OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "these", "results", "showed", "broad", "and", "consistent", "representation", "of", "major", "immune", "lineages", "in", "our", "dataset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "next", "analyzed", "the", "subset", "composition", "and", "heterogeneity", "for", "each", "immune", "cell", "lineage", "across", "tissues", "based", "on", "the", "mm", "##och", "##i", "annotations", "above", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "t", "lymphocytes", "(", "610", ",", "429", "cells", ")", "comprised", "low", "-", "frequency", "γδ", "t", "cells", ",", "which", "develop", "early", "in", "onto", "##gen", "##y", ",", "and", "predominant", "αβ", "t", "cells", "(", "fig", ".", "2a", ",", "b", "and", "supplementary", "fig", ".", "2", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cd4", "and", "cd8", "t", "cells", "(", "αβ", "tcr", ")", "were", "subdivided", "into", "naive", "(", "t", "n", ")", ",", "terminal", "effector", "(", "t", "emr", "##a", ")", "and", "memory", "subsets", ",", "including", "effector", "-", "memory", "(", "t", "em", ")", ",", "central", "memory", "(", "t", "cm", ")", "and", "t", "rm", ",", "along", "with", "cd4", "regulatory", "t", "cells", "(", "t", "reg", ")", "(", "fig", ".", "2a", ",", "b", ")", "." ]	[ "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "surface", "proteins", "were", "essential", "for", "identifying", "t", "cell", "subsets", "that", "were", "not", "fully", "resolved", "by", "scr", "##na", "-", "seq", "(", "fig", ".", "2b", "and", "supplementary", "fig", ".", "3", ")", ",", "as", "shown", "before", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "example", ",", "surface", "cd45ra", "expression", "was", "required", "to", "disting", "ui", "##sh", "cd45ra", "t", "n", "cells", "from", "cd45ra", "t", "cm", "cells", "and", "cd45ra", "t", "em", "cells", "from", "cd45ra", "t", "emr", "##a", "cells", ",", "and", "surface", "γδ", "or", "αβ", "t", "cell", "receptor", "(", "tcr", ")", "expression", "to", "ac", "curate", "ly", "identify", "γδ", "t", "cells", "from", "cd8", "t", "cells", ",", "which", "can", "express", "tr", "##dc", "(", "fig", ".", "2b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "addition", ",", "t", "rm", "cells", "were", "disting", "ui", "##sh", "##ed", "from", "t", "em", "cells", "based", "on", "surface", "expression", "of", "cd69", ",", "cd103", "and", "/", "or", "cd4", "##9a", "(", "fig", ".", "2b", "and", "supplementary", "fig", ".", "3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "t", "cell", "subsets", "were", "differentially", "distributed", "across", "sites", ";", "cd4", "t", "n", ",", "cd8", "t", "n", "and", "cd4", "t", "cm", "cells", "were", "enriched", "in", "blood", "and", "multiple", "ln", ",", "cd4", "t", "reg", "cells", "were", "enriched", "in", "ln", ",", "while", "cd4", "and", "cd8", "t", "rm", "cells", "predom", "##inated", "in", "je", "##j", "and", "were", "present", "at", "lower", "frequencies", "in", "lungs", ",", "spleen", "and", "ln", "(", "fig", ".", "2a", ",", "b", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "t", "emr", "##a", "cells", "were", "mostly", "cd8", "and", "enriched", "in", "the", "bm", "and", "spleen", "and", ",", "to", "a", "lesser", "extent", ",", "in", "lungs", ",", "while", "t", "em", "cells", "were", "distributed", "across", "most", "sites", "(", "fig", ".", "2a", ",", "b", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "mucosal", "-", "associated", "invariant", "t", "(", "ma", "##it", ")", "cells", ",", "disting", "ui", "##sh", "##ed", "by", "trav", "##1", ".", "2", "expression", ",", "cd16", "##1", "and", "other", "markers", ",", "were", "predominantly", "found", "in", "the", "spleen", ",", "bm", "and", "lungs", "(", "fig", ".", "2a", ",", "b", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "tcr", "clonal", "analysis", "provided", "additional", "correl", "##ative", "evidence", "for", "subset", "delineation", "and", "tissue", "distribution", "(", "for", "example", ",", "with", "the", "highest", "clonal", "##ity", "observed", "in", "the", "t", "emr", "##a", "subset", ",", "as", "previously", "described", ")", "(", "supplementary", "fig", ".", "2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "innate", "lymphocytes", "(", "130", ",", "414", "cells", ")", "were", "predominantly", "mature", "cd56", "cd16", "nk", "cells", "expressing", "cytolytic", "markers", "(", "kl", "##rf", "##1", ",", "gz", "##mb", ")", "and", "enriched", "in", "blood", ",", "bm", "and", "lungs", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "immature", "cd56", "cd16", "nk", "cells", "were", "present", "at", "lower", "frequencies", "across", "most", "tissues", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "detected", "low", "frequencies", "of", "il", "##cs", "consisting", "largely", "of", "cd16", "ncr", "##2", "il", "##7", "##r", "il", "##c1", "##s", "with", "high", "expression", "of", "tissue", "residency", "markers", "(", "cd69", ",", "cd4", "##9a", ",", "cd103", ")", "enriched", "in", "je", "##j", ",", "and", "il", "##7", "##r", "kit", "ror", "##c", "il", "##c3", "(", "ref", ".", ")" ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "found", "in", "ln", ",", "spleen", "and", "je", "##j", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "putative", "cd1", "##27", "cd62l", "tcf", "##7", "nk", "/", "il", "##c", "precursors", ",", "resembling", "cd56", "cd16", "nk", "and", "il", "##c3", "##s", ",", "were", "enriched", "in", "blood", "but", "present", "in", "all", "tissues", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "b", "cells", "(", "272", ",", "162", "cells", ")", "were", "classified", "into", "6", "subsets", "largely", "confined", "to", "lymphoid", "organs", "(", "fig", ".", "2e", ",", "f", ")", ",", "including", "igd", "naive", "b", "cells", ",", "cd27", "memory", "b", "cells", ",", "germinal", "center", "b", "cells", "expressing", "aic", "##da", "(", "encoding", "activation", "-", "induced", "adenosine", "deaminase", ",", "which", "mediates", "somatic", "mutation", "and", "class", "switch", "recombination", ")", ",", "plasma", "cells", "expressing", "immunoglobulin", "genes", "and", "sd", "##c1", "(", "cd1", "##38", ")", "and", "plasma", "##blasts", "expressing", "proliferation", "markers", "(", "mk", "##i", "##67", ",", "top", "##2a", ")", "(", "fig", ".", "2f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cd11c", "memory", "b", "cells", "expressing", "tb", "##x2", "##1", "(", "encoding", "the", "transcription", "factor", "t", "-", "bet", ")", "resembled", "‘", "atypical", "b", "cells", "’", "and", "were", "found", "at", "low", "frequencies", "in", "spleen", "and", "bm", "(", "fig", ".", "2e", ",", "f", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "variable", "frequencies", "of", "memory", "b", "cells", "in", "ln", "and", "spleen", "expressed", "cd69", "(", "fig", ".", "2e", ",", "f", ")", ",", "den", "##oting", "tissue", "residency", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "plasma", "cells", "expressing", "iga", "were", "enriched", "in", "the", "jl", "##p", ",", "while", "igg", "plasma", "##blasts", "were", "enriched", "in", "lymphoid", "organs", "(", "fig", ".", "2e", ",", "f", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "b", "cell", "receptor", "(", "bcr", ")", "analysis", "indicated", "that", "plasma", "##blasts", "exhibited", "the", "highest", "clonal", "expansion", "across", "lymphoid", "sites", ",", "while", "memory", "b", "cells", "and", "plasma", "(", "but", "not", "naive", ")", "cells", "expressed", "mutate", "d", "bcr", "(", "supplementary", "fig", ".", "4", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "myeloid", "lineage", "cells", "(", "225", ",", "268", "cells", ")", "comprised", "c1q", "##a", "ms", "##4a", "##7", "macrophages", ",", "fc", "##n1", "cd14", "classical", "and", "fc", "##n1", "fc", "##gr", "##3a", "non", "-", "classical", "monocytes", "and", "dc", "subsets", ",", "including", "cle", "##c", "##9a", "dc", "##1", ",", "cle", "##c1", "##0", "##a", "dc", "##2", ",", "ccr7", "migratory", "dcs", "and", "cd1", "##23", "lil", "##ra", "##4", "plasma", "##cyt", "##oid", "dcs", "(", "pdcs", ")", "(", "fig", ".", "2g", ",", "h", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "classical", "monocytes", "were", "most", "abundant", "in", "blood", ",", "while", "non", "-", "classical", "monocytes", "were", "found", "mainly", "in", "bm", "and", "lung", "(", "fig", ".", "2g", ",", "h", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "dcs", "were", "found", "at", "low", "frequency", "across", "all", "tissues", ";", "pdcs", "were", "enriched", "in", "the", "bm", ",", "migratory", "dcs", "in", "the", "lns", ",", "while", "dc", "##2s", "were", "found", "mainly", "in", "the", "lns", "and", "je", "##j", "(", "fig", ".", "2g", ",", "h", ")", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "macrophages", "were", "found", "predominantly", "in", "the", "lung", "and", "at", "low", "frequencies", "in", "the", "bm", ",", "spleen", ",", "lns", "and", "je", "##j", "(", "fig", ".", "2h", ")", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "immune", "cell", "subset", "composition", "for", "the", "lineages", "above", "in", "blood", ",", "lymphoid", "organs", "and", "mucosal", "sites", "was", "specific", "to", "the", "site", "and", "conserved", "across", "donors", "(", "fig", ".", "2i", "and", "extended", "data", "fig", ".", "2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "defined", "additional", "subset", "heterogeneity", "based", "on", "rna", "expression", ",", "identifying", "proliferating", "cells", "across", "lineages", "and", "functional", "subsets", "for", "cd8", "t", "em", "cells", "and", "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", ",", "also", "with", "tissue", "-", "specific", "distribution", "(", "supplementary", "figs", ".", "5", "and", "6", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "comprehensive", ",", "annotate", "d", "map", "of", "immune", "cells", "across", "tissues", "can", "serve", "as", "a", "reference", "for", "future", "analysis", ",", "and", "we", "provided", "pre", "-", "trained", "models", "for", "label", "transfer", "of", "our", "cell", "-", "type", "annotation", "in", "the", "pop", "##v", "framework", "(", "supplementary", "fig", ".", "7", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "subset", "analysis", "showed", "consistent", ",", "tissue", "-", "specific", "composition", "between", "sites", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "understand", "the", "influence", "of", "tissue", "localization", "on", "gene", "expression", ",", "we", "performed", "a", "two", "-", "step", "differential", "expression", "(", "de", ")", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "first", ",", "we", "compared", "the", "major", "immune", "lineages", "(", "cd8", "t", "cells", ",", "cd4", "t", "cells", ",", "γδ", "/", "μ", "##α", "##ι", "##τ", "cells", ",", "myeloid", "cells", ",", "nk", "/", "il", "##c", "and", "b", "cells", ")", "within", "each", "site", "(", "for", "example", ",", "blood", ",", "bm", ",", "spleen", ",", "ln", ",", "lung", ",", "je", "##j", ")", "versus", "the", "other", "sites", "using", "pseudo", "##bu", "##l", "##ke", "##d", "linear", "mixed", "modeling", "(", "lm", "##m", ")", ",", "controlling", "for", "covariates", "(", "for", "example", ",", "sex", ",", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", ")", "(", "fig", ".", "3a", "and", "supplementary", "tables", "4", "and", "5", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "identified", "13", "clusters", "from", "significantly", "differentially", "expressed", "genes", "(", "degs", ")", "(", "c1", "–", "13", ")", "grouped", "by", "lineage", "and", "/", "or", "tissue", "(", "fig", ".", "3b", "and", "supplementary", "table", "6", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "then", "conducted", "a", "similar", "across", "-", "tissue", "de", "analysis", "for", "each", "subset", "and", "evaluated", "whether", "these", "signatures", "were", "expressed", "by", "individual", "subsets", "within", "a", "lineage", "using", "gene", "set", "enrichment", "analysis", "(", "gsea", ")", "(", "fig", ".", "3a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "visualize", "effect", "sizes", ",", "determine", "the", "contribution", "of", "compositional", "differences", "and", "identify", "tissue", "-", "specific", "signatures", "across", "lineages", ",", "we", "integrated", "this", "analysis", "with", "subset", "frequencies", "within", "a", "tissue", ",", "fold", "changes", "(", "fc", ")", "compared", "to", "the", "other", "sites", "and", "the", "average", "expression", "of", "gene", "clusters", "by", "subset", "(", "fig", ".", "3c", "–", "h", ",", "extended", "data", "fig", ".", "3", ",", "and", "supplementary", "tables", "7", "and", "8", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "myeloid", "cells", "from", "all", "tissues", "exhibited", "transcriptional", "profiles", "not", "expressed", "by", "other", "immune", "lineages", "(", "clusters", "c1", "–", "c4", ")", ",", "which", "also", "varied", "by", "tissue", "(", "fig", ".", "3b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "c1", "(", "chemok", "ine", ",", "complement", ",", "lipid", "transport", ")", "and", "c2", "(", "ppar", "signaling", "associated", "with", "alveol", "ar", "macrophages", ")", "were", "enriched", "in", "the", "je", "##j", "and", "lung", ",", "respectively", ",", "particularly", "in", "macrophages", "(", "fig", ".", "3c", ",", "d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "by", "contrast", ",", "c4", "(", "anti", "-", "microbial", "peptide", "production", "and", "cell", "signaling", ")", "enrichment", "was", "explained", "by", "increased", "frequencies", "of", "bm", "and", "spleen", "monocytes", "relative", "to", "macrophages", "rather", "than", "transcriptional", "changes", "within", "and", "across", "subsets", "(", "extended", "data", "fig", ".", "3a", ",", "b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "tissue", "-", "associated", "genes", "within", "clusters", "c5", "–", "c9", "were", "expressed", "primarily", "by", "t", "cells", "and", "innate", "lymphocytes", "(", "fig", ".", "3b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "c5", "genes", "encoding", "stem", "-", "like", "transcription", "factors", "and", "markers", "(", "tcf", "##7", ",", "lef", "##1", ",", "itg", "##a", "##6", ")", "and", "ln", "homing", "receptors", "(", "ccr7", ",", "sell", ")", "were", "enriched", "in", "cd4", "and", "cd8", "t", "rm", "cells", "and", "t", "em", "cells", "in", "ln", "(", "fig", ".", "3e", ",", "f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "conversely", ",", "c6", "genes", "encoding", "molecules", "for", "mucosal", "residency", "(", "itg", "##a1", ",", "cxcr", "##6", ",", "itg", "##ae", ")", "and", "gut", "homing", "(", "ccr", "##9", ")", "were", "enriched", "in", "cd4", "and", "cd8", "t", "rm", "cells", ",", "γδ", "t", "cells", ",", "ma", "##it", "cells", "and", "nk", "cells", "in", "the", "je", "##j", "(", "fig", ".", "3e", ",", "f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", ",", "γδ", "cells", ",", "ma", "##it", "cells", "and", "nk", "/", "il", "##cs", "in", "the", "je", "##j", "showed", "reduced", "expression", "of", "c9", "genes", "associated", "with", "cytolytic", "effector", "function", "(", "gz", "##mb", ",", "prf", "##1", ",", "ifng", ",", "nk", "##g", "7", ")", "compared", "to", "other", "sites", ",", "while", "c9", "was", "enriched", "in", "the", "lung", "(", "fig", ".", "3b", "and", "extended", "data", "fig", ".", "3c", ",", "d", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "c7", "genes", "associated", "with", "protein", "metabolism", "were", "enriched", "in", "nk", "/", "il", "##cs", "and", "innate", "t", "cells", "in", "the", "je", "##j", ",", "while", "c8", "genes", "encoding", "chemok", "ine", "##s", "(", "ccl4", ",", "xc", "##l1", ")", "and", "innate", "lymphocyte", "functions", "(", "kl", "##rc", "##1", ",", "ncr", "##1", ")", "were", "expressed", "by", "t", "cell", "and", "nk", "/", "il", "##c", "subsets", "across", "all", "sites", "(", "fig", ".", "3b", "and", "extended", "data", "fig", ".", "3e", ",", "f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "therefore", ",", "this", "analysis", "identified", "shared", "gene", "expression", "profiles", "across", "t", "and", "innate", "lymphocyte", "subsets", "that", "varied", "by", "site", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "tissue", "-", "enriched", "signatures", "for", "b", "cells", "(", "c10", "–", "c1", "##3", ")", "were", "mostly", "associated", "with", "specific", "subsets", "(", "fig", ".", "3b", ",", "g", ",", "h", "and", "extended", "data", "fig", ".", "3g", ",", "h", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "c10", "included", "cell", "cycle", "genes", "and", "was", "enriched", "in", "b", "cells", "and", "plasma", "cells", "in", "the", "lungs", "(", "fig", ".", "3g", ",", "h", ")", ",", "possibly", "because", "of", "higher", "plasma", "##blast", "abundance", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]
[ "je", "##j", "b", "cells", "showed", "increased", "expression", "of", "c12", "(", "b", "cell", "differentiation", "and", "protein", "transport", ")", "and", "c1", "##3", "(", "b", "cell", "activation", ")", "genes", "(", "fig", ".", "3b", ")", ",", "which", "were", "derived", "from", "plasma", "cells", "comprising", "the", "majority", "of", "the", "b", "cell", "lineage", "in", "intestinal", "sites", "(", "fig", ".", "3g", ",", "h", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "also", "applied", "consensus", "single", "-", "cell", "hierarchical", "poisson", "factor", "##ization", "(", "sch", "##p", "##f", ")", "to", "identify", "gene", "co", "-", "expression", "patterns", "common", "to", "different", "immune", "lineages", "or", "sites", "(", "considering", "the", "je", "##j", ",", "lung", "and", "ln", ")", "(", "extended", "data", "fig", ".", "4a", "and", "supplementary", "table", "9", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "found", "a", "proliferation", "module", "enriched", "in", "the", "lungs", ",", "a", "lymphoid", "-", "specific", "module", "in", "the", "lns", ",", "an", "intestine", "-", "specific", "residency", "module", "and", "modules", "associated", "with", "effector", "and", "cytolytic", "functions", "prominent", "in", "the", "lungs", "but", "not", "je", "##j", "or", "lns", "(", "extended", "data", "fig", ".", "4a", "–", "d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "lymphoid", "module", "included", "genes", "associated", "with", "stemness", "(", "klf", "##7", ",", "lef", "##1", ",", "sox", "##4", ")", "and", "lymphoid", "homing", "(", "ccr7", ",", "sell", ",", "itg", "##a", "##6", ")", "markers", "expressed", "mostly", "in", "t", "cells", ",", "some", "nk", "cells", "and", "il", "##cs", ",", "and", "not", "in", "b", "cells", "or", "myeloid", "cells", "(", "extended", "data", "fig", ".", "4b", "–", "e", "and", "supplementary", "table", "10", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "je", "##j", "residency", "module", "included", "intestinal", "tissue", "residency", "genes", "(", "ccr", "##9", ",", "itg", "##ae", ",", "cd10", "##1", ",", "cd16", "##0", ")", "enriched", "in", "t", "cells", ",", "nk", "cells", "and", "il", "##cs", "(", "extended", "data", "fig", ".", "4f", "–", "h", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "signatures", "were", "also", "reflected", "at", "the", "surface", "protein", "level", "(", "extended", "data", "fig", ".", "4e", ",", "i", "and", "supplementary", "table", "11", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "thus", ",", "tissue", "-", "specific", "gene", "expression", "modules", "spanned", "multiple", "cell", "types", ",", "suggesting", "shared", "tissue", "adaptations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "the", "tissue", "environment", "poses", "unique", "requirements", "for", "resident", "immune", "populations", "such", "as", "t", "rm", "cells", ",", "plasma", "cells", "and", "macrophages", "for", "maintaining", "homeostasis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "integrated", "the", "de", "analysis", "shown", "in", "fig", ".", "3", "with", "surface", "protein", "expression", "to", "define", "site", "-", "specific", "signatures", "for", "resident", "immune", "cells", "(", "fig", ".", "4", "and", "supplementary", "table", "12", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cd4", "and", "cd8", "t", "rm", "cells", "expressed", "genes", "and", "/", "or", "surface", "proteins", "for", "tissue", "residency", "(", "cd103", ",", "cd10", "##1", ",", "cd4", "##9a", ")", ",", "gut", "homing", "and", "localization", "(", "ccr", "##9", ",", "ccr5", "for", "cd4", "t", "rm", "cells", ")", "and", "reduced", "pd", "-", "1", "(", "for", "cd8", "t", "rm", "cells", ")", "in", "intestines", "relative", "to", "lungs", "and", "lymphoid", "organs", "(", "fig", ".", "4a", "–", "f", ")", "." ]	[ "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lung", "t", "rm", "cells", "showed", "increased", "expression", "of", "effector", "or", "cytotoxicity", "(", "ifng", ",", "gz", "##mh", ",", "gz", "##ma", ",", "prf", "##1", ")", "and", "regulatory", "(", "ctla4", ")", "genes", "relative", "to", "the", "je", "##j", "and", "lymphoid", "organs", ";", "t", "rm", "cells", "in", "ln", ",", "spleen", "and", "bm", "had", "higher", "expression", "of", "stem", "-", "like", "markers", "(", "tcf", "##7", ",", "klf", "##2", ")", "and", "certain", "integrins", "and", "costimulatory", "markers", "(", "itg", "##b2", ",", "cd27", ",", "cd28", ",", "icos", ")", "relative", "to", "the", "je", "##j", "and", "lungs", "(", "fig", ".", "4a", "–", "f", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "site", "-", "specific", "profiles", "for", "t", "rm", "cells", "showed", "adaptations", "related", "to", "migration", ",", "localization", "and", "function", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "tissue", "plasma", "cells", "and", "macrophages", "also", "exhibited", "distinc", "t", "tissue", "signatures", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "plasma", "cells", ",", "we", "found", "several", "je", "##j", "-", "enriched", "genes", ",", "including", "igh", "##a2", "(", "consistent", "with", "predominant", "iga", "plasma", "cells", "in", "the", "gut", ")", ",", "the", "non", "-", "classical", "hla", "molecule", "cd1d", ",", "plasma", "cell", "transcription", "factors", "(", "runx2", ",", "id", "##3", ")", "and", "the", "tissue", "residency", "marker", "cd69", "(", "fig", ".", "4g", "–", "i", ")", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "plasma", "cells", "in", "lungs", ",", "and", "to", "a", "lesser", "extent", ",", "ln", "and", "spleen", ",", "expressed", "higher", "levels", "of", "integrins", "(", "cd11c", ",", "cd1", "##8", ")", "(", "fig", ".", "4g", "–", "i", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "je", "##j", "macrophages", "had", "increased", "expression", "of", "integrins", "(", "icam", "##1", ",", "itg", "##a4", ")", ",", "chemok", "ine", "##s", "(", "ccl2", "##4", ",", "ccl", "##3", "##l1", ")", "and", "regulators", "of", "macrophage", "activation", "(", "for", "example", ",", "sla", "##m", "##f", "##7", ")", ",", "whereas", "lung", "macrophages", "had", "higher", "expression", "of", "cd11c", "(", "itg", "##ax", ")", ",", "markers", "of", "efferocytosis", "(", "mrc", "##1", ",", "marc", "##o", ")", "and", "lipid", "metabolism", "(", "pparg", ",", "trem", "##2", ",", "fabp", "##4", ")", "(", "fig", ".", "4", "##j", "–", "l", ")", ",", "consistent", "with", "alveol", "ar", "macrophages", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "lastly", ",", "macrophages", "in", "the", "spleen", "expressed", "markers", "of", "red", "pulp", "macrophages", "(", "spi", "##c", ",", "vcam", "##1", ")", "(", "fig", ".", "4", "##j", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "observations", "revealed", "site", "-", "specific", "signatures", "for", "activation", ",", "migration", ",", "metabolism", "and", "cell", "–", "cell", "interactions", "involved", "in", "tissue", "residency", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "investigated", "age", "-", "associated", "effects", "across", "immune", "lineages", "and", "tissues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "a", "global", "analysis", "of", "transcriptional", "variance", "within", "each", "major", "lineage", "revealed", "that", "tissue", "site", "explained", "the", "majority", "of", "variance", ",", "while", "age", "accounted", "for", "a", "much", "smaller", "fraction", "(", "fig", ".", "5a", "and", "supplementary", "table", "13", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "most", "of", "the", "top", "age", "-", "dependent", "genes", "in", "each", "lineage", "(", "fig", ".", "5b", ")", "also", "exhibited", "tissue", "-", "specific", "variation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "immune", "cell", "composition", "in", "the", "different", "sites", "was", "largely", "maintained", "across", "age", ",", "except", "for", "significantly", "decreased", "frequencies", "of", "cd8", "t", "n", "cells", "in", "the", "blood", "and", "lns", ",", "concomitant", "increases", "in", "t", "em", "cells", "in", "the", "blood", "and", "t", "rm", "cells", "in", "the", "lns", "and", "lower", "frequencies", "of", "classical", "monocytes", "in", "the", "bm", "(", "fig", ".", "5c", "and", "supplementary", "table", "14", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "results", "indicate", "that", "tissue", "-", "driven", "immune", "cell", "composition", "and", "profile", "are", "largely", "maintained", "with", "age", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "interrogate", "specific", "effects", "of", "aging", "on", "immune", "cells", "across", "lineages", "and", "sites", ",", "we", "conducted", "a", "separate", "de", "analysis", "for", "each", "tissue", "group", "and", "immune", "subset", "with", "sufficient", "representation", ",", "comparing", "younger", "(", "<", "40", "years", ")", "versus", "older", "(", ">", "40", "years", ")", "individuals", ",", "while", "controlling", "for", "sex", ",", "cmv", "status", "and", "other", "covariates", "(", "supplementary", "tables", "15", "–", "17", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "an", "embedding", "of", "similarities", "between", "age", "-", "related", "degs", "revealed", "that", "some", "immune", "cells", "exhibited", "changes", "specific", "to", "tissue", "site", "(", "for", "example", ",", "t", "cells", "in", "the", "ln", ",", "lymphocytes", "in", "the", "je", "##j", ")", ",", "while", "others", "showed", "subset", "-", "specific", "changes", "independent", "of", "site", "(", "for", "example", ",", "monocytes", "in", "blood", ",", "bm", "and", "lung", ",", "and", "memory", "b", "cells", "in", "lns", "and", "lung", ")", "(", "fig", ".", "5d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "identified", "genes", "regulated", "with", "age", "in", "each", "subset", "and", "tissue", "by", "integrating", "de", "results", "with", "gsea", "(", "supplementary", "fig", ".", "8a", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "myeloid", "lineage", "cells", ",", "mucosal", "sites", "had", "the", "most", "age", "-", "related", "degs", ",", "with", "similar", "trends", "in", "lymphoid", "organs", "(", "fig", ".", "5e", "–", "g", ")", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "age", "-", "related", "changes", "in", "classical", "monocytes", "included", "increased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "proliferation", "and", "inflammation", "(", "kras", ",", "calm", "##1", ")", "and", "decreased", "expression", "of", "genes", "for", "macrophage", "differentiation", "(", "for", "example", ",", "rab", "##44", ")", "(", "fig", ".", "5e", ")", ";", "non", "-", "classical", "monocytes", "showed", "age", "-", "associated", "increase", "in", "expression", "of", "genes", "for", "cell", "–", "cell", "interactions", "(", "lg", "##als", "##1", ",", "itg", "##a", "##9", ")", "and", "decreased", "expression", "of", "metabolism", "and", "mitochondrial", "regulation", "genes", "(", "ly", "##rm", "##7", ",", "sars", "##2", ")", "(", "fig", ".", "5f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "macrophages", "had", "decreased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "metabolism", "and", "mitochondrial", "fitness", "(", "marc", "##1", ",", "mtor", ")", "and", "increased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "m2", "macrophages", "(", "id", "##1", ",", "ad", "##gr", "##e1", "npr", "##2", ")", "and", "interferon", "signaling", "(", "mx", "##2", ")", "(", "fig", ".", "5g", ")", "along", "with", "increased", "cd95", "(", "fas", ")", "at", "the", "protein", "level", "(", "fig", ".", "5h", ")", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "together", ",", "these", "age", "-", "related", "changes", "in", "monocytes", "and", "macrophages", "were", "subset", "-", "specific", ",", "enriched", "in", "mucosal", "sites", "and", "indicated", "decreased", "overall", "fitness", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "used", "sch", "##p", "##f", "to", "identify", "age", "-", "associated", "gene", "signatures", "for", "myeloid", "cells", "and", "gsea", "to", "assess", "their", "expression", "in", "different", "subsets", "and", "sites", "(", "supplementary", "tables", "18", "and", "19", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "uncovered", "an", "apoe", "–", "trem", "##2", "signature", ",", "including", "apolipoprotein", "genes", "(", "apoc", "##1", ",", "apoc", "##2", "and", "apoe", ")", "and", "trem", "##2", ",", "a", "triggering", "receptor", "expressed", "on", "myeloid", "cells", "that", "binds", "apoe", "and", "facilitates", "macrophage", "functions", ",", "such", "as", "phagocytosis", "and", "chemotaxis", ",", "and", "induces", "metabolic", "changes", "(", "fig", ".", "5", "##i", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "apoe", "–", "trem", "##2", "signature", "was", "significantly", "downregulated", "with", "age", "in", "monocytes", "and", "macrophages", "in", "the", "lungs", ",", "lymphoid", "organs", "and", "blood", "(", "fig", ".", "5", "##j", ")", ",", "and", "in", "an", "independent", "published", "dataset", "from", "human", "lungs", "(", "n", "=", "29", ";", "see", "methods", ")", "(", "fig", ".", "5", "##k", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "overall", ",", "this", "analysis", "showed", "subset", "and", "site", "-", "specific", "features", "of", "macrophage", "aging", "involving", "a", "major", "functional", "and", "metabolic", "pathway", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "applied", "the", "above", "approaches", "to", "identify", "age", "-", "associated", "signatures", "in", "t", "cells", "and", "b", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "for", "cd4", "t", "cells", ",", "cd8", "t", "cells", "and", "b", "cells", ",", "there", "were", "relatively", "few", "genes", "(", "for", "example", ",", "those", "associated", "with", "oxidation", "and", "inflammation", ":", "sod1", ",", "il1", "##8", "##bp", ",", "il1", "##5", ")", "that", "changed", "over", "age", "in", "two", "or", "more", "subsets", "within", "each", "lineage", "(", "extended", "data", "fig", ".", "5a", "–", "d", ")", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "pathway", "analysis", "revealed", "increased", "inflammation", ",", "apoptosis", "and", "reduced", "tcr", "signaling", "across", "multiple", "t", "cell", "subsets", "with", "age", "(", "supplementary", "fig", ".", "8b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "despite", "the", "paucity", "of", "age", "-", "associated", "gene", "expression", "changes", "across", "subsets", ",", "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", "exhibited", "multiple", "age", "-", "associated", "changes", "conserved", "across", "sites", ";", "these", "included", "increased", "expression", "of", "nk", "cell", "genes", "(", "nc", "##am1", ",", "kl", "##rf", "##1", ",", "gn", "##ly", ")", "and", "the", "nk", "cell", "marker", "cd56", ",", "consistent", "with", "findings", "in", "blood", ",", "and", "reduced", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "signaling", "(", "cd", "##6", ",", "jak", "##3", ")", ",", "proliferation", "and", "metabolism", "(", "tcf", "##7", ",", "rpt", "##or", ")", "(", "fig", ".", "6a", ",", "b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "by", "sch", "##p", "##f", "analysis", ",", "we", "identified", "two", "prominent", "age", "-", "associated", "transcriptional", "signatures", "shared", "across", "multiple", "cd8", "t", "cell", "subsets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "a", "cytokine", "signature", ",", "containing", "genes", "for", "effector", "cytokines", "and", "chemok", "ine", "##s", "(", "for", "example", ",", "ccl", "##3", ",", "ccl4", ",", "xc", "##l1", ",", "ifng", ",", "tnf", ")", ",", "was", "increased", "with", "age", "in", "all", "cd8", "t", "cell", "subsets", "and", "γδ", "t", "cells", "across", "all", "sites", "examined", "(", "fig", ".", "6c", ",", "d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "aging", "signature", "was", "also", "detected", "in", "published", "datasets", "from", "human", "lungs", "(", "fig", ".", "6e", ")", "and", "in", "peripheral", "blood", "mononuclear", "cells", "(", "pbmcs", ")", "from", "the", "sound", "life", "cohort", "(", "n", "=", "96", ",", "age", "26", "–", "65", "years", ")", "within", "the", "human", "immune", "health", "atlas", "(", "extended", "data", "fig", ".", "5e", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "second", "signature", "contained", "gz", "##m", "##k", "encoding", "the", "cytolytic", "molecule", "granzyme", "k", ",", "the", "transcription", "factor", "eo", "##mes", "and", "activation", "or", "signaling", "markers", "(", "pdc", "##d1", ",", "hla", "-", "dr", ",", "fcr", "##l3", ")", "(", "fig", ".", "6f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "signature", "aligned", "with", "a", "granzyme", "k", "-", "containing", ",", "age", "-", "associated", "signature", "identified", "in", "t", "cells", "in", "aged", "mice", "and", "human", "blood", "and", "in", "pbmcs", "from", "the", "human", "immune", "health", "atlas", "(", "extended", "data", "fig", ".", "5f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "gz", "##m", "##k", "signature", "was", "increased", "with", "age", "in", "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", ",", "γδ", "t", "cells", "and", "cd8", "t", "em", "cells", "across", "tissues", "but", "not", "in", "cd8", "t", "rm", "cells", "in", "lungs", "and", "je", "##j", "(", "fig", ".", "6g", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "frequency", "and", "clonal", "expansion", "of", "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", "enriched", "in", "the", "gz", "##m", "##k", "signature", "was", "higher", "in", "older", "than", "in", "younger", "donors", "(", "fig", ".", "6h", ",", "i", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "results", "show", "distinc", "t", "age", "-", "associated", "signatures", "in", "mucosal", "resident", "t", "cells", "compared", "to", "circulation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "b", "cells", ",", "there", "were", "more", "age", "-", "related", "degs", "in", "memory", "compared", "to", "naive", "b", "cells", "in", "lns", "(", "fig", ".", "6j", "and", "extended", "data", "fig", ".", "5d", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "memory", "b", "cells", "from", "older", "donors", "had", "increased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "inflammatory", "cytokines", "(", "il1", "##8", ",", "il1", "##8", "##bp", ")", ",", "cell", "adhesion", "(", "cd5", "##8", ",", "lg", "##als", "##1", ")", "and", "cell", "death", "or", "autophagy", "(", "fas", ",", "it", "##m2", "##a", ")", ",", "along", "with", "reduced", "expression", "of", "proliferation", "(", "cdc", "##a", "##7", ",", "il2", "##ra", ")", ",", "lipid", "metabolism", "(", "acs", "##m3", ",", "pnp", "##la", "##7", ")", "and", "differentiation", "markers", "(", "fig", ".", "6j", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "select", "il", "-", "18", "pathway", "-", "associated", "genes", "in", "b", "cells", "and", "cd4", "t", "cells", "in", "blood", "were", "validated", "in", "the", "human", "immune", "health", "atlas", "cohort", "(", "supplementary", "fig", ".", "9a", ",", "b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "transcript", "and", "/", "or", "surface", "expression", "of", "igm", "(", "igh", "##m", ")", "and", "igh", "##d", "were", "reduced", "in", "older", "compared", "to", "younger", "b", "cells", ",", "and", "the", "frequency", "of", "igm", "b", "cells", "decreased", "with", "age", "(", "fig", ".", "6", "##k", ",", "l", "and", "supplementary", "table", "20", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "identified", "by", "sch", "##p", "##f", "that", "a", "gene", "signature", "related", "to", "ras", "signaling", "(", "ras", "##a4", "##b", ",", "ras", "##gr", "##f1", ",", "gab", "##2", ")", "downstream", "of", "the", "bcr", "was", "downregulated", "with", "age", "in", "naive", "and", "memory", "b", "cells", "across", "all", "sites", "(", "fig", ".", "6m", ",", "n", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "validated", "this", "age", "-", "associated", "signature", "in", "bm", "-", "derived", "b", "cells", "from", "an", "independent", "dataset", "(", "n", "=", "39", ",", "age", "2", "–", "84", "years", ")", "and", "in", "pbmcs", "from", "the", "human", "immune", "health", "atlas", "(", "fig", ".", "6", "##o", "and", "extended", "data", "fig", ".", "5g", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "pathway", "analysis", "further", "revealed", "increased", "inflammation", "and", "reduced", "bcr", "signaling", "in", "ln", "b", "cells", "with", "age", "(", "supplementary", "fig", ".", "8c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "results", "showed", "that", "b", "cells", "exhibited", "diminished", "signaling", "and", "functional", "dysregulation", "across", "tissues", "over", "age", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "cmv", "infection", "drives", "immune", "cell", "alterations", ",", "including", "increased", "accumulation", "of", "t", "emr", "##a", "cells", "with", "age", "in", "blood", ",", "spleen", "and", "lungs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "these", "results", "showed", "broad", "and", "consistent", "representation", "of", "major", "immune", "lineages", "in", "our", "dataset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "next", "analyzed", "the", "subset", "composition", "and", "heterogeneity", "for", "each", "immune", "cell", "lineage", "across", "tissues", "based", "on", "the", "mm", "##och", "##i", "annotations", "above", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "t", "lymphocytes", "(", "610", ",", "429", "cells", ")", "comprised", "low", "-", "frequency", "γδ", "t", "cells", ",", "which", "develop", "early", "in", "onto", "##gen", "##y", ",", "and", "predominant", "αβ", "t", "cells", "(", "fig", ".", "2a", ",", "b", "and", "supplementary", "fig", ".", "2", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cd4", "and", "cd8", "t", "cells", "(", "αβ", "tcr", ")", "were", "subdivided", "into", "naive", "(", "t", "n", ")", ",", "terminal", "effector", "(", "t", "emr", "##a", ")", "and", "memory", "subsets", ",", "including", "effector", "-", "memory", "(", "t", "em", ")", ",", "central", "memory", "(", "t", "cm", ")", "and", "t", "rm", ",", "along", "with", "cd4", "regulatory", "t", "cells", "(", "t", "reg", ")", "(", "fig", ".", "2a", ",", "b", ")", "." ]

[ "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "surface", "proteins", "were", "essential", "for", "identifying", "t", "cell", "subsets", "that", "were", "not", "fully", "resolved", "by", "scr", "##na", "-", "seq", "(", "fig", ".", "2b", "and", "supplementary", "fig", ".", "3", ")", ",", "as", "shown", "before", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "example", ",", "surface", "cd45ra", "expression", "was", "required", "to", "disting", "ui", "##sh", "cd45ra", "t", "n", "cells", "from", "cd45ra", "t", "cm", "cells", "and", "cd45ra", "t", "em", "cells", "from", "cd45ra", "t", "emr", "##a", "cells", ",", "and", "surface", "γδ", "or", "αβ", "t", "cell", "receptor", "(", "tcr", ")", "expression", "to", "ac", "curate", "ly", "identify", "γδ", "t", "cells", "from", "cd8", "t", "cells", ",", "which", "can", "express", "tr", "##dc", "(", "fig", ".", "2b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "addition", ",", "t", "rm", "cells", "were", "disting", "ui", "##sh", "##ed", "from", "t", "em", "cells", "based", "on", "surface", "expression", "of", "cd69", ",", "cd103", "and", "/", "or", "cd4", "##9a", "(", "fig", ".", "2b", "and", "supplementary", "fig", ".", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "t", "cell", "subsets", "were", "differentially", "distributed", "across", "sites", ";", "cd4", "t", "n", ",", "cd8", "t", "n", "and", "cd4", "t", "cm", "cells", "were", "enriched", "in", "blood", "and", "multiple", "ln", ",", "cd4", "t", "reg", "cells", "were", "enriched", "in", "ln", ",", "while", "cd4", "and", "cd8", "t", "rm", "cells", "predom", "##inated", "in", "je", "##j", "and", "were", "present", "at", "lower", "frequencies", "in", "lungs", ",", "spleen", "and", "ln", "(", "fig", ".", "2a", ",", "b", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "t", "emr", "##a", "cells", "were", "mostly", "cd8", "and", "enriched", "in", "the", "bm", "and", "spleen", "and", ",", "to", "a", "lesser", "extent", ",", "in", "lungs", ",", "while", "t", "em", "cells", "were", "distributed", "across", "most", "sites", "(", "fig", ".", "2a", ",", "b", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "mucosal", "-", "associated", "invariant", "t", "(", "ma", "##it", ")", "cells", ",", "disting", "ui", "##sh", "##ed", "by", "trav", "##1", ".", "2", "expression", ",", "cd16", "##1", "and", "other", "markers", ",", "were", "predominantly", "found", "in", "the", "spleen", ",", "bm", "and", "lungs", "(", "fig", ".", "2a", ",", "b", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "tcr", "clonal", "analysis", "provided", "additional", "correl", "##ative", "evidence", "for", "subset", "delineation", "and", "tissue", "distribution", "(", "for", "example", ",", "with", "the", "highest", "clonal", "##ity", "observed", "in", "the", "t", "emr", "##a", "subset", ",", "as", "previously", "described", ")", "(", "supplementary", "fig", ".", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "innate", "lymphocytes", "(", "130", ",", "414", "cells", ")", "were", "predominantly", "mature", "cd56", "cd16", "nk", "cells", "expressing", "cytolytic", "markers", "(", "kl", "##rf", "##1", ",", "gz", "##mb", ")", "and", "enriched", "in", "blood", ",", "bm", "and", "lungs", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "immature", "cd56", "cd16", "nk", "cells", "were", "present", "at", "lower", "frequencies", "across", "most", "tissues", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "detected", "low", "frequencies", "of", "il", "##cs", "consisting", "largely", "of", "cd16", "ncr", "##2", "il", "##7", "##r", "il", "##c1", "##s", "with", "high", "expression", "of", "tissue", "residency", "markers", "(", "cd69", ",", "cd4", "##9a", ",", "cd103", ")", "enriched", "in", "je", "##j", ",", "and", "il", "##7", "##r", "kit", "ror", "##c", "il", "##c3", "(", "ref", ".", ")" ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "found", "in", "ln", ",", "spleen", "and", "je", "##j", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "putative", "cd1", "##27", "cd62l", "tcf", "##7", "nk", "/", "il", "##c", "precursors", ",", "resembling", "cd56", "cd16", "nk", "and", "il", "##c3", "##s", ",", "were", "enriched", "in", "blood", "but", "present", "in", "all", "tissues", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "b", "cells", "(", "272", ",", "162", "cells", ")", "were", "classified", "into", "6", "subsets", "largely", "confined", "to", "lymphoid", "organs", "(", "fig", ".", "2e", ",", "f", ")", ",", "including", "igd", "naive", "b", "cells", ",", "cd27", "memory", "b", "cells", ",", "germinal", "center", "b", "cells", "expressing", "aic", "##da", "(", "encoding", "activation", "-", "induced", "adenosine", "deaminase", ",", "which", "mediates", "somatic", "mutation", "and", "class", "switch", "recombination", ")", ",", "plasma", "cells", "expressing", "immunoglobulin", "genes", "and", "sd", "##c1", "(", "cd1", "##38", ")", "and", "plasma", "##blasts", "expressing", "proliferation", "markers", "(", "mk", "##i", "##67", ",", "top", "##2a", ")", "(", "fig", ".", "2f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cd11c", "memory", "b", "cells", "expressing", "tb", "##x2", "##1", "(", "encoding", "the", "transcription", "factor", "t", "-", "bet", ")", "resembled", "‘", "atypical", "b", "cells", "’", "and", "were", "found", "at", "low", "frequencies", "in", "spleen", "and", "bm", "(", "fig", ".", "2e", ",", "f", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "variable", "frequencies", "of", "memory", "b", "cells", "in", "ln", "and", "spleen", "expressed", "cd69", "(", "fig", ".", "2e", ",", "f", ")", ",", "den", "##oting", "tissue", "residency", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "plasma", "cells", "expressing", "iga", "were", "enriched", "in", "the", "jl", "##p", ",", "while", "igg", "plasma", "##blasts", "were", "enriched", "in", "lymphoid", "organs", "(", "fig", ".", "2e", ",", "f", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "b", "cell", "receptor", "(", "bcr", ")", "analysis", "indicated", "that", "plasma", "##blasts", "exhibited", "the", "highest", "clonal", "expansion", "across", "lymphoid", "sites", ",", "while", "memory", "b", "cells", "and", "plasma", "(", "but", "not", "naive", ")", "cells", "expressed", "mutate", "d", "bcr", "(", "supplementary", "fig", ".", "4", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "myeloid", "lineage", "cells", "(", "225", ",", "268", "cells", ")", "comprised", "c1q", "##a", "ms", "##4a", "##7", "macrophages", ",", "fc", "##n1", "cd14", "classical", "and", "fc", "##n1", "fc", "##gr", "##3a", "non", "-", "classical", "monocytes", "and", "dc", "subsets", ",", "including", "cle", "##c", "##9a", "dc", "##1", ",", "cle", "##c1", "##0", "##a", "dc", "##2", ",", "ccr7", "migratory", "dcs", "and", "cd1", "##23", "lil", "##ra", "##4", "plasma", "##cyt", "##oid", "dcs", "(", "pdcs", ")", "(", "fig", ".", "2g", ",", "h", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "classical", "monocytes", "were", "most", "abundant", "in", "blood", ",", "while", "non", "-", "classical", "monocytes", "were", "found", "mainly", "in", "bm", "and", "lung", "(", "fig", ".", "2g", ",", "h", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "dcs", "were", "found", "at", "low", "frequency", "across", "all", "tissues", ";", "pdcs", "were", "enriched", "in", "the", "bm", ",", "migratory", "dcs", "in", "the", "lns", ",", "while", "dc", "##2s", "were", "found", "mainly", "in", "the", "lns", "and", "je", "##j", "(", "fig", ".", "2g", ",", "h", ")", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "macrophages", "were", "found", "predominantly", "in", "the", "lung", "and", "at", "low", "frequencies", "in", "the", "bm", ",", "spleen", ",", "lns", "and", "je", "##j", "(", "fig", ".", "2h", ")", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "immune", "cell", "subset", "composition", "for", "the", "lineages", "above", "in", "blood", ",", "lymphoid", "organs", "and", "mucosal", "sites", "was", "specific", "to", "the", "site", "and", "conserved", "across", "donors", "(", "fig", ".", "2i", "and", "extended", "data", "fig", ".", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "defined", "additional", "subset", "heterogeneity", "based", "on", "rna", "expression", ",", "identifying", "proliferating", "cells", "across", "lineages", "and", "functional", "subsets", "for", "cd8", "t", "em", "cells", "and", "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", ",", "also", "with", "tissue", "-", "specific", "distribution", "(", "supplementary", "figs", ".", "5", "and", "6", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "comprehensive", ",", "annotate", "d", "map", "of", "immune", "cells", "across", "tissues", "can", "serve", "as", "a", "reference", "for", "future", "analysis", ",", "and", "we", "provided", "pre", "-", "trained", "models", "for", "label", "transfer", "of", "our", "cell", "-", "type", "annotation", "in", "the", "pop", "##v", "framework", "(", "supplementary", "fig", ".", "7", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "subset", "analysis", "showed", "consistent", ",", "tissue", "-", "specific", "composition", "between", "sites", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "understand", "the", "influence", "of", "tissue", "localization", "on", "gene", "expression", ",", "we", "performed", "a", "two", "-", "step", "differential", "expression", "(", "de", ")", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "first", ",", "we", "compared", "the", "major", "immune", "lineages", "(", "cd8", "t", "cells", ",", "cd4", "t", "cells", ",", "γδ", "/", "μ", "##α", "##ι", "##τ", "cells", ",", "myeloid", "cells", ",", "nk", "/", "il", "##c", "and", "b", "cells", ")", "within", "each", "site", "(", "for", "example", ",", "blood", ",", "bm", ",", "spleen", ",", "ln", ",", "lung", ",", "je", "##j", ")", "versus", "the", "other", "sites", "using", "pseudo", "##bu", "##l", "##ke", "##d", "linear", "mixed", "modeling", "(", "lm", "##m", ")", ",", "controlling", "for", "covariates", "(", "for", "example", ",", "sex", ",", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", ")", "(", "fig", ".", "3a", "and", "supplementary", "tables", "4", "and", "5", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "identified", "13", "clusters", "from", "significantly", "differentially", "expressed", "genes", "(", "degs", ")", "(", "c1", "–", "13", ")", "grouped", "by", "lineage", "and", "/", "or", "tissue", "(", "fig", ".", "3b", "and", "supplementary", "table", "6", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "then", "conducted", "a", "similar", "across", "-", "tissue", "de", "analysis", "for", "each", "subset", "and", "evaluated", "whether", "these", "signatures", "were", "expressed", "by", "individual", "subsets", "within", "a", "lineage", "using", "gene", "set", "enrichment", "analysis", "(", "gsea", ")", "(", "fig", ".", "3a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "visualize", "effect", "sizes", ",", "determine", "the", "contribution", "of", "compositional", "differences", "and", "identify", "tissue", "-", "specific", "signatures", "across", "lineages", ",", "we", "integrated", "this", "analysis", "with", "subset", "frequencies", "within", "a", "tissue", ",", "fold", "changes", "(", "fc", ")", "compared", "to", "the", "other", "sites", "and", "the", "average", "expression", "of", "gene", "clusters", "by", "subset", "(", "fig", ".", "3c", "–", "h", ",", "extended", "data", "fig", ".", "3", ",", "and", "supplementary", "tables", "7", "and", "8", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "myeloid", "cells", "from", "all", "tissues", "exhibited", "transcriptional", "profiles", "not", "expressed", "by", "other", "immune", "lineages", "(", "clusters", "c1", "–", "c4", ")", ",", "which", "also", "varied", "by", "tissue", "(", "fig", ".", "3b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "c1", "(", "chemok", "ine", ",", "complement", ",", "lipid", "transport", ")", "and", "c2", "(", "ppar", "signaling", "associated", "with", "alveol", "ar", "macrophages", ")", "were", "enriched", "in", "the", "je", "##j", "and", "lung", ",", "respectively", ",", "particularly", "in", "macrophages", "(", "fig", ".", "3c", ",", "d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "by", "contrast", ",", "c4", "(", "anti", "-", "microbial", "peptide", "production", "and", "cell", "signaling", ")", "enrichment", "was", "explained", "by", "increased", "frequencies", "of", "bm", "and", "spleen", "monocytes", "relative", "to", "macrophages", "rather", "than", "transcriptional", "changes", "within", "and", "across", "subsets", "(", "extended", "data", "fig", ".", "3a", ",", "b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "tissue", "-", "associated", "genes", "within", "clusters", "c5", "–", "c9", "were", "expressed", "primarily", "by", "t", "cells", "and", "innate", "lymphocytes", "(", "fig", ".", "3b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "c5", "genes", "encoding", "stem", "-", "like", "transcription", "factors", "and", "markers", "(", "tcf", "##7", ",", "lef", "##1", ",", "itg", "##a", "##6", ")", "and", "ln", "homing", "receptors", "(", "ccr7", ",", "sell", ")", "were", "enriched", "in", "cd4", "and", "cd8", "t", "rm", "cells", "and", "t", "em", "cells", "in", "ln", "(", "fig", ".", "3e", ",", "f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "conversely", ",", "c6", "genes", "encoding", "molecules", "for", "mucosal", "residency", "(", "itg", "##a1", ",", "cxcr", "##6", ",", "itg", "##ae", ")", "and", "gut", "homing", "(", "ccr", "##9", ")", "were", "enriched", "in", "cd4", "and", "cd8", "t", "rm", "cells", ",", "γδ", "t", "cells", ",", "ma", "##it", "cells", "and", "nk", "cells", "in", "the", "je", "##j", "(", "fig", ".", "3e", ",", "f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", ",", "γδ", "cells", ",", "ma", "##it", "cells", "and", "nk", "/", "il", "##cs", "in", "the", "je", "##j", "showed", "reduced", "expression", "of", "c9", "genes", "associated", "with", "cytolytic", "effector", "function", "(", "gz", "##mb", ",", "prf", "##1", ",", "ifng", ",", "nk", "##g", "7", ")", "compared", "to", "other", "sites", ",", "while", "c9", "was", "enriched", "in", "the", "lung", "(", "fig", ".", "3b", "and", "extended", "data", "fig", ".", "3c", ",", "d", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "c7", "genes", "associated", "with", "protein", "metabolism", "were", "enriched", "in", "nk", "/", "il", "##cs", "and", "innate", "t", "cells", "in", "the", "je", "##j", ",", "while", "c8", "genes", "encoding", "chemok", "ine", "##s", "(", "ccl4", ",", "xc", "##l1", ")", "and", "innate", "lymphocyte", "functions", "(", "kl", "##rc", "##1", ",", "ncr", "##1", ")", "were", "expressed", "by", "t", "cell", "and", "nk", "/", "il", "##c", "subsets", "across", "all", "sites", "(", "fig", ".", "3b", "and", "extended", "data", "fig", ".", "3e", ",", "f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "therefore", ",", "this", "analysis", "identified", "shared", "gene", "expression", "profiles", "across", "t", "and", "innate", "lymphocyte", "subsets", "that", "varied", "by", "site", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "tissue", "-", "enriched", "signatures", "for", "b", "cells", "(", "c10", "–", "c1", "##3", ")", "were", "mostly", "associated", "with", "specific", "subsets", "(", "fig", ".", "3b", ",", "g", ",", "h", "and", "extended", "data", "fig", ".", "3g", ",", "h", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "c10", "included", "cell", "cycle", "genes", "and", "was", "enriched", "in", "b", "cells", "and", "plasma", "cells", "in", "the", "lungs", "(", "fig", ".", "3g", ",", "h", ")", ",", "possibly", "because", "of", "higher", "plasma", "##blast", "abundance", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]

[ "je", "##j", "b", "cells", "showed", "increased", "expression", "of", "c12", "(", "b", "cell", "differentiation", "and", "protein", "transport", ")", "and", "c1", "##3", "(", "b", "cell", "activation", ")", "genes", "(", "fig", ".", "3b", ")", ",", "which", "were", "derived", "from", "plasma", "cells", "comprising", "the", "majority", "of", "the", "b", "cell", "lineage", "in", "intestinal", "sites", "(", "fig", ".", "3g", ",", "h", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "also", "applied", "consensus", "single", "-", "cell", "hierarchical", "poisson", "factor", "##ization", "(", "sch", "##p", "##f", ")", "to", "identify", "gene", "co", "-", "expression", "patterns", "common", "to", "different", "immune", "lineages", "or", "sites", "(", "considering", "the", "je", "##j", ",", "lung", "and", "ln", ")", "(", "extended", "data", "fig", ".", "4a", "and", "supplementary", "table", "9", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "found", "a", "proliferation", "module", "enriched", "in", "the", "lungs", ",", "a", "lymphoid", "-", "specific", "module", "in", "the", "lns", ",", "an", "intestine", "-", "specific", "residency", "module", "and", "modules", "associated", "with", "effector", "and", "cytolytic", "functions", "prominent", "in", "the", "lungs", "but", "not", "je", "##j", "or", "lns", "(", "extended", "data", "fig", ".", "4a", "–", "d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "lymphoid", "module", "included", "genes", "associated", "with", "stemness", "(", "klf", "##7", ",", "lef", "##1", ",", "sox", "##4", ")", "and", "lymphoid", "homing", "(", "ccr7", ",", "sell", ",", "itg", "##a", "##6", ")", "markers", "expressed", "mostly", "in", "t", "cells", ",", "some", "nk", "cells", "and", "il", "##cs", ",", "and", "not", "in", "b", "cells", "or", "myeloid", "cells", "(", "extended", "data", "fig", ".", "4b", "–", "e", "and", "supplementary", "table", "10", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "je", "##j", "residency", "module", "included", "intestinal", "tissue", "residency", "genes", "(", "ccr", "##9", ",", "itg", "##ae", ",", "cd10", "##1", ",", "cd16", "##0", ")", "enriched", "in", "t", "cells", ",", "nk", "cells", "and", "il", "##cs", "(", "extended", "data", "fig", ".", "4f", "–", "h", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "signatures", "were", "also", "reflected", "at", "the", "surface", "protein", "level", "(", "extended", "data", "fig", ".", "4e", ",", "i", "and", "supplementary", "table", "11", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "thus", ",", "tissue", "-", "specific", "gene", "expression", "modules", "spanned", "multiple", "cell", "types", ",", "suggesting", "shared", "tissue", "adaptations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "the", "tissue", "environment", "poses", "unique", "requirements", "for", "resident", "immune", "populations", "such", "as", "t", "rm", "cells", ",", "plasma", "cells", "and", "macrophages", "for", "maintaining", "homeostasis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "integrated", "the", "de", "analysis", "shown", "in", "fig", ".", "3", "with", "surface", "protein", "expression", "to", "define", "site", "-", "specific", "signatures", "for", "resident", "immune", "cells", "(", "fig", ".", "4", "and", "supplementary", "table", "12", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cd4", "and", "cd8", "t", "rm", "cells", "expressed", "genes", "and", "/", "or", "surface", "proteins", "for", "tissue", "residency", "(", "cd103", ",", "cd10", "##1", ",", "cd4", "##9a", ")", ",", "gut", "homing", "and", "localization", "(", "ccr", "##9", ",", "ccr5", "for", "cd4", "t", "rm", "cells", ")", "and", "reduced", "pd", "-", "1", "(", "for", "cd8", "t", "rm", "cells", ")", "in", "intestines", "relative", "to", "lungs", "and", "lymphoid", "organs", "(", "fig", ".", "4a", "–", "f", ")", "." ]

[ "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lung", "t", "rm", "cells", "showed", "increased", "expression", "of", "effector", "or", "cytotoxicity", "(", "ifng", ",", "gz", "##mh", ",", "gz", "##ma", ",", "prf", "##1", ")", "and", "regulatory", "(", "ctla4", ")", "genes", "relative", "to", "the", "je", "##j", "and", "lymphoid", "organs", ";", "t", "rm", "cells", "in", "ln", ",", "spleen", "and", "bm", "had", "higher", "expression", "of", "stem", "-", "like", "markers", "(", "tcf", "##7", ",", "klf", "##2", ")", "and", "certain", "integrins", "and", "costimulatory", "markers", "(", "itg", "##b2", ",", "cd27", ",", "cd28", ",", "icos", ")", "relative", "to", "the", "je", "##j", "and", "lungs", "(", "fig", ".", "4a", "–", "f", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "site", "-", "specific", "profiles", "for", "t", "rm", "cells", "showed", "adaptations", "related", "to", "migration", ",", "localization", "and", "function", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "tissue", "plasma", "cells", "and", "macrophages", "also", "exhibited", "distinc", "t", "tissue", "signatures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "plasma", "cells", ",", "we", "found", "several", "je", "##j", "-", "enriched", "genes", ",", "including", "igh", "##a2", "(", "consistent", "with", "predominant", "iga", "plasma", "cells", "in", "the", "gut", ")", ",", "the", "non", "-", "classical", "hla", "molecule", "cd1d", ",", "plasma", "cell", "transcription", "factors", "(", "runx2", ",", "id", "##3", ")", "and", "the", "tissue", "residency", "marker", "cd69", "(", "fig", ".", "4g", "–", "i", ")", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "plasma", "cells", "in", "lungs", ",", "and", "to", "a", "lesser", "extent", ",", "ln", "and", "spleen", ",", "expressed", "higher", "levels", "of", "integrins", "(", "cd11c", ",", "cd1", "##8", ")", "(", "fig", ".", "4g", "–", "i", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "je", "##j", "macrophages", "had", "increased", "expression", "of", "integrins", "(", "icam", "##1", ",", "itg", "##a4", ")", ",", "chemok", "ine", "##s", "(", "ccl2", "##4", ",", "ccl", "##3", "##l1", ")", "and", "regulators", "of", "macrophage", "activation", "(", "for", "example", ",", "sla", "##m", "##f", "##7", ")", ",", "whereas", "lung", "macrophages", "had", "higher", "expression", "of", "cd11c", "(", "itg", "##ax", ")", ",", "markers", "of", "efferocytosis", "(", "mrc", "##1", ",", "marc", "##o", ")", "and", "lipid", "metabolism", "(", "pparg", ",", "trem", "##2", ",", "fabp", "##4", ")", "(", "fig", ".", "4", "##j", "–", "l", ")", ",", "consistent", "with", "alveol", "ar", "macrophages", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "lastly", ",", "macrophages", "in", "the", "spleen", "expressed", "markers", "of", "red", "pulp", "macrophages", "(", "spi", "##c", ",", "vcam", "##1", ")", "(", "fig", ".", "4", "##j", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "observations", "revealed", "site", "-", "specific", "signatures", "for", "activation", ",", "migration", ",", "metabolism", "and", "cell", "–", "cell", "interactions", "involved", "in", "tissue", "residency", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "investigated", "age", "-", "associated", "effects", "across", "immune", "lineages", "and", "tissues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "a", "global", "analysis", "of", "transcriptional", "variance", "within", "each", "major", "lineage", "revealed", "that", "tissue", "site", "explained", "the", "majority", "of", "variance", ",", "while", "age", "accounted", "for", "a", "much", "smaller", "fraction", "(", "fig", ".", "5a", "and", "supplementary", "table", "13", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "most", "of", "the", "top", "age", "-", "dependent", "genes", "in", "each", "lineage", "(", "fig", ".", "5b", ")", "also", "exhibited", "tissue", "-", "specific", "variation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "immune", "cell", "composition", "in", "the", "different", "sites", "was", "largely", "maintained", "across", "age", ",", "except", "for", "significantly", "decreased", "frequencies", "of", "cd8", "t", "n", "cells", "in", "the", "blood", "and", "lns", ",", "concomitant", "increases", "in", "t", "em", "cells", "in", "the", "blood", "and", "t", "rm", "cells", "in", "the", "lns", "and", "lower", "frequencies", "of", "classical", "monocytes", "in", "the", "bm", "(", "fig", ".", "5c", "and", "supplementary", "table", "14", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "results", "indicate", "that", "tissue", "-", "driven", "immune", "cell", "composition", "and", "profile", "are", "largely", "maintained", "with", "age", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "interrogate", "specific", "effects", "of", "aging", "on", "immune", "cells", "across", "lineages", "and", "sites", ",", "we", "conducted", "a", "separate", "de", "analysis", "for", "each", "tissue", "group", "and", "immune", "subset", "with", "sufficient", "representation", ",", "comparing", "younger", "(", "<", "40", "years", ")", "versus", "older", "(", ">", "40", "years", ")", "individuals", ",", "while", "controlling", "for", "sex", ",", "cmv", "status", "and", "other", "covariates", "(", "supplementary", "tables", "15", "–", "17", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "an", "embedding", "of", "similarities", "between", "age", "-", "related", "degs", "revealed", "that", "some", "immune", "cells", "exhibited", "changes", "specific", "to", "tissue", "site", "(", "for", "example", ",", "t", "cells", "in", "the", "ln", ",", "lymphocytes", "in", "the", "je", "##j", ")", ",", "while", "others", "showed", "subset", "-", "specific", "changes", "independent", "of", "site", "(", "for", "example", ",", "monocytes", "in", "blood", ",", "bm", "and", "lung", ",", "and", "memory", "b", "cells", "in", "lns", "and", "lung", ")", "(", "fig", ".", "5d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "identified", "genes", "regulated", "with", "age", "in", "each", "subset", "and", "tissue", "by", "integrating", "de", "results", "with", "gsea", "(", "supplementary", "fig", ".", "8a", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "myeloid", "lineage", "cells", ",", "mucosal", "sites", "had", "the", "most", "age", "-", "related", "degs", ",", "with", "similar", "trends", "in", "lymphoid", "organs", "(", "fig", ".", "5e", "–", "g", ")", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "age", "-", "related", "changes", "in", "classical", "monocytes", "included", "increased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "proliferation", "and", "inflammation", "(", "kras", ",", "calm", "##1", ")", "and", "decreased", "expression", "of", "genes", "for", "macrophage", "differentiation", "(", "for", "example", ",", "rab", "##44", ")", "(", "fig", ".", "5e", ")", ";", "non", "-", "classical", "monocytes", "showed", "age", "-", "associated", "increase", "in", "expression", "of", "genes", "for", "cell", "–", "cell", "interactions", "(", "lg", "##als", "##1", ",", "itg", "##a", "##9", ")", "and", "decreased", "expression", "of", "metabolism", "and", "mitochondrial", "regulation", "genes", "(", "ly", "##rm", "##7", ",", "sars", "##2", ")", "(", "fig", ".", "5f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "macrophages", "had", "decreased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "metabolism", "and", "mitochondrial", "fitness", "(", "marc", "##1", ",", "mtor", ")", "and", "increased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "m2", "macrophages", "(", "id", "##1", ",", "ad", "##gr", "##e1", "npr", "##2", ")", "and", "interferon", "signaling", "(", "mx", "##2", ")", "(", "fig", ".", "5g", ")", "along", "with", "increased", "cd95", "(", "fas", ")", "at", "the", "protein", "level", "(", "fig", ".", "5h", ")", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "together", ",", "these", "age", "-", "related", "changes", "in", "monocytes", "and", "macrophages", "were", "subset", "-", "specific", ",", "enriched", "in", "mucosal", "sites", "and", "indicated", "decreased", "overall", "fitness", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "used", "sch", "##p", "##f", "to", "identify", "age", "-", "associated", "gene", "signatures", "for", "myeloid", "cells", "and", "gsea", "to", "assess", "their", "expression", "in", "different", "subsets", "and", "sites", "(", "supplementary", "tables", "18", "and", "19", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "uncovered", "an", "apoe", "–", "trem", "##2", "signature", ",", "including", "apolipoprotein", "genes", "(", "apoc", "##1", ",", "apoc", "##2", "and", "apoe", ")", "and", "trem", "##2", ",", "a", "triggering", "receptor", "expressed", "on", "myeloid", "cells", "that", "binds", "apoe", "and", "facilitates", "macrophage", "functions", ",", "such", "as", "phagocytosis", "and", "chemotaxis", ",", "and", "induces", "metabolic", "changes", "(", "fig", ".", "5", "##i", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "apoe", "–", "trem", "##2", "signature", "was", "significantly", "downregulated", "with", "age", "in", "monocytes", "and", "macrophages", "in", "the", "lungs", ",", "lymphoid", "organs", "and", "blood", "(", "fig", ".", "5", "##j", ")", ",", "and", "in", "an", "independent", "published", "dataset", "from", "human", "lungs", "(", "n", "=", "29", ";", "see", "methods", ")", "(", "fig", ".", "5", "##k", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "overall", ",", "this", "analysis", "showed", "subset", "and", "site", "-", "specific", "features", "of", "macrophage", "aging", "involving", "a", "major", "functional", "and", "metabolic", "pathway", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "applied", "the", "above", "approaches", "to", "identify", "age", "-", "associated", "signatures", "in", "t", "cells", "and", "b", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "for", "cd4", "t", "cells", ",", "cd8", "t", "cells", "and", "b", "cells", ",", "there", "were", "relatively", "few", "genes", "(", "for", "example", ",", "those", "associated", "with", "oxidation", "and", "inflammation", ":", "sod1", ",", "il1", "##8", "##bp", ",", "il1", "##5", ")", "that", "changed", "over", "age", "in", "two", "or", "more", "subsets", "within", "each", "lineage", "(", "extended", "data", "fig", ".", "5a", "–", "d", ")", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "pathway", "analysis", "revealed", "increased", "inflammation", ",", "apoptosis", "and", "reduced", "tcr", "signaling", "across", "multiple", "t", "cell", "subsets", "with", "age", "(", "supplementary", "fig", ".", "8b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "despite", "the", "paucity", "of", "age", "-", "associated", "gene", "expression", "changes", "across", "subsets", ",", "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", "exhibited", "multiple", "age", "-", "associated", "changes", "conserved", "across", "sites", ";", "these", "included", "increased", "expression", "of", "nk", "cell", "genes", "(", "nc", "##am1", ",", "kl", "##rf", "##1", ",", "gn", "##ly", ")", "and", "the", "nk", "cell", "marker", "cd56", ",", "consistent", "with", "findings", "in", "blood", ",", "and", "reduced", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "signaling", "(", "cd", "##6", ",", "jak", "##3", ")", ",", "proliferation", "and", "metabolism", "(", "tcf", "##7", ",", "rpt", "##or", ")", "(", "fig", ".", "6a", ",", "b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "by", "sch", "##p", "##f", "analysis", ",", "we", "identified", "two", "prominent", "age", "-", "associated", "transcriptional", "signatures", "shared", "across", "multiple", "cd8", "t", "cell", "subsets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "a", "cytokine", "signature", ",", "containing", "genes", "for", "effector", "cytokines", "and", "chemok", "ine", "##s", "(", "for", "example", ",", "ccl", "##3", ",", "ccl4", ",", "xc", "##l1", ",", "ifng", ",", "tnf", ")", ",", "was", "increased", "with", "age", "in", "all", "cd8", "t", "cell", "subsets", "and", "γδ", "t", "cells", "across", "all", "sites", "examined", "(", "fig", ".", "6c", ",", "d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "aging", "signature", "was", "also", "detected", "in", "published", "datasets", "from", "human", "lungs", "(", "fig", ".", "6e", ")", "and", "in", "peripheral", "blood", "mononuclear", "cells", "(", "pbmcs", ")", "from", "the", "sound", "life", "cohort", "(", "n", "=", "96", ",", "age", "26", "–", "65", "years", ")", "within", "the", "human", "immune", "health", "atlas", "(", "extended", "data", "fig", ".", "5e", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "second", "signature", "contained", "gz", "##m", "##k", "encoding", "the", "cytolytic", "molecule", "granzyme", "k", ",", "the", "transcription", "factor", "eo", "##mes", "and", "activation", "or", "signaling", "markers", "(", "pdc", "##d1", ",", "hla", "-", "dr", ",", "fcr", "##l3", ")", "(", "fig", ".", "6f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "signature", "aligned", "with", "a", "granzyme", "k", "-", "containing", ",", "age", "-", "associated", "signature", "identified", "in", "t", "cells", "in", "aged", "mice", "and", "human", "blood", "and", "in", "pbmcs", "from", "the", "human", "immune", "health", "atlas", "(", "extended", "data", "fig", ".", "5f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "gz", "##m", "##k", "signature", "was", "increased", "with", "age", "in", "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", ",", "γδ", "t", "cells", "and", "cd8", "t", "em", "cells", "across", "tissues", "but", "not", "in", "cd8", "t", "rm", "cells", "in", "lungs", "and", "je", "##j", "(", "fig", ".", "6g", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "frequency", "and", "clonal", "expansion", "of", "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", "enriched", "in", "the", "gz", "##m", "##k", "signature", "was", "higher", "in", "older", "than", "in", "younger", "donors", "(", "fig", ".", "6h", ",", "i", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "results", "show", "distinc", "t", "age", "-", "associated", "signatures", "in", "mucosal", "resident", "t", "cells", "compared", "to", "circulation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "b", "cells", ",", "there", "were", "more", "age", "-", "related", "degs", "in", "memory", "compared", "to", "naive", "b", "cells", "in", "lns", "(", "fig", ".", "6j", "and", "extended", "data", "fig", ".", "5d", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "memory", "b", "cells", "from", "older", "donors", "had", "increased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "inflammatory", "cytokines", "(", "il1", "##8", ",", "il1", "##8", "##bp", ")", ",", "cell", "adhesion", "(", "cd5", "##8", ",", "lg", "##als", "##1", ")", "and", "cell", "death", "or", "autophagy", "(", "fas", ",", "it", "##m2", "##a", ")", ",", "along", "with", "reduced", "expression", "of", "proliferation", "(", "cdc", "##a", "##7", ",", "il2", "##ra", ")", ",", "lipid", "metabolism", "(", "acs", "##m3", ",", "pnp", "##la", "##7", ")", "and", "differentiation", "markers", "(", "fig", ".", "6j", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "select", "il", "-", "18", "pathway", "-", "associated", "genes", "in", "b", "cells", "and", "cd4", "t", "cells", "in", "blood", "were", "validated", "in", "the", "human", "immune", "health", "atlas", "cohort", "(", "supplementary", "fig", ".", "9a", ",", "b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "transcript", "and", "/", "or", "surface", "expression", "of", "igm", "(", "igh", "##m", ")", "and", "igh", "##d", "were", "reduced", "in", "older", "compared", "to", "younger", "b", "cells", ",", "and", "the", "frequency", "of", "igm", "b", "cells", "decreased", "with", "age", "(", "fig", ".", "6", "##k", ",", "l", "and", "supplementary", "table", "20", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "identified", "by", "sch", "##p", "##f", "that", "a", "gene", "signature", "related", "to", "ras", "signaling", "(", "ras", "##a4", "##b", ",", "ras", "##gr", "##f1", ",", "gab", "##2", ")", "downstream", "of", "the", "bcr", "was", "downregulated", "with", "age", "in", "naive", "and", "memory", "b", "cells", "across", "all", "sites", "(", "fig", ".", "6m", ",", "n", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "validated", "this", "age", "-", "associated", "signature", "in", "bm", "-", "derived", "b", "cells", "from", "an", "independent", "dataset", "(", "n", "=", "39", ",", "age", "2", "–", "84", "years", ")", "and", "in", "pbmcs", "from", "the", "human", "immune", "health", "atlas", "(", "fig", ".", "6", "##o", "and", "extended", "data", "fig", ".", "5g", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "pathway", "analysis", "further", "revealed", "increased", "inflammation", "and", "reduced", "bcr", "signaling", "in", "ln", "b", "cells", "with", "age", "(", "supplementary", "fig", ".", "8c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "results", "showed", "that", "b", "cells", "exhibited", "diminished", "signaling", "and", "functional", "dysregulation", "across", "tissues", "over", "age", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "cmv", "infection", "drives", "immune", "cell", "alterations", ",", "including", "increased", "accumulation", "of", "t", "emr", "##a", "cells", "with", "age", "in", "blood", ",", "spleen", "and", "lungs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O" ]