OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "here", ",", "we", "combined", "hierarchical", "phase", "-", "contrast", "tomography", "(", "hip", "-", "ct", ")", "with", "topology", "network", "analysis", "to", "enable", "quantitative", "assessment", "of", "the", "intact", "human", "kidney", "vasculature", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissu...
[ "comparison", "with", "kidney", "vascular", "maps", "described", "for", "rodents", "revealed", "similar", "topologies", "to", "human", ",", "but", "human", "kidney", "vasculature", "possessed", "a", "significantly", "sharp", "##er", "decrease", "in", "radius", "fr...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "structural", "differences", "in", "kidney", "hil", "##ar", ",", "medullary", "and", "cortical", "vasculature", "reflected", "unique", "functional", "adaptations", "of", "each", "zone", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "work", "represents", "the", "first", "time", "the", "arterial", "vasculature", "of", "an", "intact", "human", "kidney", "has", "been", "mapped", "beyond", "segmental", "arteries", ",", "potenti", "##ating", "novel", "computational", "models", "of", "kid...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "analyses", "have", "implications", "for", "understanding", "how", "blood", "vessel", "structure", "collectively", "scales", "to", "facilitate", "special", "##ised", "functions", "in", "human", "organs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "the", "vasculature", "of", "the", "kidney", "is", "highly", "special", "##ised", "and", "serves", "multiple", "functions", ",", "including", "the", "delivery", "of", "oxygen", "and", "nutrients", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "...
[ "despite", "only", "comprising", "approximately", "1", "%", "of", "body", "weight", ",", "the", "kidney", "receives", "up", "to", "20", "%", "of", "cardiac", "output", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "blood", "enters", "the", "kidney", "through", "the", "renal", "artery", ",", "which", "branches", "from", "the", "abdominal", "aorta", "and", "enters", "the", "kidney", "hil", "##um", "." ]	[ "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "once", "within", "the", "kidney", ",", "the", "renal", "artery", "divide", "##s", "hierarchical", "##ly", ",", "first", "into", "segmental", "or", "renal", "feeding", "arteries", "which", "pass", "through", "the", "kidney", "pelvis", ",", "then", "branching",...	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "...
[ "at", "the", "distal", "end", "of", "the", "kidney", "columns", ",", "interl", "##obar", "arteries", "branch", "into", "arcuate", "arteries", "that", "arch", "around", "the", "outer", "surface", "of", "the", "kidney", "pyram", "##ids", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "...
[ "from", "these", ",", "the", "interl", "##ob", "##ular", "vessels", "branch", "and", "penetrate", "the", "surrounding", "kidney", "cortex", ",", "before", "finally", "termin", "##ating", "at", "afferent", "arterioles", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "this", "complex", "network", "perf", "##uses", "special", "##ised", "capillary", "networks", ",", "including", "glomerular", "capillaries", "across", "which", "plasma", "ultrafiltration", "occurs", ",", "efferent", "arterioles", "and", "peri", "##t", "##ub", "##ula...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "...
[ "thereafter", ",", "venous", "return", "follows", "the", "arterial", "supply", "out", "of", "the", "organ", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "structural", "and", "molecular", "changes", "to", "the", "kidney", "vasculature", "are", "a", "common", "feature", "of", "kidney", "pathologies", ",", "including", "multiple", "aeti", "##ologies", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "therefore", ",", "studying", "kidney", "vascular", "patterning", "has", "implications", "for", "understanding", "the", "basis", "of", "kidney", "function", "in", "health", "and", "disease", ",", "and", "aids", "surgical", "planning", "for", "tumour", "resection",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "vascular", "geometries", "also", "have", "a", "central", "role", "to", "play", "in", "computational", "models", "that", "underp", "##in", "the", "creation", "of", "digital", "twins", ",", "such", "as", "through", "the", "generation", "of", "synthetic", "data"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "vascular", "imaging", "of", "the", "kidney", "has", "advanced", "following", "technological", "innovations", "in", "micro", "-", "computed", "tomography", "(", "μ", "##ct", ")", ",", "magnetic", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "these", "techniques", "have", "been", "used", "to", "generate", "quantitative", "analyses", "of", "vascular", "network", "geometry", "in", "intact", "kidneys", "of", "model", "organisms", ",", "particularly", "rodents", ",", "in", "which", "kidney", "diameter", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "comparatively", "human", "kidneys", ",", "with", "a", "diameter", "of", "approximately", "5", "cm", "are", "far", "more", "challenging", "to", "image", "at", "high", "resolution", "whilst", "still", "intact", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "corrosion", "casting", "of", "human", "kidneys", "has", "highlighted", "vascular", "heterogeneity", "and", "generated", "intricate", "3d", "cast", "##s", "(", "down", "to", "100", "µm", ")", "but", "provides", "limited", "quantitative", "or", "accessible", "dig...	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "optical", "clearing", "and", "lights", "##heet", "microscopy", "have", "been", "used", "to", "quantify", "portions", "of", "the", "human", "kidney", "vascular", "network", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "however", ",", "as", "far", "as", "the", "authors", "are", "aware", ",", "there", "is", "no", "published", "dataset", "capturing", "the", "intact", "vascular", "network", "of", "the", "human", "kidney", "beyond", "approximately", "six", "vessel", "divisions",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "mri", "has", "been", "used", "to", "quantify", "larger", "vessels", "both", "in", "vivo", "and", "post", "mortem", ",", "but", "for", "large", "volumes", "of", "interest", "(", "vo", "##i", ")", ",", "lacks", "the", "resolution", "capable", "of", "imagi...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissu...
[ "µm", "##ri", "can", "be", "used", "to", "image", "down", "to", "~", "50", "µm", "/", "voxel", ",", "but", "is", "limited", "to", "smaller", "biological", "samples", "such", "as", "rodent", "kidneys", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "ct", "and", "µ", "##ct", "have", "been", "used", "extensively", "to", "image", "and", "analyse", "rodent", "renal", "vasculature", ",", "and", "have", "also", "been", "applied", "to", "study", "the", "vasculature", "of", "ex", "vivo", "human", "lung", "an...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "however", ",", "no", "detailed", "segmentation", "and", "quantitative", "analysis", "of", "vascular", "networks", "in", "the", "human", "kidney", "have", "been", "performed", "down", "to", "the", "level", "of", "arterioles", ",", "because", "of", "a", "lack",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "due", "to", "this", "limitation", ",", "analysis", "of", "human", "kidney", "vascular", "networks", "is", "often", "focused", "on", "the", "first", "three", ",", "large", "branches", "of", "th...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "...
[ "where", "multis", "##cale", "modelling", "has", "been", "performed", ",", "parameters", "from", "rodent", "kidneys", "are", "assumed", "to", "be", "representative", "of", "human", "kidney", "vascular", "networks", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "however", ",", "semi", "-", "quantitative", "studies", "of", "human", "kidney", "vascular", "cast", "##s", "have", "shown", "large", "anatomical", "variation", "in", "segmental", "artery", "patterning", ",", "whilst", "smaller", "vessels", "such", "as", "the", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissu...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "one", "imaging", "modality", "that", "could", "address", "the", "challenge", "of", "imaging", "intact", "organ", "vascular", "networks", "is", "synchrotron", "phase", "-", "contrast", "tomography", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "hierarchical", "phase", "-", "contrast", "tomography", "(", "hip", "-", "ct", ")", "is", "a", "technique", "which", "lever", "##ages", "the", "european", "synchrotron", "radiation", "facility", "’", "s", "(", "esr", "##f", ")", "extremely", "brilliant", "so...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "by", "util", "##ising", "the", "high", "spatial", "coherence", "of", "the", "esr", "##f", "-", "ebs", "and", "the", "long", "beam", "##lines", "available", "at", "esr", "##f", ",", "the", "development", "of", "hip", "-", "ct", "has", "allowed", "the", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "datasets", "created", "with", "hip", "-", "ct", "are", "hierarchical", "##ly", "nested", "three", "-", "dimensional", "(", "3d", ")", "volumes", "at", "multiple", "resolutions", ",", "with", "exceptional", "soft", "tissue", "contrast", "spanning", "from", "sm...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "...
[ "as", "an", "example", "of", "hip", "-", "ct", "’", "s", "potential", ",", "we", "have", "previously", "profiled", "human", "glomerular", "morphology", "and", "number", "across", "cubic", "centim", "##etr", "##es", "of", "intact", "human", "kidney", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "however", ",", "the", "soft", "tissue", "contrast", "achievable", "with", "hip", "-", "ct", ",", "coupled", "with", "its", "high", "spatial", "resolution", ",", "potentiates", "the", "visual", "##isation", "and", "quantification", "of", "vascular", "networks", ...	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "here", ",", "we", "demonstrate", "how", "the", "arterial", "network", "of", "an", "intact", "human", "kidney", "can", "be", "extracted", "and", "quantified", "across", "multiple", "length", "sca...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "our", "pipeline", "util", "##ises", "the", "benefits", "of", "hip", "-", "ct", ",", "such", "as", "validation", "of", "segmentation", "using", "multis", "##cale", "data", ",", "whilst", "also", "providing", "solutions", "for", "the", "technical", "challenges"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "...
[ "within", "the", "human", "kidney", ",", "we", "delineated", "the", "extent", "and", "morphology", "of", "the", "vasculature", ",", "from", "the", "renal", "artery", "down", "to", "the", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "in", "doing", "so", ",", "we", "were", "able", "to", "quantify", "heterogeneity", "in", "vascular", "architecture", "within", "the", "context", "of", "ordering", "schemes", "describing", "morphological", "network", "branching", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "also", "demonstrate", "how", "the", "multis", "##cale", "nature", "of", "hip", "-", "ct", "allows", "estimation", "of", "the", "vascular", "network", "between", "the", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", "and", "afferent", "arterioles", "in", "small...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "...
[ "we", "perform", "a", "quantitative", "comparison", "between", "our", "human", "and", "previously", "published", "rodent", "kidney", "vascular", "networks", ",", "the", "latter", "of", "which", "has", "been", "used", "as", "inputs", "for", "biophysical", "modell...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "further", "demonstrate", "how", "the", "label", "-", "free", "nature", "and", "exceptional", "soft", "tissue", "contrast", "of", "hip", "-", "ct", "allow", "vascular", "heterogeneity", "to", "be", "quantified", "in", "the", "context", "of", "other", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "such", "spatial", "variations", "highlight", "the", "link", "between", "regional", "structure", "and", "function", ",", "reinforcing", "the", "importance", "of", "quantitative", "analyses", "for", "understanding", "and", "modelling", "regional", "microenvironment", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "using", "hip", "-", "ct", "in", "a", "hierarchical", "fashion", ",", "we", "imaged", "the", "whole", "intact", "kidney", "obtained", "from", "a", "63", "-", "year", "-", "old", "male", "or...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "initially", "performed", "an", "overview", "scan", "of", "the", "entire", "kidney", "at", "25", "μm", "per", "voxel", ",", "followed", "by", "selecting", "and", "imaging", "representative", "vo", "##is", "at", "6", ".", "5", "μm", "per", "voxel", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "as", "these", "image", "volumes", "are", "inherently", "aligned", ",", "expert", "annotation", "using", "renal", "anatomical", "landmarks", "(", "fig", ".", "1b", ")", "was", "applied", "to", "the", "image", "volumes", "taken", "at", "each", "resolution", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissu...
[ "from", "the", "segmented", "data", ",", "we", "were", "able", "to", "identify", "examples", "of", "and", "interconn", "##ect", "all", "known", "anatomical", "subdiv", "##isions", "of", "the", "kidney", "arterial", "system", "(", "fig", ".", "1c", ")", "."...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "segmental", "pattern", "of", "anterior", ",", "posterior", ",", "superior", "and", "inferior", "territories", "supplying", "the", "kidney", "parenchyma", "was", "clearly", "delineated", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "each", "vascular", "territory", "(", "fig", ".", "1d", "and", "supplementary", "movie", "2", ")", "had", "a", "corresponding", "kidney", "arterial", "branch", "originating", "from", "the", "hil", "##um", ",", "which", "bifurc", "##ated", "before", "hierarchic...	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "we", "next", "sought", "to", "quantitate", "the", "arterial", "network", "in", "a", "reliable", "and", "reproducible", "manner", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "we", "have", "previously", "shown", "that", "quantitative", "features", "of", "vascular", "networks", "can", "vary", "by", "the", "image", "processing", "pipeline", "used", ",", "we", "developed", "our", "own", "bes", "##po", "##ke", "image", "processin...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "the", "graph", "representation", "comprises", "a", "set", "of", "‘", "nodes", "’", ";", "defined", "as", "3d", "locations", "where", "vessels", "meet", "or", "end", ",", "and", "‘", "segments", "’", ";", "defined", "as", "the", "connections", "between", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "our", "pipeline", "comprises", "8", "steps", ",", "which", "are", "fully", "detailed", "in", "our", "supplementary", "note", "2", ",", "and", "enables", "the", "generation", "of", "a", "spatial", "graph", "from", "segmented", "hip", "-", "ct", "data", ","...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "our", "pipeline", "first", "(", "fig", ".", "2", ",", "step", "1", ")", "assesses", "validation", "of", "the", "segmentation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "by", "aligning", "segmentation", "##s", "from", "scans", "taken", "at", "13", "µm", "per", "voxel", ",", "with", "vo", "##is", "captured", "at", "50", "µm", "per", "voxel", ",", "the", "higher", "resolution", "scans", "served", "as", "‘", "ground", "tru...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "used", "the", "cl", "-", "dic", "##e", "metric", "to", "quantify", "the", "overlapping", "vessel", "portions", "finding", "that", "97", "%", "of", "vessels", "with", "a", "vessel", "lumen", "radius", "greater", "than", "50", "µm", "are", "detectable...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "next", "step", "(", "fig", ".", "2", ",", "step", "2", ")", "comprises", "the", "optim", "##isation", "of", "the", "skeleton", "##ization", "algorithm", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "applied", "three", "different", "skeleton", "##ization", "algorithms", ",", "and", "utilised", "the", "recently", "developed", "skeleton", "super", "-", "metric", "to", "determine", "the", "most", "suitable", "algorithm", "and", "its", "parameter", "optim",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "found", "that", "the", "centerline", "tree", "algorithm", "(", "ami", "##ra", "-", "avi", "##zo", "v2", "##02", "##1", ".", "1", ")", "was", "the", "best", "candidate", "algorithm", ",", "as", "indicated", "by", "its", "lower", "super", "-", "me...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "thereafter", ",", "several", "steps", "were", "implemented", "to", "correct", "the", "skeleton", "for", "hip", "-", "ct", "specific", "challenges", "(", "fig", ".", "2", ",", "steps", "3", "–", "8", ")", ",", "namely", "the", "multis", "##cale", "nature...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "...
[ "the", "challenge", "of", "multis", "##cale", "vascular", "trees", "was", "corrected", "using", "a", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "ordering", "system", ",", "which", "partitions", "the", "network", "into", "larger", "or", "smaller", "calibr", "##e", "v...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "smoothing", "was", "then", "applied", "to", "all", "large", "calibr", "##e", "vessels", "to", "reduce", "tort", "##uo", "##si", "##ty", "in", "the", "vessel", "centre", "##line", ",", "an", "arte", "##fact", "which", "occurs", "due", "to", "the", "sensiti...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "following", "this", "multis", "##cale", "smoothing", "approach", ",", "fig", ".", "2", "steps", "5", "and", "6", "involved", "the", "identification", "and", "manual", "verification", "of", "collapsed", "vessels", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "initially", ",", "all", "large", "-", "calibr", "##e", "vessels", "were", "flag", "##ged", "as", "potentially", "collapsed", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "additionally", ",", "smaller", "calibr", "##e", "vessels", "that", "were", "potentially", "collapsed", "were", "identified", "based", "on", "their", "categor", "##isation", "below", "the", "10th", "percentile", "for", "radius", "in", "their", "truncated", "stra",...	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "once", "identified", ",", "collapsed", "vessels", "were", "subject", "to", "a", "bound", "##ing", "box", ",", "automatically", "extracted", "and", "thereafter", "manually", "determined", "whether", "correction", "of", "the", "radius", "was", "required", "to", "...	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "vessels", "requiring", "correction", ",", "cross", "-", "sectional", "planes", "along", "the", "vessel", "centre", "##line", "were", "extracted", ",", "and", "the", "radius", "was", "calculated", "based", "on", "the", "cross", "-", "sectional", "perime...	[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "finally", ",", "the", "identification", "of", "outlier", "radii", "in", "these", "cross", "-", "sectional", "planes", "was", "performed", ",", "using", "a", "95th", "and", "5th", "percentile", "window", "##ing", "for", "radius", "along", "the", "vessel", "l...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "additionally", ",", "an", "option", "was", "applied", "to", "manually", "flag", "planes", "that", "appeared", "compromised", "by", "residual", "tort", "##uo", "##si", "##ty", "in", "the", "vessel", "centre", "##line", "(", "fig", ".", "2", ",", "step", "8...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "the", "result", "of", "this", "novel", "pipeline", ",", "when", "applied", "to", "our", "hip", "-", "ct", "data", "of", "human", "kidney", ",", "was", "the", "generation", "the", "first", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "...
[ "we", "were", "able", "to", "identify", "97", "%", "of", "vessels", ">", "50", "µm", "radius", "across", "the", "whole", "intact", "human", "kidney", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "the", "final", "network", "consisted", "of", "10", ",", "193", "nodes", ",", "376", ",", "60", "##3", "points", "and", "10", ",", "190", "vessels", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "the", "total", "network", "volume", "was", "1", ".", "68", "×", "10", "µm", ",", "with", "a", "length", "of", "2", ".", "3", "×", "10", "µm", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "spatial", "graph", ",", "which", "is", "provided", "in", "our", "supplementary", "information", ",", "captures", "the", "morphological", "features", "and", "connectivity", "of", "the", "human", "kidney", "arterial", "vasculature", ",", "which", "was", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "having", "created", "a", "reproducible", "spatial", "graph", "of", "the", "human", "kidney", "arterial", "vasculature", ",", "we", "then", "performed", "topological", "generation", "and", "truncated...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "resulted", "in", "nine", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "orders", "(", "fig", ".", "3a", ")", "and", "twenty", "-", "five", "topological", "generations", "(", "fig", ".", "3b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "as", "the", "main", "artery", "supplying", "the", "kidney", "was", "cut", "during", "autopsy", ",", "we", "inferred", "that", "10", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "orders", ",", "representing", "26", "topological", "generations", ",", "were", "imaged", ...	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "stra", "##hl", "##er", "ordering", ",", "and", "other", "approaches", "to", "classify", "vascular", "networks", ",", "have", "potential", "caveat", "##s", "(", "see", "supplementary", "note", "4...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "ideally", ",", "this", "endpoint", "would", "correspond", "to", "the", "afferent", "arteri", "##ole", "entering", "the", "renal", "glomerul", "##us", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "however", ",", "at", "50", "µm", "per", "voxel", "resolution", ",", "we", "were", "unable", "to", "detect", "afferent", "arterioles", ",", "and", "thus", ",", "the", "smallest", "vessels", ",", "defined", "as", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "diameter", "-", "based", "statistical", "approaches", "to", "estimation", "of", "the", "stra", "##hl", "##er", "order", "of", "the", "kidney", "vascular", "network", "’", "s", "terminal", "ends"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "thus", ",", "we", "applied", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "ordering", "to", "our", "spatial", "graph", "and", "report", "how", "morphological", "features", "of", "vessels", "in", "the", "network", "vary", "with", "truncated", "stra", "##hl", "##er", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "also", "mapped", "our", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "orders", "to", "known", "anatomical", "subdiv", "##isions", "of", "the", "arterial", "tree", "to", "give", "anatomical", "context", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "resulted", "in", "the", "following", "classification", ":", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "orders", "7", "–", "9", "(", "n", "=", "25", "segments", ";", "mean", "radius", "=", "92", "##9", "±", "47", "##7", "µm", ")", "mapped", "to", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "...
[ "orders", "5", "–", "6", "comprised", "interl", "##obar", "arteries", "(", "n", "=", "219", "segments", ";", "mean", "radius", "=", "417", "±", "247", "µm", ")", ",", "and", "orders", "2", "–", "4", "arcuate", "arteries", "(", "n", "=", "48", "##41...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "finally", ",", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", "fell", "within", "orders", "1", "–", "3", "(", "n", "=", "94", "##30", "segments", ";", "mean", "radius", "=", "55", "±", "23", "µm", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "further", "plotted", "the", "cumulative", "volume", "of", "the", "kidney", "vascular", "network", "(", "fig", ".", "3c", "##ii", ")", ",", "finding", "that", "over", "20", "%", "of", "the", "volume", "of", "the", "network", "lies", "within", "stra...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "we", "found", "510", "##5", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "1", "segment", "and", "identified", "a", "logarithmic", "relationship", "between", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "and", "segment", "number", "(", "fig", ".", "3c", "#...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "using", "this", "relationship", ",", "we", "determined", "the", "branching", "ratio", "within", "this", "subsection", "of", "the", "vascular", "tree", "to", "be", "2", ".", "92", ",", "a", "value", "which", "is", "similar", "to", "that", "of", "the", "h...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "to", "provide", "further", "context", "to", "the", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "and", "to", "investigate", "the", "small", "-", "calibr", "##e", "vessels", "within", "the", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "using", "high", "-", "resolution", "vo", "##is", ",", "we", "segmented", "and", "counted", "all", "glomeruli", "within", "each", "of", "the", "3", "high", "-", "resolution", "vo", "##is", "of", "the", "hip", "-", "ct", "data", "(", "fig", ".", "3d", ...	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "we", "extrapolated", "from", "these", "vo", "##is", "to", "the", "total", "of", "~", "1", ".", "2", "million", "glomeruli", "in", "the", "intact", "kidney", ",", "which", "aligned", "well", "with", "estimates", "for", "adult", "males", "within", "a", "s...	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "given", "the", "510", "##5", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "1", "segments", ",", "the", "branching", "ratio", "of", "2", ".", "92", "##1", "and", "the", "total", "number", "of", "glomeruli", ",", "we", "estimated", "that", "there", "are"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "to", "further", "evaluate", "this", "estimate", ",", "we", "assessed", "on", "high", "-", "resolution", "vo", "##i", ",", "connecting", "six", "afferent", "arterioles", "of", "individual", "glomeruli", "back", "to", "the", "main", "vessel", "tree", "(", "fi...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "of", "the", "6", "glomeruli", ",", "5", "originated", "from", "non", "-", "terminal", "arteries", "and", "one", "from", "a", "terminal", "artery", "(", "fig", ".", "3e", ",", "red", "arrows", "and", "black", "arrows", "respectively", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "supports", "recent", "findings", ",", "in", "the", "rat", "kidney", ",", "which", "similarly", "demonstrated", "the", "existence", "of", "non", "-", "terminal", "branch", "arterioles", ",", "with", "potential", "contributions", "to", "the", "synchron", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "the", "existence", "of", "non", "-", "terminal", "glomeruli", "also", "prevents", "the", "application", "of", "the", "statistical", "methods", "which", "have", "previously", "been", "used", "to", "estimate", "the", "true", "stra", "##hl", "##er", "order", "of...	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "given", "the", "presence", "of", "non", "-", "terminal", "glomeruli", ",", "statistical", "estimation", "of", "true", "stra", "##hl", "##er", "order", "would", "necessitate", "connecting", "a", "larger", "number", "(", "~", "1000", ")", "of", "glomeruli", "...	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "...
[ "such", "an", "estimation", "cannot", "be", "made", "with", "this", "dataset", "as", ",", "even", "with", "our", "highest", "resolution", "scans", ",", "the", "small", "vessels", "connecting", "the", "glomeruli", "to", "the", "main", "vascular", "tree", "cou...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "however", ",", "our", "estimation", "of", "total", "glomeruli", "number", "provides", "a", "data", "-", "driven", "estimate", "for", "the", "number", "of", "missing", "orders", ",", "and", "thus", "gives", "the", "context", "needed", "to", "support", "our",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "here", ",", "we", "combined", "hierarchical", "phase", "-", "contrast", "tomography", "(", "hip", "-", "ct", ")", "with", "topology", "network", "analysis", "to", "enable", "quantitative", "assessment", "of", "the", "intact", "human", "kidney", "vasculature", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissu...

[ "comparison", "with", "kidney", "vascular", "maps", "described", "for", "rodents", "revealed", "similar", "topologies", "to", "human", ",", "but", "human", "kidney", "vasculature", "possessed", "a", "significantly", "sharp", "##er", "decrease", "in", "radius", "fr...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "structural", "differences", "in", "kidney", "hil", "##ar", ",", "medullary", "and", "cortical", "vasculature", "reflected", "unique", "functional", "adaptations", "of", "each", "zone", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "work", "represents", "the", "first", "time", "the", "arterial", "vasculature", "of", "an", "intact", "human", "kidney", "has", "been", "mapped", "beyond", "segmental", "arteries", ",", "potenti", "##ating", "novel", "computational", "models", "of", "kid...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "analyses", "have", "implications", "for", "understanding", "how", "blood", "vessel", "structure", "collectively", "scales", "to", "facilitate", "special", "##ised", "functions", "in", "human", "organs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "the", "vasculature", "of", "the", "kidney", "is", "highly", "special", "##ised", "and", "serves", "multiple", "functions", ",", "including", "the", "delivery", "of", "oxygen", "and", "nutrients", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "...

[ "despite", "only", "comprising", "approximately", "1", "%", "of", "body", "weight", ",", "the", "kidney", "receives", "up", "to", "20", "%", "of", "cardiac", "output", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "blood", "enters", "the", "kidney", "through", "the", "renal", "artery", ",", "which", "branches", "from", "the", "abdominal", "aorta", "and", "enters", "the", "kidney", "hil", "##um", "." ]

[ "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "once", "within", "the", "kidney", ",", "the", "renal", "artery", "divide", "##s", "hierarchical", "##ly", ",", "first", "into", "segmental", "or", "renal", "feeding", "arteries", "which", "pass", "through", "the", "kidney", "pelvis", ",", "then", "branching",...

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "...

[ "at", "the", "distal", "end", "of", "the", "kidney", "columns", ",", "interl", "##obar", "arteries", "branch", "into", "arcuate", "arteries", "that", "arch", "around", "the", "outer", "surface", "of", "the", "kidney", "pyram", "##ids", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "...

[ "from", "these", ",", "the", "interl", "##ob", "##ular", "vessels", "branch", "and", "penetrate", "the", "surrounding", "kidney", "cortex", ",", "before", "finally", "termin", "##ating", "at", "afferent", "arterioles", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "this", "complex", "network", "perf", "##uses", "special", "##ised", "capillary", "networks", ",", "including", "glomerular", "capillaries", "across", "which", "plasma", "ultrafiltration", "occurs", ",", "efferent", "arterioles", "and", "peri", "##t", "##ub", "##ula...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "...

[ "thereafter", ",", "venous", "return", "follows", "the", "arterial", "supply", "out", "of", "the", "organ", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "structural", "and", "molecular", "changes", "to", "the", "kidney", "vasculature", "are", "a", "common", "feature", "of", "kidney", "pathologies", ",", "including", "multiple", "aeti", "##ologies", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "therefore", ",", "studying", "kidney", "vascular", "patterning", "has", "implications", "for", "understanding", "the", "basis", "of", "kidney", "function", "in", "health", "and", "disease", ",", "and", "aids", "surgical", "planning", "for", "tumour", "resection",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "vascular", "geometries", "also", "have", "a", "central", "role", "to", "play", "in", "computational", "models", "that", "underp", "##in", "the", "creation", "of", "digital", "twins", ",", "such", "as", "through", "the", "generation", "of", "synthetic", "data"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "vascular", "imaging", "of", "the", "kidney", "has", "advanced", "following", "technological", "innovations", "in", "micro", "-", "computed", "tomography", "(", "μ", "##ct", ")", ",", "magnetic", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "these", "techniques", "have", "been", "used", "to", "generate", "quantitative", "analyses", "of", "vascular", "network", "geometry", "in", "intact", "kidneys", "of", "model", "organisms", ",", "particularly", "rodents", ",", "in", "which", "kidney", "diameter", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "comparatively", "human", "kidneys", ",", "with", "a", "diameter", "of", "approximately", "5", "cm", "are", "far", "more", "challenging", "to", "image", "at", "high", "resolution", "whilst", "still", "intact", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "corrosion", "casting", "of", "human", "kidneys", "has", "highlighted", "vascular", "heterogeneity", "and", "generated", "intricate", "3d", "cast", "##s", "(", "down", "to", "100", "µm", ")", "but", "provides", "limited", "quantitative", "or", "accessible", "dig...

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "optical", "clearing", "and", "lights", "##heet", "microscopy", "have", "been", "used", "to", "quantify", "portions", "of", "the", "human", "kidney", "vascular", "network", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "however", ",", "as", "far", "as", "the", "authors", "are", "aware", ",", "there", "is", "no", "published", "dataset", "capturing", "the", "intact", "vascular", "network", "of", "the", "human", "kidney", "beyond", "approximately", "six", "vessel", "divisions",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "mri", "has", "been", "used", "to", "quantify", "larger", "vessels", "both", "in", "vivo", "and", "post", "mortem", ",", "but", "for", "large", "volumes", "of", "interest", "(", "vo", "##i", ")", ",", "lacks", "the", "resolution", "capable", "of", "imagi...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissu...

[ "µm", "##ri", "can", "be", "used", "to", "image", "down", "to", "~", "50", "µm", "/", "voxel", ",", "but", "is", "limited", "to", "smaller", "biological", "samples", "such", "as", "rodent", "kidneys", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "ct", "and", "µ", "##ct", "have", "been", "used", "extensively", "to", "image", "and", "analyse", "rodent", "renal", "vasculature", ",", "and", "have", "also", "been", "applied", "to", "study", "the", "vasculature", "of", "ex", "vivo", "human", "lung", "an...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "however", ",", "no", "detailed", "segmentation", "and", "quantitative", "analysis", "of", "vascular", "networks", "in", "the", "human", "kidney", "have", "been", "performed", "down", "to", "the", "level", "of", "arterioles", ",", "because", "of", "a", "lack",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "due", "to", "this", "limitation", ",", "analysis", "of", "human", "kidney", "vascular", "networks", "is", "often", "focused", "on", "the", "first", "three", ",", "large", "branches", "of", "th...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "...

[ "where", "multis", "##cale", "modelling", "has", "been", "performed", ",", "parameters", "from", "rodent", "kidneys", "are", "assumed", "to", "be", "representative", "of", "human", "kidney", "vascular", "networks", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "however", ",", "semi", "-", "quantitative", "studies", "of", "human", "kidney", "vascular", "cast", "##s", "have", "shown", "large", "anatomical", "variation", "in", "segmental", "artery", "patterning", ",", "whilst", "smaller", "vessels", "such", "as", "the", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissu...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "one", "imaging", "modality", "that", "could", "address", "the", "challenge", "of", "imaging", "intact", "organ", "vascular", "networks", "is", "synchrotron", "phase", "-", "contrast", "tomography", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "hierarchical", "phase", "-", "contrast", "tomography", "(", "hip", "-", "ct", ")", "is", "a", "technique", "which", "lever", "##ages", "the", "european", "synchrotron", "radiation", "facility", "’", "s", "(", "esr", "##f", ")", "extremely", "brilliant", "so...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "by", "util", "##ising", "the", "high", "spatial", "coherence", "of", "the", "esr", "##f", "-", "ebs", "and", "the", "long", "beam", "##lines", "available", "at", "esr", "##f", ",", "the", "development", "of", "hip", "-", "ct", "has", "allowed", "the", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "datasets", "created", "with", "hip", "-", "ct", "are", "hierarchical", "##ly", "nested", "three", "-", "dimensional", "(", "3d", ")", "volumes", "at", "multiple", "resolutions", ",", "with", "exceptional", "soft", "tissue", "contrast", "spanning", "from", "sm...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "...

[ "as", "an", "example", "of", "hip", "-", "ct", "’", "s", "potential", ",", "we", "have", "previously", "profiled", "human", "glomerular", "morphology", "and", "number", "across", "cubic", "centim", "##etr", "##es", "of", "intact", "human", "kidney", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "however", ",", "the", "soft", "tissue", "contrast", "achievable", "with", "hip", "-", "ct", ",", "coupled", "with", "its", "high", "spatial", "resolution", ",", "potentiates", "the", "visual", "##isation", "and", "quantification", "of", "vascular", "networks", ...

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "here", ",", "we", "demonstrate", "how", "the", "arterial", "network", "of", "an", "intact", "human", "kidney", "can", "be", "extracted", "and", "quantified", "across", "multiple", "length", "sca...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "our", "pipeline", "util", "##ises", "the", "benefits", "of", "hip", "-", "ct", ",", "such", "as", "validation", "of", "segmentation", "using", "multis", "##cale", "data", ",", "whilst", "also", "providing", "solutions", "for", "the", "technical", "challenges"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "...

[ "within", "the", "human", "kidney", ",", "we", "delineated", "the", "extent", "and", "morphology", "of", "the", "vasculature", ",", "from", "the", "renal", "artery", "down", "to", "the", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "in", "doing", "so", ",", "we", "were", "able", "to", "quantify", "heterogeneity", "in", "vascular", "architecture", "within", "the", "context", "of", "ordering", "schemes", "describing", "morphological", "network", "branching", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "also", "demonstrate", "how", "the", "multis", "##cale", "nature", "of", "hip", "-", "ct", "allows", "estimation", "of", "the", "vascular", "network", "between", "the", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", "and", "afferent", "arterioles", "in", "small...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "...

[ "we", "perform", "a", "quantitative", "comparison", "between", "our", "human", "and", "previously", "published", "rodent", "kidney", "vascular", "networks", ",", "the", "latter", "of", "which", "has", "been", "used", "as", "inputs", "for", "biophysical", "modell...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "further", "demonstrate", "how", "the", "label", "-", "free", "nature", "and", "exceptional", "soft", "tissue", "contrast", "of", "hip", "-", "ct", "allow", "vascular", "heterogeneity", "to", "be", "quantified", "in", "the", "context", "of", "other", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "such", "spatial", "variations", "highlight", "the", "link", "between", "regional", "structure", "and", "function", ",", "reinforcing", "the", "importance", "of", "quantitative", "analyses", "for", "understanding", "and", "modelling", "regional", "microenvironment", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "using", "hip", "-", "ct", "in", "a", "hierarchical", "fashion", ",", "we", "imaged", "the", "whole", "intact", "kidney", "obtained", "from", "a", "63", "-", "year", "-", "old", "male", "or...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "initially", "performed", "an", "overview", "scan", "of", "the", "entire", "kidney", "at", "25", "μm", "per", "voxel", ",", "followed", "by", "selecting", "and", "imaging", "representative", "vo", "##is", "at", "6", ".", "5", "μm", "per", "voxel", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "as", "these", "image", "volumes", "are", "inherently", "aligned", ",", "expert", "annotation", "using", "renal", "anatomical", "landmarks", "(", "fig", ".", "1b", ")", "was", "applied", "to", "the", "image", "volumes", "taken", "at", "each", "resolution", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissu...

[ "from", "the", "segmented", "data", ",", "we", "were", "able", "to", "identify", "examples", "of", "and", "interconn", "##ect", "all", "known", "anatomical", "subdiv", "##isions", "of", "the", "kidney", "arterial", "system", "(", "fig", ".", "1c", ")", "."...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "segmental", "pattern", "of", "anterior", ",", "posterior", ",", "superior", "and", "inferior", "territories", "supplying", "the", "kidney", "parenchyma", "was", "clearly", "delineated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "each", "vascular", "territory", "(", "fig", ".", "1d", "and", "supplementary", "movie", "2", ")", "had", "a", "corresponding", "kidney", "arterial", "branch", "originating", "from", "the", "hil", "##um", ",", "which", "bifurc", "##ated", "before", "hierarchic...

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "we", "next", "sought", "to", "quantitate", "the", "arterial", "network", "in", "a", "reliable", "and", "reproducible", "manner", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "we", "have", "previously", "shown", "that", "quantitative", "features", "of", "vascular", "networks", "can", "vary", "by", "the", "image", "processing", "pipeline", "used", ",", "we", "developed", "our", "own", "bes", "##po", "##ke", "image", "processin...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "the", "graph", "representation", "comprises", "a", "set", "of", "‘", "nodes", "’", ";", "defined", "as", "3d", "locations", "where", "vessels", "meet", "or", "end", ",", "and", "‘", "segments", "’", ";", "defined", "as", "the", "connections", "between", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "our", "pipeline", "comprises", "8", "steps", ",", "which", "are", "fully", "detailed", "in", "our", "supplementary", "note", "2", ",", "and", "enables", "the", "generation", "of", "a", "spatial", "graph", "from", "segmented", "hip", "-", "ct", "data", ","...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "our", "pipeline", "first", "(", "fig", ".", "2", ",", "step", "1", ")", "assesses", "validation", "of", "the", "segmentation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "by", "aligning", "segmentation", "##s", "from", "scans", "taken", "at", "13", "µm", "per", "voxel", ",", "with", "vo", "##is", "captured", "at", "50", "µm", "per", "voxel", ",", "the", "higher", "resolution", "scans", "served", "as", "‘", "ground", "tru...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "used", "the", "cl", "-", "dic", "##e", "metric", "to", "quantify", "the", "overlapping", "vessel", "portions", "finding", "that", "97", "%", "of", "vessels", "with", "a", "vessel", "lumen", "radius", "greater", "than", "50", "µm", "are", "detectable...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "next", "step", "(", "fig", ".", "2", ",", "step", "2", ")", "comprises", "the", "optim", "##isation", "of", "the", "skeleton", "##ization", "algorithm", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "applied", "three", "different", "skeleton", "##ization", "algorithms", ",", "and", "utilised", "the", "recently", "developed", "skeleton", "super", "-", "metric", "to", "determine", "the", "most", "suitable", "algorithm", "and", "its", "parameter", "optim",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "found", "that", "the", "centerline", "tree", "algorithm", "(", "ami", "##ra", "-", "avi", "##zo", "v2", "##02", "##1", ".", "1", ")", "was", "the", "best", "candidate", "algorithm", ",", "as", "indicated", "by", "its", "lower", "super", "-", "me...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "thereafter", ",", "several", "steps", "were", "implemented", "to", "correct", "the", "skeleton", "for", "hip", "-", "ct", "specific", "challenges", "(", "fig", ".", "2", ",", "steps", "3", "–", "8", ")", ",", "namely", "the", "multis", "##cale", "nature...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "...

[ "the", "challenge", "of", "multis", "##cale", "vascular", "trees", "was", "corrected", "using", "a", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "ordering", "system", ",", "which", "partitions", "the", "network", "into", "larger", "or", "smaller", "calibr", "##e", "v...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "smoothing", "was", "then", "applied", "to", "all", "large", "calibr", "##e", "vessels", "to", "reduce", "tort", "##uo", "##si", "##ty", "in", "the", "vessel", "centre", "##line", ",", "an", "arte", "##fact", "which", "occurs", "due", "to", "the", "sensiti...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "following", "this", "multis", "##cale", "smoothing", "approach", ",", "fig", ".", "2", "steps", "5", "and", "6", "involved", "the", "identification", "and", "manual", "verification", "of", "collapsed", "vessels", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "initially", ",", "all", "large", "-", "calibr", "##e", "vessels", "were", "flag", "##ged", "as", "potentially", "collapsed", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "additionally", ",", "smaller", "calibr", "##e", "vessels", "that", "were", "potentially", "collapsed", "were", "identified", "based", "on", "their", "categor", "##isation", "below", "the", "10th", "percentile", "for", "radius", "in", "their", "truncated", "stra",...

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "once", "identified", ",", "collapsed", "vessels", "were", "subject", "to", "a", "bound", "##ing", "box", ",", "automatically", "extracted", "and", "thereafter", "manually", "determined", "whether", "correction", "of", "the", "radius", "was", "required", "to", "...

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "vessels", "requiring", "correction", ",", "cross", "-", "sectional", "planes", "along", "the", "vessel", "centre", "##line", "were", "extracted", ",", "and", "the", "radius", "was", "calculated", "based", "on", "the", "cross", "-", "sectional", "perime...

[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "finally", ",", "the", "identification", "of", "outlier", "radii", "in", "these", "cross", "-", "sectional", "planes", "was", "performed", ",", "using", "a", "95th", "and", "5th", "percentile", "window", "##ing", "for", "radius", "along", "the", "vessel", "l...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "additionally", ",", "an", "option", "was", "applied", "to", "manually", "flag", "planes", "that", "appeared", "compromised", "by", "residual", "tort", "##uo", "##si", "##ty", "in", "the", "vessel", "centre", "##line", "(", "fig", ".", "2", ",", "step", "8...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "the", "result", "of", "this", "novel", "pipeline", ",", "when", "applied", "to", "our", "hip", "-", "ct", "data", "of", "human", "kidney", ",", "was", "the", "generation", "the", "first", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "...

[ "we", "were", "able", "to", "identify", "97", "%", "of", "vessels", ">", "50", "µm", "radius", "across", "the", "whole", "intact", "human", "kidney", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "the", "final", "network", "consisted", "of", "10", ",", "193", "nodes", ",", "376", ",", "60", "##3", "points", "and", "10", ",", "190", "vessels", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "the", "total", "network", "volume", "was", "1", ".", "68", "×", "10", "µm", ",", "with", "a", "length", "of", "2", ".", "3", "×", "10", "µm", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "spatial", "graph", ",", "which", "is", "provided", "in", "our", "supplementary", "information", ",", "captures", "the", "morphological", "features", "and", "connectivity", "of", "the", "human", "kidney", "arterial", "vasculature", ",", "which", "was", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "having", "created", "a", "reproducible", "spatial", "graph", "of", "the", "human", "kidney", "arterial", "vasculature", ",", "we", "then", "performed", "topological", "generation", "and", "truncated...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "resulted", "in", "nine", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "orders", "(", "fig", ".", "3a", ")", "and", "twenty", "-", "five", "topological", "generations", "(", "fig", ".", "3b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "as", "the", "main", "artery", "supplying", "the", "kidney", "was", "cut", "during", "autopsy", ",", "we", "inferred", "that", "10", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "orders", ",", "representing", "26", "topological", "generations", ",", "were", "imaged", ...

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "stra", "##hl", "##er", "ordering", ",", "and", "other", "approaches", "to", "classify", "vascular", "networks", ",", "have", "potential", "caveat", "##s", "(", "see", "supplementary", "note", "4...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "ideally", ",", "this", "endpoint", "would", "correspond", "to", "the", "afferent", "arteri", "##ole", "entering", "the", "renal", "glomerul", "##us", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "however", ",", "at", "50", "µm", "per", "voxel", "resolution", ",", "we", "were", "unable", "to", "detect", "afferent", "arterioles", ",", "and", "thus", ",", "the", "smallest", "vessels", ",", "defined", "as", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "diameter", "-", "based", "statistical", "approaches", "to", "estimation", "of", "the", "stra", "##hl", "##er", "order", "of", "the", "kidney", "vascular", "network", "’", "s", "terminal", "ends"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "thus", ",", "we", "applied", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "ordering", "to", "our", "spatial", "graph", "and", "report", "how", "morphological", "features", "of", "vessels", "in", "the", "network", "vary", "with", "truncated", "stra", "##hl", "##er", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "also", "mapped", "our", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "orders", "to", "known", "anatomical", "subdiv", "##isions", "of", "the", "arterial", "tree", "to", "give", "anatomical", "context", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "resulted", "in", "the", "following", "classification", ":", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "orders", "7", "–", "9", "(", "n", "=", "25", "segments", ";", "mean", "radius", "=", "92", "##9", "±", "47", "##7", "µm", ")", "mapped", "to", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "...

[ "orders", "5", "–", "6", "comprised", "interl", "##obar", "arteries", "(", "n", "=", "219", "segments", ";", "mean", "radius", "=", "417", "±", "247", "µm", ")", ",", "and", "orders", "2", "–", "4", "arcuate", "arteries", "(", "n", "=", "48", "##41...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "finally", ",", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", "fell", "within", "orders", "1", "–", "3", "(", "n", "=", "94", "##30", "segments", ";", "mean", "radius", "=", "55", "±", "23", "µm", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "further", "plotted", "the", "cumulative", "volume", "of", "the", "kidney", "vascular", "network", "(", "fig", ".", "3c", "##ii", ")", ",", "finding", "that", "over", "20", "%", "of", "the", "volume", "of", "the", "network", "lies", "within", "stra...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "we", "found", "510", "##5", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "1", "segment", "and", "identified", "a", "logarithmic", "relationship", "between", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "and", "segment", "number", "(", "fig", ".", "3c", "#...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "using", "this", "relationship", ",", "we", "determined", "the", "branching", "ratio", "within", "this", "subsection", "of", "the", "vascular", "tree", "to", "be", "2", ".", "92", ",", "a", "value", "which", "is", "similar", "to", "that", "of", "the", "h...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "to", "provide", "further", "context", "to", "the", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "and", "to", "investigate", "the", "small", "-", "calibr", "##e", "vessels", "within", "the", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "using", "high", "-", "resolution", "vo", "##is", ",", "we", "segmented", "and", "counted", "all", "glomeruli", "within", "each", "of", "the", "3", "high", "-", "resolution", "vo", "##is", "of", "the", "hip", "-", "ct", "data", "(", "fig", ".", "3d", ...

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "we", "extrapolated", "from", "these", "vo", "##is", "to", "the", "total", "of", "~", "1", ".", "2", "million", "glomeruli", "in", "the", "intact", "kidney", ",", "which", "aligned", "well", "with", "estimates", "for", "adult", "males", "within", "a", "s...

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "given", "the", "510", "##5", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "1", "segments", ",", "the", "branching", "ratio", "of", "2", ".", "92", "##1", "and", "the", "total", "number", "of", "glomeruli", ",", "we", "estimated", "that", "there", "are"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "to", "further", "evaluate", "this", "estimate", ",", "we", "assessed", "on", "high", "-", "resolution", "vo", "##i", ",", "connecting", "six", "afferent", "arterioles", "of", "individual", "glomeruli", "back", "to", "the", "main", "vessel", "tree", "(", "fi...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "of", "the", "6", "glomeruli", ",", "5", "originated", "from", "non", "-", "terminal", "arteries", "and", "one", "from", "a", "terminal", "artery", "(", "fig", ".", "3e", ",", "red", "arrows", "and", "black", "arrows", "respectively", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "supports", "recent", "findings", ",", "in", "the", "rat", "kidney", ",", "which", "similarly", "demonstrated", "the", "existence", "of", "non", "-", "terminal", "branch", "arterioles", ",", "with", "potential", "contributions", "to", "the", "synchron", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "the", "existence", "of", "non", "-", "terminal", "glomeruli", "also", "prevents", "the", "application", "of", "the", "statistical", "methods", "which", "have", "previously", "been", "used", "to", "estimate", "the", "true", "stra", "##hl", "##er", "order", "of...

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "given", "the", "presence", "of", "non", "-", "terminal", "glomeruli", ",", "statistical", "estimation", "of", "true", "stra", "##hl", "##er", "order", "would", "necessitate", "connecting", "a", "larger", "number", "(", "~", "1000", ")", "of", "glomeruli", "...

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "...

[ "such", "an", "estimation", "cannot", "be", "made", "with", "this", "dataset", "as", ",", "even", "with", "our", "highest", "resolution", "scans", ",", "the", "small", "vessels", "connecting", "the", "glomeruli", "to", "the", "main", "vascular", "tree", "cou...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "however", ",", "our", "estimation", "of", "total", "glomeruli", "number", "provides", "a", "data", "-", "driven", "estimate", "for", "the", "number", "of", "missing", "orders", ",", "and", "thus", "gives", "the", "context", "needed", "to", "support", "our",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]