OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "we", "did", "not", "detect", "neutrophil", "##ic", "granulocytes", ",", "most", "probably", "due", "to", "their", "sensitivity", "to", "degradation", "after", "collection", "and", "in", "particular", "to", "the", "freezing", "-", "thawing", "cycle", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "finally", ",", "we", "identified", "a", "cluster", "characterised", "by", "the", "co", "-", "expression", "of", "myeloid", "(", "ly", "##z", ",", "cd68", ",", "cd14", ",", "mrc", "##1", ")", "and", "epithelial", "genes", "(", "krt", "##19", ",", "epcam", ")", "(", "fig", ".", "1d", "–", "f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "cells", "were", "found", "within", "the", "tumour", "and", "exhibited", "similarities", "to", "previously", "described", "cancer", "-", "associated", "macrophage", "-", "like", "cells", "(", "cam", "##ls", ")", "." ]	[ "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]
[ "cam", "##ls", "represent", "a", "distinc", "t", "population", "of", "large", "myeloid", "cells", "with", "concomitant", "epithelial", "tumour", "protein", "expression", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "unique", "cells", "have", "been", "observed", "in", "blood", "samples", "of", "patients", "with", "various", "malignancies", ",", "including", "nsclc", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "abundance", "of", "cam", "##ls", "exhibits", "a", "direct", "correlation", "with", "response", "to", "therapeutic", "interventions", ",", "highlighting", "their", "functional", "significance", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "even", "after", "further", "subcl", "##uster", "##ing", ",", "cam", "##ls", "maintained", "their", "distinc", "t", "dual", "myeloid", "-", "epithelial", "signature", "(", "supplementary", "fig", ".", "1d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "it", "is", "noteworthy", "that", "doublet", "detection", "software", "scr", "##uble", "##t", "assigned", "a", "low", "doublet", "score", "to", "cam", "##ls", ",", "suggesting", "their", "expression", "profile", "is", "unlikely", "to", "be", "explained", "as", "a", "combined", "signature", "arising", "from", "the", "coincident", "##al", "sequencing", "of", "a", "tumour", "cell", "and", "a", "macrophage", "(", "supplementary", "fig", ".", "1e", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "all", "clusters", "included", "cells", "from", "multiple", "patients", ",", "with", "the", "cluster", "size", "ranging", "from", "252", "##0", "to", "124", ",", "45", "##9", "cells", "(", "supplementary", "fig", ".", "1f", ",", "g", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "furthermore", ",", "we", "conducted", "reference", "-", "query", "mapping", "using", "scarc", "##hes", "to", "confirm", "the", "consistency", "of", "our", "annotations", "in", "the", "tumour", "and", "b", "/", "h", "dataset", "(", "supplementary", "fig", ".", "2a", "–", "c", "and", "supplementary", "notes", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "the", "composition", "of", "the", "immune", "and", "non-immune", "compartment", "was", "markedly", "different", "between", "the", "tumour", "and", "background", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "in", "the", "tumour", ",", "we", "detected", "fibroblasts", "and", "a", "decrease", "in", "the", "fraction", "of", "lymphatic", "endothelial", "cells", "(", "lec", "##s", ")", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "002", "##5", ",", "fig", ".", "1g", "and", "supplementary", "data", "2", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "furthermore", ",", "the", "population", "of", "epithelial", "cells", "showed", "higher", "diversity", ",", "with", "the", "presence", "of", "alveol", "ar", "type", "ii", "(", "at2", ")", ",", "atypical", "epithelial", "cells", "which", "downregulated", "epithelial", "markers", "(", "krt", "##19", ",", "epcam", ",", "cdh1", ")", ",", "transition", "##ing", "epithelial", "cells", "which", "upregulated", "myeloid", "markers", "(", "ly", "##z", ")", ",", "and", "cycling", "epithelial", "cells", "in", "tumour", "tissues", "(", "fig", ".", "1g", ",", "supplementary", "notes", ",", "and", "supplementary", "fig", ".", "2d", ",", "e", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "differences", "are", "in", "agreement", "with", "the", "fact", "that", "in", "tumour", "specimens", ",", "epithelial", "cells", "are", "likely", "to", "be", "a", "mixture", "of", "mutant", "tumour", "and", "non", "-", "mutant", "normal", "cells", ",", "and", "suggest", "that", "neoplastic", "transformation", "leads", "to", "further", "diversity", "of", "cell", "states", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "did", "not", "detect", "alveol", "ar", "type", "i", "(", "at1", ")", "or", "basal", "cells", ",", "possibly", "due", "to", "their", "loss", "during", "dissociation", "##s", ",", "as", "previously", "reported", "by", "others", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "as", "previously", "reported", ",", "the", "proportion", "of", "monocytes", "and", "immature", "myeloid", "cells", "was", "significantly", "reduced", "in", "tumour", "samples", "compared", "to", "background", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "022", "and", "p", "adj", "=", "0", ".", "00001", ",", "respectively", ")", ",", "while", "dcs", "and", "b", "cells", "were", "overall", "expanded", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "002", "##3", "and", "p", "adj", "=", "0", ".", "004", "##4", ",", "respectively", ";", "fig", ".", "1h", "and", "supplementary", "data", "3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "get", "further", "insight", "into", "the", "cellular", "composition", "of", "tumour", "versus", "background", "tissue", ",", "we", "subcl", "##uster", "##ed", "each", "of", "the", "broad", "clusters", "and", "identified", "46", "cell", "types", "/", "states", "(", "supplementary", "fig", ".", "2d", ",", "e", ",", "supplementary", "data", "4", "and", "5", ",", "supplementary", "fig", ".", "3", ",", "and", "supplementary", "notes", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "the", "tumour", ",", "we", "found", "that", "a", "significantly", "higher", "proportion", "of", "nk", "cells", "had", "a", "lower", "cytotoxicity", "phenotype", "(", "supplementary", "notes", ")", ",", "and", "that", "the", "significant", "majority", "of", "dcs", "were", "derived", "from", "monocytes", "(", "i", ".", "e", ".", ",", "mo", "-", "dc", "##2", ")", ",", "(", "supplementary", "notes", ")", "compared", "to", "background", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "0000", "##2", "and", "p", "adj", "=", "0", ".", "0000", "##2", ",", "respectively", ",", "fig", ".", "1i", "and", "supplementary", "data", "6", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "is", "consistent", "with", "the", "monocytic", "origin", "of", "mo", "-", "dc", "##2s", "under", "inflammatory", "conditions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "similarly", ",", "we", "found", "an", "expansion", "of", "b", "cells", "expressing", "ly", "##z", "and", "tnf", ",", "and", "depletion", "of", "nk", "##b", "cells", "(", "fig", ".", "1i", "and", "supplementary", "notes", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "among", "t", "cells", ",", "tumour", "samples", "showed", "an", "accumulation", "of", "regulatory", "t", "cells", "(", "tregs", ")", ",", "known", "to", "hinder", "the", "immune", "surveillance", "of", "tumours", "(", "fig", ".", "1i", ")", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "conversely", ",", "there", "was", "a", "reduction", "of", "exhaus", "##ted", "cytotoxic", "t", "cells", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "0000", "##2", ")", "in", "the", "tumour", "and", "absence", "of", "t", "cells", ",", "which", "have", "been", "associated", "with", "survival", "in", "nsclc", "(", "fig", ".", "1i", "and", "supplementary", "data", "6", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "t", "cells", "are", "capable", "of", "recogn", "##ising", "and", "lys", "##ing", "diverse", "ranges", "of", "cancer", "cells", ",", "and", "thus", "have", "been", "suggested", "for", "a", "role", "in", "pan", "-", "cancer", "immunotherap", "y", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "finally", ",", "we", "saw", "an", "increase", "in", "heterogeneity", "and", "proportion", "of", "anti-inflammatory", "m", "##ɸ", "(", "aim", "##ɸ", ")", ",", "with", "a", "subset", "of", "cycling", "anti-inflammatory", "m", "##ɸ", ",", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "(", "fig", ".", "1i", ")", "and", "cam", "##ls", "(", "fig", ".", "1h", ")", "being", "abundantly", "present", "in", "tumour", "tissue", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "interestingly", ",", "we", "found", "a", "strong", "negative", "correlation", "between", "the", "frequency", "of", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "/", "aim", "##ɸ", "and", "t", "/", "nk", "cells", "across", "patients", ",", "highlighting", "the", "key", "role", "of", "m", "##ɸ", "in", "restr", "##aining", "the", "infiltration", "of", "cytotoxic", "cells", "in", "the", "lung", "tumour", "tissue", "(", "fig", ".", "2a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "is", "in", "line", "with", "a", "recent", "work", "describing", "that", "monocyte-derived", "m", "##ɸ", "in", "human", "nsclc", "acquire", "an", "immunosupp", "res", "##si", "##ve", "phenotype", "and", "restr", "##ain", "the", "infiltration", "of", "nk", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "lu", "##ad", "and", "lu", "##sc", "have", "very", "different", "progn", "##oses", "and", "are", "often", "considered", "as", "different", "clinical", "entities", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "examine", "if", "differences", "in", "clinical", "features", "stem", "from", "distinc", "t", "cellular", "composition", ",", "we", "compared", "the", "frequency", "of", "immune", "and", "non-immune", "cell", "subsets", "within", "cd2", "##35", "-", "samples", "from", "lu", "##ad", "versus", "lu", "##sc", "patients", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "observed", "minor", "differences", "in", "cell", "frequency", "that", "did", "not", "reach", "statistical", "significance", "after", "p", "value", "correction", "(", "supplementary", "fig", ".", "4a", "and", "supplementary", "data", "7", "and", "8", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "furthermore", ",", "there", "was", "no", "clear", "association", "between", "the", "frequency", "of", "immune", "and", "non-immune", "cells", "observed", "in", "patients", "and", "the", "cancer", "subtype", ",", "cancer", "stage", "or", "sex", "(", "supplementary", "fig", ".", "4b", ",", "c", ")", ",", "suggesting", "that", "the", "tme", "composition", "is", "rather", "similar", "in", "lu", "##ad", "and", "lu", "##sc", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "while", "lu", "##ad", "and", "lu", "##sc", "shared", "similar", "cellular", "compositions", ",", "the", "observed", "clinical", "distinc", "ti", "##ons", "may", "arise", "from", "varying", "intercellular", "interactions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "therefore", ",", "we", "examined", "whether", "different", "cell", "–", "cell", "interaction", "networks", "were", "employed", "within", "the", "tme", "in", "lu", "##ad", "versus", "lu", "##sc", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "this", "end", ",", "we", "identified", "a", "putative", "list", "of", "cell", "–", "cell", "interactions", "exclusively", "observed", "in", "each", "tumour", "type", "environment", "by", "infer", "##ring", "statistically", "significant", "ligand", "–", "receptor", "pairs", "(", "l", "–", "rs", ")", "that", "were", "not", "detected", "in", "background", "or", "healthy", "and", "their", "corresponding", "cell", "types", ",", "using", "cell", "##phone", "##db", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "although", "the", "two", "tumour", "subtypes", "showed", "a", "similar", "interaction", "network", "that", "mostly", "involved", "interactions", "between", "non-immune", "cells", ",", "aim", "##ɸ", "and", "t", "cells", "(", "fig", ".", "2b", ")", ",", "there", "were", "also", "some", "notable", "differences", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "first", ",", "we", "identified", "overall", "a", "higher", "number", "of", "l", "–", "rs", "in", "the", "lu", "##ad", "dataset", "(", "supplementary", "fig", ".", "4d", "and", "supplementary", "data", "9", "–", "12", ")", ",", "which", "was", "not", "driven", "by", "a", "difference", "in", "the", "number", "of", "cells", "in", "the", "lu", "##ad", "(", "n", "=", "105", ",", "74", "##9", "cells", ")", "vs", "lu", "##sc", "(", "n", "=", "230", ",", "06", "##6", "cells", ")", "dataset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "secondly", ",", "several", "pairs", "of", "immune", "checkpoint", "inhibitors", "(", "ici", ")", "and", "their", "respective", "inhibitory", "molecules", "were", "differentially", "co", "-", "expressed", "in", "lu", "##ad", "versus", "lu", "##sc", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "example", ",", "lg", "##als", "##9", "-", "hav", "##cr", "##2", "(", "tim", "##3", ")", ",", "nect", "##in2", "-", "cd2", "##26", "(", "dna", "##m1", ")", "and", "nect", "##in2", "/", "nect", "##in", "##3", "-", "tig", "##it", "were", "frequently", "identified", "in", "lu", "##ad", ",", "and", "the", "putative", "ici", "cd", "##96", "-", "nect", "##in1", "was", "found", "preferentially", "in", "lu", "##sc", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "contrast", ",", "cd80", "/", "cd86", "-", "ctla4", "and", "hla", "##f", "-", "lil", "##rb", "##1", "/", "2", "were", "found", "in", "both", "tumour", "subtypes", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lil", "##rb", "##s", "(", "leuc", "##ocyte", "ig", "-", "like", "receptors", ")", "are", "emerging", "as", "potential", "targets", "for", "next", "-", "generation", "immunotherap", "eut", "##ics", "as", "their", "blocking", "can", "potentiate", "immune", "responses", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "most", "commonly", "used", "immunotherap", "ie", "##s", "for", "lung", "cancer", "block", "the", "interaction", "between", "pd", "##1", "and", "pdl", "##1", ",", "and", "recent", "clinical", "trials", "suggested", "that", "anti", "-", "ctla4", "and", "anti", "-", "pd", "##1", "combination", "therapy", "improved", "the", "survival", "of", "patients", "independent", "of", "tumour", "pd", "##1", "expression", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "within", "our", "dataset", ",", "we", "did", "not", "observe", "pd", "##1", "-", "pdl", "##1", "interactions", "in", "either", "of", "the", "tumour", "subtypes", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "initial", "analysis", "suggests", "that", "other", "ici", "##s", "(", "such", "as", "ctla4", ",", "tig", "##it", ",", "lil", "##rb", "##1", "/", "2", "and", "tim", "##3", ")", "might", "be", "promising", "targets", "in", "the", "treatment", "of", "nsclc", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "of", "the", "significant", "l", "–", "rs", "detected", "in", "both", "lu", "##ad", "and", "lu", "##sc", "we", "noted", "several", "pairs", "involved", "in", "angiogenic", "signalling", "in", "different", "populations", "of", "myeloid", "cells", "such", "as", "vegfa", "/", "b", "-", "flt", "##1", ",", "vegfa", "-", "kdr", "and", "vegfa", "-", "nr", "##p1", "/", "2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "although", "vegfa", "and", "vegf", "##b", "were", "found", "to", "be", "expressed", "in", "both", "lu", "##ad", "and", "lu", "##sc", ",", "their", "receptors", "were", "more", "frequently", "found", "in", "lu", "##ad", ",", "especially", "in", "fibroblasts", "(", "fig", ".", "2e", "and", "supplementary", "fig", ".", "4e", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "similarly", ",", "we", "observed", "significant", "expression", "of", "egfr", "ligands", "signalling", "in", "at2", "and", "cycling", "epithelial", "cells", ",", "such", "as", "egfr", "-", "ere", "##g", ",", "egfr", "-", "are", "##g", ",", "egfr", "-", "hbe", "##gf", "and", "egfr", "-", "mif", ",", "although", "mif", "expression", "was", "found", "more", "frequently", "in", "cells", "from", "lu", "##sc", "(", "fig", ".", "2f", "and", "supplementary", "fig", ".", "4f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "finally", ",", "we", "observed", "key", "co", "-", "stimulatory", "signals", "required", "to", "support", "lymphoid", "cell", "activation", ",", "such", "as", "cd40", "-", "cd40l", "##g", ",", "cd2", "-", "cd5", "##8", ",", "cd28", "-", "cd86", ",", "ccl2", "##1", "-", "ccr7", ",", "and", "tnf", "##rs", "##f1", "##3b", "/", "c", "-", "tnf", "##s", "##f1", "##3b", "(", "tac", "##i", "/", "baff", "##r", "-", "baff", ")", "(", "supplementary", "fig", ".", "4g", ")", ",", "which", "are", "often", "associated", "with", "the", "presence", "of", "ectopic", "lymphoid", "organs", "mainly", "consisting", "of", "b", "cells", ",", "t", "cells", ",", "and", "dcs", "i", ".", "e", ".", ",", "tertiary", "lymphoid", "structures", "(", "tls", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]
[ "tls", "are", "usually", "correlated", "with", "the", "longer", "relapse", "-", "free", "survival", "in", "nsclc", "." ]	[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "the", "significant", "l", "–", "rs", "and", "their", "interacting", "cell", "types", "were", "calculated", "based", "on", "the", "co", "-", "expression", "of", "genes", "in", "different", "cell", "-", "type", "clusters", "from", "the", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", "using", "cell", "##phone", "##db", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "in", "order", "to", "discern", "biologically", "significant", "interactions", ",", "it", "is", "essential", "to", "ascertain", "whether", "the", "cell", "types", "identified", "as", "interacting", "are", "indeed", "physically", "co", "-", "located", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "achieve", "this", ",", "we", "considered", "how", "the", "scr", "##na", "-", "seq", "-", "identified", "cell", "types", "are", "spatially", "arranged", "on", "tissue", "sections", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "we", "applied", "an", "integrative", "approach", "which", "combines", "the", "scr", "##na", "-", "seq", "of", "the", "tumour", "and", "background", "samples", "with", "the", "spatial", "transcriptomic", "(", "stx", ")", "profile", "of", "the", "fresh", "frozen", "tumour", "and", "background", "tissue", "sections", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "we", "performed", "10×", "vis", "##ium", "on", "two", "consecutive", ",", "10", "-", "µm", "sections", ",", "from", "eight", "patients", ",", "seven", "of", "which", "matched", "the", "samples", "used", "for", "the", "scr", "##na", "-", "seq", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "analysed", "36", "sections", "in", "total", "(", "n", "tumour", "=", "20", ",", "n", "background", "=", "16", ")", "with", "an", "average", "um", "##i", "count", "of", "68", "##94", "/", "spot", "in", "tumour", "and", "335", "##0", "/", "spot", "in", "the", "background", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "next", ",", "we", "used", "cell", "##2", "##lo", "##cat", "##ion", "and", "cell", "-", "type", "specific", "expression", "profiles", "from", "our", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", "to", "deconv", "##ol", "##ute", "cell", "-", "type", "abundances", "on", "the", "tissue", "(", "fig", ".", "3a", ",", "see", "“", "methods", "”", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "once", "the", "cell", "types", "were", "resolved", "on", "the", "tissue", "sections", ",", "we", "examined", "the", "frequency", "of", "different", "cell", "types", "across", "all", "sections", "from", "tumour", "and", "background", "tissue", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "the", "cell", "-", "type", "abundance", "in", "tumour", "and", "background", "were", "computed", "by", "summing", "up", "the", "posterior", "5", "%", "quantile", "(", "q", "##05", ")", "value", "of", "estimated", "cell", "abundance", "by", "cell", "##2", "##lo", "##cat", "##ion", ",", "across", "spots", "that", "passed", "qc", "(", "“", "methods", "”", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "analysis", "confirmed", "that", "the", "differences", "in", "the", "frequency", "of", "cell", "types", "across", "all", "sections", "in", "tumour", "versus", "background", "was", "in", "line", "with", "the", "results", "obtained", "in", "the", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "(", "fig", ".", "3b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "example", ",", "in", "tumours", "we", "found", "an", "increase", "in", "the", "proportion", "of", "b", "cells", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "037", "##2", ")", "and", "cycling", "at2", "cells", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "014", "##7", ")", "compared", "to", "the", "background", "tissue", ",", "and", "a", "decrease", "in", "the", "proportion", "of", "immature", "cells", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "001", "##2", ")", ",", "nk", "cells", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "001", "##2", ")", ",", "and", "lec", "##s", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "000", "##77", ",", "supplementary", "data", "13", "and", "14", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "the", "proportions", "of", "other", "cell", "types", "estimated", "from", "the", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "or", "the", "stx", "data", "within", "the", "tumour", "or", "background", "showed", "some", "discrepancies", "(", "supplementary", "fig", ".", "4h", ",", "i", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "was", "particularly", "evident", "within", "the", "non-immune", "populations", ",", "where", "stx", "estimated", "higher", "proportions", "of", "lec", "##s", ",", "activated", "adventi", "##tial", "fibroblasts", "and", "cycling", "subsets", ",", "compared", "to", "scr", "##na", "-", "seq", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "disparities", "in", "cell", "proportions", "between", "different", "methodologies", "were", "previously", "shown", "by", "others", ",", "undersc", "##oring", "the", "potential", "influence", "of", "distinc", "t", "sampling", "biases", "inherent", "to", "scr", "##na", "-", "seq", "and", "stx", "techniques", "like", "vis", "##ium", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "the", "case", "of", "scr", "##na", "-", "seq", ",", "variations", "in", "cell", "digestion", "sensitivity", "can", "lead", "to", "differential", "representation", "of", "cell", "types", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "meanwhile", ",", "with", "vis", "##ium", ",", "discrepancies", "might", "arise", "from", "variations", "in", "the", "location", "of", "tumour", "resections", "as", "well", "as", "differences", "in", "sample", "sizes", "compared", "to", "scr", "##na", "-", "seq", "studies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "nevertheless", ",", "the", "overall", "concordance", "in", "the", "results", "obtained", "by", "scr", "##na", "-", "seq", "and", "vis", "##ium", "suggests", "that", "our", "spatial", "“", "map", "”", "of", "different", "cell", "types", "faith", "##fully", "represents", "their", "distribution", "in", "the", "tissue", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "next", ",", "we", "examined", "the", "spatial", "co", "-", "localisation", "of", "the", "l", "–", "rs", "identified", "by", "cell", "##phone", "##db", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "l", "–", "rs", "were", "considered", "to", "co", "-", "local", "##ise", "if", "both", "genes", "were", "expressed", "in", "the", "same", "spot", "and", "above", "median", "value", "for", "the", "given", "genes", "across", "the", "section", "spots", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "then", "compared", "the", "frequency", "of", "spots", "in", "which", "l", "–", "r", "genes", "were", "colocal", "##ising", "versus", "non", "-", "colocal", "##ising", "in", "the", "matched", "tumour", "versus", "background", "sections", ",", "using", "a", "χ", "test", "(", "“", "methods", "”", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "due", "to", "the", "low", "number", "of", "tissue", "blocks", "collected", "from", "lu", "##sc", "and", "lu", "##ad", "patients", "(", "n", "lu", "##sc", "=", "3", ",", "n", "lu", "##ad", "=", "5", ")", ",", "the", "statistical", "power", "was", "not", "sufficient", "to", "perform", "a", "comparative", "analysis", "between", "spatial", "localisation", "of", "lu", "##ad", "/", "lu", "##sc", "-", "specific", "l", "–", "rs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "nevertheless", ",", "we", "confirmed", "that", "several", "of", "the", "aforementioned", "tumour", "-", "specific", "l", "–", "rs", "colocalized", "significantly", "more", "in", "tumour", "than", "in", "background", "sections", ",", "including", "nr", "##p1", "-", "vegfa", "and", "the", "ici", "##s", "nect", "##in2", "-", "tig", "##it", ",", "lg", "##als", "##9", "-", "hav", "##cr", "##2", ",", "and", "cd", "##96", "-", "nect", "##in1", "(", "fig", ".", "3c", "–", "e", "and", "supplementary", "data", "15", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "consistent", "with", "the", "cell", "##phone", "##db", "results", ",", "we", "found", "no", "significant", "colocalization", "of", "pd", "##1", "-", "pdl", "##1", "in", "the", "tumour", "sections", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "tumour", "samples", "obtained", "from", "surgical", "resection", "contain", "both", "malignant", "and", "residual", "normal", "epithelial", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "a", "significant", "challenge", "in", "scr", "##na", "-", "seq", "of", "human", "tumours", "lies", "in", "the", "differentiation", "of", "cancer", "cells", "from", "non", "-", "malignant", "counterparts", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "therefore", ",", "we", "applied", "copy", "##n", "##umber", "kary", "##otyping", "of", "tumors", "(", "copy", "##kat", ")", "to", "discern", "genome-wide", "aneuploidy", "within", "individual", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "the", "principle", "driving", "the", "computation", "of", "dna", "copy", "number", "events", "from", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "is", "rooted", "in", "the", "notion", "that", "the", "expression", "levels", "of", "neighbouring", "genes", "can", "provide", "valuable", "information", "to", "infer", "genomic", "copy", "numbers", "within", "that", "specific", "genomic", "segment", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "since", "aneuploidy", "is", "common", "in", "human", "cancers", ",", "cells", "with", "genome-wide", "cn", "##as", "are", "considered", "as", "tumour", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "analysis", "using", "copy", "##kat", "revealed", "extensive", ",", "patient", "-", "specific", "cn", "##as", "in", "tumour", "tissue", "(", "fig", ".", "4a", "and", "supplementary", "fig", ".", "5a", ")", "but", "not", "in", "the", "background", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "within", "individual", "tumour", "samples", ",", "the", "cn", "##as", "were", "detected", "in", "at2", "and", "cycling", "at2", "cells", ",", "and", "in", "some", "patients", "these", "genetic", "alterations", "were", "shared", "between", "at2", "/", "cycling", "at2", "cells", "and", "atypical", "epithelial", "cells", ",", "suggesting", "a", "close", "lineage", "relationship", "between", "different", "epithelial", "subpopulations", "(", "fig", ".", "4a", "and", "supplementary", "fig", ".", "5a", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "confirmed", "this", "finding", "by", "infer", "##ring", "the", "trajectory", "of", "non", "-", "blood", "cell", "populations", "in", "tumour", "using", "partition", "-", "based", "graph", "abstraction", "(", "pag", "##a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "pag", "##a", "showed", "differentiation", "continuity", "between", "at2", "cells", ",", "cycling", "at2", "/", "epithelial", "cells", ",", "and", "atypical", "epithelial", "cells", "on", "one", "side", "and", "cilia", "##ted", "epithelial", "cells", "and", "transition", "##ing", "epithelial", "cells", "on", "the", "other", "(", "fig", ".", "4b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "furthermore", ",", "blinded", "histological", "evaluation", "confirmed", "the", "overlap", "between", "pathologist", "-", "defined", "tumour", "sites", "and", "at2", "and", "cycling", "at2", "cells", "predicted", "by", "cell", "##2", "##lo", "##cat", "##ion", ",", "suggesting", "their", "tumour", "cells", "status", "(", "fig", ".", "4c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "less", "overlap", "was", "observed", "for", "atypical", "epithelial", "cells", "(", "fig", ".", "4c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "differential", "expression", "analysis", "(", "dea", ")", "of", "at2", "cells", "from", "tumours", "compared", "to", "background", "showed", "upregulation", "of", "genes", "involved", "in", "hypoxia", ",", "tp53", "pathways", ",", "and", "metabolic", "rew", "##iring", "in", "tumours", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "at2", "cells", "in", "tumour", "-", "upregulated", "genes", "involved", "both", "in", "glyco", "lysis", "and", "oxidative", "phosphorylation", "(", "fig", ".", "4d", "and", "supplementary", "data", "16", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "while", "the", "importance", "of", "glyco", "lysis", "in", "tumour", "cells", "is", "well", "-", "established", ",", "it", "was", "recently", "reported", "that", "human", "nsclc", "use", "glucose", "and", "lactate", "to", "fuel", "the", "tricarboxylic", "acid", "(", "tca", ")", "cycle", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "addition", ",", "the", "tumour", "at2", "cells", "were", "noted", "to", "express", "more", "ly", "##pd", "##3", "compared", "to", "background", "at2", "cells", "(", "log2", "##fc", "=", "2", ".", "04", ",", "p", "adj", "=", "0", ".", "039", ",", "supplementary", "data", "16", ")", ",", "an", "adhesion", "protein", "which", "has", "previously", "been", "connected", "to", "poor", "prognosis", "in", "nsclc", "and", "is", "currently", "being", "targeted", "in", "preclinical", "and", "clinical", "studies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "interestingly", ",", "the", "population", "of", "cam", "##ls", "also", "showed", "substantial", "cn", "##as", "that", "were", "similar", "to", "those", "of", "at2", "cells", "and", "cycling", "at2", "cells", "from", "the", "same", "patient", "(", "fig", ".", "4a", ",", "e", "and", "supplementary", "fig", ".", "5a", ",", "b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "measure", "the", "difference", "of", "the", "distribution", "of", "genomic", "gain", "and", "loss", "between", "cell", "types", "in", "a", "statistically", "robust", "manner", ",", "we", "calculated", "the", "ku", "##ll", "##back", "–", "lei", "##ble", "##r", "(", "kl", ")", "divergence", "(", "fig", ".", "4f", "and", "supplementary", "fig", ".", "5c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cam", "##ls", "had", "kl", "divergence", "values", "comparable", "to", "cn", "##a", "-", "harbour", "##ing", "tumour", "cells", ",", "thus", "confirming", "the", "similarity", "of", "their", "cn", "##a", "profiles", "(", "fig", ".", "4f", "and", "supplementary", "fig", ".", "5c", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "cam", "##ls", "co", "-", "expressed", "a", "wide", "array", "of", "myeloid", "genes", "as", "well", "as", "typical", "epithelial", "genes", "(", "fig", ".", "1d", "–", "f", "and", "supplementary", "fig", ".", "1d", ")", ",", "had", "a", "low", "doublet", "score", "and", "shared", "the", "same", "cn", "##a", "signature", "as", "tumour", "cells", ",", "we", "hypothesise", "d", "that", "these", "cells", "might", "represent", "a", "subset", "of", "m", "##ɸ", "tightly", "attached", "to", "a", "cancer", "cell", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "it", "is", "possible", "that", "these", "m", "##ɸ", "were", "undergoing", "phagocytosis", "or", "fusion", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "cam", "##ls", "have", "been", "previously", "isolated", "from", "peripheral", "blood", "of", "cancer", "patients", "and", "described", "to", "facilitate", "circulating", "tumour", "cells", "seeding", "of", "distant", "metastases", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "analysis", "suggested", "that", "cam", "##ls", "can", "also", "be", "isolated", "from", "tumour", "tissue", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "to", "validate", "that", "cam", "##ls", "are", "in", "physical", "proximity", "to", "tumour", "cells", "in", "situ", "we", "examined", "our", "stx", "sections", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "we", "calculated", "across", "all", "sections", "(", "8", "patients", ",", "n", "sections", "=", "20", ")", "the", "pearson", "correlation", "between", "the", "relative", "abundance", "of", "the", "cell", "types", "that", "reside", "in", "the", "same", "spot", "and", "are", "therefore", "co", "-", "localised", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "analysis", "showed", "that", "cam", "##ls", "indeed", "co", "-", "localised", "with", "at2", "cells", "(", "fig", ".", "4g", ",", "h", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "confirmed", "this", "finding", "using", "non", "-", "negative", "matrix", "factor", "##isation", "(", "nm", "##f", ")", "on", "the", "absolute", "cell", "-", "type", "abundances", "estimated", "by", "cell", "##2", "##lo", "##cat", "##ion", "that", "defined", "factors", "of", "co", "-", "occurring", "cell", "states", "(", "fig", ".", "4i", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "determine", "the", "specific", "m", "##ɸ", "population", "from", "which", "cam", "##ls", "likely", "originate", ",", "we", "employed", "pag", "##a", "to", "elucidate", "the", "differentiation", "path", "of", "the", "myeloid", "cell", "population", "in", "our", "tumour", "dataset", "(", "supplementary", "fig", ".", "5d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "analysis", "revealed", "continuity", "of", "the", "differentiation", "transitions", "between", "diverse", "populations", "of", "myeloid", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "within", "the", "pag", "##a", "trajectory", ",", "alveol", "ar", "m", "##ɸ", "(", "am", "##ɸ", ")", "and", "aim", "##ɸ", "showed", "high", "pag", "##a", "connectivity", "indicating", "their", "high", "transcriptional", "similarity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "both", "aim", "##ɸ", "and", "am", "##ɸ", "showed", "the", "strongest", "connectivity", "on", "the", "pag", "##a", "trajectory", "with", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "which", ",", "in", "turn", ",", "were", "linked", "with", "cam", "##ls", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "we", "did", "not", "detect", "neutrophil", "##ic", "granulocytes", ",", "most", "probably", "due", "to", "their", "sensitivity", "to", "degradation", "after", "collection", "and", "in", "particular", "to", "the", "freezing", "-", "thawing", "cycle", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "finally", ",", "we", "identified", "a", "cluster", "characterised", "by", "the", "co", "-", "expression", "of", "myeloid", "(", "ly", "##z", ",", "cd68", ",", "cd14", ",", "mrc", "##1", ")", "and", "epithelial", "genes", "(", "krt", "##19", ",", "epcam", ")", "(", "fig", ".", "1d", "–", "f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "cells", "were", "found", "within", "the", "tumour", "and", "exhibited", "similarities", "to", "previously", "described", "cancer", "-", "associated", "macrophage", "-", "like", "cells", "(", "cam", "##ls", ")", "." ]

[ "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]

[ "cam", "##ls", "represent", "a", "distinc", "t", "population", "of", "large", "myeloid", "cells", "with", "concomitant", "epithelial", "tumour", "protein", "expression", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "unique", "cells", "have", "been", "observed", "in", "blood", "samples", "of", "patients", "with", "various", "malignancies", ",", "including", "nsclc", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "abundance", "of", "cam", "##ls", "exhibits", "a", "direct", "correlation", "with", "response", "to", "therapeutic", "interventions", ",", "highlighting", "their", "functional", "significance", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "even", "after", "further", "subcl", "##uster", "##ing", ",", "cam", "##ls", "maintained", "their", "distinc", "t", "dual", "myeloid", "-", "epithelial", "signature", "(", "supplementary", "fig", ".", "1d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "it", "is", "noteworthy", "that", "doublet", "detection", "software", "scr", "##uble", "##t", "assigned", "a", "low", "doublet", "score", "to", "cam", "##ls", ",", "suggesting", "their", "expression", "profile", "is", "unlikely", "to", "be", "explained", "as", "a", "combined", "signature", "arising", "from", "the", "coincident", "##al", "sequencing", "of", "a", "tumour", "cell", "and", "a", "macrophage", "(", "supplementary", "fig", ".", "1e", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "all", "clusters", "included", "cells", "from", "multiple", "patients", ",", "with", "the", "cluster", "size", "ranging", "from", "252", "##0", "to", "124", ",", "45", "##9", "cells", "(", "supplementary", "fig", ".", "1f", ",", "g", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "furthermore", ",", "we", "conducted", "reference", "-", "query", "mapping", "using", "scarc", "##hes", "to", "confirm", "the", "consistency", "of", "our", "annotations", "in", "the", "tumour", "and", "b", "/", "h", "dataset", "(", "supplementary", "fig", ".", "2a", "–", "c", "and", "supplementary", "notes", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "the", "composition", "of", "the", "immune", "and", "non-immune", "compartment", "was", "markedly", "different", "between", "the", "tumour", "and", "background", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "in", "the", "tumour", ",", "we", "detected", "fibroblasts", "and", "a", "decrease", "in", "the", "fraction", "of", "lymphatic", "endothelial", "cells", "(", "lec", "##s", ")", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "002", "##5", ",", "fig", ".", "1g", "and", "supplementary", "data", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "furthermore", ",", "the", "population", "of", "epithelial", "cells", "showed", "higher", "diversity", ",", "with", "the", "presence", "of", "alveol", "ar", "type", "ii", "(", "at2", ")", ",", "atypical", "epithelial", "cells", "which", "downregulated", "epithelial", "markers", "(", "krt", "##19", ",", "epcam", ",", "cdh1", ")", ",", "transition", "##ing", "epithelial", "cells", "which", "upregulated", "myeloid", "markers", "(", "ly", "##z", ")", ",", "and", "cycling", "epithelial", "cells", "in", "tumour", "tissues", "(", "fig", ".", "1g", ",", "supplementary", "notes", ",", "and", "supplementary", "fig", ".", "2d", ",", "e", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "differences", "are", "in", "agreement", "with", "the", "fact", "that", "in", "tumour", "specimens", ",", "epithelial", "cells", "are", "likely", "to", "be", "a", "mixture", "of", "mutant", "tumour", "and", "non", "-", "mutant", "normal", "cells", ",", "and", "suggest", "that", "neoplastic", "transformation", "leads", "to", "further", "diversity", "of", "cell", "states", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "did", "not", "detect", "alveol", "ar", "type", "i", "(", "at1", ")", "or", "basal", "cells", ",", "possibly", "due", "to", "their", "loss", "during", "dissociation", "##s", ",", "as", "previously", "reported", "by", "others", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "as", "previously", "reported", ",", "the", "proportion", "of", "monocytes", "and", "immature", "myeloid", "cells", "was", "significantly", "reduced", "in", "tumour", "samples", "compared", "to", "background", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "022", "and", "p", "adj", "=", "0", ".", "00001", ",", "respectively", ")", ",", "while", "dcs", "and", "b", "cells", "were", "overall", "expanded", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "002", "##3", "and", "p", "adj", "=", "0", ".", "004", "##4", ",", "respectively", ";", "fig", ".", "1h", "and", "supplementary", "data", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "get", "further", "insight", "into", "the", "cellular", "composition", "of", "tumour", "versus", "background", "tissue", ",", "we", "subcl", "##uster", "##ed", "each", "of", "the", "broad", "clusters", "and", "identified", "46", "cell", "types", "/", "states", "(", "supplementary", "fig", ".", "2d", ",", "e", ",", "supplementary", "data", "4", "and", "5", ",", "supplementary", "fig", ".", "3", ",", "and", "supplementary", "notes", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "the", "tumour", ",", "we", "found", "that", "a", "significantly", "higher", "proportion", "of", "nk", "cells", "had", "a", "lower", "cytotoxicity", "phenotype", "(", "supplementary", "notes", ")", ",", "and", "that", "the", "significant", "majority", "of", "dcs", "were", "derived", "from", "monocytes", "(", "i", ".", "e", ".", ",", "mo", "-", "dc", "##2", ")", ",", "(", "supplementary", "notes", ")", "compared", "to", "background", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "0000", "##2", "and", "p", "adj", "=", "0", ".", "0000", "##2", ",", "respectively", ",", "fig", ".", "1i", "and", "supplementary", "data", "6", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "is", "consistent", "with", "the", "monocytic", "origin", "of", "mo", "-", "dc", "##2s", "under", "inflammatory", "conditions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "similarly", ",", "we", "found", "an", "expansion", "of", "b", "cells", "expressing", "ly", "##z", "and", "tnf", ",", "and", "depletion", "of", "nk", "##b", "cells", "(", "fig", ".", "1i", "and", "supplementary", "notes", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "among", "t", "cells", ",", "tumour", "samples", "showed", "an", "accumulation", "of", "regulatory", "t", "cells", "(", "tregs", ")", ",", "known", "to", "hinder", "the", "immune", "surveillance", "of", "tumours", "(", "fig", ".", "1i", ")", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "conversely", ",", "there", "was", "a", "reduction", "of", "exhaus", "##ted", "cytotoxic", "t", "cells", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "0000", "##2", ")", "in", "the", "tumour", "and", "absence", "of", "t", "cells", ",", "which", "have", "been", "associated", "with", "survival", "in", "nsclc", "(", "fig", ".", "1i", "and", "supplementary", "data", "6", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "t", "cells", "are", "capable", "of", "recogn", "##ising", "and", "lys", "##ing", "diverse", "ranges", "of", "cancer", "cells", ",", "and", "thus", "have", "been", "suggested", "for", "a", "role", "in", "pan", "-", "cancer", "immunotherap", "y", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "finally", ",", "we", "saw", "an", "increase", "in", "heterogeneity", "and", "proportion", "of", "anti-inflammatory", "m", "##ɸ", "(", "aim", "##ɸ", ")", ",", "with", "a", "subset", "of", "cycling", "anti-inflammatory", "m", "##ɸ", ",", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "(", "fig", ".", "1i", ")", "and", "cam", "##ls", "(", "fig", ".", "1h", ")", "being", "abundantly", "present", "in", "tumour", "tissue", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "interestingly", ",", "we", "found", "a", "strong", "negative", "correlation", "between", "the", "frequency", "of", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "/", "aim", "##ɸ", "and", "t", "/", "nk", "cells", "across", "patients", ",", "highlighting", "the", "key", "role", "of", "m", "##ɸ", "in", "restr", "##aining", "the", "infiltration", "of", "cytotoxic", "cells", "in", "the", "lung", "tumour", "tissue", "(", "fig", ".", "2a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "is", "in", "line", "with", "a", "recent", "work", "describing", "that", "monocyte-derived", "m", "##ɸ", "in", "human", "nsclc", "acquire", "an", "immunosupp", "res", "##si", "##ve", "phenotype", "and", "restr", "##ain", "the", "infiltration", "of", "nk", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "lu", "##ad", "and", "lu", "##sc", "have", "very", "different", "progn", "##oses", "and", "are", "often", "considered", "as", "different", "clinical", "entities", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "examine", "if", "differences", "in", "clinical", "features", "stem", "from", "distinc", "t", "cellular", "composition", ",", "we", "compared", "the", "frequency", "of", "immune", "and", "non-immune", "cell", "subsets", "within", "cd2", "##35", "-", "samples", "from", "lu", "##ad", "versus", "lu", "##sc", "patients", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "observed", "minor", "differences", "in", "cell", "frequency", "that", "did", "not", "reach", "statistical", "significance", "after", "p", "value", "correction", "(", "supplementary", "fig", ".", "4a", "and", "supplementary", "data", "7", "and", "8", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "furthermore", ",", "there", "was", "no", "clear", "association", "between", "the", "frequency", "of", "immune", "and", "non-immune", "cells", "observed", "in", "patients", "and", "the", "cancer", "subtype", ",", "cancer", "stage", "or", "sex", "(", "supplementary", "fig", ".", "4b", ",", "c", ")", ",", "suggesting", "that", "the", "tme", "composition", "is", "rather", "similar", "in", "lu", "##ad", "and", "lu", "##sc", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "while", "lu", "##ad", "and", "lu", "##sc", "shared", "similar", "cellular", "compositions", ",", "the", "observed", "clinical", "distinc", "ti", "##ons", "may", "arise", "from", "varying", "intercellular", "interactions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "therefore", ",", "we", "examined", "whether", "different", "cell", "–", "cell", "interaction", "networks", "were", "employed", "within", "the", "tme", "in", "lu", "##ad", "versus", "lu", "##sc", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "this", "end", ",", "we", "identified", "a", "putative", "list", "of", "cell", "–", "cell", "interactions", "exclusively", "observed", "in", "each", "tumour", "type", "environment", "by", "infer", "##ring", "statistically", "significant", "ligand", "–", "receptor", "pairs", "(", "l", "–", "rs", ")", "that", "were", "not", "detected", "in", "background", "or", "healthy", "and", "their", "corresponding", "cell", "types", ",", "using", "cell", "##phone", "##db", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "although", "the", "two", "tumour", "subtypes", "showed", "a", "similar", "interaction", "network", "that", "mostly", "involved", "interactions", "between", "non-immune", "cells", ",", "aim", "##ɸ", "and", "t", "cells", "(", "fig", ".", "2b", ")", ",", "there", "were", "also", "some", "notable", "differences", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "first", ",", "we", "identified", "overall", "a", "higher", "number", "of", "l", "–", "rs", "in", "the", "lu", "##ad", "dataset", "(", "supplementary", "fig", ".", "4d", "and", "supplementary", "data", "9", "–", "12", ")", ",", "which", "was", "not", "driven", "by", "a", "difference", "in", "the", "number", "of", "cells", "in", "the", "lu", "##ad", "(", "n", "=", "105", ",", "74", "##9", "cells", ")", "vs", "lu", "##sc", "(", "n", "=", "230", ",", "06", "##6", "cells", ")", "dataset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "secondly", ",", "several", "pairs", "of", "immune", "checkpoint", "inhibitors", "(", "ici", ")", "and", "their", "respective", "inhibitory", "molecules", "were", "differentially", "co", "-", "expressed", "in", "lu", "##ad", "versus", "lu", "##sc", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "example", ",", "lg", "##als", "##9", "-", "hav", "##cr", "##2", "(", "tim", "##3", ")", ",", "nect", "##in2", "-", "cd2", "##26", "(", "dna", "##m1", ")", "and", "nect", "##in2", "/", "nect", "##in", "##3", "-", "tig", "##it", "were", "frequently", "identified", "in", "lu", "##ad", ",", "and", "the", "putative", "ici", "cd", "##96", "-", "nect", "##in1", "was", "found", "preferentially", "in", "lu", "##sc", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "contrast", ",", "cd80", "/", "cd86", "-", "ctla4", "and", "hla", "##f", "-", "lil", "##rb", "##1", "/", "2", "were", "found", "in", "both", "tumour", "subtypes", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lil", "##rb", "##s", "(", "leuc", "##ocyte", "ig", "-", "like", "receptors", ")", "are", "emerging", "as", "potential", "targets", "for", "next", "-", "generation", "immunotherap", "eut", "##ics", "as", "their", "blocking", "can", "potentiate", "immune", "responses", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "most", "commonly", "used", "immunotherap", "ie", "##s", "for", "lung", "cancer", "block", "the", "interaction", "between", "pd", "##1", "and", "pdl", "##1", ",", "and", "recent", "clinical", "trials", "suggested", "that", "anti", "-", "ctla4", "and", "anti", "-", "pd", "##1", "combination", "therapy", "improved", "the", "survival", "of", "patients", "independent", "of", "tumour", "pd", "##1", "expression", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "within", "our", "dataset", ",", "we", "did", "not", "observe", "pd", "##1", "-", "pdl", "##1", "interactions", "in", "either", "of", "the", "tumour", "subtypes", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "initial", "analysis", "suggests", "that", "other", "ici", "##s", "(", "such", "as", "ctla4", ",", "tig", "##it", ",", "lil", "##rb", "##1", "/", "2", "and", "tim", "##3", ")", "might", "be", "promising", "targets", "in", "the", "treatment", "of", "nsclc", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "of", "the", "significant", "l", "–", "rs", "detected", "in", "both", "lu", "##ad", "and", "lu", "##sc", "we", "noted", "several", "pairs", "involved", "in", "angiogenic", "signalling", "in", "different", "populations", "of", "myeloid", "cells", "such", "as", "vegfa", "/", "b", "-", "flt", "##1", ",", "vegfa", "-", "kdr", "and", "vegfa", "-", "nr", "##p1", "/", "2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "although", "vegfa", "and", "vegf", "##b", "were", "found", "to", "be", "expressed", "in", "both", "lu", "##ad", "and", "lu", "##sc", ",", "their", "receptors", "were", "more", "frequently", "found", "in", "lu", "##ad", ",", "especially", "in", "fibroblasts", "(", "fig", ".", "2e", "and", "supplementary", "fig", ".", "4e", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "similarly", ",", "we", "observed", "significant", "expression", "of", "egfr", "ligands", "signalling", "in", "at2", "and", "cycling", "epithelial", "cells", ",", "such", "as", "egfr", "-", "ere", "##g", ",", "egfr", "-", "are", "##g", ",", "egfr", "-", "hbe", "##gf", "and", "egfr", "-", "mif", ",", "although", "mif", "expression", "was", "found", "more", "frequently", "in", "cells", "from", "lu", "##sc", "(", "fig", ".", "2f", "and", "supplementary", "fig", ".", "4f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "finally", ",", "we", "observed", "key", "co", "-", "stimulatory", "signals", "required", "to", "support", "lymphoid", "cell", "activation", ",", "such", "as", "cd40", "-", "cd40l", "##g", ",", "cd2", "-", "cd5", "##8", ",", "cd28", "-", "cd86", ",", "ccl2", "##1", "-", "ccr7", ",", "and", "tnf", "##rs", "##f1", "##3b", "/", "c", "-", "tnf", "##s", "##f1", "##3b", "(", "tac", "##i", "/", "baff", "##r", "-", "baff", ")", "(", "supplementary", "fig", ".", "4g", ")", ",", "which", "are", "often", "associated", "with", "the", "presence", "of", "ectopic", "lymphoid", "organs", "mainly", "consisting", "of", "b", "cells", ",", "t", "cells", ",", "and", "dcs", "i", ".", "e", ".", ",", "tertiary", "lymphoid", "structures", "(", "tls", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]

[ "tls", "are", "usually", "correlated", "with", "the", "longer", "relapse", "-", "free", "survival", "in", "nsclc", "." ]

[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "the", "significant", "l", "–", "rs", "and", "their", "interacting", "cell", "types", "were", "calculated", "based", "on", "the", "co", "-", "expression", "of", "genes", "in", "different", "cell", "-", "type", "clusters", "from", "the", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", "using", "cell", "##phone", "##db", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "in", "order", "to", "discern", "biologically", "significant", "interactions", ",", "it", "is", "essential", "to", "ascertain", "whether", "the", "cell", "types", "identified", "as", "interacting", "are", "indeed", "physically", "co", "-", "located", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "achieve", "this", ",", "we", "considered", "how", "the", "scr", "##na", "-", "seq", "-", "identified", "cell", "types", "are", "spatially", "arranged", "on", "tissue", "sections", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "we", "applied", "an", "integrative", "approach", "which", "combines", "the", "scr", "##na", "-", "seq", "of", "the", "tumour", "and", "background", "samples", "with", "the", "spatial", "transcriptomic", "(", "stx", ")", "profile", "of", "the", "fresh", "frozen", "tumour", "and", "background", "tissue", "sections", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "we", "performed", "10×", "vis", "##ium", "on", "two", "consecutive", ",", "10", "-", "µm", "sections", ",", "from", "eight", "patients", ",", "seven", "of", "which", "matched", "the", "samples", "used", "for", "the", "scr", "##na", "-", "seq", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "analysed", "36", "sections", "in", "total", "(", "n", "tumour", "=", "20", ",", "n", "background", "=", "16", ")", "with", "an", "average", "um", "##i", "count", "of", "68", "##94", "/", "spot", "in", "tumour", "and", "335", "##0", "/", "spot", "in", "the", "background", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "next", ",", "we", "used", "cell", "##2", "##lo", "##cat", "##ion", "and", "cell", "-", "type", "specific", "expression", "profiles", "from", "our", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", "to", "deconv", "##ol", "##ute", "cell", "-", "type", "abundances", "on", "the", "tissue", "(", "fig", ".", "3a", ",", "see", "“", "methods", "”", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "once", "the", "cell", "types", "were", "resolved", "on", "the", "tissue", "sections", ",", "we", "examined", "the", "frequency", "of", "different", "cell", "types", "across", "all", "sections", "from", "tumour", "and", "background", "tissue", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "the", "cell", "-", "type", "abundance", "in", "tumour", "and", "background", "were", "computed", "by", "summing", "up", "the", "posterior", "5", "%", "quantile", "(", "q", "##05", ")", "value", "of", "estimated", "cell", "abundance", "by", "cell", "##2", "##lo", "##cat", "##ion", ",", "across", "spots", "that", "passed", "qc", "(", "“", "methods", "”", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "analysis", "confirmed", "that", "the", "differences", "in", "the", "frequency", "of", "cell", "types", "across", "all", "sections", "in", "tumour", "versus", "background", "was", "in", "line", "with", "the", "results", "obtained", "in", "the", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "(", "fig", ".", "3b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "example", ",", "in", "tumours", "we", "found", "an", "increase", "in", "the", "proportion", "of", "b", "cells", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "037", "##2", ")", "and", "cycling", "at2", "cells", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "014", "##7", ")", "compared", "to", "the", "background", "tissue", ",", "and", "a", "decrease", "in", "the", "proportion", "of", "immature", "cells", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "001", "##2", ")", ",", "nk", "cells", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "001", "##2", ")", ",", "and", "lec", "##s", "(", "p", "adj", "=", "0", ".", "000", "##77", ",", "supplementary", "data", "13", "and", "14", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "the", "proportions", "of", "other", "cell", "types", "estimated", "from", "the", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "or", "the", "stx", "data", "within", "the", "tumour", "or", "background", "showed", "some", "discrepancies", "(", "supplementary", "fig", ".", "4h", ",", "i", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "was", "particularly", "evident", "within", "the", "non-immune", "populations", ",", "where", "stx", "estimated", "higher", "proportions", "of", "lec", "##s", ",", "activated", "adventi", "##tial", "fibroblasts", "and", "cycling", "subsets", ",", "compared", "to", "scr", "##na", "-", "seq", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "disparities", "in", "cell", "proportions", "between", "different", "methodologies", "were", "previously", "shown", "by", "others", ",", "undersc", "##oring", "the", "potential", "influence", "of", "distinc", "t", "sampling", "biases", "inherent", "to", "scr", "##na", "-", "seq", "and", "stx", "techniques", "like", "vis", "##ium", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "the", "case", "of", "scr", "##na", "-", "seq", ",", "variations", "in", "cell", "digestion", "sensitivity", "can", "lead", "to", "differential", "representation", "of", "cell", "types", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "meanwhile", ",", "with", "vis", "##ium", ",", "discrepancies", "might", "arise", "from", "variations", "in", "the", "location", "of", "tumour", "resections", "as", "well", "as", "differences", "in", "sample", "sizes", "compared", "to", "scr", "##na", "-", "seq", "studies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "nevertheless", ",", "the", "overall", "concordance", "in", "the", "results", "obtained", "by", "scr", "##na", "-", "seq", "and", "vis", "##ium", "suggests", "that", "our", "spatial", "“", "map", "”", "of", "different", "cell", "types", "faith", "##fully", "represents", "their", "distribution", "in", "the", "tissue", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "next", ",", "we", "examined", "the", "spatial", "co", "-", "localisation", "of", "the", "l", "–", "rs", "identified", "by", "cell", "##phone", "##db", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "l", "–", "rs", "were", "considered", "to", "co", "-", "local", "##ise", "if", "both", "genes", "were", "expressed", "in", "the", "same", "spot", "and", "above", "median", "value", "for", "the", "given", "genes", "across", "the", "section", "spots", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "then", "compared", "the", "frequency", "of", "spots", "in", "which", "l", "–", "r", "genes", "were", "colocal", "##ising", "versus", "non", "-", "colocal", "##ising", "in", "the", "matched", "tumour", "versus", "background", "sections", ",", "using", "a", "χ", "test", "(", "“", "methods", "”", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "due", "to", "the", "low", "number", "of", "tissue", "blocks", "collected", "from", "lu", "##sc", "and", "lu", "##ad", "patients", "(", "n", "lu", "##sc", "=", "3", ",", "n", "lu", "##ad", "=", "5", ")", ",", "the", "statistical", "power", "was", "not", "sufficient", "to", "perform", "a", "comparative", "analysis", "between", "spatial", "localisation", "of", "lu", "##ad", "/", "lu", "##sc", "-", "specific", "l", "–", "rs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "nevertheless", ",", "we", "confirmed", "that", "several", "of", "the", "aforementioned", "tumour", "-", "specific", "l", "–", "rs", "colocalized", "significantly", "more", "in", "tumour", "than", "in", "background", "sections", ",", "including", "nr", "##p1", "-", "vegfa", "and", "the", "ici", "##s", "nect", "##in2", "-", "tig", "##it", ",", "lg", "##als", "##9", "-", "hav", "##cr", "##2", ",", "and", "cd", "##96", "-", "nect", "##in1", "(", "fig", ".", "3c", "–", "e", "and", "supplementary", "data", "15", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "consistent", "with", "the", "cell", "##phone", "##db", "results", ",", "we", "found", "no", "significant", "colocalization", "of", "pd", "##1", "-", "pdl", "##1", "in", "the", "tumour", "sections", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "tumour", "samples", "obtained", "from", "surgical", "resection", "contain", "both", "malignant", "and", "residual", "normal", "epithelial", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "a", "significant", "challenge", "in", "scr", "##na", "-", "seq", "of", "human", "tumours", "lies", "in", "the", "differentiation", "of", "cancer", "cells", "from", "non", "-", "malignant", "counterparts", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "therefore", ",", "we", "applied", "copy", "##n", "##umber", "kary", "##otyping", "of", "tumors", "(", "copy", "##kat", ")", "to", "discern", "genome-wide", "aneuploidy", "within", "individual", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "the", "principle", "driving", "the", "computation", "of", "dna", "copy", "number", "events", "from", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "is", "rooted", "in", "the", "notion", "that", "the", "expression", "levels", "of", "neighbouring", "genes", "can", "provide", "valuable", "information", "to", "infer", "genomic", "copy", "numbers", "within", "that", "specific", "genomic", "segment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "since", "aneuploidy", "is", "common", "in", "human", "cancers", ",", "cells", "with", "genome-wide", "cn", "##as", "are", "considered", "as", "tumour", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "analysis", "using", "copy", "##kat", "revealed", "extensive", ",", "patient", "-", "specific", "cn", "##as", "in", "tumour", "tissue", "(", "fig", ".", "4a", "and", "supplementary", "fig", ".", "5a", ")", "but", "not", "in", "the", "background", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "within", "individual", "tumour", "samples", ",", "the", "cn", "##as", "were", "detected", "in", "at2", "and", "cycling", "at2", "cells", ",", "and", "in", "some", "patients", "these", "genetic", "alterations", "were", "shared", "between", "at2", "/", "cycling", "at2", "cells", "and", "atypical", "epithelial", "cells", ",", "suggesting", "a", "close", "lineage", "relationship", "between", "different", "epithelial", "subpopulations", "(", "fig", ".", "4a", "and", "supplementary", "fig", ".", "5a", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "confirmed", "this", "finding", "by", "infer", "##ring", "the", "trajectory", "of", "non", "-", "blood", "cell", "populations", "in", "tumour", "using", "partition", "-", "based", "graph", "abstraction", "(", "pag", "##a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "pag", "##a", "showed", "differentiation", "continuity", "between", "at2", "cells", ",", "cycling", "at2", "/", "epithelial", "cells", ",", "and", "atypical", "epithelial", "cells", "on", "one", "side", "and", "cilia", "##ted", "epithelial", "cells", "and", "transition", "##ing", "epithelial", "cells", "on", "the", "other", "(", "fig", ".", "4b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "furthermore", ",", "blinded", "histological", "evaluation", "confirmed", "the", "overlap", "between", "pathologist", "-", "defined", "tumour", "sites", "and", "at2", "and", "cycling", "at2", "cells", "predicted", "by", "cell", "##2", "##lo", "##cat", "##ion", ",", "suggesting", "their", "tumour", "cells", "status", "(", "fig", ".", "4c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "less", "overlap", "was", "observed", "for", "atypical", "epithelial", "cells", "(", "fig", ".", "4c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "differential", "expression", "analysis", "(", "dea", ")", "of", "at2", "cells", "from", "tumours", "compared", "to", "background", "showed", "upregulation", "of", "genes", "involved", "in", "hypoxia", ",", "tp53", "pathways", ",", "and", "metabolic", "rew", "##iring", "in", "tumours", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "at2", "cells", "in", "tumour", "-", "upregulated", "genes", "involved", "both", "in", "glyco", "lysis", "and", "oxidative", "phosphorylation", "(", "fig", ".", "4d", "and", "supplementary", "data", "16", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "while", "the", "importance", "of", "glyco", "lysis", "in", "tumour", "cells", "is", "well", "-", "established", ",", "it", "was", "recently", "reported", "that", "human", "nsclc", "use", "glucose", "and", "lactate", "to", "fuel", "the", "tricarboxylic", "acid", "(", "tca", ")", "cycle", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "addition", ",", "the", "tumour", "at2", "cells", "were", "noted", "to", "express", "more", "ly", "##pd", "##3", "compared", "to", "background", "at2", "cells", "(", "log2", "##fc", "=", "2", ".", "04", ",", "p", "adj", "=", "0", ".", "039", ",", "supplementary", "data", "16", ")", ",", "an", "adhesion", "protein", "which", "has", "previously", "been", "connected", "to", "poor", "prognosis", "in", "nsclc", "and", "is", "currently", "being", "targeted", "in", "preclinical", "and", "clinical", "studies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "interestingly", ",", "the", "population", "of", "cam", "##ls", "also", "showed", "substantial", "cn", "##as", "that", "were", "similar", "to", "those", "of", "at2", "cells", "and", "cycling", "at2", "cells", "from", "the", "same", "patient", "(", "fig", ".", "4a", ",", "e", "and", "supplementary", "fig", ".", "5a", ",", "b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "measure", "the", "difference", "of", "the", "distribution", "of", "genomic", "gain", "and", "loss", "between", "cell", "types", "in", "a", "statistically", "robust", "manner", ",", "we", "calculated", "the", "ku", "##ll", "##back", "–", "lei", "##ble", "##r", "(", "kl", ")", "divergence", "(", "fig", ".", "4f", "and", "supplementary", "fig", ".", "5c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cam", "##ls", "had", "kl", "divergence", "values", "comparable", "to", "cn", "##a", "-", "harbour", "##ing", "tumour", "cells", ",", "thus", "confirming", "the", "similarity", "of", "their", "cn", "##a", "profiles", "(", "fig", ".", "4f", "and", "supplementary", "fig", ".", "5c", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "cam", "##ls", "co", "-", "expressed", "a", "wide", "array", "of", "myeloid", "genes", "as", "well", "as", "typical", "epithelial", "genes", "(", "fig", ".", "1d", "–", "f", "and", "supplementary", "fig", ".", "1d", ")", ",", "had", "a", "low", "doublet", "score", "and", "shared", "the", "same", "cn", "##a", "signature", "as", "tumour", "cells", ",", "we", "hypothesise", "d", "that", "these", "cells", "might", "represent", "a", "subset", "of", "m", "##ɸ", "tightly", "attached", "to", "a", "cancer", "cell", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "it", "is", "possible", "that", "these", "m", "##ɸ", "were", "undergoing", "phagocytosis", "or", "fusion", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "cam", "##ls", "have", "been", "previously", "isolated", "from", "peripheral", "blood", "of", "cancer", "patients", "and", "described", "to", "facilitate", "circulating", "tumour", "cells", "seeding", "of", "distant", "metastases", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "analysis", "suggested", "that", "cam", "##ls", "can", "also", "be", "isolated", "from", "tumour", "tissue", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "to", "validate", "that", "cam", "##ls", "are", "in", "physical", "proximity", "to", "tumour", "cells", "in", "situ", "we", "examined", "our", "stx", "sections", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "we", "calculated", "across", "all", "sections", "(", "8", "patients", ",", "n", "sections", "=", "20", ")", "the", "pearson", "correlation", "between", "the", "relative", "abundance", "of", "the", "cell", "types", "that", "reside", "in", "the", "same", "spot", "and", "are", "therefore", "co", "-", "localised", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "analysis", "showed", "that", "cam", "##ls", "indeed", "co", "-", "localised", "with", "at2", "cells", "(", "fig", ".", "4g", ",", "h", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "confirmed", "this", "finding", "using", "non", "-", "negative", "matrix", "factor", "##isation", "(", "nm", "##f", ")", "on", "the", "absolute", "cell", "-", "type", "abundances", "estimated", "by", "cell", "##2", "##lo", "##cat", "##ion", "that", "defined", "factors", "of", "co", "-", "occurring", "cell", "states", "(", "fig", ".", "4i", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "determine", "the", "specific", "m", "##ɸ", "population", "from", "which", "cam", "##ls", "likely", "originate", ",", "we", "employed", "pag", "##a", "to", "elucidate", "the", "differentiation", "path", "of", "the", "myeloid", "cell", "population", "in", "our", "tumour", "dataset", "(", "supplementary", "fig", ".", "5d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "analysis", "revealed", "continuity", "of", "the", "differentiation", "transitions", "between", "diverse", "populations", "of", "myeloid", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "within", "the", "pag", "##a", "trajectory", ",", "alveol", "ar", "m", "##ɸ", "(", "am", "##ɸ", ")", "and", "aim", "##ɸ", "showed", "high", "pag", "##a", "connectivity", "indicating", "their", "high", "transcriptional", "similarity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "both", "aim", "##ɸ", "and", "am", "##ɸ", "showed", "the", "strongest", "connectivity", "on", "the", "pag", "##a", "trajectory", "with", "sta", "##b1", "+", "m", "##ɸ", "which", ",", "in", "turn", ",", "were", "linked", "with", "cam", "##ls", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]