OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "to", "compare", "these", "factors", "to", "each", "other", ",", "we", "computed", "the", "pearson", "correlation", "between", "the", "gene", "score", "vectors", "for", "each", "pair", "of", "factors", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "then", "identified", "factors", "with", "a", "pairwise", "correlation", "that", "was", "greater", "than", "the", "95", "%", "confidence", "threshold", "with", "at", "least", "two", "other", "factors", ",", "which", "yielded", "31", "sch", "##p", "##f", "factors", "from", "across", "the", "six", "major", "immune", "lineages", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "finally", ",", "we", "performed", "hierarchical", "clustering", "of", "the", "pearson", "correlation", "matrix", "for", "these", "31", "factors", "(", "sea", "##born", ".", "cluster", "##map", "using", "euclidean", "distances", ")", "to", "identify", "modules", "containing", "factors", "with", "similar", "gene", "signatures", "that", "originated", "from", "different", ",", "lineage", "-", "specific", "sch", "##p", "##f", "models", "(", "extended", "data", "fig", ".", "4", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "modules", "of", "genes", "were", "further", "interrogate", "d", "by", "average", "gene", "expression", "and", "validated", "in", "specific", "immune", "subsets", "using", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "ge", "##x", "de", "and", "adt", "de", "as", "described", "above", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "detect", "shifts", "in", "the", "subset", "composition", "of", "specific", "lineages", "across", "the", "age", "groups", "and", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "(", "supplementary", "table", "14", ")", ",", "we", "performed", "generalized", "linear", "modeling", "by", "fitting", "a", "stat", "##sm", "##ode", "##ls", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "glm", "model", "for", "each", "tissue", "subset", ",", "considering", "sex", ",", "sequencing", "chemistry", ",", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "and", "processing", "site", "as", "additional", "covariates", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "donors", "with", "fewer", "than", "50", "cells", "for", "a", "particular", "tissue", "-", "group", "–", "lineage", "combination", "or", "tissue", "-", "group", "–", "lineage", "combinations", "with", "fewer", "than", "four", "suitable", "donors", "were", "excluded", "from", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "estimated", "coefficients", "were", "used", "to", "calculate", "a", "covariate", "-", "aware", "log", "2", "(", "fc", ")", "for", "visualization", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "used", "the", "stat", "##sm", "##ode", "##ls", ".", "multiple", "##test", "##s", "function", "to", "adjust", "p", "values", "for", "multiple", "comparisons", "(", "benjamini", "–", "hochberg", "method", ")", ",", "and", "subset", "–", "tissue", "combinations", "with", "adjusted", "p", "<", "0", ".", "05", "were", "considered", "significantly", "changing", "across", "age", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "depict", "age", "-", "associated", "effects", "on", "the", "immune", "system", ",", "we", "visualized", "the", "similarity", "of", "trend", "##ing", "degs", "by", "age", "on", "immune", "subsets", "across", "tissues", "using", "t", "-", "distributed", "stochastic", "neighbor", "embedding", "(", "t", "-", "sn", "##e", ")", "(", "fig", ".", "5d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "first", "calculated", "trend", "##ing", "deg", "(", "unadjusted", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "<", "40", "or", ">", "40", "years", "old", ")", "pairwise", "similarities", "by", "summing", "the", "intersection", "of", "positively", "regulated", "genes", "(", "log", "2", "(", "fc", ")", ">", "0", ".", "1", ")", "and", "negatively", "regulated", "genes", "(", "log", "2", "(", "fc", ")", "<", "−0", ".", "1", ")", ",", "divided", "by", "the", "overall", "union", "of", "both", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "similarity", "or", "distance", "(", "1", "−", "similarity", ")", "was", "applied", "to", "cell", "types", "containing", "more", "than", "70", "degs", "(", "unadjusted", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "mean", "log", "-", "normalized", "expression", ",", ">", "0", ".", "05", ")", "and", "present", "in", "at", "least", "3", "donors", "per", "tissue", "and", "age", "group", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "similarity", "levels", "of", "cell", "types", "and", "tissues", "with", "more", "than", "200", "degs", "were", "further", "clustered", "using", "the", "ward", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "d2", "method", "and", "projected", "into", "a", "distance", "-", "based", "t", "-", "sn", "##e", "illustration", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "investigate", "the", "effect", "of", "age", "on", "specific", "genes", "within", "each", "immune", "subset", ",", "we", "plotted", "genes", "that", "were", "significant", "in", "at", "least", "one", "tissue", "(", "adjusted", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "and", "within", "the", "top", "50", "significant", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "although", "our", "power", "to", "detect", "age", "effects", "by", "de", "was", "limited", ",", "genes", "that", "were", "significantly", "de", "in", "one", "subset", "were", "often", "trend", "##ing", "in", "the", "same", "direction", "across", "multiple", "tissue", "groups", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue" ]
[ "to", "assess", "the", "effect", "of", "age", "on", "surface", "protein", "expression", "(", "supplementary", "table", "17", ")", ",", "we", "used", "landmark", "-", "registered", "protein", "expression", "data", "(", "by", "mm", "##och", "##i", ",", "see", "above", ")", "to", "account", "for", "donor", "-", "to", "-", "donor", "batch", "effects", "in", "adt", "staining", "quality", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "although", "landmark", "registration", "preserves", "the", "separation", "between", "positive", "-", "expressing", "and", "negative", "-", "expressing", "cells", "for", "thresholding", ",", "this", "non", "-", "parametric", "normalization", "can", "obscure", "changes", "in", "overall", "expression", "intensity", "between", "samples", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "therefore", ",", "we", "focused", "on", "shifts", "in", "percent", "positivity", "for", "a", "marker", "in", "each", "tissue", "subset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "we", "performed", "automatic", "thresholding", "by", "mm", "##och", "##i", ",", "followed", "by", "manual", "adjustment", "(", "as", "described", "above", ")", ",", "on", "the", "landmark", "-", "registered", "expression", "of", "all", "adt", "##s", "corresponding", "to", "a", "deg", "by", "age", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "percentage", "of", "cells", "with", "expression", "of", "a", "given", "adt", "above", "the", "positive", "threshold", "was", "calculated", "for", "each", "donor", "–", "tissue", "-", "group", "–", "subset", "combination", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "donors", "with", "fewer", "than", "50", "cells", "for", "a", "particular", "tissue", "-", "group", "–", "lineage", "combination", "or", "tissue", "-", "group", "–", "lineage", "combinations", "with", "fewer", "than", "four", "suitable", "donors", "were", "excluded", "from", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "percent", "positivity", "was", "used", "as", "the", "response", "variable", "in", "the", "same", "linear", "regression", "model", "used", "to", "detect", "shifts", "in", "composition", "across", "age", "groups", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "adjusted", "p", "values", "for", "multiple", "comparisons", "as", "above", ",", "and", "adt", "##s", "with", "adjusted", "p", "<", "0", ".", "05", "were", "considered", "significant", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "constructed", "donor", "-", "level", "sch", "##p", "##f", "models", "for", "each", "major", "immune", "lineage", "with", "uniform", "representation", "of", "cells", "from", "each", "donor", "to", "identify", "age", "-", "associated", "gene", "signatures", ",", "as", "described", "above", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "each", "sch", "##p", "##f", "model", ",", "we", "performed", "lm", "##m", "to", "account", "for", "covariates", "and", "identify", "age", "associations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "each", "lm", "##m", "contained", "six", "categorical", "covariates", "as", "fixed", "effects", ":", "age", "group", ",", "sequencing", "chemistry", ",", "sex", ",", "processing", "site", "and", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "also", "considered", "three", "tissue", "types", ":", "mucosal", "(", "bal", ",", "lung", "parenchyma", ",", "jl", "##p", ",", "je", "##l", ")", ",", "lns", "(", "il", "##n", ",", "mln", "and", "ll", "##n", ")", "and", "blood", "-", "rich", ",", "including", "blood", ",", "bm", "and", "spleen", ")", ",", "which", "required", "us", "to", "select", "one", "category", "(", "blood", "-", "rich", ")", "as", "a", "held", "-", "out", "variable", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "thus", ",", "we", "have", "two", "categorical", "variables", "for", "tissue", ",", "which", "effectively", "represent", "mucosal", "versus", "blood", "-", "rich", "and", "ln", "versus", "blood", "-", "rich", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "we", "encoded", "donor", "identity", "as", "a", "random", "effect", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lm", "##m", "coefficients", "and", "p", "values", "were", "computed", "for", "each", "factor", "in", "a", "given", "sch", "##p", "##f", "model", "using", "the", "cell", "scores", "as", "response", "variables", "by", "fitting", "a", "stat", "##sm", "##ode", "##ls", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "mixed", "##lm", "model", "and", "using", "the", "stat", "##sm", "##ode", "##ls", ".", "multiple", "##test", "##s", "function", "to", "adjust", "p", "values", "for", "multiple", "comparisons", "(", "benjamini", "–", "hochberg", "method", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "cross", "-", "validate", "age", "-", "associated", "sch", "##p", "##f", "factors", "in", "other", "datasets", ",", "we", "further", "analyzed", "a", "bone", "marrow", "atlas", "containing", "36", "age", "-", "annotate", "d", "donors", "with", "good", "b", "cell", "representation", "for", "a", "b", "cell", "aging", "factor", ",", "a", "lung", "atlas", "containing", "29", "age", "-", "annotate", "d", "donors", "with", "good", "macrophage", "and", "cd8", "t", "cell", "coverage", "and", "pbmc", "data", "from", "the", "sound", "life", "cohort", "(", "age", "25", "–", "65", "years", ",", "n", "=", "96", ")", "from", "the", "human", "immune", "health", "atlas", "(", "figs", ".", "5", "and", "6", "and", "extended", "data", "fig", ".", "5", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "using", "the", "published", "cell", "-", "type", "annotations", "from", "each", "atlas", ",", "we", "extracted", "the", "appropriate", "scr", "##na", "-", "seq", "profiles", "and", "projected", "them", "into", "the", "corresponding", "donor", "-", "level", "sch", "##p", "##f", "models", "generated", "from", "the", "data", "reported", "here", "using", "the", "sch", "##p", "##f", "project", "function", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "resulted", "in", "cell", "scores", "for", "cells", "from", "the", "external", "data", "sets", "for", "the", "same", "factors", "that", "were", "generated", "from", "this", "data", "set", ",", "allowing", "us", "to", "compare", "the", "average", "cell", "scores", "for", "young", "versus", "older", "donors", "from", "the", "external", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "an", "orthogonal", "approach", ",", "we", "also", "performed", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "de", "analysis", "between", "older", "and", "younger", "donors", "(", "using", "an", "age", "cutoff", "of", "40", "years", ")", "from", "the", "external", "data", "sets", ",", "ranked", "the", "genes", "by", "fc", "and", "used", "gsea", "to", "analyze", "the", "statistical", "enrichment", "of", "age", "-", "associated", "factors", "among", "young", "versus", "old", "donors", "(", "supplementary", "table", "19", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "used", "the", "top", "200", "genes", "(", "ranked", "by", "sch", "##p", "##f", "gene", "score", ")", "in", "each", "age", "-", "associated", "factor", "as", "gene", "sets", "for", "gsea", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "the", "de", "analysis", "described", "in", "fig", ".", "7", ",", "we", "subset", "##ted", "the", "mr", "##vi", "sample", "embedding", "##s", "to", "each", "tissue", "group", "and", "modeled", "the", "predicted", "ε", "in", "mr", "##vi", "by", "a", "linear", "model", "adjusting", "for", "covariates", "in", "sex", ",", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "and", "age", "group", "as", "fixed", "effects", ",", "considering", "sequencing", "chemistry", "and", "processing", "site", "as", "site", "covariates", "in", "mr", "##vi", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "ridge", "regression", "parameter", "of", "0", ".", "1", ",", "owing", "to", "coll", "##inearity", "of", "cofactors", ",", "was", "added", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "decomposition", "of", "ε", "was", "performed", "for", "every", "single", "cell", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "this", "yields", "an", "estimated", "effect", "in", "z", "-", "space", "for", "each", "covariate", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "effect", "vector", "was", "added", "to", "the", "mean", "cell", "embedding", "in", "z", "-", "space", ",", "and", "degs", "were", "computed", "based", "on", "the", "modified", "and", "mean", "embedding", "for", "each", "cell", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "for", "downstream", "analysis", ",", "this", "matrix", "of", "estimated", "log", "(", "fc", ")", "for", "each", "cell", "and", "gene", "was", "further", "processed", "for", "each", "immune", "subset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "first", ",", "all", "cells", "that", "were", "represented", "only", "in", "fewer", "than", "three", "samples", "were", "filtered", "out", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "second", ",", "for", "each", "cell", "type", ",", "we", "excluded", "genes", "with", "less", "than", "0", ".", "01", "raw", "average", "expression", "or", "an", "estimated", "log", "(", "fc", ")", "across", "age", "groups", "with", "a", "95th", "percentile", "below", "0", ".", "1", ",", "retaining", "only", "genes", "that", "might", "be", "affected", "by", "age", "in", "a", "group", "of", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "to", "dissect", "predicted", "gene", "effects", "into", "modules", ",", "neighborhood", "smoothing", "was", "performed", "using", "15", "nearest", "neighbors", "in", "u", "-", "space", "and", "multiplying", "two", "times", "the", "normalized", "affinity", "matrix", "by", "the", "predicted", "gene", "effects", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "spectral", "co", "-", "clustering", "was", "performed", "with", "four", "gene", "clusters", "and", "four", "cell", "clusters", ",", "with", "mini", "-", "batch", "enabled", "using", "sk", "##lear", "##n", ".", "cluster", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "spectral", "##co", "##cl", "##uster", "##ing", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "marker", "genes", "for", "each", "module", "were", "identified", "by", "averaging", "the", "predicted", "log", "(", "fc", ")", "across", "all", "cells", "from", "the", "corresponding", "cell", "module", ",", "and", "the", "top", "50", "genes", "for", "each", "module", "were", "identified", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "used", "decou", "##pler", "-", "py", "to", "compute", "a", "module", "score", "of", "log", "(", "fc", ")", "scores", "using", "weighted", "means", "of", "the", "signs", "of", "those", "marker", "genes", "(", "supplementary", "table", "23", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "the", "lung", ",", "we", "isolated", "a", "gene", "module", "in", "cd4", "t", "cells", "that", "contained", "t", "rm", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "to", "detect", "similar", "cells", "in", "other", "tissues", ",", "we", "computed", "the", "best", "cutoff", "for", "the", "module", "score", "to", "identify", "cells", "in", "a", "specific", "cell", "module", "based", "on", "you", "##den", "’", "s", "j", "statistic", ",", "computed", "the", "module", "score", "for", "all", "cells", "from", "other", "tissues", "as", "described", "above", "and", "applied", "the", "same", "cutoff", "to", "all", "other", "tissues", "as", "the", "tissue", "of", "interest", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "given", "that", "the", "gut", "contained", "t", "rm", "cells", "with", "a", "t", "h", "17", "phenotype", "and", "all", "other", "tissues", "had", "no", "module", "-", "positive", "cells", ",", "we", "selected", "all", "cells", "with", "a", "mr", "##vi", "predicted", "negative", "log", "2", "(", "fc", ")", "of", "il1", "##7a", "below", "−0", ".", "05", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "confirm", "our", "findings", "on", "a", "per", "-", "gene", "level", ",", "we", "selected", "module", "-", "positive", "cells", "and", "used", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "estimates", "of", "de", "using", "dream", "##let", "(", "supplementary", "table", "24", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "samples", "with", "fewer", "than", "5", "module", "-", "positive", "cells", "or", "1", ",", "000", "total", "counts", "and", "genes", "with", "fewer", "than", "3", "total", "counts", "were", "removed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "aging", "de", "was", "performed", "using", "the", "contrasts", "method", ",", "as", "described", "above", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "genes", "within", "a", "shared", "functional", "group", "were", "manually", "selected", "from", "the", "mr", "##vi", "signature", "for", "visualization", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "de", "analysis", "was", "performed", "on", "the", "classifier", "-", "predicted", "cells", "in", "other", "tissues", "using", "the", "same", "settings", "as", "above", "in", "this", "cell", "subset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "enrichment", "of", "module", "or", "selected", "marker", "genes", "in", "the", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "de", "analysis", "was", "performed", "using", "gsea", "implemented", "in", "decou", "##pler", ".", "run", "_", "gsea", "(", "supplementary", "table", "23", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "tcr", "or", "bcr", "data", "were", "then", "transferred", "into", "the", "corresponding", "ann", "##da", "##ta", "object", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "without", "receptor", "data", "or", "that", "presented", "more", "than", "one", "receptor", "were", "discarded", "from", "further", "immunore", "##cept", "##or", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "t", "cell", "analysis", ",", "cells", "annotate", "d", "as", "ma", "##it", "cells", "or", "ɣ", "##δ", "t", "cells", "were", "also", "discarded", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "clonal", "##ity", "of", "the", "different", "populations", "was", "calculated", "as", "1", "−", "pie", "##lo", "##u", "’", "s", "even", "##ness", "index", ",", "varying", "from", "zero", "(", "more", "diverse", ")", "to", "one", "(", "less", "diverse", ")", ",", "with", "the", "pie", "##lo", "##u", "’", "s", "even", "##ness", "corresponding", "h", "s", "/", "h", "max", ",", "where", "h", "s", "is", "the", "shannon", "entropy", "of", "sample", "s", "and", "h", "max", "=", "log", "2", "c", ",", "where", "c", "is", "the", "number", "of", "unique", "clon", "##otypes", "in", "s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "all", "clonal", "##ity", "scores", "were", "calculated", "on", "a", "subsample", "of", "100", "cells", "for", "each", "donor", ",", "cell", "type", ",", "tissue", "or", "cell", "type", "and", "tissue", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "to", "detect", "shifts", "in", "the", "bcr", "isotype", "composition", "of", "specific", "b", "cell", "lineages", "across", "the", "age", "groups", "(", "supplementary", "table", "20", ")", ",", "we", "performed", "generalized", "linear", "modeling", "by", "fitting", "a", "stat", "##sm", "##ode", "##ls", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "glm", "model", "for", "each", "tissue", "subset", ",", "considering", "sex", ",", "sequencing", "chemistry", ",", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "and", "processing", "site", "as", "additional", "covariates", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "donors", "with", "fewer", "than", "50", "cells", "for", "a", "particular", "tissue", "-", "group", "–", "lineage", "combination", "or", "tissue", "-", "group", "–", "lineage", "combinations", "with", "fewer", "than", "for", "suitable", "donors", "were", "excluded", "from", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "estimated", "coefficients", "were", "used", "to", "calculate", "a", "covariate", "-", "aware", "log", "2", "(", "fc", ")", "for", "visualization", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "used", "the", "stat", "##sm", "##ode", "##ls", ".", "multiple", "##test", "##s", "function", "to", "adjust", "p", "values", "for", "multiple", "comparisons", "(", "benjamini", "–", "hochberg", "method", ")", ",", "and", "subset", "–", "tissue", "combinations", "with", "adjusted", "p", "<", "0", ".", "05", "were", "considered", "significantly", "changing", "across", "age", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "lung", "cancer", "is", "the", "second", "most", "frequently", "diag", "nose", "##d", "cancer", "and", "the", "leading", "cause", "of", "cancer", "-", "related", "mortality", "worldwide", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "tumour", "ecosystems", "feature", "diverse", "immune", "cell", "types", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "myeloid", "cells", ",", "in", "particular", ",", "are", "prevalent", "and", "have", "a", "well", "-", "established", "role", "in", "promoting", "the", "disease", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "our", "study", ",", "we", "profile", "approximately", "900", ",", "000", "cells", "from", "25", "treatment", "-", "naive", "patients", "with", "adenocarcinoma", "and", "squamous", "-", "cell", "carcinoma", "by", "single", "-", "cell", "and", "spatial", "transcriptomic", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "note", "an", "inverse", "relationship", "between", "anti-inflammatory", "macrophages", "and", "nk", "cells", "/", "t", "cells", ",", "and", "with", "reduced", "nk", "cell", "cytotoxicity", "within", "the", "tumour", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "while", "we", "observe", "a", "similar", "cell", "type", "composition", "in", "both", "adenocarcinoma", "and", "squamous", "-", "cell", "carcinoma", ",", "we", "detect", "significant", "differences", "in", "the", "co", "-", "expression", "of", "various", "immune", "checkpoint", "inhibitors", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "moreover", ",", "we", "reveal", "evidence", "of", "a", "transcriptional", "“", "reprogramming", "”", "of", "macrophages", "in", "tumours", ",", "shifting", "them", "towards", "cholesterol", "export", "and", "adopting", "a", "foetal", "-", "like", "transcriptional", "signature", "which", "promotes", "iron", "efflux", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "multi", "-", "om", "##ic", "resource", "offers", "a", "high", "-", "resolution", "molecular", "map", "of", "tumour", "-", "associated", "macrophages", ",", "enhancing", "our", "understanding", "of", "their", "role", "within", "the", "tumour", "microenvironment", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "lung", "cancer", "is", "the", "second", "most", "commonly", "diag", "nose", "##d", "cancer", "and", "the", "first", "cause", "of", "cancer", "death", "worldwide", ",", "with", "a", "5", "-", "year", "survival", "of", "~", "6", "%", "in", "patients", "with", "the", "most", "advanced", "stages", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "non", "-", "small", "-", "cell", "lung", "cancer", "(", "nsclc", ")", "is", "the", "most", "common", "type", "of", "lung", "cancer", "(", "~", "85", "%", "of", "total", "cases", ")", ",", "followed", "by", "small", "-", "cell", "lung", "cancer", "(", "15", "%", "of", "total", "cases", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lung", "cancer", "is", "a", "complex", "disease", "in", "which", "the", "tumour", "microenvironment", "plays", "a", "critical", "role", "and", "macrophages", "(", "m", "##ɸ", ")", "are", "intimate", "##ly", "involved", "in", "the", "progression", "of", "the", "disease", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "particular", ",", "tumour", "-", "associated", "m", "##ɸ", "(", "tams", ")", "can", "exhibit", "a", "dual", "role", ",", "contributing", "to", "tumour", "promotion", "by", "suppressing", "the", "immune", "response", ",", "facilitating", "angiogenesis", ",", "and", "aid", "##ing", "in", "tissue", "remodelling", ",", "but", "also", "tumour", "suppression", "by", "promoting", "inflammation", "and", "engaging", "in", "cytotoxic", "activity", "against", "cancer", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "the", "intricate", "interplay", "between", "lung", "cancer", "and", "m", "##ɸ", "highlights", "the", "importance", "of", "understanding", "their", "dynamic", "relationship", "in", "order", "to", "develop", "more", "effective", "therapeutic", "strategies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "within", "nsclc", ",", "adenocarcinoma", "(", "lu", "##ad", ")", "is", "the", "most", "common", "histological", "subtype", ",", "followed", "by", "squamous", "-", "cell", "carcinoma", "(", "lu", "##sc", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lobe", "##ct", "##omy", "(", "i", ".", "e", ".", ",", "the", "anatomical", "resection", "of", "a", "lung", "lobe", ")", "is", "currently", "the", "gold", "standard", "for", "the", "treatment", "of", "early", "stages", "of", "nsclc", "(", "stage", "i", "/", "ii", ")", ",", "while", "patients", "with", "unresectable", "stage", "iii", "or", "metastatic", "stage", "iv", "nsclc", "are", "treated", "with", "a", "combination", "of", "chemotherap", "y", "and", "neoadjuvant", "targeting", "vascular", "endothelial", "growth", "factor", "(", "vegf", ")", "or", "immune", "checkpoint", "inhibitors", "(", "ici", "##s", ")", "like", "pd", "##1", ",", "pdl", "##1", "and", "ctla4", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "advancements", "made", "in", "the", "last", "decade", "in", "uncover", "##ing", "predictive", "biomarkers", "have", "pav", "##ed", "the", "way", "for", "novel", "therapeutic", "prospects", "in", "the", "fields", "of", "targeted", "therapy", "and", "immunotherap", "y", "on", "the", "basis", "of", "tumour", "histology", "and", "pdl", "##1", "expression", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "a", "number", "of", "studies", "have", "employed", "single", "-", "cell", "technologies", "to", "explore", "transcriptional", "changes", "in", "nsclc", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "they", "have", "extensively", "examined", "the", "lung", "tumour", "microenvironment", "revealing", "diverse", "t", "-", "cell", "functions", "linked", "to", "patient", "prognosis", ",", "relevance", "of", "diversity", "of", "b", "cells", "in", "nsclc", "for", "anti", "-", "tumour", "therapy", ",", "multiple", "states", "of", "tumour", "-", "infiltrating", "myeloid", "cells", ",", "propos", "##ing", "them", "as", "a", "new", "target", "in", "immunotherap", "y", ",", "as", "well", "as", "the", "association", "of", "tissue", "-", "resident", "neutrophils", "with", "anti", "-", "pdl", "##1", "therapy", "failure", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "they", "further", "unve", "##iled", "tumour", "heterogeneity", "and", "cellular", "changes", "in", "advanced", "and", "metastatic", "tumours", "as", "well", "as", "tumour", "therapy", "-", "induced", "transition", "of", "cancer", "cells", "to", "a", "primitive", "cell", "state", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "many", "of", "these", "studies", ",", "a", "limited", "number", "of", "cells", "was", "analysed", "per", "patient", ",", "and", "often", "there", "was", "no", "systematic", "collection", "of", "patient", "-", "matched", "non", "-", "tumour", "tissue", ",", "thus", "restricting", "dissection", "of", "the", "biological", "heterogeneity", "within", "tumour", "and", "adjacent", "non", "-", "tumour", "tissue", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "additionally", ",", "with", "some", "exceptions", ",", "lu", "##ad", "and", "lu", "##sc", "were", "considered", "as", "a", "single", "entity", "thus", "hinder", "##ing", "the", "investigation", "of", "specific", "hallmarks", "of", "the", "two", "cancer", "types", "which", "are", "radical", "##ly", "distinc", "t", "both", "at", "the", "molecular", "and", "pathological", "level", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "while", "single", "-", "cell", "rna", "-", "seq", "(", "scr", "##na", "-", "seq", ")", "can", "identify", "cell", "types", "and", "their", "states", "at", "high", "resolution", "within", "tissues", ",", "it", "lacks", "the", "capability", "to", "pin", "##point", "their", "spatial", "distribution", "or", "capture", "the", "local", "cell", "–", "cell", "interactions", "as", "well", "as", "ligands", "and", "receptors", "that", "mediate", "these", "interactions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "therefore", ",", "imped", "##ing", "our", "ability", "to", "fully", "explore", "the", "tumour", "microenvironment", "(", "tme", ")", "and", "the", "complexity", "of", "cell", "–", "cell", "interactions", "therein", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "overcome", "above", "mentioned", "limitations", ",", "we", "combined", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "from", "nearly", "900", ",", "000", "cells", "from", "25", "treatment", "-", "naive", "patients", "with", "lu", "##ad", "or", "lu", "##sc", "and", "spatial", "transcriptomic", "##s", "from", "eight", "patients", "to", "investigate", "the", "differences", "in", "cellular", "organisation", "in", "tumour", "and", "adjacent", "non", "-", "tumour", "tissue", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "we", "further", "examined", "m", "##ɸ", "populations", "and", "molecular", "changes", "they", "undergo", "in", "the", "tumour", "environment", ",", "some", "of", "which", "resemble", "those", "observed", "in", "m", "##ɸ", "during", "human", "foetal", "development", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "determine", "the", "heterogeneity", "of", "immune", "and", "non-immune", "cellular", "states", "and", "their", "spatial", "landscape", "in", "lu", "##ad", "and", "lu", "##sc", ",", "we", "collected", "lung", "tissue", "resections", "from", "25", "treatment", "-", "naive", "patients", "with", "either", "lu", "##ad", "(", "n", "=", "13", ")", ",", "lu", "##sc", "(", "n", "=", "8", ")", "or", "undetermined", "lung", "cancer", "(", "lc", ",", "n", "=", "4", ")", ",", "and", "two", "healthy", "deceased", "donors", "(", "fig", ".", "1a", ",", "b", "and", "supplementary", "data", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "collected", "both", "tumour", "and", "matched", "normal", "non-tumorigenic", "tissue", "(", "i", ".", "e", ".", ",", "background", ")", ",", "isolated", "cd45", "+", "immune", "cells", "(", "supplementary", "fig", ".", "1a", ")", "as", "well", "as", "tumour", "and", "other", "non-immune", "populations", "(", "using", "cd2", "##35", "##a", "column", "to", "deplete", "erythroid", "cells", ")", ",", "and", "performed", "scr", "##na", "-", "seq", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "addition", ",", "tumour", "and", "background", "tissue", "sections", "from", "eight", "patients", "(", "of", "the", "aforementioned", "25", ")", "were", "processed", "for", "spatial", "transcriptomic", "##s", "using", "the", "10x", "genomics", "vis", "##ium", "platform", "(", "n", "=", "36", "sections", "in", "total", ")", "(", "fig", ".", "1a", "and", "supplementary", "data", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "following", "quality", "control", "(", "qc", ")", "on", "the", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", ",", "we", "identified", "89", "##5", ",", "80", "##6", "high", "-", "quality", "cells", "in", "total", ",", "of", "which", "503", ",", "549", "were", "from", "tumour", "and", "392", ",", "257", "from", "combined", "background", "and", "healthy", "tissue", "(", "from", "here", "on", "referred", "to", "as", "b", "/", "h", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O" ]
[ "after", "performing", "normal", "##isation", "and", "log", "##1p", "transformation", ",", "highly", "-", "variable", "gene", "selection", ",", "dimensionality", "reduction", ",", "batch", "correction", ",", "and", "lei", "##den", "clustering", ",", "cells", "originating", "from", "tumour", "and", "b", "/", "h", "were", "separately", "annotate", "d", "into", "distinc", "t", "broad", "cell", "types", "and", "visual", "##ised", "via", "uniform", "manifold", "approximation", "and", "projection", "(", "um", "##ap", ")", "(", "fig", ".", "1c", ",", "supplementary", "fig", ".", "1b", ",", "c", ",", "and", "“", "methods", "”", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "identified", "clusters", "of", "myeloid", "cells", "with", "transcriptional", "signatures", "of", "monocytes", ",", "macrophages", ",", "dendritic", "cells", "(", "dcs", ")", ",", "as", "well", "as", "mast", "cells", ",", "natural", "killer", "(", "nk", ")", "cells", ",", "t", "cells", ",", "b", "cells", "and", "non-immune", "cells", "(", "fig", ".", "1c", ",", "d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "compare", "these", "factors", "to", "each", "other", ",", "we", "computed", "the", "pearson", "correlation", "between", "the", "gene", "score", "vectors", "for", "each", "pair", "of", "factors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "then", "identified", "factors", "with", "a", "pairwise", "correlation", "that", "was", "greater", "than", "the", "95", "%", "confidence", "threshold", "with", "at", "least", "two", "other", "factors", ",", "which", "yielded", "31", "sch", "##p", "##f", "factors", "from", "across", "the", "six", "major", "immune", "lineages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "finally", ",", "we", "performed", "hierarchical", "clustering", "of", "the", "pearson", "correlation", "matrix", "for", "these", "31", "factors", "(", "sea", "##born", ".", "cluster", "##map", "using", "euclidean", "distances", ")", "to", "identify", "modules", "containing", "factors", "with", "similar", "gene", "signatures", "that", "originated", "from", "different", ",", "lineage", "-", "specific", "sch", "##p", "##f", "models", "(", "extended", "data", "fig", ".", "4", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "modules", "of", "genes", "were", "further", "interrogate", "d", "by", "average", "gene", "expression", "and", "validated", "in", "specific", "immune", "subsets", "using", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "ge", "##x", "de", "and", "adt", "de", "as", "described", "above", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "detect", "shifts", "in", "the", "subset", "composition", "of", "specific", "lineages", "across", "the", "age", "groups", "and", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "(", "supplementary", "table", "14", ")", ",", "we", "performed", "generalized", "linear", "modeling", "by", "fitting", "a", "stat", "##sm", "##ode", "##ls", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "glm", "model", "for", "each", "tissue", "subset", ",", "considering", "sex", ",", "sequencing", "chemistry", ",", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "and", "processing", "site", "as", "additional", "covariates", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "donors", "with", "fewer", "than", "50", "cells", "for", "a", "particular", "tissue", "-", "group", "–", "lineage", "combination", "or", "tissue", "-", "group", "–", "lineage", "combinations", "with", "fewer", "than", "four", "suitable", "donors", "were", "excluded", "from", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "estimated", "coefficients", "were", "used", "to", "calculate", "a", "covariate", "-", "aware", "log", "2", "(", "fc", ")", "for", "visualization", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "used", "the", "stat", "##sm", "##ode", "##ls", ".", "multiple", "##test", "##s", "function", "to", "adjust", "p", "values", "for", "multiple", "comparisons", "(", "benjamini", "–", "hochberg", "method", ")", ",", "and", "subset", "–", "tissue", "combinations", "with", "adjusted", "p", "<", "0", ".", "05", "were", "considered", "significantly", "changing", "across", "age", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "depict", "age", "-", "associated", "effects", "on", "the", "immune", "system", ",", "we", "visualized", "the", "similarity", "of", "trend", "##ing", "degs", "by", "age", "on", "immune", "subsets", "across", "tissues", "using", "t", "-", "distributed", "stochastic", "neighbor", "embedding", "(", "t", "-", "sn", "##e", ")", "(", "fig", ".", "5d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "first", "calculated", "trend", "##ing", "deg", "(", "unadjusted", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "<", "40", "or", ">", "40", "years", "old", ")", "pairwise", "similarities", "by", "summing", "the", "intersection", "of", "positively", "regulated", "genes", "(", "log", "2", "(", "fc", ")", ">", "0", ".", "1", ")", "and", "negatively", "regulated", "genes", "(", "log", "2", "(", "fc", ")", "<", "−0", ".", "1", ")", ",", "divided", "by", "the", "overall", "union", "of", "both", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "similarity", "or", "distance", "(", "1", "−", "similarity", ")", "was", "applied", "to", "cell", "types", "containing", "more", "than", "70", "degs", "(", "unadjusted", "p", "<", "0", ".", "05", ";", "mean", "log", "-", "normalized", "expression", ",", ">", "0", ".", "05", ")", "and", "present", "in", "at", "least", "3", "donors", "per", "tissue", "and", "age", "group", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "similarity", "levels", "of", "cell", "types", "and", "tissues", "with", "more", "than", "200", "degs", "were", "further", "clustered", "using", "the", "ward", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "d2", "method", "and", "projected", "into", "a", "distance", "-", "based", "t", "-", "sn", "##e", "illustration", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "investigate", "the", "effect", "of", "age", "on", "specific", "genes", "within", "each", "immune", "subset", ",", "we", "plotted", "genes", "that", "were", "significant", "in", "at", "least", "one", "tissue", "(", "adjusted", "p", "<", "0", ".", "05", ")", "and", "within", "the", "top", "50", "significant", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "although", "our", "power", "to", "detect", "age", "effects", "by", "de", "was", "limited", ",", "genes", "that", "were", "significantly", "de", "in", "one", "subset", "were", "often", "trend", "##ing", "in", "the", "same", "direction", "across", "multiple", "tissue", "groups", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue" ]

[ "to", "assess", "the", "effect", "of", "age", "on", "surface", "protein", "expression", "(", "supplementary", "table", "17", ")", ",", "we", "used", "landmark", "-", "registered", "protein", "expression", "data", "(", "by", "mm", "##och", "##i", ",", "see", "above", ")", "to", "account", "for", "donor", "-", "to", "-", "donor", "batch", "effects", "in", "adt", "staining", "quality", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "although", "landmark", "registration", "preserves", "the", "separation", "between", "positive", "-", "expressing", "and", "negative", "-", "expressing", "cells", "for", "thresholding", ",", "this", "non", "-", "parametric", "normalization", "can", "obscure", "changes", "in", "overall", "expression", "intensity", "between", "samples", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "therefore", ",", "we", "focused", "on", "shifts", "in", "percent", "positivity", "for", "a", "marker", "in", "each", "tissue", "subset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "we", "performed", "automatic", "thresholding", "by", "mm", "##och", "##i", ",", "followed", "by", "manual", "adjustment", "(", "as", "described", "above", ")", ",", "on", "the", "landmark", "-", "registered", "expression", "of", "all", "adt", "##s", "corresponding", "to", "a", "deg", "by", "age", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "percentage", "of", "cells", "with", "expression", "of", "a", "given", "adt", "above", "the", "positive", "threshold", "was", "calculated", "for", "each", "donor", "–", "tissue", "-", "group", "–", "subset", "combination", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "donors", "with", "fewer", "than", "50", "cells", "for", "a", "particular", "tissue", "-", "group", "–", "lineage", "combination", "or", "tissue", "-", "group", "–", "lineage", "combinations", "with", "fewer", "than", "four", "suitable", "donors", "were", "excluded", "from", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "percent", "positivity", "was", "used", "as", "the", "response", "variable", "in", "the", "same", "linear", "regression", "model", "used", "to", "detect", "shifts", "in", "composition", "across", "age", "groups", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "adjusted", "p", "values", "for", "multiple", "comparisons", "as", "above", ",", "and", "adt", "##s", "with", "adjusted", "p", "<", "0", ".", "05", "were", "considered", "significant", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "constructed", "donor", "-", "level", "sch", "##p", "##f", "models", "for", "each", "major", "immune", "lineage", "with", "uniform", "representation", "of", "cells", "from", "each", "donor", "to", "identify", "age", "-", "associated", "gene", "signatures", ",", "as", "described", "above", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "each", "sch", "##p", "##f", "model", ",", "we", "performed", "lm", "##m", "to", "account", "for", "covariates", "and", "identify", "age", "associations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "each", "lm", "##m", "contained", "six", "categorical", "covariates", "as", "fixed", "effects", ":", "age", "group", ",", "sequencing", "chemistry", ",", "sex", ",", "processing", "site", "and", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "also", "considered", "three", "tissue", "types", ":", "mucosal", "(", "bal", ",", "lung", "parenchyma", ",", "jl", "##p", ",", "je", "##l", ")", ",", "lns", "(", "il", "##n", ",", "mln", "and", "ll", "##n", ")", "and", "blood", "-", "rich", ",", "including", "blood", ",", "bm", "and", "spleen", ")", ",", "which", "required", "us", "to", "select", "one", "category", "(", "blood", "-", "rich", ")", "as", "a", "held", "-", "out", "variable", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "thus", ",", "we", "have", "two", "categorical", "variables", "for", "tissue", ",", "which", "effectively", "represent", "mucosal", "versus", "blood", "-", "rich", "and", "ln", "versus", "blood", "-", "rich", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "we", "encoded", "donor", "identity", "as", "a", "random", "effect", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lm", "##m", "coefficients", "and", "p", "values", "were", "computed", "for", "each", "factor", "in", "a", "given", "sch", "##p", "##f", "model", "using", "the", "cell", "scores", "as", "response", "variables", "by", "fitting", "a", "stat", "##sm", "##ode", "##ls", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "mixed", "##lm", "model", "and", "using", "the", "stat", "##sm", "##ode", "##ls", ".", "multiple", "##test", "##s", "function", "to", "adjust", "p", "values", "for", "multiple", "comparisons", "(", "benjamini", "–", "hochberg", "method", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "cross", "-", "validate", "age", "-", "associated", "sch", "##p", "##f", "factors", "in", "other", "datasets", ",", "we", "further", "analyzed", "a", "bone", "marrow", "atlas", "containing", "36", "age", "-", "annotate", "d", "donors", "with", "good", "b", "cell", "representation", "for", "a", "b", "cell", "aging", "factor", ",", "a", "lung", "atlas", "containing", "29", "age", "-", "annotate", "d", "donors", "with", "good", "macrophage", "and", "cd8", "t", "cell", "coverage", "and", "pbmc", "data", "from", "the", "sound", "life", "cohort", "(", "age", "25", "–", "65", "years", ",", "n", "=", "96", ")", "from", "the", "human", "immune", "health", "atlas", "(", "figs", ".", "5", "and", "6", "and", "extended", "data", "fig", ".", "5", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "using", "the", "published", "cell", "-", "type", "annotations", "from", "each", "atlas", ",", "we", "extracted", "the", "appropriate", "scr", "##na", "-", "seq", "profiles", "and", "projected", "them", "into", "the", "corresponding", "donor", "-", "level", "sch", "##p", "##f", "models", "generated", "from", "the", "data", "reported", "here", "using", "the", "sch", "##p", "##f", "project", "function", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "resulted", "in", "cell", "scores", "for", "cells", "from", "the", "external", "data", "sets", "for", "the", "same", "factors", "that", "were", "generated", "from", "this", "data", "set", ",", "allowing", "us", "to", "compare", "the", "average", "cell", "scores", "for", "young", "versus", "older", "donors", "from", "the", "external", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "an", "orthogonal", "approach", ",", "we", "also", "performed", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "de", "analysis", "between", "older", "and", "younger", "donors", "(", "using", "an", "age", "cutoff", "of", "40", "years", ")", "from", "the", "external", "data", "sets", ",", "ranked", "the", "genes", "by", "fc", "and", "used", "gsea", "to", "analyze", "the", "statistical", "enrichment", "of", "age", "-", "associated", "factors", "among", "young", "versus", "old", "donors", "(", "supplementary", "table", "19", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "used", "the", "top", "200", "genes", "(", "ranked", "by", "sch", "##p", "##f", "gene", "score", ")", "in", "each", "age", "-", "associated", "factor", "as", "gene", "sets", "for", "gsea", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "the", "de", "analysis", "described", "in", "fig", ".", "7", ",", "we", "subset", "##ted", "the", "mr", "##vi", "sample", "embedding", "##s", "to", "each", "tissue", "group", "and", "modeled", "the", "predicted", "ε", "in", "mr", "##vi", "by", "a", "linear", "model", "adjusting", "for", "covariates", "in", "sex", ",", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "and", "age", "group", "as", "fixed", "effects", ",", "considering", "sequencing", "chemistry", "and", "processing", "site", "as", "site", "covariates", "in", "mr", "##vi", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "ridge", "regression", "parameter", "of", "0", ".", "1", ",", "owing", "to", "coll", "##inearity", "of", "cofactors", ",", "was", "added", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "decomposition", "of", "ε", "was", "performed", "for", "every", "single", "cell", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "this", "yields", "an", "estimated", "effect", "in", "z", "-", "space", "for", "each", "covariate", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "effect", "vector", "was", "added", "to", "the", "mean", "cell", "embedding", "in", "z", "-", "space", ",", "and", "degs", "were", "computed", "based", "on", "the", "modified", "and", "mean", "embedding", "for", "each", "cell", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "for", "downstream", "analysis", ",", "this", "matrix", "of", "estimated", "log", "(", "fc", ")", "for", "each", "cell", "and", "gene", "was", "further", "processed", "for", "each", "immune", "subset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "first", ",", "all", "cells", "that", "were", "represented", "only", "in", "fewer", "than", "three", "samples", "were", "filtered", "out", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "second", ",", "for", "each", "cell", "type", ",", "we", "excluded", "genes", "with", "less", "than", "0", ".", "01", "raw", "average", "expression", "or", "an", "estimated", "log", "(", "fc", ")", "across", "age", "groups", "with", "a", "95th", "percentile", "below", "0", ".", "1", ",", "retaining", "only", "genes", "that", "might", "be", "affected", "by", "age", "in", "a", "group", "of", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "to", "dissect", "predicted", "gene", "effects", "into", "modules", ",", "neighborhood", "smoothing", "was", "performed", "using", "15", "nearest", "neighbors", "in", "u", "-", "space", "and", "multiplying", "two", "times", "the", "normalized", "affinity", "matrix", "by", "the", "predicted", "gene", "effects", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "spectral", "co", "-", "clustering", "was", "performed", "with", "four", "gene", "clusters", "and", "four", "cell", "clusters", ",", "with", "mini", "-", "batch", "enabled", "using", "sk", "##lear", "##n", ".", "cluster", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "spectral", "##co", "##cl", "##uster", "##ing", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "marker", "genes", "for", "each", "module", "were", "identified", "by", "averaging", "the", "predicted", "log", "(", "fc", ")", "across", "all", "cells", "from", "the", "corresponding", "cell", "module", ",", "and", "the", "top", "50", "genes", "for", "each", "module", "were", "identified", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "used", "decou", "##pler", "-", "py", "to", "compute", "a", "module", "score", "of", "log", "(", "fc", ")", "scores", "using", "weighted", "means", "of", "the", "signs", "of", "those", "marker", "genes", "(", "supplementary", "table", "23", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "the", "lung", ",", "we", "isolated", "a", "gene", "module", "in", "cd4", "t", "cells", "that", "contained", "t", "rm", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "to", "detect", "similar", "cells", "in", "other", "tissues", ",", "we", "computed", "the", "best", "cutoff", "for", "the", "module", "score", "to", "identify", "cells", "in", "a", "specific", "cell", "module", "based", "on", "you", "##den", "’", "s", "j", "statistic", ",", "computed", "the", "module", "score", "for", "all", "cells", "from", "other", "tissues", "as", "described", "above", "and", "applied", "the", "same", "cutoff", "to", "all", "other", "tissues", "as", "the", "tissue", "of", "interest", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "given", "that", "the", "gut", "contained", "t", "rm", "cells", "with", "a", "t", "h", "17", "phenotype", "and", "all", "other", "tissues", "had", "no", "module", "-", "positive", "cells", ",", "we", "selected", "all", "cells", "with", "a", "mr", "##vi", "predicted", "negative", "log", "2", "(", "fc", ")", "of", "il1", "##7a", "below", "−0", ".", "05", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "confirm", "our", "findings", "on", "a", "per", "-", "gene", "level", ",", "we", "selected", "module", "-", "positive", "cells", "and", "used", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "estimates", "of", "de", "using", "dream", "##let", "(", "supplementary", "table", "24", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "samples", "with", "fewer", "than", "5", "module", "-", "positive", "cells", "or", "1", ",", "000", "total", "counts", "and", "genes", "with", "fewer", "than", "3", "total", "counts", "were", "removed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "aging", "de", "was", "performed", "using", "the", "contrasts", "method", ",", "as", "described", "above", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "genes", "within", "a", "shared", "functional", "group", "were", "manually", "selected", "from", "the", "mr", "##vi", "signature", "for", "visualization", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "de", "analysis", "was", "performed", "on", "the", "classifier", "-", "predicted", "cells", "in", "other", "tissues", "using", "the", "same", "settings", "as", "above", "in", "this", "cell", "subset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "enrichment", "of", "module", "or", "selected", "marker", "genes", "in", "the", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "de", "analysis", "was", "performed", "using", "gsea", "implemented", "in", "decou", "##pler", ".", "run", "_", "gsea", "(", "supplementary", "table", "23", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "tcr", "or", "bcr", "data", "were", "then", "transferred", "into", "the", "corresponding", "ann", "##da", "##ta", "object", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "without", "receptor", "data", "or", "that", "presented", "more", "than", "one", "receptor", "were", "discarded", "from", "further", "immunore", "##cept", "##or", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "t", "cell", "analysis", ",", "cells", "annotate", "d", "as", "ma", "##it", "cells", "or", "ɣ", "##δ", "t", "cells", "were", "also", "discarded", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "clonal", "##ity", "of", "the", "different", "populations", "was", "calculated", "as", "1", "−", "pie", "##lo", "##u", "’", "s", "even", "##ness", "index", ",", "varying", "from", "zero", "(", "more", "diverse", ")", "to", "one", "(", "less", "diverse", ")", ",", "with", "the", "pie", "##lo", "##u", "’", "s", "even", "##ness", "corresponding", "h", "s", "/", "h", "max", ",", "where", "h", "s", "is", "the", "shannon", "entropy", "of", "sample", "s", "and", "h", "max", "=", "log", "2", "c", ",", "where", "c", "is", "the", "number", "of", "unique", "clon", "##otypes", "in", "s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "all", "clonal", "##ity", "scores", "were", "calculated", "on", "a", "subsample", "of", "100", "cells", "for", "each", "donor", ",", "cell", "type", ",", "tissue", "or", "cell", "type", "and", "tissue", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "to", "detect", "shifts", "in", "the", "bcr", "isotype", "composition", "of", "specific", "b", "cell", "lineages", "across", "the", "age", "groups", "(", "supplementary", "table", "20", ")", ",", "we", "performed", "generalized", "linear", "modeling", "by", "fitting", "a", "stat", "##sm", "##ode", "##ls", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "glm", "model", "for", "each", "tissue", "subset", ",", "considering", "sex", ",", "sequencing", "chemistry", ",", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "and", "processing", "site", "as", "additional", "covariates", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "donors", "with", "fewer", "than", "50", "cells", "for", "a", "particular", "tissue", "-", "group", "–", "lineage", "combination", "or", "tissue", "-", "group", "–", "lineage", "combinations", "with", "fewer", "than", "for", "suitable", "donors", "were", "excluded", "from", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "estimated", "coefficients", "were", "used", "to", "calculate", "a", "covariate", "-", "aware", "log", "2", "(", "fc", ")", "for", "visualization", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "used", "the", "stat", "##sm", "##ode", "##ls", ".", "multiple", "##test", "##s", "function", "to", "adjust", "p", "values", "for", "multiple", "comparisons", "(", "benjamini", "–", "hochberg", "method", ")", ",", "and", "subset", "–", "tissue", "combinations", "with", "adjusted", "p", "<", "0", ".", "05", "were", "considered", "significantly", "changing", "across", "age", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "lung", "cancer", "is", "the", "second", "most", "frequently", "diag", "nose", "##d", "cancer", "and", "the", "leading", "cause", "of", "cancer", "-", "related", "mortality", "worldwide", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "tumour", "ecosystems", "feature", "diverse", "immune", "cell", "types", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "myeloid", "cells", ",", "in", "particular", ",", "are", "prevalent", "and", "have", "a", "well", "-", "established", "role", "in", "promoting", "the", "disease", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "our", "study", ",", "we", "profile", "approximately", "900", ",", "000", "cells", "from", "25", "treatment", "-", "naive", "patients", "with", "adenocarcinoma", "and", "squamous", "-", "cell", "carcinoma", "by", "single", "-", "cell", "and", "spatial", "transcriptomic", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "note", "an", "inverse", "relationship", "between", "anti-inflammatory", "macrophages", "and", "nk", "cells", "/", "t", "cells", ",", "and", "with", "reduced", "nk", "cell", "cytotoxicity", "within", "the", "tumour", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "while", "we", "observe", "a", "similar", "cell", "type", "composition", "in", "both", "adenocarcinoma", "and", "squamous", "-", "cell", "carcinoma", ",", "we", "detect", "significant", "differences", "in", "the", "co", "-", "expression", "of", "various", "immune", "checkpoint", "inhibitors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "moreover", ",", "we", "reveal", "evidence", "of", "a", "transcriptional", "“", "reprogramming", "”", "of", "macrophages", "in", "tumours", ",", "shifting", "them", "towards", "cholesterol", "export", "and", "adopting", "a", "foetal", "-", "like", "transcriptional", "signature", "which", "promotes", "iron", "efflux", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "multi", "-", "om", "##ic", "resource", "offers", "a", "high", "-", "resolution", "molecular", "map", "of", "tumour", "-", "associated", "macrophages", ",", "enhancing", "our", "understanding", "of", "their", "role", "within", "the", "tumour", "microenvironment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "lung", "cancer", "is", "the", "second", "most", "commonly", "diag", "nose", "##d", "cancer", "and", "the", "first", "cause", "of", "cancer", "death", "worldwide", ",", "with", "a", "5", "-", "year", "survival", "of", "~", "6", "%", "in", "patients", "with", "the", "most", "advanced", "stages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "non", "-", "small", "-", "cell", "lung", "cancer", "(", "nsclc", ")", "is", "the", "most", "common", "type", "of", "lung", "cancer", "(", "~", "85", "%", "of", "total", "cases", ")", ",", "followed", "by", "small", "-", "cell", "lung", "cancer", "(", "15", "%", "of", "total", "cases", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lung", "cancer", "is", "a", "complex", "disease", "in", "which", "the", "tumour", "microenvironment", "plays", "a", "critical", "role", "and", "macrophages", "(", "m", "##ɸ", ")", "are", "intimate", "##ly", "involved", "in", "the", "progression", "of", "the", "disease", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "particular", ",", "tumour", "-", "associated", "m", "##ɸ", "(", "tams", ")", "can", "exhibit", "a", "dual", "role", ",", "contributing", "to", "tumour", "promotion", "by", "suppressing", "the", "immune", "response", ",", "facilitating", "angiogenesis", ",", "and", "aid", "##ing", "in", "tissue", "remodelling", ",", "but", "also", "tumour", "suppression", "by", "promoting", "inflammation", "and", "engaging", "in", "cytotoxic", "activity", "against", "cancer", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "the", "intricate", "interplay", "between", "lung", "cancer", "and", "m", "##ɸ", "highlights", "the", "importance", "of", "understanding", "their", "dynamic", "relationship", "in", "order", "to", "develop", "more", "effective", "therapeutic", "strategies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "within", "nsclc", ",", "adenocarcinoma", "(", "lu", "##ad", ")", "is", "the", "most", "common", "histological", "subtype", ",", "followed", "by", "squamous", "-", "cell", "carcinoma", "(", "lu", "##sc", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lobe", "##ct", "##omy", "(", "i", ".", "e", ".", ",", "the", "anatomical", "resection", "of", "a", "lung", "lobe", ")", "is", "currently", "the", "gold", "standard", "for", "the", "treatment", "of", "early", "stages", "of", "nsclc", "(", "stage", "i", "/", "ii", ")", ",", "while", "patients", "with", "unresectable", "stage", "iii", "or", "metastatic", "stage", "iv", "nsclc", "are", "treated", "with", "a", "combination", "of", "chemotherap", "y", "and", "neoadjuvant", "targeting", "vascular", "endothelial", "growth", "factor", "(", "vegf", ")", "or", "immune", "checkpoint", "inhibitors", "(", "ici", "##s", ")", "like", "pd", "##1", ",", "pdl", "##1", "and", "ctla4", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "advancements", "made", "in", "the", "last", "decade", "in", "uncover", "##ing", "predictive", "biomarkers", "have", "pav", "##ed", "the", "way", "for", "novel", "therapeutic", "prospects", "in", "the", "fields", "of", "targeted", "therapy", "and", "immunotherap", "y", "on", "the", "basis", "of", "tumour", "histology", "and", "pdl", "##1", "expression", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "a", "number", "of", "studies", "have", "employed", "single", "-", "cell", "technologies", "to", "explore", "transcriptional", "changes", "in", "nsclc", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "they", "have", "extensively", "examined", "the", "lung", "tumour", "microenvironment", "revealing", "diverse", "t", "-", "cell", "functions", "linked", "to", "patient", "prognosis", ",", "relevance", "of", "diversity", "of", "b", "cells", "in", "nsclc", "for", "anti", "-", "tumour", "therapy", ",", "multiple", "states", "of", "tumour", "-", "infiltrating", "myeloid", "cells", ",", "propos", "##ing", "them", "as", "a", "new", "target", "in", "immunotherap", "y", ",", "as", "well", "as", "the", "association", "of", "tissue", "-", "resident", "neutrophils", "with", "anti", "-", "pdl", "##1", "therapy", "failure", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "they", "further", "unve", "##iled", "tumour", "heterogeneity", "and", "cellular", "changes", "in", "advanced", "and", "metastatic", "tumours", "as", "well", "as", "tumour", "therapy", "-", "induced", "transition", "of", "cancer", "cells", "to", "a", "primitive", "cell", "state", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "many", "of", "these", "studies", ",", "a", "limited", "number", "of", "cells", "was", "analysed", "per", "patient", ",", "and", "often", "there", "was", "no", "systematic", "collection", "of", "patient", "-", "matched", "non", "-", "tumour", "tissue", ",", "thus", "restricting", "dissection", "of", "the", "biological", "heterogeneity", "within", "tumour", "and", "adjacent", "non", "-", "tumour", "tissue", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "additionally", ",", "with", "some", "exceptions", ",", "lu", "##ad", "and", "lu", "##sc", "were", "considered", "as", "a", "single", "entity", "thus", "hinder", "##ing", "the", "investigation", "of", "specific", "hallmarks", "of", "the", "two", "cancer", "types", "which", "are", "radical", "##ly", "distinc", "t", "both", "at", "the", "molecular", "and", "pathological", "level", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "while", "single", "-", "cell", "rna", "-", "seq", "(", "scr", "##na", "-", "seq", ")", "can", "identify", "cell", "types", "and", "their", "states", "at", "high", "resolution", "within", "tissues", ",", "it", "lacks", "the", "capability", "to", "pin", "##point", "their", "spatial", "distribution", "or", "capture", "the", "local", "cell", "–", "cell", "interactions", "as", "well", "as", "ligands", "and", "receptors", "that", "mediate", "these", "interactions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "therefore", ",", "imped", "##ing", "our", "ability", "to", "fully", "explore", "the", "tumour", "microenvironment", "(", "tme", ")", "and", "the", "complexity", "of", "cell", "–", "cell", "interactions", "therein", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "overcome", "above", "mentioned", "limitations", ",", "we", "combined", "scr", "##na", "-", "seq", "data", "from", "nearly", "900", ",", "000", "cells", "from", "25", "treatment", "-", "naive", "patients", "with", "lu", "##ad", "or", "lu", "##sc", "and", "spatial", "transcriptomic", "##s", "from", "eight", "patients", "to", "investigate", "the", "differences", "in", "cellular", "organisation", "in", "tumour", "and", "adjacent", "non", "-", "tumour", "tissue", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "we", "further", "examined", "m", "##ɸ", "populations", "and", "molecular", "changes", "they", "undergo", "in", "the", "tumour", "environment", ",", "some", "of", "which", "resemble", "those", "observed", "in", "m", "##ɸ", "during", "human", "foetal", "development", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "to", "determine", "the", "heterogeneity", "of", "immune", "and", "non-immune", "cellular", "states", "and", "their", "spatial", "landscape", "in", "lu", "##ad", "and", "lu", "##sc", ",", "we", "collected", "lung", "tissue", "resections", "from", "25", "treatment", "-", "naive", "patients", "with", "either", "lu", "##ad", "(", "n", "=", "13", ")", ",", "lu", "##sc", "(", "n", "=", "8", ")", "or", "undetermined", "lung", "cancer", "(", "lc", ",", "n", "=", "4", ")", ",", "and", "two", "healthy", "deceased", "donors", "(", "fig", ".", "1a", ",", "b", "and", "supplementary", "data", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "collected", "both", "tumour", "and", "matched", "normal", "non-tumorigenic", "tissue", "(", "i", ".", "e", ".", ",", "background", ")", ",", "isolated", "cd45", "+", "immune", "cells", "(", "supplementary", "fig", ".", "1a", ")", "as", "well", "as", "tumour", "and", "other", "non-immune", "populations", "(", "using", "cd2", "##35", "##a", "column", "to", "deplete", "erythroid", "cells", ")", ",", "and", "performed", "scr", "##na", "-", "seq", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "addition", ",", "tumour", "and", "background", "tissue", "sections", "from", "eight", "patients", "(", "of", "the", "aforementioned", "25", ")", "were", "processed", "for", "spatial", "transcriptomic", "##s", "using", "the", "10x", "genomics", "vis", "##ium", "platform", "(", "n", "=", "36", "sections", "in", "total", ")", "(", "fig", ".", "1a", "and", "supplementary", "data", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##111", "##164", "##53", "following", "quality", "control", "(", "qc", ")", "on", "the", "scr", "##na", "-", "seq", "dataset", ",", "we", "identified", "89", "##5", ",", "80", "##6", "high", "-", "quality", "cells", "in", "total", ",", "of", "which", "503", ",", "549", "were", "from", "tumour", "and", "392", ",", "257", "from", "combined", "background", "and", "healthy", "tissue", "(", "from", "here", "on", "referred", "to", "as", "b", "/", "h", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O" ]

[ "after", "performing", "normal", "##isation", "and", "log", "##1p", "transformation", ",", "highly", "-", "variable", "gene", "selection", ",", "dimensionality", "reduction", ",", "batch", "correction", ",", "and", "lei", "##den", "clustering", ",", "cells", "originating", "from", "tumour", "and", "b", "/", "h", "were", "separately", "annotate", "d", "into", "distinc", "t", "broad", "cell", "types", "and", "visual", "##ised", "via", "uniform", "manifold", "approximation", "and", "projection", "(", "um", "##ap", ")", "(", "fig", ".", "1c", ",", "supplementary", "fig", ".", "1b", ",", "c", ",", "and", "“", "methods", "”", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "identified", "clusters", "of", "myeloid", "cells", "with", "transcriptional", "signatures", "of", "monocytes", ",", "macrophages", ",", "dendritic", "cells", "(", "dcs", ")", ",", "as", "well", "as", "mast", "cells", ",", "natural", "killer", "(", "nk", ")", "cells", ",", "t", "cells", ",", "b", "cells", "and", "non-immune", "cells", "(", "fig", ".", "1c", ",", "d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]