OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "we", "investigated", "the", "impact", "of", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "on", "cell", "composition", "and", "immune", "aging", "and", "found", "no", "significant", "associations", "with", "cd4", "t", "cell", ",", "cd8", "t", "cell", "or", "b", "cell", "frequencies", "(", "supplementary", "fig", ".", "10a", ",", "b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "two", "cd8", "t", "cell", "signatures", "were", "associated", "with", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "after", "regression", "of", "other", "covariates", ":", "the", "gz", "##m", "##k", "signature", "and", "a", "gn", "##ly", "signature", "(", "gn", "##ly", ",", "fgf", "##bp2", "and", "cx3cr1", ")", "(", "supplementary", "fig", ".", "10", "##c", "–", "f", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "gn", "##ly", "signature", "was", "enriched", "across", "all", "cd8", "t", "cell", "subsets", "in", "cmv", "donors", ",", "while", "the", "gz", "##m", "##k", "signature", "was", "vari", "##ably", "enriched", "in", "different", "sites", "and", "subsets", "of", "cmv", "donors", "by", "gsea", "(", "supplementary", "fig", ".", "10", "##d", ",", "f", "and", "supplementary", "tables", "21", "and", "22", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "therefore", ",", "cmv", "infection", "drives", "t", "cell", "gene", "signature", "changes", "that", "overlap", "with", ",", "but", "are", "distinc", "t", "from", ",", "age", "-", "related", "immune", "alterations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "cd4", "t", "cells", "are", "highly", "heterogeneous", "and", "exhibit", "functional", "and", "phenotypic", "continuum", "##s", ",", "suggesting", "that", "age", "effects", "could", "differentially", "manifest", "within", "or", "across", "subsets", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "applied", "an", "annotation", "-", "independent", "analysis", "of", "aging", "in", "cd4", "t", "cells", "in", "the", "lung", ",", "je", "##j", "and", "ln", ",", "lever", "##aging", "a", "per", "-", "cell", "estimation", "of", "age", "effects", "using", "counter", "##fact", "##ual", "analysis", "with", "mr", "##vi", ",", "which", "separately", "considers", "each", "cell", "and", "controls", "for", "covariates", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "analysis", "identified", "groups", "of", "cells", "with", "similar", "predicted", "age", "-", "associated", "changes", "in", "gene", "expression", "(", "‘", "modules", "’", ")", ",", "which", "we", "interrogate", "d", "by", "de", "analysis", "across", "age", "(", "fig", ".", "7", ",", "extended", "data", "fig", ".", "6", ",", "and", "supplementary", "tables", "23", "and", "24", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "the", "lung", ",", "a", "fraction", "of", "cd4", "t", "cells", "(", "~", "25", "%", ",", "comprising", "t", "em", "cells", ",", "t", "rm", "cells", "and", "t", "emr", "##a", "cells", ")", "exhibited", "decreased", "cytotoxicity", "(", "gz", "##mh", ",", "gn", "##ly", ",", "gz", "##ma", ")", "and", "increased", "cytokine", "receptor", "(", "il1", "##8", "##r1", ",", "ifng", "##r1", ")", "genes", "with", "age", "(", "fig", ".", "7a", "–", "c", "and", "extended", "data", "fig", ".", "6a", ",", "b", ")", "." ]	[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "similar", "upregulation", "of", "cytokine", "responsiveness", "with", "age", "occurred", "in", "some", "cd4", "t", "cells", "in", "blood", ",", "bm", ",", "ln", "and", "spleen", ",", "while", "decreased", "cytotoxicity", "was", "unique", "to", "the", "lungs", "(", "fig", ".", "7c", ",", "d", "and", "extended", "data", "fig", ".", "6b", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cd4", "t", "cells", "in", "the", "je", "##j", "(", "mainly", "t", "rm", "cells", ")", "exhibited", "an", "age", "-", "related", "decline", "in", "t", "h", "17", "-", "associated", "genes", "(", "il1", "##7a", ",", "il1", "##7", "##f", ",", "il2", "##2", ",", "ror", "##c", ",", "ccr", "##6", ")", "and", "increase", "in", "pro", "-", "inflammatory", "cytokines", "(", "ifng", ",", "tnf", ")", "(", "fig", ".", "7e", "–", "g", "and", "extended", "data", "fig", ".", "6c", ",", "d", ")", ";", "age", "-", "associated", "downregulation", "of", "il", "-", "17", "-", "associated", "genes", "was", "also", "observed", "in", "cd4", "t", "cells", "in", "lung", "and", "blood", "(", "fig", ".", "7g", "–", "h", "and", "extended", "data", "fig", ".", "6d", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cd4", "t", "cells", "in", "the", "ln", "(", "also", "in", "spleen", "and", "lungs", ")", "exhibited", "reduced", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "regulation", "(", "il10", ",", "tig", "##it", ",", "ctla4", ",", "cd27", ")", "and", "increased", "expression", "of", "inflammation", "and", "activation", "markers", "(", "il1", "##8", "##bp", ",", "tnf", "##rs", "##f4", ",", "tnf", ")", "with", "age", "(", "fig", ".", "7", "##i", "–", "l", "and", "extended", "data", "fig", ".", "6e", ",", "f", ")", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "these", "results", "revealed", "age", "-", "associated", "transcriptional", "changes", "in", "tissue", "cd4", "t", "cells", "associated", "with", "site", "-", "specific", "functions", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "present", "a", "comprehensive", "analysis", "of", "the", "human", "immune", "system", "across", "tissues", "and", "ages", "through", "multimodal", "profiling", "of", "blood", "and", "tissues", "from", "organ", "donors", "spanning", "six", "decades", "of", "adult", "life", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "found", "that", "tissue", "localization", "was", "a", "dominant", "driver", "of", "the", "immune", "landscape", ",", "determining", "immune", "cell", "composition", ",", "cell", "states", "and", "functional", "capacity", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "with", "age", ",", "these", "tissue", "-", "specific", "properties", "were", "largely", "maintained", ",", "although", "certain", "subsets", "and", "sites", "showed", "altered", "function", ",", "migration", "and", "regulation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "results", "reveal", "that", "the", "human", "immune", "system", "is", "highly", "specialized", "for", "diverse", "tissue", "environments", "to", "maintain", "homeostasis", "and", "mount", "effective", "immune", "responses", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "demonstrated", "that", "each", "tissue", "imposed", "site", "-", "specific", "immune", "cell", "compositions", "and", "adaptations", "that", "varied", "by", "lineage", ",", "and", "these", "tissue", "effects", "were", "conserved", "across", "donors", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "although", "we", "realized", "and", "reinforced", "site", "-", "specific", "features", "for", "t", "rm", "cells", "at", "barrier", "sites", "and", "lymphoid", "organs", ",", "whether", "these", "adaptations", "applied", "to", "other", "immune", "cells", "remained", "unknown", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O" ]
[ "here", ",", "we", "found", "that", "site", "-", "specific", "signatures", "for", "t", "cells", "in", "the", "gut", "(", "high", "tissue", "residency", ",", "low", "cytotoxicity", ")", ",", "lungs", "(", "high", "effector", "function", ",", "increased", "regulation", ")", "and", "lymphoid", "organs", "(", "stem", "-", "like", "features", ")", "were", "not", "exclusive", "to", "the", "canonical", "resident", "populations", ",", "were", "shared", "across", "nk", "cell", "and", "il", "##c", "subsets", "and", "were", "absent", "from", "b", "cell", "and", "myeloid", "lineages", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "the", "enhanced", "expression", "of", "stem", "-", "like", "transcription", "factors", "tcf", "-", "1", "and", "lef", "-", "1", "by", "ln", "memory", "t", "cells", "suggests", "that", "lymphoid", "organs", "may", "serve", "as", "reservoirs", "for", "long", "-", "lived", "memory", "cells", ",", "given", "these", "factors", "’", "requirement", "for", "memory", "t", "cell", "generation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "macrophages", "and", "plasma", "cells", "also", "exhibited", "site", "-", "specific", "features", "in", "the", "gut", ",", "lungs", "and", "lymphoid", "organs", "through", "distinc", "t", "subset", "-", "specific", "pathways", ",", "such", "as", "alveol", "ar", "macrophages", "in", "the", "lungs", "and", "red", "pulp", "macrophages", "in", "the", "spleen", "." ]	[ "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "these", "lineage", "-", "dependent", "tissue", "adaptations", "probably", "reflect", "niche", "localization", "and", "interactions", "with", "distinc", "t", "structural", "and", "immune", "cells", "within", "each", "tissue", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "age", "-", "associated", "gene", "signatures", "identified", "for", "macrophages", ",", "t", "cells", "and", "b", "cells", "were", "intrinsic", "to", "the", "subset", "and", "site", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "apoe", "–", "trem", "##2", "gene", "signature", ",", "essential", "for", "crucial", "macrophage", "functions", ",", "was", "reduced", "with", "age", "by", "lung", "macrophages", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "apoe", "–", "trem", "##2", "expression", "in", "microglia", "is", "associated", "with", "neurodegeneration", "in", "alzheimer", "’", "s", "disease", "and", "in", "other", "macrophage", "types", "with", "cardiov", "asc", "##ular", "diseases", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "trem", "##2", "can", "have", "different", "effects", "on", "macrophage", "functions", ";", "promoting", "anti-inflammatory", "‘", "m2", "-", "like", "’", "function", "in", "some", "contexts", "and", "phagocytosis", "and", "sustained", "inflammation", "in", "others", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "age", "-", "associated", "loss", "of", "trem", "##2", "in", "lung", "macrophages", "could", "thus", "account", "for", "compromised", "immunity", "to", "respiratory", "pathogens", "and", "increased", "lung", "cancer", "susceptibility", "observed", "in", "the", "aging", "population", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "trem", "agonists", "that", "enhance", "phagocytic", "function", "are", "being", "tested", "in", "clinical", "trials", "in", "alzheimer", "’", "s", "disease", "and", "could", "be", "considered", "in", "the", "rej", "##uv", "##ena", "##tion", "of", "aging", "macrophages", "in", "other", "sites", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "other", "age", "-", "associated", "features", "were", "specific", "to", "lymphocyte", "lineages", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O" ]
[ "t", "cells", "in", "circulation", "expressed", "higher", "levels", "of", "genes", "associated", "with", "inflammation", ",", "cytotoxicity", "and", "nk", "-", "like", "markers", "with", "age", ",", "as", "previously", "reported", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "circulating", "t", "emr", "##a", "cells", "and", "t", "em", "cells", "upregulated", "gz", "##m", "##k", "and", "other", "markers", ",", "similar", "to", "senescent", "gz", "##m", "##k", "cd8", "t", "cells", "found", "in", "mice", "and", "human", "blood", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "t", "rm", "cells", "in", "the", "lungs", "and", "intestines", "did", "not", "exhibit", "this", "age", "-", "associated", "gene", "signature", ",", "suggesting", "that", "the", "tissue", "environment", "may", "insula", "##te", "them", "from", "signals", "that", "promote", "cellular", "aging", "or", "that", "cellular", "aging", "is", "tissue", "-", "specific", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "both", "circulating", "(", "t", "em", ",", "t", "emr", "##a", ")", "and", "t", "rm", "cells", "had", "increased", "expression", "of", "genes", "for", "pro", "-", "inflammatory", "cytokines", "and", "chemok", "ine", "##s", "with", "age", ",", "consistent", "with", "inflamm", "##aging", "implicated", "in", "cardiov", "asc", "##ular", "diseases", "and", "metabolic", "dysregulation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "our", "findings", "suggest", "that", "human", "t", "cells", "may", "be", "more", "prone", "to", "innate", "functions", "such", "as", "cytokine", "-", "driven", "activation", "(", "for", "example", ",", "via", "il", "-", "18", ")", "with", "age", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "also", "identified", "an", "age", "-", "associated", "increase", "in", "il", "-", "18", "expression", "and", "reduced", "bcr", "-", "mediated", "signaling", "within", "tissue", "b", "cells", ",", "which", "is", "a", "feature", "of", "nk", "-", "like", "b", "cell", "subsets", "identified", "in", "disease", "contexts", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "thus", ",", "aging", "may", "reflect", "a", "broader", "age", "-", "related", "shift", "to", "innate", "-", "like", "functions", "in", "both", "t", "cells", "and", "b", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "our", "findings", "have", "important", "implications", "for", "immune", "monitoring", ",", "therapeutic", "modulation", "and", "clinical", "advancement", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "compartmental", "##ization", "of", "immune", "subsets", "across", "tissues", "emphasizes", "the", "importance", "of", "site", "-", "specific", "immune", "monitoring", "in", "disease", "states", ",", "as", "exemplified", "in", "severe", "cov", "##id", "-", "19", ",", "in", "which", "immune", "dynamics", "in", "the", "respiratory", "tract", "rather", "than", "blood", "correlated", "with", "infection", "outcome", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "distinc", "tn", "##ess", "of", "gut", "-", "specific", "subsets", "provides", "rationale", "for", "targeted", "intestinal", "interventions", ",", "as", "demonstrated", "by", "rotavirus", "vaccines", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "identification", "of", "stem", "-", "like", "profiles", "(", "marked", "by", "tcf", "##7", "and", "lef", "##1", "expression", ")", "in", "ln", "t", "cells", "and", "nk", "cells", "has", "direct", "relevance", "to", "adoptive", "car", "-", "t", "immunotherap", "ie", "##s", ",", "in", "which", "stemness", "is", "associated", "with", "remission", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lns", "may", "thus", "represent", "an", "optimal", "source", "of", "nk", "and", "t", "cells", "for", "engineering", "adoptive", "cell", "therapies", "against", "cancer", ",", "infections", "and", "autoimmunity", "." ]	[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "our", "study", "has", "several", "limitations", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "low", "frequency", "of", "certain", "immune", "subsets", "in", "tissues", ",", "including", "dcs", ",", "macrophages", "in", "lymphoid", "organs", "and", "hematopoietic", "progenitors", ",", "precluded", "aging", "analysis", "and", "will", "require", "sorting", "for", "future", "studies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "similarly", ",", "an", "in", "-", "depth", "analysis", "of", "tcr", "and", "bcr", "across", "sites", "and", "age", "would", "require", "isolating", "memory", "t", "cells", "and", "b", "cells", "from", "each", "site", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "finally", ",", "although", "we", "identified", "age", "-", "associated", "changes", "in", "24", "donors", ",", "additional", "donors", "would", "increase", "power", "and", "probably", "reveal", "additional", "aging", "signatures", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "conclusion", ",", "this", "dataset", ",", "along", "with", "the", "models", "and", "analyses", "presented", ",", "can", "serve", "as", "a", "valuable", "and", "action", "##able", "resource", ",", "informing", "targeted", "immune", "modulation", "by", "site", "and", "age", "in", "future", "treatments", "for", "infectious", ",", "neoplastic", "and", "inflammatory", "diseases", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "the", "study", "analyzed", "immune", "cells", "from", "multiple", "tissue", "samples", "obtained", "from", "24", "organ", "donors", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "no", "statistical", "method", "was", "used", "to", "predetermine", "sample", "size", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "no", "data", "were", "excluded", "from", "the", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "investigators", "were", "not", "blinded", "to", "allocation", "during", "experiments", "and", "outcome", "assessment", ",", "as", "this", "is", "a", "profiling", "study", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "tissues", "were", "obtained", "from", "deceased", "organ", "donors", "(", "supplementary", "table", "1", ")", "at", "the", "time", "of", "organ", "acquisition", "for", "clinical", "transplantation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "the", "usa", ",", "this", "was", "done", "through", "an", "approved", "protocol", "and", "material", "transfer", "agreement", "via", "live", "##onn", "##y", ",", "the", "organ", "proc", "##urement", "organization", "for", "the", "new", "york", "metropolitan", "area", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "the", "uk", ",", "tissues", "were", "obtained", "through", "the", "cambridge", "biore", "##pos", "##itory", "for", "translational", "medicine", "(", "cbt", "##m", ")", ",", "rec", "15", "/", "ee", "/", "015", "##2", ",", "as", "previously", "described", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "owing", "to", "the", "different", "amounts", "of", "tissues", "and", "some", "distinc", "t", "samples", "(", "for", "example", ",", "skin", ",", "liver", "and", "colon", ")", "obtained", "at", "each", "location", ",", "protocols", "for", "processing", "may", "differ", ",", "as", "described", "below", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "each", "tissue", "was", "subjected", "to", "a", "tissue", "-", "specific", "protocol", "to", "maximize", "mn", "##c", "recovery", "and", "viability", "across", "a", "diversity", "of", "sites", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "detailed", ",", "step", "-", "by", "-", "step", "protocols", "for", "immune", "cell", "isolation", "from", "blood", ",", "bm", ",", "spleen", ",", "lns", ",", "lungs", "(", "parenchyma", "and", "airway", "or", "bal", ")", "and", "je", "##j", "(", "jl", "##p", "and", "je", "##l", ")", "are", "presented", "elsewhere", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "all", "single", "-", "cell", "suspensions", "from", "each", "site", "were", "centrifuged", "(", "400", "g", ",", "10", "min", "at", "4", "°c", ")", "and", "washed", "twice", "with", "pbs", "containing", "5", "%", "(", "v", "/", "v", ")", "fbs", "and", "2", "mm", "edta", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "were", "counted", "using", "the", "nc", "-", "2000", "cell", "counter", "(", "chemo", "##met", "##ec", ")", ",", "and", "50", "million", "viable", "cells", "from", "each", "site", "were", "treated", "with", "trust", "##ain", "fc", "##x", "(", "biolegend", ")", "and", "fcr", "blocking", "reagent", "(", "miltenyi", ")", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "were", "subsequently", "labeled", "for", "30", "min", "at", "4", "°c", "with", "biotinylated", "anti", "-", "cd", "##66", "##b", ",", "anti", "-", "cd2", "##35", "##ab", "and", "anti", "-", "cd3", "##26", "to", "remove", "granulocytes", ",", "red", "blood", "cells", "and", "epithelial", "cells", ",", "respectively", ",", "by", "streptavidin", "-", "coated", "magnetic", "particles", "and", "negative", "selection", "(", "bang", "##s", "laboratories", ")", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "all", "single", "-", "cell", "suspensions", "were", "subjected", "to", "dead", "cell", "removal", "using", "a", "dead", "cell", "removal", "kit", "(", "miltenyi", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "each", "single", "-", "cell", "suspension", "was", "hash", "##ta", "##gg", "##ed", "to", "allow", "pooling", "of", "samples", "for", "loading", "on", "the", "10×", "genomics", "chromium", "instrument", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "mn", "##cs", "from", "each", "site", "(", "10", "per", "site", ")", "were", "transferred", "into", "4", "ml", "flow", "cytometry", "tubes", ",", "pelleted", "by", "centrifugation", "as", "above", "and", "resuspended", "in", "pbs", "containing", "5", "%", "(", "v", "/", "v", ")", "fbs", "and", "2", "mm", "edta", "and", "then", "incubated", "with", "trust", "##ain", "fc", "##x", "(", "biolegend", ")", "and", "fcr", "blocking", "reagent", "(", "miltenyi", ")", "at", "4", "°c", "for", "10", "min", "to", "reduce", "background", "labeling", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "each", "hash", "##ta", "##g", "was", "spun", "at", "14", ",", "000", "g", "for", "10", "min", ",", "added", "to", "each", "sample", "(", "1", "µl", "hash", "##ta", "##g", "per", "tube", ")", ",", "incubated", "at", "4", "°c", "for", "30", "min", ",", "pelleted", "and", "washed", "3", "times", "with", "pbs", "containing", "5", "%", "(", "v", "/", "v", ")", "fbs", "and", "2", "mm", "edta", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "cite", "-", "seq", "antibod", "y", "staining", ",", "200", ",", "000", "cells", "from", "each", "sample", "were", "resuspended", "in", "reconstituted", "total", "##se", "##q", "-", "a", "universal", "cocktail", "(", "biolegend", ")", "(", "donors", "49", "##6", "and", "503", ")", "and", "total", "##se", "##q", "-", "c", "universal", "cocktail", "(", "biolegend", ")", "(", "remaining", "10", "donors", ")", "in", "pbs", "containing", "5", "%", "(", "v", "/", "v", ")", "fbs", "and", "2", "mm", "edta", ",", "incubated", "at", "4", "°c", "for", "30", "min", "and", "washed", "3", "times", "with", "pbs", "containing", "5", "%", "(", "v", "/", "v", ")", "fbs", "and", "2", "mm", "edta", "before", "resusp", "##ension", "in", "a", "final", "volume", "of", "1", "ml", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cite", "-", "seq", "antibod", "y", "panels", "are", "listed", "in", "supplementary", "table", "1", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "each", "tissue", "was", "subjected", "to", "a", "tissue", "-", "specific", "protocol", "to", "generate", "a", "single", "-", "cell", "suspension", "of", "immune", "cells", "that", "has", "been", "published", "in", "detail", "elsewhere", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "immune", "cells", "were", "isolated", "from", "blood", ",", "bm", "aspirate", "s", "(", "stern", "##um", ")", ",", "spleen", ",", "lns", ",", "lungs", ",", "liver", ",", "je", "##j", "(", "je", "##l", "and", "jl", "##p", ")", "and", "skin", "." ]	[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "each", "single", "-", "cell", "suspension", "was", "hash", "##ta", "##gg", "##ed", "to", "allow", "pooling", "of", "samples", "for", "loading", "on", "the", "10×", "genomics", "chromium", "instrument", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "approximately", "500", ",", "000", "mn", "##cs", "per", "tissue", "were", "transferred", "into", "1", ".", "5", "ml", "lo", "-", "bind", "dna", "tubes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "were", "centrifuged", "at", "400", "g", "for", "5", "min", ",", "the", "supernatant", "removed", "and", "resuspended", "in", "50", "μl", "pbs", "containing", "0", ".", "04", "%", "bsa", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "were", "treated", "with", "5", "μl", "trust", "##ain", "fc", "##x", "(", "biolegend", ")", "to", "reduce", "background", "labeling", "and", "incubated", "at", "4", "°c", "for", "10", "min", ",", "then", "each", "hash", "##ta", "##g", "was", "added", "to", "the", "sample", "(", "1", "µl", "hash", "##ta", "##g", "per", "tube", ")", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "samples", "were", "incubated", "at", "4", "°c", "for", "30", "min", ",", "washed", "three", "times", "with", "pbs", "containing", "0", ".", "04", "%", "bsa", "and", "equal", "numbers", "of", "cells", "from", "each", "tissue", "were", "pooled", "based", "on", "the", "number", "processed", "per", "donor", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "were", "incubated", "with", "total", "##se", "##q", "-", "c", "human", "universal", "cocktail", "(", "biolegend", ")", "(", "supplementary", "table", "2", ")", "for", "30", "min", "at", "4", "°c", "and", "subsequently", "washed", "3", "times", "with", "pbs", "containing", "0", ".", "04", "%", "bsa", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "were", "resuspended", "in", "500", "µl", "pbs", "containing", "0", ".", "04", "%", "bsa", "and", "passed", "through", "a", "40", "µm", "flow", "##mi", "pipette", "tip", "filter", "to", "remove", "any", "cl", "##umps", "of", "cells", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "scr", "##na", "-", "seq", "experiments", ",", "single", "cells", "were", "loaded", "onto", "the", "channels", "of", "a", "chromium", "chip", "(", "10×", "genomics", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cdna", "synthesis", ",", "amplification", "and", "sequencing", "libraries", "were", "generated", "using", "either", "the", "single", "cell", "5", "′", "reagent", "(", "v1", "and", "v2", ")", "or", "3", "′", "reagent", "(", "v3", ")", "kits", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "tcr", "##α", "##β", "and", "bcr", "paired", "vd", "##j", "libraries", "were", "prepared", "from", "samples", "made", "with", "the", "5", "′", "reagent", "kit", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "all", "libraries", "were", "sequenced", "on", "either", "an", "illumina", "hiseq", "4000", ",", "next", "##se", "##q", "or", "nov", "##ase", "##q", "6000", "instrument", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "alignment", "was", "performed", "using", "cell", "range", "##r", "(", "v6", ".", "0", ".", "0", ")", "from", "10×", "genomics", "with", "the", "appropriate", "chemistry", "option", "(", "five", "##pr", "##ime", "or", "sc", "##3p", "##v", "##3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "added", "the", "cell", "hash", "##ing", "antibod", "y", "and", "the", "protein", "antibod", "y", "fast", "##qs", "to", "a", "single", "call", "of", "cell", "##ran", "##ger", "count", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "immune", "receptors", "(", "tcr", "and", "bcr", ")", "were", "aligned", "using", "cell", "##ran", "##ger", "vd", "##j", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "tcr", "and", "bcr", "alignment", "results", "from", "cell", "range", "##r", "were", "used", "for", "quality", "control", "and", "filtering", "of", "low", "-", "quality", "cells", "(", "individual", "cells", "with", "both", "tcr", "and", "bcr", "detected", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "cases", "where", "a", "single", "cell", "had", "both", "tcr", "and", "bcr", "reads", ",", "the", "immune", "receptor", "data", "were", "discarded", ",", "and", "the", "cell", "was", "labeled", "as", "a", "multiple", "##t", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "all", "alignments", ",", "we", "used", "reference", "genome", "ref", "##da", "##ta", "-", "ge", "##x", "-", "gr", "##ch", "##38", "-", "2020", "-", "a", "and", "immune", "receptor", "reference", "ref", "##da", "##ta", "-", "cell", "##ran", "##ger", "-", "vd", "##j", "-", "gr", "##ch", "##38", "-", "alt", "##s", "-", "ensembl", "-", "5", ".", "0", ".", "0", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "samples", "were", "dem", "##ult", "##ipl", "##ex", "##ed", "by", "hash", "##ta", "##g", "expression", "using", "hash", "##so", "##lo", "with", "default", "parameters", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "that", "were", "not", "uniquely", "assigned", "to", "an", "individual", "sample", "were", "removed", "from", "downstream", "analysis", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "filtering", "was", "performed", "to", "remove", "cells", "with", "fewer", "than", "50", "unique", "genes", "detected", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "mitochondrial", "counts", "were", "quantified", ",", "summing", "all", "genes", "starting", "with", "‘", "mt", "-", "’", ",", "and", "ribosomal", "counts", "were", "quantified", "using", "all", "genes", "starting", "with", "‘", "rps", "’", "and", "‘", "rpl", "’", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "erythrocyte", "-", "related", "counts", ",", "all", "genes", "starting", "with", "‘", "hb", "’", "as", "well", "as", "ala", "##s2", "and", "epo", "##r", "(", "to", "detect", "erythrocyte", "precursors", ")", "were", "quantified", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cells", "with", "more", "than", "20", "%", "mitochondrial", "counts", "were", "flag", "##ged", "as", "potentially", "low", "-", "quality", "for", "later", "filtering", "." ]	[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "counts", "for", "mitochondrial", "genes", "and", "mal", "##at1", "were", "subsequently", "removed", "from", "the", "gene", "expression", "object", "and", "downstream", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "exclude", "contamination", "from", "ambient", "rna", ",", "we", "processed", "the", "data", "using", "dec", "##ont", "##x", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "two", "samples", "(", "one", "from", "liver", "and", "one", "from", "skin", ")", "with", "abnormally", "high", "ambient", "counts", "were", "removed", ",", "as", "dec", "##ont", "##x", "could", "not", "correct", "the", "ambient", "counts", "(", "for", "example", ",", "plasma", "cell", "genes", "like", "alb", "in", "all", "immune", "cells", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]
[ "all", "downstream", "analysis", "was", "performed", "on", "uncorrected", "counts", ",", "as", "we", "found", "few", "ambient", "counts", "in", "other", "samples", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "used", "a", "cell", "##typ", "##ist", "model", "(", "at", "https", ":", "/", "/", "cog", ".", "sanger", ".", "ac", ".", "uk", "/", "cell", "##typ", "##ist", "/", "models", "/", "red", "_", "blood", "_", "cz", "##i", "/", "v1", "/", "red", "_", "blood", "_", "cz", "##i", ".", "pk", "##l", ")", "to", "detect", "erythrocytes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "doublet", "##s", "were", "additionally", "detected", "using", "scr", "##uble", "##t", "with", "a", "sim", "_", "doublet", "_", "ratio", "of", "ten", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "each", "unique", "tissue", "site", ",", "we", "performed", "an", "initial", "integration", "across", "all", "samples", "by", "training", "a", "single", "-", "cell", "variation", "##al", "inference", "(", "sc", "##vi", ")", "model", "on", "the", "gene", "expression", "with", "following", "parameters", ":", "10", ",", "000", "highly", "variable", "genes", "using", "the", "se", "##ura", "##t", "_", "v3", "option", "in", "scan", "##py", ",", "early", "stopping", "enabled", "and", "50", "epochs", ",", "10", "epochs", "for", "n", "_", "epochs", "_", "kl", "_", "warm", "##up", ",", "two", "layers", "in", "encode", "##r", "and", "dec", "##ode", "##r", ",", "nb", "gene", "likelihood", "and", "a", "mini", "-", "batch", "size", "of", "256", "." ]	[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "perform", "filtering", "of", "low", "-", "quality", "events", ",", "we", "used", "the", "following", "quality", "metrics", ":", "the", "probability", "of", "a", "doublet", "predicted", "by", "scr", "##uble", "##t", ",", "the", "probability", "of", "a", "doublet", "from", "hash", "##so", "##lo", ",", "the", "percentage", "of", "erythrocyte", "genes", "as", "described", "above", ",", "whether", "a", "cell", "contained", "both", "tcr", "and", "bcr", ",", "whether", "the", "cell", "##typ", "##ist", "erythrocyte", "model", "predicted", "a", "cell", "to", "be", "an", "erythrocyte", ",", "as", "well", "as", "cells", "with", "a", "total", "count", "below", "2", ",", "000", "unique", "molecular", "identifiers", ",", "1", ",", "200", "unique", "genes", "or", "200", "protein", "counts", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "all", "scores", "were", "added", "to", "generate", "a", "per", "-", "cell", "quality", "metric", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "perform", "filtering", ",", "we", "argued", "that", "cells", "that", "group", "together", "and", "have", "evidence", "of", "low", "quality", "should", "be", "removed", "from", "downstream", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "investigated", "the", "impact", "of", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "on", "cell", "composition", "and", "immune", "aging", "and", "found", "no", "significant", "associations", "with", "cd4", "t", "cell", ",", "cd8", "t", "cell", "or", "b", "cell", "frequencies", "(", "supplementary", "fig", ".", "10a", ",", "b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "two", "cd8", "t", "cell", "signatures", "were", "associated", "with", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "after", "regression", "of", "other", "covariates", ":", "the", "gz", "##m", "##k", "signature", "and", "a", "gn", "##ly", "signature", "(", "gn", "##ly", ",", "fgf", "##bp2", "and", "cx3cr1", ")", "(", "supplementary", "fig", ".", "10", "##c", "–", "f", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "gn", "##ly", "signature", "was", "enriched", "across", "all", "cd8", "t", "cell", "subsets", "in", "cmv", "donors", ",", "while", "the", "gz", "##m", "##k", "signature", "was", "vari", "##ably", "enriched", "in", "different", "sites", "and", "subsets", "of", "cmv", "donors", "by", "gsea", "(", "supplementary", "fig", ".", "10", "##d", ",", "f", "and", "supplementary", "tables", "21", "and", "22", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "therefore", ",", "cmv", "infection", "drives", "t", "cell", "gene", "signature", "changes", "that", "overlap", "with", ",", "but", "are", "distinc", "t", "from", ",", "age", "-", "related", "immune", "alterations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "cd4", "t", "cells", "are", "highly", "heterogeneous", "and", "exhibit", "functional", "and", "phenotypic", "continuum", "##s", ",", "suggesting", "that", "age", "effects", "could", "differentially", "manifest", "within", "or", "across", "subsets", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "applied", "an", "annotation", "-", "independent", "analysis", "of", "aging", "in", "cd4", "t", "cells", "in", "the", "lung", ",", "je", "##j", "and", "ln", ",", "lever", "##aging", "a", "per", "-", "cell", "estimation", "of", "age", "effects", "using", "counter", "##fact", "##ual", "analysis", "with", "mr", "##vi", ",", "which", "separately", "considers", "each", "cell", "and", "controls", "for", "covariates", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "analysis", "identified", "groups", "of", "cells", "with", "similar", "predicted", "age", "-", "associated", "changes", "in", "gene", "expression", "(", "‘", "modules", "’", ")", ",", "which", "we", "interrogate", "d", "by", "de", "analysis", "across", "age", "(", "fig", ".", "7", ",", "extended", "data", "fig", ".", "6", ",", "and", "supplementary", "tables", "23", "and", "24", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "the", "lung", ",", "a", "fraction", "of", "cd4", "t", "cells", "(", "~", "25", "%", ",", "comprising", "t", "em", "cells", ",", "t", "rm", "cells", "and", "t", "emr", "##a", "cells", ")", "exhibited", "decreased", "cytotoxicity", "(", "gz", "##mh", ",", "gn", "##ly", ",", "gz", "##ma", ")", "and", "increased", "cytokine", "receptor", "(", "il1", "##8", "##r1", ",", "ifng", "##r1", ")", "genes", "with", "age", "(", "fig", ".", "7a", "–", "c", "and", "extended", "data", "fig", ".", "6a", ",", "b", ")", "." ]

[ "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "similar", "upregulation", "of", "cytokine", "responsiveness", "with", "age", "occurred", "in", "some", "cd4", "t", "cells", "in", "blood", ",", "bm", ",", "ln", "and", "spleen", ",", "while", "decreased", "cytotoxicity", "was", "unique", "to", "the", "lungs", "(", "fig", ".", "7c", ",", "d", "and", "extended", "data", "fig", ".", "6b", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cd4", "t", "cells", "in", "the", "je", "##j", "(", "mainly", "t", "rm", "cells", ")", "exhibited", "an", "age", "-", "related", "decline", "in", "t", "h", "17", "-", "associated", "genes", "(", "il1", "##7a", ",", "il1", "##7", "##f", ",", "il2", "##2", ",", "ror", "##c", ",", "ccr", "##6", ")", "and", "increase", "in", "pro", "-", "inflammatory", "cytokines", "(", "ifng", ",", "tnf", ")", "(", "fig", ".", "7e", "–", "g", "and", "extended", "data", "fig", ".", "6c", ",", "d", ")", ";", "age", "-", "associated", "downregulation", "of", "il", "-", "17", "-", "associated", "genes", "was", "also", "observed", "in", "cd4", "t", "cells", "in", "lung", "and", "blood", "(", "fig", ".", "7g", "–", "h", "and", "extended", "data", "fig", ".", "6d", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cd4", "t", "cells", "in", "the", "ln", "(", "also", "in", "spleen", "and", "lungs", ")", "exhibited", "reduced", "expression", "of", "genes", "associated", "with", "regulation", "(", "il10", ",", "tig", "##it", ",", "ctla4", ",", "cd27", ")", "and", "increased", "expression", "of", "inflammation", "and", "activation", "markers", "(", "il1", "##8", "##bp", ",", "tnf", "##rs", "##f4", ",", "tnf", ")", "with", "age", "(", "fig", ".", "7", "##i", "–", "l", "and", "extended", "data", "fig", ".", "6e", ",", "f", ")", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "these", "results", "revealed", "age", "-", "associated", "transcriptional", "changes", "in", "tissue", "cd4", "t", "cells", "associated", "with", "site", "-", "specific", "functions", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "present", "a", "comprehensive", "analysis", "of", "the", "human", "immune", "system", "across", "tissues", "and", "ages", "through", "multimodal", "profiling", "of", "blood", "and", "tissues", "from", "organ", "donors", "spanning", "six", "decades", "of", "adult", "life", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "found", "that", "tissue", "localization", "was", "a", "dominant", "driver", "of", "the", "immune", "landscape", ",", "determining", "immune", "cell", "composition", ",", "cell", "states", "and", "functional", "capacity", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "with", "age", ",", "these", "tissue", "-", "specific", "properties", "were", "largely", "maintained", ",", "although", "certain", "subsets", "and", "sites", "showed", "altered", "function", ",", "migration", "and", "regulation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "results", "reveal", "that", "the", "human", "immune", "system", "is", "highly", "specialized", "for", "diverse", "tissue", "environments", "to", "maintain", "homeostasis", "and", "mount", "effective", "immune", "responses", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "demonstrated", "that", "each", "tissue", "imposed", "site", "-", "specific", "immune", "cell", "compositions", "and", "adaptations", "that", "varied", "by", "lineage", ",", "and", "these", "tissue", "effects", "were", "conserved", "across", "donors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "although", "we", "realized", "and", "reinforced", "site", "-", "specific", "features", "for", "t", "rm", "cells", "at", "barrier", "sites", "and", "lymphoid", "organs", ",", "whether", "these", "adaptations", "applied", "to", "other", "immune", "cells", "remained", "unknown", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O" ]

[ "here", ",", "we", "found", "that", "site", "-", "specific", "signatures", "for", "t", "cells", "in", "the", "gut", "(", "high", "tissue", "residency", ",", "low", "cytotoxicity", ")", ",", "lungs", "(", "high", "effector", "function", ",", "increased", "regulation", ")", "and", "lymphoid", "organs", "(", "stem", "-", "like", "features", ")", "were", "not", "exclusive", "to", "the", "canonical", "resident", "populations", ",", "were", "shared", "across", "nk", "cell", "and", "il", "##c", "subsets", "and", "were", "absent", "from", "b", "cell", "and", "myeloid", "lineages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "the", "enhanced", "expression", "of", "stem", "-", "like", "transcription", "factors", "tcf", "-", "1", "and", "lef", "-", "1", "by", "ln", "memory", "t", "cells", "suggests", "that", "lymphoid", "organs", "may", "serve", "as", "reservoirs", "for", "long", "-", "lived", "memory", "cells", ",", "given", "these", "factors", "’", "requirement", "for", "memory", "t", "cell", "generation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "macrophages", "and", "plasma", "cells", "also", "exhibited", "site", "-", "specific", "features", "in", "the", "gut", ",", "lungs", "and", "lymphoid", "organs", "through", "distinc", "t", "subset", "-", "specific", "pathways", ",", "such", "as", "alveol", "ar", "macrophages", "in", "the", "lungs", "and", "red", "pulp", "macrophages", "in", "the", "spleen", "." ]

[ "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "these", "lineage", "-", "dependent", "tissue", "adaptations", "probably", "reflect", "niche", "localization", "and", "interactions", "with", "distinc", "t", "structural", "and", "immune", "cells", "within", "each", "tissue", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "age", "-", "associated", "gene", "signatures", "identified", "for", "macrophages", ",", "t", "cells", "and", "b", "cells", "were", "intrinsic", "to", "the", "subset", "and", "site", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "apoe", "–", "trem", "##2", "gene", "signature", ",", "essential", "for", "crucial", "macrophage", "functions", ",", "was", "reduced", "with", "age", "by", "lung", "macrophages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "apoe", "–", "trem", "##2", "expression", "in", "microglia", "is", "associated", "with", "neurodegeneration", "in", "alzheimer", "’", "s", "disease", "and", "in", "other", "macrophage", "types", "with", "cardiov", "asc", "##ular", "diseases", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "trem", "##2", "can", "have", "different", "effects", "on", "macrophage", "functions", ";", "promoting", "anti-inflammatory", "‘", "m2", "-", "like", "’", "function", "in", "some", "contexts", "and", "phagocytosis", "and", "sustained", "inflammation", "in", "others", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "age", "-", "associated", "loss", "of", "trem", "##2", "in", "lung", "macrophages", "could", "thus", "account", "for", "compromised", "immunity", "to", "respiratory", "pathogens", "and", "increased", "lung", "cancer", "susceptibility", "observed", "in", "the", "aging", "population", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "trem", "agonists", "that", "enhance", "phagocytic", "function", "are", "being", "tested", "in", "clinical", "trials", "in", "alzheimer", "’", "s", "disease", "and", "could", "be", "considered", "in", "the", "rej", "##uv", "##ena", "##tion", "of", "aging", "macrophages", "in", "other", "sites", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "other", "age", "-", "associated", "features", "were", "specific", "to", "lymphocyte", "lineages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O" ]

[ "t", "cells", "in", "circulation", "expressed", "higher", "levels", "of", "genes", "associated", "with", "inflammation", ",", "cytotoxicity", "and", "nk", "-", "like", "markers", "with", "age", ",", "as", "previously", "reported", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "circulating", "t", "emr", "##a", "cells", "and", "t", "em", "cells", "upregulated", "gz", "##m", "##k", "and", "other", "markers", ",", "similar", "to", "senescent", "gz", "##m", "##k", "cd8", "t", "cells", "found", "in", "mice", "and", "human", "blood", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "t", "rm", "cells", "in", "the", "lungs", "and", "intestines", "did", "not", "exhibit", "this", "age", "-", "associated", "gene", "signature", ",", "suggesting", "that", "the", "tissue", "environment", "may", "insula", "##te", "them", "from", "signals", "that", "promote", "cellular", "aging", "or", "that", "cellular", "aging", "is", "tissue", "-", "specific", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "both", "circulating", "(", "t", "em", ",", "t", "emr", "##a", ")", "and", "t", "rm", "cells", "had", "increased", "expression", "of", "genes", "for", "pro", "-", "inflammatory", "cytokines", "and", "chemok", "ine", "##s", "with", "age", ",", "consistent", "with", "inflamm", "##aging", "implicated", "in", "cardiov", "asc", "##ular", "diseases", "and", "metabolic", "dysregulation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "our", "findings", "suggest", "that", "human", "t", "cells", "may", "be", "more", "prone", "to", "innate", "functions", "such", "as", "cytokine", "-", "driven", "activation", "(", "for", "example", ",", "via", "il", "-", "18", ")", "with", "age", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "also", "identified", "an", "age", "-", "associated", "increase", "in", "il", "-", "18", "expression", "and", "reduced", "bcr", "-", "mediated", "signaling", "within", "tissue", "b", "cells", ",", "which", "is", "a", "feature", "of", "nk", "-", "like", "b", "cell", "subsets", "identified", "in", "disease", "contexts", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "thus", ",", "aging", "may", "reflect", "a", "broader", "age", "-", "related", "shift", "to", "innate", "-", "like", "functions", "in", "both", "t", "cells", "and", "b", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "our", "findings", "have", "important", "implications", "for", "immune", "monitoring", ",", "therapeutic", "modulation", "and", "clinical", "advancement", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "compartmental", "##ization", "of", "immune", "subsets", "across", "tissues", "emphasizes", "the", "importance", "of", "site", "-", "specific", "immune", "monitoring", "in", "disease", "states", ",", "as", "exemplified", "in", "severe", "cov", "##id", "-", "19", ",", "in", "which", "immune", "dynamics", "in", "the", "respiratory", "tract", "rather", "than", "blood", "correlated", "with", "infection", "outcome", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "distinc", "tn", "##ess", "of", "gut", "-", "specific", "subsets", "provides", "rationale", "for", "targeted", "intestinal", "interventions", ",", "as", "demonstrated", "by", "rotavirus", "vaccines", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "identification", "of", "stem", "-", "like", "profiles", "(", "marked", "by", "tcf", "##7", "and", "lef", "##1", "expression", ")", "in", "ln", "t", "cells", "and", "nk", "cells", "has", "direct", "relevance", "to", "adoptive", "car", "-", "t", "immunotherap", "ie", "##s", ",", "in", "which", "stemness", "is", "associated", "with", "remission", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lns", "may", "thus", "represent", "an", "optimal", "source", "of", "nk", "and", "t", "cells", "for", "engineering", "adoptive", "cell", "therapies", "against", "cancer", ",", "infections", "and", "autoimmunity", "." ]

[ "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "our", "study", "has", "several", "limitations", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "low", "frequency", "of", "certain", "immune", "subsets", "in", "tissues", ",", "including", "dcs", ",", "macrophages", "in", "lymphoid", "organs", "and", "hematopoietic", "progenitors", ",", "precluded", "aging", "analysis", "and", "will", "require", "sorting", "for", "future", "studies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "similarly", ",", "an", "in", "-", "depth", "analysis", "of", "tcr", "and", "bcr", "across", "sites", "and", "age", "would", "require", "isolating", "memory", "t", "cells", "and", "b", "cells", "from", "each", "site", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "finally", ",", "although", "we", "identified", "age", "-", "associated", "changes", "in", "24", "donors", ",", "additional", "donors", "would", "increase", "power", "and", "probably", "reveal", "additional", "aging", "signatures", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "conclusion", ",", "this", "dataset", ",", "along", "with", "the", "models", "and", "analyses", "presented", ",", "can", "serve", "as", "a", "valuable", "and", "action", "##able", "resource", ",", "informing", "targeted", "immune", "modulation", "by", "site", "and", "age", "in", "future", "treatments", "for", "infectious", ",", "neoplastic", "and", "inflammatory", "diseases", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "the", "study", "analyzed", "immune", "cells", "from", "multiple", "tissue", "samples", "obtained", "from", "24", "organ", "donors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "no", "statistical", "method", "was", "used", "to", "predetermine", "sample", "size", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "no", "data", "were", "excluded", "from", "the", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "investigators", "were", "not", "blinded", "to", "allocation", "during", "experiments", "and", "outcome", "assessment", ",", "as", "this", "is", "a", "profiling", "study", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "tissues", "were", "obtained", "from", "deceased", "organ", "donors", "(", "supplementary", "table", "1", ")", "at", "the", "time", "of", "organ", "acquisition", "for", "clinical", "transplantation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "the", "usa", ",", "this", "was", "done", "through", "an", "approved", "protocol", "and", "material", "transfer", "agreement", "via", "live", "##onn", "##y", ",", "the", "organ", "proc", "##urement", "organization", "for", "the", "new", "york", "metropolitan", "area", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "the", "uk", ",", "tissues", "were", "obtained", "through", "the", "cambridge", "biore", "##pos", "##itory", "for", "translational", "medicine", "(", "cbt", "##m", ")", ",", "rec", "15", "/", "ee", "/", "015", "##2", ",", "as", "previously", "described", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "owing", "to", "the", "different", "amounts", "of", "tissues", "and", "some", "distinc", "t", "samples", "(", "for", "example", ",", "skin", ",", "liver", "and", "colon", ")", "obtained", "at", "each", "location", ",", "protocols", "for", "processing", "may", "differ", ",", "as", "described", "below", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "each", "tissue", "was", "subjected", "to", "a", "tissue", "-", "specific", "protocol", "to", "maximize", "mn", "##c", "recovery", "and", "viability", "across", "a", "diversity", "of", "sites", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "detailed", ",", "step", "-", "by", "-", "step", "protocols", "for", "immune", "cell", "isolation", "from", "blood", ",", "bm", ",", "spleen", ",", "lns", ",", "lungs", "(", "parenchyma", "and", "airway", "or", "bal", ")", "and", "je", "##j", "(", "jl", "##p", "and", "je", "##l", ")", "are", "presented", "elsewhere", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "all", "single", "-", "cell", "suspensions", "from", "each", "site", "were", "centrifuged", "(", "400", "g", ",", "10", "min", "at", "4", "°c", ")", "and", "washed", "twice", "with", "pbs", "containing", "5", "%", "(", "v", "/", "v", ")", "fbs", "and", "2", "mm", "edta", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "were", "counted", "using", "the", "nc", "-", "2000", "cell", "counter", "(", "chemo", "##met", "##ec", ")", ",", "and", "50", "million", "viable", "cells", "from", "each", "site", "were", "treated", "with", "trust", "##ain", "fc", "##x", "(", "biolegend", ")", "and", "fcr", "blocking", "reagent", "(", "miltenyi", ")", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "were", "subsequently", "labeled", "for", "30", "min", "at", "4", "°c", "with", "biotinylated", "anti", "-", "cd", "##66", "##b", ",", "anti", "-", "cd2", "##35", "##ab", "and", "anti", "-", "cd3", "##26", "to", "remove", "granulocytes", ",", "red", "blood", "cells", "and", "epithelial", "cells", ",", "respectively", ",", "by", "streptavidin", "-", "coated", "magnetic", "particles", "and", "negative", "selection", "(", "bang", "##s", "laboratories", ")", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "all", "single", "-", "cell", "suspensions", "were", "subjected", "to", "dead", "cell", "removal", "using", "a", "dead", "cell", "removal", "kit", "(", "miltenyi", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "each", "single", "-", "cell", "suspension", "was", "hash", "##ta", "##gg", "##ed", "to", "allow", "pooling", "of", "samples", "for", "loading", "on", "the", "10×", "genomics", "chromium", "instrument", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "mn", "##cs", "from", "each", "site", "(", "10", "per", "site", ")", "were", "transferred", "into", "4", "ml", "flow", "cytometry", "tubes", ",", "pelleted", "by", "centrifugation", "as", "above", "and", "resuspended", "in", "pbs", "containing", "5", "%", "(", "v", "/", "v", ")", "fbs", "and", "2", "mm", "edta", "and", "then", "incubated", "with", "trust", "##ain", "fc", "##x", "(", "biolegend", ")", "and", "fcr", "blocking", "reagent", "(", "miltenyi", ")", "at", "4", "°c", "for", "10", "min", "to", "reduce", "background", "labeling", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "each", "hash", "##ta", "##g", "was", "spun", "at", "14", ",", "000", "g", "for", "10", "min", ",", "added", "to", "each", "sample", "(", "1", "µl", "hash", "##ta", "##g", "per", "tube", ")", ",", "incubated", "at", "4", "°c", "for", "30", "min", ",", "pelleted", "and", "washed", "3", "times", "with", "pbs", "containing", "5", "%", "(", "v", "/", "v", ")", "fbs", "and", "2", "mm", "edta", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "cite", "-", "seq", "antibod", "y", "staining", ",", "200", ",", "000", "cells", "from", "each", "sample", "were", "resuspended", "in", "reconstituted", "total", "##se", "##q", "-", "a", "universal", "cocktail", "(", "biolegend", ")", "(", "donors", "49", "##6", "and", "503", ")", "and", "total", "##se", "##q", "-", "c", "universal", "cocktail", "(", "biolegend", ")", "(", "remaining", "10", "donors", ")", "in", "pbs", "containing", "5", "%", "(", "v", "/", "v", ")", "fbs", "and", "2", "mm", "edta", ",", "incubated", "at", "4", "°c", "for", "30", "min", "and", "washed", "3", "times", "with", "pbs", "containing", "5", "%", "(", "v", "/", "v", ")", "fbs", "and", "2", "mm", "edta", "before", "resusp", "##ension", "in", "a", "final", "volume", "of", "1", "ml", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cite", "-", "seq", "antibod", "y", "panels", "are", "listed", "in", "supplementary", "table", "1", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "each", "tissue", "was", "subjected", "to", "a", "tissue", "-", "specific", "protocol", "to", "generate", "a", "single", "-", "cell", "suspension", "of", "immune", "cells", "that", "has", "been", "published", "in", "detail", "elsewhere", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "immune", "cells", "were", "isolated", "from", "blood", ",", "bm", "aspirate", "s", "(", "stern", "##um", ")", ",", "spleen", ",", "lns", ",", "lungs", ",", "liver", ",", "je", "##j", "(", "je", "##l", "and", "jl", "##p", ")", "and", "skin", "." ]

[ "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "each", "single", "-", "cell", "suspension", "was", "hash", "##ta", "##gg", "##ed", "to", "allow", "pooling", "of", "samples", "for", "loading", "on", "the", "10×", "genomics", "chromium", "instrument", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "approximately", "500", ",", "000", "mn", "##cs", "per", "tissue", "were", "transferred", "into", "1", ".", "5", "ml", "lo", "-", "bind", "dna", "tubes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "were", "centrifuged", "at", "400", "g", "for", "5", "min", ",", "the", "supernatant", "removed", "and", "resuspended", "in", "50", "μl", "pbs", "containing", "0", ".", "04", "%", "bsa", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "were", "treated", "with", "5", "μl", "trust", "##ain", "fc", "##x", "(", "biolegend", ")", "to", "reduce", "background", "labeling", "and", "incubated", "at", "4", "°c", "for", "10", "min", ",", "then", "each", "hash", "##ta", "##g", "was", "added", "to", "the", "sample", "(", "1", "µl", "hash", "##ta", "##g", "per", "tube", ")", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "samples", "were", "incubated", "at", "4", "°c", "for", "30", "min", ",", "washed", "three", "times", "with", "pbs", "containing", "0", ".", "04", "%", "bsa", "and", "equal", "numbers", "of", "cells", "from", "each", "tissue", "were", "pooled", "based", "on", "the", "number", "processed", "per", "donor", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "were", "incubated", "with", "total", "##se", "##q", "-", "c", "human", "universal", "cocktail", "(", "biolegend", ")", "(", "supplementary", "table", "2", ")", "for", "30", "min", "at", "4", "°c", "and", "subsequently", "washed", "3", "times", "with", "pbs", "containing", "0", ".", "04", "%", "bsa", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "were", "resuspended", "in", "500", "µl", "pbs", "containing", "0", ".", "04", "%", "bsa", "and", "passed", "through", "a", "40", "µm", "flow", "##mi", "pipette", "tip", "filter", "to", "remove", "any", "cl", "##umps", "of", "cells", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "scr", "##na", "-", "seq", "experiments", ",", "single", "cells", "were", "loaded", "onto", "the", "channels", "of", "a", "chromium", "chip", "(", "10×", "genomics", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cdna", "synthesis", ",", "amplification", "and", "sequencing", "libraries", "were", "generated", "using", "either", "the", "single", "cell", "5", "′", "reagent", "(", "v1", "and", "v2", ")", "or", "3", "′", "reagent", "(", "v3", ")", "kits", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "tcr", "##α", "##β", "and", "bcr", "paired", "vd", "##j", "libraries", "were", "prepared", "from", "samples", "made", "with", "the", "5", "′", "reagent", "kit", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "all", "libraries", "were", "sequenced", "on", "either", "an", "illumina", "hiseq", "4000", ",", "next", "##se", "##q", "or", "nov", "##ase", "##q", "6000", "instrument", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "alignment", "was", "performed", "using", "cell", "range", "##r", "(", "v6", ".", "0", ".", "0", ")", "from", "10×", "genomics", "with", "the", "appropriate", "chemistry", "option", "(", "five", "##pr", "##ime", "or", "sc", "##3p", "##v", "##3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "added", "the", "cell", "hash", "##ing", "antibod", "y", "and", "the", "protein", "antibod", "y", "fast", "##qs", "to", "a", "single", "call", "of", "cell", "##ran", "##ger", "count", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "immune", "receptors", "(", "tcr", "and", "bcr", ")", "were", "aligned", "using", "cell", "##ran", "##ger", "vd", "##j", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "tcr", "and", "bcr", "alignment", "results", "from", "cell", "range", "##r", "were", "used", "for", "quality", "control", "and", "filtering", "of", "low", "-", "quality", "cells", "(", "individual", "cells", "with", "both", "tcr", "and", "bcr", "detected", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "cases", "where", "a", "single", "cell", "had", "both", "tcr", "and", "bcr", "reads", ",", "the", "immune", "receptor", "data", "were", "discarded", ",", "and", "the", "cell", "was", "labeled", "as", "a", "multiple", "##t", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "all", "alignments", ",", "we", "used", "reference", "genome", "ref", "##da", "##ta", "-", "ge", "##x", "-", "gr", "##ch", "##38", "-", "2020", "-", "a", "and", "immune", "receptor", "reference", "ref", "##da", "##ta", "-", "cell", "##ran", "##ger", "-", "vd", "##j", "-", "gr", "##ch", "##38", "-", "alt", "##s", "-", "ensembl", "-", "5", ".", "0", ".", "0", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "samples", "were", "dem", "##ult", "##ipl", "##ex", "##ed", "by", "hash", "##ta", "##g", "expression", "using", "hash", "##so", "##lo", "with", "default", "parameters", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "that", "were", "not", "uniquely", "assigned", "to", "an", "individual", "sample", "were", "removed", "from", "downstream", "analysis", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "filtering", "was", "performed", "to", "remove", "cells", "with", "fewer", "than", "50", "unique", "genes", "detected", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "mitochondrial", "counts", "were", "quantified", ",", "summing", "all", "genes", "starting", "with", "‘", "mt", "-", "’", ",", "and", "ribosomal", "counts", "were", "quantified", "using", "all", "genes", "starting", "with", "‘", "rps", "’", "and", "‘", "rpl", "’", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "erythrocyte", "-", "related", "counts", ",", "all", "genes", "starting", "with", "‘", "hb", "’", "as", "well", "as", "ala", "##s2", "and", "epo", "##r", "(", "to", "detect", "erythrocyte", "precursors", ")", "were", "quantified", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cells", "with", "more", "than", "20", "%", "mitochondrial", "counts", "were", "flag", "##ged", "as", "potentially", "low", "-", "quality", "for", "later", "filtering", "." ]

[ "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "counts", "for", "mitochondrial", "genes", "and", "mal", "##at1", "were", "subsequently", "removed", "from", "the", "gene", "expression", "object", "and", "downstream", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "exclude", "contamination", "from", "ambient", "rna", ",", "we", "processed", "the", "data", "using", "dec", "##ont", "##x", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "two", "samples", "(", "one", "from", "liver", "and", "one", "from", "skin", ")", "with", "abnormally", "high", "ambient", "counts", "were", "removed", ",", "as", "dec", "##ont", "##x", "could", "not", "correct", "the", "ambient", "counts", "(", "for", "example", ",", "plasma", "cell", "genes", "like", "alb", "in", "all", "immune", "cells", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]

[ "all", "downstream", "analysis", "was", "performed", "on", "uncorrected", "counts", ",", "as", "we", "found", "few", "ambient", "counts", "in", "other", "samples", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "used", "a", "cell", "##typ", "##ist", "model", "(", "at", "https", ":", "/", "/", "cog", ".", "sanger", ".", "ac", ".", "uk", "/", "cell", "##typ", "##ist", "/", "models", "/", "red", "_", "blood", "_", "cz", "##i", "/", "v1", "/", "red", "_", "blood", "_", "cz", "##i", ".", "pk", "##l", ")", "to", "detect", "erythrocytes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "doublet", "##s", "were", "additionally", "detected", "using", "scr", "##uble", "##t", "with", "a", "sim", "_", "doublet", "_", "ratio", "of", "ten", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "each", "unique", "tissue", "site", ",", "we", "performed", "an", "initial", "integration", "across", "all", "samples", "by", "training", "a", "single", "-", "cell", "variation", "##al", "inference", "(", "sc", "##vi", ")", "model", "on", "the", "gene", "expression", "with", "following", "parameters", ":", "10", ",", "000", "highly", "variable", "genes", "using", "the", "se", "##ura", "##t", "_", "v3", "option", "in", "scan", "##py", ",", "early", "stopping", "enabled", "and", "50", "epochs", ",", "10", "epochs", "for", "n", "_", "epochs", "_", "kl", "_", "warm", "##up", ",", "two", "layers", "in", "encode", "##r", "and", "dec", "##ode", "##r", ",", "nb", "gene", "likelihood", "and", "a", "mini", "-", "batch", "size", "of", "256", "." ]

[ "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "perform", "filtering", "of", "low", "-", "quality", "events", ",", "we", "used", "the", "following", "quality", "metrics", ":", "the", "probability", "of", "a", "doublet", "predicted", "by", "scr", "##uble", "##t", ",", "the", "probability", "of", "a", "doublet", "from", "hash", "##so", "##lo", ",", "the", "percentage", "of", "erythrocyte", "genes", "as", "described", "above", ",", "whether", "a", "cell", "contained", "both", "tcr", "and", "bcr", ",", "whether", "the", "cell", "##typ", "##ist", "erythrocyte", "model", "predicted", "a", "cell", "to", "be", "an", "erythrocyte", ",", "as", "well", "as", "cells", "with", "a", "total", "count", "below", "2", ",", "000", "unique", "molecular", "identifiers", ",", "1", ",", "200", "unique", "genes", "or", "200", "protein", "counts", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "all", "scores", "were", "added", "to", "generate", "a", "per", "-", "cell", "quality", "metric", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "perform", "filtering", ",", "we", "argued", "that", "cells", "that", "group", "together", "and", "have", "evidence", "of", "low", "quality", "should", "be", "removed", "from", "downstream", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]