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Estado democrático de Derecho la jurisdicción penal militar ha de tener un alcance restrictivo
y excepcional y estar encaminada a la protección de intereses jurídicos especiales vinculados
con las funciones que la ley le asigna a las fuerzas militares. Así, […] sólo debe juzgar a
militares por la comisión de delitos o faltas que por su propia naturaleza atenten contra bienes
jurídicos propios del orden militar”. La misma Corte ha agregado que “[c]uando la justicia
penal militar asume competencia sobre un asunto que debe conocer la justicia ordinaria, se ve
afectado el derecho al juez natural y, a fortiori, el debido proceso, el cual, a su vez, se encuentra
íntimamente ligado al propio derecho al acceso a la justicia. Ello debido a que es razonable
considerar que los funcionarios del fuero militar carecen de la imparcialidad e independencia
requerida por el artículo 8.1 de la Convención Americana para investigar violaciones de
derechos humanos cometidas por militares de una manera eficaz y exhaustiva”. La misma
Corte ha dicho dice que “Asimismo, y tomando en cuenta la naturaleza del crimen y el bien
jurídico lesionado, la jurisdicción penal militar no es el fuero competente para investigar y,
en su caso, juzgar y sancionar a los autores de violaciones de derechos humanos sino que el
procesamiento de los responsables corresponde siempre a la justicia ordinaria.
La Comisión Interamericana de Derechos Humanos también se ha pronunciado en diferentes
oportunidades sobre la idoneidad de la jurisdicción penal militar al indicar que, “por su
naturaleza y estructura, la jurisdicción penal militar no satisface los estándares de independencia
e imparcialidad requeridos por el artículo 8(1) de la Convención Americana […] La falta de
idoneidad de los tribunales penales militares colombianos como foro para examinar, juzgar y
sancionar casos que involucran violaciones de los derechos humanos ya ha sido materia de
pronunciamiento por parte de la Comisión: El sistema de la justicia penal militar tiene varias
características singulares que impiden el acceso a un recurso judicial efectivo e imparcial en
esta jurisdicción. En primer lugar, el fuero militar no puede ser siquiera considerado como un
verdadero sistema judicial. El sistema de justicia militar no forma parte del Poder Judicial del
Estado colombiano. Esta jurisdicción es operada por las fuerzas de la seguridad pública y, en tal
sentido, queda comprendida dentro del Poder Ejecutivo. Quienes toman las decisiones no son
jueces de la carrera judicial y la Fiscalía General no cumple su papel acusatorio en el sistema
de la justicia militar”.
De igual manera, la Comisión Interamericana ha precisado que en los tribunales militares “no
pueden juzgarse violaciones de los derechos humanos u otros delitos que no guarden relación
con las funciones que la ley asigna a las fuerzas militares, los que deben someterse a los
tribunales ordinarios”. Este criterio ha sido reiterado en el sistema universal y en los demás
sistemas regionales de protección de los derechos humanos. El Comité de Derechos Humanos de Naciones Unidas la Corte Europea de Derechos Humanos y la Comisión Africana de
Derechos Humanos de los Pueblos han delimitado el ámbito natural de competencia ratione
materiae de la jurisdicción penal militar a infracciones estrictamente militares cometidas
por personal militar. De igual manera, el Proyecto de principios sobre la administración de
justicia por Tribunales Militares aprobado por la antigua Comisión de Derechos Humanos de
Naciones Unidas establece que: “La competencia de los órganos judiciales militares debería
estar limitada a las infracciones cometidas dentro del ámbito estrictamente castrense por el
personal militar”.
Podemos señalar que
incluso
la misma
jurisprudencia nacional proferida por
la Corte
Constitucional, ha sido firme y constante en establecer el carácter restrictivo y excepcional de la
jurisdicción penal militar y en acotar como requisito de competencia, la relación con el servicio
de los hechos investigados. Asimismo, la Corte Constitucional colombiana ha sostenido que
las violaciones de los derechos humanos desde ningún punto de vista pueden ser investigadas
por la Jurisdicción Penal Militar, y menos que de ellas se derive una relación entre la conducta
de los militares y un acto del servicio. Al respecto, ha sostenido que el vínculo entre el hecho
delictivo y la actividad relacionada con el servicio se rompe cuando el delito adquiere una
gravedad inusitada, tal como ocurre con los llamados delitos de lesa humanidad. En cuanto a
la posible colisión de competencias, la misma Corte ha señalado que “en las situaciones en las
que exista duda acerca de cuál es la jurisdicción competente para conocer sobre un proceso
determinado, la decisión deberá recaer en favor de la jurisdicción ordinaria, en razón de que no
se pudo demostrar plenamente que se configuraba la excepción”.
Tal colisión de competencias es resuelta, según el ordenamiento jurídico colombiano, por el
Consejo Superior de la Judicatura. A efectos de resolver el conflicto de competencia, corresponde
determinar si el hecho delictivo tiene relación con el servicio militar o no. En algunos casos,
se han observado irregularidades en el análisis de la prueba sobre la que se basa la decisión
en cuestión; resultando en favoritismo de la versión oficial. Por ejemplo, en el caso Oreste,
Morales y Ruperto Agudelo, se excluyeron testimonios de personas allegadas a las víctimas,
dada su vínculo de parentesco con las mismas, dándose mayor prioridad a los testimonios de
los militares -presuntamente implicados en el hecho- y otorgándole credibilidad a las órdenes
de operaciones -presuntamente falsas. Otro caso es el de los jóvenes Luis Alfredo Botero
Arias y Albeiro de Jesús Giraldo García, ejecutados extrajudicialmente el 26 de septiembre de
2003 en el marco de la operación Marcial Norte del batallón Jorge Eduardo Sánchez Rodriguez
de la IV brigada. En este caso el Consejo Superior de la Judicatura asignó competencia a la
jurisdicción penal militar, pero luego mediante acción de tutela se revocó la decisión y se
remitió a la justicia ordinaria.
Pese a tan claras directivas a nivel tanto interno como internacional, sería natural que las
investigaciones se hubieran dejado de tramitar ante la justicia penal militar por completo.
Esto sumado a la gravedad y extensión del fenómeno de los falsos positivos y a la publicidad
que dichos casos han adquirido a nivel nacional. Si bien, en la actualidad, un gran número de
procesos tramitan ante la justicia penal ordinaria, muchos casos continúan tramitando ante la
justicia penal militar. A julio de 2011 más de 400 casos de ejecuciones extrajudiciales estarian
siendo tramitados ante la jurisdicción penal militar
La Alta Comisionada de Naciones Unidas para los Derechos Humanos reportó en su informe
de 2010 que había 448 casos activos relacionados con ejecuciones extrajudiciales ante la
jurisdicción penal militar, sin contar los cientos de casos que han sido archivados en dicha
jurisdicción. En febrero de 2012, la Jefa de la Unidad de Derechos Humanos de la Fiscalía
General de la Nación informó que, entre los casos en los cuales se había planteado un conflicto
de competencias, 53 casos habían sido dirimidos en favor de la justicia militar y 642 casos en
favor de la justicia ordinaria. Los casos que tramitan ante la justicia penal militar concluyen
invariablemente en la preclusión y el archivo de las investigaciones.
La asunción inicial de la investigación por la justicia penal militar plantea problemas adicionales,
aunque cuando el caso se remita ulteriormente a la justicia ordinaria. La participación formal de las
víctimas “es completamente nula, no solo porque se encuentre en Jurisdicción Penal Militar lo que
conlleva de manera inherente el miedo o temor al estamento militar, sino porque no hay investigación
formal, de tal forma que las víctimas no tienen posibilidades de acceder a los expedientes”.
Aun en los casos en que la investigación es asumida por la justicia ordinaria, la manipulación de
la escena del crimen por los mismos autores es problemática y entorpece la investigación. Como
se señaló más arriba, en algunos de los casos son los mismos militares quienes fotografiaron a las
víctimas después de asesinarlas, vestirlas y poner armamento y otros materiales de intendencia
a su lado. En otros casos, el cuerpo de la víctima fue enterrada sin que se tomaran previamente
todas las medidas necesarias para identificarlo adecuadamente. No se tomaron las huellas
digitales, ni las improntas dentales. Tampoco se llevó a cabo un examen antropológico-forense
para establecer el sexo, la edad, la etnia y las medidas del cuerpo. El traslado del cadáver