OTAR3088/AL_Test_data_IOB · Datasets at Hugging Face

tokens listlengths 0 404	tags listlengths 0 404
[ "we", "first", "used", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "on", "the", "coordinates", "from", "sc", "##vi", "latent", "space", "using", "15", "nearest", "neighbors", "to", "cluster", "the", "per", "-", "tissue", "integrated", "data", "with", "a", "resolution", "of", "5", ".", "0", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "every", "cluster", "with", "a", "median", "low", "-", "quality", "score", "(", "described", "above", ")", "of", "at", "least", "one", "was", "removed", "from", "downstream", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "although", "some", "low", "-", "quality", "events", "were", "retained", "with", "this", "filtering", ",", "their", "frequency", "was", "drastically", "reduced", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "additionally", "established", "tissue", "-", "specific", "cut", "-", "offs", "to", "remove", "additional", "events", "and", "removed", "clusters", "with", "a", "mean", "low", "-", "quality", "score", "of", "0", ".", "3", "from", "all", "tissues", ",", "except", "for", "the", "lung", "ln", "and", "je", "##j", ",", "for", "which", "the", "threshold", "was", "manually", "increased", "to", "recover", "higher", "-", "quality", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "using", "a", "course", "cell", "-", "type", "annotation", "based", "on", "manual", "annotation", "of", "clusters", ",", "we", "identified", "cell", "types", "that", "were", "consistently", "filtered", "out", ",", "even", "though", "their", "quality", "did", "not", "appear", "to", "be", "spurious", "##ly", "low", "by", "manual", "inspection", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "retained", "mast", "cells", "and", "hematopoietic", "stem", "cells", "from", "all", "tissues", ",", "all", "macrophages", "from", "lns", "and", "spleen", ",", "all", "erythrocytes", "and", "platelets", "from", "bm", "and", "all", "monocytes", "from", "liver", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "concatenated", "cells", "from", "all", "tissues", "and", "computed", "the", "10", ",", "000", "top", "highly", "variable", "genes", "using", "the", "se", "##ura", "##t", "_", "v3", "option", "in", "scan", "##py", "and", "used", "the", "same", "parameters", "as", "described", "above", ",", "but", "with", "a", "mini", "-", "batch", "size", "of", "1", ",", "024", "to", "accelerate", "the", "training", "process", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "used", "this", "integrated", "latent", "space", "to", "assign", "initial", "cell", "types", "and", "removed", "all", "cell", "types", "that", "were", "not", "labeled", "as", "immune", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "additionally", ",", "we", "removed", "all", "cells", "for", "which", "manual", "labeling", "and", "automatic", "labeling", "using", "mm", "##och", "##i", "(", "see", "below", ")", "were", "inconclusive", "about", "coarse", "cell", "-", "type", "identity", "(", "for", "example", ",", "b", "cell", ",", "myeloid", ",", "t", "cell", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]
[ "these", "events", "were", "of", "low", "quality", "by", "manual", "inspection", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "performed", "post", "hoc", "manual", "removal", "of", "these", "and", "other", "clusters", "of", "low", "-", "quality", "cells", "after", "integrating", "all", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "identify", "canonical", "immune", "cell", "subsets", ",", "we", "used", "a", "recently", "reported", ",", "supervised", "machine", "learning", "algorithm", ",", "mm", "##och", "##i", ")", "(", "v0", ".", "2", ".", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "first", "normalized", "the", "gene", "expression", "(", "ge", "##x", ")", "count", "matrix", "using", "log", "(", "10", ",", "000", "c", "g", ",", "i", "/", "t", "g", ",", "i", "+", "1", ")", ",", "where", "c", "g", ",", "i", "represents", "the", "counts", "for", "ge", "##x", "feature", "g", "in", "cell", "i", ",", "and", "t", "g", ",", "i", "is", "the", "total", "counts", "for", "all", "ge", "##x", "features", "in", "cell", "i", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "similarly", ",", "we", "normalized", "the", "antibod", "y", "-", "derived", "tag", "(", "adt", ")", "count", "matrix", "using", "log", "(", "1", ",", "000", "c", "a", ",", "i", "/", "t", "a", ",", "i", "+", "1", ")", ",", "where", "c", "a", ",", "i", "represents", "the", "counts", "for", "adt", "feature", "a", "in", "cell", "i", "and", "t", "a", ",", "i", "is", "the", "total", "counts", "for", "all", "adt", "features", "in", "cell", "i", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "applied", "landmark", "registration", "(", "mm", "##och", "##i", ")", "to", "batch", "-", "correct", "the", "adt", "expression", "across", "experimental", "batches", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "brief", ",", "we", "applied", "automatic", "detection", "of", "landmarks", "(", "peaks", ")", "in", "the", "expression", "distributions", "for", "each", "adt", "feature", "in", "a", "given", "sample", ",", "applying", "manual", "adjustments", "as", "needed", "using", "the", "graphical", "user", "interface", ",", "then", "performed", "curve", "registration", "and", "war", "##ping", "to", "align", "the", "positive", "and", "negative", "peaks", "for", "each", "adt", "feature", "across", "batches", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "provided", "mm", "##och", "##i", "with", "a", "hierarchy", "of", "immune", "cell", "subsets", "and", "their", "canonical", "surface", "protein", "-", "level", "and", "rna", "-", "level", "markers", "(", "supplementary", "fig", ".", "2", ")", "and", "used", "the", "markers", "to", "identify", "high", "-", "confidence", "members", "(", "cells", ")", "of", "each", "subset", "for", "training", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "each", "classification", "level", ",", "automatic", "thresholds", "for", "high", "-", "confidence", "adt", "or", "ge", "##x", "marker", "-", "positive", "and", "marker", "-", "negative", "cells", "were", "manually", "adjusted", "as", "needed", "using", "the", "supplied", "gu", "##i", "(", "supplementary", "table", "3", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "following", "mm", "##och", "##i", "’", "s", "internal", "training", "data", "refinement", ",", "we", "applied", "an", "80", "–", "20", "train", "–", "test", "split", "and", "trained", "a", "random", "forest", "classifier", ",", "sk", "##lear", "##n", ".", "ensemble", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "random", "##fore", "##st", "##class", "##ifier", ",", "on", "both", "gene", "and", "protein", "expression", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "2", "of", "the", "24", "organ", "donors", "and", "a", "subset", "of", "samples", "from", "a", "third", "donor", ",", "we", "did", "not", "perform", "cite", "-", "seq", "and", "only", "had", "scr", "##na", "-", "seq", "profiles", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "thus", ",", "these", "samples", "were", "excluded", "from", "the", "mm", "##och", "##i", "classification", "described", "here", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "however", ",", "we", "used", "a", "k", "-", "nearest", "neighbors", "approach", "to", "transfer", "the", "classifier", "labels", "to", "individual", "cells", "profiled", "from", "these", "two", "organ", "donors", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "specifically", ",", "we", "used", "the", "sk", "##lear", "##n", ".", "neighbors", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "kn", "##ei", "##gh", "##bor", "##sc", "##lass", "##ifier", "with", "n", "_", "neighbors", "=", "10", "to", "construct", "a", "k", "-", "nearest", "neighbors", "graph", "in", "the", "mr", "##vi", "embedding", "of", "the", "dataset", "(", "see", "below", ")", "and", "classify", "the", "remaining", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "of", "the", "subsets", ",", "pdcs", "were", "identified", "using", "two", "separate", "nodes", "on", "the", "hierarchy", "(", "supplementary", "fig", ".", "1", ")", ",", "as", "pdcs", "shared", "expression", "with", "both", "b", "cells", "and", "myeloid", "cells", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "once", "classified", ",", "the", "two", "subsets", "were", "merged", "into", "a", "single", "population", "of", "pdcs", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "mm", "##och", "##i", "annotation", "was", "used", "at", "two", "separate", "levels", "throughout", "the", "paper", ",", "defined", "as", "either", "one", "of", "the", "34", "fine", "-", "grained", "subsets", "or", "grouped", "into", "cd4", "t", "cells", ",", "cd8", "and", "uncon", "##vention", "##al", "t", "cells", "(", "including", "γδ", "t", "cells", "and", "cd8", "ma", "##it", "cells", ")", ",", "b", "cells", ",", "nk", "cells", "and", "il", "##cs", "or", "myeloid", "cells", "(", "including", "monocytes", ",", "macrophages", ",", "cdc", "##s", ",", "migratory", "dcs", "and", "pdcs", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "owing", "to", "the", "breadth", "of", "tissues", "and", "human", "subjects", "sampled", "in", "our", "dataset", "and", "high", "-", "resolution", "annotation", "of", "immune", "subsets", ",", "we", "anticipated", "that", "our", "immune", "atlas", "would", "be", "useful", "to", "the", "research", "community", "as", "a", "reference", "for", "performing", "cell", "-", "type", "label", "transfer", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "facilitate", "this", "application", ",", "we", "trained", "a", "model", "using", "pop", "##v", ",", "a", "tool", "developed", "for", "cell", "-", "type", "label", "transfer", "that", "uses", "several", "annotation", "algorithms", "and", "consensus", "vo", "##ting", "to", "determine", "annotations", "and", "evaluate", "their", "confidence", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "pop", "##v", "also", "calculates", "joint", "embedding", "##s", "of", "the", "query", "and", "reference", "datasets", ",", "which", "can", "be", "used", "for", "visualization", "of", "the", "query", "data", "and", "other", "analysis", "tasks", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "pop", "##v", "model", "was", "trained", "using", "the", "tissues", "and", "mm", "##och", "##i", "annotations", "(", "fig", ".", "2", ")", "as", "the", "reference", "dataset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "label", "transfer", "performance", "was", "evaluated", "using", "the", "human", "lung", "cell", "atlas", "as", "a", "query", "dataset", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "visualize", "the", "data", ",", "we", "computed", "um", "##ap", "embedding", "##s", "as", "described", "above", "on", "joint", "sc", "##vi", "embedding", "##s", ",", "which", "were", "calculated", "as", "part", "of", "the", "pop", "##v", "pipeline", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "evaluate", "the", "importance", "of", "adt", "information", "in", "the", "mm", "##och", "##i", "classification", "performance", ",", "we", "additionally", "applied", "a", "pre", "-", "trained", "cell", "##typ", "##ist", "model", "(", "immune", "_", "all", "_", "low", ";", "https", ":", "/", "/", "cell", "##typ", "##ist", ".", "cog", ".", "sanger", ".", "ac", ".", "uk", "/", "models", "/", "pan", "_", "immune", "_", "cell", "##typ", "##ist", "/", "v2", "/", "immune", "_", "all", "_", "low", ".", "pk", "##l", ")", "using", "default", "settings", "to", "the", "tissue", "immune", "cells", "(", "fig", ".", "2", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "integrate", "scr", "##na", "-", "seq", "profiles", "of", "immune", "cells", "in", "our", "study", ",", "we", "first", "used", "sc", "##vi", ",", "which", "did", "not", "yield", "a", "fully", "integrated", "latent", "space", "and", "clustered", "by", "site", "of", "collection", "(", "for", "example", ",", "us", "or", "uk", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "next", "lever", "##aged", "mr", "##vi", ",", "which", "uses", "a", "mixture", "-", "of", "-", "gaussian", "as", "a", "prior", "and", "enforce", "##s", "stronger", "separation", "of", "true", "cell", "state", "and", "effect", "of", "donors", "on", "gene", "expression", ",", "as", "has", "been", "recently", "demonstrated", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "mr", "##vi", "takes", "advantage", "of", "a", "prior", "based", "on", "a", "multimodal", "variation", "##al", "mixture", "of", "posterior", "##s", "(", "similar", "to", "a", "vamp", "##pr", "##ior", ")", ",", "which", "have", "been", "shown", "to", "outperform", "gaussian", "priors", "for", "scr", "##na", "-", "seq", "integration", "in", "benchmark", "##ing", "studies", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "brief", ",", "mr", "##vi", "finds", "a", "sample", "-", "agn", "##ostic", "latent", "space", ",", "u", ",", "and", "compute", "##s", "a", "sample", "-", "specific", "embedding", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "a", "second", "latent", "space", ",", "z", ",", "is", "defined", "by", "adding", "an", "attention", "-", "based", "concaten", "##ation", "between", "u", "and", "the", "sample", "embedding", "space", "to", "the", "original", "u", "-", "space", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "another", "layer", "of", "attention", "is", "used", "to", "incorporate", "an", "embedding", "of", "10×", "genomics", "chemistry", "and", "experimental", "site", "(", "cambridge", ",", "uk", "versus", "columbia", ",", "ny", ")", ",", "and", "this", "third", "latent", "space", "is", "dec", "##oded", "using", "a", "linear", "dec", "##ode", "##r", "to", "yield", "the", "rate", "of", "a", "negative", "binomial", "distribution", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "use", "a", "cell", "-", "type", "-", "aware", "gaussian", "mixture", "prior", "in", "u", "-", "space", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "introduce", "cell", "type", "awareness", ",", "we", "use", "a", "bias", "to", "the", "mixture", "proportions", "that", "makes", "it", "likely", "for", "cells", "of", "the", "same", "type", "to", "be", "sampled", "from", "the", "same", "gaussian", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "the", "latent", "embedding", "highlighted", "throughout", "the", "article", "and", "used", "for", "manual", "cell", "-", "type", "curation", ",", "we", "used", "the", "donor", "identities", "as", "the", "sample", "keys", "and", "used", "the", "output", "of", "mm", "##och", "##i", "classification", "(", "see", "above", ")", "as", "the", "cell", "-", "type", "prior", "in", "mr", "##vi", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "used", "default", "parameters", "except", "n", "_", "epochs", "_", "kl", "_", "warm", "##up", "of", "25", ",", "n", "_", "latent", "_", "u", "of", "20", ",", "n", "_", "latent", "in", "z", "-", "space", "of", "200", ",", "dropout", "in", "q", "##z", "as", "well", "as", "pz", "of", "0", ".", "03", "(", "adopted", "from", "a", "previous", "publication", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "visualize", "cells", "(", "either", "the", "total", "immune", "component", "or", "individual", "major", "lineages", ")", ",", "we", "computed", "nearest", "neighbors", "(", "scan", "##py", ".", "pp", ".", "neighbors", ")", "on", "the", "mr", "##vi", "u", "latent", "space", "and", "calculated", "um", "##ap", "embedding", "##s", "(", "scan", "##py", ".", "tl", ".", "um", "##ap", ")", "using", "the", "15", "nearest", "neighbors", ",", "a", "minimum", "distance", "of", "0", ".", "4", ",", "a", "spread", "of", "1", ".", "0", "and", "initial", "##ization", "with", "pag", "##a", "after", "running", "scan", "##py", ".", "tl", ".", "pag", "##a", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "identify", "additional", "heterogeneity", "in", "cell", "states", "within", "samples", "in", "addition", "to", "the", "cell", "-", "type", "annotation", "provided", "by", "mm", "##och", "##i", ",", "we", "performed", "manual", "annotation", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "each", "mm", "##och", "##i", "annotate", "d", "population", ",", "a", "new", "sc", "##vi", "model", "was", "trained", "with", "donor", "as", "the", "batch", "key", ",", "then", "lei", "##den", "clustering", "(", "scan", "##py", ".", "tl", ".", "lei", "##den", ")", "was", "performed", "on", "the", "lineage", "-", "specific", "neighbors", "graph", "at", "an", "appropriate", "resolution", ",", "selected", "to", "minimize", "over", "-", "clustering", "(", "ranging", "from", "1", "to", "15", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "markers", "for", "each", "cluster", "were", "computed", "by", "scan", "##py", ".", "tl", ".", "rank", "_", "genes", "_", "groups", ",", "and", "clusters", "with", "similar", "marker", "expression", "were", "merged", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "annotate", "proliferating", "cells", ",", "scan", "##py", ".", "tl", ".", "score", "_", "genes", "_", "cell", "_", "cycle", "was", "run", ",", "and", "the", "output", "was", "used", "in", "combination", "with", "the", "gene", "expression", "of", "mk", "##i", "##67", "and", "top", "##2a", "." ]	[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "focused", "our", "de", "analysis", "on", "immune", "lineages", "and", "cell", "types", "with", "sufficient", "representation", "across", "experimental", "sites", ",", "tissues", "and", "donor", "ages", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]
[ "this", "included", "six", "tissue", "groups", ":", "blood", ",", "bm", ",", "spleen", ",", "gut", "(", "jl", "##p", "and", "je", "##l", ")", ",", "lns", "(", "il", "##n", ",", "ll", "##n", "and", "mln", ")", "and", "lungs", "(", "consisting", "of", "bal", "and", "parenchyma", ")", ";", "six", "immune", "lineages", ":", "myeloid", ",", "cd4", "t", "cells", ",", "cd8", "t", "cells", ",", "invariant", "t", "cells", "(", "that", "is", ",", "γδ", "t", "cells", "and", "ma", "##it", "cells", ")", ",", "b", "cells", "and", "il", "##c", "/", "nk", "cells", ";", "and", "26", "individual", "cell", "types", "within", "all", "lineages", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "covariates", "included", "10×", "genomics", "chemistry", "(", "3", "′", "versus", "5", "′", ")", ",", "sex", "(", "male", "versus", "female", ")", ",", "laboratory", "(", "cambridge", ",", "uk", "versus", "columbia", ",", "ny", ")", "and", "cmv", "status", "(", "positive", "versus", "negative", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "for", "aging", "analyses", ",", "donors", "were", "categorized", "as", "being", "<", "40", "or", ">", "40", "years", "of", "age", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "variance", "decomposition", "and", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "de", "analysis", "were", "performed", "using", "lm", "##m", "through", "the", "dream", "##let", "r", "package", "(", "v1", ".", "4", ".", "1", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "depending", "on", "the", "resolution", "of", "the", "analysis", ",", "de", "was", "performed", "separately", "either", "for", "each", "immune", "lineage", "(", "for", "example", ",", "myeloid", "cells", ",", "b", "cells", ",", "and", "so", "on", ")", "or", "for", "each", "immune", "subset", "(", "for", "example", ",", "macrophages", ",", "naive", "b", "cells", "and", "so", "on", ")", "using", "the", "cluster", "_", "id", "parameter", "in", "dream", "##let", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "raw", "ge", "##x", "count", "matrix", "was", "pseudo", "##bu", "##l", "##ke", "##d", "across", "samples", ",", "and", "each", "tissue", "in", "each", "donor", "was", "treated", "as", "a", "separate", "sample", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "before", "performing", "de", ",", "samples", "and", "genes", "with", "poor", "representation", "were", "filtered", "using", "dream", "##let", ":", ":", "process", "##assays", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "samples", "with", "fewer", "than", "50", "cells", "and", "genes", "not", "represented", "in", "at", "least", "40", "%", "of", "the", "samples", "with", "at", "least", "five", "counts", "were", "excluded", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "confirm", "findings", "by", "mr", "##vi", "counter", "##fact", "##ual", "analysis", "(", "see", "below", ")", ",", "these", "thresholds", "were", "reduced", "to", "a", "minimum", "of", "ten", "cells", "for", "a", "sample", "to", "be", "included", ",", "and", "at", "least", "10", "%", "of", "samples", "with", "at", "least", "five", "counts", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "de", "for", "a", "subset", "was", "not", "performed", "when", "fewer", "than", "three", "or", "four", "samples", "(", "for", "tissue", "and", "age", "analysis", ",", "respectively", ")", "met", "the", "minimum", "cell", "thresholds", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "variance", "decomposition", "was", "performed", "for", "age", "analysis", "for", "each", "lineage", "using", "dream", "##let", ":", ":", "fit", "##var", "##part", "with", "sex", ",", "sequencing", "chemistry", ",", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", ",", "age", "group", ",", "processing", "site", "and", "tissue", "as", "covariates", "(", "supplementary", "table", "13", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "lm", "##m", "was", "performed", "using", "dream", "##et", ":", ":", "dream", "##let", "with", "eb", "##ay", "##es", "estimation", "enabled", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "tissue", "effects", "(", "figs", ".", "3", "and", "4", ",", "extended", "data", "figs", ".", "3", "and", "4", ",", "and", "supplementary", "tables", "4", ",", "7", "and", "10", ")", "were", "modeled", "by", "comparing", "each", "lineage", "/", "subset", "in", "one", "tissue", "group", "to", "the", "same", "lineage", "/", "subset", "in", "the", "remaining", "tissue", "groups", ",", "with", "donor", "identity", "encoded", "as", "a", "random", "effect", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "age", "effects", "(", "figs", ".", "5", "–", "7", ",", "extended", "data", "fig", ".", "5", ",", "and", "supplementary", "tables", "15", "and", "24", ")", "were", "modeled", "across", "each", "tissue", "-", "group", "–", "age", "-", "group", "combination", "while", "controlling", "for", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "and", "sex", "as", "fixed", "effects", "and", "with", "sequencing", "chemistry", "and", "processing", "site", "as", "random", "effects", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "age", "effects", "within", "each", "tissue", "group", "were", "then", "measured", "using", "the", "contrasts", "parameter", "in", "dream", "##let", ":", ":", "dream", "##let", "between", "old", "and", "young", "for", "each", "tissue", "group", "(", "for", "example", ",", "the", "effect", "of", "age", "in", "the", "gut", "was", "computed", "as", "‘", "old", "-", "gut", "−", "young", "-", "gut", "’", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O" ]
[ "cmv", "effects", "(", "supplementary", "fig", ".", "10", "and", "supplementary", "table", "21", ")", "were", "modeled", "across", "each", "tissue", "-", "group", "–", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "combination", "while", "controlling", "for", "age", "and", "sex", "as", "fixed", "effects", "and", "with", "sequencing", "chemistry", "and", "processing", "site", "as", "random", "effects", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "cmv", "effects", "within", "each", "tissue", "group", "were", "then", "measured", "using", "the", "contrasts", "parameter", "in", "dream", "##let", ":", ":", "dream", "##let", "between", "cmv", "and", "cmv", "for", "each", "tissue", "group", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "identifying", "cross", "-", "tissue", "and", "cross", "-", "donor", "gene", "signatures", "for", "each", "major", "immune", "lineage", ",", "we", "constructed", "probabilistic", "factor", "models", "directly", "from", "scr", "##na", "-", "seq", "count", "matrices", "using", "sch", "##p", "##f", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "output", "of", "sch", "##p", "##f", "includes", "two", "matrices", ":", "an", "m", "×", "k", "gene", "score", "matrix", "containing", "weights", "for", "each", "of", "m", "genes", "in", "each", "of", "k", "factors", "and", "a", "k", "×", "n", "cell", "score", "matrix", "containing", "weights", "for", "each", "of", "n", "cells", "in", "each", "of", "k", "factors", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "the", "original", "report", "of", "sch", "##p", "##f", ",", "the", "algorithm", "required", "a", "user", "-", "supplied", "value", "of", "k", ",", "the", "number", "of", "factors", "in", "the", "model", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "here", ",", "we", "use", "a", "new", "consensus", "factor", "##ization", "implementation", "of", "sch", "##p", "##f", ",", "in", "which", "the", "user", "specif", "##ies", "a", "broad", "range", "of", "k", "values", "from", "which", "many", "sch", "##p", "##f", "models", "are", "generated", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "the", "gene", "score", "matrices", "for", "these", "models", "are", "then", "clustered", "to", "identify", "k", "recurrent", "factors", ",", "which", "are", "combined", "to", "seed", "a", "final", "round", "of", "training", "to", "construct", "a", "final", "consensus", "model", "with", "k", "factors", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "constructed", "two", "types", "of", "sch", "##p", "##f", "models", ":", "a", "tissue", "-", "level", "model", "(", "extended", "data", "fig", ".", "4", ")", ",", "in", "which", "the", "number", "of", "cells", "from", "each", "of", "three", "tissue", "groups", "was", "balanced", "by", "random", "sub", "-", "sampling", "(", "gut", ":", "je", "##l", "and", "jl", "##p", ";", "lung", "parenchyma", ";", "and", "lns", ":", "mln", "and", "ll", "##n", ")", ",", "and", "a", "donor", "-", "level", "model", "(", "figs", ".", "5", "and", "6", ")", ",", "in", "which", "the", "number", "of", "cells", "from", "each", "organ", "donor", "was", "balanced", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "we", "constructed", "both", "types", "of", "models", "for", "the", "major", "immune", "lineages", ":", "cd4", "t", "cells", ",", "cd8", "t", "cells", "(", "including", "all", "invariant", "t", "cells", ")", ",", "nk", "cells", ",", "il", "##cs", ",", "b", "cells", "and", "macrophages", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]
[ "for", "donor", "models", ",", "donors", "with", "fewer", "than", "300", "cells", "for", "a", "given", "lineage", "were", "removed", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "in", "both", "models", ",", "the", "count", "matrices", "were", "randomly", "downs", "##ampled", "such", "that", "the", "average", "number", "of", "transcripts", "per", "cell", "was", "the", "same", "for", "each", "donor", "to", "avoid", "coverage", "bias", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "sch", "##p", "##f", "models", "considered", "only", "protein", "-", "coding", "genes", "(", "excluding", "tcr", "and", "immunoglobulin", "cassettes", ")", "detected", "in", "at", "least", "1", "%", "of", "cells", "across", "the", "final", "subsample", "##d", "and", "downs", "##ampled", "training", "matrix", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "immune", "subset", "composition", "within", "each", "lineage", "across", "tissues", "was", "visualized", "by", "viol", "##in", "plots", "or", "box", "plots", "(", "using", "sea", "##born", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "tissue", "-", "specific", "enrichment", "of", "immune", "subset", "frequencies", "in", "specific", "tissues", "was", "also", "assayed", "within", "each", "major", "lineage", "using", "scc", "##oda", "for", "bayesian", "inference", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "significant", "enrichment", "of", "an", "immune", "subset", "in", "one", "tissue", "over", "the", "rest", "was", "determined", "using", "scc", "##oda", ".", "util", ".", "comp", "_", "ana", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "compositional", "##analysis", "to", "detect", "credible", "effects", ",", "and", "was", "run", "sequentially", ",", "selecting", "each", "cell", "type", "as", "the", "reference", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]
[ "majority", "vo", "##ting", "was", "then", "used", "to", "identify", "cell", "types", "that", "are", "cred", "##ibly", "changing", "more", "than", "half", "the", "time", "with", "automatic", "reference", "-", "subset", "selection", "and", "the", "default", "false", "discovery", "rate", "of", "0", ".", "05", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "determine", "tissue", "-", "specific", "gene", "expression", "signatures", "across", "immune", "lineages", "(", "fig", ".", "3", ")", ",", "significant", "degs", "were", "defined", "as", "adjusted", "p", "<", "0", ".", "05", "and", "log", "2", "(", "fc", ")", ">", "1", "by", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "de", "across", "tissues", "at", "the", "lineage", "level", "(", "see", "above", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "mean", "z", "-", "score", "gene", "expression", "was", "calculated", "for", "each", "pairing", "of", "tissue", "group", "and", "lineage", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "genes", "and", "samples", "were", "both", "hierarchical", "##ly", "clustered", "using", "sci", "##py", ".", "cluster", ".", "hierarchy", ".", "linkage", "with", "ward", "’", "s", "method", "and", "euclidean", "distance", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "discrete", "clusters", "of", "genes", "with", "similar", "expression", "patterns", "were", "calculated", "using", "sci", "##py", ".", "cluster", ".", "hierarchy", ".", "fc", "##lu", "##st", "##er", "with", "the", "‘", "max", "##cl", "##ust", "’", "method", "(", "supplementary", "table", "6", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "each", "gene", "cluster", ",", "association", "with", "specific", "tissue", "groups", "or", "lineages", "could", "arise", "from", "de", "within", "one", "or", "more", "specific", "subsets", "of", "that", "lineage", "or", "from", "compositional", "shifts", "in", "subsets", "across", "tissues", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "to", "disentangle", "these", "possibilities", ",", "we", "first", "used", "pre", "-", "ranked", "gsea", "to", "compare", "the", "gene", "clusters", "identified", "via", "lineage", "-", "level", "de", "to", "the", "effect", "size", "(", "that", "is", ",", "log", "(", "fc", ")", ")", "of", "de", "across", "tissues", "in", "the", "subset", "-", "level", "de", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "visualize", "potential", "effects", "caused", "by", "compositional", "shifts", "across", "tissues", ",", "we", "computed", "the", "average", "frequency", "of", "the", "subset", "(", "as", "a", "proportion", "of", "the", "total", "cells", "within", "that", "lineage", "group", ")", "within", "a", "tissue", ",", "the", "fc", "of", "that", "frequency", "over", "the", "frequency", "in", "the", "remaining", "tissue", "groups", "and", "the", "average", "expression", "of", "the", "gene", "cluster", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "assess", "whether", "differential", "transcript", "expression", "was", "reflected", "in", "the", "surface", "protein", "profiling", "(", "supplementary", "tables", "11", "and", "12", ")", ",", "we", "selected", "adt", "##s", "corresponding", "to", "degs", "in", "at", "least", "one", "tissue", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]
[ "to", "identify", "enrichment", "in", "one", "tissue", "group", "over", "the", "other", "tissue", "groups", ",", "we", "used", "scan", "##py", ".", "tl", ".", "rank", "_", "genes", "_", "groups", "on", "the", "normalized", "expression", "with", "wilcoxon", "and", "tie", "-", "correction", "enabled", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "to", "minimize", "the", "influence", "of", "technical", "staining", "artifacts", "or", "donor", "covariates", ",", "analysis", "was", "conducted", "separately", "within", "each", "donor", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "donors", "with", "fewer", "than", "50", "cells", "for", "a", "particular", "tissue", "-", "group", "–", "lineage", "combination", "or", "tissue", "-", "group", "–", "lineage", "combinations", "with", "fewer", "than", "four", "suitable", "donors", "were", "excluded", "from", "analysis", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "before", "de", "analysis", ",", "the", "adt", "count", "matrix", "was", "subsample", "##d", "to", "equal", "##ize", "cell", "numbers", "and", "randomly", "downs", "##ampled", "such", "that", "the", "average", "number", "of", "transcripts", "per", "cell", "was", "the", "same", "for", "each", "group", "to", "avoid", "coverage", "bias", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "next", "sought", "to", "identify", "factors", "from", "the", "tissue", "-", "level", "sch", "##p", "##f", "models", "of", "each", "major", "immune", "lineage", "that", "were", "shared", "across", "cell", "types", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]
[ "as", "described", "above", ",", "we", "first", "constructed", "consensus", "sch", "##p", "##f", "models", "for", "cd4", "t", "cells", ",", "cd8", "t", "cells", ",", "macrophages", ",", "nk", "cells", ",", "il", "##cs", "and", "b", "cells", "with", "equal", "representation", "of", "cells", "from", "each", "of", "three", "major", "tissue", "groups", "(", "gut", ",", "lung", "and", "lns", ")", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]
[ "from", "each", "model", ",", "we", "removed", "probable", "nu", "##isa", "##nc", "##e", "factors", "containing", "heat", "shock", "protein", "-", "encoding", "genes", "(", "common", "dissociation", "artifact", ",", ">", "1", "gene", ")", ",", "ribosomal", "protein", "-", "encoding", "genes", "(", "common", "coverage", "artifact", ",", ">", "10", "genes", ")", ",", "genes", "from", "the", "highly", "inducible", "metall", "##othi", "##one", "##in", "cluster", "(", ">", "1", "gene", ")", ",", "hemoglobin", "transcripts", "(", "red", "blood", "cell", "contamination", ",", ">", "0", "genes", ")", "and", "genes", "in", "a", "previously", "published", "signature", "of", "dissociation", "-", "induced", "cell", "stress", "in", "scr", "##na", "-", "seq", "(", ">", "7", "genes", ")", "among", "the", "30", "top", "-", "weighted", "genes", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "next", ",", "we", "computed", "the", "average", "cell", "score", "for", "each", "factor", "in", "each", "of", "the", "three", "major", "tissue", "groups", "and", "identified", "all", "factors", "with", "an", "average", "tissue", "-", "group", "score", "that", "was", "at", "least", "80", "%", "higher", "in", "one", "tissue", "group", "than", "the", "average", "of", "the", "remaining", "two", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]
[ "thus", ",", "the", "resulting", "set", "of", "53", "sch", "##p", "##f", "factors", "from", "across", "all", "6", "lineage", "-", "specific", "models", "exhibits", "some", "degree", "of", "tissue", "specificity", "." ]	[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "first", "used", "lo", "##uv", "##ain", "clustering", "on", "the", "coordinates", "from", "sc", "##vi", "latent", "space", "using", "15", "nearest", "neighbors", "to", "cluster", "the", "per", "-", "tissue", "integrated", "data", "with", "a", "resolution", "of", "5", ".", "0", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "every", "cluster", "with", "a", "median", "low", "-", "quality", "score", "(", "described", "above", ")", "of", "at", "least", "one", "was", "removed", "from", "downstream", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "although", "some", "low", "-", "quality", "events", "were", "retained", "with", "this", "filtering", ",", "their", "frequency", "was", "drastically", "reduced", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "additionally", "established", "tissue", "-", "specific", "cut", "-", "offs", "to", "remove", "additional", "events", "and", "removed", "clusters", "with", "a", "mean", "low", "-", "quality", "score", "of", "0", ".", "3", "from", "all", "tissues", ",", "except", "for", "the", "lung", "ln", "and", "je", "##j", ",", "for", "which", "the", "threshold", "was", "manually", "increased", "to", "recover", "higher", "-", "quality", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "using", "a", "course", "cell", "-", "type", "annotation", "based", "on", "manual", "annotation", "of", "clusters", ",", "we", "identified", "cell", "types", "that", "were", "consistently", "filtered", "out", ",", "even", "though", "their", "quality", "did", "not", "appear", "to", "be", "spurious", "##ly", "low", "by", "manual", "inspection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "retained", "mast", "cells", "and", "hematopoietic", "stem", "cells", "from", "all", "tissues", ",", "all", "macrophages", "from", "lns", "and", "spleen", ",", "all", "erythrocytes", "and", "platelets", "from", "bm", "and", "all", "monocytes", "from", "liver", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "concatenated", "cells", "from", "all", "tissues", "and", "computed", "the", "10", ",", "000", "top", "highly", "variable", "genes", "using", "the", "se", "##ura", "##t", "_", "v3", "option", "in", "scan", "##py", "and", "used", "the", "same", "parameters", "as", "described", "above", ",", "but", "with", "a", "mini", "-", "batch", "size", "of", "1", ",", "024", "to", "accelerate", "the", "training", "process", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "used", "this", "integrated", "latent", "space", "to", "assign", "initial", "cell", "types", "and", "removed", "all", "cell", "types", "that", "were", "not", "labeled", "as", "immune", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "additionally", ",", "we", "removed", "all", "cells", "for", "which", "manual", "labeling", "and", "automatic", "labeling", "using", "mm", "##och", "##i", "(", "see", "below", ")", "were", "inconclusive", "about", "coarse", "cell", "-", "type", "identity", "(", "for", "example", ",", "b", "cell", ",", "myeloid", ",", "t", "cell", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O" ]

[ "these", "events", "were", "of", "low", "quality", "by", "manual", "inspection", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "performed", "post", "hoc", "manual", "removal", "of", "these", "and", "other", "clusters", "of", "low", "-", "quality", "cells", "after", "integrating", "all", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "identify", "canonical", "immune", "cell", "subsets", ",", "we", "used", "a", "recently", "reported", ",", "supervised", "machine", "learning", "algorithm", ",", "mm", "##och", "##i", ")", "(", "v0", ".", "2", ".", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "first", "normalized", "the", "gene", "expression", "(", "ge", "##x", ")", "count", "matrix", "using", "log", "(", "10", ",", "000", "c", "g", ",", "i", "/", "t", "g", ",", "i", "+", "1", ")", ",", "where", "c", "g", ",", "i", "represents", "the", "counts", "for", "ge", "##x", "feature", "g", "in", "cell", "i", ",", "and", "t", "g", ",", "i", "is", "the", "total", "counts", "for", "all", "ge", "##x", "features", "in", "cell", "i", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "similarly", ",", "we", "normalized", "the", "antibod", "y", "-", "derived", "tag", "(", "adt", ")", "count", "matrix", "using", "log", "(", "1", ",", "000", "c", "a", ",", "i", "/", "t", "a", ",", "i", "+", "1", ")", ",", "where", "c", "a", ",", "i", "represents", "the", "counts", "for", "adt", "feature", "a", "in", "cell", "i", "and", "t", "a", ",", "i", "is", "the", "total", "counts", "for", "all", "adt", "features", "in", "cell", "i", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "applied", "landmark", "registration", "(", "mm", "##och", "##i", ")", "to", "batch", "-", "correct", "the", "adt", "expression", "across", "experimental", "batches", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "brief", ",", "we", "applied", "automatic", "detection", "of", "landmarks", "(", "peaks", ")", "in", "the", "expression", "distributions", "for", "each", "adt", "feature", "in", "a", "given", "sample", ",", "applying", "manual", "adjustments", "as", "needed", "using", "the", "graphical", "user", "interface", ",", "then", "performed", "curve", "registration", "and", "war", "##ping", "to", "align", "the", "positive", "and", "negative", "peaks", "for", "each", "adt", "feature", "across", "batches", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "provided", "mm", "##och", "##i", "with", "a", "hierarchy", "of", "immune", "cell", "subsets", "and", "their", "canonical", "surface", "protein", "-", "level", "and", "rna", "-", "level", "markers", "(", "supplementary", "fig", ".", "2", ")", "and", "used", "the", "markers", "to", "identify", "high", "-", "confidence", "members", "(", "cells", ")", "of", "each", "subset", "for", "training", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "each", "classification", "level", ",", "automatic", "thresholds", "for", "high", "-", "confidence", "adt", "or", "ge", "##x", "marker", "-", "positive", "and", "marker", "-", "negative", "cells", "were", "manually", "adjusted", "as", "needed", "using", "the", "supplied", "gu", "##i", "(", "supplementary", "table", "3", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "following", "mm", "##och", "##i", "’", "s", "internal", "training", "data", "refinement", ",", "we", "applied", "an", "80", "–", "20", "train", "–", "test", "split", "and", "trained", "a", "random", "forest", "classifier", ",", "sk", "##lear", "##n", ".", "ensemble", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "random", "##fore", "##st", "##class", "##ifier", ",", "on", "both", "gene", "and", "protein", "expression", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "2", "of", "the", "24", "organ", "donors", "and", "a", "subset", "of", "samples", "from", "a", "third", "donor", ",", "we", "did", "not", "perform", "cite", "-", "seq", "and", "only", "had", "scr", "##na", "-", "seq", "profiles", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "thus", ",", "these", "samples", "were", "excluded", "from", "the", "mm", "##och", "##i", "classification", "described", "here", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "however", ",", "we", "used", "a", "k", "-", "nearest", "neighbors", "approach", "to", "transfer", "the", "classifier", "labels", "to", "individual", "cells", "profiled", "from", "these", "two", "organ", "donors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "specifically", ",", "we", "used", "the", "sk", "##lear", "##n", ".", "neighbors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "kn", "##ei", "##gh", "##bor", "##sc", "##lass", "##ifier", "with", "n", "_", "neighbors", "=", "10", "to", "construct", "a", "k", "-", "nearest", "neighbors", "graph", "in", "the", "mr", "##vi", "embedding", "of", "the", "dataset", "(", "see", "below", ")", "and", "classify", "the", "remaining", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "of", "the", "subsets", ",", "pdcs", "were", "identified", "using", "two", "separate", "nodes", "on", "the", "hierarchy", "(", "supplementary", "fig", ".", "1", ")", ",", "as", "pdcs", "shared", "expression", "with", "both", "b", "cells", "and", "myeloid", "cells", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "once", "classified", ",", "the", "two", "subsets", "were", "merged", "into", "a", "single", "population", "of", "pdcs", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "mm", "##och", "##i", "annotation", "was", "used", "at", "two", "separate", "levels", "throughout", "the", "paper", ",", "defined", "as", "either", "one", "of", "the", "34", "fine", "-", "grained", "subsets", "or", "grouped", "into", "cd4", "t", "cells", ",", "cd8", "and", "uncon", "##vention", "##al", "t", "cells", "(", "including", "γδ", "t", "cells", "and", "cd8", "ma", "##it", "cells", ")", ",", "b", "cells", ",", "nk", "cells", "and", "il", "##cs", "or", "myeloid", "cells", "(", "including", "monocytes", ",", "macrophages", ",", "cdc", "##s", ",", "migratory", "dcs", "and", "pdcs", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "owing", "to", "the", "breadth", "of", "tissues", "and", "human", "subjects", "sampled", "in", "our", "dataset", "and", "high", "-", "resolution", "annotation", "of", "immune", "subsets", ",", "we", "anticipated", "that", "our", "immune", "atlas", "would", "be", "useful", "to", "the", "research", "community", "as", "a", "reference", "for", "performing", "cell", "-", "type", "label", "transfer", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "facilitate", "this", "application", ",", "we", "trained", "a", "model", "using", "pop", "##v", ",", "a", "tool", "developed", "for", "cell", "-", "type", "label", "transfer", "that", "uses", "several", "annotation", "algorithms", "and", "consensus", "vo", "##ting", "to", "determine", "annotations", "and", "evaluate", "their", "confidence", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "pop", "##v", "also", "calculates", "joint", "embedding", "##s", "of", "the", "query", "and", "reference", "datasets", ",", "which", "can", "be", "used", "for", "visualization", "of", "the", "query", "data", "and", "other", "analysis", "tasks", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "pop", "##v", "model", "was", "trained", "using", "the", "tissues", "and", "mm", "##och", "##i", "annotations", "(", "fig", ".", "2", ")", "as", "the", "reference", "dataset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "label", "transfer", "performance", "was", "evaluated", "using", "the", "human", "lung", "cell", "atlas", "as", "a", "query", "dataset", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "visualize", "the", "data", ",", "we", "computed", "um", "##ap", "embedding", "##s", "as", "described", "above", "on", "joint", "sc", "##vi", "embedding", "##s", ",", "which", "were", "calculated", "as", "part", "of", "the", "pop", "##v", "pipeline", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "evaluate", "the", "importance", "of", "adt", "information", "in", "the", "mm", "##och", "##i", "classification", "performance", ",", "we", "additionally", "applied", "a", "pre", "-", "trained", "cell", "##typ", "##ist", "model", "(", "immune", "_", "all", "_", "low", ";", "https", ":", "/", "/", "cell", "##typ", "##ist", ".", "cog", ".", "sanger", ".", "ac", ".", "uk", "/", "models", "/", "pan", "_", "immune", "_", "cell", "##typ", "##ist", "/", "v2", "/", "immune", "_", "all", "_", "low", ".", "pk", "##l", ")", "using", "default", "settings", "to", "the", "tissue", "immune", "cells", "(", "fig", ".", "2", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "integrate", "scr", "##na", "-", "seq", "profiles", "of", "immune", "cells", "in", "our", "study", ",", "we", "first", "used", "sc", "##vi", ",", "which", "did", "not", "yield", "a", "fully", "integrated", "latent", "space", "and", "clustered", "by", "site", "of", "collection", "(", "for", "example", ",", "us", "or", "uk", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "next", "lever", "##aged", "mr", "##vi", ",", "which", "uses", "a", "mixture", "-", "of", "-", "gaussian", "as", "a", "prior", "and", "enforce", "##s", "stronger", "separation", "of", "true", "cell", "state", "and", "effect", "of", "donors", "on", "gene", "expression", ",", "as", "has", "been", "recently", "demonstrated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "mr", "##vi", "takes", "advantage", "of", "a", "prior", "based", "on", "a", "multimodal", "variation", "##al", "mixture", "of", "posterior", "##s", "(", "similar", "to", "a", "vamp", "##pr", "##ior", ")", ",", "which", "have", "been", "shown", "to", "outperform", "gaussian", "priors", "for", "scr", "##na", "-", "seq", "integration", "in", "benchmark", "##ing", "studies", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "brief", ",", "mr", "##vi", "finds", "a", "sample", "-", "agn", "##ostic", "latent", "space", ",", "u", ",", "and", "compute", "##s", "a", "sample", "-", "specific", "embedding", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "a", "second", "latent", "space", ",", "z", ",", "is", "defined", "by", "adding", "an", "attention", "-", "based", "concaten", "##ation", "between", "u", "and", "the", "sample", "embedding", "space", "to", "the", "original", "u", "-", "space", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "another", "layer", "of", "attention", "is", "used", "to", "incorporate", "an", "embedding", "of", "10×", "genomics", "chemistry", "and", "experimental", "site", "(", "cambridge", ",", "uk", "versus", "columbia", ",", "ny", ")", ",", "and", "this", "third", "latent", "space", "is", "dec", "##oded", "using", "a", "linear", "dec", "##ode", "##r", "to", "yield", "the", "rate", "of", "a", "negative", "binomial", "distribution", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "use", "a", "cell", "-", "type", "-", "aware", "gaussian", "mixture", "prior", "in", "u", "-", "space", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "introduce", "cell", "type", "awareness", ",", "we", "use", "a", "bias", "to", "the", "mixture", "proportions", "that", "makes", "it", "likely", "for", "cells", "of", "the", "same", "type", "to", "be", "sampled", "from", "the", "same", "gaussian", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "the", "latent", "embedding", "highlighted", "throughout", "the", "article", "and", "used", "for", "manual", "cell", "-", "type", "curation", ",", "we", "used", "the", "donor", "identities", "as", "the", "sample", "keys", "and", "used", "the", "output", "of", "mm", "##och", "##i", "classification", "(", "see", "above", ")", "as", "the", "cell", "-", "type", "prior", "in", "mr", "##vi", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "used", "default", "parameters", "except", "n", "_", "epochs", "_", "kl", "_", "warm", "##up", "of", "25", ",", "n", "_", "latent", "_", "u", "of", "20", ",", "n", "_", "latent", "in", "z", "-", "space", "of", "200", ",", "dropout", "in", "q", "##z", "as", "well", "as", "pz", "of", "0", ".", "03", "(", "adopted", "from", "a", "previous", "publication", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "visualize", "cells", "(", "either", "the", "total", "immune", "component", "or", "individual", "major", "lineages", ")", ",", "we", "computed", "nearest", "neighbors", "(", "scan", "##py", ".", "pp", ".", "neighbors", ")", "on", "the", "mr", "##vi", "u", "latent", "space", "and", "calculated", "um", "##ap", "embedding", "##s", "(", "scan", "##py", ".", "tl", ".", "um", "##ap", ")", "using", "the", "15", "nearest", "neighbors", ",", "a", "minimum", "distance", "of", "0", ".", "4", ",", "a", "spread", "of", "1", ".", "0", "and", "initial", "##ization", "with", "pag", "##a", "after", "running", "scan", "##py", ".", "tl", ".", "pag", "##a", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "identify", "additional", "heterogeneity", "in", "cell", "states", "within", "samples", "in", "addition", "to", "the", "cell", "-", "type", "annotation", "provided", "by", "mm", "##och", "##i", ",", "we", "performed", "manual", "annotation", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "each", "mm", "##och", "##i", "annotate", "d", "population", ",", "a", "new", "sc", "##vi", "model", "was", "trained", "with", "donor", "as", "the", "batch", "key", ",", "then", "lei", "##den", "clustering", "(", "scan", "##py", ".", "tl", ".", "lei", "##den", ")", "was", "performed", "on", "the", "lineage", "-", "specific", "neighbors", "graph", "at", "an", "appropriate", "resolution", ",", "selected", "to", "minimize", "over", "-", "clustering", "(", "ranging", "from", "1", "to", "15", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "markers", "for", "each", "cluster", "were", "computed", "by", "scan", "##py", ".", "tl", ".", "rank", "_", "genes", "_", "groups", ",", "and", "clusters", "with", "similar", "marker", "expression", "were", "merged", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "annotate", "proliferating", "cells", ",", "scan", "##py", ".", "tl", ".", "score", "_", "genes", "_", "cell", "_", "cycle", "was", "run", ",", "and", "the", "output", "was", "used", "in", "combination", "with", "the", "gene", "expression", "of", "mk", "##i", "##67", "and", "top", "##2a", "." ]

[ "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "focused", "our", "de", "analysis", "on", "immune", "lineages", "and", "cell", "types", "with", "sufficient", "representation", "across", "experimental", "sites", ",", "tissues", "and", "donor", "ages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O" ]

[ "this", "included", "six", "tissue", "groups", ":", "blood", ",", "bm", ",", "spleen", ",", "gut", "(", "jl", "##p", "and", "je", "##l", ")", ",", "lns", "(", "il", "##n", ",", "ll", "##n", "and", "mln", ")", "and", "lungs", "(", "consisting", "of", "bal", "and", "parenchyma", ")", ";", "six", "immune", "lineages", ":", "myeloid", ",", "cd4", "t", "cells", ",", "cd8", "t", "cells", ",", "invariant", "t", "cells", "(", "that", "is", ",", "γδ", "t", "cells", "and", "ma", "##it", "cells", ")", ",", "b", "cells", "and", "il", "##c", "/", "nk", "cells", ";", "and", "26", "individual", "cell", "types", "within", "all", "lineages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "covariates", "included", "10×", "genomics", "chemistry", "(", "3", "′", "versus", "5", "′", ")", ",", "sex", "(", "male", "versus", "female", ")", ",", "laboratory", "(", "cambridge", ",", "uk", "versus", "columbia", ",", "ny", ")", "and", "cmv", "status", "(", "positive", "versus", "negative", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "for", "aging", "analyses", ",", "donors", "were", "categorized", "as", "being", "<", "40", "or", ">", "40", "years", "of", "age", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "variance", "decomposition", "and", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "de", "analysis", "were", "performed", "using", "lm", "##m", "through", "the", "dream", "##let", "r", "package", "(", "v1", ".", "4", ".", "1", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "depending", "on", "the", "resolution", "of", "the", "analysis", ",", "de", "was", "performed", "separately", "either", "for", "each", "immune", "lineage", "(", "for", "example", ",", "myeloid", "cells", ",", "b", "cells", ",", "and", "so", "on", ")", "or", "for", "each", "immune", "subset", "(", "for", "example", ",", "macrophages", ",", "naive", "b", "cells", "and", "so", "on", ")", "using", "the", "cluster", "_", "id", "parameter", "in", "dream", "##let", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "raw", "ge", "##x", "count", "matrix", "was", "pseudo", "##bu", "##l", "##ke", "##d", "across", "samples", ",", "and", "each", "tissue", "in", "each", "donor", "was", "treated", "as", "a", "separate", "sample", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "before", "performing", "de", ",", "samples", "and", "genes", "with", "poor", "representation", "were", "filtered", "using", "dream", "##let", ":", ":", "process", "##assays", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "samples", "with", "fewer", "than", "50", "cells", "and", "genes", "not", "represented", "in", "at", "least", "40", "%", "of", "the", "samples", "with", "at", "least", "five", "counts", "were", "excluded", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "confirm", "findings", "by", "mr", "##vi", "counter", "##fact", "##ual", "analysis", "(", "see", "below", ")", ",", "these", "thresholds", "were", "reduced", "to", "a", "minimum", "of", "ten", "cells", "for", "a", "sample", "to", "be", "included", ",", "and", "at", "least", "10", "%", "of", "samples", "with", "at", "least", "five", "counts", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "de", "for", "a", "subset", "was", "not", "performed", "when", "fewer", "than", "three", "or", "four", "samples", "(", "for", "tissue", "and", "age", "analysis", ",", "respectively", ")", "met", "the", "minimum", "cell", "thresholds", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "variance", "decomposition", "was", "performed", "for", "age", "analysis", "for", "each", "lineage", "using", "dream", "##let", ":", ":", "fit", "##var", "##part", "with", "sex", ",", "sequencing", "chemistry", ",", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", ",", "age", "group", ",", "processing", "site", "and", "tissue", "as", "covariates", "(", "supplementary", "table", "13", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "lm", "##m", "was", "performed", "using", "dream", "##et", ":", ":", "dream", "##let", "with", "eb", "##ay", "##es", "estimation", "enabled", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "tissue", "effects", "(", "figs", ".", "3", "and", "4", ",", "extended", "data", "figs", ".", "3", "and", "4", ",", "and", "supplementary", "tables", "4", ",", "7", "and", "10", ")", "were", "modeled", "by", "comparing", "each", "lineage", "/", "subset", "in", "one", "tissue", "group", "to", "the", "same", "lineage", "/", "subset", "in", "the", "remaining", "tissue", "groups", ",", "with", "donor", "identity", "encoded", "as", "a", "random", "effect", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "age", "effects", "(", "figs", ".", "5", "–", "7", ",", "extended", "data", "fig", ".", "5", ",", "and", "supplementary", "tables", "15", "and", "24", ")", "were", "modeled", "across", "each", "tissue", "-", "group", "–", "age", "-", "group", "combination", "while", "controlling", "for", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "and", "sex", "as", "fixed", "effects", "and", "with", "sequencing", "chemistry", "and", "processing", "site", "as", "random", "effects", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "age", "effects", "within", "each", "tissue", "group", "were", "then", "measured", "using", "the", "contrasts", "parameter", "in", "dream", "##let", ":", ":", "dream", "##let", "between", "old", "and", "young", "for", "each", "tissue", "group", "(", "for", "example", ",", "the", "effect", "of", "age", "in", "the", "gut", "was", "computed", "as", "‘", "old", "-", "gut", "−", "young", "-", "gut", "’", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O" ]

[ "cmv", "effects", "(", "supplementary", "fig", ".", "10", "and", "supplementary", "table", "21", ")", "were", "modeled", "across", "each", "tissue", "-", "group", "–", "cmv", "ser", "##ostat", "##us", "combination", "while", "controlling", "for", "age", "and", "sex", "as", "fixed", "effects", "and", "with", "sequencing", "chemistry", "and", "processing", "site", "as", "random", "effects", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "cmv", "effects", "within", "each", "tissue", "group", "were", "then", "measured", "using", "the", "contrasts", "parameter", "in", "dream", "##let", ":", ":", "dream", "##let", "between", "cmv", "and", "cmv", "for", "each", "tissue", "group", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "identifying", "cross", "-", "tissue", "and", "cross", "-", "donor", "gene", "signatures", "for", "each", "major", "immune", "lineage", ",", "we", "constructed", "probabilistic", "factor", "models", "directly", "from", "scr", "##na", "-", "seq", "count", "matrices", "using", "sch", "##p", "##f", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "output", "of", "sch", "##p", "##f", "includes", "two", "matrices", ":", "an", "m", "×", "k", "gene", "score", "matrix", "containing", "weights", "for", "each", "of", "m", "genes", "in", "each", "of", "k", "factors", "and", "a", "k", "×", "n", "cell", "score", "matrix", "containing", "weights", "for", "each", "of", "n", "cells", "in", "each", "of", "k", "factors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "the", "original", "report", "of", "sch", "##p", "##f", ",", "the", "algorithm", "required", "a", "user", "-", "supplied", "value", "of", "k", ",", "the", "number", "of", "factors", "in", "the", "model", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "here", ",", "we", "use", "a", "new", "consensus", "factor", "##ization", "implementation", "of", "sch", "##p", "##f", ",", "in", "which", "the", "user", "specif", "##ies", "a", "broad", "range", "of", "k", "values", "from", "which", "many", "sch", "##p", "##f", "models", "are", "generated", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "the", "gene", "score", "matrices", "for", "these", "models", "are", "then", "clustered", "to", "identify", "k", "recurrent", "factors", ",", "which", "are", "combined", "to", "seed", "a", "final", "round", "of", "training", "to", "construct", "a", "final", "consensus", "model", "with", "k", "factors", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "constructed", "two", "types", "of", "sch", "##p", "##f", "models", ":", "a", "tissue", "-", "level", "model", "(", "extended", "data", "fig", ".", "4", ")", ",", "in", "which", "the", "number", "of", "cells", "from", "each", "of", "three", "tissue", "groups", "was", "balanced", "by", "random", "sub", "-", "sampling", "(", "gut", ":", "je", "##l", "and", "jl", "##p", ";", "lung", "parenchyma", ";", "and", "lns", ":", "mln", "and", "ll", "##n", ")", ",", "and", "a", "donor", "-", "level", "model", "(", "figs", ".", "5", "and", "6", ")", ",", "in", "which", "the", "number", "of", "cells", "from", "each", "organ", "donor", "was", "balanced", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "we", "constructed", "both", "types", "of", "models", "for", "the", "major", "immune", "lineages", ":", "cd4", "t", "cells", ",", "cd8", "t", "cells", "(", "including", "all", "invariant", "t", "cells", ")", ",", "nk", "cells", ",", "il", "##cs", ",", "b", "cells", "and", "macrophages", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O" ]

[ "for", "donor", "models", ",", "donors", "with", "fewer", "than", "300", "cells", "for", "a", "given", "lineage", "were", "removed", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "in", "both", "models", ",", "the", "count", "matrices", "were", "randomly", "downs", "##ampled", "such", "that", "the", "average", "number", "of", "transcripts", "per", "cell", "was", "the", "same", "for", "each", "donor", "to", "avoid", "coverage", "bias", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "sch", "##p", "##f", "models", "considered", "only", "protein", "-", "coding", "genes", "(", "excluding", "tcr", "and", "immunoglobulin", "cassettes", ")", "detected", "in", "at", "least", "1", "%", "of", "cells", "across", "the", "final", "subsample", "##d", "and", "downs", "##ampled", "training", "matrix", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "immune", "subset", "composition", "within", "each", "lineage", "across", "tissues", "was", "visualized", "by", "viol", "##in", "plots", "or", "box", "plots", "(", "using", "sea", "##born", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "tissue", "-", "specific", "enrichment", "of", "immune", "subset", "frequencies", "in", "specific", "tissues", "was", "also", "assayed", "within", "each", "major", "lineage", "using", "scc", "##oda", "for", "bayesian", "inference", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "significant", "enrichment", "of", "an", "immune", "subset", "in", "one", "tissue", "over", "the", "rest", "was", "determined", "using", "scc", "##oda", ".", "util", ".", "comp", "_", "ana", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "compositional", "##analysis", "to", "detect", "credible", "effects", ",", "and", "was", "run", "sequentially", ",", "selecting", "each", "cell", "type", "as", "the", "reference", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O" ]

[ "majority", "vo", "##ting", "was", "then", "used", "to", "identify", "cell", "types", "that", "are", "cred", "##ibly", "changing", "more", "than", "half", "the", "time", "with", "automatic", "reference", "-", "subset", "selection", "and", "the", "default", "false", "discovery", "rate", "of", "0", ".", "05", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "determine", "tissue", "-", "specific", "gene", "expression", "signatures", "across", "immune", "lineages", "(", "fig", ".", "3", ")", ",", "significant", "degs", "were", "defined", "as", "adjusted", "p", "<", "0", ".", "05", "and", "log", "2", "(", "fc", ")", ">", "1", "by", "pseudo", "##bu", "##l", "##k", "de", "across", "tissues", "at", "the", "lineage", "level", "(", "see", "above", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "mean", "z", "-", "score", "gene", "expression", "was", "calculated", "for", "each", "pairing", "of", "tissue", "group", "and", "lineage", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "genes", "and", "samples", "were", "both", "hierarchical", "##ly", "clustered", "using", "sci", "##py", ".", "cluster", ".", "hierarchy", ".", "linkage", "with", "ward", "’", "s", "method", "and", "euclidean", "distance", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "discrete", "clusters", "of", "genes", "with", "similar", "expression", "patterns", "were", "calculated", "using", "sci", "##py", ".", "cluster", ".", "hierarchy", ".", "fc", "##lu", "##st", "##er", "with", "the", "‘", "max", "##cl", "##ust", "’", "method", "(", "supplementary", "table", "6", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "for", "each", "gene", "cluster", ",", "association", "with", "specific", "tissue", "groups", "or", "lineages", "could", "arise", "from", "de", "within", "one", "or", "more", "specific", "subsets", "of", "that", "lineage", "or", "from", "compositional", "shifts", "in", "subsets", "across", "tissues", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "to", "disentangle", "these", "possibilities", ",", "we", "first", "used", "pre", "-", "ranked", "gsea", "to", "compare", "the", "gene", "clusters", "identified", "via", "lineage", "-", "level", "de", "to", "the", "effect", "size", "(", "that", "is", ",", "log", "(", "fc", ")", ")", "of", "de", "across", "tissues", "in", "the", "subset", "-", "level", "de", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "visualize", "potential", "effects", "caused", "by", "compositional", "shifts", "across", "tissues", ",", "we", "computed", "the", "average", "frequency", "of", "the", "subset", "(", "as", "a", "proportion", "of", "the", "total", "cells", "within", "that", "lineage", "group", ")", "within", "a", "tissue", ",", "the", "fc", "of", "that", "frequency", "over", "the", "frequency", "in", "the", "remaining", "tissue", "groups", "and", "the", "average", "expression", "of", "the", "gene", "cluster", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "to", "assess", "whether", "differential", "transcript", "expression", "was", "reflected", "in", "the", "surface", "protein", "profiling", "(", "supplementary", "tables", "11", "and", "12", ")", ",", "we", "selected", "adt", "##s", "corresponding", "to", "degs", "in", "at", "least", "one", "tissue", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O" ]

[ "to", "identify", "enrichment", "in", "one", "tissue", "group", "over", "the", "other", "tissue", "groups", ",", "we", "used", "scan", "##py", ".", "tl", ".", "rank", "_", "genes", "_", "groups", "on", "the", "normalized", "expression", "with", "wilcoxon", "and", "tie", "-", "correction", "enabled", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "to", "minimize", "the", "influence", "of", "technical", "staining", "artifacts", "or", "donor", "covariates", ",", "analysis", "was", "conducted", "separately", "within", "each", "donor", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "donors", "with", "fewer", "than", "50", "cells", "for", "a", "particular", "tissue", "-", "group", "–", "lineage", "combination", "or", "tissue", "-", "group", "–", "lineage", "combinations", "with", "fewer", "than", "four", "suitable", "donors", "were", "excluded", "from", "analysis", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "before", "de", "analysis", ",", "the", "adt", "count", "matrix", "was", "subsample", "##d", "to", "equal", "##ize", "cell", "numbers", "and", "randomly", "downs", "##ampled", "such", "that", "the", "average", "number", "of", "transcripts", "per", "cell", "was", "the", "same", "for", "each", "group", "to", "avoid", "coverage", "bias", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "source", "paper", ":", "pmc", "##123", "##96", "##96", "##8", "we", "next", "sought", "to", "identify", "factors", "from", "the", "tissue", "-", "level", "sch", "##p", "##f", "models", "of", "each", "major", "immune", "lineage", "that", "were", "shared", "across", "cell", "types", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O" ]

[ "as", "described", "above", ",", "we", "first", "constructed", "consensus", "sch", "##p", "##f", "models", "for", "cd4", "t", "cells", ",", "cd8", "t", "cells", ",", "macrophages", ",", "nk", "cells", ",", "il", "##cs", "and", "b", "cells", "with", "equal", "representation", "of", "cells", "from", "each", "of", "three", "major", "tissue", "groups", "(", "gut", ",", "lung", "and", "lns", ")", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "B-CellType", "I-CellType", "O", "O", "O", "O", "B-CellType", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "B-Tissue", "O", "O" ]

[ "from", "each", "model", ",", "we", "removed", "probable", "nu", "##isa", "##nc", "##e", "factors", "containing", "heat", "shock", "protein", "-", "encoding", "genes", "(", "common", "dissociation", "artifact", ",", ">", "1", "gene", ")", ",", "ribosomal", "protein", "-", "encoding", "genes", "(", "common", "coverage", "artifact", ",", ">", "10", "genes", ")", ",", "genes", "from", "the", "highly", "inducible", "metall", "##othi", "##one", "##in", "cluster", "(", ">", "1", "gene", ")", ",", "hemoglobin", "transcripts", "(", "red", "blood", "cell", "contamination", ",", ">", "0", "genes", ")", "and", "genes", "in", "a", "previously", "published", "signature", "of", "dissociation", "-", "induced", "cell", "stress", "in", "scr", "##na", "-", "seq", "(", ">", "7", "genes", ")", "among", "the", "30", "top", "-", "weighted", "genes", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "next", ",", "we", "computed", "the", "average", "cell", "score", "for", "each", "factor", "in", "each", "of", "the", "three", "major", "tissue", "groups", "and", "identified", "all", "factors", "with", "an", "average", "tissue", "-", "group", "score", "that", "was", "at", "least", "80", "%", "higher", "in", "one", "tissue", "group", "than", "the", "average", "of", "the", "remaining", "two", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "B-Tissue", "I-Tissue", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]

[ "thus", ",", "the", "resulting", "set", "of", "53", "sch", "##p", "##f", "factors", "from", "across", "all", "6", "lineage", "-", "specific", "models", "exhibits", "some", "degree", "of", "tissue", "specificity", "." ]

[ "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O", "O" ]