OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "vascular", "network", "geometric", "properties", ",", "including", "vessel", "diameters", ",", "lengths", "and", "branching", "angles", ",", "are", "key", "metrics", "for", "quantitative", "and", "objective", "comparison", "of", "vascular", "networks", "in", "health", "or", "disease", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "thus", ",", "we", "extracted", "and", "reported", "the", "metrics", "for", "the", "human", "kidney", "vasculature", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "data", "were", "grouped", "according", "to", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "(", "fig", ".", "4", ",", "table", "1", ")", "to", "enable", "quantitative", "comparison", "to", "rat", "and", "other", "human", "organ", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "raw", "data", "for", "each", "segment", ",", "which", "may", "serve", "as", "inputs", "for", "computational", "models", ",", "have", "been", "provided", "as", "supplementary", "information", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "table", "1", "human", "kidney", "vascular", "branching", "metrics", "by", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "generation", "(", "means", "with", "standard", "deviation", "are", "shown", ")", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "no", ".", "of", "segments", "radi", "##um", "(", "µm", ")", "length", "µm", "×", "10", "tort", "##uo", "##si", "##ty", "length", ":", "diameter", "vol", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "×", "10", "µm", "branching", "angle", "iv", "##d", "µm", "×", "10", "1", "510", "##5", "45", "±", "5", "2", ".", "6", "±", "1", ".", "7", "1", ".", "2", "±", "0", ".", "20", "57", ".", "4", "±", "36", "0", ".", "18", "±", "0", ".", "22", "129", "±", "28", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "4", "2", "303", "##0", "56", "±", "15", "1", ".", "8", "±", "1", ".", "4", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "16", "32", ".", "3", "±", "26", "0", ".", "21", "±", "0", ".", "46", "128", "±", "29", "0", ".", "9", "±", "0", ".", "4", "3", "129", "##5", "95", "±", "37", "1", ".", "8", "±", "1", ".", "4", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "14", "20", ".", "2", "±", "18", "6", ".", "7", "±", "10", ".", "3", "128", "±", "29", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "4", "4", "51", "##6", "165", "±", "60", "2", ".", "3", "±", "1", ".", "9", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "13", "14", ".", "6", "±", "12", "25", ".", "5", "±", "34", ".", "9", "135", "±", "29", "1", ".", "4", "±", "0", ".", "5", "5", "150", "294", "±", "110", "3", ".", "3", "±", "2", ".", "6", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "05", "12", ".", "2", "±", "9", ".", "4", "11", ".", "3", "±", "17", ".", "1", "142", "±", "25", "1", ".", "8", "±", "0", ".", "7", "6", "69", "68", "##4", "±", "250", "4", ".", "3", "±", "3", ".", "1", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "06", "6", ".", "5", "±", "4", ".", "5", "84", ".", "6", "±", "104", "149", "±", "21", "2", ".", "9", "±", "0", ".", "7", "7", "20", "83", "##9", "±", "251", "7", ".", "2", "±", "4", ".", "9", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "05", "8", ".", "5", "±", "4", ".", "8", "223", "±", "302", "148", "±", "24", "6", ".", "1", "±", "1", ".", "5", "8", "4", "87", "##7", "±", "188", "8", ".", "1", "±", "4", ".", "7", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "07", "9", ".", "6", "±", "6", ".", "3", "227", "±", "159", "141", "±", "6", "4", ".", "7", "±", "1", ".", "5", "9", "1", "292", "##3", "66", "##9", "1", ".", "0", "0", ".", "2", "180", "-", "-", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "further", "quantitative", "analysis", "of", "the", "human", "kidney", "vascular", "network", "revealed", "that", ",", "as", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "increased", ",", "there", "was", "a", "reduction", "in", "the", "ratio", "of", "vessel", "length", ":", "diameter", "(", "fig", ".", "4b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "contrast", ",", "the", "mean", "radius", "(", "fig", ".", "4e", ")", "and", "inter", "-", "vessel", "distance", "increased", "(", "fig", ".", "4f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "tort", "##uo", "##si", "##ty", "did", "not", "vary", "significantly", "with", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "(", "fig", ".", "4d", ")", ";", "with", "most", "segments", "possessing", "tort", "##uo", "##si", "##ty", "close", "to", "1", ",", "thus", "implying", "limited", "deviation", "from", "a", "straight", "path", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "findings", "are", "consistent", "with", "anticipated", "trends", "for", "a", "healthy", "tissue", ",", "wherein", "a", "vascular", "network", "is", "assumed", "to", "be", "a", "fractal", "structure", ",", "with", "branching", "pattern", "driven", "by", "optim", "##ised", "delivery", "of", "blood", "to", "the", "whole", "organ", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "interestingly", ",", "within", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "orders", "8", "–", "6", ",", "the", "mean", "branching", "angle", "was", "approximately", "150", "##°", ",", "decreasing", "to", "130", "##°", "for", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "orders", "3", "–", "1", "(", "fig", ".", "4c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "importantly", ",", "the", "latter", "value", "of", "130", "##°", "is", "the", "predicted", "optimal", "theoretical", "branching", "angle", "for", "volume", "-", "constrained", "vascular", "growth", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "simulation", "of", "kidney", "haemodynamic", "##s", "has", "previously", "been", "performed", "using", "μ", "##ct", "data", "from", "the", "rat", "kidney", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "to", "facilitate", "comparison", "between", "existing", "rat", "data", "and", "our", "human", "hip", "-", "ct", "results", ",", "we", "aligned", "our", "network", "based", "on", "the", "stra", "##hl", "##er", "order", "allocated", "to", "the", "segmental", "arteries", ",", "thus", "aligning", "stra", "##hl", "##er", "order", "9", "in", "the", "previously", "published", "rat", "dataset", "to", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "8", "of", "our", "human", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "then", "related", "normalised", "vessel", "metrics", "from", "each", "species", ",", "matching", "anatomically", "defined", "vessel", "types", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]
[ "the", "expected", "increase", "in", "vessel", "radius", "with", "order", "followed", "a", "similar", "trend", "between", "human", "and", "rat", "kidney", "(", "fig", ".", "5a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", "human", "kidney", "vessel", "radii", "increased", "to", "a", "greater", "extent", "across", "stra", "##hl", "##er", "orders", "than", "in", "the", "rat", "kidney", ",", "evaluated", "based", "on", "a", "fit", "of", "log", "(", "radius", ")", "to", "stra", "##hl", "##er", "order", "(", "fig", ".", "5b", ")", ",", "(", "p", "<", "0", ".", "0001", "sum", "-", "of", "-", "f", "test", "f", "(", "df", "##n", ",", "df", "##d", ")", "=", "700", ".", "6", "(", "2", ",", "12", ")", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "provide", "additional", "insights", "into", "this", "difference", "observed", "between", "human", "and", "rat", "kidneys", ",", "we", "extracted", "radial", "scaling", "exponent", "##s", "of", "the", "human", "vascular", "network", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "the", "radial", "scaling", "exponent", "provides", "insight", "into", "how", "the", "network", "has", "structurally", "developed", "with", "respect", "to", "its", "functions", "such", "as", "the", "efficiency", "of", "blood", "flow", "and", "nutrient", "delivery", "to", "meet", "metabolic", "demands", "and", "minimise", "flow", "resistance", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "exponent", "##s", "of", "0", ".", "33", "and", "0", ".", "5", "each", "have", "theoretical", "bases", "in", "different", "models", ",", "(", "i", ")", "murray", "’", "s", "law", "(", "expected", "exponent", "of", "0", ".", "33", "for", "all", "the", "whole", "network", ",", "derived", "from", "considering", "the", "energy", "balance", "between", "energy", "of", "flow", "and", "viscous", "drag", ")", ",", "(", "ii", ")", "the", "west", "-", "brown", "-", "en", "##quist", "(", "wb", "##e", ")", "model", "which", "predicts", "0", ".", "5", "in", "larger", "vessels", "and", "0", ".", "33", "in", "smaller", "vessels", ",", "resulting", "from", "balancing", "the", "energy", "for", "metabolic", "distribution", "of", "blood", "across", "a", "fractal", "-", "like", "network", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "deviations", "from", "these", "exponent", "values", "and", "other", "variants", "of", "vascular", "scaling", "models", "have", "been", "widely", "reported", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "previously", "in", "the", "rat", "kidney", ",", "nord", "##s", "##lett", "##en", "et", "al", ".", "demonstrated", "a", "deviation", "from", "murray", "’", "s", "law", "by", "~", "1", "%", "for", "the", "rat", "kidney", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "figure", "5c", "##i", "shows", "the", "cube", "##d", "parent", "radius", "plotted", "against", "the", "cube", "sum", "of", "the", "child", "radii", "for", "our", "dataset", ",", "the", "theoretical", "murray", "’", "s", "law", "is", "overlaid", "(", "orange", "hatched", ")", "to", "allow", "qualitative", "comparison", "to", "previous", "literature", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "quantitatively", "evaluate", "whether", "our", "data", "are", "better", "represented", "by", "murray", "’", "s", "law", "(", "expected", "radial", "scaling", "exponent", "0", ".", "33", ")", "the", "wb", "##e", "model", "(", "radial", "scaling", "exponent", "0", ".", "33", "in", "small", "and", "0", ".", "5", "in", "large", "vessels", ")", "or", "another", "model", ",", "we", "extracted", "the", "number", "of", "downstream", "terminal", "ends", "of", "the", "network", "for", "each", "vessel", "segment", "and", "the", "radius", "of", "that", "segment", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "through", "a", "log", "-", "log", "plot", "of", "the", "data", "(", "fig", ".", "5c", "##ii", ")", ",", "the", "theoretical", "value", "of", "the", "exponent", "a", "was", "found", "to", "be", "0", ".", "55", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "value", "is", "higher", "than", "murray", "’", "s", "law", "and", "closer", "to", "the", "web", "model", "and", "the", "values", "found", "in", "ref", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "the", "human", "pulmonary", "artery", "system", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "we", "then", "sought", "to", "compare", "heterogeneity", "in", "morphology", "of", "the", "human", "kidney", "vasculature", "according", "to", "anatomical", "regions", "within", "the", "human", "kidney", ",", "which", "may", "reflect", "special", "##ised", "vascular", "functions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "example", ",", "the", "medulla", "of", "the", "kidney", "is", "predominantly", "vascular", "##ised", "by", "vas", "##a", "rect", "##a", ";", "special", "##ised", "capillaries", "which", "possess", "low", "oxygen", "tension", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "configuration", "leads", "to", "physiological", "hypoxia", "that", "is", "inherent", "to", "the", "medulla", "’", "s", "urinary", "concentration", "mechanisms", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "further", "reflecting", "the", "importance", "of", "vascular", "morphology", "is", "the", "long", "##standing", "hypothesis", ",", "supported", "by", "blood", "oxygenation", "level", "-", "dependent", "mri", "studies", ",", "that", "vascular", "rare", "##faction", "in", "ckd", "results", "in", "hypoxia", "within", "the", "kidney", "cortex", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "in", "turn", ",", "this", "stimulates", "neighbouring", "cells", "into", "a", "pro", "-", "fibrotic", "phenotype", ",", "manifest", "##ing", "in", "replacement", "of", "normal", "kidney", "tissue", "by", "fibrosis", "and", "her", "##ald", "##ing", "loss", "of", "organ", "function", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]
[ "thus", ",", "regional", "heterogeneity", "of", "vascular", "morphology", "is", "fundamental", "for", "sustaining", "local", "microenvironment", "##al", "features", ",", "such", "as", "hypoxia", ",", "that", "influence", "special", "##ised", "organ", "functions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "regional", "heterogeneity", "in", "vascular", "structure", "has", "not", "been", "quantitatively", "explored", "in", "the", "human", "kidney", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "lever", "##aging", "the", "contrast", "-", "free", "approach", "of", "hip", "-", "ct", ",", "we", "were", "able", "to", "segment", "the", "kidney", "into", "known", "anatomical", "compartments", ",", "including", "hil", "##um", ",", "medulla", ",", "intram", "##ed", "##ullary", "kidney", "columns", "and", "cortex", "(", "fig", ".", "6a", "##i", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "compartmental", "##ised", "the", "vascular", "network", "according", "to", "these", "anatomical", "compartments", "(", "fig", ".", "6a", "##ii", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "total", "tissue", "volume", "of", "each", "compartment", ",", "in", "addition", "to", "the", "number", "of", "vessels", ",", "length", ",", "radius", "and", "volume", "of", "segmented", "vessels", "within", "each", "compartment", ",", "were", "quantified", "(", "table", "2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "most", "of", "the", "tissue", "volume", "of", "the", "human", "kidney", "was", "occupied", "by", "the", "cortex", "(", "63", ".", "7", "%", ")", "as", "compared", "with", "the", "medulla", "(", "23", ".", "5", "%", ")", ",", "hil", "##um", "(", "8", ".", "7", "%", ")", "or", "interm", "##ed", "##ullary", "pill", "##ars", "(", "4", ".", "1", "%", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "number", "of", "segments", "of", "the", "vascular", "network", "within", "each", "compartment", "followed", "this", "trend", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "then", "quantified", "(", "fig", ".", "6a", "##iii", ")", "and", "mapped", "(", "fig", ".", "6b", "##i", "–", "bi", "##ii", ")", "the", "inter", "-", "vessel", "distance", ",", "compartmental", "##ised", "by", "hil", "##um", ",", "medulla", ",", "cortex", ",", "and", "interm", "##ed", "##ullary", "pill", "##ars", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "mean", "inter", "-", "vessel", "distances", "were", "calculated", "for", "each", "compartment", ",", "assessing", "the", "distribution", "of", "inter", "-", "vessel", "distance", "from", "the", "renal", "artery", "down", "to", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", "(", "table", "2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "medulla", "had", "the", "highest", "inter", "-", "vessel", "distance", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "whilst", "the", "cortex", "had", "a", "comparatively", "smaller", "inter", "-", "vessel", "distance", "than", "medulla", "and", "hil", "##um", ",", "a", "large", "standard", "deviation", "for", "this", "value", "was", "noted", "within", "the", "cortex", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "this", "is", "illustrated", "by", "the", "heatmap", "in", "fig", ".", "6b", "##i", ",", "bi", "##i", ",", "which", "identified", "small", "areas", "with", "inter", "-", "vessel", "distance", ">", "4", ".", "5", "mm", "localised", "towards", "the", "kidney", "capsule", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "table", "2", "human", "kidney", "vascular", "branching", "metrics", "compartmental", "##ised", "by", "spatial", "zone", "with", "the", "organ", "cortex", "medulla", "hil", "##um", "interm", "##ed", "##ullary", "pill", "##ars", "organ", "volume", "of", "tissue", ",", "×", "##10", "µm", "(", "%", "of", "total", ")", "8", ".", "70", "(", "63", ".", "7", "%", ")", "3", ".", "21", "(", "23", ".", "5", "%", ")", "1", ".", "18", "(", "8", ".", "66", "%", ")", "0", ".", "57", "(", "4", ".", "14", "%", ")", "13", ".", "7", "(", "100", "%", ")", "number", "of", "segments", "", "(", "%", "of", "total", ")", "61", "##41", "(", "60", ".", "27", "%", ")", "55", "##4", "(", "5", ".", "4", "%", ")", "151", "(", "1", ".", "5", "%", ")", "72", "##7", "(", "7", ".", "1", "%", ")", "10", ",", "190", "(", "100", "%", ")", "mean", "segment", "length", ",", "µm", "±", "std", "1999", "±", "137", "##4", "149", "##3", "±", "111", "##3", "399", "##3", "±", "356", "##8", "172", "##0", "±", "138", "##6", "226", "##0", "±", "172", "##0", "mean", "segment", "radius", ",", "µm", "±", "std", "48", "±", "12", ".", "6", "95", "±", "49", "49", "##6", "±", "335", "136", "±", "80", "71", "±", "87", "mean", "inter", "-", "vessel", "distances", ",", "×", "##10", "µm", "±", "std", "1", ".", "10", "±", "0", ".", "67", "##7", "1", ".", "55", "±", "0", ".", "88", "##1", "1", ".", "55", "±", "1", ".", "312", "0", ".", "66", "##4", "±", "0", ".", "543", "1", ".", "2", "±", "0", ".", "83", "##3", "mean", "segment", "volume", ",", "×", "##10", "µm", "±", "std", "0", ".", "148", "±", "0", ".", "116", "0", ".", "62", "##3", "±", "1", ".", "12", "69", ".", "0", "±", "147", "1", ".", "73", "±", "4", ".", "48", "1", ".", "65", "±", "20", ".", "6", "mean", "segment", "tort", "##uo", "##si", "##ty", "±", "std", "1", ".", "14", "±", "0", ".", "17", "1", ".", "08", "±", "0", ".", "13", "1", ".", "08", "±", "0", ".", "1", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "12", "1", ".", "15", "±", "0", ".", "18", "", "segments", "that", "crossed", "over", "two", "regions", "were", "excluded", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "B-Tissue", "B-Tissue", "B-Tissue", "I-Tissue", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "human", "kidney", "vascular", "branching", "metrics", "compartmental", "##ised", "by", "spatial", "zone", "with", "the", "organ", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "owing", "to", "the", "limited", "volume", "of", "tissue", "that", "can", "be", "imaged", "at", "high", "resolution", "using", "ex", "vivo", "3d", "imaging", "modalities", ",", "such", "as", "μ", "##ct", "and", "lights", "##heet", "microscopy", ",", "and", "insufficient", "resolution", "of", "technologies", "routinely", "used", "in", "clinical", "practice", ",", "such", "as", "ct", "and", "mri", ";", "it", "had", "previously", "been", "impr", "##actic", "##al", "to", "capture", "the", "vascular", "network", "of", "the", "intact", "adult", "human", "kidney", "beyond", "the", "very", "largest", "arteries", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "here", ",", "using", "a", "synchrotron", "-", "phase", "contrast", "tomography", "technique", ",", "termed", "hip", "-", "ct", ",", "we", "were", "able", "to", "image", ",", "segment", "and", "quantify", "the", "human", "kidney", "arterial", "network", "within", "an", "intact", "human", "kidney", "from", "renal", "artery", "to", "down", "to", "the", "level", "of", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", ",", "without", "the", "need", "for", "exogenous", "contrast", "agents", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "with", "hip", "-", "ct", ",", "we", "show", "that", "vessels", "which", "have", "not", "been", "imaged", "in", "the", "intact", "human", "kidney", "previously", ",", "namely", "the", "interl", "##obar", "to", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", ",", "occupy", "approximately", "20", "%", "of", "the", "arterial", "vascular", "volume", "of", "the", "organ", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "by", "imaging", "vo", "##is", "in", "the", "intact", "kidney", "at", "higher", "resolution", ",", "and", "aligning", "this", "with", "our", "lower", "resolution", "scans", ",", "we", "further", "demonstrate", "that", ",", "akin", "to", "rat", ",", "and", "varying", "from", "the", "traditional", "hierarchy", "of", "the", "kidney", "vasculature", "observed", "in", "neph", "##rology", "and", "anatomical", "text", "##book", "##s", ",", "glomeruli", "in", "humans", "can", "originate", "from", "non", "-", "terminal", "arterioles", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "in", "further", "comparisons", "with", "the", "rat", "kidney", "vasculature", ",", "we", "found", "that", "although", "similar", "trends", "in", "vascular", "radius", "were", "seen", ",", "there", "was", "a", "significant", "difference", "in", "the", "change", "in", "radius", "with", "vessel", "order", "between", "species", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "may", "be", "explained", "by", "the", "larger", "radii", "range", "in", "the", "human", "kidney", "between", "renal", "artery", "and", "afferent", "arterioles", ",", "relative", "to", "the", "volume", "of", "the", "human", "kidney", ";", "but", "could", "also", "be", "dependent", "on", "the", "difference", "in", "approach", "to", "calculation", "of", "the", "stra", "##hl", "##er", "order", "for", "each", "study", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "we", "also", "found", "that", "the", "exponent", "for", "radial", "scaling", "is", "closer", "to", "the", "wb", "##e", "model", "(", "0", ".", "5", ")", "than", "murray", "’", "s", "law", "value", "of", "0", ".", "33", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "is", "broadly", "in", "alignment", "with", "previous", "work", ",", "where", "exponent", "##s", "of", "0", ".", "47", "–", "0", ".", "58", "were", "found", "for", "trees", "with", "vascular", "diameters", "≥2", "##00", "µm", "and", "70", "–", "20", "##≥", "µm", ",", "respectively", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "wide", "variation", "between", "theoretical", "exponent", "##s", "and", "those", "derived", "from", "real", "imaging", "data", "is", "widely", "accepted", "and", "often", "attributed", "to", "the", "complexity", "of", "real", "vessels", "including", "factors", "such", "as", "mechanical", "strain", ",", "the", "elastic", "nature", "of", "arteries", "during", "pulsatile", "flow", "and", "turb", "##ulent", "flow", "patterns", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "specific", "to", "the", "kidney", ",", "while", "murray", "’", "s", "law", "or", "the", "wb", "##e", "model", "assume", "ideal", "##ised", "flow", "-", "optim", "##ised", "network", ",", "or", "ideal", "fractal", "scaling", ",", "kidneys", "likely", "exhibit", "non", "-", "optimal", "but", "functional", "scaling", "due", "to", "their", "high", "-", "resistance", ",", "low", "-", "compliance", "vascular", "network", "which", "is", "needed", "to", "support", "hemodynamic", "fluctuations", "due", "to", "changes", "in", "glomerular", "filtration", "and", "autoreg", "##ulation", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "it", "should", "also", "be", "noted", "that", "due", "to", "the", "ex", "vivo", "nature", "of", "hip", "-", "ct", ",", "and", "the", "consequent", "lack", "of", "vascular", "tone", ",", "extracting", "such", "radial", "scaling", "laws", "from", "these", "data", "may", "have", "additional", "sources", "of", "error", "compared", "to", "in", "vivo", "imaging", "techniques", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "deviations", "from", "theoretical", "laws", "support", "the", "idea", "that", "vascular", "systems", "adapt", "based", "on", "tissue", "-", "specific", "demands", "rather", "than", "universal", "optim", "##isation", "principles", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "idea", "can", "be", "further", "supported", "by", "examining", "regional", "heterogeneity", "of", "vascular", "morphology", "in", "different", "anatomical", "zones", "of", "the", "kidney", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "the", "segmentation", "of", "hil", "##ar", ",", "medullary", ",", "intram", "##ed", "##ullary", "and", "cortical", "zones", "of", "hip", "-", "ct", "images", "from", "the", "same", "kidney", "support", "this", "hypothesis", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "example", ",", "the", "increased", "inter", "-", "vessel", "distance", "observed", "within", "the", "medulla", ",", "as", "compared", "to", "the", "cortex", ",", "is", "pertinent", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "medulla", "experiences", "physiological", "hypoxia", ",", "and", "increased", "inter", "-", "vessel", "distance", ",", "paired", "with", "the", "oxygen", "diffusion", "limit", ",", "provides", "a", "potential", "anatomical", "rational", "for", "this", "phenomenon", ",", "in", "addition", "to", "the", "unique", "solute", "and", "gas", "exchange", "mechanisms", "that", "take", "part", "in", "this", "region", "of", "the", "kidney", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "the", "data", "provided", "in", "this", "study", ",", "and", "resultant", "insights", "into", "how", "morphology", "of", "the", "kidney", "vasculature", "varies", "by", "different", "renal", "compartments", ",", "could", "shed", "light", "on", "the", "mechanisms", "underpinning", "the", "unique", "cellular", "and", "molecular", "adaptations", "of", "special", "##ised", "endoth", "##elia", "across", "the", "kidney", "vascular", "network", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "our", "pipeline", "and", "the", "hip", "-", "ct", "data", "provide", "a", "framework", "to", "potentially", "study", "how", "the", "vasculature", "within", "each", "anatomical", "compartments", "is", "differentially", "affected", "by", "kidney", "disease", ",", "with", "potential", "for", "understanding", "the", "basis", "of", "vascular", "rare", "##faction", "and", "pathological", "hypoxia", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "further", "studies", "with", "higher", "resolution", "hip", "-", "ct", "or", "with", "microf", "##ill", "of", "the", "human", "kidney", "could", "potentially", "preserve", "vessel", "radius", "more", "ac", "curate", "ly", "and", "resolve", "capillaries", "allowing", "extension", "of", "the", "work", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "such", "information", "is", "important", "to", "acquire", "in", "human", "samples", ",", "as", "it", "could", "potentially", "influence", "simulations", "of", "haemodynamic", "##s", ",", "oxygenation", "or", "drug", "delivery", ";", "and", "generation", "of", "synthetic", "vessel", "trees", "for", "in", "silico", "experiments", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "the", "human", "kidney", "vasculature", "is", "ex", "##quisite", "##ly", "special", "##ised", "to", "meet", "the", "physiological", "demands", "of", "the", "kidney", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "underpinning", "this", "special", "##isation", "is", "the", "cellular", "and", "molecular", "heterogeneity", "of", "endothelial", "beds", "within", "the", "renal", "vasculature", ",", "of", "which", "we", "are", "gaining", "an", "increasing", "understanding", "due", "to", "the", "advent", "of", "improved", "techniques", "such", "as", "single", "-", "cell", "and", "spatially", "-", "resolved", "transcriptomic", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "rapid", "and", "recent", "advances", "in", "our", "understanding", "of", "cellular", "and", "molecular", "heterogeneity", "of", "the", "kidney", "vasculature", "has", "not", "been", "matched", "by", "structural", "insights", ",", "likely", "because", "of", "limitations", "in", "imaging", "technologies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "have", "overcome", "many", "of", "these", "limitations", "using", "hip", "-", "ct", ",", "where", "the", "exceptional", "contrast", ",", "coupled", "with", "appreciable", "spatial", "resolution", "at", "scale", ",", "allows", "us", "to", "capture", "and", "segment", "the", "3d", "vascular", "architecture", "of", "an", "intact", "human", "kidney", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "furthermore", ",", "within", "high", "-", "resolution", "vo", "##is", ",", "hip", "-", "ct", "allows", "glomeruli", "and", "afferent", "arterioles", "to", "be", "segmented", "and", ",", "in", "selected", "cases", ",", "be", "connected", "back", "to", "the", "vascular", "tree", "of", "the", "intact", "whole", "organ", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "robust", "and", "reproducible", "analysis", "of", "vascular", "networks", "relies", "on", "the", "careful", "application", "of", "a", "multi", "-", "stage", "image", "processing", "pipeline", ",", "which", "we", "have", "outlined", "in", "this", "paper", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "have", "developed", "an", "approach", "which", "util", "##ises", "multiple", "annot", "##ators", "and", "comparison", "to", "higher", "resolution", "scans", "to", "validate", "segmentation", "accuracy", "as", "a", "crucial", "first", "step", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "following", "segmentation", ",", "we", "have", "developed", "a", "skeleton", "##isation", "approach", ",", "which", "can", "be", "scaled", "to", "large", "datasets", ",", "and", "also", "provides", "corrections", "for", "radius", "estimation", "when", "portions", "of", "the", "vasculature", "have", "collapsed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "finally", ",", "we", "applied", "a", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "ordering", "to", "the", "vessel", "spatial", "graph", ",", "providing", "a", "meaningful", "ordering", "system", "with", "respect", "to", "known", "anatomical", "vessel", "descriptions", ",", "as", "well", "as", "facilitating", "quantification", "of", "individual", "vessels", "within", "the", "vascular", "hierarchy", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "by", "developing", "and", "applying", "this", "pipeline", ",", "we", "have", "produced", "quantitative", "vascular", "branching", "metrics", "from", "an", "intact", "human", "organ", "for", "the", "first", "time", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "metrics", "exceed", "other", "studies", "on", "cadaveric", "human", "kidney", "cast", "and", "dye", "injections", ",", "which", "report", "arterial", "branches", "corresponding", "to", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "orders", "7", "–", "9", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "provide", "quantitative", "comparison", "between", "the", "human", "kidney", "vasculature", "and", "that", "of", "the", "rat", ",", "the", "latter", "of", "which", "has", "been", "key", "for", "inputs", "to", "generate", "biophysical", "models", "of", "kidney", "haemodynamic", "##s", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "the", "quantitative", "analysis", "pipeline", "performed", "in", "this", "paper", "serves", "multiple", "purposes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "first", ",", "it", "allows", "the", "whole", "kidney", "vasculature", "dataset", "to", "be", "represented", "in", "a", "single", "spatial", "graph", ",", "comprising", "only", "kil", "##ob", "##ytes", "of", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "spatial", "graph", ",", "which", "is", "provided", "as", "supplementary", "data", ",", "is", "readily", "quantif", "##iable", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "whereas", "prior", "simulations", "of", "kidney", "haemodynamic", "##s", "and", "perfusion", "have", "relied", "on", "seminal", "μ", "##ct", "studies", "performed", "in", "rat", ",", "we", "provide", ",", "for", "the", "first", "time", ",", "a", "map", "of", "the", "kidney", "arterial", "network", "from", "renal", "artery", "to", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "we", "demonstrated", "our", "segmentation", "approach", "to", "be", "ac", "curate", ",", "with", "97", "%", "of", "vessels", "of", ">", "50", "µm", "radius", "captured", "across", "the", "intact", "human", "kidney", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "these", "data", "thus", "provide", "vital", "inputs", "for", "biophysical", "modelling", "of", "kidney", "physiology", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "data", "also", "serves", "as", "a", "reference", "to", "study", "kidney", "diseases", ",", "in", "which", "vascular", "rare", "##faction", "is", "a", "pathophysiological", "hallmark", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "pipeline", "described", "could", "be", "used", "to", "generate", "vascular", "maps", "from", "multiple", "kidneys", ",", "or", "other", "human", "organs", ",", "potenti", "##ating", "spatial", "‘", "atlas", "##es", "’", "of", "human", "organ", "vasculature", "across", "healthy", "and", "pathological", "contexts", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "beyond", "these", ",", "our", "open", "##ly", "available", "dataset", "has", "immediate", "practical", "applications", ",", "such", "as", "providing", "inputs", "for", "biop", "##rin", "##ting", "and", "tissue", "engineering", "of", "artificial", "kidneys", "or", "planning", "surgical", "resection", "of", "kidney", "tumours", "whilst", "preserving", "kidney", "function", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "datasets", "can", "also", "be", "used", "as", "a", "tool", "for", "medical", "education", "and", "training", ",", "as", "well", "as", "for", "the", "creation", "and", "advancement", "of", "surgical", "methods", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "there", "are", "several", "limitations", "of", "this", "work", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "firstly", ",", "the", "low", "throughput", "of", "hip", "-", "ct", "vascular", "segmentation", "warrants", "discussion", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "here", ",", "we", "present", "the", "complete", "analysis", "from", "a", "single", "kidney", "as", "a", "framework", "for", "future", "studies", "of", "kidneys", "in", "health", "and", "disease", "or", "other", "intact", "human", "organs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "the", "accuracy", "of", "the", "segmentation", ",", "however", ",", "lay", "##s", "a", "foundation", "for", "tools", "such", "as", "machine", "learning", "methods", "for", "automate", "d", "segmentation", "of", "blood", "vasculature", "from", "imaging", "data", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "hip", "-", "ct", "imaging", "still", "cannot", "resolve", "afferent", "arteri", "##ole", "or", "capillary", "resolution", "across", "the", "whole", "organ", ",", "meaning", "that", "the", "contributions", "of", "peri", "##t", "##ub", "##ular", "capillaries", "or", "vas", "##a", "rect", "##a", "are", "not", "incorporated", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "also", "creates", "challenges", "for", "applying", "ordering", "schemes", "such", "as", "the", "stra", "##hl", "##er", "order", ",", "where", "the", "true", "0", "##th", "order", "is", "the", "capillary", "bed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "previous", "approaches", "to", "estimating", "the", "distance", "of", "a", "terminal", "end", "in", "a", "truncated", "network", "from", "the", "capillary", "bed", "have", "relied", "on", "util", "##ising", "diameter", "measurements", "of", "vessels", "to", "iteratively", "update", "the", "stra", "##hl", "##er", "order", "of", "terminal", "ends", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "this", "facilitates", "the", "creation", "of", "a", "connectivity", "matrix", "to", "estimate", "the", "downstream", "network", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "diameter", "estimation", "is", "less", "ac", "curate", "for", "hip", "-", "ct", ",", "where", "vascular", "collapse", "makes", "radius", "estimates", "less", "consistent", "than", ",", "for", "example", ",", "when", "using", "microf", "##ill", "techniques", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "using", "the", "high", "-", "resolution", "vo", "##is", ",", "we", "also", "demonstrated", "that", "glomeruli", "frequently", "eman", "##ate", "from", "non", "-", "terminal", "arterioles", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "without", "connecting", "on", "the", "order", "of", "1000", "##s", "of", "glomeruli", "back", "to", "the", "main", "vascular", "tree", "as", "performed", "for", "small", "portions", "of", "rat", "kidney", ",", "a", "connectivity", "matrix", "cannot", "be", "developed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "the", "utility", "of", "any", "vascular", "classification", "scheme", "relies", "upon", "the", "ability", "to", "disting", "ui", "##sh", "morphologically", "distinc", "t", "vessel", "types", ",", "and", "to", "show", "logarithmic", "relations", "between", "morphology", "and", "classification", "orders", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "approach", "creates", "vessel", "orders", "which", "are", "able", "to", "separate", "morphologically", "distinc", "t", "vessels", "(", "supplementary", "note", "4", ")", ",", "as", "well", "as", "demonstrating", "logarithmic", "relationships", "for", "radius", "and", "vessel", "number", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "also", "found", "that", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "ordering", "also", "align", "##s", "well", "with", "the", "anatomically", "defined", "vessel", "classifications", ",", "as", "was", "the", "case", "for", "rat", "kidney", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "vascular", "network", "geometric", "properties", ",", "including", "vessel", "diameters", ",", "lengths", "and", "branching", "angles", ",", "are", "key", "metrics", "for", "quantitative", "and", "objective", "comparison", "of", "vascular", "networks", "in", "health", "or", "disease", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "thus", ",", "we", "extracted", "and", "reported", "the", "metrics", "for", "the", "human", "kidney", "vasculature", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "data", "were", "grouped", "according", "to", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "(", "fig", ".", "4", ",", "table", "1", ")", "to", "enable", "quantitative", "comparison", "to", "rat", "and", "other", "human", "organ", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "raw", "data", "for", "each", "segment", ",", "which", "may", "serve", "as", "inputs", "for", "computational", "models", ",", "have", "been", "provided", "as", "supplementary", "information", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "table", "1", "human", "kidney", "vascular", "branching", "metrics", "by", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "generation", "(", "means", "with", "standard", "deviation", "are", "shown", ")", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "no", ".", "of", "segments", "radi", "##um", "(", "µm", ")", "length", "µm", "×", "10", "tort", "##uo", "##si", "##ty", "length", ":", "diameter", "vol", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "×", "10", "µm", "branching", "angle", "iv", "##d", "µm", "×", "10", "1", "510", "##5", "45", "±", "5", "2", ".", "6", "±", "1", ".", "7", "1", ".", "2", "±", "0", ".", "20", "57", ".", "4", "±", "36", "0", ".", "18", "±", "0", ".", "22", "129", "±", "28", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "4", "2", "303", "##0", "56", "±", "15", "1", ".", "8", "±", "1", ".", "4", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "16", "32", ".", "3", "±", "26", "0", ".", "21", "±", "0", ".", "46", "128", "±", "29", "0", ".", "9", "±", "0", ".", "4", "3", "129", "##5", "95", "±", "37", "1", ".", "8", "±", "1", ".", "4", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "14", "20", ".", "2", "±", "18", "6", ".", "7", "±", "10", ".", "3", "128", "±", "29", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "4", "4", "51", "##6", "165", "±", "60", "2", ".", "3", "±", "1", ".", "9", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "13", "14", ".", "6", "±", "12", "25", ".", "5", "±", "34", ".", "9", "135", "±", "29", "1", ".", "4", "±", "0", ".", "5", "5", "150", "294", "±", "110", "3", ".", "3", "±", "2", ".", "6", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "05", "12", ".", "2", "±", "9", ".", "4", "11", ".", "3", "±", "17", ".", "1", "142", "±", "25", "1", ".", "8", "±", "0", ".", "7", "6", "69", "68", "##4", "±", "250", "4", ".", "3", "±", "3", ".", "1", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "06", "6", ".", "5", "±", "4", ".", "5", "84", ".", "6", "±", "104", "149", "±", "21", "2", ".", "9", "±", "0", ".", "7", "7", "20", "83", "##9", "±", "251", "7", ".", "2", "±", "4", ".", "9", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "05", "8", ".", "5", "±", "4", ".", "8", "223", "±", "302", "148", "±", "24", "6", ".", "1", "±", "1", ".", "5", "8", "4", "87", "##7", "±", "188", "8", ".", "1", "±", "4", ".", "7", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "07", "9", ".", "6", "±", "6", ".", "3", "227", "±", "159", "141", "±", "6", "4", ".", "7", "±", "1", ".", "5", "9", "1", "292", "##3", "66", "##9", "1", ".", "0", "0", ".", "2", "180", "-", "-", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "further", "quantitative", "analysis", "of", "the", "human", "kidney", "vascular", "network", "revealed", "that", ",", "as", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "increased", ",", "there", "was", "a", "reduction", "in", "the", "ratio", "of", "vessel", "length", ":", "diameter", "(", "fig", ".", "4b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "contrast", ",", "the", "mean", "radius", "(", "fig", ".", "4e", ")", "and", "inter", "-", "vessel", "distance", "increased", "(", "fig", ".", "4f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "tort", "##uo", "##si", "##ty", "did", "not", "vary", "significantly", "with", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "(", "fig", ".", "4d", ")", ";", "with", "most", "segments", "possessing", "tort", "##uo", "##si", "##ty", "close", "to", "1", ",", "thus", "implying", "limited", "deviation", "from", "a", "straight", "path", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "findings", "are", "consistent", "with", "anticipated", "trends", "for", "a", "healthy", "tissue", ",", "wherein", "a", "vascular", "network", "is", "assumed", "to", "be", "a", "fractal", "structure", ",", "with", "branching", "pattern", "driven", "by", "optim", "##ised", "delivery", "of", "blood", "to", "the", "whole", "organ", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "interestingly", ",", "within", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "orders", "8", "–", "6", ",", "the", "mean", "branching", "angle", "was", "approximately", "150", "##°", ",", "decreasing", "to", "130", "##°", "for", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "orders", "3", "–", "1", "(", "fig", ".", "4c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "importantly", ",", "the", "latter", "value", "of", "130", "##°", "is", "the", "predicted", "optimal", "theoretical", "branching", "angle", "for", "volume", "-", "constrained", "vascular", "growth", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "simulation", "of", "kidney", "haemodynamic", "##s", "has", "previously", "been", "performed", "using", "μ", "##ct", "data", "from", "the", "rat", "kidney", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "to", "facilitate", "comparison", "between", "existing", "rat", "data", "and", "our", "human", "hip", "-", "ct", "results", ",", "we", "aligned", "our", "network", "based", "on", "the", "stra", "##hl", "##er", "order", "allocated", "to", "the", "segmental", "arteries", ",", "thus", "aligning", "stra", "##hl", "##er", "order", "9", "in", "the", "previously", "published", "rat", "dataset", "to", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "8", "of", "our", "human", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "then", "related", "normalised", "vessel", "metrics", "from", "each", "species", ",", "matching", "anatomically", "defined", "vessel", "types", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]

[ "the", "expected", "increase", "in", "vessel", "radius", "with", "order", "followed", "a", "similar", "trend", "between", "human", "and", "rat", "kidney", "(", "fig", ".", "5a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", "human", "kidney", "vessel", "radii", "increased", "to", "a", "greater", "extent", "across", "stra", "##hl", "##er", "orders", "than", "in", "the", "rat", "kidney", ",", "evaluated", "based", "on", "a", "fit", "of", "log", "(", "radius", ")", "to", "stra", "##hl", "##er", "order", "(", "fig", ".", "5b", ")", ",", "(", "p", "<", "0", ".", "0001", "sum", "-", "of", "-", "f", "test", "f", "(", "df", "##n", ",", "df", "##d", ")", "=", "700", ".", "6", "(", "2", ",", "12", ")", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "provide", "additional", "insights", "into", "this", "difference", "observed", "between", "human", "and", "rat", "kidneys", ",", "we", "extracted", "radial", "scaling", "exponent", "##s", "of", "the", "human", "vascular", "network", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "the", "radial", "scaling", "exponent", "provides", "insight", "into", "how", "the", "network", "has", "structurally", "developed", "with", "respect", "to", "its", "functions", "such", "as", "the", "efficiency", "of", "blood", "flow", "and", "nutrient", "delivery", "to", "meet", "metabolic", "demands", "and", "minimise", "flow", "resistance", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "exponent", "##s", "of", "0", ".", "33", "and", "0", ".", "5", "each", "have", "theoretical", "bases", "in", "different", "models", ",", "(", "i", ")", "murray", "’", "s", "law", "(", "expected", "exponent", "of", "0", ".", "33", "for", "all", "the", "whole", "network", ",", "derived", "from", "considering", "the", "energy", "balance", "between", "energy", "of", "flow", "and", "viscous", "drag", ")", ",", "(", "ii", ")", "the", "west", "-", "brown", "-", "en", "##quist", "(", "wb", "##e", ")", "model", "which", "predicts", "0", ".", "5", "in", "larger", "vessels", "and", "0", ".", "33", "in", "smaller", "vessels", ",", "resulting", "from", "balancing", "the", "energy", "for", "metabolic", "distribution", "of", "blood", "across", "a", "fractal", "-", "like", "network", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "deviations", "from", "these", "exponent", "values", "and", "other", "variants", "of", "vascular", "scaling", "models", "have", "been", "widely", "reported", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "previously", "in", "the", "rat", "kidney", ",", "nord", "##s", "##lett", "##en", "et", "al", ".", "demonstrated", "a", "deviation", "from", "murray", "’", "s", "law", "by", "~", "1", "%", "for", "the", "rat", "kidney", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "figure", "5c", "##i", "shows", "the", "cube", "##d", "parent", "radius", "plotted", "against", "the", "cube", "sum", "of", "the", "child", "radii", "for", "our", "dataset", ",", "the", "theoretical", "murray", "’", "s", "law", "is", "overlaid", "(", "orange", "hatched", ")", "to", "allow", "qualitative", "comparison", "to", "previous", "literature", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "quantitatively", "evaluate", "whether", "our", "data", "are", "better", "represented", "by", "murray", "’", "s", "law", "(", "expected", "radial", "scaling", "exponent", "0", ".", "33", ")", "the", "wb", "##e", "model", "(", "radial", "scaling", "exponent", "0", ".", "33", "in", "small", "and", "0", ".", "5", "in", "large", "vessels", ")", "or", "another", "model", ",", "we", "extracted", "the", "number", "of", "downstream", "terminal", "ends", "of", "the", "network", "for", "each", "vessel", "segment", "and", "the", "radius", "of", "that", "segment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "through", "a", "log", "-", "log", "plot", "of", "the", "data", "(", "fig", ".", "5c", "##ii", ")", ",", "the", "theoretical", "value", "of", "the", "exponent", "a", "was", "found", "to", "be", "0", ".", "55", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "value", "is", "higher", "than", "murray", "’", "s", "law", "and", "closer", "to", "the", "web", "model", "and", "the", "values", "found", "in", "ref", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "the", "human", "pulmonary", "artery", "system", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "we", "then", "sought", "to", "compare", "heterogeneity", "in", "morphology", "of", "the", "human", "kidney", "vasculature", "according", "to", "anatomical", "regions", "within", "the", "human", "kidney", ",", "which", "may", "reflect", "special", "##ised", "vascular", "functions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "example", ",", "the", "medulla", "of", "the", "kidney", "is", "predominantly", "vascular", "##ised", "by", "vas", "##a", "rect", "##a", ";", "special", "##ised", "capillaries", "which", "possess", "low", "oxygen", "tension", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "configuration", "leads", "to", "physiological", "hypoxia", "that", "is", "inherent", "to", "the", "medulla", "’", "s", "urinary", "concentration", "mechanisms", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "further", "reflecting", "the", "importance", "of", "vascular", "morphology", "is", "the", "long", "##standing", "hypothesis", ",", "supported", "by", "blood", "oxygenation", "level", "-", "dependent", "mri", "studies", ",", "that", "vascular", "rare", "##faction", "in", "ckd", "results", "in", "hypoxia", "within", "the", "kidney", "cortex", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "in", "turn", ",", "this", "stimulates", "neighbouring", "cells", "into", "a", "pro", "-", "fibrotic", "phenotype", ",", "manifest", "##ing", "in", "replacement", "of", "normal", "kidney", "tissue", "by", "fibrosis", "and", "her", "##ald", "##ing", "loss", "of", "organ", "function", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]

[ "thus", ",", "regional", "heterogeneity", "of", "vascular", "morphology", "is", "fundamental", "for", "sustaining", "local", "microenvironment", "##al", "features", ",", "such", "as", "hypoxia", ",", "that", "influence", "special", "##ised", "organ", "functions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "regional", "heterogeneity", "in", "vascular", "structure", "has", "not", "been", "quantitatively", "explored", "in", "the", "human", "kidney", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "lever", "##aging", "the", "contrast", "-", "free", "approach", "of", "hip", "-", "ct", ",", "we", "were", "able", "to", "segment", "the", "kidney", "into", "known", "anatomical", "compartments", ",", "including", "hil", "##um", ",", "medulla", ",", "intram", "##ed", "##ullary", "kidney", "columns", "and", "cortex", "(", "fig", ".", "6a", "##i", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "compartmental", "##ised", "the", "vascular", "network", "according", "to", "these", "anatomical", "compartments", "(", "fig", ".", "6a", "##ii", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "total", "tissue", "volume", "of", "each", "compartment", ",", "in", "addition", "to", "the", "number", "of", "vessels", ",", "length", ",", "radius", "and", "volume", "of", "segmented", "vessels", "within", "each", "compartment", ",", "were", "quantified", "(", "table", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "most", "of", "the", "tissue", "volume", "of", "the", "human", "kidney", "was", "occupied", "by", "the", "cortex", "(", "63", ".", "7", "%", ")", "as", "compared", "with", "the", "medulla", "(", "23", ".", "5", "%", ")", ",", "hil", "##um", "(", "8", ".", "7", "%", ")", "or", "interm", "##ed", "##ullary", "pill", "##ars", "(", "4", ".", "1", "%", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "number", "of", "segments", "of", "the", "vascular", "network", "within", "each", "compartment", "followed", "this", "trend", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "then", "quantified", "(", "fig", ".", "6a", "##iii", ")", "and", "mapped", "(", "fig", ".", "6b", "##i", "–", "bi", "##ii", ")", "the", "inter", "-", "vessel", "distance", ",", "compartmental", "##ised", "by", "hil", "##um", ",", "medulla", ",", "cortex", ",", "and", "interm", "##ed", "##ullary", "pill", "##ars", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "mean", "inter", "-", "vessel", "distances", "were", "calculated", "for", "each", "compartment", ",", "assessing", "the", "distribution", "of", "inter", "-", "vessel", "distance", "from", "the", "renal", "artery", "down", "to", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", "(", "table", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "medulla", "had", "the", "highest", "inter", "-", "vessel", "distance", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "whilst", "the", "cortex", "had", "a", "comparatively", "smaller", "inter", "-", "vessel", "distance", "than", "medulla", "and", "hil", "##um", ",", "a", "large", "standard", "deviation", "for", "this", "value", "was", "noted", "within", "the", "cortex", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "this", "is", "illustrated", "by", "the", "heatmap", "in", "fig", ".", "6b", "##i", ",", "bi", "##i", ",", "which", "identified", "small", "areas", "with", "inter", "-", "vessel", "distance", ">", "4", ".", "5", "mm", "localised", "towards", "the", "kidney", "capsule", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "table", "2", "human", "kidney", "vascular", "branching", "metrics", "compartmental", "##ised", "by", "spatial", "zone", "with", "the", "organ", "cortex", "medulla", "hil", "##um", "interm", "##ed", "##ullary", "pill", "##ars", "organ", "volume", "of", "tissue", ",", "×", "##10", "µm", "(", "%", "of", "total", ")", "8", ".", "70", "(", "63", ".", "7", "%", ")", "3", ".", "21", "(", "23", ".", "5", "%", ")", "1", ".", "18", "(", "8", ".", "66", "%", ")", "0", ".", "57", "(", "4", ".", "14", "%", ")", "13", ".", "7", "(", "100", "%", ")", "number", "of", "segments", "*", "(", "%", "of", "total", ")", "61", "##41", "(", "60", ".", "27", "%", ")", "55", "##4", "(", "5", ".", "4", "%", ")", "151", "(", "1", ".", "5", "%", ")", "72", "##7", "(", "7", ".", "1", "%", ")", "10", ",", "190", "(", "100", "%", ")", "mean", "segment", "length", ",", "µm", "±", "std", "1999", "±", "137", "##4", "149", "##3", "±", "111", "##3", "399", "##3", "±", "356", "##8", "172", "##0", "±", "138", "##6", "226", "##0", "±", "172", "##0", "mean", "segment", "radius", ",", "µm", "±", "std", "48", "±", "12", ".", "6", "95", "±", "49", "49", "##6", "±", "335", "136", "±", "80", "71", "±", "87", "mean", "inter", "-", "vessel", "distances", ",", "×", "##10", "µm", "±", "std", "1", ".", "10", "±", "0", ".", "67", "##7", "1", ".", "55", "±", "0", ".", "88", "##1", "1", ".", "55", "±", "1", ".", "312", "0", ".", "66", "##4", "±", "0", ".", "543", "1", ".", "2", "±", "0", ".", "83", "##3", "mean", "segment", "volume", ",", "×", "##10", "µm", "±", "std", "0", ".", "148", "±", "0", ".", "116", "0", ".", "62", "##3", "±", "1", ".", "12", "69", ".", "0", "±", "147", "1", ".", "73", "±", "4", ".", "48", "1", ".", "65", "±", "20", ".", "6", "mean", "segment", "tort", "##uo", "##si", "##ty", "±", "std", "1", ".", "14", "±", "0", ".", "17", "1", ".", "08", "±", "0", ".", "13", "1", ".", "08", "±", "0", ".", "1", "1", ".", "1", "±", "0", ".", "12", "1", ".", "15", "±", "0", ".", "18", "*", "segments", "that", "crossed", "over", "two", "regions", "were", "excluded", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "B-Tissue", "B-Tissue", "B-Tissue", "I-Tissue", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "human", "kidney", "vascular", "branching", "metrics", "compartmental", "##ised", "by", "spatial", "zone", "with", "the", "organ", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "owing", "to", "the", "limited", "volume", "of", "tissue", "that", "can", "be", "imaged", "at", "high", "resolution", "using", "ex", "vivo", "3d", "imaging", "modalities", ",", "such", "as", "μ", "##ct", "and", "lights", "##heet", "microscopy", ",", "and", "insufficient", "resolution", "of", "technologies", "routinely", "used", "in", "clinical", "practice", ",", "such", "as", "ct", "and", "mri", ";", "it", "had", "previously", "been", "impr", "##actic", "##al", "to", "capture", "the", "vascular", "network", "of", "the", "intact", "adult", "human", "kidney", "beyond", "the", "very", "largest", "arteries", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "here", ",", "using", "a", "synchrotron", "-", "phase", "contrast", "tomography", "technique", ",", "termed", "hip", "-", "ct", ",", "we", "were", "able", "to", "image", ",", "segment", "and", "quantify", "the", "human", "kidney", "arterial", "network", "within", "an", "intact", "human", "kidney", "from", "renal", "artery", "to", "down", "to", "the", "level", "of", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", ",", "without", "the", "need", "for", "exogenous", "contrast", "agents", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "with", "hip", "-", "ct", ",", "we", "show", "that", "vessels", "which", "have", "not", "been", "imaged", "in", "the", "intact", "human", "kidney", "previously", ",", "namely", "the", "interl", "##obar", "to", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", ",", "occupy", "approximately", "20", "%", "of", "the", "arterial", "vascular", "volume", "of", "the", "organ", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "by", "imaging", "vo", "##is", "in", "the", "intact", "kidney", "at", "higher", "resolution", ",", "and", "aligning", "this", "with", "our", "lower", "resolution", "scans", ",", "we", "further", "demonstrate", "that", ",", "akin", "to", "rat", ",", "and", "varying", "from", "the", "traditional", "hierarchy", "of", "the", "kidney", "vasculature", "observed", "in", "neph", "##rology", "and", "anatomical", "text", "##book", "##s", ",", "glomeruli", "in", "humans", "can", "originate", "from", "non", "-", "terminal", "arterioles", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "in", "further", "comparisons", "with", "the", "rat", "kidney", "vasculature", ",", "we", "found", "that", "although", "similar", "trends", "in", "vascular", "radius", "were", "seen", ",", "there", "was", "a", "significant", "difference", "in", "the", "change", "in", "radius", "with", "vessel", "order", "between", "species", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "may", "be", "explained", "by", "the", "larger", "radii", "range", "in", "the", "human", "kidney", "between", "renal", "artery", "and", "afferent", "arterioles", ",", "relative", "to", "the", "volume", "of", "the", "human", "kidney", ";", "but", "could", "also", "be", "dependent", "on", "the", "difference", "in", "approach", "to", "calculation", "of", "the", "stra", "##hl", "##er", "order", "for", "each", "study", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "we", "also", "found", "that", "the", "exponent", "for", "radial", "scaling", "is", "closer", "to", "the", "wb", "##e", "model", "(", "0", ".", "5", ")", "than", "murray", "’", "s", "law", "value", "of", "0", ".", "33", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "is", "broadly", "in", "alignment", "with", "previous", "work", ",", "where", "exponent", "##s", "of", "0", ".", "47", "–", "0", ".", "58", "were", "found", "for", "trees", "with", "vascular", "diameters", "≥2", "##00", "µm", "and", "70", "–", "20", "##≥", "µm", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "wide", "variation", "between", "theoretical", "exponent", "##s", "and", "those", "derived", "from", "real", "imaging", "data", "is", "widely", "accepted", "and", "often", "attributed", "to", "the", "complexity", "of", "real", "vessels", "including", "factors", "such", "as", "mechanical", "strain", ",", "the", "elastic", "nature", "of", "arteries", "during", "pulsatile", "flow", "and", "turb", "##ulent", "flow", "patterns", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "specific", "to", "the", "kidney", ",", "while", "murray", "’", "s", "law", "or", "the", "wb", "##e", "model", "assume", "ideal", "##ised", "flow", "-", "optim", "##ised", "network", ",", "or", "ideal", "fractal", "scaling", ",", "kidneys", "likely", "exhibit", "non", "-", "optimal", "but", "functional", "scaling", "due", "to", "their", "high", "-", "resistance", ",", "low", "-", "compliance", "vascular", "network", "which", "is", "needed", "to", "support", "hemodynamic", "fluctuations", "due", "to", "changes", "in", "glomerular", "filtration", "and", "autoreg", "##ulation", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "it", "should", "also", "be", "noted", "that", "due", "to", "the", "ex", "vivo", "nature", "of", "hip", "-", "ct", ",", "and", "the", "consequent", "lack", "of", "vascular", "tone", ",", "extracting", "such", "radial", "scaling", "laws", "from", "these", "data", "may", "have", "additional", "sources", "of", "error", "compared", "to", "in", "vivo", "imaging", "techniques", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "deviations", "from", "theoretical", "laws", "support", "the", "idea", "that", "vascular", "systems", "adapt", "based", "on", "tissue", "-", "specific", "demands", "rather", "than", "universal", "optim", "##isation", "principles", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "idea", "can", "be", "further", "supported", "by", "examining", "regional", "heterogeneity", "of", "vascular", "morphology", "in", "different", "anatomical", "zones", "of", "the", "kidney", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "the", "segmentation", "of", "hil", "##ar", ",", "medullary", ",", "intram", "##ed", "##ullary", "and", "cortical", "zones", "of", "hip", "-", "ct", "images", "from", "the", "same", "kidney", "support", "this", "hypothesis", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "example", ",", "the", "increased", "inter", "-", "vessel", "distance", "observed", "within", "the", "medulla", ",", "as", "compared", "to", "the", "cortex", ",", "is", "pertinent", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "medulla", "experiences", "physiological", "hypoxia", ",", "and", "increased", "inter", "-", "vessel", "distance", ",", "paired", "with", "the", "oxygen", "diffusion", "limit", ",", "provides", "a", "potential", "anatomical", "rational", "for", "this", "phenomenon", ",", "in", "addition", "to", "the", "unique", "solute", "and", "gas", "exchange", "mechanisms", "that", "take", "part", "in", "this", "region", "of", "the", "kidney", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "the", "data", "provided", "in", "this", "study", ",", "and", "resultant", "insights", "into", "how", "morphology", "of", "the", "kidney", "vasculature", "varies", "by", "different", "renal", "compartments", ",", "could", "shed", "light", "on", "the", "mechanisms", "underpinning", "the", "unique", "cellular", "and", "molecular", "adaptations", "of", "special", "##ised", "endoth", "##elia", "across", "the", "kidney", "vascular", "network", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "our", "pipeline", "and", "the", "hip", "-", "ct", "data", "provide", "a", "framework", "to", "potentially", "study", "how", "the", "vasculature", "within", "each", "anatomical", "compartments", "is", "differentially", "affected", "by", "kidney", "disease", ",", "with", "potential", "for", "understanding", "the", "basis", "of", "vascular", "rare", "##faction", "and", "pathological", "hypoxia", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "further", "studies", "with", "higher", "resolution", "hip", "-", "ct", "or", "with", "microf", "##ill", "of", "the", "human", "kidney", "could", "potentially", "preserve", "vessel", "radius", "more", "ac", "curate", "ly", "and", "resolve", "capillaries", "allowing", "extension", "of", "the", "work", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "such", "information", "is", "important", "to", "acquire", "in", "human", "samples", ",", "as", "it", "could", "potentially", "influence", "simulations", "of", "haemodynamic", "##s", ",", "oxygenation", "or", "drug", "delivery", ";", "and", "generation", "of", "synthetic", "vessel", "trees", "for", "in", "silico", "experiments", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "the", "human", "kidney", "vasculature", "is", "ex", "##quisite", "##ly", "special", "##ised", "to", "meet", "the", "physiological", "demands", "of", "the", "kidney", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "underpinning", "this", "special", "##isation", "is", "the", "cellular", "and", "molecular", "heterogeneity", "of", "endothelial", "beds", "within", "the", "renal", "vasculature", ",", "of", "which", "we", "are", "gaining", "an", "increasing", "understanding", "due", "to", "the", "advent", "of", "improved", "techniques", "such", "as", "single", "-", "cell", "and", "spatially", "-", "resolved", "transcriptomic", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "rapid", "and", "recent", "advances", "in", "our", "understanding", "of", "cellular", "and", "molecular", "heterogeneity", "of", "the", "kidney", "vasculature", "has", "not", "been", "matched", "by", "structural", "insights", ",", "likely", "because", "of", "limitations", "in", "imaging", "technologies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "have", "overcome", "many", "of", "these", "limitations", "using", "hip", "-", "ct", ",", "where", "the", "exceptional", "contrast", ",", "coupled", "with", "appreciable", "spatial", "resolution", "at", "scale", ",", "allows", "us", "to", "capture", "and", "segment", "the", "3d", "vascular", "architecture", "of", "an", "intact", "human", "kidney", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "furthermore", ",", "within", "high", "-", "resolution", "vo", "##is", ",", "hip", "-", "ct", "allows", "glomeruli", "and", "afferent", "arterioles", "to", "be", "segmented", "and", ",", "in", "selected", "cases", ",", "be", "connected", "back", "to", "the", "vascular", "tree", "of", "the", "intact", "whole", "organ", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "robust", "and", "reproducible", "analysis", "of", "vascular", "networks", "relies", "on", "the", "careful", "application", "of", "a", "multi", "-", "stage", "image", "processing", "pipeline", ",", "which", "we", "have", "outlined", "in", "this", "paper", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "have", "developed", "an", "approach", "which", "util", "##ises", "multiple", "annot", "##ators", "and", "comparison", "to", "higher", "resolution", "scans", "to", "validate", "segmentation", "accuracy", "as", "a", "crucial", "first", "step", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "following", "segmentation", ",", "we", "have", "developed", "a", "skeleton", "##isation", "approach", ",", "which", "can", "be", "scaled", "to", "large", "datasets", ",", "and", "also", "provides", "corrections", "for", "radius", "estimation", "when", "portions", "of", "the", "vasculature", "have", "collapsed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "finally", ",", "we", "applied", "a", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "ordering", "to", "the", "vessel", "spatial", "graph", ",", "providing", "a", "meaningful", "ordering", "system", "with", "respect", "to", "known", "anatomical", "vessel", "descriptions", ",", "as", "well", "as", "facilitating", "quantification", "of", "individual", "vessels", "within", "the", "vascular", "hierarchy", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "by", "developing", "and", "applying", "this", "pipeline", ",", "we", "have", "produced", "quantitative", "vascular", "branching", "metrics", "from", "an", "intact", "human", "organ", "for", "the", "first", "time", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "metrics", "exceed", "other", "studies", "on", "cadaveric", "human", "kidney", "cast", "and", "dye", "injections", ",", "which", "report", "arterial", "branches", "corresponding", "to", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "orders", "7", "–", "9", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "provide", "quantitative", "comparison", "between", "the", "human", "kidney", "vasculature", "and", "that", "of", "the", "rat", ",", "the", "latter", "of", "which", "has", "been", "key", "for", "inputs", "to", "generate", "biophysical", "models", "of", "kidney", "haemodynamic", "##s", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "the", "quantitative", "analysis", "pipeline", "performed", "in", "this", "paper", "serves", "multiple", "purposes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "first", ",", "it", "allows", "the", "whole", "kidney", "vasculature", "dataset", "to", "be", "represented", "in", "a", "single", "spatial", "graph", ",", "comprising", "only", "kil", "##ob", "##ytes", "of", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "spatial", "graph", ",", "which", "is", "provided", "as", "supplementary", "data", ",", "is", "readily", "quantif", "##iable", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "whereas", "prior", "simulations", "of", "kidney", "haemodynamic", "##s", "and", "perfusion", "have", "relied", "on", "seminal", "μ", "##ct", "studies", "performed", "in", "rat", ",", "we", "provide", ",", "for", "the", "first", "time", ",", "a", "map", "of", "the", "kidney", "arterial", "network", "from", "renal", "artery", "to", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "we", "demonstrated", "our", "segmentation", "approach", "to", "be", "ac", "curate", ",", "with", "97", "%", "of", "vessels", "of", ">", "50", "µm", "radius", "captured", "across", "the", "intact", "human", "kidney", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "these", "data", "thus", "provide", "vital", "inputs", "for", "biophysical", "modelling", "of", "kidney", "physiology", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "data", "also", "serves", "as", "a", "reference", "to", "study", "kidney", "diseases", ",", "in", "which", "vascular", "rare", "##faction", "is", "a", "pathophysiological", "hallmark", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "pipeline", "described", "could", "be", "used", "to", "generate", "vascular", "maps", "from", "multiple", "kidneys", ",", "or", "other", "human", "organs", ",", "potenti", "##ating", "spatial", "‘", "atlas", "##es", "’", "of", "human", "organ", "vasculature", "across", "healthy", "and", "pathological", "contexts", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "beyond", "these", ",", "our", "open", "##ly", "available", "dataset", "has", "immediate", "practical", "applications", ",", "such", "as", "providing", "inputs", "for", "biop", "##rin", "##ting", "and", "tissue", "engineering", "of", "artificial", "kidneys", "or", "planning", "surgical", "resection", "of", "kidney", "tumours", "whilst", "preserving", "kidney", "function", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "datasets", "can", "also", "be", "used", "as", "a", "tool", "for", "medical", "education", "and", "training", ",", "as", "well", "as", "for", "the", "creation", "and", "advancement", "of", "surgical", "methods", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "there", "are", "several", "limitations", "of", "this", "work", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "firstly", ",", "the", "low", "throughput", "of", "hip", "-", "ct", "vascular", "segmentation", "warrants", "discussion", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "here", ",", "we", "present", "the", "complete", "analysis", "from", "a", "single", "kidney", "as", "a", "framework", "for", "future", "studies", "of", "kidneys", "in", "health", "and", "disease", "or", "other", "intact", "human", "organs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "the", "accuracy", "of", "the", "segmentation", ",", "however", ",", "lay", "##s", "a", "foundation", "for", "tools", "such", "as", "machine", "learning", "methods", "for", "automate", "d", "segmentation", "of", "blood", "vasculature", "from", "imaging", "data", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "hip", "-", "ct", "imaging", "still", "cannot", "resolve", "afferent", "arteri", "##ole", "or", "capillary", "resolution", "across", "the", "whole", "organ", ",", "meaning", "that", "the", "contributions", "of", "peri", "##t", "##ub", "##ular", "capillaries", "or", "vas", "##a", "rect", "##a", "are", "not", "incorporated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "also", "creates", "challenges", "for", "applying", "ordering", "schemes", "such", "as", "the", "stra", "##hl", "##er", "order", ",", "where", "the", "true", "0", "##th", "order", "is", "the", "capillary", "bed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "previous", "approaches", "to", "estimating", "the", "distance", "of", "a", "terminal", "end", "in", "a", "truncated", "network", "from", "the", "capillary", "bed", "have", "relied", "on", "util", "##ising", "diameter", "measurements", "of", "vessels", "to", "iteratively", "update", "the", "stra", "##hl", "##er", "order", "of", "terminal", "ends", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "this", "facilitates", "the", "creation", "of", "a", "connectivity", "matrix", "to", "estimate", "the", "downstream", "network", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "diameter", "estimation", "is", "less", "ac", "curate", "for", "hip", "-", "ct", ",", "where", "vascular", "collapse", "makes", "radius", "estimates", "less", "consistent", "than", ",", "for", "example", ",", "when", "using", "microf", "##ill", "techniques", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "using", "the", "high", "-", "resolution", "vo", "##is", ",", "we", "also", "demonstrated", "that", "glomeruli", "frequently", "eman", "##ate", "from", "non", "-", "terminal", "arterioles", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "without", "connecting", "on", "the", "order", "of", "1000", "##s", "of", "glomeruli", "back", "to", "the", "main", "vascular", "tree", "as", "performed", "for", "small", "portions", "of", "rat", "kidney", ",", "a", "connectivity", "matrix", "cannot", "be", "developed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "the", "utility", "of", "any", "vascular", "classification", "scheme", "relies", "upon", "the", "ability", "to", "disting", "ui", "##sh", "morphologically", "distinc", "t", "vessel", "types", ",", "and", "to", "show", "logarithmic", "relations", "between", "morphology", "and", "classification", "orders", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "approach", "creates", "vessel", "orders", "which", "are", "able", "to", "separate", "morphologically", "distinc", "t", "vessels", "(", "supplementary", "note", "4", ")", ",", "as", "well", "as", "demonstrating", "logarithmic", "relationships", "for", "radius", "and", "vessel", "number", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "also", "found", "that", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "ordering", "also", "align", "##s", "well", "with", "the", "anatomically", "defined", "vessel", "classifications", ",", "as", "was", "the", "case", "for", "rat", "kidney", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]