OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "these", "results", "showed", "broad", "and", "consistent", "representation", "of", "major", "immune", "lineages", "in", "our", "dataset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "next", "analyzed", "the", "subset", "composition", "and", "heterogeneity", "for", "each", "immune", "cell", "lineage", "across", "tissues", "based", "on", "the", "mm", "##och", "##i", "ann...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "t", "lymphocytes", "(", "610", ",", "429", "cells", ")", "comprised", "low", "-", "frequency", "γδ", "t", "cells", ",", "which", "develop", "early", "in", "onto", "##gen", "##y", ",", "and", "predominant", "αβ", "t", "cells", "(", "fig", ".", "2a", ...	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "cd4", "and", "cd8", "t", "cells", "(", "αβ", "tcr", ")", "were", "subdivided", "into", "naive", "(", "t", "n", ")", ",", "terminal", "effector", "(", "t", "emr", "##a", ")", "and", "memory", "subsets", ",", "including", "effector", "-", "memory", "(...	[ "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellTyp...
[ "surface", "proteins", "were", "essential", "for", "identifying", "t", "cell", "subsets", "that", "were", "not", "fully", "resolved", "by", "scr", "##na", "-", "seq", "(", "fig", ".", "2b", "and", "supplementary", "fig", ".", "3", ")", ",", "as", "shown"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "example", ",", "surface", "cd45ra", "expression", "was", "required", "to", "disting", "ui", "##sh", "cd45ra", "t", "n", "cells", "from", "cd45ra", "t", "cm", "cells", "and", "cd45ra", "t", "em", "cells", "from", "cd45ra", "t", "emr", "##a", "cell...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-...
[ "in", "addition", ",", "t", "rm", "cells", "were", "disting", "ui", "##sh", "##ed", "from", "t", "em", "cells", "based", "on", "surface", "expression", "of", "cd69", ",", "cd103", "and", "/", "or", "cd4", "##9a", "(", "fig", ".", "2b", "and", "supple...	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...
[ "t", "cell", "subsets", "were", "differentially", "distributed", "across", "sites", ";", "cd4", "t", "n", ",", "cd8", "t", "n", "and", "cd4", "t", "cm", "cells", "were", "enriched", "in", "blood", "and", "multiple", "ln", ",", "cd4", "t", "reg", "cells...	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue"...
[ "t", "emr", "##a", "cells", "were", "mostly", "cd8", "and", "enriched", "in", "the", "bm", "and", "spleen", "and", ",", "to", "a", "lesser", "extent", ",", "in", "lungs", ",", "while", "t", "em", "cells", "were", "distributed", "across", "most", "sites...	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", ...
[ "mucosal", "-", "associated", "invariant", "t", "(", "ma", "##it", ")", "cells", ",", "disting", "ui", "##sh", "##ed", "by", "trav", "##1", ".", "2", "expression", ",", "cd16", "##1", "and", "other", "markers", ",", "were", "predominantly", "found", "in"...	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
[ "tcr", "clonal", "analysis", "provided", "additional", "correl", "##ative", "evidence", "for", "subset", "delineation", "and", "tissue", "distribution", "(", "for", "example", ",", "with", "the", "highest", "clonal", "##ity", "observed", "in", "the", "t", "emr",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "innate", "lymphocytes", "(", "130", ",", "414", "cells", ")", "were", "predominantly", "mature", "cd56", "cd16", "nk", "cells", "expressing", "cytolytic", "markers", "(", "kl", "##rf", "##1", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "immature", "cd56", "cd16", "nk", "cells", "were", "present", "at", "lower", "frequencies", "across", "most", "tissues", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "detected", "low", "frequencies", "of", "il", "##cs", "consisting", "largely", "of", "cd16", "ncr", "##2", "il", "##7", "##r", "il", "##c1", "##s", "with", "high", "expression", "of", "tissue", "residency", "markers", "(", "cd69", ",", "cd4", "##9a",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "found", "in", "ln", ",", "spleen", "and", "je", "##j", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "putative", "cd1", "##27", "cd62l", "tcf", "##7", "nk", "/", "il", "##c", "precursors", ",", "resembling", "cd56", "cd16", "nk", "and", "il", "##c3", "##s", ",", "were", "enriched", "in", "blood", "but", "present", "in", "all", "tissues", "(", "fig", "...	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "b", "cells", "(", "272", ",", "162", "cells", ")", "were", "classified", "into", "6", "subsets", "largely", "confined", "to", "lymphoid", "organs", "(", "fig", ".", "2e", ",", "f", ")", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-Cell...
[ "cd11c", "memory", "b", "cells", "expressing", "tb", "##x2", "##1", "(", "encoding", "the", "transcription", "factor", "t", "-", "bet", ")", "resembled", "‘", "atypical", "b", "cells", "’", "and", "were", "found", "at", "low", "frequencies", "in", "spleen"...	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "...
[ "variable", "frequencies", "of", "memory", "b", "cells", "in", "ln", "and", "spleen", "expressed", "cd69", "(", "fig", ".", "2e", ",", "f", ")", ",", "den", "##oting", "tissue", "residency", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "plasma", "cells", "expressing", "iga", "were", "enriched", "in", "the", "jl", "##p", ",", "while", "igg", "plasma", "##blasts", "were", "enriched", "in", "lymphoid", "organs", "(", "fig", ".", "2e", ",", "f", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "b", "cell", "receptor", "(", "bcr", ")", "analysis", "indicated", "that", "plasma", "##blasts", "exhibited", "the", "highest", "clonal", "expansion", "across", "lymphoid", "sites", ",", "while", "memory", "b", "cells", "and", "plasma", "(", "but", "not", "n...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "myeloid", "lineage", "cells", "(", "225", ",", "268", "cells", ")", "comprised", "c1q", "##a", "ms", "##4a", "##7", "macrophages", ",", "fc", "##n1", "cd14", "classical", "and", "fc", "##n1"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType"...
[ "classical", "monocytes", "were", "most", "abundant", "in", "blood", ",", "while", "non", "-", "classical", "monocytes", "were", "found", "mainly", "in", "bm", "and", "lung", "(", "fig", ".", "2g", ",", "h", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "dcs", "were", "found", "at", "low", "frequency", "across", "all", "tissues", ";", "pdcs", "were", "enriched", "in", "the", "bm", ",", "migratory", "dcs", "in", "the", "lns", ",", "while", "dc", "##2s", "were", "found", "mainly", "in", "the", "lns", "a...	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-...
[ "macrophages", "were", "found", "predominantly", "in", "the", "lung", "and", "at", "low", "frequencies", "in", "the", "bm", ",", "spleen", ",", "lns", "and", "je", "##j", "(", "fig", ".", "2h", ")", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "immune", "cell", "subset", "composition", "for", "the", "lineages", "above", "in", "blood", ",", "lymphoid", "organs", "and", "mucosal", "sites", "was", "specific", "to", "the", "site", "and", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
[ "we", "defined", "additional", "subset", "heterogeneity", "based", "on", "rna", "expression", ",", "identifying", "proliferating", "cells", "across", "lineages", "and", "functional", "subsets", "for", "cd8", "t", "em", "cells", "and", "cd8", "t", "emr", "##a", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", ...
[ "this", "comprehensive", ",", "annotate", "d", "map", "of", "immune", "cells", "across", "tissues", "can", "serve", "as", "a", "reference", "for", "future", "analysis", ",", "and", "we", "provided", "pre", "-", "trained", "models", "for", "label", "transfer"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "this", "subset", "analysis", "showed", "consistent", ",", "tissue", "-", "specific", "composition", "between", "sites", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "understand", "the", "influence", "of", "tissue", "localization", "on", "gene", "expression", ",", "we", "performed", "a", "two", "-", "step", "differential", "expression", "(", "de", ")", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "first", ",", "we", "compared", "the", "major", "immune", "lineages", "(", "cd8", "t", "cells", ",", "cd4", "t", "cells", ",", "γδ", "/", "μ", "##α", "##ι", "##τ", "cells", ",", "myeloid", "cells", ",", "nk", "/", "il", "##c", "and", "b", "cells", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O",...
[ "we", "identified", "13", "clusters", "from", "significantly", "differentially", "expressed", "genes", "(", "degs", ")", "(", "c1", "–", "13", ")", "grouped", "by", "lineage", "and", "/", "or", "tissue", "(", "fig", ".", "3b", "and", "supplementary", "tabl...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "then", "conducted", "a", "similar", "across", "-", "tissue", "de", "analysis", "for", "each", "subset", "and", "evaluated", "whether", "these", "signatures", "were", "expressed", "by", "individual", "subsets", "within", "a", "lineage", "using", "gene", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "visualize", "effect", "sizes", ",", "determine", "the", "contribution", "of", "compositional", "differences", "and", "identify", "tissue", "-", "specific", "signatures", "across", "lineages", ",", "we", "integrated", "this", "analysis", "with", "subset", "f...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "myeloid", "cells", "from", "all", "tissues", "exhibited", "transcriptional", "profiles", "not", "expressed", "by", "other", "immune", "lineages", "(", "clusters", "c1", "–", "c4", ")", ",", "whi...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", ...
[ "c1", "(", "chemok", "ine", ",", "complement", ",", "lipid", "transport", ")", "and", "c2", "(", "ppar", "signaling", "associated", "with", "alveol", "ar", "macrophages", ")", "were", "enriched", "in", "the", "je", "##j", "and", "lung", ",", "respectively"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", ...
[ "by", "contrast", ",", "c4", "(", "anti", "-", "microbial", "peptide", "production", "and", "cell", "signaling", ")", "enrichment", "was", "explained", "by", "increased", "frequencies", "of", "bm", "and", "spleen", "monocytes", "relative", "to", "macrophages", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "tissue", "-", "associated", "genes", "within", "clusters", "c5", "–", "c9", "were", "expressed", "primarily", "by", "t", "cells", "and", "innate", "lymphocytes", "(", "fig", ".", "3b", ")", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "c5", "genes", "encoding", "stem", "-", "like", "transcription", "factors", "and", "markers", "(", "tcf", "##7", ",", "lef", "##1", ",", "itg", "##a", "##6", ")", "and", "ln", "homing", "receptors", "(", "ccr7", ",", "sell", ")", "were", "enriched", "i...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", ...
[ "conversely", ",", "c6", "genes", "encoding", "molecules", "for", "mucosal", "residency", "(", "itg", "##a1", ",", "cxcr", "##6", ",", "itg", "##ae", ")", "and", "gut", "homing", "(", "ccr", "##9", ")", "were", "enriched", "in", "cd4", "and", "cd8", "t...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-...
[ "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", ",", "γδ", "cells", ",", "ma", "##it", "cells", "and", "nk", "/", "il", "##cs", "in", "the", "je", "##j", "showed", "reduced", "expression", "of", "c9", "genes", "associated", "with", "cytolytic", "effector", "function"...	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "...
[ "c7", "genes", "associated", "with", "protein", "metabolism", "were", "enriched", "in", "nk", "/", "il", "##cs", "and", "innate", "t", "cells", "in", "the", "je", "##j", ",", "while", "c8", "genes", "encoding", "chemok", "ine", "##s", "(", "ccl4", ",", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "therefore", ",", "this", "analysis", "identified", "shared", "gene", "expression", "profiles", "across", "t", "and", "innate", "lymphocyte", "subsets", "that", "varied", "by", "site", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "tissue", "-", "enriched", "signatures", "for", "b", "cells", "(", "c10", "–", "c1", "##3", ")", "were", "mostly", "associated", "with", "specific", "subsets", "(", "fig", ".", "3b", ",", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "c10", "included", "cell", "cycle", "genes", "and", "was", "enriched", "in", "b", "cells", "and", "plasma", "cells", "in", "the", "lungs", "(", "fig", ".", "3g", ",", "h", ")", ",", "possibly", "because", "of", "higher", "plasma", "##blast", "abundance",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]
[ "je", "##j", "b", "cells", "showed", "increased", "expression", "of", "c12", "(", "b", "cell", "differentiation", "and", "protein", "transport", ")", "and", "c1", "##3", "(", "b", "cell", "activation", ")", "genes", "(", "fig", ".", "3b", ")", ",", "wh...	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType"...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "also", "applied", "consensus", "single", "-", "cell", "hierarchical", "poisson", "factor", "##ization", "(", "sch", "##p", "##f", ")", "to", "identify", "gene", "co", "-", "expression", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue",...
[ "we", "found", "a", "proliferation", "module", "enriched", "in", "the", "lungs", ",", "a", "lymphoid", "-", "specific", "module", "in", "the", "lns", ",", "an", "intestine", "-", "specific", "residency", "module", "and", "modules", "associated", "with", "eff...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissu...
[ "the", "lymphoid", "module", "included", "genes", "associated", "with", "stemness", "(", "klf", "##7", ",", "lef", "##1", ",", "sox", "##4", ")", "and", "lymphoid", "homing", "(", "ccr7", ",", "sell", ",", "itg", "##a", "##6", ")", "markers", "expressed"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", ...
[ "the", "je", "##j", "residency", "module", "included", "intestinal", "tissue", "residency", "genes", "(", "ccr", "##9", ",", "itg", "##ae", ",", "cd10", "##1", ",", "cd16", "##0", ")", "enriched", "in", "t", "cells", ",", "nk", "cells", "and", "il", "#...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O"...
[ "these", "signatures", "were", "also", "reflected", "at", "the", "surface", "protein", "level", "(", "extended", "data", "fig", ".", "4e", ",", "i", "and", "supplementary", "table", "11", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "thus", ",", "tissue", "-", "specific", "gene", "expression", "modules", "spanned", "multiple", "cell", "types", ",", "suggesting", "shared", "tissue", "adaptations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "the", "tissue", "environment", "poses", "unique", "requirements", "for", "resident", "immune", "populations", "such", "as", "t", "rm", "cells", ",", "plasma", "cells", "and", "macrophages", "for",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ...
[ "we", "integrated", "the", "de", "analysis", "shown", "in", "fig", ".", "3", "with", "surface", "protein", "expression", "to", "define", "site", "-", "specific", "signatures", "for", "resident", "immune", "cells", "(", "fig", ".", "4", "and", "supplementary"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cd4", "and", "cd8", "t", "rm", "cells", "expressed", "genes", "and", "/", "or", "surface", "proteins", "for", "tissue", "residency", "(", "cd103", ",", "cd10", "##1", ",", "cd4", "##9a", ")", ",", "gut", "homing", "and", "localization", "(", "ccr", "#...	[ "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-...
[ "lung", "t", "rm", "cells", "showed", "increased", "expression", "of", "effector", "or", "cytotoxicity", "(", "ifng", ",", "gz", "##mh", ",", "gz", "##ma", ",", "prf", "##1", ")", "and", "regulatory", "(", "ctla4", ")", "genes", "relative", "to", "the", ...	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tiss...
[ "these", "site", "-", "specific", "profiles", "for", "t", "rm", "cells", "showed", "adaptations", "related", "to", "migration", ",", "localization", "and", "function", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "tissue", "plasma", "cells", "and", "macrophages", "also", "exhibited", "distinc", "t", "tissue", "signatures", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "plasma", "cells", ",", "we", "found", "several", "je", "##j", "-", "enriched", "genes", ",", "including", "igh", "##a2", "(", "consistent", "with", "predominant", "iga", "plasma", "cells", "in", "the", "gut", ")", ",", "the", "non", "-", "classic...	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "plasma", "cells", "in", "lungs", ",", "and", "to", "a", "lesser", "extent", ",", "ln", "and", "spleen", ",", "expressed", "higher", "levels", "of", "integrins", "(", "cd11c", ",", "cd1", "##8", ")", "(", "fig", ".", "4g", "–", "i", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "je", "##j", "macrophages", "had", "increased", "expression", "of", "integrins", "(", "icam", "##1", ",", "itg", "##a4", ")", ",", "chemok", "ine", "##s", "(", "ccl2", "##4", ",", "ccl", "##3", "##l1", ")", "and", "regulators", "of", "macrophage", "activ...	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
[ "lastly", ",", "macrophages", "in", "the", "spleen", "expressed", "markers", "of", "red", "pulp", "macrophages", "(", "spi", "##c", ",", "vcam", "##1", ")", "(", "fig", ".", "4", "##j", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "observations", "revealed", "site", "-", "specific", "signatures", "for", "activation", ",", "migration", ",", "metabolism", "and", "cell", "–", "cell", "interactions", "involved", "in", "tissue", "residency", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "investigated", "age", "-", "associated", "effects", "across", "immune", "lineages", "and", "tissues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "a", "global", "analysis", "of", "transcriptional", "variance", "within", "each", "major", "lineage", "revealed", "that", "tissue", "site", "explained", "the", "majority", "of", "variance", ",", "while", "age", "accounted", "for", "a", "much", "smaller", "fracti...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "most", "of", "the", "top", "age", "-", "dependent", "genes", "in", "each", "lineage", "(", "fig", ".", "5b", ")", "also", "exhibited", "tissue", "-", "specific", "variation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "immune", "cell", "composition", "in", "the", "different", "sites", "was", "largely", "maintained", "across", "age", ",", "except", "for", "significantly", "decreased", "frequencies", "of", "cd8", "t", "n", "cells", "in", "the", "blood", "and", "lns", ",", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellTyp...
[ "these", "results", "indicate", "that", "tissue", "-", "driven", "immune", "cell", "composition", "and", "profile", "are", "largely", "maintained", "with", "age", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "interrogate", "specific", "effects", "of", "aging", "on", "immune", "cells", "across", "lineages", "and", "sites", ",", "we", "conducted", "a", "separate", "de", "analysis", "for", "each",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
[ "an", "embedding", "of", "similarities", "between", "age", "-", "related", "degs", "revealed", "that", "some", "immune", "cells", "exhibited", "changes", "specific", "to", "tissue", "site", "(", "for", "example", ",", "t", "cells", "in", "the", "ln", ",", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Ti...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "identified", "genes", "regulated", "with", "age", "in", "each", "subset", "and", "tissue", "by", "integrating", "de", "results", "with", "gsea", "(", "supplementary", "fig", ".", "8a", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "myeloid", "lineage", "cells", ",", "mucosal", "sites", "had", "the", "most", "age", "-", "related", "degs", ",", "with", "similar", "trends", "in", "lymphoid", "organs", "(", "fig", ".", "5e", "–", "g", ")", "." ]	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "age", "-", "related", "changes", "in", "classical", "monocytes", "included", "increased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "proliferation", "and", "inflammation", "(", "kras", ",", "calm", "##1", ")", "and", "decreased", "expression", "of", "g...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "macrophages", "had", "decreased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "metabolism", "and", "mitochondrial", "fitness", "(", "marc", "##1", ",", "mtor", ")", "and", "increased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "m2", "macrophages",...	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
[ "together", ",", "these", "age", "-", "related", "changes", "in", "monocytes", "and", "macrophages", "were", "subset", "-", "specific", ",", "enriched", "in", "mucosal", "sites", "and", "indicated", "decreased", "overall", "fitness", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "used", "sch", "##p", "##f", "to", "identify", "age", "-", "associated", "gene", "signatures", "for", "myeloid", "cells", "and", "gsea", "to", "assess", "their", "expression", "in", "diff...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "uncovered", "an", "apoe", "–", "trem", "##2", "signature", ",", "including", "apolipoprotein", "genes", "(", "apoc", "##1", ",", "apoc", "##2", "and", "apoe", ")", "and", "trem", "##2", ",", "a", "triggering", "receptor", "expressed", "on", "myeloid...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...
[ "this", "apoe", "–", "trem", "##2", "signature", "was", "significantly", "downregulated", "with", "age", "in", "monocytes", "and", "macrophages", "in", "the", "lungs", ",", "lymphoid", "organs", "and", "blood", "(", "fig", ".", "5", "##j", ")", ",", "and",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue",...
[ "overall", ",", "this", "analysis", "showed", "subset", "and", "site", "-", "specific", "features", "of", "macrophage", "aging", "involving", "a", "major", "functional", "and", "metabolic", "pathway", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "applied", "the", "above", "approaches", "to", "identify", "age", "-", "associated", "signatures", "in", "t", "cells", "and", "b", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "for", "cd4", "t", "cells", ",", "cd8", "t", "cells", "and", "b", "cells", ",", "there", "were", "relatively", "few", "genes", "(", "for", "example", ",", "those", "associated", "with", "oxidation", "and", "inflammation", ":", "sod1", ",", "il1", "##8", ...	[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "pathway", "analysis", "revealed", "increased", "inflammation", ",", "apoptosis", "and", "reduced", "tcr", "signaling", "across", "multiple", "t", "cell", "subsets", "with", "age", "(", "supplementary", "fig", ".", "8b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "despite", "the", "paucity", "of", "age", "-", "associated", "gene", "expression", "changes", "across", "subsets", ",", "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", "exhibited", "multiple", "age", "-", "associated", "changes", "conserved", "across", "sites", ";", "these...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "by", "sch", "##p", "##f", "analysis", ",", "we", "identified", "two", "prominent", "age", "-", "associated", "transcriptional", "signatures", "shared", "across", "multiple", "cd8", "t", "cell", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "a", "cytokine", "signature", ",", "containing", "genes", "for", "effector", "cytokines", "and", "chemok", "ine", "##s", "(", "for", "example", ",", "ccl", "##3", ",", "ccl4", ",", "xc", "##l1", ",", "ifng", ",", "tnf", ")", ",", "was", "increased", "w...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", ...
[ "this", "aging", "signature", "was", "also", "detected", "in", "published", "datasets", "from", "human", "lungs", "(", "fig", ".", "6e", ")", "and", "in", "peripheral", "blood", "mononuclear", "cells", "(", "pbmcs", ")", "from", "the", "sound", "life", "co...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "a", "second", "signature", "contained", "gz", "##m", "##k", "encoding", "the", "cytolytic", "molecule", "granzyme", "k", ",", "the", "transcription", "factor", "eo", "##mes", "and", "activation", "or", "signaling", "markers", "(", "pdc", "##d1", ",", "hla", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "signature", "aligned", "with", "a", "granzyme", "k", "-", "containing", ",", "age", "-", "associated", "signature", "identified", "in", "t", "cells", "in", "aged", "mice", "and", "human", "blood", "and", "in", "pbmcs", "from", "the", "human", "imm...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
[ "this", "gz", "##m", "##k", "signature", "was", "increased", "with", "age", "in", "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", ",", "γδ", "t", "cells", "and", "cd8", "t", "em", "cells", "across", "tissues", "but", "not", "in", "cd8", "t", "rm", "cells", "in", ...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", ...
[ "the", "frequency", "and", "clonal", "expansion", "of", "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", "enriched", "in", "the", "gz", "##m", "##k", "signature", "was", "higher", "in", "older", "than", "in", "younger", "donors", "(", "fig", ".", "6h", ",", "i", ")"...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "results", "show", "distinc", "t", "age", "-", "associated", "signatures", "in", "mucosal", "resident", "t", "cells", "compared", "to", "circulation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "b", "cells", ",", "there", "were", "more", "age", "-", "related", "degs", "in", "memory", "compared", "to", "naive", "b", "cells", "in", "lns", "(", "fig", ".", "6j", "and", "exte...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...
[ "memory", "b", "cells", "from", "older", "donors", "had", "increased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "inflammatory", "cytokines", "(", "il1", "##8", ",", "il1", "##8", "##bp", ")", ",", "cell", "adhesion", "(", "cd5", "##8", ",", "lg",...	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...
[ "select", "il", "-", "18", "pathway", "-", "associated", "genes", "in", "b", "cells", "and", "cd4", "t", "cells", "in", "blood", "were", "validated", "in", "the", "human", "immune", "health", "atlas", "cohort", "(", "supplementary", "fig", ".", "9a", ","...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "transcript", "and", "/", "or", "surface", "expression", "of", "igm", "(", "igh", "##m", ")", "and", "igh", "##d", "were", "reduced", "in", "older", "compared", "to", "younger", "b", "cells", ",", "and", "the", "frequency", "of", "igm", "b", "cells", "...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "...
[ "we", "identified", "by", "sch", "##p", "##f", "that", "a", "gene", "signature", "related", "to", "ras", "signaling", "(", "ras", "##a4", "##b", ",", "ras", "##gr", "##f1", ",", "gab", "##2", ")", "downstream", "of", "the", "bcr", "was", "downregulated",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", ...
[ "we", "validated", "this", "age", "-", "associated", "signature", "in", "bm", "-", "derived", "b", "cells", "from", "an", "independent", "dataset", "(", "n", "=", "39", ",", "age", "2", "–", "84", "years", ")", "and", "in", "pbmcs", "from", "the", "h...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...
[ "pathway", "analysis", "further", "revealed", "increased", "inflammation", "and", "reduced", "bcr", "signaling", "in", "ln", "b", "cells", "with", "age", "(", "supplementary", "fig", ".", "8c", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "results", "showed", "that", "b", "cells", "exhibited", "diminished", "signaling", "and", "functional", "dysregulation", "across", "tissues", "over", "age", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "cmv", "infection", "drives", "immune", "cell", "alterations", ",", "including", "increased", "accumulation", "of", "t", "emr", "##a", "cells", "with", "age", "in", "blood", ",", "spleen", "and",...	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "these", "results", "showed", "broad", "and", "consistent", "representation", "of", "major", "immune", "lineages", "in", "our", "dataset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "next", "analyzed", "the", "subset", "composition", "and", "heterogeneity", "for", "each", "immune", "cell", "lineage", "across", "tissues", "based", "on", "the", "mm", "##och", "##i", "ann...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "t", "lymphocytes", "(", "610", ",", "429", "cells", ")", "comprised", "low", "-", "frequency", "γδ", "t", "cells", ",", "which", "develop", "early", "in", "onto", "##gen", "##y", ",", "and", "predominant", "αβ", "t", "cells", "(", "fig", ".", "2a", ...

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "cd4", "and", "cd8", "t", "cells", "(", "αβ", "tcr", ")", "were", "subdivided", "into", "naive", "(", "t", "n", ")", ",", "terminal", "effector", "(", "t", "emr", "##a", ")", "and", "memory", "subsets", ",", "including", "effector", "-", "memory", "(...

[ "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellTyp...

[ "surface", "proteins", "were", "essential", "for", "identifying", "t", "cell", "subsets", "that", "were", "not", "fully", "resolved", "by", "scr", "##na", "-", "seq", "(", "fig", ".", "2b", "and", "supplementary", "fig", ".", "3", ")", ",", "as", "shown"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "example", ",", "surface", "cd45ra", "expression", "was", "required", "to", "disting", "ui", "##sh", "cd45ra", "t", "n", "cells", "from", "cd45ra", "t", "cm", "cells", "and", "cd45ra", "t", "em", "cells", "from", "cd45ra", "t", "emr", "##a", "cell...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-...

[ "in", "addition", ",", "t", "rm", "cells", "were", "disting", "ui", "##sh", "##ed", "from", "t", "em", "cells", "based", "on", "surface", "expression", "of", "cd69", ",", "cd103", "and", "/", "or", "cd4", "##9a", "(", "fig", ".", "2b", "and", "supple...

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...

[ "t", "cell", "subsets", "were", "differentially", "distributed", "across", "sites", ";", "cd4", "t", "n", ",", "cd8", "t", "n", "and", "cd4", "t", "cm", "cells", "were", "enriched", "in", "blood", "and", "multiple", "ln", ",", "cd4", "t", "reg", "cells...

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue"...

[ "t", "emr", "##a", "cells", "were", "mostly", "cd8", "and", "enriched", "in", "the", "bm", "and", "spleen", "and", ",", "to", "a", "lesser", "extent", ",", "in", "lungs", ",", "while", "t", "em", "cells", "were", "distributed", "across", "most", "sites...

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", ...

[ "mucosal", "-", "associated", "invariant", "t", "(", "ma", "##it", ")", "cells", ",", "disting", "ui", "##sh", "##ed", "by", "trav", "##1", ".", "2", "expression", ",", "cd16", "##1", "and", "other", "markers", ",", "were", "predominantly", "found", "in"...

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...

[ "tcr", "clonal", "analysis", "provided", "additional", "correl", "##ative", "evidence", "for", "subset", "delineation", "and", "tissue", "distribution", "(", "for", "example", ",", "with", "the", "highest", "clonal", "##ity", "observed", "in", "the", "t", "emr",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "innate", "lymphocytes", "(", "130", ",", "414", "cells", ")", "were", "predominantly", "mature", "cd56", "cd16", "nk", "cells", "expressing", "cytolytic", "markers", "(", "kl", "##rf", "##1", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "immature", "cd56", "cd16", "nk", "cells", "were", "present", "at", "lower", "frequencies", "across", "most", "tissues", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "detected", "low", "frequencies", "of", "il", "##cs", "consisting", "largely", "of", "cd16", "ncr", "##2", "il", "##7", "##r", "il", "##c1", "##s", "with", "high", "expression", "of", "tissue", "residency", "markers", "(", "cd69", ",", "cd4", "##9a",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "found", "in", "ln", ",", "spleen", "and", "je", "##j", "(", "fig", ".", "2c", ",", "d", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "putative", "cd1", "##27", "cd62l", "tcf", "##7", "nk", "/", "il", "##c", "precursors", ",", "resembling", "cd56", "cd16", "nk", "and", "il", "##c3", "##s", ",", "were", "enriched", "in", "blood", "but", "present", "in", "all", "tissues", "(", "fig", "...

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "b", "cells", "(", "272", ",", "162", "cells", ")", "were", "classified", "into", "6", "subsets", "largely", "confined", "to", "lymphoid", "organs", "(", "fig", ".", "2e", ",", "f", ")", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-Cell...

[ "cd11c", "memory", "b", "cells", "expressing", "tb", "##x2", "##1", "(", "encoding", "the", "transcription", "factor", "t", "-", "bet", ")", "resembled", "‘", "atypical", "b", "cells", "’", "and", "were", "found", "at", "low", "frequencies", "in", "spleen"...

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "...

[ "variable", "frequencies", "of", "memory", "b", "cells", "in", "ln", "and", "spleen", "expressed", "cd69", "(", "fig", ".", "2e", ",", "f", ")", ",", "den", "##oting", "tissue", "residency", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "plasma", "cells", "expressing", "iga", "were", "enriched", "in", "the", "jl", "##p", ",", "while", "igg", "plasma", "##blasts", "were", "enriched", "in", "lymphoid", "organs", "(", "fig", ".", "2e", ",", "f", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "b", "cell", "receptor", "(", "bcr", ")", "analysis", "indicated", "that", "plasma", "##blasts", "exhibited", "the", "highest", "clonal", "expansion", "across", "lymphoid", "sites", ",", "while", "memory", "b", "cells", "and", "plasma", "(", "but", "not", "n...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "myeloid", "lineage", "cells", "(", "225", ",", "268", "cells", ")", "comprised", "c1q", "##a", "ms", "##4a", "##7", "macrophages", ",", "fc", "##n1", "cd14", "classical", "and", "fc", "##n1"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType"...

[ "classical", "monocytes", "were", "most", "abundant", "in", "blood", ",", "while", "non", "-", "classical", "monocytes", "were", "found", "mainly", "in", "bm", "and", "lung", "(", "fig", ".", "2g", ",", "h", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "dcs", "were", "found", "at", "low", "frequency", "across", "all", "tissues", ";", "pdcs", "were", "enriched", "in", "the", "bm", ",", "migratory", "dcs", "in", "the", "lns", ",", "while", "dc", "##2s", "were", "found", "mainly", "in", "the", "lns", "a...

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-...

[ "macrophages", "were", "found", "predominantly", "in", "the", "lung", "and", "at", "low", "frequencies", "in", "the", "bm", ",", "spleen", ",", "lns", "and", "je", "##j", "(", "fig", ".", "2h", ")", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "immune", "cell", "subset", "composition", "for", "the", "lineages", "above", "in", "blood", ",", "lymphoid", "organs", "and", "mucosal", "sites", "was", "specific", "to", "the", "site", "and", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...

[ "we", "defined", "additional", "subset", "heterogeneity", "based", "on", "rna", "expression", ",", "identifying", "proliferating", "cells", "across", "lineages", "and", "functional", "subsets", "for", "cd8", "t", "em", "cells", "and", "cd8", "t", "emr", "##a", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", ...

[ "this", "comprehensive", ",", "annotate", "d", "map", "of", "immune", "cells", "across", "tissues", "can", "serve", "as", "a", "reference", "for", "future", "analysis", ",", "and", "we", "provided", "pre", "-", "trained", "models", "for", "label", "transfer"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "this", "subset", "analysis", "showed", "consistent", ",", "tissue", "-", "specific", "composition", "between", "sites", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "understand", "the", "influence", "of", "tissue", "localization", "on", "gene", "expression", ",", "we", "performed", "a", "two", "-", "step", "differential", "expression", "(", "de", ")", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "first", ",", "we", "compared", "the", "major", "immune", "lineages", "(", "cd8", "t", "cells", ",", "cd4", "t", "cells", ",", "γδ", "/", "μ", "##α", "##ι", "##τ", "cells", ",", "myeloid", "cells", ",", "nk", "/", "il", "##c", "and", "b", "cells", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O",...

[ "we", "identified", "13", "clusters", "from", "significantly", "differentially", "expressed", "genes", "(", "degs", ")", "(", "c1", "–", "13", ")", "grouped", "by", "lineage", "and", "/", "or", "tissue", "(", "fig", ".", "3b", "and", "supplementary", "tabl...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "then", "conducted", "a", "similar", "across", "-", "tissue", "de", "analysis", "for", "each", "subset", "and", "evaluated", "whether", "these", "signatures", "were", "expressed", "by", "individual", "subsets", "within", "a", "lineage", "using", "gene", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "visualize", "effect", "sizes", ",", "determine", "the", "contribution", "of", "compositional", "differences", "and", "identify", "tissue", "-", "specific", "signatures", "across", "lineages", ",", "we", "integrated", "this", "analysis", "with", "subset", "f...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "myeloid", "cells", "from", "all", "tissues", "exhibited", "transcriptional", "profiles", "not", "expressed", "by", "other", "immune", "lineages", "(", "clusters", "c1", "–", "c4", ")", ",", "whi...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", ...

[ "c1", "(", "chemok", "ine", ",", "complement", ",", "lipid", "transport", ")", "and", "c2", "(", "ppar", "signaling", "associated", "with", "alveol", "ar", "macrophages", ")", "were", "enriched", "in", "the", "je", "##j", "and", "lung", ",", "respectively"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", ...

[ "by", "contrast", ",", "c4", "(", "anti", "-", "microbial", "peptide", "production", "and", "cell", "signaling", ")", "enrichment", "was", "explained", "by", "increased", "frequencies", "of", "bm", "and", "spleen", "monocytes", "relative", "to", "macrophages", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "tissue", "-", "associated", "genes", "within", "clusters", "c5", "–", "c9", "were", "expressed", "primarily", "by", "t", "cells", "and", "innate", "lymphocytes", "(", "fig", ".", "3b", ")", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "c5", "genes", "encoding", "stem", "-", "like", "transcription", "factors", "and", "markers", "(", "tcf", "##7", ",", "lef", "##1", ",", "itg", "##a", "##6", ")", "and", "ln", "homing", "receptors", "(", "ccr7", ",", "sell", ")", "were", "enriched", "i...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", ...

[ "conversely", ",", "c6", "genes", "encoding", "molecules", "for", "mucosal", "residency", "(", "itg", "##a1", ",", "cxcr", "##6", ",", "itg", "##ae", ")", "and", "gut", "homing", "(", "ccr", "##9", ")", "were", "enriched", "in", "cd4", "and", "cd8", "t...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-...

[ "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", ",", "γδ", "cells", ",", "ma", "##it", "cells", "and", "nk", "/", "il", "##cs", "in", "the", "je", "##j", "showed", "reduced", "expression", "of", "c9", "genes", "associated", "with", "cytolytic", "effector", "function"...

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "...

[ "c7", "genes", "associated", "with", "protein", "metabolism", "were", "enriched", "in", "nk", "/", "il", "##cs", "and", "innate", "t", "cells", "in", "the", "je", "##j", ",", "while", "c8", "genes", "encoding", "chemok", "ine", "##s", "(", "ccl4", ",", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "therefore", ",", "this", "analysis", "identified", "shared", "gene", "expression", "profiles", "across", "t", "and", "innate", "lymphocyte", "subsets", "that", "varied", "by", "site", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "tissue", "-", "enriched", "signatures", "for", "b", "cells", "(", "c10", "–", "c1", "##3", ")", "were", "mostly", "associated", "with", "specific", "subsets", "(", "fig", ".", "3b", ",", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "c10", "included", "cell", "cycle", "genes", "and", "was", "enriched", "in", "b", "cells", "and", "plasma", "cells", "in", "the", "lungs", "(", "fig", ".", "3g", ",", "h", ")", ",", "possibly", "because", "of", "higher", "plasma", "##blast", "abundance",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]

[ "je", "##j", "b", "cells", "showed", "increased", "expression", "of", "c12", "(", "b", "cell", "differentiation", "and", "protein", "transport", ")", "and", "c1", "##3", "(", "b", "cell", "activation", ")", "genes", "(", "fig", ".", "3b", ")", ",", "wh...

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType"...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "also", "applied", "consensus", "single", "-", "cell", "hierarchical", "poisson", "factor", "##ization", "(", "sch", "##p", "##f", ")", "to", "identify", "gene", "co", "-", "expression", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue",...

[ "we", "found", "a", "proliferation", "module", "enriched", "in", "the", "lungs", ",", "a", "lymphoid", "-", "specific", "module", "in", "the", "lns", ",", "an", "intestine", "-", "specific", "residency", "module", "and", "modules", "associated", "with", "eff...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissu...

[ "the", "lymphoid", "module", "included", "genes", "associated", "with", "stemness", "(", "klf", "##7", ",", "lef", "##1", ",", "sox", "##4", ")", "and", "lymphoid", "homing", "(", "ccr7", ",", "sell", ",", "itg", "##a", "##6", ")", "markers", "expressed"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", ...

[ "the", "je", "##j", "residency", "module", "included", "intestinal", "tissue", "residency", "genes", "(", "ccr", "##9", ",", "itg", "##ae", ",", "cd10", "##1", ",", "cd16", "##0", ")", "enriched", "in", "t", "cells", ",", "nk", "cells", "and", "il", "#...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O"...

[ "these", "signatures", "were", "also", "reflected", "at", "the", "surface", "protein", "level", "(", "extended", "data", "fig", ".", "4e", ",", "i", "and", "supplementary", "table", "11", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "thus", ",", "tissue", "-", "specific", "gene", "expression", "modules", "spanned", "multiple", "cell", "types", ",", "suggesting", "shared", "tissue", "adaptations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "the", "tissue", "environment", "poses", "unique", "requirements", "for", "resident", "immune", "populations", "such", "as", "t", "rm", "cells", ",", "plasma", "cells", "and", "macrophages", "for",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O" ...

[ "we", "integrated", "the", "de", "analysis", "shown", "in", "fig", ".", "3", "with", "surface", "protein", "expression", "to", "define", "site", "-", "specific", "signatures", "for", "resident", "immune", "cells", "(", "fig", ".", "4", "and", "supplementary"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cd4", "and", "cd8", "t", "rm", "cells", "expressed", "genes", "and", "/", "or", "surface", "proteins", "for", "tissue", "residency", "(", "cd103", ",", "cd10", "##1", ",", "cd4", "##9a", ")", ",", "gut", "homing", "and", "localization", "(", "ccr", "#...

[ "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-...

[ "lung", "t", "rm", "cells", "showed", "increased", "expression", "of", "effector", "or", "cytotoxicity", "(", "ifng", ",", "gz", "##mh", ",", "gz", "##ma", ",", "prf", "##1", ")", "and", "regulatory", "(", "ctla4", ")", "genes", "relative", "to", "the", ...

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tiss...

[ "these", "site", "-", "specific", "profiles", "for", "t", "rm", "cells", "showed", "adaptations", "related", "to", "migration", ",", "localization", "and", "function", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "tissue", "plasma", "cells", "and", "macrophages", "also", "exhibited", "distinc", "t", "tissue", "signatures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "plasma", "cells", ",", "we", "found", "several", "je", "##j", "-", "enriched", "genes", ",", "including", "igh", "##a2", "(", "consistent", "with", "predominant", "iga", "plasma", "cells", "in", "the", "gut", ")", ",", "the", "non", "-", "classic...

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "plasma", "cells", "in", "lungs", ",", "and", "to", "a", "lesser", "extent", ",", "ln", "and", "spleen", ",", "expressed", "higher", "levels", "of", "integrins", "(", "cd11c", ",", "cd1", "##8", ")", "(", "fig", ".", "4g", "–", "i", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "je", "##j", "macrophages", "had", "increased", "expression", "of", "integrins", "(", "icam", "##1", ",", "itg", "##a4", ")", ",", "chemok", "ine", "##s", "(", "ccl2", "##4", ",", "ccl", "##3", "##l1", ")", "and", "regulators", "of", "macrophage", "activ...

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...

[ "lastly", ",", "macrophages", "in", "the", "spleen", "expressed", "markers", "of", "red", "pulp", "macrophages", "(", "spi", "##c", ",", "vcam", "##1", ")", "(", "fig", ".", "4", "##j", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "observations", "revealed", "site", "-", "specific", "signatures", "for", "activation", ",", "migration", ",", "metabolism", "and", "cell", "–", "cell", "interactions", "involved", "in", "tissue", "residency", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "investigated", "age", "-", "associated", "effects", "across", "immune", "lineages", "and", "tissues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "a", "global", "analysis", "of", "transcriptional", "variance", "within", "each", "major", "lineage", "revealed", "that", "tissue", "site", "explained", "the", "majority", "of", "variance", ",", "while", "age", "accounted", "for", "a", "much", "smaller", "fracti...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "most", "of", "the", "top", "age", "-", "dependent", "genes", "in", "each", "lineage", "(", "fig", ".", "5b", ")", "also", "exhibited", "tissue", "-", "specific", "variation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "immune", "cell", "composition", "in", "the", "different", "sites", "was", "largely", "maintained", "across", "age", ",", "except", "for", "significantly", "decreased", "frequencies", "of", "cd8", "t", "n", "cells", "in", "the", "blood", "and", "lns", ",", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellTyp...

[ "these", "results", "indicate", "that", "tissue", "-", "driven", "immune", "cell", "composition", "and", "profile", "are", "largely", "maintained", "with", "age", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "interrogate", "specific", "effects", "of", "aging", "on", "immune", "cells", "across", "lineages", "and", "sites", ",", "we", "conducted", "a", "separate", "de", "analysis", "for", "each",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...

[ "an", "embedding", "of", "similarities", "between", "age", "-", "related", "degs", "revealed", "that", "some", "immune", "cells", "exhibited", "changes", "specific", "to", "tissue", "site", "(", "for", "example", ",", "t", "cells", "in", "the", "ln", ",", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Ti...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "identified", "genes", "regulated", "with", "age", "in", "each", "subset", "and", "tissue", "by", "integrating", "de", "results", "with", "gsea", "(", "supplementary", "fig", ".", "8a", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "myeloid", "lineage", "cells", ",", "mucosal", "sites", "had", "the", "most", "age", "-", "related", "degs", ",", "with", "similar", "trends", "in", "lymphoid", "organs", "(", "fig", ".", "5e", "–", "g", ")", "." ]

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "age", "-", "related", "changes", "in", "classical", "monocytes", "included", "increased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "proliferation", "and", "inflammation", "(", "kras", ",", "calm", "##1", ")", "and", "decreased", "expression", "of", "g...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "macrophages", "had", "decreased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "metabolism", "and", "mitochondrial", "fitness", "(", "marc", "##1", ",", "mtor", ")", "and", "increased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "m2", "macrophages",...

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...

[ "together", ",", "these", "age", "-", "related", "changes", "in", "monocytes", "and", "macrophages", "were", "subset", "-", "specific", ",", "enriched", "in", "mucosal", "sites", "and", "indicated", "decreased", "overall", "fitness", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "used", "sch", "##p", "##f", "to", "identify", "age", "-", "associated", "gene", "signatures", "for", "myeloid", "cells", "and", "gsea", "to", "assess", "their", "expression", "in", "diff...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "uncovered", "an", "apoe", "–", "trem", "##2", "signature", ",", "including", "apolipoprotein", "genes", "(", "apoc", "##1", ",", "apoc", "##2", "and", "apoe", ")", "and", "trem", "##2", ",", "a", "triggering", "receptor", "expressed", "on", "myeloid...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O",...

[ "this", "apoe", "–", "trem", "##2", "signature", "was", "significantly", "downregulated", "with", "age", "in", "monocytes", "and", "macrophages", "in", "the", "lungs", ",", "lymphoid", "organs", "and", "blood", "(", "fig", ".", "5", "##j", ")", ",", "and",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue",...

[ "overall", ",", "this", "analysis", "showed", "subset", "and", "site", "-", "specific", "features", "of", "macrophage", "aging", "involving", "a", "major", "functional", "and", "metabolic", "pathway", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "applied", "the", "above", "approaches", "to", "identify", "age", "-", "associated", "signatures", "in", "t", "cells", "and", "b", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "for", "cd4", "t", "cells", ",", "cd8", "t", "cells", "and", "b", "cells", ",", "there", "were", "relatively", "few", "genes", "(", "for", "example", ",", "those", "associated", "with", "oxidation", "and", "inflammation", ":", "sod1", ",", "il1", "##8", ...

[ "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "pathway", "analysis", "revealed", "increased", "inflammation", ",", "apoptosis", "and", "reduced", "tcr", "signaling", "across", "multiple", "t", "cell", "subsets", "with", "age", "(", "supplementary", "fig", ".", "8b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "despite", "the", "paucity", "of", "age", "-", "associated", "gene", "expression", "changes", "across", "subsets", ",", "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", "exhibited", "multiple", "age", "-", "associated", "changes", "conserved", "across", "sites", ";", "these...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "...

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "by", "sch", "##p", "##f", "analysis", ",", "we", "identified", "two", "prominent", "age", "-", "associated", "transcriptional", "signatures", "shared", "across", "multiple", "cd8", "t", "cell", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "a", "cytokine", "signature", ",", "containing", "genes", "for", "effector", "cytokines", "and", "chemok", "ine", "##s", "(", "for", "example", ",", "ccl", "##3", ",", "ccl4", ",", "xc", "##l1", ",", "ifng", ",", "tnf", ")", ",", "was", "increased", "w...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", ...

[ "this", "aging", "signature", "was", "also", "detected", "in", "published", "datasets", "from", "human", "lungs", "(", "fig", ".", "6e", ")", "and", "in", "peripheral", "blood", "mononuclear", "cells", "(", "pbmcs", ")", "from", "the", "sound", "life", "co...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "a", "second", "signature", "contained", "gz", "##m", "##k", "encoding", "the", "cytolytic", "molecule", "granzyme", "k", ",", "the", "transcription", "factor", "eo", "##mes", "and", "activation", "or", "signaling", "markers", "(", "pdc", "##d1", ",", "hla", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "signature", "aligned", "with", "a", "granzyme", "k", "-", "containing", ",", "age", "-", "associated", "signature", "identified", "in", "t", "cells", "in", "aged", "mice", "and", "human", "blood", "and", "in", "pbmcs", "from", "the", "human", "imm...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...

[ "this", "gz", "##m", "##k", "signature", "was", "increased", "with", "age", "in", "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", ",", "γδ", "t", "cells", "and", "cd8", "t", "em", "cells", "across", "tissues", "but", "not", "in", "cd8", "t", "rm", "cells", "in", ...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", ...

[ "the", "frequency", "and", "clonal", "expansion", "of", "cd8", "t", "emr", "##a", "cells", "enriched", "in", "the", "gz", "##m", "##k", "signature", "was", "higher", "in", "older", "than", "in", "younger", "donors", "(", "fig", ".", "6h", ",", "i", ")"...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "results", "show", "distinc", "t", "age", "-", "associated", "signatures", "in", "mucosal", "resident", "t", "cells", "compared", "to", "circulation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "b", "cells", ",", "there", "were", "more", "age", "-", "related", "degs", "in", "memory", "compared", "to", "naive", "b", "cells", "in", "lns", "(", "fig", ".", "6j", "and", "exte...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", ...

[ "memory", "b", "cells", "from", "older", "donors", "had", "increased", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "inflammatory", "cytokines", "(", "il1", "##8", ",", "il1", "##8", "##bp", ")", ",", "cell", "adhesion", "(", "cd5", "##8", ",", "lg",...

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O...

[ "select", "il", "-", "18", "pathway", "-", "associated", "genes", "in", "b", "cells", "and", "cd4", "t", "cells", "in", "blood", "were", "validated", "in", "the", "human", "immune", "health", "atlas", "cohort", "(", "supplementary", "fig", ".", "9a", ","...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "transcript", "and", "/", "or", "surface", "expression", "of", "igm", "(", "igh", "##m", ")", "and", "igh", "##d", "were", "reduced", "in", "older", "compared", "to", "younger", "b", "cells", ",", "and", "the", "frequency", "of", "igm", "b", "cells", "...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "...

[ "we", "identified", "by", "sch", "##p", "##f", "that", "a", "gene", "signature", "related", "to", "ras", "signaling", "(", "ras", "##a4", "##b", ",", "ras", "##gr", "##f1", ",", "gab", "##2", ")", "downstream", "of", "the", "bcr", "was", "downregulated",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", ...

[ "we", "validated", "this", "age", "-", "associated", "signature", "in", "bm", "-", "derived", "b", "cells", "from", "an", "independent", "dataset", "(", "n", "=", "39", ",", "age", "2", "–", "84", "years", ")", "and", "in", "pbmcs", "from", "the", "h...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O"...

[ "pathway", "analysis", "further", "revealed", "increased", "inflammation", "and", "reduced", "bcr", "signaling", "in", "ln", "b", "cells", "with", "age", "(", "supplementary", "fig", ".", "8c", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "results", "showed", "that", "b", "cells", "exhibited", "diminished", "signaling", "and", "functional", "dysregulation", "across", "tissues", "over", "age", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "cmv", "infection", "drives", "immune", "cell", "alterations", ",", "including", "increased", "accumulation", "of", "t", "emr", "##a", "cells", "with", "age", "in", "blood", ",", "spleen", "and",...

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O" ]