour", "environment", "by", "infer", "##ring", "statistically", "significant", "ligand", "–", "receptor", "pairs", ",", "and", "their", "corresponding", "cell", "types", ",", "using", "cell", "##phone", "##db", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "treated", "the", "tumour", "(", "lu", "##ad", "or", "lu", "##sc", ")", ",", "background", ",", "and", "healthy", "scr", "##na", "-", "seq", "profiles", "as", "independent", "datasets", "and", "ran", "cell", "##phone", "##db", "separately", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "reduce", "the", "impact", "of", "random", "##ness", "in", "the", "way", "cell", "##phone", "##db", "samples", "from", "input", "datasets", ",", "we", "required", "that", "any", "ligand", "–", "receptor", "pair", "of", "interest", "from", "the", "cell", "##phone", "##db", "database", "be", "expressed", "in", "at", "least", "30", "%", "of", "cells", "in", "a", "particular", "cell", "-", "type", "cluster", "of", "interest", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "final", "ligand", "–", "receptor", "lists", "were", "further", "filtered", "by", "requiring", "that", "the", "mean", "log", "(", "1", "+", "expression", ")", "of", "the", "ligand", "–", "receptor", "pair", "be", "greater", "than", "1", ".", "0", ",", "and", "the", "bonferroni", "-", "adjusted", "p", "value", "be", "less", "than", "0", ".", "01", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "from", "these", "filtered", "long", "lists", ",", "ligand", "–", "receptor", "pairs", "and", "corresponding", "cell", "types", "relevant", "to", "the", "tumour", "data", "are", "identified", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "when", "evaluating", "the", "ligand", "–", "receptor", "lists", "calculated", "with", "cell", "##phone", "##db", ",", "we", "did", "not", "run", "on", "the", "complete", "datasets", "due", "to", "the", "difficulty", "in", "scaling", "up", "the", "cell", "##phone", "##db", "statistical", "permutation", "tests", "to", "scr", "##na", "-", "seq", "with", "more", "than", "10", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "instead", ",", "we", "separately", "stratified", "the", "tumour", ",", "healthy", "and", "background", "datasets", "such", "that", "the", "proportion", "of", "cell", "types", ",", "patients", ",", "and", "samples", "in", "the", "reduced", "50", "%", "of", "the", "data", "recapitulated", "the", "proportions", "in", "the", "full", "dataset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "differentiation", "expression", "analysis", "(", "dea", ")", "was", "performed", "for", "at2", "cells", ",", "anti-inflammatory", "macrophages", "and", "alveol", "ar", "macrophages", "using", "a", "pseudo", "-", "bulk", "approach", "to", "compare", "tumour", "versus", "background", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "pseudo", "##bu", "##l", "##ks", "were", "built", "for", "each", "patient", "by", "summing", "raw", "gene", "counts", "across", "all", "cells", "in", "each", "cell", "type", "investigated", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]
[ "the", "patients", "1", "and", "4", "were", "not", "included", "in", "the", "analysis", "as", "their", "cancer", "subtype", "and", "stage", "were", "not", "known", "at", "the", "time", "of", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "since", "there", "were", "differences", "in", "the", "cell", "count", "between", "datasets", "we", "downs", "##ampled", "the", "biggest", "cluster", "to", "the", "size", "of", "the", "smaller", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "downs", "##ampling", "routine", "was", "repeated", "100", "times", ",", "such", "that", "100", "new", "datasets", "were", "created", "that", "match", "the", "smaller", "dataset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "dea", "was", "performed", "using", "sample", "-", "level", "pseudo", "##bu", "##l", "##ks", "and", "a", "python", "##ic", "version", "of", "the", "des", "##eq", "##2", "pipeline", "(", "py", "_", "des", "##eq", "##2", ")", ",", "including", "the", "patient", "information", "as", "co", "-", "vari", "##ate", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "median", "adjusted", "p", "value", "by", "benjamini", "–", "hochberg", "procedure", "and", "median", "log2", "##fc", "for", "each", "differentially", "expressed", "gene", "(", "deg", ")", "was", "calculated", "across", "100", "iterations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "verified", "the", "robustness", "of", "this", "choice", "of", "100", "iterations", "by", "visual", "##ising", "the", "variability", "of", "the", "median", "p", "value", "across", "iterations", ",", "in", "order", "to", "assess", "its", "stability", "(", "supplementary", "fig", ".", "6c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "degs", "were", "filtered", "with", "median", "(", "pad", "##j", ")", "≤0", ".", "05", "and", "\|", "median", "(", "log", "##fc", ")", "\|", "≥1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "prior", "to", "performing", "overr", "##ep", "##res", "##entation", "analysis", ",", "the", "genes", "that", "were", "commonly", "upregulated", "in", "more", "than", "50", "%", "of", "the", "contrasts", "were", "removed", "(", "dna", "##j", "##b1", ",", "hsp", "##a1", "##a", ",", "hsp", "##a1", "##b", ",", "hsp", "##b1", ",", "hsp", "##e1", ",", "igh", "##a1", ",", "ig", "##kc", ",", "igl", "##c2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "degs", "were", "used", "to", "perform", "gene", "ontology", "(", "go", ")", "overr", "##ep", "##res", "##entation", "using", "the", "cluster", "##pro", "##fil", "##er", "package", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "define", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "and", "am", "##ɸ", "gene", "signatures", ",", "we", "compared", "dea", "results", "and", "inters", "##ected", "the", "genes", "significantly", "upregulated", "by", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "(", "or", "am", "##ɸ", ")", "compared", "to", "the", "other", "m", "##ɸ", "populations", "in", "tumour", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "analyse", "myeloid", "cell", "trajectory", "in", "tumour", "dataset", ",", "we", "recom", "##put", "##ed", "a", "neighbourhood", "graph", "from", "the", "same", "15", "-", "dimensional", "harmon", "##ised", "pca", "space", "as", "above", ",", "but", "only", "within", "myeloid", "cell", "populations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]
[ "we", "next", "applied", "pag", "##a", "within", "the", "scan", "##py", "package", "to", "the", "neighbourhood", "graph", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "parallel", ",", "we", "computed", "the", "diffusion", "map", "and", "its", "force", "-", "directed", "layout", "for", "visual", "##isation", "using", "the", "peg", "##as", "##us", "package", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "finally", "overlaid", "the", "pag", "##a", "network", "with", "the", "diffusion", "map", "using", "the", "sc", "##vel", "##o", "package", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "repeated", "the", "same", "analysis", "workflow", "but", "on", "non-immune", "cells", "in", "the", "tumour", "dataset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "we", "applied", "the", "copy", "##kat", "package", "to", "the", "single", "-", "cell", "rna", "-", "seq", "data", "to", "obtain", "copy", "number", "calls", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "copy", "##kat", "pipeline", "was", "extended", "to", "obtain", "confident", "copy", "number", "calls", "per", "cell", ",", "per", "chromosome", "arm", ",", "beyond", "the", "hierarchical", "clustering", "the", "standard", "pipeline", "produces", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "per", "cell", "copy", "number", "calls", "were", "obtained", "as", "follows", ":", "first", ",", "the", "regular", "copy", "##kat", "(", "v1", ".", "0", ".", "5", ")", "pipeline", "was", "run", "on", "the", "unmodified", "um", "##i", "counts", "of", "a", "particular", "patient", "/", "environment", "(", "i", ".", "e", ".", ",", "tumour", "or", "background", ")", "combination", "with", "default", "parameters", ",", "except", "for", "norm", ".", "cell", ".", "names", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "norm", ".", "cell", ".", "names", "parameter", "allows", "for", "specifying", "which", "cells", "are", "used", "as", "confident", "diploid", "normal", "##s", "during", "expression", "normal", "##isation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "copy", "##kat", "was", "set", "to", "use", "all", "cells", "labelled", "as", "cdc2", "dendritic", "cells", ",", "as", "they", "are", "available", "in", "great", "numbers", "across", "all", "patients", "and", "an", "initial", "inspection", "of", "their", "expression", "profiles", "revealed", "no", "systematic", "copy", "number", "alterations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "after", "copy", "##kat", "has", "completed", ",", "a", "calling", "step", "was", "applied", "that", "is", "aimed", "to", "call", "whole", "chromosome", "arm", "alterations", "in", "individual", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "we", "reasoned", "that", ",", "on", "a", "chromosome", "arm", "basis", ",", "the", "distribution", "of", "bin", "##ned", "-", "and", "-", "normalised", "expression", "from", "copy", "##kat", "should", "be", "significantly", "different", "(", "higher", "or", "lower", ")", "than", "the", "distribution", "of", "the", "same", "bins", "in", "all", "confident", "##ly", "diploid", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "for", "each", "chromosome", "arm", ",", "we", "model", "the", "distribution", "of", "all", "data", "bins", "from", "the", "confident", "##ly", "diploid", "cells", "as", "a", "normal", "distribution", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "each", "bin", "on", "that", "same", "chromosome", "arm", "from", "a", "candidate", "aneuploid", "cell", "is", "then", "tested", "against", "that", "distribution", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "finally", ",", "when", "more", "than", "50", "%", "of", "bins", "across", "that", "chromosome", "arm", "are", "significant", ",", "the", "arm", "is", "marked", "as", "altered", "in", "that", "cell", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "the", "above", "-", "described", "procedure", "yields", "a", "conservative", "true", "/", "false", "call", "per", "cell", ",", "per", "chromosome", "arm", "without", "directly", "disting", "ui", "##sh", "##ing", "between", "gains", "and", "losses", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "obtain", "a", "profile", "with", "gains", "and", "losses", "as", "is", "shown", "in", "fig", ".", "4a", ",", "we", "discre", "##tise", "the", "values", "for", "each", "bin", "in", "each", "cell", ":", "if", "the", "arm", "is", "altered", "and", "the", "expression", "value", "of", "the", "bin", "is", "negative", ":", "−1", ",", "if", "the", "arm", "is", "altered", "and", "the", "expression", "value", "is", "positive", ":", "+", "1", ",", "if", "the", "arm", "is", "unaltered", ":", "0", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "discre", "##ti", "##zed", "values", "are", "then", "finally", "summed", "per", "bin", "across", "all", "cells", "of", "a", "particular", "cell", "type", "and", "divided", "by", "the", "number", "of", "cells", "of", "that", "cell", "type", "to", "obtain", "the", "fraction", "of", "cells", "with", "an", "alteration", "as", "shown", "in", "fig", ".", "4a", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "tissues", "were", "frozen", "in", "dry", "-", "ice", "-", "cooled", "isop", "##enta", "##ne", "and", "stored", "in", "air", "-", "tight", "tissue", "cryo", "##vi", "##als", "at", "−80", "°c", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "tissues", "were", "embedded", "in", "an", "optimal", "cutting", "temperature", "compound", "(", "oct", ")", "and", "cryos", "##ection", "##ed", "in", "a", "pre", "-", "cooled", "cryostat", "at", "10", "μm", "thickness", "on", "superf", "##rost", "slides", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "on", "the", "day", "of", "the", "experiment", ",", "slides", "were", "thawed", "at", "room", "temperature", "for", "less", "than", "5", "min", ",", "then", "immersed", "in", "a", "fixation", "solution", "(", "4", "%", "pfa", "in", "pbs", ")", "for", "20", "min", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "after", "three", "washes", "with", "pbs", ",", "each", "section", "was", "permeabilized", "with", "freshly", "prepared", "0", ".", "2", "%", "triton-x", "100", "(", "sigma", "aldrich", ")", "for", "10", "min", "at", "room", "temperatures", ",", "followed", "by", "three", "washes", "in", "pbs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "unspecific", "binding", "was", "blocked", "by", "incubating", "the", "sections", "in", "pbs", "+", "2", ".", "5", "%", "bsa", "for", "1", "h", "at", "room", "temperature", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "following", "two", "washes", "in", "pbs", ",", "sections", "were", "incubated", "with", "recombinant", "rabbit", "anti", "-", "cd68", "(", "abcam", "ab", "##21", "##33", "##63", ",", "1", ":", "50", ")", "and", "mouse", "anti", "-", "sta", "##b1", "(", "santa", "cruz", "biotechnology", "sc", "-", "293", "##254", ",", "10", "µg", "/", "ml", ")", "in", "pbs", "+", "0", ".", "5", "%", "bsa", "overnight", "at", "4", "°c", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "primary", "antibod", "ie", "##s", "were", "removed", "and", "sections", "washed", "three", "times", "with", "pbs", ",", "then", "incubated", "with", "the", "appropriate", "secondary", "antibod", "ie", "##s", "(", "goat", "anti-rabbit", "alexa", "##fluor", "594", "and", "goat", "anti-mouse", "alexa", "##fluor", "488", "abcam", ")", "1", ":", "500", "in", "pbs", "+", "0", ".", "5", "%", "bsa", "for", "2", "h", "at", "room", "temperature", ",", "protected", "from", "light", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "two", "confocal", "immunoh", "is", "##to", "##chem", "##istry", "z", "-", "stacks", "each", "for", "tumour", "and", "background", "tissue", "from", "three", "patients", "were", "analysed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "using", "fi", "##ji", "(", "imagej", ")", "software", ",", "the", "sta", "##b1", "+", "and", "cd68", "+", "areas", "were", "segmented", "by", "automatic", "thresholding", "and", "quantified", "in", "each", "image", "of", "the", "z", "-", "stack", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "assess", "the", "levels", "of", "cholesterol", "and", "neutral", "lipids", "we", "further", "stained", "tumour", "and", "background", "tissue", "sections", "with", "bodipy", "##™", "493", "/", "503", "(", "invitrogen", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "after", "three", "washes", "in", "pbs", ",", "sections", "were", "incubated", "with", "a", "10", "µg", "/", "ml", "solution", "of", "bodipy", "##™", "493", "/", "503", "in", "pbs", "(", "1", ":", "100", "from", "a", "stock", "1", "mg", "/", "ml", "solution", "in", "dmso", ")", "for", "15", "min", "at", "room", "temperature", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "following", "four", "washes", "in", "pbs", ",", "sections", "were", "incubated", "for", "90", "s", "with", "true", "##view", "(", "vector", "laboratories", ")", ",", "washed", "by", "immers", "##ing", "in", "pbs", "for", "5", "min", ",", "then", "tap", "-", "dried", "and", "mounted", "in", "vect", "##ashi", "##eld", "vibr", "##ance", "##™", "antifade", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "sections", "were", "imaged", "using", "a", "zeiss", "lsm", "710", "confocal", "microscope", "at", "×", "##20", "(", "plan", "-", "apoc", "##hr", "##omat", "×", "##20", "/", "0", ".", "8", "m2", "##7", ")", "and", "×", "##63", "(", "plan", "-", "apoc", "##hr", "##omat", "×", "##63", "/", "1", ".", "40", "oil", "dic", "m2", "##7", ")", "magnification", "." ]	[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "til", "##e", "scans", "were", "set", "to", "cover", "an", "area", "of", "354", "##1", "×", "354", "##2", "microns", "for", "all", "sections", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "imagej", "was", "used", "to", "remove", "background", "bodipy", "signals", "and", "calculate", "the", "area", "covered", "by", "the", "threshold", "##ed", "bodipy", "on", "the", "sti", "##tch", "##ed", "images", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "compare", "the", "area", "covered", "by", "bodipy", "in", "tumour", "and", "background", ",", "we", "used", "a", "paired", "t", "test", "at", "a", "patient", "level", ",", "after", "confirming", "the", "normal", "distribution", "of", "the", "data", "using", "a", "shapiro", "–", "wilk", "test", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "investigate", "the", "onc", "##of", "##etal", "reprogramming", "of", "myeloid", "cells", "in", "nsclc", ",", "we", "took", "advantage", "of", "a", "published", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", "of", "foetal", "lung", "myeloid", "cells", "and", "the", "published", "“", "mom", "##ac", "-", "vers", "##e", "”", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "expression", "of", "the", "“", "sta", "##b1", "signature", "genes", "”", "and", "of", "the", "“", "am", "##ɸ", "signature", "genes", "”", "across", "lung", "foetal", "myeloid", "cells", "was", "determined", "using", "the", "add", "##mod", "##ules", "##core", "function", "in", "se", "##ura", "##t", "v4", ".", "3", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "combine", "foetal", "lung", "and", "adult", "lung", "tumour", "-", "infiltrating", "myeloid", "cells", ",", "we", "isolated", "the", "myeloid", "cells", "from", "our", "tumour", "and", "background", "datasets", "and", "integrated", "those", "with", "the", "aforementioned", "foetal", "lung", "myeloid", "dataset", "using", "the", "peg", "##as", "##us", "package", ",", "following", "the", "following", "workflow", ":", "(", "i", ")", "remove", "rarely", "expressed", "genes", "(", "less", "than", "10", "cells", ")", ",", "normal", "##isation", "and", "log", "##1p", "transformation", ",", "(", "ii", ")", "robust", "and", "highly", "-", "variable", "gene", "selection", ",", "(", "iii", ")", "pca", "with", "optimal", "pc", "number", "determined", "by", "random", "matrix", "theory", "(", "resulting", "in", "75", "pcs", ")", ",", "(", "iv", ")", "batch", "effect", "correction", "using", "harmon", "##y", ",", "and", "(", "v", ")", "lei", "##den", "clustering", "on", "neighbourhood", "graph", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "dendro", "##gram", "was", "built", "by", "estimating", "the", "correlation", "distance", "between", "cell", "types", "on", "the", "harmon", "##ised", "pc", "embedding", "space", ",", "under", "complete", "linkage", "criterion", "of", "hierarchical", "clustering", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "um", "##ap", "was", "computed", "to", "obtain", "a", "2d", "summary", "of", "the", "harmon", "##ised", "pc", "space", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "tissues", "were", "frozen", "in", "dry", "-", "ice", "-", "cooled", "isop", "##enta", "##ne", "and", "stored", "in", "air", "-", "tight", "tissue", "cryo", "##vi", "##als", "at", "−80", "°c", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "prior", "to", "undertaking", "any", "spatial", "transcriptomic", "##s", "protocol", ",", "the", "tissues", "were", "embedded", "in", "oct", "compound", "and", "tested", "for", "rna", "quality", "with", "an", "agilent", "bio", "##anal", "##ys", "##er", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "tissues", "with", "rna", "integrity", "(", "rin", ")", "values", ">", "7", "were", "cryos", "##ection", "##ed", "in", "a", "pre", "-", "cooled", "cryostat", "at", "10", "μm", "thickness", "." ]	[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "two", "consecutive", "sections", "were", "cryos", "##ection", "##ed", "at", "10", "μm", "thickness", "in", "a", "pre", "-", "cooled", "cryostat", "and", "transferred", "to", "the", "four", "6", ".", "5", "mm", "×", "6", ".", "5", "mm", "capture", "areas", "of", "the", "gene", "expression", "slide", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "slides", "were", "fixed", "in", "methanol", "for", "30", "min", "prior", "to", "staining", "with", "h", "&", "e", "and", "then", "imaged", "using", "the", "nano", "##zo", "##omer", "slide", "scanner", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "tissues", "underwent", "permeabilization", "for", "24", "min", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "reverse", "transcription", "and", "second", "strand", "synthesis", "was", "performed", "on", "the", "slide", "with", "cdna", "quantification", "using", "qrt", "-", "pcr", "using", "kap", "##a", "sybr", "fast", "-", "qpcr", "kit", "(", "kap", "##a", "biosystems", ")", "and", "analysed", "on", "the", "quant", "##st", "##udi", "##o", "(", "thermofisher", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "following", "library", "construction", ",", "these", "were", "quantified", "and", "pooled", "at", "2", ".", "25", "nm", "concentration", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "pooled", "libraries", "from", "each", "slide", "were", "sequenced", "on", "nov", "##ase", "##q", "sp", "(", "illumina", ")", "using", "150", "base", "pair", "paired", "-", "end", "dual", "-", "indexed", "set", "-", "up", "to", "obtain", "a", "sequencing", "depth", "of", "~", "50", ",", "000", "reads", "as", "per", "10x", "genomics", "recommendations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "sequencing", "libraries", "were", "then", "processed", "by", "spacer", "##anger", "(", "version", "1", ".", "1", ".", "0", ")", "on", "the", "reference", "gr", "##ch", "##38", "human", "reference", "genome", "to", "estimate", "gene", "expression", "on", "spots", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "we", "used", "cell", "##2", "##lo", "##cat", "##ion", "to", "deconv", "##ol", "##ute", "the", "cellular", "composition", "of", "each", "capture", "area", "(", "spot", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "our", "scr", "##na", "-", "seq", "cells", "were", "annotate", "d", "independently", "for", "tumour", "and", "the", "combined", "b", "/", "h", "datasets", ",", "we", "applied", "the", "deconvolution", "model", "separately", "as", "well", ",", "using", "tumour", "annotation", "to", "infer", "spatial", "cell", "composition", "of", "tumour", "sections", ",", "and", "background", "annotations", "for", "background", "datasets", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "only", "spots", "with", "total", "um", "##i", "counts", "above", "800", "were", "used", "in", "downstream", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "the", "cell", "-", "type", "abundance", "in", "tumour", "and", "background", "sections", "were", "computed", "by", "summing", "up", "the", "q", "##05", "cell", "abundance", ",", "as", "estimated", "by", "cell", "##2", "##lo", "##cat", "##ion", ",", "across", "spots", "that", "passed", "qc", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cell", "-", "type", "composition", "was", "computed", "by", "normal", "##ising", "each", "cell", "type", "’", "s", "abundance", "with", "the", "total", "abundance", "of", "all", "cell", "types", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "we", "compared", "cell", "-", "type", "composition", "between", "tumour", "and", "background", "with", "wilcoxon", "signed", "-", "rank", "test", ",", "followed", "by", "bonferroni", "correction", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "on", "tumour", "sections", ",", "we", "estimated", "the", "correlation", "distance", "on", "cell", "-", "type", "composition", "across", "valid", "spots", ",", "applied", "hierarchical", "clustering", "with", "complete", "linkage", ",", "and", "visual", "##ised", "the", "results", "as", "a", "dendro", "##gram", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "addition", ",", "we", "applied", "non", "-", "negative", "matrix", "factor", "##isation", "analysis", "to", "the", "q", "##05", "estimation", "of", "cell", "-", "type", "abundance", "with", "eight", "factors", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "study", "the", "expression", "of", "ligand", "–", "receptor", "pairs", "on", "the", "10x", "vis", "##ium", ",", "we", "first", "bin", "##aris", "##ed", "the", "expression", "of", "each", "gene", "in", "the", "lr", "pairs", "in", "the", "spots", "that", "passed", "qc", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "considered", "a", "gene", "being", "expressed", "in", "a", "spot", "if", "its", "cell", "##2", "##lo", "##cat", "##ion", "estimated", "abundance", "were", "higher", "than", "the", "median", "counts", "for", "that", "gene", "in", "the", "corresponding", "section", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "we", "counted", "spots", "where", "both", "genes", "in", "each", "lr", "pair", "were", "either", "co", "-", "expressed", "or", "not", ",", "in", "tumour", "and", "background", "sections", "from", "the", "same", "patient", ",", "and", "subsequently", ",", "applied", "the", "χ", "test", "on", "the", "contingency", "table", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "correct", "for", "multiple", "comparisons", ",", "we", "adjusted", "the", "p", "value", "using", "a", "conservative", "bonferroni", "correction", "for", "all", "the", "lr", "##s", "enriched", "in", "tumours", "in", "the", "cell", "##phone", "##db", "analysis", "(", "309", "*", "8", "patients", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lr", "##s", "were", "considered", "significantly", "enriched", "in", "tumour", "if", "the", "bonferroni", "-", "adjusted", "p", "value", "was", "lower", "than", "0", ".", "05", "in", "at", "least", "four", "patients", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "5", "μm", "thick", "sections", "were", "generated", "from", "nsclc", "ffpe", "tumour", "blocks", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "an", "antibod", "y", "cocktail", "was", "prepared", "with", "optimal", "dilutions", "of", "each", "of", "the", "following", "conjugated", "antibod", "ie", "##s", ":", "anti-human", "stabil", "##in", "-", "1", "antibod", "y", "(", "clone", "#", "84", "##04", "##49", ",", "catalogue", "#", "mab", "##38", "##25", ",", "r", "&", "d", "systems", ")", "was", "conjugated", "to", "a", "custom", "oligo", "barcode", "according", "to", "instructions", "in", "ak", "##oy", "##a", "biosciences", "’", "antibod", "y", "conjugation", "kit", "(", "conjugation", "kit", ",", "#", "700", "##000", "##9", ";", "ak", "##oy", "##a", ")", "while", "human", "cd68", "(", "clone", "#", "kp", "##1", ",", "catalogue", "#", "455", "##01", "##13", ",", "ak", "##oy", "##a", ")", "and", "human", "panc", "##k", "(", "clone", "ae", "-", "1", "/", "ae", "-", "3", ",", "catalogue", "#", "415", "##002", "##0", ",", "ak", "##oy", "##a", ")", "were", "obtained", "directly", "pre", "-", "conjugated", "to", "oligo", "barcode", "##s", "from", "ak", "##oy", "##a", "biosciences", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "complementary", "oligo", "-", "conjugated", "fluorophore", "reporters", "were", "obtained", "from", "ak", "##oy", "##a", "biosciences", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "tissue", "multiplexed", "immunoflu", "ore", "##sc", "##ence", "staining", "and", "image", "acquisition", "were", "performed", "according", "to", "ak", "##oy", "##a", "phen", "##ocycl", "##er", "-", "fusion", "user", "guide", "(", "pd", "-", "00001", "##1", "rev", ".", "a", ".", ",", "ak", "##oy", "##a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ome", "-", "tif", "##f", "files", "were", "generated", "and", "processed", "for", "image", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "analysis", "of", "the", "multiplexed", "immunoflu", "ore", "##sc", "##ence", "images", "(", "generated", "from", "ak", "##oy", "##a", "phen", "##ocycl", "##er", "-", "fusion", "platform", ")", "was", "performed", "using", "vis", "##iop", "##har", "##m", "(", "version", "202", "##3", ".", "09", ".", "3", ".", "150", "##43", "×", "64", ")", "on", "the", "entire", "tissue", "area", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "briefly", ",", "cell", "segmentation", "(", "including", "both", "nuclear", "and", "cytoplasmic", "segmentation", ")", "was", "first", "performed", "using", "vis", "##iop", "##har", "##m", "’", "s", "“", "cell", "detection", ",", "ai", "(", "fluorescence", ")", "”", "(", "version", "202", "##3", ".", "09", ".", "3", ".", "150", "##43", "×", "64", ")", "with", "its", "default", "parameters", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "after", "cell", "segmentation", ",", "vis", "##iop", "##har", "##m", "’", "s", "“", "phen", "##ople", "##x", "guided", "workflow", "”", "was", "used", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "dapi", "(", "nucleus", ")", ",", "cd68", "(", "cell", "body", ")", "and", "sta", "##b1", "(", "cell", "body", ")", "variables", "were", "selected", "and", "manually", "threshold", "##ed", "to", "define", "positive", "and", "negative", "cells", "for", "each", "marker", "and", "generate", "a", "co", "-", "occurrence", "matrix", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "macrophages", "were", "defined", "as", "[", "dapi", "+", ",", "cd68", "+", "]", "while", "sta", "##b1", "+", "macrophages", "were", "defined", "as", "[", "dapi", "+", ",", "cd68", "+", ",", "sta", "##b1", "+", "]", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "mapping", "the", "arterial", "vascular", "network", "in", "an", "intact", "human", "kidney", "using", "hierarchical", "phase", "-", "contrast", "tomography", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "the", "architecture", "of", "kidney", "vasculature", "is", "essential", "the", "organ", "'", "s", "special", "##ised", "functions", ",", "yet", "is", "challenging", "to", "structurally", "map", "in", "an", "intact", "human", "organ", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "we", "contrasted", "cell", "-", "type", "proportions", "between", "groups", "(", "tumour", "vs", ".", "background", "or", "lu", "##ad", "vs", ".", "lu", "##sc", ")", "using", "a", "wilcoxon", "rank", "-", "sum", "test", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "finally", ",", "we", "corrected", "for", "multiple", "testing", "using", "a", "two", "-", "sided", "bonferroni", "correction", "independently", "for", "each", "group", "analysed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "the", "association", "between", "the", "relative", "cell", "-", "type", "abundance", "for", "each", "immune", "cell", "type", "was", "evaluated", "on", "the", "pearson", "’", "s", "product", "-", "moment", "correlation", "coefficients", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "test", "consistency", "in", "cell", "-", "type", "annotation", "performed", "separately", "in", "tumour", "and", "b", "/", "h", ",", "we", "performed", "reference", "-", "query", "mapping", "from", "tumour", "to", "b", "/", "h", "using", "scarc", "##hes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "the", "82", "##8", ",", "191", "immune", "cells", "(", "46", "##4", ",", "95", "##2", "in", "tumour", "and", "363", ",", "239", "in", "b", "/", "h", ")", "identified", "through", "our", "separate", "annotations", ",", "we", "selected", "a", "common", "set", "of", "10", ",", "000", "hv", "##gs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "first", "built", "an", "sc", "##vi", "model", "and", "trained", "it", "on", "the", "tumour", "dataset", "using", "broad", "cell", "types", "for", "reference", ",", "and", "applied", "sch", "##pl", "method", "(", "provided", "in", "the", "scarc", "##hes", "package", ",", "parameters", "set", "to", "use", "kn", "##n", "classifier", ",", "100", "neighbour", "##s", "and", "with", "pca", "dimensionality", "reduction", ")", "to", "obtain", "the", "hierarchy", "for", "the", "tumour", "cell", "types", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "we", "then", "applied", "the", "b", "/", "h", "dataset", "to", "the", "pret", "##ra", "##ined", "reference", "model", "for", "a", "query", ",", "and", "predicted", "b", "/", "h", "broad", "cell", "types", "based", "on", "tumour", "hierarchy", "(", "probability", "threshold", "set", "as", "0", ".", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "finally", ",", "we", "compared", "the", "predicted", "cell", "types", "with", "our", "separate", "annotations", "in", "b", "/", "h", "using", "a", "heatmap", "to", "visual", "##ise", "the", "confusion", "matrix", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "we", "initially", "identified", "a", "putative", "long", "list", "of", "cell", "–", "cell", "interactions", "differentially", "observed", "in", "the", "tumour", "environment", "by", "infer", "##ring", "statistically", "significant", "ligand", "–", "receptor", "pairs", ",", "and", "their", "corresponding", "cell", "types", ",", "using", "cell", "##phone", "##db", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "treated", "the", "tumour", "(", "lu", "##ad", "or", "lu", "##sc", ")", ",", "background", ",", "and", "healthy", "scr", "##na", "-", "seq", "profiles", "as", "independent", "datasets", "and", "ran", "cell", "##phone", "##db", "separately", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "reduce", "the", "impact", "of", "random", "##ness", "in", "the", "way", "cell", "##phone", "##db", "samples", "from", "input", "datasets", ",", "we", "required", "that", "any", "ligand", "–", "receptor", "pair", "of", "interest", "from", "the", "cell", "##phone", "##db", "database", "be", "expressed", "in", "at", "least", "30", "%", "of", "cells", "in", "a", "particular", "cell", "-", "type", "cluster", "of", "interest", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "final", "ligand", "–", "receptor", "lists", "were", "further", "filtered", "by", "requiring", "that", "the", "mean", "log", "(", "1", "+", "expression", ")", "of", "the", "ligand", "–", "receptor", "pair", "be", "greater", "than", "1", ".", "0", ",", "and", "the", "bonferroni", "-", "adjusted", "p", "value", "be", "less", "than", "0", ".", "01", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "from", "these", "filtered", "long", "lists", ",", "ligand", "–", "receptor", "pairs", "and", "corresponding", "cell", "types", "relevant", "to", "the", "tumour", "data", "are", "identified", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "when", "evaluating", "the", "ligand", "–", "receptor", "lists", "calculated", "with", "cell", "##phone", "##db", ",", "we", "did", "not", "run", "on", "the", "complete", "datasets", "due", "to", "the", "difficulty", "in", "scaling", "up", "the", "cell", "##phone", "##db", "statistical", "permutation", "tests", "to", "scr", "##na", "-", "seq", "with", "more", "than", "10", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "instead", ",", "we", "separately", "stratified", "the", "tumour", ",", "healthy", "and", "background", "datasets", "such", "that", "the", "proportion", "of", "cell", "types", ",", "patients", ",", "and", "samples", "in", "the", "reduced", "50", "%", "of", "the", "data", "recapitulated", "the", "proportions", "in", "the", "full", "dataset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "differentiation", "expression", "analysis", "(", "dea", ")", "was", "performed", "for", "at2", "cells", ",", "anti-inflammatory", "macrophages", "and", "alveol", "ar", "macrophages", "using", "a", "pseudo", "-", "bulk", "approach", "to", "compare", "tumour", "versus", "background", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "pseudo", "##bu", "##l", "##ks", "were", "built", "for", "each", "patient", "by", "summing", "raw", "gene", "counts", "across", "all", "cells", "in", "each", "cell", "type", "investigated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]

[ "the", "patients", "1", "and", "4", "were", "not", "included", "in", "the", "analysis", "as", "their", "cancer", "subtype", "and", "stage", "were", "not", "known", "at", "the", "time", "of", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "since", "there", "were", "differences", "in", "the", "cell", "count", "between", "datasets", "we", "downs", "##ampled", "the", "biggest", "cluster", "to", "the", "size", "of", "the", "smaller", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "downs", "##ampling", "routine", "was", "repeated", "100", "times", ",", "such", "that", "100", "new", "datasets", "were", "created", "that", "match", "the", "smaller", "dataset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "dea", "was", "performed", "using", "sample", "-", "level", "pseudo", "##bu", "##l", "##ks", "and", "a", "python", "##ic", "version", "of", "the", "des", "##eq", "##2", "pipeline", "(", "py", "_", "des", "##eq", "##2", ")", ",", "including", "the", "patient", "information", "as", "co", "-", "vari", "##ate", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "median", "adjusted", "p", "value", "by", "benjamini", "–", "hochberg", "procedure", "and", "median", "log2", "##fc", "for", "each", "differentially", "expressed", "gene", "(", "deg", ")", "was", "calculated", "across", "100", "iterations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "verified", "the", "robustness", "of", "this", "choice", "of", "100", "iterations", "by", "visual", "##ising", "the", "variability", "of", "the", "median", "p", "value", "across", "iterations", ",", "in", "order", "to", "assess", "its", "stability", "(", "supplementary", "fig", ".", "6c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "degs", "were", "filtered", "with", "median", "(", "pad", "##j", ")", "≤0", ".", "05", "and", "|", "median", "(", "log", "##fc", ")", "|", "≥1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "prior", "to", "performing", "overr", "##ep", "##res", "##entation", "analysis", ",", "the", "genes", "that", "were", "commonly", "upregulated", "in", "more", "than", "50", "%", "of", "the", "contrasts", "were", "removed", "(", "dna", "##j", "##b1", ",", "hsp", "##a1", "##a", ",", "hsp", "##a1", "##b", ",", "hsp", "##b1", ",", "hsp", "##e1", ",", "igh", "##a1", ",", "ig", "##kc", ",", "igl", "##c2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "degs", "were", "used", "to", "perform", "gene", "ontology", "(", "go", ")", "overr", "##ep", "##res", "##entation", "using", "the", "cluster", "##pro", "##fil", "##er", "package", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "define", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "and", "am", "##ɸ", "gene", "signatures", ",", "we", "compared", "dea", "results", "and", "inters", "##ected", "the", "genes", "significantly", "upregulated", "by", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "(", "or", "am", "##ɸ", ")", "compared", "to", "the", "other", "m", "##ɸ", "populations", "in", "tumour", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "analyse", "myeloid", "cell", "trajectory", "in", "tumour", "dataset", ",", "we", "recom", "##put", "##ed", "a", "neighbourhood", "graph", "from", "the", "same", "15", "-", "dimensional", "harmon", "##ised", "pca", "space", "as", "above", ",", "but", "only", "within", "myeloid", "cell", "populations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]

[ "we", "next", "applied", "pag", "##a", "within", "the", "scan", "##py", "package", "to", "the", "neighbourhood", "graph", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "parallel", ",", "we", "computed", "the", "diffusion", "map", "and", "its", "force", "-", "directed", "layout", "for", "visual", "##isation", "using", "the", "peg", "##as", "##us", "package", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "finally", "overlaid", "the", "pag", "##a", "network", "with", "the", "diffusion", "map", "using", "the", "sc", "##vel", "##o", "package", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "repeated", "the", "same", "analysis", "workflow", "but", "on", "non-immune", "cells", "in", "the", "tumour", "dataset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "we", "applied", "the", "copy", "##kat", "package", "to", "the", "single", "-", "cell", "rna", "-", "seq", "data", "to", "obtain", "copy", "number", "calls", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "copy", "##kat", "pipeline", "was", "extended", "to", "obtain", "confident", "copy", "number", "calls", "per", "cell", ",", "per", "chromosome", "arm", ",", "beyond", "the", "hierarchical", "clustering", "the", "standard", "pipeline", "produces", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "per", "cell", "copy", "number", "calls", "were", "obtained", "as", "follows", ":", "first", ",", "the", "regular", "copy", "##kat", "(", "v1", ".", "0", ".", "5", ")", "pipeline", "was", "run", "on", "the", "unmodified", "um", "##i", "counts", "of", "a", "particular", "patient", "/", "environment", "(", "i", ".", "e", ".", ",", "tumour", "or", "background", ")", "combination", "with", "default", "parameters", ",", "except", "for", "norm", ".", "cell", ".", "names", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "norm", ".", "cell", ".", "names", "parameter", "allows", "for", "specifying", "which", "cells", "are", "used", "as", "confident", "diploid", "normal", "##s", "during", "expression", "normal", "##isation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "copy", "##kat", "was", "set", "to", "use", "all", "cells", "labelled", "as", "cdc2", "dendritic", "cells", ",", "as", "they", "are", "available", "in", "great", "numbers", "across", "all", "patients", "and", "an", "initial", "inspection", "of", "their", "expression", "profiles", "revealed", "no", "systematic", "copy", "number", "alterations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "after", "copy", "##kat", "has", "completed", ",", "a", "calling", "step", "was", "applied", "that", "is", "aimed", "to", "call", "whole", "chromosome", "arm", "alterations", "in", "individual", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "we", "reasoned", "that", ",", "on", "a", "chromosome", "arm", "basis", ",", "the", "distribution", "of", "bin", "##ned", "-", "and", "-", "normalised", "expression", "from", "copy", "##kat", "should", "be", "significantly", "different", "(", "higher", "or", "lower", ")", "than", "the", "distribution", "of", "the", "same", "bins", "in", "all", "confident", "##ly", "diploid", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "for", "each", "chromosome", "arm", ",", "we", "model", "the", "distribution", "of", "all", "data", "bins", "from", "the", "confident", "##ly", "diploid", "cells", "as", "a", "normal", "distribution", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "each", "bin", "on", "that", "same", "chromosome", "arm", "from", "a", "candidate", "aneuploid", "cell", "is", "then", "tested", "against", "that", "distribution", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "finally", ",", "when", "more", "than", "50", "%", "of", "bins", "across", "that", "chromosome", "arm", "are", "significant", ",", "the", "arm", "is", "marked", "as", "altered", "in", "that", "cell", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "the", "above", "-", "described", "procedure", "yields", "a", "conservative", "true", "/", "false", "call", "per", "cell", ",", "per", "chromosome", "arm", "without", "directly", "disting", "ui", "##sh", "##ing", "between", "gains", "and", "losses", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "obtain", "a", "profile", "with", "gains", "and", "losses", "as", "is", "shown", "in", "fig", ".", "4a", ",", "we", "discre", "##tise", "the", "values", "for", "each", "bin", "in", "each", "cell", ":", "if", "the", "arm", "is", "altered", "and", "the", "expression", "value", "of", "the", "bin", "is", "negative", ":", "−1", ",", "if", "the", "arm", "is", "altered", "and", "the", "expression", "value", "is", "positive", ":", "+", "1", ",", "if", "the", "arm", "is", "unaltered", ":", "0", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "discre", "##ti", "##zed", "values", "are", "then", "finally", "summed", "per", "bin", "across", "all", "cells", "of", "a", "particular", "cell", "type", "and", "divided", "by", "the", "number", "of", "cells", "of", "that", "cell", "type", "to", "obtain", "the", "fraction", "of", "cells", "with", "an", "alteration", "as", "shown", "in", "fig", ".", "4a", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "tissues", "were", "frozen", "in", "dry", "-", "ice", "-", "cooled", "isop", "##enta", "##ne", "and", "stored", "in", "air", "-", "tight", "tissue", "cryo", "##vi", "##als", "at", "−80", "°c", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "tissues", "were", "embedded", "in", "an", "optimal", "cutting", "temperature", "compound", "(", "oct", ")", "and", "cryos", "##ection", "##ed", "in", "a", "pre", "-", "cooled", "cryostat", "at", "10", "μm", "thickness", "on", "superf", "##rost", "slides", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "on", "the", "day", "of", "the", "experiment", ",", "slides", "were", "thawed", "at", "room", "temperature", "for", "less", "than", "5", "min", ",", "then", "immersed", "in", "a", "fixation", "solution", "(", "4", "%", "pfa", "in", "pbs", ")", "for", "20", "min", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "after", "three", "washes", "with", "pbs", ",", "each", "section", "was", "permeabilized", "with", "freshly", "prepared", "0", ".", "2", "%", "triton-x", "100", "(", "sigma", "aldrich", ")", "for", "10", "min", "at", "room", "temperatures", ",", "followed", "by", "three", "washes", "in", "pbs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "unspecific", "binding", "was", "blocked", "by", "incubating", "the", "sections", "in", "pbs", "+", "2", ".", "5", "%", "bsa", "for", "1", "h", "at", "room", "temperature", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "following", "two", "washes", "in", "pbs", ",", "sections", "were", "incubated", "with", "recombinant", "rabbit", "anti", "-", "cd68", "(", "abcam", "ab", "##21", "##33", "##63", ",", "1", ":", "50", ")", "and", "mouse", "anti", "-", "sta", "##b1", "(", "santa", "cruz", "biotechnology", "sc", "-", "293", "##254", ",", "10", "µg", "/", "ml", ")", "in", "pbs", "+", "0", ".", "5", "%", "bsa", "overnight", "at", "4", "°c", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "primary", "antibod", "ie", "##s", "were", "removed", "and", "sections", "washed", "three", "times", "with", "pbs", ",", "then", "incubated", "with", "the", "appropriate", "secondary", "antibod", "ie", "##s", "(", "goat", "anti-rabbit", "alexa", "##fluor", "594", "and", "goat", "anti-mouse", "alexa", "##fluor", "488", "abcam", ")", "1", ":", "500", "in", "pbs", "+", "0", ".", "5", "%", "bsa", "for", "2", "h", "at", "room", "temperature", ",", "protected", "from", "light", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "two", "confocal", "immunoh", "is", "##to", "##chem", "##istry", "z", "-", "stacks", "each", "for", "tumour", "and", "background", "tissue", "from", "three", "patients", "were", "analysed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "using", "fi", "##ji", "(", "imagej", ")", "software", ",", "the", "sta", "##b1", "+", "and", "cd68", "+", "areas", "were", "segmented", "by", "automatic", "thresholding", "and", "quantified", "in", "each", "image", "of", "the", "z", "-", "stack", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "assess", "the", "levels", "of", "cholesterol", "and", "neutral", "lipids", "we", "further", "stained", "tumour", "and", "background", "tissue", "sections", "with", "bodipy", "##™", "493", "/", "503", "(", "invitrogen", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "after", "three", "washes", "in", "pbs", ",", "sections", "were", "incubated", "with", "a", "10", "µg", "/", "ml", "solution", "of", "bodipy", "##™", "493", "/", "503", "in", "pbs", "(", "1", ":", "100", "from", "a", "stock", "1", "mg", "/", "ml", "solution", "in", "dmso", ")", "for", "15", "min", "at", "room", "temperature", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "following", "four", "washes", "in", "pbs", ",", "sections", "were", "incubated", "for", "90", "s", "with", "true", "##view", "(", "vector", "laboratories", ")", ",", "washed", "by", "immers", "##ing", "in", "pbs", "for", "5", "min", ",", "then", "tap", "-", "dried", "and", "mounted", "in", "vect", "##ashi", "##eld", "vibr", "##ance", "##™", "antifade", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "sections", "were", "imaged", "using", "a", "zeiss", "lsm", "710", "confocal", "microscope", "at", "×", "##20", "(", "plan", "-", "apoc", "##hr", "##omat", "×", "##20", "/", "0", ".", "8", "m2", "##7", ")", "and", "×", "##63", "(", "plan", "-", "apoc", "##hr", "##omat", "×", "##63", "/", "1", ".", "40", "oil", "dic", "m2", "##7", ")", "magnification", "." ]

[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "til", "##e", "scans", "were", "set", "to", "cover", "an", "area", "of", "354", "##1", "×", "354", "##2", "microns", "for", "all", "sections", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "imagej", "was", "used", "to", "remove", "background", "bodipy", "signals", "and", "calculate", "the", "area", "covered", "by", "the", "threshold", "##ed", "bodipy", "on", "the", "sti", "##tch", "##ed", "images", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "compare", "the", "area", "covered", "by", "bodipy", "in", "tumour", "and", "background", ",", "we", "used", "a", "paired", "t", "test", "at", "a", "patient", "level", ",", "after", "confirming", "the", "normal", "distribution", "of", "the", "data", "using", "a", "shapiro", "–", "wilk", "test", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "investigate", "the", "onc", "##of", "##etal", "reprogramming", "of", "myeloid", "cells", "in", "nsclc", ",", "we", "took", "advantage", "of", "a", "published", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", "of", "foetal", "lung", "myeloid", "cells", "and", "the", "published", "“", "mom", "##ac", "-", "vers", "##e", "”", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "expression", "of", "the", "“", "sta", "##b1", "signature", "genes", "”", "and", "of", "the", "“", "am", "##ɸ", "signature", "genes", "”", "across", "lung", "foetal", "myeloid", "cells", "was", "determined", "using", "the", "add", "##mod", "##ules", "##core", "function", "in", "se", "##ura", "##t", "v4", ".", "3", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "combine", "foetal", "lung", "and", "adult", "lung", "tumour", "-", "infiltrating", "myeloid", "cells", ",", "we", "isolated", "the", "myeloid", "cells", "from", "our", "tumour", "and", "background", "datasets", "and", "integrated", "those", "with", "the", "aforementioned", "foetal", "lung", "myeloid", "dataset", "using", "the", "peg", "##as", "##us", "package", ",", "following", "the", "following", "workflow", ":", "(", "i", ")", "remove", "rarely", "expressed", "genes", "(", "less", "than", "10", "cells", ")", ",", "normal", "##isation", "and", "log", "##1p", "transformation", ",", "(", "ii", ")", "robust", "and", "highly", "-", "variable", "gene", "selection", ",", "(", "iii", ")", "pca", "with", "optimal", "pc", "number", "determined", "by", "random", "matrix", "theory", "(", "resulting", "in", "75", "pcs", ")", ",", "(", "iv", ")", "batch", "effect", "correction", "using", "harmon", "##y", ",", "and", "(", "v", ")", "lei", "##den", "clustering", "on", "neighbourhood", "graph", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "dendro", "##gram", "was", "built", "by", "estimating", "the", "correlation", "distance", "between", "cell", "types", "on", "the", "harmon", "##ised", "pc", "embedding", "space", ",", "under", "complete", "linkage", "criterion", "of", "hierarchical", "clustering", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "um", "##ap", "was", "computed", "to", "obtain", "a", "2d", "summary", "of", "the", "harmon", "##ised", "pc", "space", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "tissues", "were", "frozen", "in", "dry", "-", "ice", "-", "cooled", "isop", "##enta", "##ne", "and", "stored", "in", "air", "-", "tight", "tissue", "cryo", "##vi", "##als", "at", "−80", "°c", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "prior", "to", "undertaking", "any", "spatial", "transcriptomic", "##s", "protocol", ",", "the", "tissues", "were", "embedded", "in", "oct", "compound", "and", "tested", "for", "rna", "quality", "with", "an", "agilent", "bio", "##anal", "##ys", "##er", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "tissues", "with", "rna", "integrity", "(", "rin", ")", "values", ">", "7", "were", "cryos", "##ection", "##ed", "in", "a", "pre", "-", "cooled", "cryostat", "at", "10", "μm", "thickness", "." ]

[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "two", "consecutive", "sections", "were", "cryos", "##ection", "##ed", "at", "10", "μm", "thickness", "in", "a", "pre", "-", "cooled", "cryostat", "and", "transferred", "to", "the", "four", "6", ".", "5", "mm", "×", "6", ".", "5", "mm", "capture", "areas", "of", "the", "gene", "expression", "slide", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "slides", "were", "fixed", "in", "methanol", "for", "30", "min", "prior", "to", "staining", "with", "h", "&", "e", "and", "then", "imaged", "using", "the", "nano", "##zo", "##omer", "slide", "scanner", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "tissues", "underwent", "permeabilization", "for", "24", "min", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "reverse", "transcription", "and", "second", "strand", "synthesis", "was", "performed", "on", "the", "slide", "with", "cdna", "quantification", "using", "qrt", "-", "pcr", "using", "kap", "##a", "sybr", "fast", "-", "qpcr", "kit", "(", "kap", "##a", "biosystems", ")", "and", "analysed", "on", "the", "quant", "##st", "##udi", "##o", "(", "thermofisher", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "following", "library", "construction", ",", "these", "were", "quantified", "and", "pooled", "at", "2", ".", "25", "nm", "concentration", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "pooled", "libraries", "from", "each", "slide", "were", "sequenced", "on", "nov", "##ase", "##q", "sp", "(", "illumina", ")", "using", "150", "base", "pair", "paired", "-", "end", "dual", "-", "indexed", "set", "-", "up", "to", "obtain", "a", "sequencing", "depth", "of", "~", "50", ",", "000", "reads", "as", "per", "10x", "genomics", "recommendations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "sequencing", "libraries", "were", "then", "processed", "by", "spacer", "##anger", "(", "version", "1", ".", "1", ".", "0", ")", "on", "the", "reference", "gr", "##ch", "##38", "human", "reference", "genome", "to", "estimate", "gene", "expression", "on", "spots", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "we", "used", "cell", "##2", "##lo", "##cat", "##ion", "to", "deconv", "##ol", "##ute", "the", "cellular", "composition", "of", "each", "capture", "area", "(", "spot", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "our", "scr", "##na", "-", "seq", "cells", "were", "annotate", "d", "independently", "for", "tumour", "and", "the", "combined", "b", "/", "h", "datasets", ",", "we", "applied", "the", "deconvolution", "model", "separately", "as", "well", ",", "using", "tumour", "annotation", "to", "infer", "spatial", "cell", "composition", "of", "tumour", "sections", ",", "and", "background", "annotations", "for", "background", "datasets", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "only", "spots", "with", "total", "um", "##i", "counts", "above", "800", "were", "used", "in", "downstream", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "the", "cell", "-", "type", "abundance", "in", "tumour", "and", "background", "sections", "were", "computed", "by", "summing", "up", "the", "q", "##05", "cell", "abundance", ",", "as", "estimated", "by", "cell", "##2", "##lo", "##cat", "##ion", ",", "across", "spots", "that", "passed", "qc", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cell", "-", "type", "composition", "was", "computed", "by", "normal", "##ising", "each", "cell", "type", "’", "s", "abundance", "with", "the", "total", "abundance", "of", "all", "cell", "types", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "we", "compared", "cell", "-", "type", "composition", "between", "tumour", "and", "background", "with", "wilcoxon", "signed", "-", "rank", "test", ",", "followed", "by", "bonferroni", "correction", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "on", "tumour", "sections", ",", "we", "estimated", "the", "correlation", "distance", "on", "cell", "-", "type", "composition", "across", "valid", "spots", ",", "applied", "hierarchical", "clustering", "with", "complete", "linkage", ",", "and", "visual", "##ised", "the", "results", "as", "a", "dendro", "##gram", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "addition", ",", "we", "applied", "non", "-", "negative", "matrix", "factor", "##isation", "analysis", "to", "the", "q", "##05", "estimation", "of", "cell", "-", "type", "abundance", "with", "eight", "factors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "study", "the", "expression", "of", "ligand", "–", "receptor", "pairs", "on", "the", "10x", "vis", "##ium", ",", "we", "first", "bin", "##aris", "##ed", "the", "expression", "of", "each", "gene", "in", "the", "lr", "pairs", "in", "the", "spots", "that", "passed", "qc", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "considered", "a", "gene", "being", "expressed", "in", "a", "spot", "if", "its", "cell", "##2", "##lo", "##cat", "##ion", "estimated", "abundance", "were", "higher", "than", "the", "median", "counts", "for", "that", "gene", "in", "the", "corresponding", "section", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "we", "counted", "spots", "where", "both", "genes", "in", "each", "lr", "pair", "were", "either", "co", "-", "expressed", "or", "not", ",", "in", "tumour", "and", "background", "sections", "from", "the", "same", "patient", ",", "and", "subsequently", ",", "applied", "the", "χ", "test", "on", "the", "contingency", "table", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "correct", "for", "multiple", "comparisons", ",", "we", "adjusted", "the", "p", "value", "using", "a", "conservative", "bonferroni", "correction", "for", "all", "the", "lr", "##s", "enriched", "in", "tumours", "in", "the", "cell", "##phone", "##db", "analysis", "(", "309", "*", "8", "patients", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lr", "##s", "were", "considered", "significantly", "enriched", "in", "tumour", "if", "the", "bonferroni", "-", "adjusted", "p", "value", "was", "lower", "than", "0", ".", "05", "in", "at", "least", "four", "patients", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "5", "μm", "thick", "sections", "were", "generated", "from", "nsclc", "ffpe", "tumour", "blocks", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "an", "antibod", "y", "cocktail", "was", "prepared", "with", "optimal", "dilutions", "of", "each", "of", "the", "following", "conjugated", "antibod", "ie", "##s", ":", "anti-human", "stabil", "##in", "-", "1", "antibod", "y", "(", "clone", "#", "84", "##04", "##49", ",", "catalogue", "#", "mab", "##38", "##25", ",", "r", "&", "d", "systems", ")", "was", "conjugated", "to", "a", "custom", "oligo", "barcode", "according", "to", "instructions", "in", "ak", "##oy", "##a", "biosciences", "’", "antibod", "y", "conjugation", "kit", "(", "conjugation", "kit", ",", "#", "700", "##000", "##9", ";", "ak", "##oy", "##a", ")", "while", "human", "cd68", "(", "clone", "#", "kp", "##1", ",", "catalogue", "#", "455", "##01", "##13", ",", "ak", "##oy", "##a", ")", "and", "human", "panc", "##k", "(", "clone", "ae", "-", "1", "/", "ae", "-", "3", ",", "catalogue", "#", "415", "##002", "##0", ",", "ak", "##oy", "##a", ")", "were", "obtained", "directly", "pre", "-", "conjugated", "to", "oligo", "barcode", "##s", "from", "ak", "##oy", "##a", "biosciences", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "complementary", "oligo", "-", "conjugated", "fluorophore", "reporters", "were", "obtained", "from", "ak", "##oy", "##a", "biosciences", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "tissue", "multiplexed", "immunoflu", "ore", "##sc", "##ence", "staining", "and", "image", "acquisition", "were", "performed", "according", "to", "ak", "##oy", "##a", "phen", "##ocycl", "##er", "-", "fusion", "user", "guide", "(", "pd", "-", "00001", "##1", "rev", ".", "a", ".", ",", "ak", "##oy", "##a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ome", "-", "tif", "##f", "files", "were", "generated", "and", "processed", "for", "image", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "analysis", "of", "the", "multiplexed", "immunoflu", "ore", "##sc", "##ence", "images", "(", "generated", "from", "ak", "##oy", "##a", "phen", "##ocycl", "##er", "-", "fusion", "platform", ")", "was", "performed", "using", "vis", "##iop", "##har", "##m", "(", "version", "202", "##3", ".", "09", ".", "3", ".", "150", "##43", "×", "64", ")", "on", "the", "entire", "tissue", "area", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "briefly", ",", "cell", "segmentation", "(", "including", "both", "nuclear", "and", "cytoplasmic", "segmentation", ")", "was", "first", "performed", "using", "vis", "##iop", "##har", "##m", "’", "s", "“", "cell", "detection", ",", "ai", "(", "fluorescence", ")", "”", "(", "version", "202", "##3", ".", "09", ".", "3", ".", "150", "##43", "×", "64", ")", "with", "its", "default", "parameters", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "after", "cell", "segmentation", ",", "vis", "##iop", "##har", "##m", "’", "s", "“", "phen", "##ople", "##x", "guided", "workflow", "”", "was", "used", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "dapi", "(", "nucleus", ")", ",", "cd68", "(", "cell", "body", ")", "and", "sta", "##b1", "(", "cell", "body", ")", "variables", "were", "selected", "and", "manually", "threshold", "##ed", "to", "define", "positive", "and", "negative", "cells", "for", "each", "marker", "and", "generate", "a", "co", "-", "occurrence", "matrix", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "macrophages", "were", "defined", "as", "[", "dapi", "+", ",", "cd68", "+", "]", "while", "sta", "##b1", "+", "macrophages", "were", "defined", "as", "[", "dapi", "+", ",", "cd68", "+", ",", "sta", "##b1", "+", "]", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "mapping", "the", "arterial", "vascular", "network", "in", "an", "intact", "human", "kidney", "using", "hierarchical", "phase", "-", "contrast", "tomography", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "the", "architecture", "of", "kidney", "vasculature", "is", "essential", "the", "organ", "'", "s", "special", "##ised", "functions", ",", "yet", "is", "challenging", "to", "structurally", "map", "in", "an", "intact", "human", "organ", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]