OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "the", "future", "of", "hip", "-", "ct", "and", "mapping", "the", "kidney", "vasculature", "is", "promising", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "the", "up", "##coming", "esr", "##f", "beam", "##line", "(", "bm", "##18", ")", "enables", "longer", "propagation", "distances", "than", "shown", "here", ",", "dramatically", "increasing", "the", "contrast", "sensitivity", "for", "the", "lower", "resolution", "scans", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "further", "developments", "in", "scanning", "and", "data", "handling", "have", "already", "extended", "the", "capabilities", "of", "hip", "-", "ct", "to", "create", "whole", "kidney", "overview", "datasets", ",", "with", "voxel", "sizes", "down", "to", "9", "µm", "/", "voxel", ",", "and", "to", "subm", "##ic", "##ron", "voxel", "sizes", "in", "vo", "##is", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "thus", ",", "future", "studies", "can", "lever", "##age", "the", "greater", "detail", "available", "on", "low", "-", "resolution", "scans", "of", "the", "whole", "kidney", ",", "providing", "the", "potential", "to", "further", "assess", "phenomena", "such", "as", "the", "emergence", "of", "glomeruli", "from", "non", "-", "terminal", "arterioles", ",", "or", "potentially", "map", "entire", "organs", "down", "to", "the", "capillary", "level", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]
[ "as", "these", "developments", "unfold", ",", "we", "have", "created", "an", "open", "-", "access", "data", "portal", "(", "https", ":", "/", "/", "human", "-", "organ", "-", "atlas", ".", "esr", "##f", ".", "eu", "/", ")", ",", "enabling", "download", "and", "use", "of", "hip", "-", "ct", "data", "by", "biomedical", "researchers", "across", "the", "world", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "in", "summary", ",", "we", "have", "achieved", "quantitative", "mapping", "of", "the", "arterial", "network", "of", "an", "intact", "human", "kidney", ",", "from", "renal", "artery", "to", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", ",", "for", "the", "first", "time", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "vital", "step", "progresses", "our", "understanding", "of", "how", "physical", "properties", "of", "the", "kidney", "vasculature", "relate", "to", "cellular", "and", "molecular", "heterogeneity", ",", "whilst", "generating", "key", "inputs", "for", "future", "biophysical", "modelling", "of", "human", "kidney", "vascular", "physiology", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "ultimately", ",", "we", "env", "##isa", "##ge", "that", "mapping", "of", "microstructural", "detail", "will", "become", "routine", "at", "the", "scale", "of", "the", "whole", "kidney", ",", "providing", "a", "means", "to", "link", "cellular", "events", "with", "organ", "physiology", "and", "pathology", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "an", "intact", "human", "kidney", "was", "obtained", "from", "a", "63", "-", "year", "-", "old", "male", "(", "cause", "of", "death", ":", "pancreatic", "cancer", ")", ",", "who", "consented", "to", "body", "donation", "to", "the", "labor", "##ato", "##ire", "d", "’", "anat", "##om", "##ie", "des", "alp", "##es", "franc", "##ai", "##se", "##s", "before", "death", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "transport", "and", "imaging", "protocols", "were", "approved", "by", "the", "french", "health", "ministry", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "post", "mortem", "examination", "was", "conducted", "according", "to", "quality", "appraisal", "for", "cadaveric", "studies", "scale", "recommendations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "body", "was", "emb", "##al", "##med", "by", "injecting", "450", "##0", "ml", "of", "1", ".", "15", "%", "formalin", "in", "lan", "##olin", ",", "followed", "by", "1", ".", "44", "%", "formalin", ",", "into", "the", "right", "carotid", "artery", ",", "before", "storage", "at", "3", ".", "6", "°c", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "during", "ev", "##isc", "##eration", "of", "the", "right", "kidney", ",", "vessels", "were", "exposed", ",", "and", "the", "surrounding", "fat", "and", "connective", "tissue", "were", "removed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "the", "kidney", "was", "post", "-", "fixed", "in", "4", "%", "neutral", "-", "buffered", "formaldehyde", "at", "room", "temperature", "for", "one", "week", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "kidney", "was", "then", "dehydrate", "d", "through", "an", "ethanol", "gra", "dien", "t", "over", "9", "days", "to", "a", "final", "equilibrium", "of", "70", "%", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "each", "solution", "was", "four", "-", "fold", "greater", "than", "the", "volume", "of", "the", "organ", ",", "and", ",", "during", "dehydration", ",", "the", "solution", "was", "deg", "##ass", "##ed", "using", "a", "diaphrag", "m", "vacuum", "pump", "(", "vacu", "##ub", "##ran", "##d", ",", "mv", "##2", ",", "1", ".", "9", "##m", "/", "h", ")", "to", "remove", "excess", "dissolved", "gas", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "dehydrate", "d", "kidney", "was", "transferred", "to", "a", "polyethylene", "ter", "##ep", "##ht", "##hal", "##ate", "jar", "where", "it", "was", "physically", "stabil", "##ised", "using", "a", "crus", "##hed", "agar", "-", "agar", "ethanol", "mixture", ",", "and", "then", "imaged", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "imaging", "was", "performed", "on", "the", "bm", "##05", "beam", "##line", "at", "the", "esr", "##f", "following", "the", "hip", "-", "ct", "protocol", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "initially", ",", "the", "whole", "kidney", "was", "imaged", "at", "25", "µm", "per", "voxel", "(", "isotropic", "edge", "length", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "vo", "##is", "within", "the", "same", "kidney", "were", "also", "imaged", "at", "6", ".", "5", "and", "2", ".", "6", "µm", "per", "voxel", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "tomographic", "reconstruction", "was", "performed", "using", "the", "py", "##hs", "##t2", "software", "and", "following", "the", "steps", "detailed", "in", "previous", "studies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "briefly", ",", "a", "filtered", "back", "-", "projection", "algorithm", ",", "with", "single", "-", "distance", "phase", "retrieval", ",", "coupled", "to", "an", "uns", "##har", "##p", "mask", "filter", ",", "was", "applied", "to", "the", "collected", "radiographs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "reconstruction", "and", "scanning", "parameters", "are", "provided", "in", "supplementary", "note", "1", ",", "supplementary", "tables", "1", "and", "2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "reconstructed", "volumes", "were", "bin", "##ned", "(", "averaged", ")", "to", "50", ",", "13", ",", "and", "5", ".", "2", "µm", "per", "voxel", ",", "respectively", ",", "to", "increase", "the", "signal", "-", "to", "-", "noise", "ratio", ",", "reduce", "inter", "-", "annot", "##ator", "variability", "and", "reduce", "computational", "load", "for", "subsequent", "image", "segmentation", "and", "quantification", "(", "see", "supplementary", "fig", ".", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "all", "reconstructed", "image", "volumes", "and", "metadata", "can", "be", "accessed", "at", "human", "-", "organ", "-", "atlas", ".", "esr", "##f", ".", "eu", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "table", "for", "direct", "doi", "links", "for", "each", "dataset", "is", "provided", "in", "supplementary", "table", "2", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "prior", "to", "manual", "segmentation", ",", "images", "were", "filtered", "to", "enhance", "blood", "vessel", "contrast", "using", "ami", "##ra", "-", "avi", "##zo", "(", "v2", "##02", "##1", ".", "1", ")", "software", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "3d", "median", "filter", "(", "iterations", "=", "2", "and", "26", "neighbourhood", "analysis", ")", "was", "used", "to", "reduce", "image", "noise", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "image", "normal", "##isation", "was", "performed", "using", "background", "detection", "correction", "(", "default", "parameter", "settings", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "manual", "segmentation", "of", "the", "arterial", "networks", "was", "performed", "in", "ami", "##ra", "-", "avi", "##zo", "using", "a", "combination", "of", "methodologies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "first", ",", "a", "3d", "region", "growing", "tool", "was", "used", ",", "where", "the", "user", "selects", "an", "initial", "voxel", "within", "a", "vessel", "lumen", "along", "with", "set", "intensity", "and", "contrast", "thresholds", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "any", "voxel", "within", "the", "connected", "neighbourhood", "of", "the", "initially", "selected", "voxel", "with", "an", "intensity", "and", "contrast", "within", "thresholds", "are", "added", "to", "the", "region", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "multiple", "seeds", "points", "and", "thresholds", ",", "as", "well", "as", "manual", "limits", "on", "the", "region", ",", "are", "used", "by", "the", "annot", "##ator", "to", "ensure", "the", "lumen", "##s", "of", "all", "vessels", "are", "ac", "curate", "ly", "identified", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "areas", "of", "collapsed", "or", "blood", "-", "filled", "vessels", ",", "annot", "##ators", "manually", "pain", "##t", "lumen", "voxels", "util", "##ising", "three", "orthogonal", "views", "to", "ensure", "connection", "of", "the", "vascular", "network", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "an", "annot", "##ator", "continues", "this", "process", "in", "an", "iterative", "fashion", "by", "selecting", "seed", "points", ",", "altering", "the", "thresholds", "and", "manually", "correction", ",", "resulting", "in", "expansion", "of", "an", "interconnected", "vascular", "network", "(", "method", "shown", "in", "supplementary", "movie", "3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "once", "the", "first", "annot", "##ator", "has", "filled", "the", "interior", "of", "all", "vessels", ",", "data", "are", "passed", "to", "a", "second", "annot", "##ator", ",", "who", "repeats", "the", "process", ",", "but", "starting", "in", "reverse", "slice", "order", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "third", "annot", "##ator", "serves", "as", "a", "proof", "##read", "##er", "by", "quantitatively", "reviewing", "the", "labels", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "proof", "##read", "##er", "is", "presented", "with", "5", "–", "9", "randomised", "2d", "slices", "of", "the", "data", "within", "any", "one", "of", "three", "orthogonal", "planes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "they", "then", "count", "the", "number", "of", "vessels", "cross", "-", "sections", "present", "in", "the", "slice", ",", "recording", "the", "true", "positive", "and", "false", "negative", "number", "of", "vessel", "cross", "-", "sections", "that", "have", "been", "segmented", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "proof", "##read", "##er", "returns", "the", "data", "to", "the", "initial", "two", "annot", "##ators", ",", "highlighting", "areas", "where", "vessels", "are", "not", "identified", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "three", "-", "annot", "##ator", "process", "repeats", "iteratively", "until", "the", "proof", "##read", "##er", "does", "not", "find", "any", "false", "negatives", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "method", "was", "applied", "to", "segment", "the", "kidney", "arterial", "network", "from", "the", "intact", "human", "kidney", "from", "the", "imaging", "data", "at", "50", "µm", "per", "voxel", ",", "and", "portions", "of", "the", "same", "network", "in", "the", "13", "and", "5", ".", "2", "µm", "per", "voxel", "datasets", ",", "approximately", "250", "–", "300", "h", "were", "needed", "to", "segment", "the", "kidney", "in", "this", "way", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "a", "second", "approach", "to", "independently", "and", "quantitatively", "validate", "the", "segmentation", "of", "the", "lowest", "resolution", "data", "was", "performed", "using", "segmented", "vo", "##is", "of", "the", "higher", "resolution", ",", "13", "µm", "per", "voxel", "dataset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "here", ",", "the", "13", "µm", "per", "voxel", "vo", "##is", "were", "rigid", "##ly", "registered", "to", "the", "whole", "organ", "volume", "using", "the", "affin", "##e", "registration", "toolkit", "(", "ami", "##ra", "-", "avi", "##zo", ")", "(", "see", "supplementary", "note", "1", ".", "1", ",", "supplementary", "fig", ".", "2", "and", "supplementary", "tables", "3", "and", "4", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "overlapping", "portions", "of", "the", "13", "µm", "voxel", "segmentation", "##s", "and", "50", "µm", "per", "voxel", "datasets", "were", "extracted", ",", "and", "the", "50", "µm", "per", "voxel", "datasets", "were", "ups", "##ampled", "to", "the", "resolution", "of", "the", "13", "µm", "voxel", "dataset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "an", "overlap", "measure", ",", "termed", "topological", "precision", "and", "recall", "score", ",", "following", "pae", "##tz", "##old", "et", "al", ".", ",", "was", "applied", "(", "see", "supplementary", "note", "2", ".", "1", "and", "supplementary", "fig", ".", "3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "to", "quantify", "branching", "metrics", "of", "the", "human", "kidney", "vasculature", ",", "the", "segmented", "3d", "vascular", "network", "at", "50", "µm", "per", "voxel", "was", "skeleton", "##ised", "using", "the", "centre", "##line", "tree", "algorithm", "in", "ami", "##ra", "-", "avi", "##zo", "v2", "##02", "##1", ".", "1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "choice", "of", "skeleton", "##isation", "algorithm", "and", "the", "parameter", "##ising", "of", "the", "algorithm", "were", "optim", "##ised", "by", "util", "##ising", "the", "super", "-", "metric", "approach", ",", "outlined", "by", "wal", "##sh", "and", "berg", "et", "al", ".", "(", "tube", "parameters", ":", "slope", "=", "4", "and", "zero", "##val", "=", "10", ",", "see", "supplementary", "note", "2", ".", "2", "and", "supplementary", "fig", ".", "4", "for", "parameter", "optim", "##isation", "results", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "resulting", "spatial", "graph", "describes", "the", "vessel", "network", "in", "terms", "of", "‘", "nodes", "’", ",", "‘", "points", "’", ",", "‘", "segments", "’", ",", "and", "‘", "subs", "##eg", "##ments", "’", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "segment", "is", "defined", "as", "being", "between", "a", "start", "and", "end", "node", ",", "corresponding", "to", "either", "a", "branching", "point", "leading", "into", "another", "segment", "branch", ",", "or", "a", "terminal", "end", "where", "no", "further", "branches", "were", "detectable", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "between", "the", "start", "and", "terminal", "node", "of", "each", "segment", "lie", "subs", "##eg", "##ments", "with", "‘", "points", "’", ",", "marking", "the", "start", "and", "end", "of", "each", "subs", "##eg", "##ment", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "each", "subs", "##eg", "##ment", "has", "an", "associated", "radius", "and", "length", "(", "supplementary", "fig", ".", "6a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "multis", "##cale", "smoothing", "approach", "was", "applied", "to", "the", "larger", "vessels", "(", "those", "of", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "greater", "than", "5", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "iterative", "weighted", "smoothing", "was", "performed", ",", "where", "the", "smoothed", "location", "of", "any", "point", "is", "given", "by", "iteratively", "calculating", "weighted", "average", "of", "the", "current", "and", "two", "neighbour", "points", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "parameter", "values", "were", "found", "empirically", "as", "0", ".", "8", ",", "0", ".", "1", "and", "15", "for", "the", "neighbour", "points", ",", "current", "point", "and", "iterations", ",", "respectively", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "reduced", "the", "tort", "##uo", "##si", "##ty", "in", "the", "larger", "vessels", "(", "fig", ".", "2", ",", "step", "4", ")", ",", "which", "occurs", "arte", "##fact", "##ually", "due", "to", "noise", "on", "the", "surface", "of", "the", "segmented", "large", "vessels", ",", "and", "which", "if", "uncorrected", ",", "impacts", "severely", "on", "the", "correction", "for", "collapsed", "radius", "vessels", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "correction", "for", "collapsed", "vessels", "was", "delineated", "into", "two", "distinc", "t", "cases", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "one", "case", "is", "a", "scenario", "in", "which", "there", "is", "a", "small", "collapsed", "portion", "in", "an", "otherwise", "patent", "vessel", "(", "supplementary", "fig", ".", "5b", "##i", ",", "bi", "##i", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "second", "case", "applied", "when", "the", "majority", "of", "the", "vessel", "is", "collapsed", "(", "supplementary", "fig", ".", "5c", "##ii", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "reduction", "in", "radius", "in", "the", "skeleton", "##ised", "form", "of", "the", "networks", "can", "be", "seen", "in", "supplementary", "fig", ".", "5b", "##ii", ",", "ci", "##i", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "correction", "for", "short", "subs", "##eg", "##ment", "collapsed", "vessels", "was", "performed", "by", "plotting", "radius", "along", "each", "segment", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "subs", "##eg", "##ments", "where", "the", "radius", "was", "below", "the", "5th", "percentile", "for", "that", "segment", "were", "replaced", "with", "the", "nearest", "neighbour", "." ]	[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "larger", "collapsed", "vessels", ",", "the", "process", "is", "fully", "described", "in", "the", "“", "results", "”", "section", "." ]	[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "topological", "/", "morphological", "metrics", "of", "the", "network", "were", "calculated", "from", "the", "spatial", "graph", "as", "follows", ",", "with", "code", "provided", "at", "https", ":", "/", "/", "github", ".", "com", "/", "hip", "##ct", "##pro", "##ject", "/", "skeleton", "_", "analysis", ":", "i", ".", "branching", "angle", "is", "calculated", "as", "either", ":", "(", "a", ")", "the", "angle", "between", "the", "two", "child", "segments", "from", "a", "common", "parent", "segment", ",", "or", "(", "b", ")", "the", "angle", "between", "a", "child", "segment", "and", "its", "parent", "segment", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "both", "cases", ",", "the", "vector", "for", "the", "segment", "of", "parent", "and", "child", "were", "calculated", "between", "the", "start", "node", "and", "end", "node", ",", "irrespective", "of", "vascular", "tort", "##uo", "##si", "##ty", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "ii", "." ]	[ "O", "O" ]
[ "tort", "##uo", "##si", "##ty", "is", "defined", "as", "the", "euclidean", "distance", "between", "start", "and", "end", "node", "of", "a", "segment", ",", "divided", "by", "the", "sum", "of", "all", "subs", "##eg", "##ment", "lengths", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "iii", "." ]	[ "O", "O" ]
[ "radius", "is", "calculated", "per", "segment", "as", "the", "mean", "of", "all", "subs", "##eg", "##ment", "radii", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "cases", "where", "larger", "vessels", "had", "fully", "collapsed", "(", "see", "“", "results", "”", "for", "details", ")", ",", "the", "radius", "was", "defined", "as", "the", "equivalent", "radius", "for", "a", "circular", "vessel", "with", "the", "same", "length", "perimeter", "as", "the", "vessel", "cross", "-", "section", "in", "the", "binary", "image", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "iv", "." ]	[ "O", "O" ]
[ "length", "is", "defined", "as", "the", "sum", "of", "all", "subs", "##eg", "##ment", "lengths", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "v", ".", "inter", "-", "vessel", "distance", "is", "calculated", "by", "two", "approaches", "to", "facilitate", "different", "analyses", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "first", ",", "using", "the", "segmentation", "binary", "image", ",", "the", "distance", "of", "every", "non", "-", "vessel", "voxel", "from", "its", "nearest", "vessel", "voxel", "was", "calculated", "via", "a", "3d", "distance", "transform", "(", "imagej", ")", "applied", "to", "the", "binary", "vessel", "segmentation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "second", ",", "using", "the", "skeleton", "form", ",", "the", "euclidean", "distance", "between", "the", "midpoint", "of", "every", "segment", "to", "its", "nearest", "-", "neighbouring", "segment", "midpoint", "was", "calculated", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "radius", "is", "calculated", "per", "segment", "as", "the", "mean", "of", "all", "subs", "##eg", "##ment", "radii", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "cases", "where", "larger", "vessels", "had", "fully", "collapsed", "(", "see", "“", "results", "”", "for", "details", ")", ",", "the", "radius", "was", "defined", "as", "the", "equivalent", "radius", "for", "a", "circular", "vessel", "with", "the", "same", "length", "perimeter", "as", "the", "vessel", "cross", "-", "section", "in", "the", "binary", "image", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "in", "addition", "to", "the", "above", "metrics", ",", "we", "also", "assessed", "vessel", "generation", ",", "or", "order", ",", "using", "two", "methods", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "first", ",", "we", "used", "a", "variation", "of", "the", "centri", "##pe", "##tal", "system", ",", "known", "as", "the", "stra", "##hl", "##er", "ordering", "system", ",", "wherein", "the", "most", "distal", ",", "smallest", "segments", "are", "assigned", "as", "the", "first", "order", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "if", "two", "segments", "with", "the", "same", "order", "inters", "##ect", ",", "the", "resulting", "segment", "has", "one", "stra", "##hl", "##er", "order", "greater", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "alternatively", ",", "if", "two", "segments", "with", "different", "orders", "inters", "##ect", ",", "the", "higher", "order", "of", "the", "two", "is", "given", "to", "the", "resulting", "segment", "(", "supplementary", "fig", ".", "6b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "used", "a", "variant", "of", "the", "stra", "##hl", "##er", "order", "approach", ",", "which", "we", "term", "the", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "approach", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "50", "µm", "per", "voxel", "dataset", "does", "not", "provide", "sufficient", "resolution", "to", "image", "or", "segment", "down", "to", "afferent", "arterioles", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "thus", ",", "the", "network", "created", "from", "this", "50", "µm", "per", "voxel", "dataset", "is", "truncated", "at", "the", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "we", "assigned", "the", "terminal", "ends", "of", "our", "network", "as", "the", "first", "stra", "##hl", "##er", "order", ",", "as", "opposed", "to", "applying", "statistical", "estimates", "to", "determine", "the", "stra", "##hl", "##er", "order", "of", "these", "terminal", "ends", "based", "on", "diameter", "relative", "to", "the", "afferent", "arterioles", ",", "as", "performed", "previously", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "detailed", "discussion", "of", "this", "approach", "and", "alternative", "ordering", "approaches", "are", "discussed", "in", "the", "supplementary", "note", "3", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "second", ",", "we", "took", "a", "centrifugal", ",", "or", "‘", "topological", "’", "approach", ",", "starting", "with", "the", "most", "proximal", "artery", "as", "generation", "one", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "at", "each", "branching", "node", "the", "generation", "is", "increased", ",", "an", "approached", "which", "has", "been", "previously", "utilised", "(", "supplementary", "fig", ".", "6c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "from", "the", "ordering", "analyses", ",", "we", "assessed", "the", "branching", "ratio", "(", ")", "defined", "as", "the", "anti", "-", "log", "of", "the", "reciprocal", "for", "the", "linear", "fit", "to", "the", "plot", "of", "truncated", "sta", "##hl", "##er", "order", "(", "o", ")", ",", "against", "the", "logarithm", "of", "the", "number", "of", "segments", "(", "n", ")", "in", "each", "order", ":", "1", "[", "12p", "##t", "]", "$", "$", "n", "=", "_", "^", "}", "$", "$", "n", "=", "n", "0", "e", "−", "o", "γ", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "the", "radius", "of", "the", "arterial", "network", "in", "the", "human", "kidney", "obtained", "from", "this", "study", "was", "compared", "to", "those", "of", "the", "rat", "kidney", "taken", ",", "which", "was", "scanned", "with", "20", "and", "4", "µm", "per", "voxel", "using", "a", "microf", "##illing", "approach", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "the", "radial", "scaling", "exponent", "for", "vascular", "networks", "refers", "to", "the", "relationship", "between", "the", "radii", "of", "parent", "and", "daughter", "vessels", "at", "a", "bifurcation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "it", "is", "formulated", "as", ":", "2", "[", "12p", "##t", "]", "$", "$", "_", "}", "^", "=", "_", "_", ",", "i", "}", "^", "$", "$", "r", "parent", "1", "/", "a", "=", "∑", "i", "r", "child", ",", "i", "1", "/", "a", "where", "is", "the", "scaling", "exponent", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "murray", "’", "s", "law", "is", "derived", "from", "assuming", "minimal", "work", "in", "maintaining", "blood", "transport", ",", "leading", "to", "vessel", "radii", "scaling", "with", "the", "cube", "root", "of", "flow", "rate", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "murray", "’", "s", "law", "also", "assumes", ",", "constant", "uniform", "metabolic", "demand", "of", "the", "tissue", ",", "laminar", "flow", "and", "that", "blood", "is", "a", "newton", "##ian", "fluid", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "contrast", ",", "the", "west", ",", "brown", ",", "and", "en", "##quist", "(", "wb", "##e", ")", "model", "describes", "vascular", "networks", "as", "fractal", "-", "like", "structures", "that", "optim", "##ise", "metabolic", "energy", "distribution", "across", "the", "vascular", "network", "in", "its", "entire", "##ty", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "it", "predicts", "a", "0", ".", "5", "scaling", "exponent", "for", "large", "vessels", "and", "0", ".", "33", "for", "small", "vessels", ",", "accounting", "for", "hierarchical", "branching", ",", "where", "the", "emphasis", "is", "on", "efficiently", "delivering", "nutrients", "and", "waste", "exchange", "throughout", "the", "system", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "both", "models", "provide", "insights", "into", "vascular", "architecture", "but", "differ", "in", "scope", ",", "with", "real", "vascular", "networks", "often", "devi", "##ating", "due", "to", "biological", "variability", "and", "tissue", "-", "specific", "adaptations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "calculation", "of", "the", "radial", "exponent", "is", "done", "in", "this", "work", "following", "the", "regression", "-", "based", "method", "outlined", "in", "refs", ".", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "each", "vessel", "in", "the", "network", ",", "the", "number", "of", "downstream", "endpoints", "of", "the", "network", "is", "counted", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "radius", "and", "number", "of", "downstream", "tips", "are", "related", "by", "eq", "4", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "from", "ref", ".", ":" ]	[ "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "the", "future", "of", "hip", "-", "ct", "and", "mapping", "the", "kidney", "vasculature", "is", "promising", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "the", "up", "##coming", "esr", "##f", "beam", "##line", "(", "bm", "##18", ")", "enables", "longer", "propagation", "distances", "than", "shown", "here", ",", "dramatically", "increasing", "the", "contrast", "sensitivity", "for", "the", "lower", "resolution", "scans", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "further", "developments", "in", "scanning", "and", "data", "handling", "have", "already", "extended", "the", "capabilities", "of", "hip", "-", "ct", "to", "create", "whole", "kidney", "overview", "datasets", ",", "with", "voxel", "sizes", "down", "to", "9", "µm", "/", "voxel", ",", "and", "to", "subm", "##ic", "##ron", "voxel", "sizes", "in", "vo", "##is", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "thus", ",", "future", "studies", "can", "lever", "##age", "the", "greater", "detail", "available", "on", "low", "-", "resolution", "scans", "of", "the", "whole", "kidney", ",", "providing", "the", "potential", "to", "further", "assess", "phenomena", "such", "as", "the", "emergence", "of", "glomeruli", "from", "non", "-", "terminal", "arterioles", ",", "or", "potentially", "map", "entire", "organs", "down", "to", "the", "capillary", "level", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]

[ "as", "these", "developments", "unfold", ",", "we", "have", "created", "an", "open", "-", "access", "data", "portal", "(", "https", ":", "/", "/", "human", "-", "organ", "-", "atlas", ".", "esr", "##f", ".", "eu", "/", ")", ",", "enabling", "download", "and", "use", "of", "hip", "-", "ct", "data", "by", "biomedical", "researchers", "across", "the", "world", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "in", "summary", ",", "we", "have", "achieved", "quantitative", "mapping", "of", "the", "arterial", "network", "of", "an", "intact", "human", "kidney", ",", "from", "renal", "artery", "to", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", ",", "for", "the", "first", "time", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "vital", "step", "progresses", "our", "understanding", "of", "how", "physical", "properties", "of", "the", "kidney", "vasculature", "relate", "to", "cellular", "and", "molecular", "heterogeneity", ",", "whilst", "generating", "key", "inputs", "for", "future", "biophysical", "modelling", "of", "human", "kidney", "vascular", "physiology", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "ultimately", ",", "we", "env", "##isa", "##ge", "that", "mapping", "of", "microstructural", "detail", "will", "become", "routine", "at", "the", "scale", "of", "the", "whole", "kidney", ",", "providing", "a", "means", "to", "link", "cellular", "events", "with", "organ", "physiology", "and", "pathology", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "an", "intact", "human", "kidney", "was", "obtained", "from", "a", "63", "-", "year", "-", "old", "male", "(", "cause", "of", "death", ":", "pancreatic", "cancer", ")", ",", "who", "consented", "to", "body", "donation", "to", "the", "labor", "##ato", "##ire", "d", "’", "anat", "##om", "##ie", "des", "alp", "##es", "franc", "##ai", "##se", "##s", "before", "death", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "transport", "and", "imaging", "protocols", "were", "approved", "by", "the", "french", "health", "ministry", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "post", "mortem", "examination", "was", "conducted", "according", "to", "quality", "appraisal", "for", "cadaveric", "studies", "scale", "recommendations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "body", "was", "emb", "##al", "##med", "by", "injecting", "450", "##0", "ml", "of", "1", ".", "15", "%", "formalin", "in", "lan", "##olin", ",", "followed", "by", "1", ".", "44", "%", "formalin", ",", "into", "the", "right", "carotid", "artery", ",", "before", "storage", "at", "3", ".", "6", "°c", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "during", "ev", "##isc", "##eration", "of", "the", "right", "kidney", ",", "vessels", "were", "exposed", ",", "and", "the", "surrounding", "fat", "and", "connective", "tissue", "were", "removed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "the", "kidney", "was", "post", "-", "fixed", "in", "4", "%", "neutral", "-", "buffered", "formaldehyde", "at", "room", "temperature", "for", "one", "week", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "kidney", "was", "then", "dehydrate", "d", "through", "an", "ethanol", "gra", "dien", "t", "over", "9", "days", "to", "a", "final", "equilibrium", "of", "70", "%", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "each", "solution", "was", "four", "-", "fold", "greater", "than", "the", "volume", "of", "the", "organ", ",", "and", ",", "during", "dehydration", ",", "the", "solution", "was", "deg", "##ass", "##ed", "using", "a", "diaphrag", "m", "vacuum", "pump", "(", "vacu", "##ub", "##ran", "##d", ",", "mv", "##2", ",", "1", ".", "9", "##m", "/", "h", ")", "to", "remove", "excess", "dissolved", "gas", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "dehydrate", "d", "kidney", "was", "transferred", "to", "a", "polyethylene", "ter", "##ep", "##ht", "##hal", "##ate", "jar", "where", "it", "was", "physically", "stabil", "##ised", "using", "a", "crus", "##hed", "agar", "-", "agar", "ethanol", "mixture", ",", "and", "then", "imaged", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "imaging", "was", "performed", "on", "the", "bm", "##05", "beam", "##line", "at", "the", "esr", "##f", "following", "the", "hip", "-", "ct", "protocol", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "initially", ",", "the", "whole", "kidney", "was", "imaged", "at", "25", "µm", "per", "voxel", "(", "isotropic", "edge", "length", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "vo", "##is", "within", "the", "same", "kidney", "were", "also", "imaged", "at", "6", ".", "5", "and", "2", ".", "6", "µm", "per", "voxel", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "tomographic", "reconstruction", "was", "performed", "using", "the", "py", "##hs", "##t2", "software", "and", "following", "the", "steps", "detailed", "in", "previous", "studies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "briefly", ",", "a", "filtered", "back", "-", "projection", "algorithm", ",", "with", "single", "-", "distance", "phase", "retrieval", ",", "coupled", "to", "an", "uns", "##har", "##p", "mask", "filter", ",", "was", "applied", "to", "the", "collected", "radiographs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "reconstruction", "and", "scanning", "parameters", "are", "provided", "in", "supplementary", "note", "1", ",", "supplementary", "tables", "1", "and", "2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "reconstructed", "volumes", "were", "bin", "##ned", "(", "averaged", ")", "to", "50", ",", "13", ",", "and", "5", ".", "2", "µm", "per", "voxel", ",", "respectively", ",", "to", "increase", "the", "signal", "-", "to", "-", "noise", "ratio", ",", "reduce", "inter", "-", "annot", "##ator", "variability", "and", "reduce", "computational", "load", "for", "subsequent", "image", "segmentation", "and", "quantification", "(", "see", "supplementary", "fig", ".", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "all", "reconstructed", "image", "volumes", "and", "metadata", "can", "be", "accessed", "at", "human", "-", "organ", "-", "atlas", ".", "esr", "##f", ".", "eu", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "table", "for", "direct", "doi", "links", "for", "each", "dataset", "is", "provided", "in", "supplementary", "table", "2", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "prior", "to", "manual", "segmentation", ",", "images", "were", "filtered", "to", "enhance", "blood", "vessel", "contrast", "using", "ami", "##ra", "-", "avi", "##zo", "(", "v2", "##02", "##1", ".", "1", ")", "software", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "3d", "median", "filter", "(", "iterations", "=", "2", "and", "26", "neighbourhood", "analysis", ")", "was", "used", "to", "reduce", "image", "noise", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "image", "normal", "##isation", "was", "performed", "using", "background", "detection", "correction", "(", "default", "parameter", "settings", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "manual", "segmentation", "of", "the", "arterial", "networks", "was", "performed", "in", "ami", "##ra", "-", "avi", "##zo", "using", "a", "combination", "of", "methodologies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "first", ",", "a", "3d", "region", "growing", "tool", "was", "used", ",", "where", "the", "user", "selects", "an", "initial", "voxel", "within", "a", "vessel", "lumen", "along", "with", "set", "intensity", "and", "contrast", "thresholds", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "any", "voxel", "within", "the", "connected", "neighbourhood", "of", "the", "initially", "selected", "voxel", "with", "an", "intensity", "and", "contrast", "within", "thresholds", "are", "added", "to", "the", "region", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "multiple", "seeds", "points", "and", "thresholds", ",", "as", "well", "as", "manual", "limits", "on", "the", "region", ",", "are", "used", "by", "the", "annot", "##ator", "to", "ensure", "the", "lumen", "##s", "of", "all", "vessels", "are", "ac", "curate", "ly", "identified", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "areas", "of", "collapsed", "or", "blood", "-", "filled", "vessels", ",", "annot", "##ators", "manually", "pain", "##t", "lumen", "voxels", "util", "##ising", "three", "orthogonal", "views", "to", "ensure", "connection", "of", "the", "vascular", "network", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "an", "annot", "##ator", "continues", "this", "process", "in", "an", "iterative", "fashion", "by", "selecting", "seed", "points", ",", "altering", "the", "thresholds", "and", "manually", "correction", ",", "resulting", "in", "expansion", "of", "an", "interconnected", "vascular", "network", "(", "method", "shown", "in", "supplementary", "movie", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "once", "the", "first", "annot", "##ator", "has", "filled", "the", "interior", "of", "all", "vessels", ",", "data", "are", "passed", "to", "a", "second", "annot", "##ator", ",", "who", "repeats", "the", "process", ",", "but", "starting", "in", "reverse", "slice", "order", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "third", "annot", "##ator", "serves", "as", "a", "proof", "##read", "##er", "by", "quantitatively", "reviewing", "the", "labels", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "proof", "##read", "##er", "is", "presented", "with", "5", "–", "9", "randomised", "2d", "slices", "of", "the", "data", "within", "any", "one", "of", "three", "orthogonal", "planes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "they", "then", "count", "the", "number", "of", "vessels", "cross", "-", "sections", "present", "in", "the", "slice", ",", "recording", "the", "true", "positive", "and", "false", "negative", "number", "of", "vessel", "cross", "-", "sections", "that", "have", "been", "segmented", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "proof", "##read", "##er", "returns", "the", "data", "to", "the", "initial", "two", "annot", "##ators", ",", "highlighting", "areas", "where", "vessels", "are", "not", "identified", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "three", "-", "annot", "##ator", "process", "repeats", "iteratively", "until", "the", "proof", "##read", "##er", "does", "not", "find", "any", "false", "negatives", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "method", "was", "applied", "to", "segment", "the", "kidney", "arterial", "network", "from", "the", "intact", "human", "kidney", "from", "the", "imaging", "data", "at", "50", "µm", "per", "voxel", ",", "and", "portions", "of", "the", "same", "network", "in", "the", "13", "and", "5", ".", "2", "µm", "per", "voxel", "datasets", ",", "approximately", "250", "–", "300", "h", "were", "needed", "to", "segment", "the", "kidney", "in", "this", "way", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "a", "second", "approach", "to", "independently", "and", "quantitatively", "validate", "the", "segmentation", "of", "the", "lowest", "resolution", "data", "was", "performed", "using", "segmented", "vo", "##is", "of", "the", "higher", "resolution", ",", "13", "µm", "per", "voxel", "dataset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "here", ",", "the", "13", "µm", "per", "voxel", "vo", "##is", "were", "rigid", "##ly", "registered", "to", "the", "whole", "organ", "volume", "using", "the", "affin", "##e", "registration", "toolkit", "(", "ami", "##ra", "-", "avi", "##zo", ")", "(", "see", "supplementary", "note", "1", ".", "1", ",", "supplementary", "fig", ".", "2", "and", "supplementary", "tables", "3", "and", "4", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "overlapping", "portions", "of", "the", "13", "µm", "voxel", "segmentation", "##s", "and", "50", "µm", "per", "voxel", "datasets", "were", "extracted", ",", "and", "the", "50", "µm", "per", "voxel", "datasets", "were", "ups", "##ampled", "to", "the", "resolution", "of", "the", "13", "µm", "voxel", "dataset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "an", "overlap", "measure", ",", "termed", "topological", "precision", "and", "recall", "score", ",", "following", "pae", "##tz", "##old", "et", "al", ".", ",", "was", "applied", "(", "see", "supplementary", "note", "2", ".", "1", "and", "supplementary", "fig", ".", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "to", "quantify", "branching", "metrics", "of", "the", "human", "kidney", "vasculature", ",", "the", "segmented", "3d", "vascular", "network", "at", "50", "µm", "per", "voxel", "was", "skeleton", "##ised", "using", "the", "centre", "##line", "tree", "algorithm", "in", "ami", "##ra", "-", "avi", "##zo", "v2", "##02", "##1", ".", "1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "choice", "of", "skeleton", "##isation", "algorithm", "and", "the", "parameter", "##ising", "of", "the", "algorithm", "were", "optim", "##ised", "by", "util", "##ising", "the", "super", "-", "metric", "approach", ",", "outlined", "by", "wal", "##sh", "and", "berg", "et", "al", ".", "(", "tube", "parameters", ":", "slope", "=", "4", "and", "zero", "##val", "=", "10", ",", "see", "supplementary", "note", "2", ".", "2", "and", "supplementary", "fig", ".", "4", "for", "parameter", "optim", "##isation", "results", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "resulting", "spatial", "graph", "describes", "the", "vessel", "network", "in", "terms", "of", "‘", "nodes", "’", ",", "‘", "points", "’", ",", "‘", "segments", "’", ",", "and", "‘", "subs", "##eg", "##ments", "’", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "segment", "is", "defined", "as", "being", "between", "a", "start", "and", "end", "node", ",", "corresponding", "to", "either", "a", "branching", "point", "leading", "into", "another", "segment", "branch", ",", "or", "a", "terminal", "end", "where", "no", "further", "branches", "were", "detectable", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "between", "the", "start", "and", "terminal", "node", "of", "each", "segment", "lie", "subs", "##eg", "##ments", "with", "‘", "points", "’", ",", "marking", "the", "start", "and", "end", "of", "each", "subs", "##eg", "##ment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "each", "subs", "##eg", "##ment", "has", "an", "associated", "radius", "and", "length", "(", "supplementary", "fig", ".", "6a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "multis", "##cale", "smoothing", "approach", "was", "applied", "to", "the", "larger", "vessels", "(", "those", "of", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "order", "greater", "than", "5", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "iterative", "weighted", "smoothing", "was", "performed", ",", "where", "the", "smoothed", "location", "of", "any", "point", "is", "given", "by", "iteratively", "calculating", "weighted", "average", "of", "the", "current", "and", "two", "neighbour", "points", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "parameter", "values", "were", "found", "empirically", "as", "0", ".", "8", ",", "0", ".", "1", "and", "15", "for", "the", "neighbour", "points", ",", "current", "point", "and", "iterations", ",", "respectively", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "reduced", "the", "tort", "##uo", "##si", "##ty", "in", "the", "larger", "vessels", "(", "fig", ".", "2", ",", "step", "4", ")", ",", "which", "occurs", "arte", "##fact", "##ually", "due", "to", "noise", "on", "the", "surface", "of", "the", "segmented", "large", "vessels", ",", "and", "which", "if", "uncorrected", ",", "impacts", "severely", "on", "the", "correction", "for", "collapsed", "radius", "vessels", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "correction", "for", "collapsed", "vessels", "was", "delineated", "into", "two", "distinc", "t", "cases", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "one", "case", "is", "a", "scenario", "in", "which", "there", "is", "a", "small", "collapsed", "portion", "in", "an", "otherwise", "patent", "vessel", "(", "supplementary", "fig", ".", "5b", "##i", ",", "bi", "##i", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "second", "case", "applied", "when", "the", "majority", "of", "the", "vessel", "is", "collapsed", "(", "supplementary", "fig", ".", "5c", "##ii", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "reduction", "in", "radius", "in", "the", "skeleton", "##ised", "form", "of", "the", "networks", "can", "be", "seen", "in", "supplementary", "fig", ".", "5b", "##ii", ",", "ci", "##i", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "correction", "for", "short", "subs", "##eg", "##ment", "collapsed", "vessels", "was", "performed", "by", "plotting", "radius", "along", "each", "segment", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "subs", "##eg", "##ments", "where", "the", "radius", "was", "below", "the", "5th", "percentile", "for", "that", "segment", "were", "replaced", "with", "the", "nearest", "neighbour", "." ]

[ "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "larger", "collapsed", "vessels", ",", "the", "process", "is", "fully", "described", "in", "the", "“", "results", "”", "section", "." ]

[ "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "topological", "/", "morphological", "metrics", "of", "the", "network", "were", "calculated", "from", "the", "spatial", "graph", "as", "follows", ",", "with", "code", "provided", "at", "https", ":", "/", "/", "github", ".", "com", "/", "hip", "##ct", "##pro", "##ject", "/", "skeleton", "_", "analysis", ":", "i", ".", "branching", "angle", "is", "calculated", "as", "either", ":", "(", "a", ")", "the", "angle", "between", "the", "two", "child", "segments", "from", "a", "common", "parent", "segment", ",", "or", "(", "b", ")", "the", "angle", "between", "a", "child", "segment", "and", "its", "parent", "segment", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "both", "cases", ",", "the", "vector", "for", "the", "segment", "of", "parent", "and", "child", "were", "calculated", "between", "the", "start", "node", "and", "end", "node", ",", "irrespective", "of", "vascular", "tort", "##uo", "##si", "##ty", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "ii", "." ]

[ "O", "O" ]

[ "tort", "##uo", "##si", "##ty", "is", "defined", "as", "the", "euclidean", "distance", "between", "start", "and", "end", "node", "of", "a", "segment", ",", "divided", "by", "the", "sum", "of", "all", "subs", "##eg", "##ment", "lengths", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "iii", "." ]

[ "O", "O" ]

[ "radius", "is", "calculated", "per", "segment", "as", "the", "mean", "of", "all", "subs", "##eg", "##ment", "radii", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "cases", "where", "larger", "vessels", "had", "fully", "collapsed", "(", "see", "“", "results", "”", "for", "details", ")", ",", "the", "radius", "was", "defined", "as", "the", "equivalent", "radius", "for", "a", "circular", "vessel", "with", "the", "same", "length", "perimeter", "as", "the", "vessel", "cross", "-", "section", "in", "the", "binary", "image", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "iv", "." ]

[ "O", "O" ]

[ "length", "is", "defined", "as", "the", "sum", "of", "all", "subs", "##eg", "##ment", "lengths", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "v", ".", "inter", "-", "vessel", "distance", "is", "calculated", "by", "two", "approaches", "to", "facilitate", "different", "analyses", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "first", ",", "using", "the", "segmentation", "binary", "image", ",", "the", "distance", "of", "every", "non", "-", "vessel", "voxel", "from", "its", "nearest", "vessel", "voxel", "was", "calculated", "via", "a", "3d", "distance", "transform", "(", "imagej", ")", "applied", "to", "the", "binary", "vessel", "segmentation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "second", ",", "using", "the", "skeleton", "form", ",", "the", "euclidean", "distance", "between", "the", "midpoint", "of", "every", "segment", "to", "its", "nearest", "-", "neighbouring", "segment", "midpoint", "was", "calculated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "radius", "is", "calculated", "per", "segment", "as", "the", "mean", "of", "all", "subs", "##eg", "##ment", "radii", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "cases", "where", "larger", "vessels", "had", "fully", "collapsed", "(", "see", "“", "results", "”", "for", "details", ")", ",", "the", "radius", "was", "defined", "as", "the", "equivalent", "radius", "for", "a", "circular", "vessel", "with", "the", "same", "length", "perimeter", "as", "the", "vessel", "cross", "-", "section", "in", "the", "binary", "image", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "in", "addition", "to", "the", "above", "metrics", ",", "we", "also", "assessed", "vessel", "generation", ",", "or", "order", ",", "using", "two", "methods", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "first", ",", "we", "used", "a", "variation", "of", "the", "centri", "##pe", "##tal", "system", ",", "known", "as", "the", "stra", "##hl", "##er", "ordering", "system", ",", "wherein", "the", "most", "distal", ",", "smallest", "segments", "are", "assigned", "as", "the", "first", "order", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "if", "two", "segments", "with", "the", "same", "order", "inters", "##ect", ",", "the", "resulting", "segment", "has", "one", "stra", "##hl", "##er", "order", "greater", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "alternatively", ",", "if", "two", "segments", "with", "different", "orders", "inters", "##ect", ",", "the", "higher", "order", "of", "the", "two", "is", "given", "to", "the", "resulting", "segment", "(", "supplementary", "fig", ".", "6b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "used", "a", "variant", "of", "the", "stra", "##hl", "##er", "order", "approach", ",", "which", "we", "term", "the", "truncated", "stra", "##hl", "##er", "approach", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "50", "µm", "per", "voxel", "dataset", "does", "not", "provide", "sufficient", "resolution", "to", "image", "or", "segment", "down", "to", "afferent", "arterioles", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "thus", ",", "the", "network", "created", "from", "this", "50", "µm", "per", "voxel", "dataset", "is", "truncated", "at", "the", "interl", "##ob", "##ular", "arteries", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "we", "assigned", "the", "terminal", "ends", "of", "our", "network", "as", "the", "first", "stra", "##hl", "##er", "order", ",", "as", "opposed", "to", "applying", "statistical", "estimates", "to", "determine", "the", "stra", "##hl", "##er", "order", "of", "these", "terminal", "ends", "based", "on", "diameter", "relative", "to", "the", "afferent", "arterioles", ",", "as", "performed", "previously", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "detailed", "discussion", "of", "this", "approach", "and", "alternative", "ordering", "approaches", "are", "discussed", "in", "the", "supplementary", "note", "3", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "second", ",", "we", "took", "a", "centrifugal", ",", "or", "‘", "topological", "’", "approach", ",", "starting", "with", "the", "most", "proximal", "artery", "as", "generation", "one", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "at", "each", "branching", "node", "the", "generation", "is", "increased", ",", "an", "approached", "which", "has", "been", "previously", "utilised", "(", "supplementary", "fig", ".", "6c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "from", "the", "ordering", "analyses", ",", "we", "assessed", "the", "branching", "ratio", "(", ")", "defined", "as", "the", "anti", "-", "log", "of", "the", "reciprocal", "for", "the", "linear", "fit", "to", "the", "plot", "of", "truncated", "sta", "##hl", "##er", "order", "(", "o", ")", ",", "against", "the", "logarithm", "of", "the", "number", "of", "segments", "(", "n", ")", "in", "each", "order", ":", "1", "[", "12p", "##t", "]", "$", "$", "n", "=", "_", "^", "}", "$", "$", "n", "=", "n", "0", "e", "−", "o", "γ", "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "the", "radius", "of", "the", "arterial", "network", "in", "the", "human", "kidney", "obtained", "from", "this", "study", "was", "compared", "to", "those", "of", "the", "rat", "kidney", "taken", ",", "which", "was", "scanned", "with", "20", "and", "4", "µm", "per", "voxel", "using", "a", "microf", "##illing", "approach", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "the", "radial", "scaling", "exponent", "for", "vascular", "networks", "refers", "to", "the", "relationship", "between", "the", "radii", "of", "parent", "and", "daughter", "vessels", "at", "a", "bifurcation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "it", "is", "formulated", "as", ":", "2", "[", "12p", "##t", "]", "$", "$", "_", "}", "^", "=", "_", "_", ",", "i", "}", "^", "$", "$", "r", "parent", "1", "/", "a", "=", "∑", "i", "r", "child", ",", "i", "1", "/", "a", "where", "is", "the", "scaling", "exponent", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "murray", "’", "s", "law", "is", "derived", "from", "assuming", "minimal", "work", "in", "maintaining", "blood", "transport", ",", "leading", "to", "vessel", "radii", "scaling", "with", "the", "cube", "root", "of", "flow", "rate", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "murray", "’", "s", "law", "also", "assumes", ",", "constant", "uniform", "metabolic", "demand", "of", "the", "tissue", ",", "laminar", "flow", "and", "that", "blood", "is", "a", "newton", "##ian", "fluid", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "contrast", ",", "the", "west", ",", "brown", ",", "and", "en", "##quist", "(", "wb", "##e", ")", "model", "describes", "vascular", "networks", "as", "fractal", "-", "like", "structures", "that", "optim", "##ise", "metabolic", "energy", "distribution", "across", "the", "vascular", "network", "in", "its", "entire", "##ty", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "it", "predicts", "a", "0", ".", "5", "scaling", "exponent", "for", "large", "vessels", "and", "0", ".", "33", "for", "small", "vessels", ",", "accounting", "for", "hierarchical", "branching", ",", "where", "the", "emphasis", "is", "on", "efficiently", "delivering", "nutrients", "and", "waste", "exchange", "throughout", "the", "system", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "both", "models", "provide", "insights", "into", "vascular", "architecture", "but", "differ", "in", "scope", ",", "with", "real", "vascular", "networks", "often", "devi", "##ating", "due", "to", "biological", "variability", "and", "tissue", "-", "specific", "adaptations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##124", "##08", "##82", "##1", "calculation", "of", "the", "radial", "exponent", "is", "done", "in", "this", "work", "following", "the", "regression", "-", "based", "method", "outlined", "in", "refs", ".", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "each", "vessel", "in", "the", "network", ",", "the", "number", "of", "downstream", "endpoints", "of", "the", "network", "is", "counted", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "radius", "and", "number", "of", "downstream", "tips", "are", "related", "by", "eq", "4", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "from", "ref", ".", ":" ]

[ "O", "O", "O", "O" ]